lowQualScore : 2222222 2222222222
lowQualScore : 1 5555555 22 0000000000 0 1 1 3 1 1 1
lowQualScore : . ....... .. .......... . . . . . . .
lowQualScore : 9 7777777 66 6666666666 3 9 9 8 9 9 9
consensus : AAGGAATTAAGA-TTAT-A----TTACA--A-G--------CCGGGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
Reference ( gi|8507 ) : AAGGAATTAAGA-TTAC-T----TTACA--A-C--------CCGGGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8510 : AAGGAATTACGA-TTAT-A----TTATA--A-C--------CCGGGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCAC
gi|8505 : AAAGAATTAAGA-TTATAT----TTACA--A-G--------CCAGGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TTT-GCACATG
gi|8502 : AAGGAATTAAGA-TTAT-A----TTACA--A-G--------CTAGGTA-TTACAA-TAG-C-AATTAT-GCACATG
gi|8503 : AAGGAATGAAGA-TTAT-A----TTACA--A-G--------CCAGGGA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8504 : AAGGAATTAAGA-TTAT-A----TTA-A--A-G--------CCAGGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TGT-GCACATG
gi|8509 : AAGGAATTAAGA-TTAT-A----TTACA--A-TTAAG----CCGGGTA-TTACAA-TGG-C-AA-TAT-GCAAATG
gi|8508 : AAGGAATAAAGA-TTAC-A----TTACA--A-C--------ACGGGTA-TTATAA-TAA-C-AA-AAT-GCAC
gi|8511 : AAGGAATTAAGA-TTAA-T----T-ACA--A-G--------C-AGGTG-TTACAAATAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8514 : AAGGAATTAAGA-TTA-------TTACA--AGC--------CTTGGTA-TCACAA-TAG-C-AA-TAT-GCCCA
gi|8512 : AGGGAATTAAGACTTAT-A----TTACA--A-CG-------CCAAGTA-TTACAA-TAGCC-AA-TATGGCACATG
gi|8513 : AAGGAATTAAGA-TTAT-TTTCATTACATGA-G--------CTAGGTATTTACAA-TAG-CAAA-TAT-GCACATG
gi|8516 : AAGGAATCGATA-TTAT-A----TTACA--A-C--------CCGGGTA-TTATGA-TAA-C-AA-TTT-GCAC
gi|8515 : AAGAAATTAAGA-TTAT-A----TTACA--A-TTTTAAAAGCCGGGTA-TTACGA-TGT-C-AA-TAT-GCATATG
gi|8506 : AAGAAATTAAAT-TTA--T----ATACA--A-G--------CCAG-TA-TTACAA-TAGCC-AA-TGT-GCACATG
gi|8518 : AGGAATTAAGA-TTAT-A----TTACA--A-C--------CCGGCTA-TCACAA-TAG-G-AA-TAT-TCAC
gi|8517 : AGGAATTAAGA-ATAT-A----TTTCA--A-G--------CCGGGTA-TTAAAA-TAC-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8519 : GGAATTAAGA-TTAT-A----TTACA--A-G--------CCAGGTA-TTACAA-TAA-C-AA-TAT-GCACAT
gi|8520 : GGAATTAA-A-TTAA-T----T-ACA--A-G--------C-AGGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8521 : TTAAGA-TTAA-A----TTACA--A-A--------CCAGGTA-TTACAA-TGG-C-AA-TAT-GTACATG
gi|8523 : AAGA-TTAC-A----TTACA--A-C--------CCGGGTA-TTACAA-TAA-C-AA-TAT-ACAC
gi|8522 : AAGA-TTAT-A----TTGCA--A-G--------CCAG-TA-TTACAA-TGG-C-AC-TAT-GCACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1 3333 1 22 22222222 1 1 1 3 1 1 1
lowQualScore : . .... . .. ........ . . . . . . .
lowQualScore : 8 9999 8 55 33333333 8 8 8 6 8 8 8
consensus : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
Reference ( family-789 ) : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8502 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCTA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AATTAT-GCACATG
gi|8503 : AAGGAATGAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCA-GGGA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8504 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-A-A--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TGT-GCACATG
gi|8505 : AAAGAATTAAGA-TTAT----ATTTACA--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TTT-GCACATG
gi|8506 : AAGAAATTAAAT-TTAT----AT--ACA--A--------GCCA-G-TA-TTACAA-TAGCC-AA-TGT-GCACATG
gi|8507 : AAGGAATTAAGA-TTAC----TTT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8508 : AAGGAATAAAGA-TTAC----ATT-ACA--A--------CACG-GGTA-TTATAA-TAA-C-AA-AAT-GCAC
gi|8509 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--ATTAA----GCCG-GGTA-TTACAA-TGG-C-AA-TAT-GCAAATG
gi|8510 : AAGGAATTACGA-TTAT----ATT-ATA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCAC
gi|8511 : AAGGAATTAAGA-TTA-----ATT-ACA--A--------GC-A-GGTG-TTACAAATAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8512 : AGGGAATTAAGACTTAT----ATT-ACA--AC-------GCCA-AGTA-TTACAA-TAGCC-AA-TATGGCACATG
gi|8513 : AAGGAATTAAGA-TTATTTTCATT-ACATGA--------GCTA-GGTATTTACAA-TAG-CAAA-TAT-GCACATG
gi|8514 : AAGGAATTAAGA-TTAT------T-ACA--A--------GCCTTGGTA-TCACAA-TAG-C-AA-TAT-GCCCA
gi|8515 : AAGAAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--ATTTTAAAAGCCG-GGTA-TTACGA-TGT-C-AA-TAT-GCATATG
gi|8516 : AAGGAATCGATA-TTAT----ATT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTATGA-TAA-C-AA-TTT-GCAC
gi|8517 : AGGAATTAAGA-ATAT----ATT-TCA--A--------GCCG-GGTA-TTAAAA-TAC-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8518 : AGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------CCCG-GCTA-TCACAA-TAG-G-AA-TAT-TCAC
gi|8519 : GGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAA-C-AA-TAT-GCACAT
gi|8520 : GGAATTAA-A-TTA-----ATT-ACA--A--------GC-A-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8521 : TTAAGA-TTAA----ATT-ACA--A--------ACCA-GGTA-TTACAA-TGG-C-AA-TAT-GTACATG
gi|8522 : AAGA-TTAT----ATT-GCA--A--------GCCA-G-TA-TTACAA-TGG-C-AC-TAT-GCACAT
gi|8523 : AAGA-TTAC----ATT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAA-C-AA-TAT-ACAC
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1 3333 1 22 22222222 1 1 1 3 1 1 1
lowQualScore : . .... . .. ........ . . . . . . .
lowQualScore : 8 9999 8 55 33333333 8 8 8 6 8 8 8
consensus : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
Reference ( family-789 ) : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8502 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCTA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AATTAT-GCACATG
gi|8503 : AAGGAATGAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCA-GGGA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8504 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-A-A--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TGT-GCACATG
gi|8505 : AAAGAATTAAGA-TTAT----ATTTACA--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TTT-GCACATG
gi|8506 : AAGAAATTAAAT-TTAT----AT--ACA--A--------GCCA-G-TA-TTACAA-TAGCC-AA-TGT-GCACATG
gi|8507 : AAGGAATTAAGA-TTAC----TTT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8508 : AAGGAATAAAGA-TTAC----ATT-ACA--A--------CACG-GGTA-TTATAA-TAA-C-AA-AAT-GCAC
gi|8509 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--ATTAA----GCCG-GGTA-TTACAA-TGG-C-AA-TAT-GCAAATG
gi|8510 : AAGGAATTACGA-TTAT----ATT-ATA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCAC
gi|8511 : AAGGAATTAAGA-TTA-----ATT-ACA--A--------GC-A-GGTG-TTACAAATAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8512 : AGGGAATTAAGACTTAT----ATT-ACA--AC-------GCCA-AGTA-TTACAA-TAGCC-AA-TATGGCACATG
gi|8513 : AAGGAATTAAGA-TTATTTTCATT-ACATGA--------GCTA-GGTATTTACAA-TAG-CAAA-TAT-GCACATG
gi|8514 : AAGGAATTAAGA-TTAT------T-ACA--A--------GCCTTGGTA-TCACAA-TAG-C-AA-TAT-GCCCA
gi|8515 : AAGAAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--ATTTTAAAAGCCG-GGTA-TTACGA-TGT-C-AA-TAT-GCATATG
gi|8516 : AAGGAATCGATA-TTAT----ATT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTATGA-TAA-C-AA-TTT-GCAC
gi|8517 : AGGAATTAAGA-ATAT----ATT-TCA--A--------GCCG-GGTA-TTAAAA-TAC-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8518 : AGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------CCCG-GCTA-TCACAA-TAG-G-AA-TAT-TCAC
gi|8519 : GGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAA-C-AA-TAT-GCACAT
gi|8520 : GGAATTAA-A-TTA-----ATT-ACA--A--------GC-A-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8521 : TTAAGA-TTAA----ATT-ACA--A--------ACCA-GGTA-TTACAA-TGG-C-AA-TAT-GTACATG
gi|8522 : AAGA-TTAT----ATT-GCA--A--------GCCA-G-TA-TTACAA-TGG-C-AC-TAT-GCACAT
gi|8523 : AAGA-TTAC----ATT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAA-C-AA-TAT-ACAC
blockSeqs : C TTTC T TG TTTTAAAA T T A C A . G
blockSeqs : . . . . TTAA . . . C . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
finalCons : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1 3333 1 22 22222222 1 1 1 3 1 1 1
lowQualScore : . .... . .. ........ . . . . . . .
lowQualScore : 8 9999 8 55 33333333 8 8 8 6 8 8 8
consensus : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
Reference ( family-789 ) : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8502 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCTA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AATTAT-GCACATG
gi|8503 : AAGGAATGAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCA-GGGA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8504 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-A-A--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TGT-GCACATG
gi|8505 : AAAGAATTAAGA-TTAT----ATTTACA--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TTT-GCACATG
gi|8506 : AAGAAATTAAAT-TTAT----AT--ACA--A--------GCCA-G-TA-TTACAA-TAGCC-AA-TGT-GCACATG
gi|8507 : AAGGAATTAAGA-TTAC----TTT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8508 : AAGGAATAAAGA-TTAC----ATT-ACA--A--------CACG-GGTA-TTATAA-TAA-C-AA-AAT-GCAC
gi|8509 : AAGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--ATTAA----GCCG-GGTA-TTACAA-TGG-C-AA-TAT-GCAAATG
gi|8510 : AAGGAATTACGA-TTAT----ATT-ATA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCAC
gi|8511 : AAGGAATTAAGA-TTA-----ATT-ACA--A--------GC-A-GGTG-TTACAAATAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8512 : AGGGAATTAAGACTTAT----ATT-ACA--AC-------GCCA-AGTA-TTACAA-TAGCC-AA-TATGGCACATG
gi|8513 : AAGGAATTAAGA-TTATTTTCATT-ACATGA--------GCTA-GGTATTTACAA-TAG-CAAA-TAT-GCACATG
gi|8514 : AAGGAATTAAGA-TTAT------T-ACA--A--------GCCTTGGTA-TCACAA-TAG-C-AA-TAT-GCCCA
gi|8515 : AAGAAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--ATTTTAAAAGCCG-GGTA-TTACGA-TGT-C-AA-TAT-GCATATG
gi|8516 : AAGGAATCGATA-TTAT----ATT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTATGA-TAA-C-AA-TTT-GCAC
gi|8517 : AGGAATTAAGA-ATAT----ATT-TCA--A--------GCCG-GGTA-TTAAAA-TAC-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8518 : AGGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------CCCG-GCTA-TCACAA-TAG-G-AA-TAT-TCAC
gi|8519 : GGAATTAAGA-TTAT----ATT-ACA--A--------GCCA-GGTA-TTACAA-TAA-C-AA-TAT-GCACAT
gi|8520 : GGAATTAA-A-TTA-----ATT-ACA--A--------GC-A-GGTA-TTACAA-TAG-C-AA-TAT-GCACATG
gi|8521 : TTAAGA-TTAA----ATT-ACA--A--------ACCA-GGTA-TTACAA-TGG-C-AA-TAT-GTACATG
gi|8522 : AAGA-TTAT----ATT-GCA--A--------GCCA-G-TA-TTACAA-TGG-C-AC-TAT-GCACAT
gi|8523 : AAGA-TTAC----ATT-ACA--A--------CCCG-GGTA-TTACAA-TAA-C-AA-TAT-ACAC