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lowQualScore                  :        .  .. .      ..   .  . . .  ..       .      ... .. ............ ...       .  . ......... . ......         . . ....... ..  .  . . ................. ..    .  . .   ..     . .    .   .  ...    ..   .          ... . .  .   . .  .      .. .     
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gi|108778                     :   ACTAT-GA--T-GTCACA--GAC-AA----------GTTACA-ATAGGA---AAAAC---A--------AGTTCAAAGATAGCTA-AG-ACATCATACAT-A------GTTAGGATA-T-T-------C--T-GCC-ACA--A--T-CAA-TT-T---C---CAT--T-GTTT-ATG-TA--TCAAA--GTG-AATAAAACTT---T-A-AT-G---AT-A------CC-AAAATTGAAT
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Alignments
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Reference ( family-787 )      : GTACTAT-GA--C-GTCACA--GTC-AA-A-CATA--CGTTACG-ATTTGA---AA--C---A--------A-TGCA----T--TTG-AG-A---------T-A------GCTAAGATA-T-T-------C--C-AAT-ANT--A--T-CAA-TT-TATACNTGCATA-T-GTTT-ATG-CA--NTTGA--GTG-AAAAAGACTT---T-A-AT-G---GT-A------TC-AAAACTAAATATA
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Reference ( family-787 )      : GTACTAT-GA--C-GTCACA--GTC-AA-A-CATA--CGTTACG-ATTTGA---AA--C---A--------A-TGCA----T--TTG-AG-A---------T-A------GCTAAGATA-T-T-------C--C-AAT-ANT--A--T-CAA-TT-TATACNTGCATA-T-GTTT-ATG-CA--NTTGA--GTG-AAAAAGACTT---T-A-AT-G---GT-A------TC-AAAACTAAATATA
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