lowQualScore : 111 11111 11111 11111111111111 222222222 1111111111111111 3333333333333333333333 11111 111111111 11111111 111111 2222
lowQualScore : 000 3 3 0 2 77777 2 33333 2 22 2 2 2 88888 6 88888888888888 2 22 111111111 2 5555555 22 77777777777 2 2 8888888888888888 44 4444 77 3333333333333333333333 22 4 2 77777 111111111 22222222 2 55 2 4444 555555 22 999999 111111 22 2 2 2 2222 4 2 3 4444 4444 0 55 2 7 66 44 2
lowQualScore : ... . . . . ..... . ..... . .. . . . ..... . .............. . .. ......... . ....... .. ........... . . ................ .. .... .. ...................... .. . . ..... ......... ........ . .. . .... ...... .. ...... ...... .. . . . .... . . . .... .... . .. . . .. .. .
lowQualScore : 444 3 1 4 7 55555 5 22222 1 99 1 1 1 88888 5 00000000000000 1 99 222222222 0 9999999 22 33333333333 0 0 9999999999999999 88 2222 22 1111111111111111111111 99 0 0 88888 666666666 22222222 0 55 0 2222 888888 88 222222 222222 99 2 2 2 3333 4 2 7 7777 7777 3 33 1 0 33 33 7
consensus : ACTTG---A-CT-TATTCCTNT--NNAC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-C-NG--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACT-CTGTTCTGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TCAGCTGG-GT--------C--CATG----TCATC-CC--G-G--T--G-C-T-------C--TTT-AT-TTC-N-T-TCTC--GA--C--TGN-------T-CTT--T-T----C------CA--TG-T--T-TGTT-TT---GG--CC-T-C-CCNNC-CTT-CCTTT-TNCC----TT----GTGGGT--TCCAGTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
Reference ( gi|29688 ) : ACTTG---A-CT-TATTCCTGT--AAAC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-C-TG--CAACCA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACC-CTGTTTTGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TCAGTTGG-GT--------C--CATG----TCATC-CC--G-G--T--G-C-T-------C--TTT-AT-TTC-T-T-TCTC--GA--C--TGA-------T-CTT--T-T----C------CA--TG-T--T-TGTT-TT---GG--CC-T-C-CCAAC-CTT-CCTTT-TCCC----TT----GTGGGT--TCCAATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29681 : ACTTG---A-CT-TATTCCTGT--AAAC-TCCT---A-GTGG-AG--AAT-AG-GG-C-TG--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACC-CTGTTTTGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TCAGTTGG-GT--------C--CATG----TCATC-CC--G-G--T--G-C-T-------C--TTT-AT-TTC-T-T-TCTC--GA--C--TGA-------T-CTT--T-T----C------CA--TG-T--T-TGTT-TT---GG--CC-T-C-CCAAC-CTT-CCTTT-TCCC----TT----GTGGGT--TCCAATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29683 : tgACTTG---A-CT-TATTCCTGT--AGAC-TCCT---A-GTGG-AG--CAT-AG-GG-C-TG--CAACCA-----CA---C---CTC-GC--CAGT---GAACT-CTGTTTTGG-GCT------G-TT-----T--T--C-T-TCAGCTGG-GT--------C--CATG----TCATC-CC--G-A--T--G-T-T-------C--TTT-AT-TTC-----TCTC--GA--C--TGA-------T-CTT--T-T----C------CA--TG-T--C-TGTT-TT---GG--CC-T-CACCAAC-CTTGCCTTT-TTCC----TT----GTGGGT--TCCAATCCAGAGCT-TTGCTC-TTGTG
gi|29682 : tgACTTG---A-CT--ATTCCTGT--AAAC-TCCT---A-GTGGGAG--AAT-AG-GG-C-TG--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACC-CTGTTTTGG--CT------G-TT-----CCTT--CAT-TCAGTTGG-GT--------C--CATG----TCAT--CC--G-G--T--G-C-T-------C--TTT-AT-TTC-T-T-TCTCG-GA--C--TGA-------T-CTT--T-T----C------CA--TG-T--T-TGTT-TT---GG--CC-T-C-CCAAC-CTT-CCTTT-TCCC----AT----GT-GGT--TCCAATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29684 : tgACATG---AGCT-TATTCCTGTTAGAACATCCTTA-A-GTGG-AG--CAT-AG-GGGC-TGTACAATCA-----CT---A---CTC-TC--CAGC---GA-CC-CTGTTTTGG-GCTTGCAAGA-TT-----C--T--C-TATCAGTTGGTGT--------CT-CATG----TCATC-CC--G-G-----G-CAT-------CAATTT-AT-TTC-TATATCTC--G---C--TGA-------T-CTT--T-T----TTCTACACA--TG-T--TCTGTT-TT---TT--TC-G-C-CCAAC-CTTACCTTTCTCCCGTTGTT----GTGG-T--TCCAA-CCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29689 : tgacttACTTG---A-CT-TAATCCCCT--TTAT-TCCT------TTG-AGGACAT-GG-GG-C-TG--CTACCA-----CA---C---TCC-TC--CAGC---GCACT-CGGTTCTCA-GAC------G-TC-----C--T--C-T-TCAGCTCG-GC--------C--CATG----TC-TT-CC--G-GC-C--G-C---------C--TTG-GT-TTC------AGC--GT--C--CGT-------A-CTC--T-TGCCGC------CA--GG-T--C-TGTC-TT---GG--TC-G-G-CCCAC-TTT-ACGCT-TTCC----CT----GGGGGT--TCCACTCAAGGG
gi|29685 : ACTTG---A-CC-TATTCCTTT--TAAT-CCCT---A-GAGG-GG--CAC-AG-GG-C-TT--CCACAA-----CA---G---TCC-TC--CATC---TGGGT-CGGTCTTTG-GCA------G-CT-----A--T--C-T-TTGCCTCA-GC--------C--CATG----TCA-G-TT--G-GCAT--G-C---------C--TTC-AG-TTC-A-G-CCTC--TA-----TGT-------TACGT--C-T----C------CA--TG-TGGT-TG---TT---GG--TC-TAC-CCCAT-CTT--CTTT-TGCC----TT----GCGGAT--TCCAGTCTAACGC--GT--TC-TTG
gi|29690 : taACTTG---A-CT-CATTCCCTT--TGGT-TCCA---T-GCGG-AA--CAT-AA-GG-C-CG--CAGCAA-----CA---G---TTC-TC--CAGC---G--CA-CTGTTTTGG-GCT------G-CT-----A--T--T-T-TTAACTGG----------------TA----CCAGCTCT--G-GT-T--G-CATTG-----C--CGC-AT-TTC-C-T-CTTC---A--CA-TGA-------T-CTT--T-G----T------CA--TG-T--T-TTCT-GT---GG--
gi|29686 : ACTT----A-CT-TAGACCCAT--AG-C-CCTT---G-GTTG-AG--CAT-AG-GC-C-AT--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACT-CGGTTCTGG-GCT------A-AT-----C--T--C-C-TTGCTCCT-GT--------C--CAGT----TGATC-CC--
gi|29691 : tgacttACTTGGG-A-CTGTTTTTCTGT--A--C-TTCTTCGG-GTGA-GG--TAT-AG-GG-C-TG--CAACTT-----CC---C---CAC-TCCGCAGA---GAACTAGTGTCT----GCT------GCTT-----T--T--C-T-TCA----G-GC--------CGTCATG----TCATT-CC--T-G--C--GTT-T-------C--TTT-GC-TTCGC-G-TCTCGGGA--C--GGG-------T-CTG--T-T----T------CA--
gi|29692 : ACTTGCCTA-CT-TAGGCCTGT--TG---TTCT---GTGAGG-AA--CAT-AG-GT-C-AT--CAACAA-----CA---G---TCC-TC--CAGC---GAACA-CGGTTCTGG-GCT------G-CTAAGTGC--TTAN-T-TC---TGG-GCTGCTTTTGC--TGTT----TCTTG-CTA-G-G--T--G-G-T-------G--TC--ATGTTC-T----CTC--GATTC--TGACTCCGTGT-TTTGCT-T----C------CA--GG-T-----GTT-TCTAGGA--CG-T-C-CT--CGCTT-TCTCT-TCCC----CT----GTGGGT--TCCAAGTCAGGGC--CTG-TT-GTGTG
gi|29687 : ACTTG---A-CT-TATTTCCGT--CA-C-TCCG---T-TTGG-AG--AAT-CG-GG-C-----CATTTA-----TAAGTC---CCC-TC--CA-CATTGATCT-TTCCATTGCCACT------G-TT-----C--TTGC-T-TCA--TG------------C--CATGAGGAGAATT-CC--A-G-------C-T-------C--TTTTCT-TTC-C-C-TCTT--TA-----TAA-------T-CCT--TCT----C------CA--GG-T--T-TCTT-TC---GG--TC-G-G-CCTCT-TTT-CCTTT-TTCC----CT-----CGGGTG-TCCATGTTAGGGC--TAG-TC-TTG
gi|29693 : tgTTC---A-TT-TGGTCCTCT--TCAC-TCCT---T-GTGG-AG--CAT-AG-GG-C-C-----ACTA-----CAGTTG---CTC-TC--CATC---TCAAT-CTGTTTTGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TCGCTTCA-CC--------C--CAGC----TCTTG-CC--A-A--T--C-G-T-------C--TCC-AG-TTC-C-T---TC--AA--CCTTGT-------T-CTT--T-T----C------CA--GC-T--G-TGAT-GA---GG--TCAT-C-CTTG--CTT-CCTTT-GTCC----TT----GGGGAT--TCCAGTCTAGTGC--TTC-TC-TGGT
gi|29694 : T-TAGTCCTCT--TCAC-ACCT---T-GTGG-AG--CATTAT-GG----G--TCACTA-----CA---GTTGCTC-TC--CATC-------T-TTGTTTTGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TCACTTCA-CC--------C--CAGC----TCTTG-CC--A-A--T--C-G-T-------C--TCC-AC-TTC-T-T-TCAC--TG--CCTTGC-------T-CTT--T-T----T------CA--AC-T--G-TGAT-GA---AG--TC-T-T-CCTTG-CTT-CCTTT-GTCC----TT----G-GGAT--TCCAGTCTAGCAC--TTC-TC-TGGT
gi|29695 : TCCTTT--ACAC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GA-C-AG--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC---A------TATTCTGG-GC---------------------------CAGCTTT-GT--------T--AATG------ATC-CCCAG-G--TCTG-C-TGCACGGCT--TTT-AT-CTT-G-T-TCTC--AA--C--CGC-------C-CTC--C-T----C------CA--TG-A--T--GTTCTT---GG--CC-T-C-CCTCT-CTT-CCTCT-TGCC----TT----CTGCGTAGTCCAGTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
gi|29696 : TCCTTT--ACAC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-C-AG--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC---------CTATCCTGG-GC---------------------------CAGCTTT-GT--------T--AATG------ATC-CCCAG-G--TCTG-C-TGCACAGCT--TTT-AT-TTC-A-C-TCTC--AA--C--CGT-------C-CTC--C-T----C------CA--TG----A-TGTTCTT---GG--CT-T-C-CCTCT-CTT-CCTCT-TGCC----TTCTGCATGGGG--TCCAGTGCAGCGC--TGT-TC-TT
gi|29697 : -TCCT---G-GTGG--G--CAT-AGCGG-C-TG--CAACAA-----CA---C---CTCGCC--CAGC---GAAC---TGTTCTGG-GCT------G-CT-----T--T--C-T-TTAGCTGG-TT--------C--TATG----TCATT-C---A-G--C--A-T-T-------C--TTT-GC-TTC-G-A-TCTC--GA--C--TGA-------T-CTT--T-T----C------CA--TG-T--TCTGTT-TT---GGGGCC-T-C-C-AAT-TTT-CTTTT-TTCC----T-----GTGGGT--TCCAA
gi|29698 : CCC---G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-C-AG--CAACAAGTTTCCT---C---CTC-TC--CTGC---------TTATCCTGG-GCC------A-GC-----T--T--C-G-TTAATGAT-CT--------C--CAGG----TC-TG-CT--GCA--T--G-T-T-------T--TTT-AT-CTT-G-T-TCTC--AA--C--CGT-------C-CTT--C-T----C------CA--TGAT--G-TGCT-T----AG--CC-T-C-CCTTT-CTT-CCTCT-TCCC----TT----CTGGTG--TCCAGTGCAGCGCTGTTG-TCATTG
gi|29699 : TGG-AG--CAC-AG-GG-CCTG--CA-CAA-----TA---G---ACC-TC--CATT---GTCCT-CTGTCTTGG-GCT------G-TT-----C----------CAG-----GT--------T--CATG----TCAC-----------T--G-C-C-------C--TTG-AG-TTC-T-G-CTTG--GA--G--AGT-------T-CTT--C-A----C------CAAGTG-T--T-GGCA------GG--CC-T-C-TC-----TT-TCTTT-TGCC----CT----GTGGGT--TCCAGTCCA
gi|29700 : G-AG--CAT-AG-GC-C-AT--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACT-CGGTTCTGG-GCT------A-AT-----C--T--C-A-TTGCTCCA-GT--------C--CAGT----TGATC-CC----T--T--G-T-T-------C--TTTAAT-CTC-T-G-CCTC--AA-----TG--------T-CTTGCC-T----C------CA---G----C-TGTT-----------C-T-C-----T-CTT-CCTCT-TGCC----CT----GCGGGT--TCCAGGTCAGGGC--TTG-GC-GTGTG
gi|29701 : ACC-CGGTTCTGG-GCT------G-TC-----C--T--C-T-TCATCTGC-CC--------C--CACG----TCATT-TC--G-GC-T--G-C---------C--TTC-AA-CTA-A-T-CATC--TA--C--TGA-------T-CTT--C-T----C------CA--TG-T--T-TGCT-TC---GG--CC-T-T-CCAA--CTT-TTTTT-CCCC----TT----GAGGAT--TCCAGTTTAGTGC--CTG--C-TTG
gi|29702 : TT-AT-TTC-G-C-TCTC--AA--C--CGT-------C-CTT--C-T----C------CA--TG-A--T--GTTCTT---GG--CC-T-C-CCTCT-CTT-CCTCT-TGCC----TT----CTGGTG--TCCAGTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 11111111 1111111111 33333333333333333333333333333 11111 1111
lowQualScore : 999 3 1 7777 2 11111 2 22 2 2 2 55 22 1 55555 66666666 2 22 22222222 1 1 22 1 555555 1 6666666666666 1 2222 9999999999 1 4444 777 33333333333333333333333333333 22 4444 3 22222 666 1111 2 1 1 22 4444 555555 0 999999 99999 444 777 4 1 55555 4444 55 2 1 1 55 33 2
lowQualScore : ... . . .... . ..... . .. . . . .. .. . ..... ........ . .. ........ . . .. . ...... . ............. . .... .......... . .... ... ............................. .. .... . ..... ... .... . . . .. .... ...... . ...... ..... ... ... . . ..... .... .. . . . .. .. .
lowQualScore : 666 1 0 9999 4 99999 0 88 0 0 0 77 88 0 00000 88888888 0 88 66666666 3 9 66 9 555555 9 2222222222222 9 8888 3333333333 9 0000 666 44444444444444444444444444444 88 0000 8 55555 222 2222 9 9 9 66 0000 555555 9 111111 55555 222 666 2 0 33333 5555 00 1 0 0 99 44 5
consensus : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--T----TT-ATTTC-N-T-TCTC--GAC----CGNT-CT-T--CT----C------CATG-T--T-TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
Reference ( family-784 ) : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--T----TT-ATTTC-N-T-TCTC--GAC----TGNT-CT-T--TT----C------CATG-T--T-TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNCCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29681 : ACTTG---A-CTTATTCCTGTAA--AC-TCCT---A-GTGG-AG--AAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--T----TT-ATTTC-T-T-TCTC--GAC----TGAT-CT-T--TT----C------CATG-T--T-TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29682 : tgACTTG---A-CT-ATTCCTGTAA--AC-TCCT---A-GTGGGAG--AAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG--CT------G-TT-----CCTT--CAT-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT---CC--G-G----T--G-C------T-------C--T----TT-ATTTC-T-T-TCTCG-GAC----TGAT-CT-T--TT----C------CATG-T--T-TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----AT----GT-GGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29683 : tgACTTG---A-CTTATTCCTGTAG--AC-TCCT---A-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CA---C---CTC-GC--CAGT---GAACTCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----T--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-A----T--G-T------T-------C--T----TT-ATTTC-----TCTC--GAC----TGAT-CT-T--TT----C------CATG-T--C-TGTT-TT--GGCCT-CACCAACCTTGCCTTTTTCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGCT-TTGCTC-TTGTG
gi|29684 : tgACATG---AGCTTATTCCTGTTAGAACATCCTTA-A-GTGG-AG--CAT-AG-GGGCT-GTACAATCA-----CT---A---CTC-TC--CAGC---GA-CCCTGT-TT--TGG-GCTTGCAAGA-TT-----C--T--C-TATC--A-GTT-GGTG-T---CTCATG----TCAT-C-CC--G-G-------G-CA-----T-------CAAT----TT-ATTTC-TATATCTC--G-C----TGAT-CT-T--TT----TTCTACACATG-T--TCTGTT-TT--TTTCG-C-CCAACCTTACCTTTCTCCCGTTGTT----GTGG-T--TCCA-A-CCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29685 : tgacttACTTG---A-CCTATTCCTTTTA--AT-CCCT---A-GAGG-GG--CAC-AG-GG-CT-T--CCACAA-----CA---G---TCC-TC--CATC---TGGGTCGGT-CT--TTG-GCA------G-CT-----A--T--C-T-TT--G-CCT-CA-G-C---C-CATG----TCA--G-TT--G-GCA--T--G-C--------------C--T----TC-AGTTC-A-G-CCTC--TA-----TGTTACG-T--CT----C------CATG-TGGT-TG---TT--GGTCTAC-CCCATCTT--CTTTTGCC-----TT----GCGGAT--TCCA-GTCTAACGC--GT--TC-TTG
gi|29686 : taACTT----A-CTTAGACCCATAG---C-CCTT---G-GTTG-AG--CAT-AG-GC-CA-T--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TGG-GCT------A-AT-----C--T--C-C-TT----GCTCCT-G-T---C-CAGT----TGAT-C-CC--
gi|29687 : tgacttACTTG---A-CTTATTTCCGTC---AC-TCCG---T-TTGG-AG--AAT-CG-GG-C-----CATTTA-----TAAGTC---CCC-TC--CA-CATTGA--TCTTT-CCATTGCCACT------G-TT-----C--TTGC-T-TC--A---T-G--------C-CATGAGGAGAAT-T-CC--A-G---------C------T-------C--T----TTTCTTTC-C-C-TCTT--TAT----AATC-CT-T--CT----C------CAGG-T--T-TCTT-TC--GGTCG-G-CCTCTTTT-CCTTTTTCC-----CT-----CGGGTG-TCCATGT-TAGGGC--TAG-TC-TTG
gi|29688 : tgACTTG---A-CTTATTCCTGTAA--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--T----TT-ATTTC-T-T-TCTC--GAC----TGAT-CT-T--TT----C------CATG-T--T-TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29689 : ACTTG---A-CTTAATCCCCTTT--AT-TCCT------TTG-AGGACAT-GG-GG-CT-G--CTACCA-----CA---C---TCC-TC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TCA-GAC------G-TC-----C--T--C-T-TC--A-GCT-CG-G-C---C-CATG----TC-T-T-CC--G-GC---C--G-C--------------C--T----TG-GTTTC-A-----GC--GTC----CGTA-CT-C--TTGCCGC------CAGG-T--C-TGTC-TT--GGTCG-G-CCCACTTT-ACGCTTTCC-----CT----GGGGGT--TCCA-CTCAAGGG
gi|29690 : ACTTG---A-CTCATTCCCTTTG--GT-TCCA---T-GCGG-AA--CAT-AA-GG-CC-G--CAGCAA-----CA---G---TTC-TC--CAGC---GCA--CTGT-TT--TGG-GCT------G-CT-----A--T--T-T-TT--A-ACT-GG-----------TA----CCAG-CTCT--G-GT---T--G-CA-----TTG-----C--C----GC-ATTTC-C-T-CTTC---ACA---TGAT-CT-T--TG----T------CATG-T--T-TTCT-GT--GG
gi|29691 : ACTTGGG-A-CT-GTTTTTCTGT--AC-TTCTTCGG-GTGA-GG--TAT-AG-GG-CT-G--CAACTT-----CC---C---CAC-TCCGCAGA---GAACTA-GTGTC--T---GCT------GCTT-----T--T--C-T-TC--AGGCC-G--------T-CATG----TCAT-T-CC--T-G----C--GTT------T-------C--T----TT-GCTTC-G-CGTCTCGGGAC----GGGT-CT-G--TT----T------CA
gi|29692 : ACTTGCCTA-CTTAGGCCTGTTG-----TTCT---GTGAGG-AA--CAT-AG-GT-CA-T--CAACAA-----CA---G---TCC-TC--CAGC---GAACACGGT-TC--TGG-GCT------G-CTAAGTGC--TTAN-T-TCTGG-GCT-GC-T-TTTGC-TGTT----TCTTGC-TA--G-G----T--G-G------T-------G--TCATGTT-CTCTCGA-T-TCT---GACTCCGTGTT-TTGC--TT----C------CAGG-T--G-TTTC-TA--GGACG-T-CCTCGCTT-TCTCTTCCC-----CT----GTGGGT--TCCA-AGTCAGGGC--CTG-TT-GTGTG
gi|29693 : TTC---A-TTTGGTCCTCTTC--AC-TCCT---T-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CC-A--CTACAG-----TT---G---CTC-TC--CATC---TCAATCTGT-TT--TGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TC----GCT--------------------TCAC-C-CC--A-GCTCTT--G-CCAATCGT-------C--T----CC-AGTTC-C-T---TC--AACCT--TGTT-CT-T--TT----C------CAGC-T--G-TGAT-GA--GGTCA-T-CCTTGCTT-CCTTTGTCC-----TT----GGGGAT--TCCA-GTCTAGTGC--TTC-TC-TGGT
gi|29694 : TTAGTCCTCTTC--AC-ACCT---T-GTGG-AG--CATTAT-GG----G--TCACTA-----CA---GTTGCTC-TC--CATC-------TTTGT-TT--TGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TC--A-CTT-CA-C-C---C-CAGC----TCTT-G-CC--A-A----T--C-G------T-------C--T----CC-ACTTC-T-T-TCAC--TGCCT--TGCT-CT-T--TT----T------CAAC-T--G-TGAT-GA--AGTCT-T-CCTTGCTT-CCTTTGTCC-----TT----G-GGAT--TCCA-GTCTAGCAC--TTC-TC-TGGT
gi|29695 : TCCTTTAC--AC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GA-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC---A-----TAT-TC--TGG-GC---------------------------C--A-GCT-TT-G-T---T-AATG------AT-C-CCCAG-G----TCTG-C------TGCACGGCT--T----TT-ATCTT-G-T-TCTC--AAC----CGCC-CT-C--CT----C------CATG-A--T--GTTCTT--GGCCT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TT----CTGCGTAGTCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
gi|29696 : TCCTTTAC--AC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC--------CTAT-CC--TGG-GC---------------------------C--A-GCT-TT-G-T---T-AATG------AT-C-CCCAG-G----TCTG-C------TGCACAGCT--T----TT-ATTTC-A-C-TCTC--AAC----CGTC-CT-C--CT----C------CATG----A-TGTTCTT--GGCTT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TTCTGCATGGGG--TCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TT
gi|29697 : -TCCT---G-GTGG--G--CAT-AGCGG-CT-G--CAACAA-----CA---C---CTCGCC--CAGC---GAACT--GT-TC--TGG-GCT------G-CT-----T--T--C-T-TT--A-GCT-GG-T-T---C-TATG----TCAT---TC--A-G----C--A-T------T-------C--T----TT-GCTTC-G-A-TCTC--GAC----TGAT-CT-T--TT----C------CATG-T--TCTGTT-TTGGGGCCT---CCAATTTT-CTTTTTTCC------T----GTGGGT--TCCA-
gi|29698 : CCC---G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CTC-TC--CTGC--------TTAT-CC--TGG-GCC------A-GC-----T--T--C-G-TT--A-A-T-GA-TCT---C-CAGG----TC-T-G-CT--GCA----T--G-T------T-------T--T----TT-ATCTT-G-T-TCTC--AAC----CGTC-CT-T--CT----C------CATGAT--G-TGCT-T---AGCCT-C-CCTTTCTT-CCTCTTCCC-----TT----CTGGTG--TCCA-GTGCAGCGCTGTTG-TCATTGa
gi|29699 : TGG-AG--CAC-AG-GG-CCTG--CA-CAA-----TA---G---ACC-TC--CATT---GTCCTCTGT-CT--TGG-GCT------G-TT-----C----------C--A-G------G-T---T-CATG----TCAC--------------T--G-C------C-------C--T----TG-AGTTC-T-G-CTTG--GAG----AGTT-CT-T--CA----C------CAAG-T-----GTT-----GGCAG-G-CCTCTCTT-TCTTTTGCC-----CT----GTGGGT--TCCA-GTCCA
gi|29700 : G-AG--CAT-AG-GC-CA-T--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TGG-GCT------A-AT-----C--T--CAT-T-----GCTCCA-G-T---C-CAGT----TGAT-C-CC----T----T--G-T------T-------C--T----TTAATCTC-T-G-CCTC--AA-----TG-T-CT-TGCCT----C------CA-G----C-TGTT--------CT-C-----TCTT-CCTCTTGCC-----CT----GCGGGT--TCCA-GGTCAGGGC--TTG-GC-GTGTG
gi|29701 : ACCCGGT-TC--TGG-GCT------G-TC-----C--T--C-T-TC--A-TCT-GC-C-C---C-CACG----TCAT-T-TC--G-GC---T--G-C--------------C--T----TC-AACTA-A-T-CATC--TAC----TGAT-CT-T--CT----C------CATG-T--T-TGCT-TC--GGCCT-T-CCAA-CTT-TTTTTCCCC-----TT----GAGGAT--TCCA-GTTTAGTGC--CTG--C-TTG
gi|29702 : ----TT-ATTTC-G-C-TCTC--AAC----CGTC-CT-T--CT----C------CATG-A--T--GTTCTT--GGCCT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TT----CTGGTG--TCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 11111111 1111111111 33333333333333333333333333333 1111 1111 1111111111111111
lowQualScore : 999 3 1 7777 2 11111 2 22 2 2 2 55 22 1 55555 66666666 2 22 22222222 1 1 22 1 555555 1 6666666666666 1 2222 9999999999 1 4444 777 33333333333333333333333333333 22 3 1 3333 666 2222 333 1 77 555555 9999999999999999 99999 444 555 4 1 55555 4444 55 2 1 1 55 33 2
lowQualScore : ... . . .... . ..... . .. . . . .. .. . ..... ........ . .. ........ . . .. . ...... . ............. . .... .......... . .... ... ............................. .. . . .... ... .... ... . .. ...... ................ ..... ... ... . . ..... .... .. . . . .. .. .
lowQualScore : 666 1 0 9999 4 99999 0 88 0 0 0 77 88 0 00000 88888888 0 88 66666666 3 9 66 9 555555 9 2222222222222 9 8888 3333333333 9 0000 111 44444444444444444444444444444 88 8 9 6666 222 8888 666 9 11 555555 8888888888888888 22222 222 666 2 0 33333 5555 00 1 0 0 99 44 5
consensus : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCN-T-TCTC--GAC-C--G--NT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
Reference ( family-784 ) : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCN-T-TCTC--GAC-C--G--NT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29681 : ACTTG---A-CTTATTCCTGTAA--AC-TCCT---A-GTGG-AG--AAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29682 : tgACTTG---A-CT-ATTCCTGTAA--AC-TCCT---A-GTGGGAG--AAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG--CT------G-TT-----CCTT--CAT-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT---CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTCG-GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----AT----GT-GGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29683 : tgACTTG---A-CTTATTCCTGTAG--AC-TCCT---A-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CA---C---CTC-GC--CAGT---GAACTCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----T--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-A----T--G-T------T-------C--TTT-AT-TTC----TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--C-----------TGTT-TT--GGCCT-CACCAACCTTGCCTTTTTCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGCT-TTGCTC-TTGTG
gi|29684 : tgACATG---AGCTTATTCCTGTTAGAACATCCTTA-A-GTGG-AG--CAT-AG-GGGCT-GTACAATCA-----CT---A---CTC-TC--CAGC---GA-CCCTGT-TT--TGG-GCTTGCAAGA-TT-----C--T--C-TATC--A-GTT-GGTG-T---CTCATG----TCAT-C-CC--G-G-------G-CA-----T-------CAATTT-AT-TTCTATATCTC--G-C-T--G--AT-CTT--TTTTCTACACATG-T--TC----------TGTT-TT--TTTCG-C-CCAACCTTACCTTTCTCCCGTTGTT----GTGG-T--TCCA-A-CCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29685 : tgacttACTTG---A-CCTATTCCTTTTA--AT-CCCT---A-GAGG-GG--CAC-AG-GG-CT-T--CCACAA-----CA---G---TCC-TC--CATC---TGGGTCGGT-CT--TTG-GCA------G-CT-----A--T--C-T-TT--G-CCT-CA-G-C---C-CATG----TCAG-T-T---G-GCA--T--G-C--------------C--TTC-AG-TTCA-G-CCTC--TAT----G--TTACGT--CTC------CATG-TGGT-----------TG---TT--GGTCTAC-CCCATCTT--CTTTTGCC-----TT----GCGGAT--TCCA-GTCTAACGC--GT--TC-TTG
gi|29686 : taACTT----A-CTTAGACCCATAG---C-CCTT---G-GTTG-AG--CAT-AG-GC-CA-T--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TGG-GCT------A-AT-----C--T--C-C-TT----GCTCCT-G-T---C-CAGT----TGAT-C-CC--
gi|29687 : tgacttACTTG---A-CTTATTTCCGTC---AC-TCCG---T-TTGG-AG--AAT-CG-GG-C-----CATTTA-----TAAGTC---CCC-TC--CA-CATTGA--TCTTT-CCATTGCCACT------G-TT-----C--TTGC-T-TC--A---T-G--------C-CATGAGGAGAAT-T-CC--A-G---------C------T-------C--TTTTCT-TTCC-C-TCTT--TAT-A--A--TC-CTT--CTC------CAGG-T--T-----------TCTT-TC--GGTCG-G-CCTCTTTT-CCTTTTTCC-----CT-----CGGGTG-TCCATGT-TAGGGC--TAG-TC-TTG
gi|29688 : tgACTTG---A-CTTATTCCTGTAA--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29689 : ACTTG---A-CTTAATCCCCTTT--AT-TCCT------TTG-AGGACAT-GG-GG-CT-G--CTACCA-----CA---C---TCC-TC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TCA-GAC------G-TC-----C--T--C-T-TC--A-GCT-CG-G-C---C-CATG----TC-T-T-CC--G-GC---C--G-C--------------C--TTG-GT-TTCA-----GC--GTC-C--GTACT-CTTGCCGC------CAGG-T--C-----------TGTC-TT--GGTCG-G-CCCACTTT-ACGCTTTCC-----CT----GGGGGT--TCCA-CTCAAGGG
gi|29690 : ACTTG---A-CTCATTCCCTTTG--GT-TCCA---T-GCGG-AA--CAT-AA-GG-CC-G--CAGCAA-----CA---G---TTC-TC--CAGC---GCA--CTGT-TT--TGG-GCT------G-CT-----A--T--T-T-TT--A-ACT-GG-----------TA----CCAG-CTCT--G-GT---T--G-CA-----TTG-----C--CGC-AT-TTCC-T-CTTC---ACAT--G--AT-CTT--TGT------CATG-T--T-----------TTCT-GT--GG
gi|29691 : ACTTGGG-A-CT-GTTTTTCTGT--AC-TTCTTCGG-GTGA-GG--TAT-AG-GG-CT-G--CAACTT-----CC---C---CAC-TCCGCAGA---GAACTA-GTGTC--T---GCT------GCTT-----T--T--C-T-TC--AGGCC-G--------T-CATG----TCAT-T-CC--T-G----C--GTT------T-------C--TTT-GC-TTCG-CGTCTCGGGAC-G--G--GT-CTG--TTT------CA
gi|29692 : ACTTGCCTA-CTTAGGCCTGTTG-----TTCT---GTGAGG-AA--CAT-AG-GT-CA-T--CAACAA-----CA---G---TCC-TC--CAGC---GAACACGGT-TC--TGG-GCT------G-CTAAGTGC--TTAN-T-TCTGG-GCT-GC-T-TTTGC-TGTT----TCTTGC-TA--G-G----T--G-G------T----------GTC-ATGTTC----TCTC--GA--------TT-CTGA-CTC------CGTG-T--TTTGCTTCCAGGTGTT-TCTAGGACG-T-CCTCGCTT-TCTCTTCCC-----CT----GTGGGT--TCCA-AGTCAGGGC--CTG-TT-GTGTG
gi|29693 : TTC---A-TTTGGTCCTCTTC--AC-TCCT---T-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CC-A--CTACAG-----TT---G---CTC-TC--CATC---TCAATCTGT-TT--TGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TC----GCT--------------------TCAC-C-CC--A-GCTCTT--G-CCAATCGT-------C--TCC-AG-TTCC-T---TC--AAC-CTTG--TT-CTT--TTC------CAGC-T--G-----------TGAT-GA--GGTCA-T-CCTTGCTT-CCTTTGTCC-----TT----GGGGAT--TCCA-GTCTAGTGC--TTC-TC-TGGT
gi|29694 : TTAGTCCTCTTC--AC-ACCT---T-GTGG-AG--CATTAT-GG----G--TCACTA-----CA---GTTGCTC-TC--CATC-------TTTGT-TT--TGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TC--A-CTT-CA-C-C---C-CAGC----TCTT-G-CC--A-A----T--C-G------T-------C--TCC-AC-TTCT-T-TCAC--TGC-CTTG--CT-CTT--TTT------CAAC-T--G-----------TGAT-GA--AGTCT-T-CCTTGCTT-CCTTTGTCC-----TT----G-GGAT--TCCA-GTCTAGCAC--TTC-TC-TGGT
gi|29695 : TCCTTTAC--AC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GA-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC---A-----TAT-TC--TGG-GC---------------------------C--A-GCT-TT-G-T---T-AATG------AT-C-CCCAG-G----TCTG-C------TGCACGGCT--TTT-AT-CTTG-T-TCTC--AAC-C--G--CC-CTC--CTC------CATG-A--T------------GTTCTT--GGCCT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TT----CTGCGTAGTCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
gi|29696 : TCCTTTAC--AC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC--------CTAT-CC--TGG-GC---------------------------C--A-GCT-TT-G-T---T-AATG------AT-C-CCCAG-G----TCTG-C------TGCACAGCT--TTT-AT-TTCA-C-TCTC--AAC-C--G--TC-CTC--CTC------CATG----A-----------TGTTCTT--GGCTT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TTCTGCATGGGG--TCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TT
gi|29697 : -TCCT---G-GTGG--G--CAT-AGCGG-CT-G--CAACAA-----CA---C---CTCGCC--CAGC---GAACT--GT-TC--TGG-GCT------G-CT-----T--T--C-T-TT--A-GCT-GG-T-T---C-TATG----TCAT---TC--A-G----C--A-T------T-------C--TTT-GC-TTCG-A-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--TC----------TGTT-TTGGGGCCT---CCAATTTT-CTTTTTTCC------T----GTGGGT--TCCA-
gi|29698 : CCC---G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CTC-TC--CTGC--------TTAT-CC--TGG-GCC------A-GC-----T--T--C-G-TT--A-A-T-GA-TCT---C-CAGG----TC-T-G-CT--GCA----T--G-T------T-------T--TTT-AT-CTTG-T-TCTC--AAC-C--G--TC-CTT--CTC------CATGAT--G-----------TG-C-TT--AGCCT-C-CCTTTCTT-CCTCTTCCC-----TT----CTGGTG--TCCA-GTGCAGCGCTGTTG-TCATTGa
gi|29699 : TGG-AG--CAC-AG-GG-CCTG--CA-CAA-----TA---G---ACC-TC--CATT---GTCCTCTGT-CT--TGG-GCT------G-TT-----C----------C--A-G------G-T---T-CATG----TCAC--------------T--G-C------C-------C--TTG-AG-TTCT-G-CTTG--GAG-A--G--TT-CTT--CAC------CAAG-T---------------GTT-----GGCAG-G-CCTCTCTT-TCTTTTGCC-----CT----GTGGGT--TCCA-GTCCA
gi|29700 : G-AG--CAT-AG-GC-CA-T--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TGG-GCT------A-AT-----C--T--CAT-T-----GCTCCA-G-T---C-CAGT----TGAT-C-CC----T----T--G-T------T-------C--TTTAAT-CTCT-G-CCTC--AAT-------GT-CTTGCCTC------CA-G----C-----------TGTT--------CT-C-----TCTT-CCTCTTGCC-----CT----GCGGGT--TCCA-GGTCAGGGC--TTG-GC-GTGTG
gi|29701 : ACCCGGT-TC--TGG-GCT------G-TC-----C--T--C-T-TC--A-TCT-GC-C-C---C-CACG----TCAT-T-TC--G-GC---T--G-C--------------C--TTC-AA-CTAA-T-CATC--TAC-T--G--AT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGCT-TC--GGCCT-T-CCAA-CTT-TTTTTCCCC-----TT----GAGGAT--TCCA-GTTTAGTGC--CTG--C-TTG
gi|29702 : TT-AT-TTCG-C-TCTC--AAC-C--G--TC-CTT--CTC------CATG----A-----------TGTTCTT--GGCCT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TT----CTGGTG--TCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 11111111 1111111111 33333333333333333333333333333 1111 1111 1111111111111111
lowQualScore : 999 3 1 7777 2 11111 2 22 2 2 2 55 22 1 55555 66666666 2 22 22222222 1 1 22 1 555555 1 6666666666666 1 2222 9999999999 1 4444 777 33333333333333333333333333333 22 3 1 3333 666 2222 333 1 77 555555 9999999999999999 99999 444 555 4 1 55555 4444 55 2 1 1 55 33 2
lowQualScore : ... . . .... . ..... . .. . . . .. .. . ..... ........ . .. ........ . . .. . ...... . ............. . .... .......... . .... ... ............................. .. . . .... ... .... ... . .. ...... ................ ..... ... ... . . ..... .... .. . . . .. .. .
lowQualScore : 666 1 0 9999 4 99999 0 88 0 0 0 77 88 0 00000 88888888 0 88 66666666 3 9 66 9 555555 9 2222222222222 9 8888 3333333333 9 0000 111 44444444444444444444444444444 88 8 9 6666 222 8888 666 9 11 555555 8888888888888888 22222 222 666 2 0 33333 5555 00 1 0 0 99 44 5
consensus : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCN-T-TCTC--GAC-C--G--NT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
Reference ( family-784 ) : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCN-T-TCTC--GAC-C--G--NT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29681 : ACTTG---A-CTTATTCCTGTAA--AC-TCCT---A-GTGG-AG--AAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29682 : tgACTTG---A-CT-ATTCCTGTAA--AC-TCCT---A-GTGGGAG--AAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG--CT------G-TT-----CCTT--CAT-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT---CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTCG-GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----AT----GT-GGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29683 : tgACTTG---A-CTTATTCCTGTAG--AC-TCCT---A-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CA---C---CTC-GC--CAGT---GAACTCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----T--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-A----T--G-T------T-------C--TTT-AT-TTC----TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--C-----------TGTT-TT--GGCCT-CACCAACCTTGCCTTTTTCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGCT-TTGCTC-TTGTG
gi|29684 : tgACATG---AGCTTATTCCTGTTAGAACATCCTTA-A-GTGG-AG--CAT-AG-GGGCT-GTACAATCA-----CT---A---CTC-TC--CAGC---GA-CCCTGT-TT--TGG-GCTTGCAAGA-TT-----C--T--C-TATC--A-GTT-GGTG-T---CTCATG----TCAT-C-CC--G-G-------G-CA-----T-------CAATTT-AT-TTCTATATCTC--G-C-T--G--AT-CTT--TTTTCTACACATG-T--TC----------TGTT-TT--TTTCG-C-CCAACCTTACCTTTCTCCCGTTGTT----GTGG-T--TCCA-A-CCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29685 : tgacttACTTG---A-CCTATTCCTTTTA--AT-CCCT---A-GAGG-GG--CAC-AG-GG-CT-T--CCACAA-----CA---G---TCC-TC--CATC---TGGGTCGGT-CT--TTG-GCA------G-CT-----A--T--C-T-TT--G-CCT-CA-G-C---C-CATG----TCAG-T-T---G-GCA--T--G-C--------------C--TTC-AG-TTCA-G-CCTC--TAT----G--TTACGT--CTC------CATG-TGGT-----------TG---TT--GGTCTAC-CCCATCTT--CTTTTGCC-----TT----GCGGAT--TCCA-GTCTAACGC--GT--TC-TTG
gi|29686 : taACTT----A-CTTAGACCCATAG---C-CCTT---G-GTTG-AG--CAT-AG-GC-CA-T--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TGG-GCT------A-AT-----C--T--C-C-TT----GCTCCT-G-T---C-CAGT----TGAT-C-CC--
gi|29687 : tgacttACTTG---A-CTTATTTCCGTC---AC-TCCG---T-TTGG-AG--AAT-CG-GG-C-----CATTTA-----TAAGTC---CCC-TC--CA-CATTGA--TCTTT-CCATTGCCACT------G-TT-----C--TTGC-T-TC--A---T-G--------C-CATGAGGAGAAT-T-CC--A-G---------C------T-------C--TTTTCT-TTCC-C-TCTT--TAT-A--A--TC-CTT--CTC------CAGG-T--T-----------TCTT-TC--GGTCG-G-CCTCTTTT-CCTTTTTCC-----CT-----CGGGTG-TCCATGT-TAGGGC--TAG-TC-TTG
gi|29688 : tgACTTG---A-CTTATTCCTGTAA--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29689 : ACTTG---A-CTTAATCCCCTTT--AT-TCCT------TTG-AGGACAT-GG-GG-CT-G--CTACCA-----CA---C---TCC-TC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TCA-GAC------G-TC-----C--T--C-T-TC--A-GCT-CG-G-C---C-CATG----TC-T-T-CC--G-GC---C--G-C--------------C--TTG-GT-TTCA-----GC--GTC-C--GTACT-CTTGCCGC------CAGG-T--C-----------TGTC-TT--GGTCG-G-CCCACTTT-ACGCTTTCC-----CT----GGGGGT--TCCA-CTCAAGGG
gi|29690 : ACTTG---A-CTCATTCCCTTTG--GT-TCCA---T-GCGG-AA--CAT-AA-GG-CC-G--CAGCAA-----CA---G---TTC-TC--CAGC---GCA--CTGT-TT--TGG-GCT------G-CT-----A--T--T-T-TT--A-ACT-GG-----------TA----CCAG-CTCT--G-GT---T--G-CA-----TTG-----C--CGC-AT-TTCC-T-CTTC---ACAT--G--AT-CTT--TGT------CATG-T--T-----------TTCT-GT--GG
gi|29691 : ACTTGGG-A-CT-GTTTTTCTGT--AC-TTCTTCGG-GTGA-GG--TAT-AG-GG-CT-G--CAACTT-----CC---C---CAC-TCCGCAGA---GAACTA-GTGTC--T---GCT------GCTT-----T--T--C-T-TC--AGGCC-G--------T-CATG----TCAT-T-CC--T-G----C--GTT------T-------C--TTT-GC-TTCG-CGTCTCGGGAC-G--G--GT-CTG--TTT------CA
gi|29692 : ACTTGCCTA-CTTAGGCCTGTTG-----TTCT---GTGAGG-AA--CAT-AG-GT-CA-T--CAACAA-----CA---G---TCC-TC--CAGC---GAACACGGT-TC--TGG-GCT------G-CTAAGTGC--TTAN-T-TCTGG-GCT-GC-T-TTTGC-TGTT----TCTTGC-TA--G-G----T--G-G------T----------GTC-ATGTTC----TCTC--GA--------TT-CTGA-CTC------CGTG-T--TTTGCTTCCAGGTGTT-TCTAGGACG-T-CCTCGCTT-TCTCTTCCC-----CT----GTGGGT--TCCA-AGTCAGGGC--CTG-TT-GTGTG
gi|29693 : TTC---A-TTTGGTCCTCTTC--AC-TCCT---T-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CC-A--CTACAG-----TT---G---CTC-TC--CATC---TCAATCTGT-TT--TGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TC----GCT--------------------TCAC-C-CC--A-GCTCTT--G-CCAATCGT-------C--TCC-AG-TTCC-T---TC--AAC-CTTG--TT-CTT--TTC------CAGC-T--G-----------TGAT-GA--GGTCA-T-CCTTGCTT-CCTTTGTCC-----TT----GGGGAT--TCCA-GTCTAGTGC--TTC-TC-TGGT
gi|29694 : TTAGTCCTCTTC--AC-ACCT---T-GTGG-AG--CATTAT-GG----G--TCACTA-----CA---GTTGCTC-TC--CATC-------TTTGT-TT--TGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TC--A-CTT-CA-C-C---C-CAGC----TCTT-G-CC--A-A----T--C-G------T-------C--TCC-AC-TTCT-T-TCAC--TGC-CTTG--CT-CTT--TTT------CAAC-T--G-----------TGAT-GA--AGTCT-T-CCTTGCTT-CCTTTGTCC-----TT----G-GGAT--TCCA-GTCTAGCAC--TTC-TC-TGGT
gi|29695 : TCCTTTAC--AC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GA-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC---A-----TAT-TC--TGG-GC---------------------------C--A-GCT-TT-G-T---T-AATG------AT-C-CCCAG-G----TCTG-C------TGCACGGCT--TTT-AT-CTTG-T-TCTC--AAC-C--G--CC-CTC--CTC------CATG-A--T------------GTTCTT--GGCCT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TT----CTGCGTAGTCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
gi|29696 : TCCTTTAC--AC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC--------CTAT-CC--TGG-GC---------------------------C--A-GCT-TT-G-T---T-AATG------AT-C-CCCAG-G----TCTG-C------TGCACAGCT--TTT-AT-TTCA-C-TCTC--AAC-C--G--TC-CTC--CTC------CATG----A-----------TGTTCTT--GGCTT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TTCTGCATGGGG--TCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TT
gi|29697 : -TCCT---G-GTGG--G--CAT-AGCGG-CT-G--CAACAA-----CA---C---CTCGCC--CAGC---GAACT--GT-TC--TGG-GCT------G-CT-----T--T--C-T-TT--A-GCT-GG-T-T---C-TATG----TCAT---TC--A-G----C--A-T------T-------C--TTT-GC-TTCG-A-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--TC----------TGTT-TTGGGGCCT---CCAATTTT-CTTTTTTCC------T----GTGGGT--TCCA-
gi|29698 : CCC---G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CTC-TC--CTGC--------TTAT-CC--TGG-GCC------A-GC-----T--T--C-G-TT--A-A-T-GA-TCT---C-CAGG----TC-T-G-CT--GCA----T--G-T------T-------T--TTT-AT-CTTG-T-TCTC--AAC-C--G--TC-CTT--CTC------CATGAT--G-----------TG-C-TT--AGCCT-C-CCTTTCTT-CCTCTTCCC-----TT----CTGGTG--TCCA-GTGCAGCGCTGTTG-TCATTGa
gi|29699 : TGG-AG--CAC-AG-GG-CCTG--CA-CAA-----TA---G---ACC-TC--CATT---GTCCTCTGT-CT--TGG-GCT------G-TT-----C----------C--A-G------G-T---T-CATG----TCAC--------------T--G-C------C-------C--TTG-AG-TTCT-G-CTTG--GAG-A--G--TT-CTT--CAC------CAAG-T---------------GTT-----GGCAG-G-CCTCTCTT-TCTTTTGCC-----CT----GTGGGT--TCCA-GTCCA
gi|29700 : G-AG--CAT-AG-GC-CA-T--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TGG-GCT------A-AT-----C--T--CAT-T-----GCTCCA-G-T---C-CAGT----TGAT-C-CC----T----T--G-T------T-------C--TTTAAT-CTCT-G-CCTC--AAT-------GT-CTTGCCTC------CA-G----C-----------TGTT--------CT-C-----TCTT-CCTCTTGCC-----CT----GCGGGT--TCCA-GGTCAGGGC--TTG-GC-GTGTG
gi|29701 : ACCCGGT-TC--TGG-GCT------G-TC-----C--T--C-T-TC--A-TCT-GC-C-C---C-CACG----TCAT-T-TC--G-GC---T--G-C--------------C--TTC-AA-CTAA-T-CATC--TAC-T--G--AT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGCT-TC--GGCCT-T-CCAA-CTT-TTTTTCCCC-----TT----GAGGAT--TCCA-GTTTAGTGC--CTG--C-TTG
gi|29702 : TT-AT-TTCG-C-TCTC--AAC-C--G--TC-CTT--CTC------CATG----A-----------TGTTCTT--GGCCT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TT----CTGGTG--TCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
blockSeqs : CCT G G TAGA A TCGG G GA T C G CT TA C GTTTC AAGTC G CG ATTGAT T G AT C TGCAAG C AAGTGCTTAN A TGG GCTTTTG T AGGA CT CAGGTCTGCTGCACGGC AA T G TATA GGG CTT TAC A GC TCTACA TTTTGCTTCCAGG TCTA CA AAC G C CGTTG CTGC AG T C A TG GC A
blockSeqs : GG . G AA . TAA . . . . . T . C GTTTC AGTTG . . GAACC T . . . . . CCTTCA . AG GGTGT . . GC CAGGTCTGCTGCACAGC . A . GCG GG CTT A . GC . TGGT TTGG AC AAC A T . . G . C A T G .
blockSeqs : . . G AG . GT . . . . . T . C GTTTC CC . . GAACT T . . . . . CTTGC . A CCTGT . . C AGCTCTTGCCAATCGT . . . TT G AT A . A . TTC CTT C AAC . T . . . . C A . G .
blockSeqs : . . T TA . A . . . . . T . A . AC . . TGGGT G . . . . . CTCA . A GATCT . . C GGTTGCATTG . . . AG G T A . . . TTC CTT C CAT . G . . . . C C . G .
blockSeqs : . . A AG . A . . . . . T . A . TA . . GCACT G . . . . . TTC . A CCAGT . . T GGCATGC . . . CC T T T . . . ATG CTT G TCT . T . . . . C G . G .
blockSeqs : . . G AA . A . . . . . A . T . AG . . GAACC T . . . . . CTC . G GGGT . . C TGCGTTT . . . TT T T T . . . TT TT C AAC . C . . . . C A . G .
blockSeqs : . . G TT . G . . . . . T . C . AC . . GCACT T . . . . . ATC . A GGGT . . T GCATGTT . . . CT G A A . . . TC TT G CAC . T . . . . T G . C .
blockSeqs : . . C TG . T . . . . . T . C . AC . . GAACT G . . . . . CTC . A CAGC . . C GGTGCT . . . CT G T A . . . TT TT T TCG . C . . . . C G . C .
blockSeqs : . . T GT . G . . . . . C . A . AC . . GAACA T . . . . . CTC . A GGGT . . T GATGTT . . . TT G C G . . . TT TT T TTG . T . . . . C T . T .
blockSeqs : . . C TG . T . . . . . T . T . AG . . TCAAT G . . . . . CTC . A CGGC . . T GGGCAT . . . GT A G T . . . TC TC T TTG . T . . . . G C . T .
blockSeqs : . . G TC . T . . . . . A . A . CC . . GAACT T . . . . . ATT . A CACC . . C GGTGCT . . . AC T C T . . . TT TT C TCT . G . . . . G C . G .
blockSeqs : . . C TC . T . . . . . C . A . AG . . GTCCT T . . . . . TTC . A TTGT . . G GGCCGC . . . GA A C C . . . TG TT C TCT . G . . . . G C . G .
blockSeqs : C AC . G . . . . . A . T . TG . . GCACT T . . . . . CTT . A TTGT . . C GGTGGT . . . GT A T C . . . TG GT C AAT . T . . . . C C . G .
blockSeqs : T AC . G . . . . . A . A . TC . . GACC T . . . . . CTT . A GGTT . . C AATCGT . . . TG G C T . . . AT GA G TTT . C . . . . T G . T .
blockSeqs : T C . G . . . . . T . A . TC . . GCA T . . . . . TTC . A GCCC . . G AGCATT . . . TG A A A . . . TT GA C TCT . G . . . . T T . . .
blockSeqs : . G . . . . . A . A . AC . . T T . . . . . TTC . A GG . . C GGCTGC . . . AT G T T . . . A TT T TCT . G . . . . G C
blockSeqs : . . . . . . A . A . TC . . A G . . . . . CTC . A GT . . T TTGTT . . . GC A C T . . . T TC C AA . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . AG . . . G . . . . . C . . G . . . AGCT . . . A T . G . . . C . . T . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . AC . . . . . . . . . . . . G . . . TGCC . . . . A . A . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCN-T-TCTC--GAC-C--G--NT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
finalCons : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCN-T-TCTC--GAC-C--G--NT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 11111111 1111111111 33333333333333333333333333333 1111 1111 1111111111111111
lowQualScore : 999 3 1 7777 2 11111 2 22 2 2 2 55 22 1 55555 66666666 2 22 22222222 1 1 22 1 555555 1 6666666666666 1 2222 9999999999 1 4444 777 33333333333333333333333333333 22 3 1 3333 666 2222 333 1 77 555555 9999999999999999 99999 444 555 4 1 55555 4444 55 2 1 1 55 33 2
lowQualScore : ... . . .... . ..... . .. . . . .. .. . ..... ........ . .. ........ . . .. . ...... . ............. . .... .......... . .... ... ............................. .. . . .... ... .... ... . .. ...... ................ ..... ... ... . . ..... .... .. . . . .. .. .
lowQualScore : 666 1 0 9999 4 99999 0 88 0 0 0 77 88 0 00000 88888888 0 88 66666666 3 9 66 9 555555 9 2222222222222 9 8888 3333333333 9 0000 111 44444444444444444444444444444 88 8 9 6666 222 8888 666 9 11 555555 8888888888888888 22222 222 666 2 0 33333 5555 00 1 0 0 99 44 5
consensus : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCN-T-TCTC--GAC-C--G--NT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
Reference ( family-784 ) : ACTTG---A-CTTATTCCTNTNN--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CN-G--CAACNA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACTCTGT-TC--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCN-T-TCTC--GAC-C--G--NT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCNNTCTT-CCTTTTNCC-----TT----GTGGGT--TCCA-GTCCAGNGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29681 : ACTTG---A-CTTATTCCTGTAA--AC-TCCT---A-GTGG-AG--AAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29682 : tgACTTG---A-CT-ATTCCTGTAA--AC-TCCT---A-GTGGGAG--AAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CC---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG--CT------G-TT-----CCTT--CAT-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT---CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTCG-GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----AT----GT-GGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29683 : tgACTTG---A-CTTATTCCTGTAG--AC-TCCT---A-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CA---C---CTC-GC--CAGT---GAACTCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----T--T--C-T-TC--A-GCT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-A----T--G-T------T-------C--TTT-AT-TTC----TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--C-----------TGTT-TT--GGCCT-CACCAACCTTGCCTTTTTCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGCT-TTGCTC-TTGTG
gi|29684 : tgACATG---AGCTTATTCCTGTTAGAACATCCTTA-A-GTGG-AG--CAT-AG-GGGCT-GTACAATCA-----CT---A---CTC-TC--CAGC---GA-CCCTGT-TT--TGG-GCTTGCAAGA-TT-----C--T--C-TATC--A-GTT-GGTG-T---CTCATG----TCAT-C-CC--G-G-------G-CA-----T-------CAATTT-AT-TTCTATATCTC--G-C-T--G--AT-CTT--TTTTCTACACATG-T--TC----------TGTT-TT--TTTCG-C-CCAACCTTACCTTTCTCCCGTTGTT----GTGG-T--TCCA-A-CCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29685 : tgacttACTTG---A-CCTATTCCTTTTA--AT-CCCT---A-GAGG-GG--CAC-AG-GG-CT-T--CCACAA-----CA---G---TCC-TC--CATC---TGGGTCGGT-CT--TTG-GCA------G-CT-----A--T--C-T-TT--G-CCT-CA-G-C---C-CATG----TCAG-T-T---G-GCA--T--G-C--------------C--TTC-AG-TTCA-G-CCTC--TAT----G--TTACGT--CTC------CATG-TGGT-----------TG---TT--GGTCTAC-CCCATCTT--CTTTTGCC-----TT----GCGGAT--TCCA-GTCTAACGC--GT--TC-TTG
gi|29686 : taACTT----A-CTTAGACCCATAG---C-CCTT---G-GTTG-AG--CAT-AG-GC-CA-T--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TGG-GCT------A-AT-----C--T--C-C-TT----GCTCCT-G-T---C-CAGT----TGAT-C-CC--
gi|29687 : tgacttACTTG---A-CTTATTTCCGTC---AC-TCCG---T-TTGG-AG--AAT-CG-GG-C-----CATTTA-----TAAGTC---CCC-TC--CA-CATTGA--TCTTT-CCATTGCCACT------G-TT-----C--TTGC-T-TC--A---T-G--------C-CATGAGGAGAAT-T-CC--A-G---------C------T-------C--TTTTCT-TTCC-C-TCTT--TAT-A--A--TC-CTT--CTC------CAGG-T--T-----------TCTT-TC--GGTCG-G-CCTCTTTT-CCTTTTTCC-----CT-----CGGGTG-TCCATGT-TAGGGC--TAG-TC-TTG
gi|29688 : tgACTTG---A-CTTATTCCTGTAA--AC-TCCT---G-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CT-G--CAACCA-----CA---C---CTC-TC--CAGC---GAACCCTGT-TT--TGG-GCT------G-TT-----C--T--C-T-TC--A-GTT-GG-G-T---C-CATG----TCAT-C-CC--G-G----T--G-C------T-------C--TTT-AT-TTCT-T-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--T-----------TGTT-TT--GGCCT-C-CCAACCTT-CCTTTTCCC-----TT----GTGGGT--TCCA-ATCCAGAGC--TTG-TC-TTGTG
gi|29689 : ACTTG---A-CTTAATCCCCTTT--AT-TCCT------TTG-AGGACAT-GG-GG-CT-G--CTACCA-----CA---C---TCC-TC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TCA-GAC------G-TC-----C--T--C-T-TC--A-GCT-CG-G-C---C-CATG----TC-T-T-CC--G-GC---C--G-C--------------C--TTG-GT-TTCA-----GC--GTC-C--GTACT-CTTGCCGC------CAGG-T--C-----------TGTC-TT--GGTCG-G-CCCACTTT-ACGCTTTCC-----CT----GGGGGT--TCCA-CTCAAGGG
gi|29690 : ACTTG---A-CTCATTCCCTTTG--GT-TCCA---T-GCGG-AA--CAT-AA-GG-CC-G--CAGCAA-----CA---G---TTC-TC--CAGC---GCA--CTGT-TT--TGG-GCT------G-CT-----A--T--T-T-TT--A-ACT-GG-----------TA----CCAG-CTCT--G-GT---T--G-CA-----TTG-----C--CGC-AT-TTCC-T-CTTC---ACAT--G--AT-CTT--TGT------CATG-T--T-----------TTCT-GT--GG
gi|29691 : ACTTGGG-A-CT-GTTTTTCTGT--AC-TTCTTCGG-GTGA-GG--TAT-AG-GG-CT-G--CAACTT-----CC---C---CAC-TCCGCAGA---GAACTA-GTGTC--T---GCT------GCTT-----T--T--C-T-TC--AGGCC-G--------T-CATG----TCAT-T-CC--T-G----C--GTT------T-------C--TTT-GC-TTCG-CGTCTCGGGAC-G--G--GT-CTG--TTT------CA
gi|29692 : ACTTGCCTA-CTTAGGCCTGTTG-----TTCT---GTGAGG-AA--CAT-AG-GT-CA-T--CAACAA-----CA---G---TCC-TC--CAGC---GAACACGGT-TC--TGG-GCT------G-CTAAGTGC--TTAN-T-TCTGG-GCT-GC-T-TTTGC-TGTT----TCTTGC-TA--G-G----T--G-G------T----------GTC-ATGTTC----TCTC--GA--------TT-CTGA-CTC------CGTG-T--TTTGCTTCCAGGTGTT-TCTAGGACG-T-CCTCGCTT-TCTCTTCCC-----CT----GTGGGT--TCCA-AGTCAGGGC--CTG-TT-GTGTG
gi|29693 : TTC---A-TTTGGTCCTCTTC--AC-TCCT---T-GTGG-AG--CAT-AG-GG-CC-A--CTACAG-----TT---G---CTC-TC--CATC---TCAATCTGT-TT--TGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TC----GCT--------------------TCAC-C-CC--A-GCTCTT--G-CCAATCGT-------C--TCC-AG-TTCC-T---TC--AAC-CTTG--TT-CTT--TTC------CAGC-T--G-----------TGAT-GA--GGTCA-T-CCTTGCTT-CCTTTGTCC-----TT----GGGGAT--TCCA-GTCTAGTGC--TTC-TC-TGGT
gi|29694 : TTAGTCCTCTTC--AC-ACCT---T-GTGG-AG--CATTAT-GG----G--TCACTA-----CA---GTTGCTC-TC--CATC-------TTTGT-TT--TGG-GCC------G-TT-----C--T--T-T-TC--A-CTT-CA-C-C---C-CAGC----TCTT-G-CC--A-A----T--C-G------T-------C--TCC-AC-TTCT-T-TCAC--TGC-CTTG--CT-CTT--TTT------CAAC-T--G-----------TGAT-GA--AGTCT-T-CCTTGCTT-CCTTTGTCC-----TT----G-GGAT--TCCA-GTCTAGCAC--TTC-TC-TGGT
gi|29695 : TCCTTTAC--AC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GA-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC---A-----TAT-TC--TGG-GC---------------------------C--A-GCT-TT-G-T---T-AATG------AT-C-CCCAG-G----TCTG-C------TGCACGGCT--TTT-AT-CTTG-T-TCTC--AAC-C--G--CC-CTC--CTC------CATG-A--T------------GTTCTT--GGCCT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TT----CTGCGTAGTCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT
gi|29696 : TCCTTTAC--AC-CC-----G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CAC-TC--CTGC--------CTAT-CC--TGG-GC---------------------------C--A-GCT-TT-G-T---T-AATG------AT-C-CCCAG-G----TCTG-C------TGCACAGCT--TTT-AT-TTCA-C-TCTC--AAC-C--G--TC-CTC--CTC------CATG----A-----------TGTTCTT--GGCTT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TTCTGCATGGGG--TCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TT
gi|29697 : -TCCT---G-GTGG--G--CAT-AGCGG-CT-G--CAACAA-----CA---C---CTCGCC--CAGC---GAACT--GT-TC--TGG-GCT------G-CT-----T--T--C-T-TT--A-GCT-GG-T-T---C-TATG----TCAT---TC--A-G----C--A-T------T-------C--TTT-GC-TTCG-A-TCTC--GAC-T--G--AT-CTT--TTC------CATG-T--TC----------TGTT-TTGGGGCCT---CCAATTTT-CTTTTTTCC------T----GTGGGT--TCCA-
gi|29698 : CCC---G-GTGG-TG--TGT-AG-GG-CA-G--CAACAAGTTTCCT---C---CTC-TC--CTGC--------TTAT-CC--TGG-GCC------A-GC-----T--T--C-G-TT--A-A-T-GA-TCT---C-CAGG----TC-T-G-CT--GCA----T--G-T------T-------T--TTT-AT-CTTG-T-TCTC--AAC-C--G--TC-CTT--CTC------CATGAT--G-----------TG-C-TT--AGCCT-C-CCTTTCTT-CCTCTTCCC-----TT----CTGGTG--TCCA-GTGCAGCGCTGTTG-TCATTGa
gi|29699 : TGG-AG--CAC-AG-GG-CCTG--CA-CAA-----TA---G---ACC-TC--CATT---GTCCTCTGT-CT--TGG-GCT------G-TT-----C----------C--A-G------G-T---T-CATG----TCAC--------------T--G-C------C-------C--TTG-AG-TTCT-G-CTTG--GAG-A--G--TT-CTT--CAC------CAAG-T---------------GTT-----GGCAG-G-CCTCTCTT-TCTTTTGCC-----CT----GTGGGT--TCCA-GTCCA
gi|29700 : G-AG--CAT-AG-GC-CA-T--CGACAA-----CA---C---CTC-GC--CAGC---GCACTCGGT-TC--TGG-GCT------A-AT-----C--T--CAT-T-----GCTCCA-G-T---C-CAGT----TGAT-C-CC----T----T--G-T------T-------C--TTTAAT-CTCT-G-CCTC--AAT-------GT-CTTGCCTC------CA-G----C-----------TGTT--------CT-C-----TCTT-CCTCTTGCC-----CT----GCGGGT--TCCA-GGTCAGGGC--TTG-GC-GTGTG
gi|29701 : ACCCGGT-TC--TGG-GCT------G-TC-----C--T--C-T-TC--A-TCT-GC-C-C---C-CACG----TCAT-T-TC--G-GC---T--G-C--------------C--TTC-AA-CTAA-T-CATC--TAC-T--G--AT-CTT--CTC------CATG-T--T-----------TGCT-TC--GGCCT-T-CCAA-CTT-TTTTTCCCC-----TT----GAGGAT--TCCA-GTTTAGTGC--CTG--C-TTG
gi|29702 : TT-AT-TTCG-C-TCTC--AAC-C--G--TC-CTT--CTC------CATG----A-----------TGTTCTT--GGCCT-C-CCTCTCTT-CCTCTTGCC-----TT----CTGGTG--TCCA-GTGCAGCGC--TGT-TC-TTGT