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lowQualScore                  :         2 11111    4  6    333   22 0   222 11     44 000  1  44 1 2 8  1111   11 1 5   33 44 1 1 333  1 333 2  11  2 44   2 444 2   11 33   2222 2 4444 2    2   33  2 5   8888888       2   111 5   5  2    2    2  33    2222222 777 2 2   8      66   3 6      2222222222222222222 3 3  3 3 88888          
lowQualScore                  :         . .....    .  .    ...   .. .   ... ..     .. ...  .  .. . . .  ....   .. . .   .. .. . . ...  . ... .  ..  . ..   . ... .   .. ..   .... . .... .    .   ..  . .   .......       .   ... .   .  .    .    .  ..    ....... ... . .   .      ..   . .      ................... . .  . . .....          
lowQualScore                  :         7 33333    7  7    333   00 7   000 66     33 111  2  00 2 4 6  1111   44 2 0   00 99 2 2 444  2 444 4  11  5 22   5 666 5   77 00   7777 1 5555 1    5   44  5 3   7777777       7   999 3   3  7    7    7  77    6666666 333 7 7   3      77   1 2      4444444444444444444 1 1  1 1 33333          
consensus                     : AGTATGAA-C---G-TGGC-CG-GTCG---TGG--TCGAC---C--ACGAC--CG--CG-CT--A-C-GTAA-T-NTTTG-A-A-CAT--G-TT-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGC-GAG-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TAG-T-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AG--CGCA---G--GG---C-G-GTCGGGTACT-ATCG-T-ATTGAGGNC--GT-G--GC-GCAGNC-G-TA-C-T-----AAAATCGTCC
Reference ( gi|10447 )        : AGTATGAA-C---A-TGGC-TG-GTCG---TGG--TTGAC---C--ACGAC--CG--CG-CT--A-C-GTAA-T-TTTTT-A-A-CAT--G-CT-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGT-GAG-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TAG-C-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AG--CGCA---G--AG---C-G-GTCGGGTACT-TTCG-T-ATTGAGAAC--GT-G--AT-ACATGC-G-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10445                      : AGTATGAA-C---G-TGGC-TG-GTCG---TGG--TCGAC---C--ACGCC--CG--CG-CT--A-C-GTAAAT-GGTTG-A-A-CAT--G-TT-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGT-GAA-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TAG-T-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AG--CGCA---G--AG---C-G-GTCGGTTGCT-ATCG-T-ATTGAGGTC--GT-G--GC-ACAGTC-G-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10446                      : AGTATG---C---AGTGGC-TG-GTCG---TGG--TCGAC---C--ACGACG-CG---G-CT--A-C-GTAA-A-TTTTG-A-A-CAT--A-TT-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGTGGAA-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TAG-T-GAAGG-TC-GTGG-GAAG-AG--CGCA---G--CG---C-G-GTC-GGTACT-ATCG-T-ATTGAGGTC--GT-G--GC-ACAGTC-G-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10448                      : AGTATGAA-C---G-TGGT-TG-GTCG---TGG--TCGAC---C--CCGAC--CG--CG-CTT-A-CAGTAA-T-ATTTG-A-A-CAT----TT-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGT-GAA-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT--------GCAGCG-TAG-T-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AG--CGCA---G--CG---C-G-GTCGGGTACT-ACGG-TAATTGAGGTCGAGT-G--GCAACAGTC-G-TA-CTT-----AAAATCGTC
gi|10450                      : AGTATGAA-C---G-TGG--TG-GTTG----GG--ATGAC---C--ACGAC--C---CG-CT--ACC-GTAA-A-TTTTG-A-A-CAT--GTTT-C-A---AA-A---C-TT--CG-T--AGT-GAA-G-TCG--T--GGT----GAA----A-AAAA-GAG--CG-T-ATG-------AGCAGCG-TAG-T-GCAGGTTC-GTGGCGAAG-AG--CGCAGCCG--GG---G-G-GTC-GGTACT-ATCG-T-ATTGAGGTC---T-G--GC-ACA-GC-G--A-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10449                      : AGTATGAA-C---G-TGGC-CCTGTCG---TGG--C-GAC---C--ACGGT--CG--CG-CT--A-C-GTTA-A-ATTTG-A-A-CA---G-TT-C-A---AA-AA--CATT--CG-TCAAGT-GA--A-TCG--TC-GGT----C-A----A-AAAA-GAG--CG-TAACT-------GGCAGCG-TAG-TGG-AGGTTC-GTGG-GAAG-AG--CGCA---G--GGC--C-A-GTCTGGTACT-ATCG-T-ATTGAAGTC--GT-G---C-ACAGTC-G-TA-C-T-----AAAATTGTCC
gi|10451                      : AGTATGAATC---G-TGGC-TG-GTCG---TG---TCGAC---C--ACGAC--CG--CG-CT----C-GTAA-G-ATTG--A-A-CCCCAG-CT-C-AC--AATA---CATT--CG-----AT-GAA-G--CG--T--GGA----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-AC--------GGCAGCG-TAGTT-T-AGG-TT--TGG-GAAGTAG--CGCA---A--CGTGCC-G-GTC--GTACTATTCGCT-A-TGAG-TC--GT-GTCAT--CAGTC-GTTATC-G-----AAAATCGTCC
gi|10452                      : AGTATGAA-C---G-TGGC-TG-GTCG---TGG--TTGAC---C--A
gi|10453                      :  GTATGAA-C---G-TTGC-TG-GTCG---TGG--TGGAC---G--ACGGC--CA--CG-CC--A-C-GTAA-A-AATTT-A-A-CAT--G-TA-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGT-GAG-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAGA-GAT--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TAA-T-G-AGG-TC-ATGT-CGAG-TA--CANA---A--AG---A-G-ATC--GTACT-
gi|10454                      :  GTATGAA-C---G-TGGC-TG-----------------C---C--ACGAT--C----------A-C-GTAA-A-TTG---A-A-CATA-G-CT-CCA---AA-A---C-TT--CG-TT-AGT-GAG-G-CCA--T--GGT----G-A----A-AAAA-GTA--CT-T--CT-------GGCAGC--TA--------------TGT-GAAG-AAACCGCA---G---G---CGG-GTAGGGCAC-------T-GTTGCGAAC--TTCG--AT-GTG-GCGG-TA-C-TTTTAAAAAATCGTTCggcagcgtaatgaggtcgtaggaagagcacagggatgtcgagtacaatcgtattgagaacgtggcacaggcgtactaaaatcgtcc
gi|10455                      :   TATGAA-C---G-TGGC-TG-GTTG---TGG--TTGAC---C--ACGAC--C----------A-T-ATA----TTTTG-A-A-CAT--G-CT-T-A---GA-A---CATT--CG-T--AGT-GAG-G-TCG--T--GGT----G-A----T-AAAA-GAG--CA-T-GAT-------GGCAGCG-TAG-T-G-AAG-TC-GTGG-GAAG-AG--CGCA---G--GG---C-G-GTCGGGTATT-ATCG-T-ATTGAGAAC--AT-G--GT-GAAGGC-G-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10456                      :   TATGAA-T---G-TGGC-TG-GTCG---TGGCTTCGAC---C--AT-AC--CG--CG-CTC-A-C-GTAA-A-TTTTG-A-ACCAT--C-GT-C-A---AA-AAAGCATTTGTG-T--AGC-GAGCGTTCG--TTGGGTTGGAG-A----A-ACAA-GAG--CG-
gi|10457                      :    ATGGA-CGGAA-TGGT-CGAGTCGACGTGG--TCGACAGACGAACAAC--CG--CG-CT--A-C-GGGA-C-CGTTC-G-G-C------CT-C-ACGTAA-A------T--TG-G--AAT-G-----TCGGGT--GGT----G-G----G-AAAA--AG--AA-T-ACT-------G-CAGCGGTAG-T-G-AG--TC-GTGG-GAAG-AA--CGCA------AG---C-GCGTC-GGTAC--ATCA-C-ATTGAAGGC--G--G--GC-ACAGTC-G-TA-C-
gi|10445                      :        A-C---G-TAGCGCG-GGCG---TGG--TCGAC---C--ACGAC--CA---G-CC--A-C-GT
gi|10446                      : agtatgaA-C---G-TAGC-CGCGTCG---TGG--TCGAC---C--ACGAC--CAGCCA-CT--G-C-ATAaaatggttgaacatgttcaaaacattcgtagtgaagtcgtggtgaaaaaagagcgtactggcagcgtagtgaggtcgtgggaagagcgcagagcggtcggttgctatcgtattgaggtcgtggcacagtcgtactaaaatcgtcc
gi|10459                      :      agA-C---G-TAGCGCG-GTCG---TGG--TCGAC---C--ACGAC--Caaattttgaacatattcaaaacattcgtagtggaagtcgtggtgaaaaaagagcgtactggcagcgtagtgaaggtcgtgggaagagcgcagcgcggtcggtactatcgtattgaggtcgtggcacagtcgtactaaaatcgtcc
gi|10459                      :                 ctC-TG-GTCG---TGG--TCGAC---C--ACGAC--CG--CG-CT--A-C-GTAA-A-GTTTG-A-A-CAT--G-CT-T-A---AA-A---CATT--CA-T--AGT-GA-----TG--T--GGT------A----A-AACA-GAG--CG-T-ATT-------GGCAACT-TAG-T-G-TAG-TC-GTGG-GAAA-AG--CGGT---G--GG---C-G-GTCGGATACT-CTCG-T-ATTGAGAAC--CT-G--GT-ACAGGC-C-TA-C-T-----AGAATCGTCaaagtttgaacatgcttaaaacattcatagtgatgtggtaaaacagagcgtattggcaacttagtgtagtcgtgggaaaagcggtgggcggtcggatactctcgtattgagaacctggtacaggcctactagaatcgtc
gi|10455                      :                    -TG-GTCG---TGG--TCAAC---C--ACAAC--CA---G-CC--A-C-GT
gi|10458                      :                 tatgaG-GTCT---TTT--TTCAC---A--ACAAC--AT--TG-CT--A-C-G-AC-T-GTTTT-G-ATCAT--A-TT-C-A---AA-A---TTTA--CG-T--AGC-GCG-G-TCG--T--GGT----C-A----A-tatattttgaacatgcttagaacattcgtagtgaggtcgtggtgataaaagagcatgatggcagcgtagtgaagtcgtgggaagagcgcagggcggtcgggtattatcgtattgagaacatggtgaaggcgtactaaaatcgtcc
gi|10458                      :   tgaaggtcgcggtgtgaacgtggCG---TGG--TTGAC---C--ACGAC--CG--CG-CT--A-C-GTAA-A-TTTTG-A-A-TAT--G-AT-C-A---AA-A---CAGT--CG-T--AGC-AAT-G-TTG--T--TGT----G-A----A-AAAA-GAC--CG-T-ACT-------A--AGCG-TAA-T-G-AGG-TC-GTTG-GAAG-AG--CGCA---G--GG---T-G-ATCGGGTACT-GTCG-T-ATTGAGAAT--AT-A--GT-GAAGGA-A-TA-C-T-----AAAATCGTCCgtactaagcgtaatgaggtcgttggaagagcgcagggtgatcgggtactgtcgtattgagaatatagtgaaggaatactaaaatcgtcc
gi|10459                      :          tgaaggtcgcggtgtgaa---TGT--TTTAC---C--AC-AT--CA--C---T--A-T-G-AA-T-GTTTT-A-AGCAT--G-TT-C-A---AA-----CTTTA-CG-T--AGC-GCG-G-TCG--T--GGT----
gi|10465                      :               ctggtcgtggtcg---TGT--TTCAC---C--ACGAC--TT--CA-CT--G-C-G-AA-T-GTTTG-A-G-CAT--G-TT-C-A---AA-A---Cgagcgtattggcaacttagtgtagtcgtgggaaaagcggtgggcggtcggatactctcgtattgagaacctggtacaggcctactagaatcgtc
gi|10445                      :                               taa--TTCAC---C--ACGAC--TT--CA-CT--A-C-G-AA-TGTTTTG-A-A-CAT--G-TT-C-----AA-C---CATTTACG-T--AGC-GCG-G-GCG--T--GGT----agcgtactgcggacaggcgaggtagtgaggtcggtggcaagagcgccactagtggtcgg
gi|10446                      :        agtatgaacgtggctggtcgtggtcg--TTCAC---C--ACGACTTC---CA-CT--A-C-G-AA-T-GTTTTGA-A-TAT--G-TT-C-A---AA-A---TTTA--CG-T--AGC-CGC-G-TCG--T--GGT----aaaagagcgtactggcagcgtagtgaggtcgtgggaagagcgcagagcggtcggttgctatcgtattgaggtcgtggcacagtcgtactaaaatcgtcc
gi|10448                      :         agtatgcagtggctggtcgtggtcg--TTCAC---C--ACGAC--TT--CA-CT--A-C-G-AA-T-GTTTT-G-A-AAT--G-TT-C-----AA-A---TATTACTG-TA-AGC-GCG-G-TCG--G--GGT----aaaagagcgtactggcagcgtagtgaaggtcgtgggaagagcgcagcgcggtcggtactatcgtattgaggtcgtggcacagtcgtactaaaatcgtcc
gi|10450                      :        agtatgaacgtggttggtcgtggtcg--TTCAC---C--ACGAC--TT--CA-CT--A-C-GAAG-T-TTTGA-A-A-CAT--G-TT-C-A---AA-A---TTTA--CGGT--AGC-G-G-G-TCG--T--GGT----aaaagagcgtactgcagcgtagtgaggtcgtgggaagagcgcagcgcggtcgggtactacggtaattgaggtcgagtggcaacagtcgtacttaaaatcgtc
gi|10453                      :          agtatgaacgtggtggttgggatg--TTCAC---C--ACGAC--CT--CA-CT--A-C-G-AA-T-GTTTT-GTA-CAT--G-TT-------AA-A---TTTTTACG-T--GGC-GTG-G-CCG--T--CGT----aaaaagagcgtatgagcagcgtagtgcaggttcgtggcgaagagcgcagccggggggtcggtactatcgtattgaggtctggcacagcgactaaaatcgtcc
gi|10462                      :         gtatgaacgttgctggtcgtggtgg--TTGAC---C--ACGAC--CG--CG-CT--A-C-GTAA-T-TTTTT-A-A-CAT--G-CT-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGT-GAG-G-TCG--T--GGT----aagagatcgtactggcagcgtaatgaggtcatgtcgagtacanaaagagatcgtactggcagcgtaatgaggtcgtaggaagagcacagggatgtcgagtacaatcgtattgagaacgtggcacaggcgtactaaaatcgtcc
gi|10455                      :                                       AC---C--ACGAC--CT--CA-CT--A-C-G-AA-T-GTTCT-A-AGCAT--G-TT-C-A---AA-A---TAT----A-T--------G-G-TCG--T--GGT----C-A----A-
gi|10462                      :                  tatgaacgtggctggttgtggAC---C--ACGAC--CT--CA-CT--A-C-G-AA-TGTTTTG-A-G-CAT--G--T-T-A---AA-A---AATTA-CG-T--AGC-GCG-G-TCG--T--GGT----C-A----A-gataaaagagcatgatggcagcgtagtgaagtcgtgggaagagcgcagggcggtcgggtattatcgtattgagaacatggtgaaggcgtactaaaatcgtcc
gi|10460                      :                                       AC---C--ACGCC--CG--CG-CT--A-C-GTAAAT-GGTTG-A-A-CAT--G-TT-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGT-GAA-G-TCG--T--GGT----
gi|10460                      :                                       AC---C--ACGAC--TT--CA-CT--A-C-G-AA-TGTTTTG-A-A-CAT--G-TT-C-----AA-C---CATTTACG-T--AGC-GCG-G-GCG--T--GGT----
gi|10461                      :                                       AC---C--ACGAC---G--CGGCT--A-C-GTAA-A-TTTTG-A-A-CAT--A-TT-C-A---AA-A---CATT--CG-T--AGTGGAA-G-TCG--T--GGT----
gi|10461                      :                                       AC---C--ACGACTTC---CA-CT--A-C-G-AA-T-GTTTTGA-A-TAT--G-TT-C-A---AA-A---TTTA--CG-T--AGC-CGC-G-TCG--T--GGT----
gi|10463                      :                                       AC---C--ACGAC--C---CG-CT--A-CCGTAA-A-TTTTG-A-A-CAT--G-TTTC-A---AA-A---C-TT--CG-T--AGT-GAA-G-TCG--T--GGT----
gi|10463                      :                                       AC---C--ACGAC--TT--CA-CT--A-C-GAAG-T-TTTGA-A-A-CAT--G-TT-C-A---AA-A---TTTA--CGGT--AGC-G-G-G-TCG--T--GGT----
gi|10464                      :                                                  AC--CG--CG-CTGGA-C-GTG--T-TTTTG-A-T-CAT--G-CT-------GA-A---CATT--CG-T--AGT-GAG-GGTCG--T--GG-----G-A----ATAAAATGAA--TGGTGACT-------GGCAG-G-TAG-T-G-GCG-TC-GTGG--AAG-AA--CGCA---C--GG---C-G-GTCGGGTA-T-ATCG-TAAGTGAG-TC--G--G--GG-ACAGTC-G-TA-C-T------TAATCGTCC
gi|10465                      :                                                                      TAA-G-TTTTG-A-A-CAT--G-CT-C-A---AA-----CATT--CG-C--AGT-GAA-G-TCG--T--GGT----G-A----A-ACA---AG--CG-T-ACTGCGGACAGGCGAGG-TAG-T-G-AGG-TCGGTGG-CAAG-AG--CGCC---ACTAG---T-G-GTCGG
gi|10453                      :                                                                                                                 --CG-T--AAT-GAG-G-TCA--T--GTC----G-AGTACA-NAAA-GAGATCG-T-ACT-------GGCAGCG-TAA-T-G-AGG-TC-GTAG-GAAG-AG--CACA---G--GG---A-T-GTCGAGTACA-ATCG-T-ATTGAGAAC--GT-G--GC-ACAGGC-G-TA-C-T-----AAAATCGTCC

Unaligned ( gi|10466 ): GCGTAGTAGCACCGTAGTGAGAACGTAGAACGATCGCATAGATCGTAGTGGTGTCGTAATGATGTCATGGATGGTCGTGATATAATCGT

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Reference ( family-782 )      :                                                                                                          AGTATGAA-CG---TGG-CCG-GT-----CG---TGG--TCGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAA-TN-TTTGAA-C--AT--G--TT-C-A-AA-A---CATT--CG-T--AGC-G-AG-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TA-G-T-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AGCGCA---G---GG-CG-GTCG-GGTACT---A-TCG-T-ATTGAG----GNC--GTGGC-G-CAGNCG-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10445                      :                                                                                                          AGTATGAA-CG---TGG-CTG-GT-----CG---TGG--TCGAC---C--ACGCC-CGCGCT--AC-GTAAATG-GTTGAA-C--AT--G--TT-C-A-AA-A---CATT--CG-T--AGT-G-AA-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TA-G-T-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AGCGCA---G---AG-CG-GTCG-GTTGCT---A-TCG-T-ATTGAG----GTC--GTGGC-A-CAGTCG-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10446                      :                                                                                                          AGTATGCA--G---TGG-CTG-GT-----CG---TGG--TCGAC---C--ACGACGCG-GCT--AC-GTAA-AT-TTTGAA-C--AT--A--TT-C-A-AA-A---CATT--CG-T--AGT-GGAA-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TA-G-T-GAAGG-TC-GTGG-GAAG-AGCGCA---G---CG-CG-GTC--GGTACT---A-TCG-T-ATTGAG----GTC--GTGGC-A-CAGTCG-TA-C-T-----AAAATCGTCC
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gi|10454                      : gtatgaacgttgctggtcgtggtggacgacggccacgccacgtaaaaatttaacatgtacaaaacattcgtagtgaggtcgtggtgaaaagagatcgtactggcagGTATGAA-CG---TGG-CTG----------------------C---C--ACGAT-C-------AC-GTAA----ATTGAA-C--AT--AGCTC-C-A-AA-A---C-TT--CGTT--AGT-G-AG-G-CCA--T--GGT----G-A----A-AAAA-GTA--CT-T--CT-------GGCAGC--TATG-T-G-AAG-----------AA-ACCGCA---G---GC-GG-GTAG-GGCACT---G-TTG-----CGAACTTCGAT--GTGGC-G------G-TA-C-TTTTAAAAAATCGTTC
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gi|10456                      :                                                                                                            TATGAA-TG---TGG-CTG-GT-----CG---TGGCTTCGAC---C--AT-AC-CGCGCTC-AC-GTAA-AT-TTTGAACC--AT--C--GT-C-A-AA-AAAGCATTTGTG-T--AGC-G-AGCGTTCG--TTGGGTTGGAG-A----A-ACAA-GAG--CG-
gi|10457                      :                                                                                                             ATGGA-CGGAATGG-TCGAGT-----CGACGTGG--TCGACAGACGAACAAC-CGCGCT--AC-GGGA-CCGTTCGGC-CTCAC--G--T-------A-A----ATT--GG--------A-AT-G-TCGGGT--GGT----G-G----G-AAAA--AG--AA-T-ACT-------G-CAGCGGTA-G-T-G-AG--TC-GTGG-GAAG-AACGCA-------AG-CGCGTC--GGTAC----A-TCA-C-ATTGAA----GGC--G-GGC-A-CAGTCG-TA-C-
gi|10458                      :                                                                                                              TGAA-GG---TCG-C-G-GTGTGAACG---TGG--TTGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAA-AT-TTTGAA-T--AT--G--AT-C-A-AA-A---CAGT--CG-T--AGC-A-AT-G-TTG--T--TGT----G-A----A-AAAA-GAC--CG-T-ACT-------A--AGCG-TA-A-T-G-AGG-TC-GTTG-GAAG-AGCGCA---G---GG-TG-ATCG-GGTACT---G-TCG-T-ATTGAG----AAT--ATAGT-G-AAGGAA-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10459                      :                                                                                                                           -CTG-GT-----CG---TGG--TCGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAA-AG-TTTGAA-C--AT--G--CT-T-A-AA-A---CATT--CA-T--AGT-G-A-----TG--T--GGT------A----A-AACA-GAG--CG-T-ATT-------GGCAACT-TA-G-T-G-TAG-TC-GTGG-GAAA-AGCGGT---G---GG-CG-GTCG-GATACT---C-TCG-T-ATTGAG----AAC--CTGGT-A-CAGGCC-TA-C-T-----AGAATCGTC
gi|10460                      :                                                                                                                                                    AC---C--ACGCC-CGCGCT--AC-GTAAATG-GTTGAA-C--AT--G--TT-C-A-AA-A---CATT--CG-T--AGT-G-AA-G-TCG--T--GGT----
gi|10461                      :                                                                                                                                                    AC---C--ACGACGCG-GCT--AC-GTAA-AT-TTTGAA-C--AT--A--TT-C-A-AA-A---CATT--CG-T--AGTGG-AA-G-TCG--T--GGT----
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Reference ( family-782 )      :                                                                                                          AGTATGAA-CG---TGG-CTG-GT-----CG---TGG--TCGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAANT-T-TTGAA-C--AT--G--TT-C-A-AA-A---CATT--CG-T--AGT-G--AG-G-TCGT--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TA-G-T-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AGCGCA---G---GG-CG-GTCG-GGTACT---A-TCG-T-ATTGAG----GNC--GT------GGC-A-CA-----GTCG-TA-C-T-----AAAATCGTCC
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Reference ( family-782 )      :                                                                                                          AGTATGAA-CG---TGG-CTG-GT-----CG---TGG--TCGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAA-ATT-TTGAA-CAT--G--TTC-A-AA-A---CATT--CG-T--AG--T-G--AG-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TA-G-T-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AGCGCA---G---GG-CG-GTCG-GGTACT---A-TCG-T-ATTGAG----GNC--GT------GGC-A-CA-----GTCG-TA-C-T-----AAAATCGTCC
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gi|10456                      :                                                                                                            TATGAA-TG---TGG-CTG-GT-----CG---TGGCTTCGAC---C--AT-AC-CGCGCTC-AC-GTAA-ATT-TTGAACCAT--C--GTC-A-AA-AAAGCATTTGTG-T--AG--C-G--AGCGTTCG--TTGGGTTGGAG-A----A-ACAA-GAG--CG-
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Reference ( family-782 )      :                                                                                                          AGTATGAA-CG---TGG-CTG-GT-----CG---TGG--TCGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAA-ATT-TTGAA-CAT--G--TTC-A-AA-A---CATT--CG-T--AG--T-G--AG-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TA-G-T-G-AGG-TC-GTGG-GAAG-AGCGCA---G---GG-CG-GTCG-GGTACT---A-TCG-T-ATTGAG----GNC--GT------GGC-A-CA-----GTCG-TA-C-T-----AAAATCGTCC
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gi|10450                      :                                                                                                          AGTATGAA-CG---TGG--TG-GT-----TG---GGA--T-GAC---C--ACGAC-C-CGCT--ACCGTAA-ATT-TTGAA-CAT--GT-TTC-A-AA-A---C-TT--CG-T--AG--T-G--AA-G-TCG--T--GGT----GAA----A-AAAA-GAG--CG-T-ATG-------AGCAGCG-TA-G-T-GCAGGTTC-GTGGCGAAG-AGCGCAGCCG---GG-GG-GTC--GGTACT---A-TCG-T-ATTGAG----GTC---T------GGC-A-CA-----G-CG--A-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10451                      :                                                                                                          AGTATGAATCG---TGG-CTG-GT-----CG---TG---TCGAC---C--ACGAC-CGCGCT---C-GTAAGATT---GAA-CCCCAG--CTC-ACAATA---CATT--CG-----A--T-G--AA-G--CG--T--GGA----G-A----A-AAAA-GAG--CG-T-AC--------GGCAGCG-TA-GTT-T-AGG-TT--TGG-GAAGTAGCGCA---ACGTGC-CG-GTC---GTACT---ATTCGCT-A-TGA-----GTC--GT------GTC-ATCA-----GTCGTTATC-G-----AAAATCGTCC
gi|10452                      :                                                                                                          AGTATGAA-CG---TGG-CTG-GT-----CG---TGG--TTGAC---C--A
gi|10453                      :                                                                                                           GTATGAA-CG---TTG-CTG-GT-----CG---TGG--TGGAC---G--ACGGC-CACGCC--AC-GTAA-AAA-TTTAA-CAT--G--TAC-A-AA-A---CATT--CG-T--AG--T-G--AG-G-TCG--T--GGT----G-A----A-AAGA-GAT--CG-T-ACT-------GGCAGCG-TA-A-T-G-AGG-TC-ATGT-CGAG-TACANA---A---AG-AG-ATC---GTACTGGCA-GCG-T-AATGAG----GTC--GTAGGAAGAGC-A-CAGGGATGTCG--A-G-T-----ACAATCGT
gi|10453                      :                                                                                                                                                                                                                     --CG-T--AA--T-G--AG-G-TCA--T--GTC----G-AGTACA-NAAA-GAGATCG-T-ACT-------GGCAGCG-TA-A-T-G-AGG-TC-GTAG-GAAG-AGCACA---G---GG-AT-GTCG-AGTACA---A-TCG-T-ATTGAG----AAC--GT------GGC-A-CA-----GGCG-TA-C-T-----AAAATCGTCCattgagaacgtggcacaggcgtactaaaatcgtcc
gi|10454                      : gtatgaacgttgctggtcgtggtggacgacggccacgccacgtaaaaatttaacatgtacaaaacattcgtagtgaggtcgtggtgaaaagagatcgtactggcagGTATGAA-CG---TGG-CTG----------------------C---C--ACGAT-C-------AC-GTAA-A---TTGAA-CAT--AGCTCC-A-AA-A---C-TT--CGTT--AG--T-G--AG-G-CCA--T--GGT----G-A----A-AAAA-GTA--CT-T--CT-------GGCAGC--TATG-T-G-AAG-----------AA-ACCGCA---G---GC-GG-GTAG-GGCACT---G-TTG-----CGAACTTCGAT--GT------GGC-G-----------G-TA-C-TTTTAAAAAATCGTTC
gi|10455                      :                                                                                                            TATGAA-CG---TGG-CTG-GT-----TG---TGG--TTGAC---C--ACGAC-CA----------TAT-ATT-TTGAA-CAT--G--CTT-A-GA-A---CATT--CG-T--AG--T-G--AG-G-TCG--T--GGT----G-A----T-AAAA-GAG--CA-T-GAT-------GGCAGCG-TA-G-T-G-AAG-TC-GTGG-GAAG-AGCGCA---G---GG-CG-GTCG-GGTATT---A-TCG-T-ATTGAG----AAC--AT------GGT-G-AA-----GGCG-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10456                      :                                                                                                            TATGAA-TG---TGG-CTG-GT-----CG---TGGCTTCGAC---C--AT-AC-CGCGCTC-AC-GTAA-ATT-TTGAACCAT--C--GTC-A-AA-AAAGCATTTGTG-T--AG--C-G--AGCGTTCG--TTGGGTTGGAG-A----A-ACAA-GAG--CG-
gi|10457                      :                                                                                                             ATGGA-CGGAATGG-TCGAGT-----CGACGTGG--TCGACAGACGAACAAC-CGCGCT--AC-G----------GGA-C-C--G--TTC-G-G------CCTCA-CG-T--AAATT-GGAAT-G-TCGGGT--GGT----G-G----G-AAAA--AG--AA-T-ACT-------G-CAGCGGTA-G-T-G-AG--TC-GTGG-GAAG-AACGCA-------AG-CGCGTC--GGTAC----A-TCA-C-ATTGAA----GGC--G-------GGC-A-CA-----GTCG-TA-C-
gi|10458                      :                                                                                                              TGAA-GG---TCG-C-G-GTGTGAACG---TGG--TTGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAA-ATT-TTGAA-TAT--G--ATC-A-AA-A---CAGT--CG-T--AG--C-A--AT-G-TTG--T--TGT----G-A----A-AAAA-GAC--CG-T-ACT-------A--AGCG-TA-A-T-G-AGG-TC-GTTG-GAAG-AGCGCA---G---GG-TG-ATCG-GGTACT---G-TCG-T-ATTGAG----AAT--AT------AGT-G-AA-----GGAA-TA-C-T-----AAAATCGTCC
gi|10459                      :                                                                                                                           -CTG-GT-----CG---TGG--TCGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAA-AGT-TTGAA-CAT--G--CTT-A-AA-A---CATT--CA-T--AG--T-G--A-----TG--T--GGT------A----A-AACA-GAG--CG-T-ATT-------GGCAACT-TA-G-T-G-TAG-TC-GTGG-GAAA-AGCGGT---G---GG-CG-GTCG-GATACT---C-TCG-T-ATTGAG----AAC--CT------GGT-A-CA-----GGCC-TA-C-T-----AGAATCGTC
gi|10460                      :                                                                                                                                                    AC---C--ACGCC-CGCGCT--AC-GTAA-ATGGTTGAA-CAT--G--TTC-A-AA-A---CATT--CG-T--AG--T-G--AA-G-TCG--T--GGT----
gi|10461                      :                                                                                                                                                    AC---C--ACGACGCG-GCT--AC-GTAA-ATT-TTGAA-CAT--A--TTC-A-AA-A---CATT--CG-T--AG--TGG--AA-G-TCG--T--GGT----
gi|10462                      :                                                                                                                                               --TTGAC---C--ACGAC-CGCGCT--AC-GTAA-TTT-TTTAA-CAT--G--CTC-A-AA-A---CATT--CG-T--AG--T-G--AG-G-TCG--T--GGT----
gi|10463                      :                                                                                                                                                    AC---C--ACGAC-C-CGCT--ACCGTAA-ATT-TTGAA-CAT--GT-TTC-A-AA-A---C-TT--CG-T--AG--T-G--AA-G-TCG--T--GGT----
gi|10464                      :                                                                                                                                                               AC-CGCGCTGGAC-GTGT--TT-TTGAT-CAT--G--CT----GA-A---CATT--CG-T--AG--T-G--AG-GGTCG--T--GG-----G-A----ATAAAATGAA--TGGTGACT-------GGCAG-G-TA-G-T-G-GCG-TC-GTGG--AAG-AACGCA---C---GG-CG-GTCG-GGTA-T---A-TCG-TAAGTGA-----GTC--G-------GGG-A-CA-----GTCG-TA-C-T------TAATCGTCC
gi|10465                      :                                                                                                                                                                              TAA-GTT-TTGAA-CAT--G--CTC-A-AA-----CATT--CG-C--AG--T-G--AA-G-TCG--T--GGT----G-A----A-ACA---AG--CG-T-ACTGCGGACAGGCGAGG-TA-G-T-G-AGG-TCGGTGG-CAAG-AGCGCC---ACT-AG-TG-GTCG-G
gi|10466                      :                                                                                                                                                                                                                                                                          G--CG-T-AGT-------AGCACCG-TA-G-T-G-AGA-AC-GTAG-AACG-ATCGCA---T---A---G-ATCGTAGTGGT---G-TCG-T-AATGAT----GTC--AT------GG--A-TG-----GTCG-TG-A-T-----ATAATCGT


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blockSeqs                     :                                                                                                                  .  .     .   .  .      .     .  T   .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  G  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      A        .  .   G       .   .   . .     G     A .   .        . .  .     G  .  . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                  .  .     .   .  .      .     .  C   .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  G  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      G        .  .   G       .   .   . .     G     A .   .        . .  .     T  .  . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                  .  .     .   .  .      .     .  C   .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  G  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      G        .  .   G       .   .   . .     A     A .   .        . .  .     G  .  . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                  .  .     .   .  .      .     .  T   .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  T  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      G        .  .   G       .   .   . .     G     G .   .        . .  .     G  .  . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                  .  .     .   .  .      .     .  C   .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  T  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      G        .  .   .       .   .   . .     G     A .   .        . .  .     T  .  . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                  .  .     .   .  .      .     .  T   .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  A  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      G        .  .   .       .   .   . .     T     A .   .        . .  .     T  .  . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                           .   .  .      .     .  .   .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  A  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      C        .  .   .       .   .   . .     .     T .   .        . .  .     .  .  . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                               .  .   .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  G  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      T        .  .   .       .   .   . .     .     T .   .        . .  .     .  .  . .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  A  .   .  .    .    . .    .    .   .   . .   .             .  . . . .   .  .    .    .      .        .  .   .                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  G  .   .  .    .                    .   .                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .   .      .      .   .    .   .     .   .  .    . .  . .      .   . .   .  . .  A  .   .  .    .                                                                                                                                                                    
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blockSeqCons                  :                                                                                                          
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