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lowQualScore                  :    .        . ......      ...      ....     .    ..                .    . .....        ...  ... ..        . ..       .   ...  .  .................. .  ...... ... .... .  ..   .........                .... ... .  .  .. ......... .   ..          .   ..        
lowQualScore                  :    5        4 888888      999      7777     2    11                3    2 66666        999  999 11        4 33       2   999  2  555555555555555555 1  111111 666 6666 2  11   999999999                7777 111 9  7  22 222222222 4   99          4   66        
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Reference ( gi|127138 )       : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGGTATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C--AAGTGAC-CCG---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCT----A---CTGT-AT--A------T--A-ACATTTTTTTTGGCA-CAG--AAAAGGCT
gi|127139                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCAAACTGAGCCGGGTATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C--AAGTGAT-CCA---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATA---------AAAATGTTGAATTTCT----A---CCGT-AC--A------T--A-ACATTATTTT--GCA-CAG--AAAAGGCT
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gi|127148                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---TCACTA----ACCCG-GGCGGGAACCAAACTGAGCCGGATATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTCACAAT-C--AAGTGAC-CCG---GT-AC--------------------TT------T---A------CA--A----------------GTCA------T----A---CCAT-AT--A------A--A-ACA--TTTTTTGGCA-CAG--AAAAGGCgctaaaatt
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Alignments
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lowQualScore                  :    4        2 444444      777      5555     1    99                     1 33333        777  777 99        2 1  99     1   777  1  888888888888888888 0  888888 555 0000 1  88   333333333                   2222222  4  11 111111111    44      2    2   33        
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Reference ( family-781 )      : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGATATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GT-AT--A------T--AACA-TTTTTTT-GGCA-CAG--AAAAGGCT
gi|127138                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGGTATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACT-------GT-AT--A------T--AACATTTTTTTT-GGCA-CAG--AAAAGGCT
gi|127139                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCAAACTGAGCCGGGTATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAT-CCA---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATA---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GT-AC--A------T--AACA-TTATTTT--GCA-CAG--AAAAGGCT
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gi|127144                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCTG-GGTA--AAACGAACTGAGCCAGGTATA-CCCGATCCGAGGTA-----------CTTGGAATGCAAA--GTGAC-CTA---GT-GC------------------A-TA------A---A----G--A--ATA---------AAATTGTTGAATTTCTACC-------GTAAT--A------T--AACA-TTTGTTT--GCA-CAG--AAAAGGCTaacatt
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gi|127152                     :  TA-GTATACTTTG------ATTC-G---ACACTA----ATCCGCGGTG--AACCGAACTGAGCCGGAT-TA-A-----CCTAGGTA---CT---T--CT-AGAATTC-AA--G-GAC-CTGCAAGCTGC------------------A-TA------T---ATTGAG-TA--ATG---------AAAATGCTGAA-TTCCACC-------GT-AT--AT-----T--AA----TTTTTT-GGCA-CAGA-AAAAGGCTaa
gi|127153                     :  TA-GCGTACTT-G------ATTCTG---ACCGTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGATATA-C-----CCGGGCTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GT-GC------------------A-TATACATGT---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GT-AT--A------G--AACA-TTCTTT---GCA-CAG--AAAAGGCTtaaca
gi|127154                     :    -GCATGTTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCA-GG------------TGAGCCGGATATA-C-----CTAGGGTA---CT---T--CTTAGTAT-C-AA--GTGGC-CCG---AT-GCATGATATGGTATGATACAA-TA------T---G----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACT-------GT-AT--ATACCGGT--AGCA-TATTTTT-AGCA-CAG--AAAAAGCTaacatt
gi|127155                     :        TACAT-G------ATTCTG---ACCCTAGGTAATTCG-GGCG--AACCGAACTGAGCaacatt
gi|127156                     :                        CTG---ACCCTA----ATCCA-GGCG--AACTGAACTGAGCCATATATA-C-----CCAGAGTA---CT---T--CTTTGAAA-C-AA--GTGAA-TCG---GT-AC------------------ATTA------T---A----
gi|127157                     :                                                                     TATC-C-----TCGGGCTA---CCGACTAGCTTAGTGT-C-GA-----AC-CCT---GT-----------------------TA------TCAAA----G-TA--AAT---------AAAATGGT-AATTTCTACG-------AT-AT--A------TC-AACA-TTTT--T-GGCA-CA---AAAAGACT
gi|127158                     :                                                                                                                                   ------------------A-TA------T---A----GATA--CTGCC-------ATAAAGTTGAATTTCTTCCTATCCCTAT-AC--A------TGCAACA-TTTT-TT-GGCA-CAGGAAAAAGGCTaacatt
gi|127159                     :                                                                                                                                                                                            AATGTTGAATTTCTACC-------AT-AT--A------T--AACA---GTTTT-GGCA-CAG--AAAAGGCTaacatt





Alignments
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lowQualScore                  :    .        . ......      ...      ....     .    ..                     . .....        ...  ... ..        . .  ..     .   ...  .  .................. .  ...... ... .... .  ..   .........                   .......  .  .. .........    ..      .    .   ..        
lowQualScore                  :    4        2 444444      777      5555     1    99                     1 33333        777  777 99        2 1  99     1   777  1  888888888888888888 0  888888 555 0000 1  88   333333333                   2222222  4  11 111111111    44      2    2   33        
consensus                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGATATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GT-AT--A------T--AACA-TTTTTTT-GGCA-CAG--AAAAGGCT
Reference ( family-781 )      : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGATATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GT-AT--A------T--AACA-TTTTTTT-GGCA-CAG--AAAAGGCT
gi|127138                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGGTATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACT-------GT-AT--A------T--AACATTTTTTTT-GGCA-CAG--AAAAGGCT
gi|127139                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCAAACTGAGCCGGGTATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAT-CCA---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATA---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GT-AC--A------T--AACA-TTATTTT--GCA-CAG--AAAAGGCT
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gi|127144                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCTG-GGTA--AAACGAACTGAGCCAGGTATA-CCCGATCCGAGGTA-----------CTTGGAATGCAAA--GTGAC-CTA---GT-GC------------------A-TA------A---A----G--A--ATA---------AAATTGTTGAATTTCTACC-------GTAAT--A------T--AACA-TTTGTTT--GCA-CAG--AAAAGGCTaacatt
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gi|127146                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTA---ACTCTA----ATCAG-GATG--AACCAAATTGAACTGGATAGA-C-----CAAAGGTA---CC---T--ATAAGAAT-C-AA--GTGAC-CTG---GT-GC------------------A-TA------T---AC---T-TAATATG---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GTAAT--A------T--AA----TTTTTT-GGCA-CAA--AAAAGGCT
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gi|127148                     : TTA-GCATACTT-G------ATTCTG---TCACTA----ACCCG-GGCGGGAACCAAACTGAGCCGGATATA-C-----CCGGGGTA---CT---T--CTCACAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GT-AC--------------------TT------T---A------CA--A----------------GTCA------TACC-------AT-AT--A------A--AACA--TTTTTT-GGCA-CAG--AAAAGGCggcacagagagggctaacgtt
gi|127149                     : TTATGCATACTT-G------ATTCTGGTGACCTTT----ATCCG-GGCG--A-CCGA-CTGAGCCGGATATAGC-----CCGGGCTATACCT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCA---GC-AC------------------A-TA------T---ACA--G-TAGCATGTAGTATTGAAAAATGTTGAATT-CTACC-------AT-AT--T------T--A-CA-TTTTTTTTGGCA-CAG--AAAAGGcaacatt
gi|127150                     :  TA-GCATACTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGGTATA-C-----CCGGGGTG---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GC-GC------------------A-TA------T---A----G-TA--ATA---------CAAATGTTGAATTTCAACT-------GG-AT--A------T--AACA--TTTTTT-GGCA-CAG--AAAAAGCTgctaaaatt
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gi|127152                     :  TA-GTATACTTTG------ATTC-G---ACACTA----ATCCGCGGTG--AACCGAACTGAGCCGGAT-TA-A-----CCTAGGTA---CT---T--CT-AGAATTC-AA--G-GAC-CTGCAAGCTGC------------------A-TA------T---ATTGAG-TA--ATG---------AAAATGCTGAA-TTCCACC-------GT-AT--AT-----T--AA----TTTTTT-GGCA-CAGA-AAAAGGCTaa
gi|127153                     :  TA-GCGTACTT-G------ATTCTG---ACCGTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGATATA-C-----CCGGGCTA---CT---T--CTTAGAAT-C-AA--GTGAC-CCG---GT-GC------------------A-TATACATGT---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GT-AT--A------G--AACA-TTCTTT---GCA-CAG--AAAAGGCTtaaca
gi|127154                     :    -GCATGTTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCA-GG------------TGAGCCGGATATA-C-----CTAGGGTA---CT---T--CTTAGTAT-C-AA--GTGGC-CCG---AT-GCATGATATGGTATGATACAA-TA------T---G----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACT-------GT-AT--ATACCGGT--AGCA-TATTTTT-AGCA-CAG--AAAAAGCTaacatt
gi|127155                     :        TACAT-G------ATTCTG---ACCCTAGGTAATTCG-GGCG--AACCGAACTGAGCaacatt
gi|127156                     :                        CTG---ACCCTA----ATCCA-GGCG--AACTGAACTGAGCCATATATA-C-----CCAGAGTA---CT---T--CTTTGAAA-C-AA--GTGAA-TCG---GT-AC------------------ATTA------T---A----
gi|127157                     :                                                                     TATC-C-----TCGGGCTA---CCGACTAGCTTAGTGT-C-GA-----AC-CCT---GT-----------------------TA------TCAAA----G-TA--AAT---------AAAATGGT-AATTTCTACG-------AT-AT--A------TC-AACA-TTTT--T-GGCA-CA---AAAAGACT
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blockSeqs                     :    .        . .           .        .        .    .                      . .            .    .   .         . .  .      .   .    .  .                  .  .      .   .    .  .    .                           .        .  .  T            T       .    .   . 
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gi|127153                     :  TA-GCGTACTT-G------ATTCTG---ACCGTA----ATCCG-GGCG--AACCGAACTGAGCCGGATATA-C-----CCGGGCTA---CT---T--CTTAGAAT-C--AAGTGAC-CCG---GT-GC------------------A-TATACATGT---A----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACC-------GT-AT--A------G--A-ACA--T-TCTTT-GCA-CAG--AAAAGGCTtaaca
gi|127154                     :    -GCATGTTT-G------ATTCTG---ACCCTA----ATCCA-GG------------TGAGCCGGATATA-C-----CTAGGGTA---CT---T--CTTAGTAT-C--AAGTGGC-CCG---AT-GCATGATATGGTATGATACAA-TA------T---G----G-TA--ATG---------AAAATGTTGAATTTCTACT-------GT-AT--ATACCGGT--A-GCA--TATTTTTAGCA-CAG--AAAAAGCTaacatt
gi|127155                     :        TACAT-G------ATTCTG---ACCCTAGGTAATTCG-GGCG--AACCGAACTGAGCaacatt
gi|127156                     :                        CTG---ACCCTA----ATCCA-GGCG--AACTGAACTGAGCCATATATA-C-----CCAGAGTA---CT---T--CTTTGAAA-C--AAGTGAA-TCG---GT-AC------------------ATTA------T---A----
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