lowQualScore : 11 1
lowQualScore : 6 2 22 22 9999999999 3 333 2 44444 11 2 4
lowQualScore : . . .. .. .......... . ... . ..... .. . .
lowQualScore : 0 2 88 66 9999999999 8 333 0 44444 66 5 4
consensus : TAAGTGAATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAA----ATTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
Reference ( gi|8163 ) : TGAGTAAATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAA----ATTGACCGATACAC-AAACGAAGTAA
gi|8155 : TAAGTGAATGTACT--CAGTAAG--TCTCCCATACGC--A-------G-TTTCA---TAACC-CGAT----ATTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8154 : aTAAGTGAATGTACT--CAGTAAG--TCTCTGAAACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAA----ATTGGTTGATATAT-CAACTAAGTAA
gi|8153 : aTAAGTGAATGTACT--CAGTAAG--TCTCTGAAACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAA----ATTGGTTGATATAT-CAACTAAGTAA
gi|8161 : aTAAGTGAATGTGTT--CAGAAAG--TTTCTCACTCGC--A-------A-CTTCA---TCACT-CAAA----TTCGACTGATACTC-AAA
gi|8165 : aTAAGTGATTGTACT--CAGTACG--TTTTTCATACGCAGTATCGTGAG-TCTCA---TCACT-TGAA----TTTGATTGCTACAC-AAAATAAGTGAtta
gi|8160 : TAAGTGAATGTACT--CAGTAAG--TTGTTCATACGC--T-------G---------TCACC-C-AA----ATGGA
gi|8166 : aTAAGTGAATGTGCT--CCGAAAT--TTTCTCATATGC--A-------G-TTTCA---TTACC-C-AA----ATGGAtt
gi|8167 : GTAAATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------GTTTTCA---TCACC-CGAA----TCTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8156 : GTGAAAGTACT--CGGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TAACC-CGAT----ATTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8168 : atatGTAAATGTACT---AGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAA----TCTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8169 : GTAAATGTACT---AGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------GTTTTCA---TCACC-CGAA----TCTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8157 : GTGAATGCAGT--CATCAAA--TCTCTTATGCGC--T-------G-TATCA---GCTTC-CGAA----ATTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8170 : atacGTGGATGTACT--CAACAAG--TCTGCCACACTC--T-------G-TTTTA---GCACC-CGAAATTGATTGATTGATACAC-AAATTAAGTAA
gi|8164 : GTGAATGTACT--CGGTAAG--TTTTTCATAAGC--A-------G-TGTCA---TTATC-CGAA----TTTGATTGACACAC-AGAC
gi|8162 : tatGTGAATGTACT--CAGTAAG--CCTCGTATACGC--T-------G-TTTCA---Tt
gi|8158 : atatTAAA-GTAGT--AATTAAG--TCTCTAGTACAC--T-------G-TTTCA---TAACC-TGAT----ATTGATTGATACAC-AAACTAAATAA
gi|8159 : ataagtgaattaaaagtatAATGTACT--CTGTATG--TTTCTTCTATGC--T-------A-T---A---TCACC-TAAA----ATGGATTGATACAC-AAACTAAGTA
gi|8172 : acaaattAGTGTACT--CAGCACG--TTTTTTATATGT--A-------G-TTTCA---TCAAC-CGAA----TTAGATTGATACAA-AATCAAAGT
gi|8173 : gcgAATGTACTTTCAGAAAAATTCT-TCATACCCAAT-------G-TTTCAATTTCACCTCGAA----ATTGAGTGATAGACAAAACTAAGTAA
gi|8171 : ATGTACT--CAGTAGG--TTTTTCTT--GC--T-------G-TTTCA---TCACC-AGAA----ATAGATTGAT
gi|8174 : gtgtAGCAAG--TTTCTCATACGC--A-------G-TTTGA---TCACC-CGAA----AT
Alignments
lowQualScore : 22 22 22 9999999999 3 333 1 4444 2
lowQualScore : .. .. .. .......... . ... . .... .
lowQualScore : 66 66 55 0000000000 6 222 9 0000 4
consensus : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
Reference ( family-780 ) : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8153 : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTGAAACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGGTTGATATAT-CAACTAAGTAA
gi|8154 : aTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTGAAACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGGTTGATATAT-CAACTAAGTAA
gi|8155 : aTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCCCATACGC--A-------G-TTTCA---TAACC-CGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8156 : aTATGTG--AAAGTACT--CGGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TAACC-CGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8157 : aTACGTG--AATGCAGT--CATCAAA--TCTCTTATGCGC--T-------G-TATCA---GCTTC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8158 : aAAGTATTAAAGTAGT--AATTAAG--TCTCTAGTACAC--T-------G-TTTCA---TAACC-TGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAATAA
gi|8159 : ataagtgaattaaAAATT--AATGTACT--CTGTATG--TTTCTTCTATGC--T-------A-T---A---TCACC-TAAAA----TGGATTGATACAC-AAACTAAGTA
gi|8160 : acTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TTGTTCATACGC--T-------G---------TCACC-C-AAA----TGGATT
gi|8161 : aTAAGTG--AATGTGTT--CAGAAAG--TTTCTCACTCGC--A-------A-CTTCA---TCACT-CAAAT----TCGACTGATACTC-AAATTA
gi|8162 : aTATGTG--AATGTACT--CAGTAAG--CCTCGTATACGC--T-------G-TTTCA---T
gi|8163 : aTGAGTA--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGACCGATACAC-AAACGAAGTAA
gi|8164 : TATGTG--AATGTACT--CGGTAAG--TTTTTCATAAGC--A-------G-TGTCA---TTATC-CGAAT----TTGATTGACACAC-AGACT
gi|8165 : TAAGTG--ATTGTACT--CAGTACG--TTTTTCATACGCAGTATCGTGAG-TCTCA---TCACT-TGAAT----TTGATTGCTACAC-AAAATAAGTGA
gi|8166 : TAAGTG--AATGTGCT--CCGAAAT--TTTCTCATATGC--A-------G-TTTCA---TTACC-C-AAA----TGGA
gi|8167 : GTA--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------GTTTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8168 : GTA--AATGTACT---AGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8169 : GTA--AATGTACT---AGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------GTTTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8170 : GTG--GATGTACT--CAACAAG--TCTGCCACACTC--T-------G-TTTTA---GCACC-CGAAATTGATTGATTGATACAC-AAATTAAGTAA
gi|8171 : GTG--TATGTACT--CAGTAGG--TTTTTCTT--GC--T-------G-TTTCA---TCACC-AGAAA----TAGATTGAT
gi|8172 : GCG--AGTGTACT--CAGCACG--TTTTTTATATGT--A-------G-TTTCA---TCAAC-CGAAT----TAGATTGATACAA-AATCAAAGT
gi|8173 : --AATGTACTTTCAGAAAAATTCT-TCATACCCAAT-------G-TTTCAATTTCACCTCGAAA----TTGAGTGATAGACAAAACTAAGTAA
gi|8174 : AGCAAG--TTTCTCATACGC--A-------G-TTTGA---TCACC-CGAAA-----TGATT
Alignments
lowQualScore : 22 22 22 9999999999 3 333 1 4444 2
lowQualScore : .. .. .. .......... . ... . .... .
lowQualScore : 66 66 55 0000000000 6 222 9 0000 4
consensus : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
Reference ( family-780 ) : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8153 : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTGAAACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGGTTGATATAT-CAACTAAGTAA
gi|8154 : aTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTGAAACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGGTTGATATAT-CAACTAAGTAA
gi|8155 : aTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCCCATACGC--A-------G-TTTCA---TAACC-CGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8156 : aTATGTG--AAAGTACT--CGGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TAACC-CGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8157 : aTACGTG--AATGCAGT--CATCAAA--TCTCTTATGCGC--T-------G-TATCA---GCTTC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8158 : aAAGTATTAAAGTAGT--AATTAAG--TCTCTAGTACAC--T-------G-TTTCA---TAACC-TGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAATAA
gi|8159 : ataagtgaattaaAAATT--AATGTACT--CTGTATG--TTTCTTCTATGC--T-------A-T---A---TCACC-TAAAA----TGGATTGATACAC-AAACTAAGTA
gi|8160 : acTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TTGTTCATACGC--T-------G---------TCACC-C-AAA----TGGATT
gi|8161 : aTAAGTG--AATGTGTT--CAGAAAG--TTTCTCACTCGC--A-------A-CTTCA---TCACT-CAAAT----TCGACTGATACTC-AAATTA
gi|8162 : aTATGTG--AATGTACT--CAGTAAG--CCTCGTATACGC--T-------G-TTTCA---T
gi|8163 : aTGAGTA--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGACCGATACAC-AAACGAAGTAA
gi|8164 : TATGTG--AATGTACT--CGGTAAG--TTTTTCATAAGC--A-------G-TGTCA---TTATC-CGAAT----TTGATTGACACAC-AGACT
gi|8165 : TAAGTG--ATTGTACT--CAGTACG--TTTTTCATACGCAGTATCGTGAG-TCTCA---TCACT-TGAAT----TTGATTGCTACAC-AAAATAAGTGA
gi|8166 : TAAGTG--AATGTGCT--CCGAAAT--TTTCTCATATGC--A-------G-TTTCA---TTACC-C-AAA----TGGA
gi|8167 : GTA--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------GTTTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8168 : GTA--AATGTACT---AGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8169 : GTA--AATGTACT---AGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------GTTTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8170 : GTG--GATGTACT--CAACAAG--TCTGCCACACTC--T-------G-TTTTA---GCACC-CGAAATTGATTGATTGATACAC-AAATTAAGTAA
gi|8171 : GTG--TATGTACT--CAGTAGG--TTTTTCTT--GC--T-------G-TTTCA---TCACC-AGAAA----TAGATTGAT
gi|8172 : GCG--AGTGTACT--CAGCACG--TTTTTTATATGT--A-------G-TTTCA---TCAAC-CGAAT----TAGATTGATACAA-AATCAAAGT
gi|8173 : --AATGTACTTTCAGAAAAATTCT-TCATACCCAAT-------G-TTTCAATTTCACCTCGAAA----TTGAGTGATAGACAAAACTAAGTAA
gi|8174 : AGCAAG--TTTCTCATACGC--A-------G-TTTGA---TCACC-CGAAA-----TGATT
blockSeqs : TT TT AT AGTATCGTGA T ATT T TTGA A
blockSeqs : . . . AAT T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . A . .
blockSeqCons :
originalCons : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
finalCons : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
Alignments
lowQualScore : 22 22 22 9999999999 3 333 1 4444 2
lowQualScore : .. .. .. .......... . ... . .... .
lowQualScore : 66 66 55 0000000000 6 222 9 0000 4
consensus : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
Reference ( family-780 ) : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8153 : TAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTGAAACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGGTTGATATAT-CAACTAAGTAA
gi|8154 : aTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTGAAACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGGTTGATATAT-CAACTAAGTAA
gi|8155 : aTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCCCATACGC--A-------G-TTTCA---TAACC-CGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8156 : aTATGTG--AAAGTACT--CGGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TAACC-CGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8157 : aTACGTG--AATGCAGT--CATCAAA--TCTCTTATGCGC--T-------G-TATCA---GCTTC-CGAAA----TTGATTGATACAC-AAACTAAGTAA
gi|8158 : aAAGTATTAAAGTAGT--AATTAAG--TCTCTAGTACAC--T-------G-TTTCA---TAACC-TGATA----TTGATTGATACAC-AAACTAAATAA
gi|8159 : ataagtgaattaaAAATT--AATGTACT--CTGTATG--TTTCTTCTATGC--T-------A-T---A---TCACC-TAAAA----TGGATTGATACAC-AAACTAAGTA
gi|8160 : acTAAGTG--AATGTACT--CAGTAAG--TTGTTCATACGC--T-------G---------TCACC-C-AAA----TGGATT
gi|8161 : aTAAGTG--AATGTGTT--CAGAAAG--TTTCTCACTCGC--A-------A-CTTCA---TCACT-CAAAT----TCGACTGATACTC-AAATTA
gi|8162 : aTATGTG--AATGTACT--CAGTAAG--CCTCGTATACGC--T-------G-TTTCA---T
gi|8163 : aTGAGTA--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAA----TTGACCGATACAC-AAACGAAGTAA
gi|8164 : TATGTG--AATGTACT--CGGTAAG--TTTTTCATAAGC--A-------G-TGTCA---TTATC-CGAAT----TTGATTGACACAC-AGACT
gi|8165 : TAAGTG--ATTGTACT--CAGTACG--TTTTTCATACGCAGTATCGTGAG-TCTCA---TCACT-TGAAT----TTGATTGCTACAC-AAAATAAGTGA
gi|8166 : TAAGTG--AATGTGCT--CCGAAAT--TTTCTCATATGC--A-------G-TTTCA---TTACC-C-AAA----TGGA
gi|8167 : GTA--AATGTACT--CAGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------GTTTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8168 : GTA--AATGTACT---AGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------G-TTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8169 : GTA--AATGTACT---AGTAAG--TCTCTCATACGC--T-------GTTTTCA---TCACC-CGAAT----CTGATTGATACAC-ACACTAGGTAA
gi|8170 : GTG--GATGTACT--CAACAAG--TCTGCCACACTC--T-------G-TTTTA---GCACC-CGAAATTGATTGATTGATACAC-AAATTAAGTAA
gi|8171 : GTG--TATGTACT--CAGTAGG--TTTTTCTT--GC--T-------G-TTTCA---TCACC-AGAAA----TAGATTGAT
gi|8172 : GCG--AGTGTACT--CAGCACG--TTTTTTATATGT--A-------G-TTTCA---TCAAC-CGAAT----TAGATTGATACAA-AATCAAAGT
gi|8173 : --AATGTACTTTCAGAAAAATTCT-TCATACCCAAT-------G-TTTCAATTTCACCTCGAAA----TTGAGTGATAGACAAAACTAAGTAA
gi|8174 : AGCAAG--TTTCTCATACGC--A-------G-TTTGA---TCACC-CGAAA-----TGATT