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lowQualScore                  :                         9 9       7  6  222222 6 66666666  222222   6  2     7 5 0000           4  44 5    44   77     66666           5 5             5     999  5   5  444   5 5 99      66  4    66 4444  0000  66   333 5 5      77   7           
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Reference ( gi|100811 )       :               AAAGTGGGAA-T-TCAGCGA-CA-CC------A-G--------CT------GGT-GT-CGCTG-C-T----CTGCCTACCTT-TT--A-CAAC--TTT--ATTTC--CTAGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTAAGTC---AT-CGG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AA-GTAA--ATC--TC----AT-AATT-C-A-T-ACGATG-TTAT-CGCCGTTTAAA
gi|100813                     :               AAAGTGGGAA-T-TCAGCGA-CA-CT------A-G--------CT------GTT-GT-CGCTG-C-T----CTGTCTACCTT-TT--A-CAAC--TTT--ATTTC--GTGGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGAATTAAGTC---AT-CGG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AA-GTAA--A----TC----AT-AATT-A-A-T-ACGATG-CTAT-CGCCGTTTAAA
gi|100812                     :               AAAGTGGGAA-T-TCAGCGA-CA-CC------A-G--------CT------GGT-GT-CGCTG-C-T----CTGCCTACCTT-TT--A-CAAC--TTT--ATTTC--CTGGATCTATCTTC-C-AGGACACGA-GATCAAGTC---AT-CGGCAT---GAT-T-A--TTCTGC--AA-GTAA--A----TC----AT-ACTT-A-A-G-ACGATG-CTAT-CGCCATTTAAA
gi|100816                     :               AAAGTGTGAA-T-TCAGTGA-CA-CC------A-T--------CT------GGT-GT-CGTTG-C-T----CTGCCTACCTT-TT--A-CCAC--TTT--ATTTC--ACGGATTTAT-TTT-T-AGGACGCGAGGATTCAGTT---AC-TGG-TT---GAT-T-A--TTCTAC--AG-GTAG--ATCGATC----AT-GATT-A-A-C-ATGATG-CTAT-TGCCATTTA
gi|100815                     :               AAAGTGGGAA-T-TCA-CGA-CA-CC------A-G--------CT------GGT-GTTCGCTG-C-T-----TGCCTACCTTCTT--A-CAAC--TTT--ATTTC--C--GATCTCTTTTC-CCAGGA-G-GGGGAT-AAGTC---AT-CGG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--TA-GTAA-------TC----ATAAATT-A-A-T-ACGATG-CTA--CGCCGTTTAAA
gi|100815                     :               AAGGTAGGCA-A-GCAGCGAACA-CC------A-G--------CT------GGT-GT-CG
gi|100814                     : aaagtgggaattcaAAAGTGGAA----TCAGCGA-CA-CC------AAG--------CT------GGTTGTTCGCTGGC-T----CTGACTAACTT-TTTGA-CAAC--TTT--ATTTC--CCGGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGA--TAAGTC---TT-CGG-AT---GGT-T-A--TTCTACA-AA-GTAA--A----TC----AT-AATTAG-A-T-ACGATG-CTATCCGCCGTTGAAActtacaactttatttccgatctcttttcccaggagggggataagtcatcggatgattattctactagtaatcataaattaatacgatgctacgccgtttaaa
gi|100817                     :               AAAATGGGAA-T-TCAGCGA-CA-CC------A-G--------CT------G---GT-CGCTG-C-T----CTG-CTACC-T-TT--A-CAAC--TTT--ATTTCT-CGGGACCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGA--ACGTC---AT-CGG-AT---A---T-A--TTCTGC--AA-GTAAC-AT---TCATATAT-AATT-TAA-T-ACGAT
gi|100818                     :               AAAGTGGGAA-TGTCAGCGA--A-CGG-----A-G--------CT------GGT-GT-CGCTG---T----C-GC-TCCCTT-TT--AACAACAATTT--ATTTCGGC-GGATTTATCTTC-C-AGGACGGAAGGATTAAGTC---AT-CGG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AA-GTAA--A----TC----AT-AATT-tcta
gi|100820                     :               AAAGTGGAAA-T-TCAACAA-CG-CC------A-G--------CT------AGT-GT-CACTG-C-TCTTGCTGCCAACCTT-TT--A-aa
gi|100821                     :               AAAGTGGGAA-T-TCAGCGA-CA-CCAGCACCA-G--------CT------GGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTCAACCTT-TT--A-CAAT--TTT--ATTTC--GCAGAataatgctctaccaaagaagagctcggaccagtattgaaagaagaagaacttttttcccggatatatcttcggggacatgaggattcagttatcagatgattattctacaagtagatcatgattatcacaatgcttatcaccgttta
gi|100822                     :               AAAGTGGGAAAT-TCAGCGA-CA-CC------A-GGCACCAGCCT------GGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTCAACCTT-TT--A-CCAT--TTT--ATTTC--GCAGA
gi|100819                     :               AAAGTGGGAA-T-TCAGCGA-CACCC------A-G--------CT------GGT-GT-CGCTG-CTT----CTGCCTACCTT-T
gi|100823                     :               AAAGTGGGAA-T-TCTGGGA-TA-CC------A-G--------CT----------------TG-C-T----TTGCCTACCTT-CT--A-CAAC--
gi|100824                     :                      GAA-T-TCAGCGA-CA-CC------A-G--------CT------GAT-GT-CGCTG-C-T----CTGCCTGCCTT-TT--A-CAAC--TTT--ATTTC--CTGGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTAGATC---AT-CGG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AA-GTAA--A----TC----AT-AATT-A-A-T-ACGATG-CTAT-AGTCATTTAAA
gi|100813                     :                             CAGCGA-CA-AC------A-G--------CT------AGT-GT-CGCTG-
gi|100812                     :                 aaagtgggaattCAGCGA-CA-CC------A-G--------CT------GGT-GT-CGCTG-ctctgtctaccttttacaactttatttcgtggatctatcttccaggacgcgagaattaagtcatcggatgattattctacaagtaaatcataattaatacgatgctatcgccgtttaaa
gi|100824                     :                 aaagtgggaattCAGCGA-CA-TC------A-G--------CT------GGT-GT-CGCTG-ctctgcctaccttttacaactttatttcctggatctatcttccaggacacgagatcaagtcatcggcatgattattctgcaagtaaatcatacttaagacgatgctatcgccatttaaa
gi|100816                     :                        gaattCAACGA-CA-CC------A-G--------AT------GGT-GT-CACTG-ctctgcctgccttttacaactttatttcctggatctatcttccaggacgcgaggattagatcatcggatgattattctacaagtaaatcataattaatacgatgctatagtcatttaaa
gi|100825                     :                 aaagtgtgaattCAGCGA-CA-CC------A-G--------CT------GGT-GT-ctctgcctaccttttaccactttatttcacggatttatttttaggacgcgaggattcagttactggttgattattctacaggtagatcgatcatgattaacatgatgctattgccattta
gi|100817                     :                             CAGCGA-C---C------A-G--------CT------GGT-GT-CGCTG-ctctgtttaccttttacaactttatttcgtagatctatttttcaggaagtgaggattcagttatcggattattattttaccagtagatcataatcaatacaatattat
gi|100821                     :                 aaaatgggaattCAGCGA-CA-CC------A-G--------CTGGTGCTGGT-GT-CGCTG-ctctgctacctttacaactttatttctcgggacctatcttccaggacgcgaggaacgtcatcggatatattctgcaagtaacattcatatataatttaatacgattcta
gi|100822                     :                 aaagtgggaattCAGCGA-CA-CC------A-GGCTGGTGCCT------GGT-GT-CGCTG-A-A----TTTCCCACTTT-ctctgtcaaccttttacaattttatttcgcaga
gi|100819                     :                             CAGCGA-CA-CC------A-G--------CTG-----GGT-GT-CGCTG-ctctgtcaaccttttaccattttatttcgcaga
gi|100825                     :                      aaagtgggaattA-CA-CC------A-G--------CT------GGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTTTACCTT-TT--A-CAAC--TTT--ATTTC--GTAGATCTATTTTT-C-AGGAAGTGAGGATTCAGTT---AT-CGG-AT---TAT-T-A--TTTTAC--CA-GTAG--A----TC----AT-AATC-A-A-T-ACAATA-TTAT-cttctgcctaccttt
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Reference ( family-778 )      :                                                                                                        AAAGTGGGAA-T-TCAGCGACA-CC------A-G--------CTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGCCTACCTT-TT--A-CAAC--TTTA--TTTCC-C-GGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTAAGTC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATGC-TAT-CGCCGTTTAAA
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gi|100820                     :                                                                                                                                                                                           AAC--TTT---TTTCC-C-GGATATATCTTC-G-GGGACATGAGGATTCAGTT-A---TC-AG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----G-A----T-----CAT-GA-TTA-TC-ACAATGCTTAT-CACCGTTTAataatgctctaccaaagaagagctcggaccagtattgaaagaagaagaacttttttcccggatatatcttcggggacatgaggattcagttatcagatgattattctacaagtagatcatgattatcacaatgcttatcaccgttta
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Reference ( family-778 )      :                                                                                                        AAAGTGGGAA-T-TCAGCGACA-CC------A-G--------CTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGCCTACCTT-TT--A-CAAC--TTTA--TTTCN-C-GGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTAAGTC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATGC-TAT-CGCCGTTTAAA
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gi|100814                     :                                                                                                        AAAGTGGAA----TCAGCGACA-CC------AAG--------CTGGTTGTTCGCTGGC-T----CTGACTAACTT-TTTGA-CAAC--TTTA--TTTCC-C-GGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGA--TAAGTC-T---TC-GG-AT---GGT-T-A--TTCTACA-AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTAGAT-ACGATGC-TATCCGCCGTTGAAA
gi|100815                     :                                                                                                        AAAGTGGGAA-T-TCA-CGACA-CC------A-G--------CTGGT-GTTCGCTG-C-T-----TGCCTACCTTCTT--A-CAAC--TTTA--TTTCC----GATCTCTTTTC-CCAGGA-G-GGGGAT-AAGTC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--TAG-T-----A-A----T-----CATAAA-TTA-AT-ACGATGC-TA--CGCCGTTTAAA
gi|100816                     :                                                                                                        AAAGTGTGAA-T-TCAGTGACA-CC------A-T--------CTGGT-GT-CGTTG-C-T----CTGCCTACCTT-TT--A-CCAC--TTTA--TTTCA-C-GGATTTAT-TTT-T-AGGACGCGAGGATTCAGTT-A---CT-GG-TT---GAT-T-A--TTCTAC--AGG-TAGATCG-A----T-----CAT-GA-TTA-AC-ATGATGC-TAT-TGCCATTTA
gi|100817                     :                                                                                                        AAAATGGGAA-T-TCAGCGACA-CC------A-G--------CTG---GT-CGCTG-C-T----CTG-CTACC-T-TT--A-CAAC--TTTA--TTTCT-CGGGACCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGA--ACGTC-A---TC-GG-AT---A---T-A--TTCTGC--AAG-TA----ACA----TTCATATAT-AATTTA-AT-ACGATTC-TA
gi|100818                     :                                                                                                        AAAGTGGGAA-TGTCAGCGA-A-CGG-----A-G--------CTGGT-GT-CGCTG---T----C-GC-TCCCTT-TT--AACAACAATTTA--TTTCGGC-GGATTTATCTTC-C-AGGACGGAAGGATTAAGTC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-A
gi|100819                     :                                                                                                        AAAGTGGGAA-T-TCAGCGACACCC------A-G--------CTGGT-GT-CGCTG-CTT----CTGCCTACCTT-T
gi|100820                     :                                                                                                        AAAGTGGAAA-T-TCAACAACG-CC------A-G--------CTAGT-GT-CACTG-C-TCTTGCTGCCAACCTT-TT--A-
gi|100820                     :                                                                                                                                                                                           AAC--TTT---TTTCC-C-GGATATATCTTC-G-GGGACATGAGGATTCAGTT-A---TC-AG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----G-A----T-----CAT-GA-TTA-TC-ACAATGCTTAT-CACCGTTTAataatgctctaccaaagaagagctcggaccagtattgaaagaagaagaacttttttcccggatatatcttcggggacatgaggattcagttatcagatgattattctacaagtagatcatgattatcacaatgcttatcaccgttta
gi|100821                     : aaagtggaaattcaacaacgccagctagtgtcactgctcttgctgccaaccttttaataatgctctaccaaagaagagctcggaccagtattgaaagaagaagAAAGTGGGAA-T-TCAGCGACA-CCAGCACCA-G--------CTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTCAACCTT-TT--A-CAAT--TTTA--TTTCG-C-AGA
gi|100822                     :                                                                                                        AAAGTGGGAAAT-TCAGCGACA-CC------A-GGCACCAGCCTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTCAACCTT-TT--A-CCAT--TTTA--TTTCG-C-AGA
gi|100823                     :                                                                                                        AAAGTGGGAA-T-TCTGGGATA-CC------A-G--------CT----------TG-C-T----TTGCCTACCTT-CT--A-CAAC--
gi|100824                     :                                                                                                               GAA-T-TCAGCGACA-CC------A-G--------CTGAT-GT-CGCTG-C-T----CTGCCTGCCTT-TT--A-CAAC--TTTA--TTTCC-T-GGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTAGATC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATGC-TAT-AGTCATTTAAA
gi|100825                     :                                                                                                                           ACA-CC------A-G--------CTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTTTACCTT-TT--A-CAAC--TTTA--TTTCG-T-AGATCTATTTTT-C-AGGAAGTGAGGATTCAGTT-A---TC-GG-AT---TAT-T-A--TTTTAC--CAG-TA----G-A----T-----CAT-AA-TCA-AT-ACAATAT-TAT-
gi|100826                     :                                                                                                                             A-CT------A-G--------CTGGA-GT-CACTG-C-T----CTGTCTACCTT-TT--A-CAAC--TTCA--TTTCA-C-GGATCTATCGTC-T-AAGGCTT---GATCGAGGCGG---TC--G-AG---GAT-TCAGTTTCTACTGAGG-TC----G-A----T-----TTT-GT-TTA-AC-ATGATGC-TAT-CACTGTTTAAA
gi|100827                     :                                                                                                                                                                    ----CTGC-TACCTT-TT--T-CAAC--TTTAAATTTC--C-TGATCTAT-TTC-C--GAACGCGAGG-TTAAGTC-A------GG-ATTAGGATAT-AG-TTCTAC--AAGGTA----A-ACATAT-----CAT-A--TTA-ATTAC-ATGC-TAT-CGCCTTTTAAA
gi|100828                     :                                                                                                                                                                                     T--A-CAGC--TTTA--TTTCG-G-GGATCTATCTTC---AGGACGCGAGGAT-AAGTC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-GA-TT---T-A--ATGC-TAT-CGCCGTTTAAA
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gi|100831                     :                                                                                                                                                                                                                 TCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTCAATT-A---TT-AG-AT---GAT-T-A--TTCTTC--AAG-TA----G-A----T-----CAT-GA-CTG-AT-ACGACGC-TAT-CGCCGTTTAAA
gi|100832                     :                                                                                                                                                                                                                                                                          TCTGC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATGC-TGT-CACCGTTTAAA


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lowQualScore                  :                                                                                                                  9 9         5  777777 5 11111111     5  0     5 5 0000           4  22 4    22    44    1111            4 4                   4 111  4  4  111   4 4 66      33   2  7777 2 8888 66666   2  2   2  4       4   5           
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Reference ( family-778 )      :                                                                                                        AAAGTGGGAA-T-TCAGCGACA-CC------A-G--------CTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGCCTACCTT-TT--A-CAAC--TTTA--TTTCN-C-GGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTAAGTC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATGC-TAT-CGCCGTTTAAA
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gi|100819                     :                                                                                                        AAAGTGGGAA-T-TCAGCGACACCC------A-G--------CTGGT-GT-CGCTG-CTT----CTGCCTACCTT-T
gi|100820                     :                                                                                                        AAAGTGGAAA-T-TCAACAACG-CC------A-G--------CTAGT-GT-CACTG-C-TCTTGCTGCCAACCTT-TT--A-
gi|100820                     :                                                                                                                                                                                           AAC--TTT---TTTCC-C-GGATATATCTTC-G-GGGACATGAGGATTCAGTT-A---TC-AG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----G-A----T-----CAT-GA-TTA-TC-ACAATGCTTAT-CACCGTTTAataatgctctaccaaagaagagctcggaccagtattgaaagaagaagaacttttttcccggatatatcttcggggacatgaggattcagttatcagatgattattctacaagtagatcatgattatcacaatgcttatcaccgttta
gi|100821                     : aaagtggaaattcaacaacgccagctagtgtcactgctcttgctgccaaccttttaataatgctctaccaaagaagagctcggaccagtattgaaagaagaagAAAGTGGGAA-T-TCAGCGACA-CCAGCACCA-G--------CTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTCAACCTT-TT--A-CAAT--TTTA--TTTCG-C-AGA
gi|100822                     :                                                                                                        AAAGTGGGAAAT-TCAGCGACA-CC------A-GGCACCAGCCTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTCAACCTT-TT--A-CCAT--TTTA--TTTCG-C-AGA
gi|100823                     :                                                                                                        AAAGTGGGAA-T-TCTGGGATA-CC------A-G--------CT----------TG-C-T----TTGCCTACCTT-CT--A-CAAC--
gi|100824                     :                                                                                                               GAA-T-TCAGCGACA-CC------A-G--------CTGAT-GT-CGCTG-C-T----CTGCCTGCCTT-TT--A-CAAC--TTTA--TTTCC-T-GGATCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTAGATC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATGC-TAT-AGTCATTTAAA
gi|100825                     :                                                                                                                           ACA-CC------A-G--------CTGGT-GT-CGCTG-C-T----CTGTTTACCTT-TT--A-CAAC--TTTA--TTTCG-T-AGATCTATTTTT-C-AGGAAGTGAGGATTCAGTT-A---TC-GG-AT---TAT-T-A--TTTTAC--CAG-TA----G-A----T-----CAT-AA-TCA-AT-ACAATAT-TAT-
gi|100826                     :                                                                                                                             A-CT------A-G--------CTGGA-GT-CACTG-C-T----CTGTCTACCTT-TT--A-CAAC--TTCA--TTTCA-C-GGATCTATCGTC-T-AAGGCTT---GATCGAGGCGG---TC--G-AG---GAT-TCAGTTTCTACTGAGG-TC----G-A----T-----TTT-GT-TTA-AC-ATGATGC-TAT-CACTGTTTAAA
gi|100827                     :                                                                                                                                                                    ----CTGC-TACCTT-TT--T-CAAC--TTTAAATTTC--C-TGATCTAT-TTC-C--GAACGCGAGG-TTAAGTC-A------GG-ATTAGGATAT-AG-TTCTAC--AAGGTA----A-ACATAT-----CAT-A--TTA-ATTAC-ATGC-TAT-CGCCTTTTAAA
gi|100828                     :                                                                                                                                                                                     T--A-CAGC--TTTA--TTTCG-G-GGATCTATCTTC---AGGACGCGAGGAT-AAGTC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-GA-TT---T-A--ATGC-TAT-CGCCGTTTAAA
gi|100829                     :                                                                                                                                                                                                                ATCTATCTTC-C-AGAACGCGAGGATTAAGTC-AGGATAAGG-AT---GAT-T-A--TTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATGC-TAT-CGCCGTTTAA
gi|100830                     :                                                                                                                                                                                                                 TCCACCTTCAC-A---CGTGAGGATTAAGTC-A---TC-GG-AT---GAT-T-A--CTCTAC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATAC-TAT-CACCGTTTCAA
gi|100831                     :                                                                                                                                                                                                                 TCTATCTTC-C-AGGACGCGAGGATTCAATT-A---TT-AG-AT---GAT-T-A--TTCTTC--AAG-TA----G-A----T-----CAT-GA-CTG-AT-ACGACGC-TAT-CGCCGTTTAAA
gi|100832                     :                                                                                                                                                                                                                                                                          TCTGC--AAG-TA----A-A----T-----CAT-AA-TTA-AT-ACGATGC-TGT-CACCGTTTAAA