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lowQualScore                  :      .  .  ..      .. ..... ... .    ..  ... .     ....        ..   . .         . .          .. ... .   . .. . .   .   .      
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Reference ( gi|31273 )        : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T-A-TGTTT-T--TCCCCAAG--CATCG-ATACGGTTG-TATTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCA-GGGCTT
gi|31271                      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T-A-TGTGT-A--TCCCCAAA--CGTTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-ATT-GCG-GGGCTT
gi|31272                      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----C---C-TCTAC-CT-T-A-TGTTT-A--TCCCCAAA--CATTG-ATACGTTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-ATT-GCA-GAGCTT
gi|31274                      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T-A-TGTTA-A--TCAGCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TATCATGGAGCA--AA--G-AAC-C--G-T-GTT-GCA-GGGGTT
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Reference ( family-776 )      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCG-GGGCTT
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gi|31289                      :         -GC--ATTCTC--A-----A---C-TTTAT-TT-G--A-TGTTC--ATA--ACCAAG--CTGTG-ACATGGTTG-TGCTATGGAGCG--GA--G-GAC-C--G-T-GAT-GCT-GGGCT
gi|31290                      :               TTCCT--G-----A---C-TCTAC-CT-A--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATAAGGTTG-TGTTATAGAGCA--GC--A-GGT-C--G-T-GTT-GCA-GGGCTT
gi|31291                      :                    --G-----A---CATCTAT-TT-G--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATAAAGTTG-TGTTATTGATCA--GA--A-GAT-C--G-T-GTT-GTG-GGGCTT
gi|31292                      :                                                         C--CCCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCA-GGGCTT


blockSeqs                     :      T  A  TA      AA CTCAA GCA A     T  TGT  A     TC   TG      AC     T         T            GT  TC A   T GT T G   C  AC
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     T  TG   .     TC   .       AC     .         .            GT  TC .   T .  . .   C  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     T  GT   .     TC   .       AC     .         .            .   .  .   T .  . .   C  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     G  T    .     .    .       .      .         .            .   .  .   G .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  T    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  T    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  G    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  G 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  T    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  T    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  G 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  G    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  G 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  G    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  C    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  C    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  C    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  T    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  G    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  T 
blockSeqs                     :      .  .  .       .  .     .   .     .  A    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :         .  .       .  .     .   .     .  G    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  G 
blockSeqs                     :                    .  .     .   .     .  .    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  A 
blockSeqs                     :                    .  .     .   .     .  .    .     .    .       .      .         .            .   .  .   . .  . .   .  . 
blockSeqs                     :                                                          .       .      .                                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCG-GGGCTT
finalCons                     : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCG-GGGCTT





Alignments
lowQualScore                  :      2  2  22      22 44444 333 1     7  8888 1     77   22      77     1         1            55  55 1   7 22 1 1   5  66      
lowQualScore                  :      .  .  ..      .. ..... ... .     .  .... .     ..   ..      ..     .         .            ..  .. .   . .. . .   .  ..      
lowQualScore                  :      2  1  99      66 88888 333 9     6  8888 9     99   55      55     8         9            22  22 9   6 66 9 9   7  11      
consensus                     : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCG-GGGCTT
Reference ( family-776 )      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCG-GGGCTT
gi|31271                      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T--A-TGTGT--ATC--CCCAAA--CGTTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-ATT-GCG-GGGCTT
gi|31272                      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----C---C-TCTAC-CT-T--A-TGTTT--ATC--CCCAAA--CATTG-ATACGTTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-ATT-GCA-GAGCTT
gi|31273                      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T--A-TGTTT--TTC--CCCAAG--CATCG-ATACGGTTG-TATTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCA-GGGCTT
gi|31274                      : AACTC-GG-GC--ATTCCC--G-----A---C-TCTAC-CT-T--A-TGTTA--ATC--AGCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TATCATGGAGCA--AA--G-AAC-C--G-T-GTT-GCA-GGGGTT
gi|31275                      : AACCC-GG-GC--ATTCC---A-----A---C-TCTAC-CT-G--A-TGTTC--ATC--CCCAAG--CAGTG-ATACGATTG-TGTTATGAAACA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCA-GGGCTT
gi|31276                      : AACTC-GGAGC--AATCTC--------A---C-TCAAC-CT-T--A-TGTTT--ATC--CCCCAG--CATTGTGTACAGTTG-T-TTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GC--AGGCTT
gi|31277                      : AACTC-GG--C--AATCCA--G-----A---C-TCAAC-CT-TG-A-TGTTT--ATC--CCAAAG--CATTG-TTACGGTTG-TATTA--GGGCA--GA--GAGAA-C--G-T-GTT-GCACGGGCCT
gi|31278                      : AACTTTGG-GCTAAT--CC--G-----A---C-TC-AA-CT-T--A-TGTTT--ATC--CGCAAA--TGCTG-TTACGGTTGTTTTTATGGAGCA--GG--A-GAC-C--GTT-GTT-GCA-GGGCTT
gi|31279                      : AACTC-AG-AC--ACTCCT--G-----A-----TCTAC-------A-TGTTT--ATATGCCGAAG--CATTG-ATACG-TTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAT-CGTG-T-GTT-GTG-GGGCCT
gi|31280                      : AACTT-GA-GC--ATTCCCAAG-----A---A-TCTG--------A-TGTTT--ATC--AACTAG--CATTG-ATACGGT---TGTTATTGAGCA--GA--G-GAT-T--G-T-GTT-GCA-GGACCT
gi|31281                      : AACAC-GG-GA--ATTCCC--G-----A---A-TCAAT-CT-G--A-TGTTA--ATC--CCCAAG--TATTG-ATACAGTTG-TGTTATGGAACAGTGATCG-AAT-C--G-T-GTT-GGG-GGATTT
gi|31282                      : AACAC-GG-GA--ATTCCC--G-----A---A-TCAAT-CTGT--AATGTTA--ATT--CCCCAG--T-TTG-ATACAGTTG-TGTTATGGAACAGTGATCG-AAT-C--G-T-GTT-GGG-GGATTT
gi|31283                      : AACTC-GG-GC--TTTTCG--G-----A---C-TCTAT-CT-G--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CAATG-ATACG
gi|31284                      :  ACTT-GG-GC--ATTGCC--G-----A---C-TCTATTCT-C--G-TGTTTTCATC--TCAAAAACTATTG-ATACGGTTG-TATTATGGCACA--G---G-GACTC--G-T-GTTCGCA-GGGTTT
gi|31285                      :  ACTT-GG-GC--ATTGCC--G-----A---C-TCTATTCT-C--G-TGTTTTCATC--TCAAAAACTATTG-ATACGGTTG-TATTATGGCACA--G---G-GACTC--G-T-GTTCGCA-GGGTTT
gi|31286                      :  ACTT-GG-GC--ATTGCC--G-----A---C-TCTATTCT-C--G-TGTTTTCATC--TCAAAAACTATTG-ATACGGTTG-TATTATGGCACA--G---G-GACTC--G-T-GTTCGCA-GGGTTT
gi|31287                      :  ACTC-AA-GC--AATACC--GCTCAAA---C-CTTAC-AT-TGTA-TGTTT--ATC--C--AAG--CATTG-TTACGTTGG-TATTATGGAGCA--GA--G-GACGC--G-TGGTT-GCA-GGGCTT
gi|31288                      :  ACTC-GG-GC--AACAGC--G-----AGCAC-TCAACGCT-T----TGTTT----T--CCCAAG--CATTG-TTACG-TTG-TATTATGGAGCA--GA----GAC-C--G-T-GTT--CA-GGTCTT
gi|31289                      :         -GC--ATTCTC--A-----A---C-TTTAT-TT-G--A-TGTTC--ATA--ACCAAG--CTGTG-ACATGGTTG-TGCTATGGAGCG--GA--G-GAC-C--G-T-GAT-GCT-GGGCT
gi|31290                      :               TTCCT--G-----A---C-TCTAC-CT-A--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATAAGGTTG-TGTTATAGAGCA--GC--A-GGT-C--G-T-GTT-GCA-GGGCTT
gi|31291                      :                    --G-----A---CATCTAT-TT-G--A-TGTTT--ATC--CCCAAG--CATTG-ATAAAGTTG-TGTTATTGATCA--GA--A-GAT-C--G-T-GTT-GTG-GGGCTT
gi|31292                      :                                                         C--CCCAAG--CATTG-ATACGGTTG-TGTTATGGAGCA--GA--G-GAC-C--G-T-GTT-GCA-GGGCTT