lowQualScore : 1 111111111111 1111111111111 111 111111111
lowQualScore : 2 33 0 2 2 4 2 2 2 2 2 2 2 77777 44444 2 333333333333 22 1 44444 1 0000000000000 777 1 1 55555 333 000000000 333 777777 2 2 2 2 22
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . . ..... ..... . ............ .. . ..... . ............. ... . . ..... ... ......... ... ...... . . . . ..
lowQualScore : 4 22 4 1 1 2 1 1 1 1 1 0 0 88888 99999 0 888888888888 66 9 00000 9 5555555555555 999 9 9 00000 555 000000000 555 888888 0 0 0 0 88
consensus : TTTCAAAAACGT-TATCT--TGTTT-T-TT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC-G-G---C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
Reference ( gi|70950 ) : TTTCAAAAACGT-TATCT--TATTT-T-TT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC-A-G---C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70951 : TTTCAAAAACGT-TATCT--TGTTT-T-TT-GA-T-T-G-T-GACGT-CA-AGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC-A-G---C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------GG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70953 : TTTCAAAAACAT-TATCT--TGTTT-T-TT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGC-T-T---G-T------------AGTC--GC-A-G---C-G--------------TTTTA-TTACG-TCACAA-TAGATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70952 : TTTCAAAAAC-T-TATCT--TGTTT-T-TTTAA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC-A-G---C-G--------------TTTTA-TTACG-TCACAA-TAGATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70955 : TTTCAAAAACGT-TATCT--TGTTT-T--T-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AATC--GC-A-G---C-G-------------TTTTTATTCAC--TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TCT---C------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70954 : TTTCAAAAACGT-TATCT--TGTTT-TTTT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGTTT-T---G-T------------AGTC--GC-A-G---C-G-------------TTTTTA-TTGCA-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AA
gi|70958 : TTTCAAAAACGT-TATCT--CGTTT-T-TT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCCT-C---G-T------------AGTC--GC-A-G---C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAATTAAATCA-----AGTGCT---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATGAAAG
gi|70961 : TTTCAAAAACGT-TATCT--TGTTT-T----AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCAT-----G-T------------AGTCCAGC-A-G---C-G-------------TTTTT--TT-CA-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAG
gi|70957 : TTTCAAAAACGT-TATCT--TGTTT-T-TTTAA-TGT-GGT-GACGTGTAGCGAT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC-ATC---C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70959 : TTTCAAAAACGT-TATCTCGTTTTT-T-TT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTTGT---TGCCT-C---G-T------------AGTC--GC-A-AGGTC-G-------------TTTTT-TATACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-TGC-AGC--AATCAAGGT
gi|70956 : TTTAAAAAATGT-TATCT--TGTTT-A-TT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CATT-----TGTTT-T---A-T------------AGTT--GT-G-A---C-A-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAC---TATACAATG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70960 : TTTAAAAAGCGT-CATCT--TGTTT-T-TC-GA-T-T-G-T-GACGT-CA-AGTT-----TGATT-T---G-T------------AGTC--GG-G-A---A-A-------------ATTTTA--TACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70962 : TTTAAAAAACGT-CATCT--TGTTT-T-TT-AA-T-T-G-T-GACGT-TA-TGCT-----TGTTTAT---G-T--------------TC--GC-G-A---CAG-------------TTTTTTATTACGTTCAC-A-TACATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-C-A----AATC
gi|70963 : AAAAACGTGTATCT--TGTTTCT-TT-AA-T-TTG-T-GACGT-CA-CGTT------GCTT-----G-T------------AGTC--GC-A-G---C-A-------------TTTTTATTACCG-TCACAA-T-AATCAATTTGA---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70964 : aAAAGGT-TATCT--G---T-T-TT-AAGT-T-G-T-GACGT-CA-TGTT-----TGTTT-TTTGA-T------------AGTT--GC-G-A---C-GTCTCTTTGGGTGTTTTTTTCTTACG-TCAC-A-TAAATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-CTA-CGTAATCAAAG
gi|70965 : AACGC-TAT----TATTT-T-TT-AA-T-T-A-T-GACGT-CG-AGTT-----TCTTT-T---G-A------------AATA--GC-G-A---C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TT---------TAT---T------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70966 : AACGT-TATCT--G--TT-T-TT-AA-T-T-G-T-GACTT-CA-TGTT-----TGCTT-T---G-A------------AGTC--AC-T-A---C-A-------------TTTTTATT---G-TCACAA-TAAATCA-----A---TCTATTAAAAATTCTATT------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70967 : AACGT-TACAT--TTCTT-T-TG-AA-T-T-G-T-GACGT-TA-TGTTGTTTGTGTTT-T---T-TAAA---------AGTT--GT-A-A---C-G-------------TTTTTA-TAACA-TCACAA-TA
gi|70969 : TTT-T-TT-AA-T-T-G-TTGACGT-CA-C-TT-----TGCTTAT---GCT------------AGTA--GCCA-G---C-G-------------TTTT-ATT-ACG-TCACA--TAAATCA-----A---TCT--------TTC---TA-----TGCT-C-A-A--AATCAAG
gi|70968 : TT-T-TG-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-TGTT------G-TT-T---G-TGGGTTTTTTTCAAGTA--GC-A-A---C-G-------------TTTTTATA-ACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAT---T------AA-T-C-A-C--AATCAA
gi|70970 : tttc-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC-A-G---C-G-------------TTTTTATT-ACG-TAACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TA-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70971 : --GC-G-A---C-G-------------TACTTATT-ACG-TCACAA-TGAATCA-----A---TC---------CTC---A------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111 1111111111111 1
lowQualScore : 2 2 22 66 2 2 2 2 2 1 1 77777 44444 1 333333333333 22 7777 1 1 0000000000000 6 5 1 1 44444 333 999999999 333 777777 1 1 1 1 22
lowQualScore : . . .. .. . . . . . . . ..... ..... . ............ .. .... . . ............. . . . . ..... ... ......... ... ...... . . . . ..
lowQualScore : 2 0 88 88 0 0 0 0 0 9 9 44444 22222 9 111111111111 55 5555 8 8 0000000000000 2 2 8 8 88888 333 555555555 333 444444 9 9 9 9 66
consensus : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--G-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
Reference ( family-775 ) : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--G-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70950 : TTTCAAAAACGT-TATCTTATTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70951 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--GA-T-T-G-T-GACGT-CA-AGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------GG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70952 : TTTCAAAAAC-T-TATCTTGTTT-T-TTT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G--------------TTTTA-TTACG-TCACAA-TAGATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70953 : TTTCAAAAACAT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGC-T-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G--------------TTTTA-TTACG-TCACAA-TAGATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70954 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-TTTT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGTTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTGCA-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AA
gi|70955 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T--T--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AATC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATTCAC--TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TCT---C------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70956 : TTTAAAAAATGT-TATCTTGTTT-A-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CATT-----TGTTT-T---A-T------------AGTT--GT--G-A-C-A-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAC---TATACAATG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70957 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TTT-AA-TGT-GGT-GACGTGTAGCGAT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--ATC-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70958 : TTTCAAAAACGT-TATCTCGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCCT-C---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAATTAAATCA-----AGTGCT---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATGAAAG
gi|70959 : TTTCAAAAACGT-TATCTCGTTT-T-TTTTAA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTTGT---TGCCT-C---G-T------------AGTC--GCAAG-GTC-G-------------TTTTT-TATACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-TGC-AGC--AATCAAGGT
gi|70960 : TTTAAAAAGCGT-CATCTTGTTT-T-TC--GA-T-T-G-T-GACGT-CA-AGTT-----TGATT-T---G-T------------AGTC--GG--G-A-A-A-------------ATTTTA--TACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70961 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-----AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCAT-----G-T------------AGTCCAGC--A-G-C-G-------------TTTTT--TT-CA-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAG
gi|70962 : TTTAAAAAACGT-CATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-TA-TGCT-----TGTTTAT---G-T--------------TC--GC--G-A-CAG-------------TTTTTTATTACGTTCAC-A-TACATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-C-A----AATC
gi|70963 : AAAAACGTGTATCTTGTTTCT-TT--AA-T-TTG-T-GACGT-CA-CGTT------GCTT-----G-T------------AGTC--GC--A-G-C-A-------------TTTTTATTACCG-TCACAA-T-AATCAATTTGA---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70964 : aAAAGGT-TATCT-GTTT-T-----AAGT-T-G-T-GACGT-CA-TGTT-----TGTTT-TTTGA-T------------AGTT--GC--G-A-C-GTCTCTTTGGGTGTTTTTTTCTTACG-TCAC-A-TAAATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-CTA-CGTAATCAAAG
gi|70965 : AACGC-TAT--TATTT-T-TT--AA-T-T-A-T-GACGT-CG-AGTT-----TCTTT-T---G-A------------AATA--GC--G-A-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TT---------TAT---T------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70966 : AACGT-TATCT-GTTT-T--T--AA-T-T-G-T-GACTT-CA-TGTT-----TGCTT-T---G-A------------AGTC--AC--T-A-C-A-------------TTTTTATT---G-TCACAA-TAAATCA-----A---TCTATTAAAAATTCTATT------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70967 : AACGT-TACATTTCTT-T-TG--AA-T-T-G-T-GACGT-TA-TGTTGTTTGTGTTT-T---T-TAAA---------AGTT--GT--A-A-C-G-------------TTTTTA-TAACA-TCACAA-TA
gi|70968 : TT-T-TG--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-TGTT------G-TT-T---G-TGGGTTTTTTTCAAGTA--GC--A-A-C-G-------------TTTTTATA-ACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAT---T------AA-T-C-A-C--AATCAA
gi|70969 : tttcTTT-T-TT--AA-T-T-G-TTGACGT-CA-C-TT-----TGCTTAT---GCT------------AGTA--GCC-A-G-C-G-------------TTTT-ATT-ACG-TCACA--TAAATCA-----A---TCT--------TTC---TA-----TGCT-C-A-A--AATCAAG
gi|70970 : -CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATT-ACG-TAACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TA-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70971 : --GC--G-A-C-G-------------TACTTATT-ACG-TCACAA-TGAATCA-----A---TC---------CTC---A------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111 1111111111111 1
lowQualScore : 2 2 22 66 2 2 2 2 2 1 1 77777 44444 1 333333333333 22 7777 1 1 0000000000000 6 5 1 1 44444 333 999999999 333 777777 1 1 1 1 22
lowQualScore : . . .. .. . . . . . . . ..... ..... . ............ .. .... . . ............. . . . . ..... ... ......... ... ...... . . . . ..
lowQualScore : 2 0 88 88 0 0 0 0 0 9 9 44444 22222 9 111111111111 55 5555 8 8 0000000000000 2 2 8 8 88888 333 555555555 333 444444 9 9 9 9 66
consensus : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--G-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
Reference ( family-775 ) : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--G-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70950 : TTTCAAAAACGT-TATCTTATTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70951 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--GA-T-T-G-T-GACGT-CA-AGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------GG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70952 : TTTCAAAAAC-T-TATCTTGTTT-T-TTT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G--------------TTTTA-TTACG-TCACAA-TAGATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70953 : TTTCAAAAACAT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGC-T-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G--------------TTTTA-TTACG-TCACAA-TAGATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70954 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-TTTT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGTTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTGCA-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AA
gi|70955 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T--T--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AATC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATTCAC--TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TCT---C------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70956 : TTTAAAAAATGT-TATCTTGTTT-A-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CATT-----TGTTT-T---A-T------------AGTT--GT--G-A-C-A-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAC---TATACAATG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70957 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TTT-AA-TGT-GGT-GACGTGTAGCGAT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--ATC-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70958 : TTTCAAAAACGT-TATCTCGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCCT-C---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAATTAAATCA-----AGTGCT---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATGAAAG
gi|70959 : TTTCAAAAACGT-TATCTCGTTT-T-TTTTAA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTTGT---TGCCT-C---G-T------------AGTC--GCAAG-GTC-G-------------TTTTT-TATACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-TGC-AGC--AATCAAGGT
gi|70960 : TTTAAAAAGCGT-CATCTTGTTT-T-TC--GA-T-T-G-T-GACGT-CA-AGTT-----TGATT-T---G-T------------AGTC--GG--G-A-A-A-------------ATTTTA--TACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70961 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-----AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCAT-----G-T------------AGTCCAGC--A-G-C-G-------------TTTTT--TT-CA-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAG
gi|70962 : TTTAAAAAACGT-CATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-TA-TGCT-----TGTTTAT---G-T--------------TC--GC--G-A-CAG-------------TTTTTTATTACGTTCAC-A-TACATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-C-A----AATC
gi|70963 : AAAAACGTGTATCTTGTTTCT-TT--AA-T-TTG-T-GACGT-CA-CGTT------GCTT-----G-T------------AGTC--GC--A-G-C-A-------------TTTTTATTACCG-TCACAA-T-AATCAATTTGA---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70964 : aAAAGGT-TATCT-GTTT-T-----AAGT-T-G-T-GACGT-CA-TGTT-----TGTTT-TTTGA-T------------AGTT--GC--G-A-C-GTCTCTTTGGGTGTTTTTTTCTTACG-TCAC-A-TAAATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-CTA-CGTAATCAAAG
gi|70965 : AACGC-TAT--TATTT-T-TT--AA-T-T-A-T-GACGT-CG-AGTT-----TCTTT-T---G-A------------AATA--GC--G-A-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TT---------TAT---T------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70966 : AACGT-TATCT-GTTT-T--T--AA-T-T-G-T-GACTT-CA-TGTT-----TGCTT-T---G-A------------AGTC--AC--T-A-C-A-------------TTTTTATT---G-TCACAA-TAAATCA-----A---TCTATTAAAAATTCTATT------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70967 : AACGT-TACATTTCTT-T-TG--AA-T-T-G-T-GACGT-TA-TGTTGTTTGTGTTT-T---T-TAAA---------AGTT--GT--A-A-C-G-------------TTTTTA-TAACA-TCACAA-TA
gi|70968 : TT-T-TG--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-TGTT------G-TT-T---G-TGGGTTTTTTTCAAGTA--GC--A-A-C-G-------------TTTTTATA-ACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAT---T------AA-T-C-A-C--AATCAA
gi|70969 : tttcTTT-T-TT--AA-T-T-G-TTGACGT-CA-C-TT-----TGCTTAT---GCT------------AGTA--GCC-A-G-C-G-------------TTTT-ATT-ACG-TCACA--TAAATCA-----A---TCT--------TTC---TA-----TGCT-C-A-A--AATCAAG
gi|70970 : -CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATT-ACG-TAACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TA-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70971 : --GC--G-A-C-G-------------TACTTATT-ACG-TCACAA-TGAATCA-----A---TC---------CTC---A------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
blockSeqs : G C TT TT G G T G T G G GTTTG TTTG C GGGTTTTTTTCA CA AAG T A TCTCTTTGGGTGT T T T T ATTTG GTG TATTAAAAA TAT ATACAA C G T G GT
blockSeqs : . . T T . . . . . . . GT AT . AAA . AT . . . T T . . . . T . A . . . . .
blockSeqs : . . T T . . . . . . . . AT . . . CA . . . A T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . A . . . T T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . A . . . C C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . A . . . T T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . A . . . T T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . A . . . T T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . G . . . T T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . A . . . T T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . C . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . C . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . T . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--G-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
finalCons : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--G-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111 1111111111111 1
lowQualScore : 2 2 22 66 2 2 2 2 2 1 1 77777 44444 1 333333333333 22 7777 1 1 0000000000000 6 5 1 1 44444 333 999999999 333 777777 1 1 1 1 22
lowQualScore : . . .. .. . . . . . . . ..... ..... . ............ .. .... . . ............. . . . . ..... ... ......... ... ...... . . . . ..
lowQualScore : 2 0 88 88 0 0 0 0 0 9 9 44444 22222 9 111111111111 55 5555 8 8 0000000000000 2 2 8 8 88888 333 555555555 333 444444 9 9 9 9 66
consensus : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--G-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
Reference ( family-775 ) : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--G-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70950 : TTTCAAAAACGT-TATCTTATTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATTTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70951 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TT--GA-T-T-G-T-GACGT-CA-AGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------GG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70952 : TTTCAAAAAC-T-TATCTTGTTT-T-TTT-AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G--------------TTTTA-TTACG-TCACAA-TAGATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70953 : TTTCAAAAACAT-TATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGC-T-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G--------------TTTTA-TTACG-TCACAA-TAGATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70954 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-TTTT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGTTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTGCA-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AA
gi|70955 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T--T--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AATC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATTCAC--TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TCT---C------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70956 : TTTAAAAAATGT-TATCTTGTTT-A-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CATT-----TGTTT-T---A-T------------AGTT--GT--G-A-C-A-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAC---TATACAATG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70957 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-TTT-AA-TGT-GGT-GACGTGTAGCGAT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--ATC-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70958 : TTTCAAAAACGT-TATCTCGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCCT-C---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAATTAAATCA-----AGTGCT---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATGAAAG
gi|70959 : TTTCAAAAACGT-TATCTCGTTT-T-TTTTAA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTTGT---TGCCT-C---G-T------------AGTC--GCAAG-GTC-G-------------TTTTT-TATACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-TGC-AGC--AATCAAGGT
gi|70960 : TTTAAAAAGCGT-CATCTTGTTT-T-TC--GA-T-T-G-T-GACGT-CA-AGTT-----TGATT-T---G-T------------AGTC--GG--G-A-A-A-------------ATTTTA--TACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70961 : TTTCAAAAACGT-TATCTTGTTT-T-----AA-T-T-G-T-GACGT-CA-CGTT-----TGCAT-----G-T------------AGTCCAGC--A-G-C-G-------------TTTTT--TT-CA-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAG
gi|70962 : TTTAAAAAACGT-CATCTTGTTT-T-TT--AA-T-T-G-T-GACGT-TA-TGCT-----TGTTTAT---G-T--------------TC--GC--G-A-CAG-------------TTTTTTATTACGTTCAC-A-TACATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-C-A----AATC
gi|70963 : AAAAACGTGTATCTTGTTTCT-TT--AA-T-TTG-T-GACGT-CA-CGTT------GCTT-----G-T------------AGTC--GC--A-G-C-A-------------TTTTTATTACCG-TCACAA-T-AATCAATTTGA---TC---------TTC---T------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70964 : aAAAGGT-TATCT-GTTT-T-----AAGT-T-G-T-GACGT-CA-TGTT-----TGTTT-TTTGA-T------------AGTT--GC--G-A-C-GTCTCTTTGGGTGTTTTTTTCTTACG-TCAC-A-TAAATCA-----A---TC---------TAC---T------TG-T-CTA-CGTAATCAAAG
gi|70965 : AACGC-TAT--TATTT-T-TT--AA-T-T-A-T-GACGT-CG-AGTT-----TCTTT-T---G-A------------AATA--GC--G-A-C-G-------------TTTTTA-TTACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TT---------TAT---T------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70966 : AACGT-TATCT-GTTT-T--T--AA-T-T-G-T-GACTT-CA-TGTT-----TGCTT-T---G-A------------AGTC--AC--T-A-C-A-------------TTTTTATT---G-TCACAA-TAAATCA-----A---TCTATTAAAAATTCTATT------TG-T-C-A-C--AATCAA
gi|70967 : AACGT-TACATTTCTT-T-TG--AA-T-T-G-T-GACGT-TA-TGTTGTTTGTGTTT-T---T-TAAA---------AGTT--GT--A-A-C-G-------------TTTTTA-TAACA-TCACAA-TA
gi|70968 : TT-T-TG--AA-T-T-G-T-GACGT-CA-TGTT------G-TT-T---G-TGGGTTTTTTTCAAGTA--GC--A-A-C-G-------------TTTTTATA-ACG-TCACAA-TAAATCA-----A---TC---------TAT---T------AA-T-C-A-C--AATCAA
gi|70969 : tttcTTT-T-TT--AA-T-T-G-TTGACGT-CA-C-TT-----TGCTTAT---GCT------------AGTA--GCC-A-G-C-G-------------TTTT-ATT-ACG-TCACA--TAAATCA-----A---TCT--------TTC---TA-----TGCT-C-A-A--AATCAAG
gi|70970 : -CA-CGTT-----TGCTT-T---G-T------------AGTC--GC--A-G-C-G-------------TTTTTATT-ACG-TAACAA-TAAATCA-----A---TC---------TTC---T------TA-T-C-A-C--AATCAAGGT
gi|70971 : --GC--G-A-C-G-------------TACTTATT-ACG-TCACAA-TGAATCA-----A---TC---------CTC---A------TG-T-C-A-C--AATCAAGGT