lowQualScore : 1111111111 22222
lowQualScore : 3 3 2 2 2 6666 2 888 66666 2 2 1 1 2 2 2 2 2 66666 66 5 2 2 2 444 22 5555 333 666 2 2 33 2 2 2 33 33 2 888 4 2 666 9999 333 2 2 5555555555 2 2 22 4 666666 2 44 2 2 1 1 666 22 1 44 77 5 1 1 0 44 3 44 3 22222 22 3 1 1 4 2 666666 2 4 555 22
lowQualScore : . . . . . .... . ... ..... . . . . . . . . . ..... .. . . . . ... .. .... ... ... . . .. . . . .. .. . ... . . ... .... ... . . .......... . . .. . ...... . .. . . . . ... .. . .. .. . . . . .. . .. . ..... .. . . . . . ...... . . ... ..
lowQualScore : 3 1 9 9 9 1111 9 999 77777 7 5 3 1 5 5 5 5 5 22222 99 0 5 5 5 444 66 0000 999 111 2 2 11 2 2 2 11 11 2 333 4 8 111 2222 999 2 2 7777777777 0 0 88 0 888888 0 88 0 0 9 9 111 66 9 55 11 7 9 9 3 55 8 55 8 99999 66 8 9 9 0 1 111111 1 2 888 77
consensus : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTTACGG-AGGGGGT-G-AG-GTAAGG-GAG-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
Reference ( gi|113005 ) : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTTACAG-AGGGGGT-G-AG-GTAAGG-GAG-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-C-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113006 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GG-----GGGTCAA-TGTC-AATGTTACAG-AGGGGGT-G-AG-GTAAGG-GAG-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGC-TT----TCC---GT--TTA-A-A--C--TT-GT-A--TG--T-C---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-C--T-A-C-AG--CGGG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CCAA-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATAT
gi|113007 : TTTTAAT-CTGG-C-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTTACAG-AGGGGGTGG-AG-GTAAGG-GAC-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGC-TT----TCC---G---CTA-A-A--CG-TT-GT-A--TG--T-G----TTG-TT-GGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-CGAG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-A-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TTAATTATATA
gi|113008 : TTTTAGT-CTGGGC-AAT-GAAG-CA-TTC----AATT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTTACAG-AGGGGGT-G-AG-ATAAGG-GAG-----TCTA--T-AAG-AGG-TAC-A---GGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-CT-GCAA--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---TA-----AAA-AG-A--A-ATA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT-CTTATATA
gi|113009 : TTTTAATTCTGGGC-AAC-GA-G-CA-TTC----TGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-A-TGTTATGG-AGGAGGT-G-AG-GTTAGG-AAG-----TCTA--T-AGG-GGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--ATAT----TA-GA-G--T-T-CT-T---T-AG--C-GG--TG--AC-CT-ACAATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-G-AA-TGG-G-A-------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113010 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTTCT---GA-----GGGTCAATTGTC-AATAGTACAG-AGGGGGT-G-A--GTAAGG-GAG-----TCTA--T-AGGAAGG-T---A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-GCGATCTGCTTGGGC---G-A--T-A---AAT-GGACGAA---C------AAC-AG-A--A-ATA---T--GA-GT-T-T-CT-T-ACC-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------C--TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113012 : TTTTAGT-CTGGAG-AAT-GAAG-CA-ATC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTTATGG-AGGGGGT-G-AG-GTAAGG-GAG-----TCTA--T-AGG-AGG-CAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-GTTTGTTT-G---TTTG-TTAGAC---G-C--TAA-------------------------------A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TA--AC-TT-AC-ATTT--TGATT--CC-C-----A--AA-A-A-TA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-GTTATATA
gi|113011 : TTTTAAT--TGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCCA-TGTCTAATAGTACAG-A--GGGT-G-AG-GTAAGG---G-----TCTA--T-A-G-AGG-TAC-----AGAAGGGGT-TTTTAATCC---GGGCGTA-A-A--CAGTT-GT-A--TG--T-GT--TTTG-TT-GGC---G-AT-TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AGAA--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CG-T-A-C--G--C-GGCTTG--AC-AT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CAA---A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATA
gi|113013 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-TTG-AA-----GGGTCAA-TGTC-AATATTATGG-AGGGGGT-GAAG-GTCAGGAAAG-----TCTA--T-AGG-AG----T-C---AGAA-GTGG-TT----TCC---G---GTA-A-AAGCA-TC-GT-C--TG--T-G----TTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-TGA-GAA---G------AAAGAG-A--G-AGA----G-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GGT-TGTTACGCT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------TT-TGTTG---TT--TTATATA
gi|113014 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CATTTC----GTTT-T---GG-----GCGTCAA---TC--ATATT---G-A-GGGGT-G-A--GTAA-G-GAG-----TCTAATT-AG---AG-TAC-A---GAGAGGGG---T----TCC---G---GTA-A-A--CA-TC-GT-A--TG--T-GT--TTTG-TTGGGC---G-ATTTAA---AATGGGA-GAA---G------AAA-AG-A--ATATA---TA-GA-G--T-T-CTGT-A-T-A---C--G--TGA-AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CCAC-----A--AAGA-A-GA-TGGAG-AC------CT-TGATG---TT-ATTATATA
gi|113016 : TTTTAGA-TTGGGC-TAT-GATG-CA-TTC----AATT-T---GATTTGAAAATGAA-TGCC-AGTTTTATGT-AAGGGGT-G-AG-GTAAGG-GAA-----TCTA--T-CGC-ATG-TAC-A---AAAGGGGGT-TT----TCT---G---GTA-A-G--CA-TT-GC-A--TG--C-G---CTTG-TTGTAC---G-C--TAA---AAT-GGA-GAA----------AAA-GG-A--A-AGA---TA-GA-G--T-T-CT-A-A-T-AG--C-AA--TG--AC-CT-AC-ATTT--TTA-C--TC-C-----A--AA-A-A-GA-TATAG-AC------TT-TA-TG---TT-GTTATATA
gi|113015 : TTTTAGT-CTGG-C-AAT-GAAG-CA-TTC----AAGT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGGTTTATAGAAGGGGGT-G-AG-GTAAGG-GAG-----TCTG--TAAGG-AGA-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-----A-TT-A------A--T-A---TT-------------------------T-GGA-GAA---T------CAA-AA-A--A-AT-------GA-G--T-T-CT-TAA-T-AG--C-GG--TG--AC-TT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CT----C--AA-A-A-GA-TGGAATAC------CT-TG-TGT--TT-GTTATA
gi|113017 : TTTTAAT-CTGGGCCAACCGAAGGCA-TTTTTCGAATT-TTTGGA-----GGGTCA--TGTT-GATG-----G-AGGGG-T-G-AGTGTAGGA-GAGGCAAGTCTAATC-AGG-AGGATAC-AGGGAGAAGGGGGGTT----TCC---G---GTA-A-A--C--CT-GT-A--TG--T-G---TTTGTTTGGGCGGGG-A--TAAATTAAT-GGA-GAACTTC------AAA-AG-ATTA-ATATTTTA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--G-CG--TGCAGCACT-AA-TTTT--TGA-T--TC-CCCTA-A--AA-A-A-GAGTGGAA-CT------CT-AG-TG---TT-ATTTTATA
gi|113018 : -AAT-GAAA-CA-TTC----AATT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-ATCGTTACAG-AGGGGGT-G-AG-GTAAGG-GAG-----TCTA--TTAGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---T------AAA-AG-A--A-ATA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-TC-CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT--TTCTATA
gi|113019 : -GGAG-CA-TTC----AGTT-T---G-------GATCA--TGTC-AGTAATTTGG-AGGGA-T-G-AG--TAAAG-G-----------------G-AAG-TACTA---AGA-----------------------GTA-AGA--CA-T--------------G---TTGG-TTAAACC--G-C--TAA---AAT-GGA-G-----T------AAA-GA-A--A-ATA---TG-GA-ATTT-T-CT-T-T-G-AG--T-GG--TT--AC-C--AC-ATTTG-TGATT--CC-C-----A--AAGA-A-GA--GGA
gi|113020 : A-----AGGTCAA-TATC-AGTGTTATGG-AGGGGGT-G-GG-ATAAGG-GGG-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AAAAAGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A---A-TT-AC-A--TG--C-G---TTTG-CTTGAC---G-C--TGA---AAT-AGA-GAA----------AAA-CG-G--A-A---------A-G--T-T-AT-T-A-C-AGCTC-GG--CG--AC-TT-CC-ATTA--TGA-T--CC-C-----G--AA-A-A-
gi|113021 : C-AGTGTTATAG-AGGGGGT-G-AG-GTAAGG-GGG-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCA---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---G------AAA-AA-A--A-A-A---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CA-TG-TG---TT-ATTATAa
gi|113022 : GG-TT----TTCATTG---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TT-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TAA----CC-C-----A--AA-ACA-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113023 : ---G---GTATA-A--CA-TTTGT-A--TG--TTG---TTTG-TTGGGC---GAA--TAA---AAT-GGA-GAA---CTAGGAGGAG-AG-A--A-ATAT--TATGATG--TAT-CT-T-A-T-AG--C--G--TG--AC-ATCAT-ATTTGCTGA-T--CC-C-----ATGAA-A-ATGATTGGAA-TC------CG-TG-TGATTTT-ATTATTTA
gi|113024 : A---C------AGA-AG-T--C-CTA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-TCCCC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113025 : A-AA-A--T-ATA---TA-CA-G--T-CGCT-T-C-G-GG--A-GG--TT--GCGCT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CTATGAA--AA-A-G-GA-TGGAC-AC------CTGTG-TG---GT-AATA
gi|113026 : T-T-A-C-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-CT----A--AA-A-A-GA-TGGAA-ACCGTAAGCT-TG-TA---TT-GTTATATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 22222
lowQualScore : 3 2 2 2 2 5555 2 888 66666 2 2 5 2 33 2 2 2 2 55555 66 4 2 2 2 444 44 4444 333 555 2 2 22 2 2 2 22 22 2 777 4 2 555 8888 333 2 2 4444444444 1 1 22 1 777777 1 44 1 1 1 1 1 1 22 1 44 66 5 1 1 44 3 44 3 11111 22 3 1 1 3 2 555555 2 4 555 22
lowQualScore : . . . . . .... . ... ..... . . . . .. . . . . ..... .. . . . . ... .. .... ... ... . . .. . . . .. .. . ... . . ... .... ... . . .......... . . .. . ...... . .. . . . . . . .. . .. .. . . . .. . .. . ..... .. . . . . . ...... . . ... ..
lowQualScore : 1 9 7 7 7 7777 7 333 22222 5 4 4 4 44 4 4 4 4 99999 55 7 4 4 4 111 77 7777 777 888 1 1 99 1 1 1 99 99 1 999 2 1 888 2222 777 1 1 5555555555 9 9 66 9 555555 9 55 9 9 8 8 8 8 55 8 33 88 5 8 8 33 6 33 6 88888 55 6 8 8 8 0 888888 0 0 555 11
consensus : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
Reference ( family-772 ) : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113005 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-C-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113006 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GG-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGC-TT----TCC---GT--TTA-A-A--C--TT-GT-A--TG--T-C---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-C--T-A-C-AG--CGGG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CCAA-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATAT
gi|113007 : TTTTAAT-CTGG-C-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGTGGA-G-GTAAGGGA-C-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGC-TT----TCC---G---CTA-A-A--CG-TT-GT-A--TG--T-G----TTG-TT-GGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-CGAG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-A-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TTAATTATATA
gi|113008 : TTTTAGT-CTGGGC-AAT-GAAG-CA-TTC----AATT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-ATAAGGGA-G-----TCTA--T-AAG-AGG-TAC-A---GGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-CT-GCAA--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---TA-----AAA-AG-A--A-ATA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT-CTTATATA
gi|113009 : TTTTAATTCTGGGC-AAC-GA-G-CA-TTC----TGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-A-TGTT-AT-GGAGGAGGT-GA-G-GTTAGGAA-G-----TCTA--T-AGG-GGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG----A-ATAT--TA-GA-G--T-T-CT-T---T-AG--C-GG--TG--AC-CT-ACAATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-G-AA-TGG-G-A-------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113010 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTTCT---GA-----GGGTCAATTGTC-AATAGT-AC-AGAGGGGGT-GA---GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGGAAGG-T---A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-GCGATCTGCTTGGGC---G-A--T-A---AAT-GGACGAA---C------AAC-AG-A--A-ATA---T--GA-GT-T-T-CT-T-ACC-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------C--TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113011 : TTTTAAT--TGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCCA-TGTCTAATAGT-AC---AGAGGGT-GA-G-GTAAGG---G-----TCTA--T-A-G-AGG-TAC-----AGAAGGGGT-TTTTAATCC---GGGCGTA-A-A--CAGTT-GT-A--TG--T-GT--TTTG-TT-GGC---G-AT-TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AGAA--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CG-T-A-C--G--C-GGCTTG--AC-AT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CAA---A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATA
gi|113012 : TTTTAGT-CTGGAG-AAT-GAAG-CA-ATC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AT-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-CAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-GTTTGTTT-G---TTTG-TTAGAC---G-C--TAA-------------------------------A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TA--AC-TT-AC-ATTT--TGATT--CC-C-----A--AA-A-A-TA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-GTTATATA
gi|113013 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-TTG-AA-----GGGTCAA-TGTC-AATATT-AT-GGAGGGGGT-GAAG-GTCAGGAAAG-----TCTA--T-AGG-AGT-CA-------GAAGTGG--TT----TCC---G---GTA-A-AAGCA-TC-GT-C--TG--T-G---TT-G-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-TGA-GAA---G------AAAGAG-A--G-AGA----G-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GGT-TGTTACGCT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------TT-TGTTG---TT--TTATATA
gi|113014 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CATTTC----GTTT-T---GG-----GCGTCAA---TC-A-TATT-----GA-GGGGT-GA---GTAA-GGA-G-----TCTAATT-AG---AG-TAC-A---GAGAGGGG---T----TCC---G---GTA-A-A--CA-TC-GT-A--TG--T-GT--TTTG-TTGGGC---G-ATTTAA---AATGGGA-GAA---G------AAA-AG-A--ATATA---TA-GA-G--T-T-CTGT-A-T-A---C--G--TGA-AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CCAC-----A--AAGA-A-GA-TGGAG-AC------CT-TGATG---TT-ATTATATA
gi|113015 : TTTTAGT-CTGG-C-AAT-GAAG-CA-TTC----AAGT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGGTTT-ATAGAAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTG--TAAGG-AGA-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-----A-TT-A------A--T-A---TT-------------------------T-GGA-GAA---T------CAA-AA-A--A-AT-------GA-G--T-T-CT-TAA-T-AG--C-GG--TG--AC-TT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CT----C--AA-A-A-GA-TGGAATAC------CT-TG-TGT--TT-GTTATA
gi|113016 : TTTTAGA-TTGGGC-TAT-GATG-CA-TTC----AATT-T---GATTTGAAAATGAA-TGCC-AGTTTT-AT-GTAAGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-A-----TCTA--T-CGC-ATG-TAC-A---AAAGGGGGT-TT----TCT---G---GTA-A-G--CA-TT-GC-A--TG--C-G---CTTG-TTGTAC---G-C--TAA---AAT-GGA-GAA----------AAA-GG-A--A-AGA---TA-GA-G--T-T-CT-A-A-T-AG--C-AA--TG--AC-CT-AC-ATTT--TTA-C--TC-C-----A--AA-A-A-GA-TATAG-AC------TT-TA-TG---TT-GTTATATA
gi|113017 : TTTTAAT-CTGGGCCAACCGAAGGCA-TTTTTCGAATT-TTTGGA-----GGGTCA---------TGTTGAT-GGAGGGG-T-GA-GTGTAGGAGA-GGCAAGTCTAATC-AGG-AGGATAC-AGGGAGAAGGGGGGTT----TCC---G---GTA-A-A--C--CT-GT-A--TG--T-G---TTTGTTTGGGCGGGG-A--TAAATTAAT-GGA-GAACTTC------AAA-AG-ATTA-ATATTTTA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--G-CG--TGCAGCACT-AA-TTTT--TGA-T--TC-CCCTA-A--AA-A-A-GAGTGGAA-CT------CT-AG-TG---TT-ATTTTATA
gi|113018 : -AAT-GAAA-CA-TTC----AATT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-ATCGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--TTAGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---T------AAA-AG-A--A-ATA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-TC-CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT--TTCTATA
gi|113019 : -GGAG-CA-TTC----AGTT-T---G-------GATCA--TGTC-AGTAAT-TT-GGAGGGA-T-GA-G--TAAAGG------------------G-AAG-TACTA---AGA-----------------------GTA-AGA--CA-T--------------G---TTGG-TTAAACC--G-C--TAA---AAT-GGA-G-----T------AAA-GA-A--A-ATA---TG-GA-ATTT-T-CT-T-T-G-AG--T-GG--TT--AC-C--AC-ATTTG-TGATT--CC-C-----A--AAGA-A-GA--GGA
gi|113020 : A-----AGGTCAA-TATC-AGTGTT-AT-GGAGGGGGT-GG-G-ATAAGGGG-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AAAAAGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A---A-TT-AC-A--TG--C-G---TTTG-CTTGAC---G-C--TGA---AAT-AGA-GAA----------AAA-CG-G--A-A---------A-G--T-T-AT-T-A-C-AGCTC-GG--CG--AC-TT-CC-ATTA--TGA-T--CC-C-----G--AA-A-A-
gi|113021 : C-AGTGTT-AT-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGG-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCA---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---G------AAA-AA-A--A-A-A---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CA-TG-TG---TT-ATTATAa
gi|113022 : GG-TT----TTCATTG---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TT-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TAA----CC-C-----A--AA-ACA-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113023 : ---G---GTATA-A--CA-TTTGT-A--TG--TTG---TTTG-TTGGGC---GAA--TAA---AAT-GGA-GAA---CTAGGAGGAG-AG-A--A-ATAT--TATGATG--TAT-CT-T-A-T-AG--C--G--TG--AC-ATCAT-ATTTGCTGA-T--CC-C-----ATGAA-A-ATGATTGGAA-TC------CG-TG-TGATTTT-ATTATTTA
gi|113024 : A---C------AGA-AG-T--C-CTA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-TCCCC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113025 : A-AA-A--T-ATA---TA-CA-G--T-CGCT-T-C-G-GG--A-GG--TT--GCGCT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CTATGAA--AA-A-G-GA-TGGAC-AC------CTGTG-TG---GT-AATA
gi|113026 : T-T-A-C-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-CT----A--AA-A-A-GA-TGGAA-ACCGTAAGCT-TG-TA---TT-GTTATATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 22222
lowQualScore : 3 2 2 2 2 5555 2 888 66666 2 2 5 2 33 2 2 2 2 55555 66 4 2 2 2 444 44 4444 333 555 2 2 22 2 2 2 22 22 2 777 4 2 555 8888 333 2 2 4444444444 1 1 22 1 777777 1 44 1 1 1 1 1 1 22 1 44 66 5 1 1 44 3 44 3 11111 22 3 1 1 3 2 555555 2 4 555 22
lowQualScore : . . . . . .... . ... ..... . . . . .. . . . . ..... .. . . . . ... .. .... ... ... . . .. . . . .. .. . ... . . ... .... ... . . .......... . . .. . ...... . .. . . . . . . .. . .. .. . . . .. . .. . ..... .. . . . . . ...... . . ... ..
lowQualScore : 1 9 7 7 7 7777 7 333 22222 5 4 4 4 44 4 4 4 4 99999 55 7 4 4 4 111 77 7777 777 888 1 1 99 1 1 1 99 99 1 999 2 1 888 2222 777 1 1 5555555555 9 9 66 9 555555 9 55 9 9 8 8 8 8 55 8 33 88 5 8 8 33 6 33 6 88888 55 6 8 8 8 0 888888 0 0 555 11
consensus : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
Reference ( family-772 ) : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113005 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-C-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113006 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GG-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGC-TT----TCC---GT--TTA-A-A--C--TT-GT-A--TG--T-C---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-C--T-A-C-AG--CGGG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CCAA-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATAT
gi|113007 : TTTTAAT-CTGG-C-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGTGGA-G-GTAAGGGA-C-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGC-TT----TCC---G---CTA-A-A--CG-TT-GT-A--TG--T-G----TTG-TT-GGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-CGAG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-A-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TTAATTATATA
gi|113008 : TTTTAGT-CTGGGC-AAT-GAAG-CA-TTC----AATT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-ATAAGGGA-G-----TCTA--T-AAG-AGG-TAC-A---GGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-CT-GCAA--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---TA-----AAA-AG-A--A-ATA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT-CTTATATA
gi|113009 : TTTTAATTCTGGGC-AAC-GA-G-CA-TTC----TGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-A-TGTT-AT-GGAGGAGGT-GA-G-GTTAGGAA-G-----TCTA--T-AGG-GGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG----A-ATAT--TA-GA-G--T-T-CT-T---T-AG--C-GG--TG--AC-CT-ACAATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-G-AA-TGG-G-A-------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113010 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTTCT---GA-----GGGTCAATTGTC-AATAGT-AC-AGAGGGGGT-GA---GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGGAAGG-T---A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-GCGATCTGCTTGGGC---G-A--T-A---AAT-GGACGAA---C------AAC-AG-A--A-ATA---T--GA-GT-T-T-CT-T-ACC-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------C--TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113011 : TTTTAAT--TGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCCA-TGTCTAATAGT-AC---AGAGGGT-GA-G-GTAAGG---G-----TCTA--T-A-G-AGG-TAC-----AGAAGGGGT-TTTTAATCC---GGGCGTA-A-A--CAGTT-GT-A--TG--T-GT--TTTG-TT-GGC---G-AT-TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AGAA--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CG-T-A-C--G--C-GGCTTG--AC-AT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CAA---A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATA
gi|113012 : TTTTAGT-CTGGAG-AAT-GAAG-CA-ATC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AT-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-CAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-GTTTGTTT-G---TTTG-TTAGAC---G-C--TAA-------------------------------A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TA--AC-TT-AC-ATTT--TGATT--CC-C-----A--AA-A-A-TA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-GTTATATA
gi|113013 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-TTG-AA-----GGGTCAA-TGTC-AATATT-AT-GGAGGGGGT-GAAG-GTCAGGAAAG-----TCTA--T-AGG-AGT-CA-------GAAGTGG--TT----TCC---G---GTA-A-AAGCA-TC-GT-C--TG--T-G---TT-G-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-TGA-GAA---G------AAAGAG-A--G-AGA----G-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GGT-TGTTACGCT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------TT-TGTTG---TT--TTATATA
gi|113014 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CATTTC----GTTT-T---GG-----GCGTCAA---TC-A-TATT-----GA-GGGGT-GA---GTAA-GGA-G-----TCTAATT-AG---AG-TAC-A---GAGAGGGG---T----TCC---G---GTA-A-A--CA-TC-GT-A--TG--T-GT--TTTG-TTGGGC---G-ATTTAA---AATGGGA-GAA---G------AAA-AG-A--ATATA---TA-GA-G--T-T-CTGT-A-T-A---C--G--TGA-AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CCAC-----A--AAGA-A-GA-TGGAG-AC------CT-TGATG---TT-ATTATATA
gi|113015 : TTTTAGT-CTGG-C-AAT-GAAG-CA-TTC----AAGT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGGTTT-ATAGAAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTG--TAAGG-AGA-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-----A-TT-A------A--T-A---TT-------------------------T-GGA-GAA---T------CAA-AA-A--A-AT-------GA-G--T-T-CT-TAA-T-AG--C-GG--TG--AC-TT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CT----C--AA-A-A-GA-TGGAATAC------CT-TG-TGT--TT-GTTATA
gi|113016 : TTTTAGA-TTGGGC-TAT-GATG-CA-TTC----AATT-T---GATTTGAAAATGAA-TGCC-AGTTTT-AT-GTAAGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-A-----TCTA--T-CGC-ATG-TAC-A---AAAGGGGGT-TT----TCT---G---GTA-A-G--CA-TT-GC-A--TG--C-G---CTTG-TTGTAC---G-C--TAA---AAT-GGA-GAA----------AAA-GG-A--A-AGA---TA-GA-G--T-T-CT-A-A-T-AG--C-AA--TG--AC-CT-AC-ATTT--TTA-C--TC-C-----A--AA-A-A-GA-TATAG-AC------TT-TA-TG---TT-GTTATATA
gi|113017 : TTTTAAT-CTGGGCCAACCGAAGGCA-TTTTTCGAATT-TTTGGA-----GGGTCA---------TGTTGAT-GGAGGGG-T-GA-GTGTAGGAGA-GGCAAGTCTAATC-AGG-AGGATAC-AGGGAGAAGGGGGGTT----TCC---G---GTA-A-A--C--CT-GT-A--TG--T-G---TTTGTTTGGGCGGGG-A--TAAATTAAT-GGA-GAACTTC------AAA-AG-ATTA-ATATTTTA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--G-CG--TGCAGCACT-AA-TTTT--TGA-T--TC-CCCTA-A--AA-A-A-GAGTGGAA-CT------CT-AG-TG---TT-ATTTTATA
gi|113018 : -AAT-GAAA-CA-TTC----AATT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-ATCGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--TTAGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---T------AAA-AG-A--A-ATA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-TC-CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT--TTCTATA
gi|113019 : -GGAG-CA-TTC----AGTT-T---G-------GATCA--TGTC-AGTAAT-TT-GGAGGGA-T-GA-G--TAAAGG------------------G-AAG-TACTA---AGA-----------------------GTA-AGA--CA-T--------------G---TTGG-TTAAACC--G-C--TAA---AAT-GGA-G-----T------AAA-GA-A--A-ATA---TG-GA-ATTT-T-CT-T-T-G-AG--T-GG--TT--AC-C--AC-ATTTG-TGATT--CC-C-----A--AAGA-A-GA--GGA
gi|113020 : A-----AGGTCAA-TATC-AGTGTT-AT-GGAGGGGGT-GG-G-ATAAGGGG-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AAAAAGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A---A-TT-AC-A--TG--C-G---TTTG-CTTGAC---G-C--TGA---AAT-AGA-GAA----------AAA-CG-G--A-A---------A-G--T-T-AT-T-A-C-AGCTC-GG--CG--AC-TT-CC-ATTA--TGA-T--CC-C-----G--AA-A-A-
gi|113021 : C-AGTGTT-AT-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGG-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCA---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---G------AAA-AA-A--A-A-A---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CA-TG-TG---TT-ATTATAa
gi|113022 : GG-TT----TTCATTG---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TT-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TAA----CC-C-----A--AA-ACA-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113023 : ---G---GTATA-A--CA-TTTGT-A--TG--TTG---TTTG-TTGGGC---GAA--TAA---AAT-GGA-GAA---CTAGGAGGAG-AG-A--A-ATAT--TATGATG--TAT-CT-T-A-T-AG--C--G--TG--AC-ATCAT-ATTTGCTGA-T--CC-C-----ATGAA-A-ATGATTGGAA-TC------CG-TG-TGATTTT-ATTATTTA
gi|113024 : A---C------AGA-AG-T--C-CTA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-TCCCC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113025 : A-AA-A--T-ATA---TA-CA-G--T-CGCT-T-C-G-GG--A-GG--TT--GCGCT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CTATGAA--AA-A-G-GA-TGGAC-AC------CTGTG-TG---GT-AATA
gi|113026 : T-T-A-C-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-CT----A--AA-A-A-GA-TGGAA-ACCGTAAGCT-TG-TA---TT-GTTATATA
blockSeqs : T C C G T TTCG C TTG TTTGA T T A G AG G A T A GCAAG AT A A A T GGG GG TTAA ATT GGC T G AG G T A TT TT T CGA C G GGG ATT ATT G C CTAGGAG G A TT T TTTTA T TT A G G A C G CT G CT TT G C A GC T CC A TATGA TG G C T G T CGTAAG G T ATT AA
blockSeqs : . . . . . . . TG . . . A . A . . . . . AT T . . . . C . . T . . . . . . . . . T T A C AT . . . CTTC . . . . TTAT . T . . . . . . . . T CA A . . G T C A CCTA . G . . T . . . A T A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . G . AA . . . TA . . . . TTA . . . . . . . . . . . A G . . . . . . AA . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . C . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . C . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . C . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . C . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . C . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . G . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . G . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . T . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . T . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . T . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . G . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . C . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
finalCons : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 22222
lowQualScore : 3 2 2 2 2 5555 2 888 66666 2 2 5 2 33 2 2 2 2 55555 66 4 2 2 2 444 44 4444 333 555 2 2 22 2 2 2 22 22 2 777 4 2 555 8888 333 2 2 4444444444 1 1 22 1 777777 1 44 1 1 1 1 1 1 22 1 44 66 5 1 1 44 3 44 3 11111 22 3 1 1 3 2 555555 2 4 555 22
lowQualScore : . . . . . .... . ... ..... . . . . .. . . . . ..... .. . . . . ... .. .... ... ... . . .. . . . .. .. . ... . . ... .... ... . . .......... . . .. . ...... . .. . . . . . . .. . .. .. . . . .. . .. . ..... .. . . . . . ...... . . ... ..
lowQualScore : 1 9 7 7 7 7777 7 333 22222 5 4 4 4 44 4 4 4 4 99999 55 7 4 4 4 111 77 7777 777 888 1 1 99 1 1 1 99 99 1 999 2 1 888 2222 777 1 1 5555555555 9 9 66 9 555555 9 55 9 9 8 8 8 8 55 8 33 88 5 8 8 33 6 33 6 88888 55 6 8 8 8 0 888888 0 0 555 11
consensus : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
Reference ( family-772 ) : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113005 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-C-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113006 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GG-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGC-TT----TCC---GT--TTA-A-A--C--TT-GT-A--TG--T-C---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-C--T-A-C-AG--CGGG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CCAA-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATAT
gi|113007 : TTTTAAT-CTGG-C-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AC-AGAGGGGGTGGA-G-GTAAGGGA-C-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGC-TT----TCC---G---CTA-A-A--CG-TT-GT-A--TG--T-G----TTG-TT-GGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-CGAG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-A-----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TTAATTATATA
gi|113008 : TTTTAGT-CTGGGC-AAT-GAAG-CA-TTC----AATT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGTGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-ATAAGGGA-G-----TCTA--T-AAG-AGG-TAC-A---GGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-CT-GCAA--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---TA-----AAA-AG-A--A-ATA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT-CTTATATA
gi|113009 : TTTTAATTCTGGGC-AAC-GA-G-CA-TTC----TGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-A-TGTT-AT-GGAGGAGGT-GA-G-GTTAGGAA-G-----TCTA--T-AGG-GGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG----A-ATAT--TA-GA-G--T-T-CT-T---T-AG--C-GG--TG--AC-CT-ACAATTT--TGA-T--CC-C-----A--AA-A-G-AA-TGG-G-A-------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113010 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTTCT---GA-----GGGTCAATTGTC-AATAGT-AC-AGAGGGGGT-GA---GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGGAAGG-T---A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-GCGATCTGCTTGGGC---G-A--T-A---AAT-GGACGAA---C------AAC-AG-A--A-ATA---T--GA-GT-T-T-CT-T-ACC-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------C--TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113011 : TTTTAAT--TGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-T---GA-----GGGTCCA-TGTCTAATAGT-AC---AGAGGGT-GA-G-GTAAGG---G-----TCTA--T-A-G-AGG-TAC-----AGAAGGGGT-TTTTAATCC---GGGCGTA-A-A--CAGTT-GT-A--TG--T-GT--TTTG-TT-GGC---G-AT-TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AGAA--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CG-T-A-C--G--C-GGCTTG--AC-AT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CAA---A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATA
gi|113012 : TTTTAGT-CTGGAG-AAT-GAAG-CA-ATC----AGTT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AATGTT-AT-GGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--T-AGG-AGG-CAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-GTTTGTTT-G---TTTG-TTAGAC---G-C--TAA-------------------------------A--A-ATA---TA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TA--AC-TT-AC-ATTT--TGATT--CC-C-----A--AA-A-A-TA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-GTTATATA
gi|113013 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CA-TTC----AGTT-TTG-AA-----GGGTCAA-TGTC-AATATT-AT-GGAGGGGGT-GAAG-GTCAGGAAAG-----TCTA--T-AGG-AGT-CA-------GAAGTGG--TT----TCC---G---GTA-A-AAGCA-TC-GT-C--TG--T-G---TT-G-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-TGA-GAA---G------AAAGAG-A--G-AGA----G-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GGT-TGTTACGCT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAG-AC------TT-TGTTG---TT--TTATATA
gi|113014 : TTTTAAT-CTGGGC-AAC-GAAG-CATTTC----GTTT-T---GG-----GCGTCAA---TC-A-TATT-----GA-GGGGT-GA---GTAA-GGA-G-----TCTAATT-AG---AG-TAC-A---GAGAGGGG---T----TCC---G---GTA-A-A--CA-TC-GT-A--TG--T-GT--TTTG-TTGGGC---G-ATTTAA---AATGGGA-GAA---G------AAA-AG-A--ATATA---TA-GA-G--T-T-CTGT-A-T-A---C--G--TGA-AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CCAC-----A--AAGA-A-GA-TGGAG-AC------CT-TGATG---TT-ATTATATA
gi|113015 : TTTTAGT-CTGG-C-AAT-GAAG-CA-TTC----AAGT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-AGGTTT-ATAGAAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTG--TAAGG-AGA-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-----A-TT-A------A--T-A---TT-------------------------T-GGA-GAA---T------CAA-AA-A--A-AT-------GA-G--T-T-CT-TAA-T-AG--C-GG--TG--AC-TT-AC-A-TT--TGA-T--CC-CT----C--AA-A-A-GA-TGGAATAC------CT-TG-TGT--TT-GTTATA
gi|113016 : TTTTAGA-TTGGGC-TAT-GATG-CA-TTC----AATT-T---GATTTGAAAATGAA-TGCC-AGTTTT-AT-GTAAGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-A-----TCTA--T-CGC-ATG-TAC-A---AAAGGGGGT-TT----TCT---G---GTA-A-G--CA-TT-GC-A--TG--C-G---CTTG-TTGTAC---G-C--TAA---AAT-GGA-GAA----------AAA-GG-A--A-AGA---TA-GA-G--T-T-CT-A-A-T-AG--C-AA--TG--AC-CT-AC-ATTT--TTA-C--TC-C-----A--AA-A-A-GA-TATAG-AC------TT-TA-TG---TT-GTTATATA
gi|113017 : TTTTAAT-CTGGGCCAACCGAAGGCA-TTTTTCGAATT-TTTGGA-----GGGTCA---------TGTTGAT-GGAGGGG-T-GA-GTGTAGGAGA-GGCAAGTCTAATC-AGG-AGGATAC-AGGGAGAAGGGGGGTT----TCC---G---GTA-A-A--C--CT-GT-A--TG--T-G---TTTGTTTGGGCGGGG-A--TAAATTAAT-GGA-GAACTTC------AAA-AG-ATTA-ATATTTTA-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--G-CG--TGCAGCACT-AA-TTTT--TGA-T--TC-CCCTA-A--AA-A-A-GAGTGGAA-CT------CT-AG-TG---TT-ATTTTATA
gi|113018 : -AAT-GAAA-CA-TTC----AATT-T---GA-----GGGTCAA-TGTC-ATCGTT-AC-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGA-G-----TCTA--TTAGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---T------AAA-AG-A--A-ATA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-TC-CC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT--TTCTATA
gi|113019 : -GGAG-CA-TTC----AGTT-T---G-------GATCA--TGTC-AGTAAT-TT-GGAGGGA-T-GA-G--TAAAGG------------------G-AAG-TACTA---AGA-----------------------GTA-AGA--CA-T--------------G---TTGG-TTAAACC--G-C--TAA---AAT-GGA-G-----T------AAA-GA-A--A-ATA---TG-GA-ATTT-T-CT-T-T-G-AG--T-GG--TT--AC-C--AC-ATTTG-TGATT--CC-C-----A--AAGA-A-GA--GGA
gi|113020 : A-----AGGTCAA-TATC-AGTGTT-AT-GGAGGGGGT-GG-G-ATAAGGGG-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AAAAAGGGG-TT----TCC---G---GTA-A-A---A-TT-AC-A--TG--C-G---TTTG-CTTGAC---G-C--TGA---AAT-AGA-GAA----------AAA-CG-G--A-A---------A-G--T-T-AT-T-A-C-AGCTC-GG--CG--AC-TT-CC-ATTA--TGA-T--CC-C-----G--AA-A-A-
gi|113021 : C-AGTGTT-AT-AGAGGGGGT-GA-G-GTAAGGGG-G-----TCTA--T-AGG-AGG-TAC-A---AGAAGGGGG-TT----TCA---G---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTAGAT---G-C--TGA---AAT-GGA-GAA---G------AAA-AA-A--A-A-A---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CA----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CA-TG-TG---TT-ATTATAa
gi|113022 : GG-TT----TTCATTG---GTA-A-A--CA-TT-GT-A--TG--T-G---TTTG-TTGGGC---G-A--TAA---AAT-GGA-GAA---C------AAA-AG-A--A-ATA---TT-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TAA----CC-C-----A--AA-ACA-GA-TGGAG-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113023 : ---G---GTATA-A--CA-TTTGT-A--TG--TTG---TTTG-TTGGGC---GAA--TAA---AAT-GGA-GAA---CTAGGAGGAG-AG-A--A-ATAT--TATGATG--TAT-CT-T-A-T-AG--C--G--TG--AC-ATCAT-ATTTGCTGA-T--CC-C-----ATGAA-A-ATGATTGGAA-TC------CG-TG-TGATTTT-ATTATTTA
gi|113024 : A---C------AGA-AG-T--C-CTA---TC-GA-G--T-T-CT-T-A-T-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--CGA-TCCCC-C-----A--AA-A-A-GA-TGGAC-AC------CT-TG-TG---TT-ATTATATA
gi|113025 : A-AA-A--T-ATA---TA-CA-G--T-CGCT-T-C-G-GG--A-GG--TT--GCGCT-AC-ATTT--CGA-T--CC-CTATGAA--AA-A-G-GA-TGGAC-AC------CTGTG-TG---GT-AATA
gi|113026 : T-T-A-C-AG--C-GG--TG--AC-CT-AC-ATTT--TGA-T--CC-CT----A--AA-A-A-GA-TGGAA-ACCGTAAGCT-TG-TA---TT-GTTATATA