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Alignments
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lowQualScore                  :        .        ..... .   . . ....     .  . .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .. ...   ..          .  ..   .. ...    .  . ..  ... .   .         .      ...  ..          
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gi|112545                     : ATAAA---TTCCATAT-----T-GAT-G-A----ATTATGCACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CTA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TTAG-AA-A--TT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT
gi|112546                     : ATAAAAC-TTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATCAC-TA-A-TG-AAT-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACA--TCACAAACAA--T--GAC--G---TTAGAAA-A--TT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGAT---TT--CGAGTTCAAT
gi|112547                     : ATAAAAC-TTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATCACGTATA---------CA---TGA-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TTAG-AA-A--AT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT
gi|112548                     : ATAAAAC-CTGCTTGT-----T-GAT-G-A----ATGATGCACA-TG-A-T-CCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-C---C---------------------ACAA-GT--GAC--GTACTTAG-AA-A--TT---T-TGT-AGTTTACAT-AGTGTA---TT--CGAGTTCAAT
gi|112549                     : ATAAAAC-TTGCATTT-----T-GAT-C-A----ATCATGTA---TG-A-T-ACTCTGTGG-TC-TG-A-A-A-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACGCACGA-GT--AAC--A---TGAG-AA-A--TTGCATGCAT-AGTTGACAT-A
gi|112550                     : ATAAAAC-TTGCATGT-------------------------ACA-TG------CACTTTGG-CC-CG-A-A-G-CAA-CT-TT--G---ACG--TCACACACAA-GT--GAC--G---TTAG-
gi|112551                     : ATAAAAC-TTGAATTT-----T-GAT-C-A----ATCATTTG----------------TGG-CC-CC-A-A-A-CAA-CT-ATATG---ACG--TCACACAAAG-AT--GAC--G---TGCG-AA-A--TT---G-TGT-AGTTCACCT-AACGTA---TT--TGATTTCCAT
gi|112552                     : ATAAAAC-GTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATGATGAACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CA-TG-ATA-A-T-A-CT-AG--A---ACG--TC
gi|112553                     : ATAAACC-TTGCATTT-----T-GAT-C-A----ATCATGT--A-TG-A-TAATACTCTGG-TC-TG-A-A-A-CAA-CT-A
gi|112554                     :  TAAAAC-TTGCTCGT-----TTGAT-G-A----ATCAC-TACA-TG-A-T-GCACTTTGGCCC-TGAA-A-G-CAA-CT-AT--G---ACGTTTCACAAACAA-GCTAGAC--GT--TTAG-AA-A--TT---TCCGT-AGTTTACGTAAATGAT---TT--CGAGTTCAAT
gi|112555                     :  TAAAACCTTGCATGTGAAATT-GA--A-A----ATC-CTTACA-TA-C-T-GCACTTTTG-CCCTG-A-AAG-CAAACTGAT--G---ACG--TCACAAAACA-GT--A----G---TTAGAAA-A--TT---T-CGTGAGTTTACCT-AATGTGACCTTTGCGAGTTCAAT
gi|112556                     :   AAAAC-TAGCAT-------T-GATTGTA----ATCACGT----------------TTG--CC-TG-A-A-AACAAACT-ATT-G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAA--G---TTAG-AA-C--T-------GC-GATTAATGT-AG-ATA---TT--AGAGTTCA
gi|112557                     :        -TTGTGTGT-----T-GAT-G-ATCGAATCATGTACA-TG-A-T-ACACTTTGG-CC-TG-A-A-
gi|112558                     :           GCATGT-----CCGAT-G-A----ATCACGTACA-TGAA-T-GTACTTTTG-CC--G-A-A-G-CAA-CT-AT------AC---TCACAAACAAGGT--GACGTG---TTAC-AT-A--TT---T-TGT-AGATTA-GT-AATGTA---TT--CGAGTTCA
gi|112559                     :            CATGT-----T-GAT-G-A----ATCAC-TACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TCAG-AA-A--TT---T-CGT-AGTTTACAT-AATGAT---TT--CGAGTTCAAT
gi|112560                     :                                           CA-TG-A-A-TCACTCTGG-CA-TG-A-A-A-CAA-CT-AT--GCATGCG--TCACAAAGAA-GT--GA---G---TTAG-AACA-------G-CGT-AATTTACGT-A
gi|112561                     :                                                                                                                     tgcatcagA-A--TT---T-CGT-AGTTTAAGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT


blockSeqs                     :        C        GAAAT T   T T TCGA     G  C T  A A A         T  C  A T A A   A  G  AT CAT   TT          G  TA   GT TAC    A  C AT  GCA G   G         A      ACC  TG
blockSeqs                     :        .        .     C   . . .        G  C .  . . .         C  .  . . . .   A  .  T  .     .           .  .    .  T      A  . .   .   C   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  T .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  T .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        T  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        T  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        G  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        .  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        .  C .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .      .    . 
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        .  . .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .             
blockSeqs                     :        .        .     .   . . .        .  . .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .           .  .    .  .      .  . .   .   .   .         .             
blockSeqs                     :                 .     .   . . .        .  . .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .  .     .                                                                      
blockSeqs                     :                 .     .   . . .        .  . .  . . .         .  .  . . . .   .  .                                                                                  
blockSeqs                     :                                           . .  . . .         .  .  . . .                                                                                           


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originalCons                  : ATAAAAC-TTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATCACGTACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TTAG-AA-A--TT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT
finalCons                     : ATAAAAC-TTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATCACGTACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TTAG-AA-A--TT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT





Alignments
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lowQualScore                  :        .        ..... .   . . ....     .  . .  . . .         .  .  . . . .   .  .  .. ...   ..          .  ..   .. ...    .  . ..  ... .   .         .      ...  ..          
lowQualScore                  :        2        00000 0   0 0 2222     1  0 9  9 9 9         8  9  9 9 9 0   0  0  00 777   99          2  11   11 111    4  2 11  999 4   2         2      444  44          
consensus                     : ATAAAAC-TTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATCACGTACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TTAG-AA-A--TT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT
Reference ( family-771 )      : ATAAAAC-TTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATCACGTACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TTAG-AA-A--TT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT
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gi|112546                     : ATAAAAC-TTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATCAC-TA-A-TG-AAT-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACA--TCACAAACAA--T--GAC--G---TTAGAAA-A--TT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGAT---TT--CGAGTTCAAT
gi|112547                     : ATAAAAC-TTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATCACGTATA---------CA---TGA-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TTAG-AA-A--AT---T-CGT-AGTTTACGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT
gi|112548                     : ATAAAAC-CTGCTTGT-----T-GAT-G-A----ATGATGCACA-TG-A-T-CCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-C---C---------------------ACAA-GT--GAC--GTACTTAG-AA-A--TT---T-TGT-AGTTTACAT-AGTGTA---TT--CGAGTTCAAT
gi|112549                     : ATAAAAC-TTGCATTT-----T-GAT-C-A----ATCATGTA---TG-A-T-ACTCTGTGG-TC-TG-A-A-A-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACGCACGA-GT--AAC--A---TGAG-AA-A--TTGCATGCAT-AGTTGACAT-A
gi|112550                     : ATAAAAC-TTGCATGT-------------------------ACA-TG------CACTTTGG-CC-CG-A-A-G-CAA-CT-TT--G---ACG--TCACACACAA-GT--GAC--G---TTAG-
gi|112551                     : ATAAAAC-TTGAATTT-----T-GAT-C-A----ATCATTTG----------------TGG-CC-CC-A-A-A-CAA-CT-ATATG---ACG--TCACACAAAG-AT--GAC--G---TGCG-AA-A--TT---G-TGT-AGTTCACCT-AACGTA---TT--TGATTTCCAT
gi|112552                     : ATAAAAC-GTGCATGT-----T-GAT-G-A----ATGATGAACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CA-TG-ATA-A-T-A-CT-AG--A---ACG--TC
gi|112553                     : ATAAACC-TTGCATTT-----T-GAT-C-A----ATCATGT--A-TG-A-TAATACTCTGG-TC-TG-A-A-A-CAA-CT-A
gi|112554                     :  TAAAAC-TTGCTCGT-----TTGAT-G-A----ATCAC-TACA-TG-A-T-GCACTTTGGCCC-TGAA-A-G-CAA-CT-AT--G---ACGTTTCACAAACAA-GCTAGAC--GT--TTAG-AA-A--TT---TCCGT-AGTTTACGTAAATGAT---TT--CGAGTTCAAT
gi|112555                     :  TAAAACCTTGCATGTGAAATT-GA--A-A----ATC-CTTACA-TA-C-T-GCACTTTTG-CCCTG-A-AAG-CAAACTGAT--G---ACG--TCACAAAACA-GT--A----G---TTAGAAA-A--TT---T-CGTGAGTTTACCT-AATGTGACCTTTGCGAGTTCAAT
gi|112556                     :   AAAAC-TAGCAT-------T-GATTGTA----ATCACGT----------------TTG--CC-TG-A-A-AACAAACT-ATT-G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAA--G---TTAG-AA-C--T-------GC-GATTAATGT-AG-ATA---TT--AGAGTTCA
gi|112557                     :        -TTGTGTGT-----T-GAT-G-ATCGAATCATGTACA-TG-A-T-ACACTTTGG-CC-TG-A-A-
gi|112558                     :           GCATGT-----CCGAT-G-A----ATCACGTACA-TGAA-T-GTACTTTTG-CC--G-A-A-G-CAA-CT-AT------AC---TCACAAACAAGGT--GACGTG---TTAC-AT-A--TT---T-TGT-AGATTA-GT-AATGTA---TT--CGAGTTCA
gi|112559                     :            CATGT-----T-GAT-G-A----ATCAC-TACA-TG-A-T-GCACTTTGG-CC-TG-A-A-G-CAA-CT-AT--G---ACG--TCACAAACAA-GT--GAC--G---TCAG-AA-A--TT---T-CGT-AGTTTACAT-AATGAT---TT--CGAGTTCAAT
gi|112560                     :                                           CA-TG-A-A-TCACTCTGG-CA-TG-A-A-A-CAA-CT-AT--GCATGCG--TCACAAAGAA-GT--GA---G---TTAG-AACA-------G-CGT-AATTTACGT-A
gi|112561                     :                                                                                                                     tgcatcagA-A--TT---T-CGT-AGTTTAAGT-AATGTA---TT--CGAGTTCAAT