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lowQualScore                  :          .. . ..   ...  ... .      .... ..  ..  ..    .. ..   . ..   .    .    ..    ........... . .... . . ...    .....      . . .  .......... ....      .    ..        .     .. . . .     .   .  .   .   
lowQualScore                  :          88 7 44   111  999 2      7777 11  22  99    11 00   9 22   9    9    55    66666666666 8 9999 8 5 222    88888      9 9 9  4444444444 0000      9    88        4     22 4 9 4     4   5  5   5   
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Reference ( gi|31293 )        :      AAAA--A-A--AAT---CG---T-CCGGAT----T--AA--CG--GTAC--A--TTT-TA-CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-T----T-T-G---TAGT-----AAAAAA-T-G-AC----------C----GTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CAG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
gi|31294                      :      AAAA--A-A--AAT---CG---T-CCGGAT----T--AA--CG--GTAC--A--TTT-TA-CAA-TGCA-TTTA--AGCG-----------C-T----T-T-G---TAGT-----AAAAAA-C-G-AC----------C----GTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
gi|31295                      :      AAAA--A-A--AAT---CT---T-CTGGAT----T--AA--CG--GTAC--A--TTT-TA-CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-T----T-T-G---TAGT-----AAAAAA-T-G-GC----------C----GTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TG-CAA-ATT
gi|31296                      :      AAAA--ATA--AAC---CG---T-CCGGAT----T--AA--CG--GTAC--A--TTT-TT-CAA-TGCAATTTT--AGCG-----------T-T----T-T-G---TAGT-----AAAAAA-T-G-AC----------C----GTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-GG-CAA-ATT
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gi|31298                      :      AAAA--A-A--AAT---TG---T-CCG-AT----T--AA--CG---TAC--T--TTC-TT-CA--TGC--TTTT--AGCG-----------T-T----T-T-----TAGT-----AAAA---T-A-AC----------C----GTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--CTCCG-ATTAA-TGA-TA-CAT-ATT
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gi|31301                      :      AAAACCA-A--TAT---CA---T-CTGGAT----T--AT--CG--GTAC--A--ATT-TT-TAA-CGTA-TTTT--GGAG-----------T-T----T-A-G---TAGT-----AAAATA-T-G-AC----------C----GTCCGG-ACCC--GGAACACC-AATCT--C-TAG-ATTAA-AGA-AG-CAA-
gi|31302                      :      AAAAT-A-A--AAC---CG---T-CTGGAT----T--AAA-CG--GTAC--A--ATT-TT-CAA-TGCA-TTTT--GACG-----------T-T----T-TGG---TTGTAACCAAAAAAA-T-G-A-----------C----GCCTGG-ATTC--GG-ACACG-AATTTAAT-TGG-ATAAA-CGA-GG-CAA-AT
gi|31303                      :      AAAA--A-A--AAT---CG---T-CCGGAT----T--AAC-CT--GTACAAA--TTTAAA-CAA-TGCA-TATT--AGCACTACTAATCACT-T----A-T-GGTTTAGT-----AAAAAA-A-G-ACAAAAAACGAAC----GTACCG-ATCTCGGGAACGCGCAATTT--C-CGG-ATTAATTGA-TATCAA-AT
gi|31304                      :        AG--A-A--AATTACCA---T-CCAGAG----T--AA--CA--GTAC--AA-TTT-TG--AA-TACT-TTTT--CACA-----------T-T----T-T-G---CAGT-----AAAACC-T-G-AA----------T----GTCTGG-TTTT--GGAACATG-AATTT--C-TGG-ATTAA-TGA-TC-GAA-AT
gi|31305                      :        AA--A-ATTAAC---CG---T-CCGGAT----T--TA--CG--GTTC--A--TTT-T--CAA-CGCA-TTTT--GACA-----------T-T----T-T-G---TAG
gi|31306                      :         A--A-A--AGT---CG---TTCCGGATGAATT--AA--CGACGTACT-A--TTT-TA-CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------TCT----T-T-G---TAGT-----AAAAAAAT-G-ACAAAC------C----GTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTG--C-CGG-ATTAA-T-A-TA-CAAGATT
gi|31296                      :          --A-A--ATT---CGCGTT-CCGGAT----CCGGA--CG--GT-C--A--TTT-TT-TAC-TACA-A-----AACG-----------C-TAAAAT-T-G---CATT-----GAAAAA-T-GTAC----------C----GTT--A-ATCC--GGA
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gi|31308                      :               --AAC---CG---T-CCGAAT----T--AA--TG--GTAC--A--ATT-TT-CAA-TGCA-TTTG--A-TG-----------T-T----T-T-G---TAGT-----AAAAA--T-T-AC----------C----CTTCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CAG-ATTAA-TG
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Alignments
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lowQualScore                  :     .. . .. ..     .      ....   ..  ..    . ...   . ...   .    .    ..    ........... .  . . ...    .....      . ....   ..........       .    ..        .     .. .   .     .   .  .   .   
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Reference ( family-770 )      : AAAA--A-A--A--ACCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTAC-A--TTTT-T---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
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gi|31294                      : AAAA--A-A--A--ATCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTAC-A--TTTT-A---CAA-TGCA-TTTA--AGCG-----------C-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-C----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
gi|31295                      : AAAA--A-A--A--ATCTT-CTGGAT----TAA--CG--GTAC-A--TTTT-A---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GGC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TG-CAA-ATT
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gi|31303                      : AAAA--A-A--A--ATCGT-CCGGAT----TAA--CCT-GTAC-A--AATT-TAAACAA-TGCA-TATT--AGCACTACTAATCACT-TA-T-GGTTTAGT-----AAAAAA-A----GACAAAAAACGAACGTACCG-ATCTCGGGAACGCGCAATTT--C-CGG-ATTAATTGA-TATCAA-AT
gi|31304                      :  AGA--A-A--ATTACCAT-CCAGAG----TAA--CA--GTAC-A--ATTT-T---GAA-TACT-TTTT--CACA-----------T-TT-T-G---CAGT-----AAAACC-T----GAA----------TGTCTGG-TTTT--GGAACATG-AATTT--C-TGG-ATTAA-TGA-TC-GAA-AT
gi|31305                      :   AA--A-ATTA--ACCGT-CCGGAT----TTA--CG--GTTC-A---TTT-T---CAA-CGCA-TTTT--GACA-----------T-TT-T-G---TAG
gi|31306                      :    A--A-A--A--GTCGTTCCGGATGAATTAA--CGACGTACTA--TTTT-A---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------TCTT-T-G---TAGT-----AAAAAAAT----GACAAAC------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTG--C-CGG-ATTAA-T-A-TA-CAAGATT
gi|31307                      :        -A--A--ATCAT-ACGGAT-----AA--CG--GTAC-A--ATTT-T---CAA-TGCA-TTCT--GATA-----------T-TT-T-G---TAGT-----ATATTA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCT--GGAAGGAG-AATTT--C-GGG-ATTAA-CGA-TG-CAA-
gi|31308                      :          --A--ACCGT-CCGAAT----TAA--TG--GTAC-A--ATTT-T---CAA-TGCA-TTTG--A-TG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAA--T----TAC----------CCTTCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CAG-ATTAA-TG
gi|31309                      :             --ACCGT-TCAGAT----TAA--TG--ACAC-G--ACTT-T---CGA-TGAA-TTTT--AATG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AGAAAC-TAACCAAC----------CGTCCAA-ATCC--AGAACATG-AATTT--C-CAG-ATTAA-CAA-TG-CAA-
gi|31310                      :                  GT-CTGAAA----AAA--TG--ATAC-A--ATTA-T---CAG-TGCA-TTTT--ATTG-----------C-TG-T-G---TAAT-----AAACAC-T----GAT----------------A-ATCT--GGAATGTG-AATTT--C-TGG-ATT---TAA-TA-GGA-AT
gi|31311                      :                                  --CG--GTAC-AAATTTT-T----AA-GGTA-TTTTTGAACG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAATA-T----GAC----------CATCCGG-ACCC--GGA
gi|31312                      :                                                 TTT-A---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------C-TT-T-G---TATT-----AAAAAA-C----GAC----------CGTCCGG-
gi|31313                      :                                                               CA-TTCT--ATCG-----------T-TT-TTG---TAGT-----AAAAAA-T----TAC----------CGTCCGG-ATCC--G
gi|31314                      :                                                                 tacaT--AGCT-----------T-TG-T-G---TAG------AAAAGA-T----GAC----------CTTCCGGGATTC--GGAAGCCG-AATTC--C-GGG-AT-AA-TGACTA-CAA-ATT





Alignments
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blockSeqs                     :     .  . .  .      .      .      .   .      T   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :     .  . .  .      .      .      .   .      C   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :     .  . .  .      .      .      .   .      T   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :     .  . .  .      .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :     .  . .  .      .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :     .  . .  .      .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :     .  . .  .      .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :     .  . .  .      .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :        . .  .      .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :          .  .      .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :             .      .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .   .  .   .
blockSeqs                     :                    .      .      .   .      A   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .         .     .  .   .     .           
blockSeqs                     :                                  .   .      .   . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .                                        
blockSeqs                     :                                                 . . .     .    .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .    .                                        
blockSeqs                     :                                                                .    .     .           .  . . .      .          . .      .                .                                             
blockSeqs                     :                                                                     .     .           .  . . .                                                                                         


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAA--A-A--A--ACCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTACAN-TT-T-T---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
finalCons                     : AAAA--A-A--A--ACCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTACAN-TT-T-T---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                         1111111111                                                        
lowQualScore                  :     66 2 33 33     2      4444   77  55     55  2 2 555   2    1    22    88888888888 1  1 5 333    44444      1 6666   2222222222       1    44        2     33 2   2     2   2  2   2   
lowQualScore                  :     .. . .. ..     .      ....   ..  ..     ..  . . ...   .    .    ..    ........... .  . . ...    .....      . ....   ..........       .    ..        .     .. .   .     .   .  .   .   
lowQualScore                  :     88 7 44 22     2      7777   11  00     11  0 0 555   0    9    55    66666666666 8  8 5 222    88888      9 0000   4444444444       9    88        2     11 2   2     2   4  4   4   
consensus                     : AAAA--A-A--A--ACCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTACAN-TT-T-T---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
Reference ( family-770 )      : AAAA--A-A--A--ACCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTACAN-TT-T-T---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
gi|31293                      : AAAA--A-A--A--ATCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTACAT-TT-T-A---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CAG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
gi|31294                      : AAAA--A-A--A--ATCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTACAT-TT-T-A---CAA-TGCA-TTTA--AGCG-----------C-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-C----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
gi|31295                      : AAAA--A-A--A--ATCTT-CTGGAT----TAA--CG--GTACAT-TT-T-A---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GGC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TG-CAA-ATT
gi|31296                      : AAAA--ATA--A--ACCGT-CCGGAT----TAA--CG--GTACAT-TT-T-T---CAA-TGCAATTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-GG-CAA-ATT
gi|31297                      : AAAC--A-A--A--AACGT-CTGGAT----TAA--TG--GTACAT-TT-TTT---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAAA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CGG-ATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
gi|31298                      : AAAA--A-A--A--ATTGT-CCG-AT----TAA--CG---TACTT-TC-T-T---CA--TGC--TTTT--AGCG-----------T-TT-T-----TAGT-----AAAA---T----AAC----------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--CTCCG-ATTAA-TGA-TA-CAT-ATT
gi|31299                      : AAAA--A-A--A--GCCCT-CCGGAT----TAAA-CT--GTA-AC-TTCT-T---CAA-TGC--TATT--AGCG-----------T-TT-TTG---TAGT-----AAAAAT-TC---GAC----------CGTCCGG--TCTG-GGAACACA-AATTT--C-CGGAATTAA-TGA-TA-CAA-ATT
gi|31300                      : AAGA--A-A--A--ACCGT-CGGCAT----CGATACG--GTACAT-TT-T-T---CAAATGCA-TTTT--AGGC-----------T-TTAT-G---TAG------AAAAAA-T----GAC----------CG-------TCC--GGAACGTG-AATTT--C-C-G-ATTAA-TGA-TA-CAA-AT
gi|31301                      : AAAACCA-A--T--ATCAT-CTGGAT----TAT--CG--GTACAA-TT-T-T---TAA-CGTA-TTTT--GGAG-----------T-TT-A-G---TAGT-----AAAATA-T----GAC----------CGTCCGG-ACCC--GGAACACC-AATCT--C-TAG-ATTAA-AGA-AG-CAA-
gi|31302                      : AAAAT-A-A--A--ACCGT-CTGGAT----TAAA-CG--GTACAA-TT-T-T---CAA-TGCA-TTTT--GACG-----------T-TT-TGG---TTGTAACCAAAAAAA-T----GA-----------CGCCTGG-ATTC--GG-ACACG-AATTTAAT-TGG-ATAAA-CGA-GG-CAA-AT
gi|31303                      : AAAA--A-A--A--ATCGT-CCGGAT----TAA--CCT-GTACAA-AT-T-TAAACAA-TGCA-TATT--AGCACTACTAATCACT-TA-T-GGTTTAGT-----AAAAAA-A----GACAAAAAACGAACGTACCG-ATCTCGGGAACGCGCAATTT--C-CGG-ATTAATTGA-TATCAA-AT
gi|31304                      :  AGA--A-A--ATTACCAT-CCAGAG----TAA--CA--GTACAA-TT-T-T---GAA-TACT-TTTT--CACA-----------T-TT-T-G---CAGT-----AAAACC-T----GAA----------TGTCTGG-TTTT--GGAACATG-AATTT--C-TGG-ATTAA-TGA-TC-GAA-AT
gi|31305                      :   AA--A-ATTA--ACCGT-CCGGAT----TTA--CG--GTTCA--TT-T-T---CAA-CGCA-TTTT--GACA-----------T-TT-T-G---TAG
gi|31306                      :    A--A-A--A--GTCGTTCCGGATGAATTAA--CGACGTACTA-TT-T-TA--CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------TCTT-T-G---TAGT-----AAAAAAAT----GACAAAC------CGTCCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTG--C-CGG-ATTAA-T-A-TA-CAAGATT
gi|31307                      :        -A--A--ATCAT-ACGGAT-----AA--CG--GTACAA-TT-T-T---CAA-TGCA-TTCT--GATA-----------T-TT-T-G---TAGT-----ATATTA-T----GAC----------CGTCCGG-ATCT--GGAAGGAG-AATTT--C-GGG-ATTAA-CGA-TG-CAA-
gi|31308                      :          --A--ACCGT-CCGAAT----TAA--TG--GTACAA-TT-T-T---CAA-TGCA-TTTG--A-TG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAAA--T----TAC----------CCTTCGG-ATCC--GGAACGCG-AATTT--C-CAG-ATTAA-TG
gi|31309                      :             --ACCGT-TCAGAT----TAA--TG--ACACGA-CT-T-T---CGA-TGAA-TTTT--AATG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AGAAAC-TAACCAAC----------CGTCCAA-ATCC--AGAACATG-AATTT--C-CAG-ATTAA-CAA-TG-CAA-
gi|31310                      :                  GT-CTGAAA----AAA--TG--ATACAA-TT-A-T---CAG-TGCA-TTTT--ATTG-----------C-TG-T-G---TAAT-----AAACAC-T----GAT----------------A-ATCT--GGAATGTG-AATTT--C-TGG-ATT---TAA-TA-GGA-AT
gi|31311                      :                                  --CG--GTACAAATT-T-T---TAA-GGTA-TTTTTGAACG-----------T-TT-T-G---TAGT-----AAAATA-T----GAC----------CATCCGG-ACCC--GGA
gi|31312                      :                                              -TT-T-A---CAA-TGCA-TTTT--AGCG-----------C-TT-T-G---TATT-----AAAAAA-C----GAC----------CGTCCGG-
gi|31313                      :                                                              CA-TTCT--ATCG-----------T-TT-TTG---TAGT-----AAAAAA-T----TAC----------CGTCCGG-ATCC--G
gi|31314                      :                                                                tacaT--AGCT-----------T-TG-T-G---TAG------AAAAGA-T----GAC----------CTTCCGGGATTC--GGAAGCCG-AATTC--C-GGG-AT-AA-TGACTA-CAA-ATT