lowQualScore : 111 111111
lowQualScore : 2 33 2 2 66 2 4 222 2 22 22 555 2 4 22 4 2 2 2 55 2 77 2 4444 2 333 2 22 1 22 22 1 444444 3 77777777777 333 666 22 777777 22 3 1 2 2 2
lowQualScore : . .. . . .. . . ... . .. .. ... . . .. . . . . .. . .. . .... . ... . .. . .. .. . ...... . ........... ... ... .. ...... .. . . . . .
lowQualScore : 2 11 2 2 11 2 4 999 1 33 99 888 1 2 99 2 1 1 1 00 1 11 0 2222 0 555 0 88 9 66 66 9 444444 8 99999999999 333 000 66 444444 66 8 9 0 0 1
consensus : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-ATTT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TCT--A-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
Reference ( gi|70984 ) : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-C-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-ATTT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TCT--A-CA---T--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70985 : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTGT-ATTT-GGTTTGAG-GC-A--GA-GG--TAAAT-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TCT--A-CA---C--CC-A------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70972 : GCAATT-AGA--TGAT-TT-C--AT-CTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-ATTT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TCT--A-CA---C--AG-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70974 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GCTTA--TTTTTATTT-TGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TCT--A-CA---C--CC-G------C---AAAAA---A-----AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70973 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-T-A-GAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTTTA--TTTT-ATTT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-T---A-TCA--TT-TT--TCT--A-CA---A--CC-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TATGT--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70975 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GT---------------GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TCT--A-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70977 : cGCGATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-TAA-AAAA-TT--GCTA---C-AAAG-G-TTA--TTTT-ATTT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TCT--A--A---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T--------TGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70976 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-T-A-AAAT-TT--GCTG---C-TAAT-GTTTG--TTTT-ATTT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TC---A-CA---A--CC-G------CAA-AAAAA---AATAG-AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70978 : cGCAATT-AGA--TTGT---------------------AAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-ATTT-GGTTTTAG-GC-A--CA-GG--AAAAC-T----TA-A---A-TTA--TT-TT--TCT--A-CA---C--TC-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TACGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70979 : cGCAGTT-AGA--TAAT-TT-C--AT-TTT-A-T-A-----------------C----G-GTTTA--CTTG-ATTT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TCA--TT-TT--TCT--A-CA---C--CC-G------T---AAAGA---AAT---AAAAA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70986 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--AT-TTT-A-T-A-AAA----------------------------------TT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TAA--TT-TT--TCT--A-CA---T--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CA--C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70982 : GCAATT-AGA--TGTT-TT-----T-TTT-A-T-A-AAA--TT--GCTG---C-AAAG-GATTA--TTTTTATTT-GGTTTGAGCAC-ATGCA-GG--TAA-C-T----TA-A---A-TCA--TT-TA--TTT--AGCA---C--CCCG------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TAT-G--CAG-C-CTGCTA-T
gi|70987 : cGCATTA-AGA----GT-TT-CCAAT-TTT-A-T-A-AAAAATT--GCTG---C-CAAG-GTT-A--TTT--ATTT-GGTTTGAG-GC-A--CA-GGT-TAAAC-T----TA-A---C-AGA--TT-TT---------CA------CC-T------C---GAAAA---AAT---AAATA---------TA-GG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70988 : GCAATTTAGAATTGGT-TTTC--ATGTTT-A-TTA-AAAA-TTTAGCTGGCAT-AAAG-GTTTA--ATTT-ATTT-GGTTTGAG-GCAA--CATGGTATAAAC-T----TA-A---A-TCA---T-AA--TCT--A-CA---TTGCC-G------C---AAAAA---AACGTAAAATA--T------TATGG---AG-CGCTG-TATTATCTTATAA
gi|70989 : AATT-AGA--TG-T-TT-C--AT-TTTTA-T-ATAAAA-TT----CG---C-AAAGTATTGA--TTTT-ATT---GTTTGAG--C-A--TC-GA--AGAAA-T----TA-A-----TCA--TT-TT--TCA--A-CAACCC--CC-GATCAAAC---AAAAAAACAAT---AAAAA--TGTTCTATATGG--CAG-C-
gi|70990 : ATT-AGA--TG-T-TT-C--AT-TTT-AAT-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTT-A--TTTT-ATTTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----TA-A---A-TAA--TT-TT--TCT--A-CA---A--CC-G------C----AGAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70980 : ATT-AGA--TGGTGTT-C--AT-TTTTA-T-A-AAAA-GT--GCTG---C-AAAT-ATTTA--CTTT-ATTT-GGT--GAG-GC-A--CA-GGG-TAAAC-T----TA-A---AATAA--TT-TT--TCT--A-CA---A--CC-G------TAAAAAAAA---AAT---AAATA--TA-----TATGG--CAGCC-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70983 : cgcATT-TGA--TGGT-T--C--AT-TTG-T-T-A-GAAT-GT--GCTGG--C-AAAG-GTTTA--TTTT-ATTT-GGTTTGAG-GG-A--CA-GG--TAACC-T----TA-AAAGA-TCA--TTGTT--TCTAAA-CA------CC-G----------AAAAA---AAT----AGTA--T------TATGG--CAG---TTG-T--TAT-TT-TAA
gi|70981 : cgcTT-AGA--TGGT-TT-TCAAC-TTT-A-T-A-GAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTTTATTTTTT-ATTT-GGTTTGA--GC-A--CA-GT--AAAAC-T----TAGA---A-TCATTTT-TT--TCT--A--A---C--CC-G------T---AAAAA---AAA---AAATAGTT------TATGGCACAG-C-C-G-TA-TATCTT-TAA
gi|70991 : cgcaattat-A-AAAA-T---GCCG---TGAAAGCGTTTA--TTTA-TTTT-GGTTTGAG-GC-AG-CA-GG--TAAACCT----TA-A---A-TCA--TT-TTCATCT--A--A---T--CT-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TA--G--CAGCC-CTG-TG-TATTTT-TAA
gi|70992 : tAAAC-TATTATA-A---A--CA--TT------CT--A-CA---T--CCTG------C---AAAAA-----T---AAATT--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70993 : -TT--TCT--A-CA---C--CC-G------T---AAAAA---AGT---AAATA--T------TATGG--CAT-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
Alignments
lowQualScore : 2 22 2 2 55 2 2 2 2 4 2 2 22 555 2 4 22 4 2 2 2 44 4 44 1 4444 1 1 333 22 1 22 1 555555 3 66666666666 333 555 22 777777 22 3 1 1 1 2
lowQualScore : . .. . . .. . . . . . . . .. ... . . .. . . . . .. . .. . .... . . ... .. . .. . ...... . ........... ... ... .. ...... .. . . . . .
lowQualScore : 1 99 1 1 88 1 1 1 0 0 0 0 88 555 0 0 88 0 0 0 0 88 0 88 9 0000 9 9 333 66 8 55 8 777777 6 77777777777 222 777 55 000000 55 6 8 9 9 0
consensus : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
Reference ( family-769 ) : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70972 : GCAATT-AGA--TGAT-TT-C--A-T-CTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--AG-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70973 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-GAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-T---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TATGT--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70974 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GCTTA--TTTTTA-TTTTGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---A-----AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70975 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GT---------------GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70976 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAT-TT--GCTG---C-TAAT-GTTTG--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TC-A-CA---A--CC-G------CAA-AAAAA---AATAG-AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70977 : cGCGATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-TAA-AAAA-TT--GCTA---C-AAAG-G-TTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA--A---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T--------TGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70978 : cGCAATT-AGA--TTGT----------------------AAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTTAG-GC-A--CA-GG--AAAAC-T----T-A-A---ATTA--TT-TT--TCTA-CA---C--TC-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TACGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70979 : cGCAGTT-AGA--TAAT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-----------------C----G-GTTTA--CTTG-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------T---AAAGA---AAT---AAAAA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70980 : cATT-AGA--TGGTGTT-C--A-T-TTTTA-T-A-AAAA-GT--GCTG---C-AAAT-ATTTA--CTTT-A-TTTGG--TGAG-GC-A--CAGGG--TAAAC-T----TAA-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------TAAAAAAAA---AAT---AAATA--TA-----TATGG--CAGCC-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70981 : cgcTT-AGA--TGGT-TT-TCAA-C-TTT-A-T-A-GAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTTTATTTTTT-A-TTTGGTTTGA--GC-A--CA-GT--AAAAC-T----T-AGA---ATCATTTT-TT--TCTA--A---C--CC-G------T---AAAAA---AAA---AAATAGTT------TATGGCACAG-C-C-G-TA-TATCTT-TAA
gi|70982 : cgcaattatGCAATT-AGA--TGTT-TT------T-TTT-A-T-A-AAA--TT--GCTG---C-AAAG-GATTA--TTTTTA-TTTGGTTTGAGCAC-ATGCA-GG--TAA-C-T----T-A-A---ATCA--TT-TA--TTTAGCA---C--CCCG------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TAT-G--CAG-C-CTGCTA-T
gi|70983 : cATT-TGA--TGGT-T--C--A-T-TTG-T-T-A-GAAT-GT--GCTGG--C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GG-A--CA-GG--TAACC-T----T-A-AAAGATCA--TTGTT--TCTA-AA---CA-CC-G----------AAAAA---AAT----AGTA--T------TATGG--CAG---TTG-T--TAT-TT-TAA
gi|70984 : cgcGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-C-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---T--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70985 : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTGT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--GA-GG--TAAAT-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-A------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70986 : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAA-----------------------------------TTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---T--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CA--C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70987 : GCATTA-AGA----GT-TT-CCAA-T-TTT-A-T-A-AAAAATT--GCTG---C-CAAG-GTT-A--TTT--A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GGT-TAAAC-T----T-A-A---CAGA--TT-TT-------CA---C--CT--------C---GAAAA---AAT---AAATA---------TA-GG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70988 : GCAATTTAGAATTGGT-TTTC--A-TGTTT-A-TTA-AAAA-TTTAGCTGGCAT-AAAG-GTTTA--ATTT-A-TTTGGTTTGAG-GCAA--CATGGTATAAAC-T----T-A-A---ATCA---T-AA--TCTA-CA---TTGCC-G------C---AAAAA---AACGTAAAATA--T------TATGG---AG-CGCTG-TATTATCTTATAA
gi|70989 : AATT-AGA--T-GT-TT-C--ATT-TTT-A-T-ATAAAA-TT----CG---C-AAAGTATTGA--TTTT-A-TT--GTTTGA--GC-A--TC-GA--AGAAA-T----T---A---ATCA--TT-TT--TCAA-CAACCC--CC-GATCAAAC---AAAAAAACAAT---AAAAA--TGTTCTATATGG--CAG-C-
gi|70990 : ATT-AGA--TG-T-TT-C--A-T-TTT-AAT-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAT-G-TTA--TTTT-ATTTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------C----AGAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70991 : -T-A-AAAA-T---GCCG---TGAAAGCGTTTA--TTTA-T-TTTGGTTTGAG-GC-AG-CA-GG--TAAACCT----T-A-A---ATCA--TT-TTCATCTA--A---T--CT-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TA--G--CAGCC-CTG-TG-TATTTT-TAA
gi|70992 : AAAC-TATTAT-A-A---A-CA--TT------CTA-CA---T--CCTG------C---AAAAA-----T---AAATT--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70993 : -TT--TCTA-CA---C--CC-G------T---AAAAA---AGT---AAATA--T------TATGG--CAT-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
Alignments
lowQualScore : 2 22 2 2 55 2 2 2 2 4 2 2 22 555 2 4 22 4 2 2 2 44 4 44 1 4444 1 1 333 22 1 22 1 555555 3 66666666666 333 555 22 777777 22 3 1 1 1 2
lowQualScore : . .. . . .. . . . . . . . .. ... . . .. . . . . .. . .. . .... . . ... .. . .. . ...... . ........... ... ... .. ...... .. . . . . .
lowQualScore : 1 99 1 1 88 1 1 1 0 0 0 0 88 555 0 0 88 0 0 0 0 88 0 88 9 0000 9 9 333 66 8 55 8 777777 6 77777777777 222 777 55 000000 55 6 8 9 9 0
consensus : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
Reference ( family-769 ) : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70972 : GCAATT-AGA--TGAT-TT-C--A-T-CTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--AG-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70973 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-GAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-T---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TATGT--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70974 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GCTTA--TTTTTA-TTTTGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---A-----AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70975 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GT---------------GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70976 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAT-TT--GCTG---C-TAAT-GTTTG--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TC-A-CA---A--CC-G------CAA-AAAAA---AATAG-AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70977 : cGCGATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-TAA-AAAA-TT--GCTA---C-AAAG-G-TTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA--A---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T--------TGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70978 : cGCAATT-AGA--TTGT----------------------AAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTTAG-GC-A--CA-GG--AAAAC-T----T-A-A---ATTA--TT-TT--TCTA-CA---C--TC-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TACGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70979 : cGCAGTT-AGA--TAAT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-----------------C----G-GTTTA--CTTG-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------T---AAAGA---AAT---AAAAA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70980 : cATT-AGA--TGGTGTT-C--A-T-TTTTA-T-A-AAAA-GT--GCTG---C-AAAT-ATTTA--CTTT-A-TTTGG--TGAG-GC-A--CAGGG--TAAAC-T----TAA-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------TAAAAAAAA---AAT---AAATA--TA-----TATGG--CAGCC-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70981 : cgcTT-AGA--TGGT-TT-TCAA-C-TTT-A-T-A-GAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTTTATTTTTT-A-TTTGGTTTGA--GC-A--CA-GT--AAAAC-T----T-AGA---ATCATTTT-TT--TCTA--A---C--CC-G------T---AAAAA---AAA---AAATAGTT------TATGGCACAG-C-C-G-TA-TATCTT-TAA
gi|70982 : cgcaattatGCAATT-AGA--TGTT-TT------T-TTT-A-T-A-AAA--TT--GCTG---C-AAAG-GATTA--TTTTTA-TTTGGTTTGAGCAC-ATGCA-GG--TAA-C-T----T-A-A---ATCA--TT-TA--TTTAGCA---C--CCCG------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TAT-G--CAG-C-CTGCTA-T
gi|70983 : cATT-TGA--TGGT-T--C--A-T-TTG-T-T-A-GAAT-GT--GCTGG--C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GG-A--CA-GG--TAACC-T----T-A-AAAGATCA--TTGTT--TCTA-AA---CA-CC-G----------AAAAA---AAT----AGTA--T------TATGG--CAG---TTG-T--TAT-TT-TAA
gi|70984 : cgcGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-C-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---T--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70985 : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTGT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--GA-GG--TAAAT-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-A------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70986 : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAA-----------------------------------TTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---T--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CA--C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70987 : GCATTA-AGA----GT-TT-CCAA-T-TTT-A-T-A-AAAAATT--GCTG---C-CAAG-GTT-A--TTT--A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GGT-TAAAC-T----T-A-A---CAGA--TT-TT-------CA---C--CT--------C---GAAAA---AAT---AAATA---------TA-GG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70988 : GCAATTTAGAATTGGT-TTTC--A-TGTTT-A-TTA-AAAA-TTTAGCTGGCAT-AAAG-GTTTA--ATTT-A-TTTGGTTTGAG-GCAA--CATGGTATAAAC-T----T-A-A---ATCA---T-AA--TCTA-CA---TTGCC-G------C---AAAAA---AACGTAAAATA--T------TATGG---AG-CGCTG-TATTATCTTATAA
gi|70989 : AATT-AGA--T-GT-TT-C--ATT-TTT-A-T-ATAAAA-TT----CG---C-AAAGTATTGA--TTTT-A-TT--GTTTGA--GC-A--TC-GA--AGAAA-T----T---A---ATCA--TT-TT--TCAA-CAACCC--CC-GATCAAAC---AAAAAAACAAT---AAAAA--TGTTCTATATGG--CAG-C-
gi|70990 : ATT-AGA--TG-T-TT-C--A-T-TTT-AAT-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAT-G-TTA--TTTT-ATTTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------C----AGAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70991 : -T-A-AAAA-T---GCCG---TGAAAGCGTTTA--TTTA-T-TTTGGTTTGAG-GC-AG-CA-GG--TAAACCT----T-A-A---ATCA--TT-TTCATCTA--A---T--CT-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TA--G--CAGCC-CTG-TG-TATTTT-TAA
gi|70992 : AAAC-TATTAT-A-A---A-CA--TT------CTA-CA---T--CCTG------C---AAAAA-----T---AAATT--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70993 : -TT--TCTA-CA---C--CC-G------T---AAAAA---AGT---AAATA--T------TATGG--CAT-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
blockSeqs : T AT G T CA T G T A A T A TA GCA G T TT T T C A TG G TA C ATTA A G AAG TT G CA G ACCC C ATCAAACA AAC GTA GT GTTCTA CA C G C T A
blockSeqs : . . . . CA . . . . T . . . G . C . T . . . G T T . . . . . . . . . TTG T TAAAA . AG . A . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . CAAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . C . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
finalCons : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
Alignments
lowQualScore : 2 22 2 2 55 2 2 2 2 4 2 2 22 555 2 4 22 4 2 2 2 44 4 44 1 4444 1 1 333 22 1 22 1 555555 3 66666666666 333 555 22 777777 22 3 1 1 1 2
lowQualScore : . .. . . .. . . . . . . . .. ... . . .. . . . . .. . .. . .... . . ... .. . .. . ...... . ........... ... ... .. ...... .. . . . . .
lowQualScore : 1 99 1 1 88 1 1 1 0 0 0 0 88 555 0 0 88 0 0 0 0 88 0 88 9 0000 9 9 333 66 8 55 8 777777 6 77777777777 222 777 55 000000 55 6 8 9 9 0
consensus : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
Reference ( family-769 ) : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70972 : GCAATT-AGA--TGAT-TT-C--A-T-CTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--AG-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70973 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-GAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-T---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TATGT--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70974 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GCTTA--TTTTTA-TTTTGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---A-----AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70975 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GT---------------GGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70976 : cGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAT-TT--GCTG---C-TAAT-GTTTG--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TC-A-CA---A--CC-G------CAA-AAAAA---AATAG-AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70977 : cGCGATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-TAA-AAAA-TT--GCTA---C-AAAG-G-TTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA--A---C--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T--------TGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70978 : cGCAATT-AGA--TTGT----------------------AAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTTAG-GC-A--CA-GG--AAAAC-T----T-A-A---ATTA--TT-TT--TCTA-CA---C--TC-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TACGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70979 : cGCAGTT-AGA--TAAT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-----------------C----G-GTTTA--CTTG-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-G------T---AAAGA---AAT---AAAAA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70980 : cATT-AGA--TGGTGTT-C--A-T-TTTTA-T-A-AAAA-GT--GCTG---C-AAAT-ATTTA--CTTT-A-TTTGG--TGAG-GC-A--CAGGG--TAAAC-T----TAA-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------TAAAAAAAA---AAT---AAATA--TA-----TATGG--CAGCC-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70981 : cgcTT-AGA--TGGT-TT-TCAA-C-TTT-A-T-A-GAAA-TT--GCTG---C-AAAT-GTTTATTTTTT-A-TTTGGTTTGA--GC-A--CA-GT--AAAAC-T----T-AGA---ATCATTTT-TT--TCTA--A---C--CC-G------T---AAAAA---AAA---AAATAGTT------TATGGCACAG-C-C-G-TA-TATCTT-TAA
gi|70982 : cgcaattatGCAATT-AGA--TGTT-TT------T-TTT-A-T-A-AAA--TT--GCTG---C-AAAG-GATTA--TTTTTA-TTTGGTTTGAGCAC-ATGCA-GG--TAA-C-T----T-A-A---ATCA--TT-TA--TTTAGCA---C--CCCG------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TAT-G--CAG-C-CTGCTA-T
gi|70983 : cATT-TGA--TGGT-T--C--A-T-TTG-T-T-A-GAAT-GT--GCTGG--C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GG-A--CA-GG--TAACC-T----T-A-AAAGATCA--TTGTT--TCTA-AA---CA-CC-G----------AAAAA---AAT----AGTA--T------TATGG--CAG---TTG-T--TAT-TT-TAA
gi|70984 : cgcGCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-C-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTTT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---T--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70985 : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAG-GTTTA--TTGT-A-TTTGGTTTGAG-GC-A--GA-GG--TAAAT-T----T-A-A---ATCA--TT-TT--TCTA-CA---C--CC-A------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70986 : GCAATT-AGA--TGGT-TT-C--A-T-TTT-A-T-A-AAA-----------------------------------TTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---T--CC-G------C---AAAAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CA--C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70987 : GCATTA-AGA----GT-TT-CCAA-T-TTT-A-T-A-AAAAATT--GCTG---C-CAAG-GTT-A--TTT--A-TTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GGT-TAAAC-T----T-A-A---CAGA--TT-TT-------CA---C--CT--------C---GAAAA---AAT---AAATA---------TA-GG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70988 : GCAATTTAGAATTGGT-TTTC--A-TGTTT-A-TTA-AAAA-TTTAGCTGGCAT-AAAG-GTTTA--ATTT-A-TTTGGTTTGAG-GCAA--CATGGTATAAAC-T----T-A-A---ATCA---T-AA--TCTA-CA---TTGCC-G------C---AAAAA---AACGTAAAATA--T------TATGG---AG-CGCTG-TATTATCTTATAA
gi|70989 : AATT-AGA--T-GT-TT-C--ATT-TTT-A-T-ATAAAA-TT----CG---C-AAAGTATTGA--TTTT-A-TT--GTTTGA--GC-A--TC-GA--AGAAA-T----T---A---ATCA--TT-TT--TCAA-CAACCC--CC-GATCAAAC---AAAAAAACAAT---AAAAA--TGTTCTATATGG--CAG-C-
gi|70990 : ATT-AGA--TG-T-TT-C--A-T-TTT-AAT-A-AAAA-TT--GCTG---C-AAAT-G-TTA--TTTT-ATTTTGGTTTGAG-GC-A--CA-GG--TAAAC-T----T-A-A---ATAA--TT-TT--TCTA-CA---A--CC-G------C----AGAA---AAT---AAATA--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70991 : -T-A-AAAA-T---GCCG---TGAAAGCGTTTA--TTTA-T-TTTGGTTTGAG-GC-AG-CA-GG--TAAACCT----T-A-A---ATCA--TT-TTCATCTA--A---T--CT-G------C----AAAA---AAT---AAATA--T------TA--G--CAGCC-CTG-TG-TATTTT-TAA
gi|70992 : AAAC-TATTAT-A-A---A-CA--TT------CTA-CA---T--CCTG------C---AAAAA-----T---AAATT--T------TATGG--CAG-C-CTG-TA-TATCTT-TAA
gi|70993 : -TT--TCTA-CA---C--CC-G------T---AAAAA---AGT---AAATA--T------TATGG--CAT-C-CTG-TA-TATCTT-TAA