lowQualScore : 1 1
lowQualScore : 6 4444 3 1 1
lowQualScore : . .... . . .
lowQualScore : 2 0000 8 9 9
consensus : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGCTTTTC-AAGATATTGAACTGATT-TCTT
Reference ( gi|24680 ) : CAGTATTCTTCATGT----GTCACTAAATGCGTTTC-AAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24682 : CAGTATTCATGACGT----GTTACTAAATGCGTTTC-GAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24681 : CAGTATTTTTGATGT----GTCACCAAGTGCTTTTT-AAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24676 : CAGTACTCTTGATGT----TTCACTAAATGCTTTTC-AAGATATTGAACTGATT-
gi|24675 : CAGTATTCTTGATGT----TTCATGAAATGCTTTTC-AAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24683 : CAGTATTCTCGAAGT----GTCACTAAATGCTTTTC-AAGATATAGAACTGATT-TCT
gi|24684 : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGATTTTT-GAGATATTTAACTGATT-TCTT
gi|24677 : CAGTATTCTTGATGT----TTCACTAAATATTTTTC-AAGATATTGAACTGATT-
gi|24685 : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGCTCTTA-AAGATATTTAGCTGATT-TCT
gi|24678 : CAGTATTCTTGATGC----ATAATTAAACGCTTTTC-AAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24679 : CAGTATTCTTGATGT----TTCACTAAATGTTTTTC-GAGATGTTGAACTGATT-TGTT
gi|24688 : CAGTATTCATGATGT----GCCACTAAATGAGTTTTTGAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24686 : CATTATTCTTGATGC----ATCACTAAATTCTTTTC-AAGATATTGAACAGATT-TCTT
gi|24690 : CAGTATTTTT---GC----GTCACTAAATGCTTTTC-AAGAAATTGAACTGATT-TTT
gi|24689 : CAGTATTTTAGATGT----GTCAGGAAATGCTTTTC-AAGATATTGAACTGATTCTCT
gi|24687 : CAGTATTCTTGATGTACGTGTTACTAAATGC-TTTC-AAGGTATTTAACTGATT-TATT
gi|24691 : AATATTCTTGATGC----GTCACGAAATGCTTTTC-AAGATATTGAATTAATT-TTTT
gi|24692 : GTATTCTTGATTT----GTCACTAAATGCTTTTC-AAGATAGTGAACTGATT-TCTT
gi|24693 : GTATTCTTGATGT----GTATCTAAATGCTTTTC-AAGATATTGAACTGCTT-TCTT
gi|24695 : TATTCTTGATGT----ATCACTGAATGCTTTTC-AACATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24694 : TATTCTTGATGT----ATCACTGAATGCTTTTC-AACATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24696 : ATTTTTGATGT----GTCACTATATGCTTTTC-AAAATATTGAACTGATT-TTTT
Alignments
lowQualScore : 3333 1 1
lowQualScore : .... . .
lowQualScore : 9999 8 8
consensus : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
Reference ( family-768 ) : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24675 : CAGTATTCTTGATGT----TTCATGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24676 : CAGTACTCTTGATGT----TTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-
gi|24677 : CAGTATTCTTGATGT----TTCACTAAATAT-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-
gi|24678 : CAGTATTCTTGATGC----ATAATTAAACGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24679 : CAGTATTCTTGATGT----TTCACTAAATGT-TTTTCGAGATGTTGAACTGATT-TGTT
gi|24680 : CAGTATTCTTCATGT----GTCACTAAATGC-GTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24681 : CAGTATTTTTGATGT----GTCACCAAGTGC-TTTTTAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24682 : CAGTATTCATGACGT----GTTACTAAATGC-GTTTCGAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24683 : CAGTATTCTCGAAGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATAGAACTGATT-TCT
gi|24684 : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGA-TTTTTGAGATATTTAACTGATT-TCTT
gi|24685 : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TCTTAAAGATATTTAGCTGATT-TCT
gi|24686 : CATTATTCTTGATGC----ATCACTAAATTC-TTTTCAAGATATTGAACAGATT-TCTT
gi|24687 : CAGTATTCTTGATGTACGTGTTACTAAATGC-TTT-CAAGGTATTTAACTGATT-TATT
gi|24688 : CAGTATTCATGATGT----GCCACTAAATGAGTTTTTGAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24689 : CAGTATTTTAGATGT----GTCAGGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATTCTCT
gi|24690 : CAGTATTTTTG---C----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGAAATTGAACTGATT-TTT
gi|24691 : AATATTCTTGATGC----GTCACGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAATTAATT-TTTT
gi|24692 : GTATTCTTGATTT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATAGTGAACTGATT-TCTT
gi|24693 : GTATTCTTGATGT----GTATCTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGCTT-TCTT
gi|24694 : TATTCTTGATGT----ATCACTGAATGC-TTTTCAACATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24695 : TATTCTTGATGT----ATCACTGAATGC-TTTTCAACATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24696 : ATTTTTGATGT----GTCACTATATGC-TTTTCAAAATATTGAACTGATT-TTTT
Alignments
lowQualScore : 3333 1 1
lowQualScore : .... . .
lowQualScore : 9999 8 8
consensus : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
Reference ( family-768 ) : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24675 : CAGTATTCTTGATGT----TTCATGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24676 : CAGTACTCTTGATGT----TTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-
gi|24677 : CAGTATTCTTGATGT----TTCACTAAATAT-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-
gi|24678 : CAGTATTCTTGATGC----ATAATTAAACGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24679 : CAGTATTCTTGATGT----TTCACTAAATGT-TTTTCGAGATGTTGAACTGATT-TGTT
gi|24680 : CAGTATTCTTCATGT----GTCACTAAATGC-GTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24681 : CAGTATTTTTGATGT----GTCACCAAGTGC-TTTTTAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24682 : CAGTATTCATGACGT----GTTACTAAATGC-GTTTCGAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24683 : CAGTATTCTCGAAGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATAGAACTGATT-TCT
gi|24684 : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGA-TTTTTGAGATATTTAACTGATT-TCTT
gi|24685 : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TCTTAAAGATATTTAGCTGATT-TCT
gi|24686 : CATTATTCTTGATGC----ATCACTAAATTC-TTTTCAAGATATTGAACAGATT-TCTT
gi|24687 : CAGTATTCTTGATGTACGTGTTACTAAATGC-TTT-CAAGGTATTTAACTGATT-TATT
gi|24688 : CAGTATTCATGATGT----GCCACTAAATGAGTTTTTGAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24689 : CAGTATTTTAGATGT----GTCAGGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATTCTCT
gi|24690 : CAGTATTTTTG---C----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGAAATTGAACTGATT-TTT
gi|24691 : AATATTCTTGATGC----GTCACGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAATTAATT-TTTT
gi|24692 : GTATTCTTGATTT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATAGTGAACTGATT-TCTT
gi|24693 : GTATTCTTGATGT----GTATCTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGCTT-TCTT
gi|24694 : TATTCTTGATGT----ATCACTGAATGC-TTTTCAACATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24695 : TATTCTTGATGT----ATCACTGAATGC-TTTTCAACATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24696 : ATTTTTGATGT----GTCACTATATGC-TTTTCAAAATATTGAACTGATT-TTTT
blockSeqs : ACGT G C
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
finalCons : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
Alignments
lowQualScore : 3333 1 1
lowQualScore : .... . .
lowQualScore : 9999 8 8
consensus : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
Reference ( family-768 ) : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24675 : CAGTATTCTTGATGT----TTCATGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24676 : CAGTACTCTTGATGT----TTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-
gi|24677 : CAGTATTCTTGATGT----TTCACTAAATAT-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-
gi|24678 : CAGTATTCTTGATGC----ATAATTAAACGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24679 : CAGTATTCTTGATGT----TTCACTAAATGT-TTTTCGAGATGTTGAACTGATT-TGTT
gi|24680 : CAGTATTCTTCATGT----GTCACTAAATGC-GTTTCAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24681 : CAGTATTTTTGATGT----GTCACCAAGTGC-TTTTTAAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24682 : CAGTATTCATGACGT----GTTACTAAATGC-GTTTCGAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24683 : CAGTATTCTCGAAGT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATATAGAACTGATT-TCT
gi|24684 : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGA-TTTTTGAGATATTTAACTGATT-TCTT
gi|24685 : CAGTATTCTTGATGT----GTCACTAAATGC-TCTTAAAGATATTTAGCTGATT-TCT
gi|24686 : CATTATTCTTGATGC----ATCACTAAATTC-TTTTCAAGATATTGAACAGATT-TCTT
gi|24687 : CAGTATTCTTGATGTACGTGTTACTAAATGC-TTT-CAAGGTATTTAACTGATT-TATT
gi|24688 : CAGTATTCATGATGT----GCCACTAAATGAGTTTTTGAGATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24689 : CAGTATTTTAGATGT----GTCAGGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGATTCTCT
gi|24690 : CAGTATTTTTG---C----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGAAATTGAACTGATT-TTT
gi|24691 : AATATTCTTGATGC----GTCACGAAATGC-TTTTCAAGATATTGAATTAATT-TTTT
gi|24692 : GTATTCTTGATTT----GTCACTAAATGC-TTTTCAAGATAGTGAACTGATT-TCTT
gi|24693 : GTATTCTTGATGT----GTATCTAAATGC-TTTTCAAGATATTGAACTGCTT-TCTT
gi|24694 : TATTCTTGATGT----ATCACTGAATGC-TTTTCAACATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24695 : TATTCTTGATGT----ATCACTGAATGC-TTTTCAACATATTGAACTGATT-TCTT
gi|24696 : ATTTTTGATGT----GTCACTATATGC-TTTTCAAAATATTGAACTGATT-TTTT