lowQualScore : 222222222222 11111111111111
lowQualScore : 1 1 4 3 3 11 222 1 1 444444444444 888888 0 0 33 999 222 2 1 6666666666666 3 2 1 1 3333 3333 1 1 222 11 222 22 11 1 44 111 2 1 11 1 1 11 2 88888888888888 1
lowQualScore : . . . . . .. ... . . ............ ...... . . .. ... ... . . ............. . . . . .... .... . . ... .. ... .. .. . .. ... . . .. . . .. . .............. .
lowQualScore : 5 3 8 9 8 77 222 2 2 333333333333 999999 4 9 99 555 555 9 0 3333333333333 2 2 0 0 6666 0000 0 0 222 33 777 33 33 0 33 888 0 0 44 1 1 55 3 44444444444444 5
consensus : ACTACCAGT-GAA-ANT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----A-CGCTGGCCAAAGC--T---A---CCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
Reference ( gi|22801 ) : ACTACCAGT-GAA-AAT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----A-CACTGGCCAAAGC--T---A---CCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22802 : ACTACCAGT-GAA-AAT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----A-CACTGGCCAAAGC--T---A---CCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------
gi|22802 : ACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--AC---TACTAGTA-TAAA-TATTT-A-------A----T-TGTGGGT---AGC--TTTGG---CCAGT-GTT-------------T----TA-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAT-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------AAAAATAaaaaata
gi|22803 : ACTACCAGT-AAA-AAT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----G-CACTGGCCAAAGC--T---A----CCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-G-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAATT-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22803 : ACTACCAGT-GAA-AATTAATTT-C--AC---TACTACTA-TAAA-TATTTAATTGTGGTA----G-CTTTGGCCAGTGC--T-----------------------------T----TA-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAT-T-T--T-T-ACT--GGTAG-T--------------
gi|22804 : ACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--A----TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A------CACTGGCCAAAGC--T---A---CCCAC-A-T-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACTataattatttatact
gi|22804 : ACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--AC---TACTAGTA-TAAA-TATT--T-------A----A-TGTGGGT---AGCTTT---G---GCCAG-TGT-------------T----TA-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A------T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------
gi|22809 : ACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----A-CACTGGCCAAAGC--T---A---CCCAC-AAT-------------TAACATA-TT-T----T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-CAA--T---TAA-T-T--T-C-ATG--GGTAG-T--------------ATCATTATTTATACTataattatttatact
gi|22809 : ACTACCCAT-GAA-ATT-AATTG-C--AC---TACTAGT--AAAA-TATGTTA-------A----T-TGTGGGT---AGC--TTTGG---CCAGT-GTT-------------T----TA-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------
gi|22808 : ACTACCAGT-AAA-AAT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----G-CACTGGCCAAAGC--T---A---CC-AC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-G-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--TTC-ACT--GGTAG-T--------------atcattatttatact
gi|22808 : ACTACCAGT-GAA-AATTAATTT-C--AC---TACTACTA-TAAA-TATTTAATTGTGGTA----G-CTTTGGCCAGTGC--T-----------------------------T----TA-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAT-T-T--T-T-ACT--GGTAG-T--------------G-AATTTTTTTCACTgaatttttttcact
gi|22807 : ACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--A----TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A------CACTGGCCAAAGC--T---A---CCCAC-A-T-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------
gi|22807 : ACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--AC---TACTAGTA-TAAA-TA----TTT-----A----A-TGTGGGT---AGC--TTT-G---GCCAG-TGT-------------T----TA-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A------T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------AAAATaaaat
gi|22811 : ACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----A-CACTGGCCAAAGC--T---A---CCCAC-AAT-------------TAACATA-TT-T----T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-CAA--T---TAA-T-T--T-C-ATG--GGTAG-T--------------
gi|22811 : ACTACCCAT-GAA-ATT-AATTG-C--AC---TACTAGT--AAAA-TATGTTA-------A----T-TGTGGGT---AGC--TTTGG---CCAGT-GTT-------------T----TA-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAGTT--------------ATAAtataa
gi|22813 : ACTACCGGT-AAA-ATT-ATTTT-C--AC---TACTAGTG-TAAA-TATT--T-------A----A-TTGTGAGTATGGC--T---ATGGCCTGT-ATT-------------T----TA-CT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAT-T-G--T-T-ACC--GGTA
gi|22805 : ACTACCAGT-GAA-AAT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAAATA----A-------A----A-CACTGGCCAAAGC--T---A---CCCAC-AAT-------------TAA-ATATTT-T--A-T----A-CTT-G-GT--AT--G--T--G-AAA--gaacataatt
gi|22810 : ACTACCAGTTGAAGAAT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AACA-TA----A-------A----A-CACTGGCAACAGC--T---A---CCCACAAAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T---GT--A---GT-T--G-AAA--T---TGC-C-A--T-C-ACT--GACAA-C--------------GTAA
gi|22806 : ACTACCAGT-AAA-ACT-AATTT-C--ACATTTACCAGTGGAAAA-TA----A-------A----A-CGCTGGCCAAAGC--T---A---CCCACGAAT-------------T-A-ATA-TTGT--A-T----A-C-T-G-GT--A---G--TTGA-AAA--T---TGA-C-CAAT-C-ACA--GACAA-C--------------ATAA-GATTTA
gi|22823 : ACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--AC---TACTAGTA-TAAA-TA----
gi|22822 : taaataattatACTACCAGT-GAA-ATT-AATTT-C--AC---TACTAGTA-TAAA-TA----ttta
gi|22817 : taaataattatACTACCAGT-GAT-ATT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-Tttta
gi|22818 : aattatttatactgctagtgaaaataaattcaacaatggccatcctactcacaaataattattcatACTACCAGT-AAA-ATT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------tat
gi|22812 : aattatttatactactagtgaaaataaattcaacatggccatcctactcacaaataattattttgatCTACCAGT---A-AAT-TATTT-CCAAC---TAA-AGTG-AAAA-TA----A-------A----AGCGCTGGCC-AAGC--T---A---CCCAA-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--ATT----A-C-TCG-GT--A---G-----G-AAAATT---TAA-T-T--tt
gi|22813 : TACCGGT-AAC-AAT-AATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAG-TA----A-------A----A-TACAGGCCATAGCCAT---A---CTCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-C----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--A---TAA-T-T--T-T-ACC--GGTAG-TGAAC----------ATAAT
gi|22814 : ACCAGT---A-AAT-AATTT-C--AC---TCGCAGTG-AAAA-TA----A-------A----A-CACTGGCCAAATC--T---A---CCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAAC-T---TAA---T--T-C-ACTCGAGTAGAT--------------ATAATTATTTATACT
gi|22815 : T-GAA-ATT-CTTTT-C--AC---AACCAGTG-AAAT-TA----A-------A----A-CGCTGGCCAAACC--T---A---CCCAC-AAT-------------TAG-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-AGGT--A---GTAT--G-AAAT-T---TAA-T-T------ACG--GGT
gi|22816 : AA-AATTAATTT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----A-TGCAGGCCAAAGC--A---A---CCCGT-AAT-------------TAA-AT--TT-C--A-T----A-C-T-ACCT--A---G--T--ATAAA--TATCTAA-T-T--
gi|22817 : -AAT-TATTTAT--AC---TGCTAGTG-AAAA-TA----A-------ATTCAA-CAATGGCCATC-C--T---A---CTCAC-AAA-------------TAA-TTA-TT-C--A-T----A-C-T-A-CC--A---G--T--G-ATA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--ACCAG-TG-------------AAAATTAT
gi|22818 : -AAT-TATTTAT--AC---TACTAGTG-AAAA-TA----A-------ATTCAA-CA-TGGCCATC-C--T---A---CTCAC-AAA-------------TAA-TTA-TT-TTGA-T----A-C-T-A-CC--A---G--T--A-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--ACCAG-TGAAA----------ATAAT
gi|22819 : -AAT-TATTTAC--AC---TACTAGTG-AAAA-TA----AATGC---A----A-CAATGGTC-AACC--T---A---CCCTC-AAA-------------TAA-TTA-TT-T--A-T----A-----A---------------A-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--ACCAG-T--------------
gi|22820 : T-GATTT-T--AC---TACCAGTG-GAAA-TA----A-------A----G-CACTGGCCAAAGA--T---A---CCCAC-AATTTCACTGGCACTATAA-TTA-TT-T--A-C----A-C-T-A-CT--A---G--T--G-AAA--A---TAA-A-T--G-C-AAC--AATGG-TCAACCTACCCTCAAATAATTATTTATA
gi|22821 : ATAT-C--AC---TACCAGTG-AAAA-TA----A-------A----AACACTAGCCAAAGC--T---A---TCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T---GT--A---G--T--G-AAA--T---TGA-
gi|22803 : -------------TAA-ATA-AT-T--A-T----A-C-T-A-CC--A---G--T--G-AAAA-T---TAA-T-T--T-C-ACT--ACTAC-T--------------ATAAATATTTA
gi|22804 : actaccagtaaaaataatttcactaccagtgaaaataaagcactggccaaagctaccacaat-------------TAA-ATA-AT-T--A-T----A-C-T-A-CC--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--ACTAG-T--------------ATAAATATTTAtact
gi|22814 : actaccagtgaaattaatttcataccagtgaaaataaacactggccaaagctacccacat-------------TAA-ATA-AT-T--A-T----ATC-T-A-CTCGA---G--T--G-AA---T---TAAGT-T--T-C-ACT--ACTAG-T--------------ATAAATATTTAtact
gi|22823 : accagtaaataatttcactcgcagtgaaaataaaacactggccaaatctacccacaat-------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTAtact
gi|22823 : -------------TAA-ATA-AT-T--A-T----A-C-T-A-CC--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--ACTAG-T--------------ATAAATATTTA
gi|22822 : -------------TAA-ATA-TT-T--A-T----A-C-T-A-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTA
gi|22822 : -------------TAA-ATA-AT-T--A-T----A-C-T-A-CC--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-C-ACT--ACTAG-T--------------ATAAATATTTA
gi|22818 : AA-TTA-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-T--T-T-ACT--GGTAG-TATCAAA--------ATAATTATTTGT
gi|22805 : aattatttatactactagtgaaaataaattcaacatggccatcctactcTA-TT-T--T-TC---A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAT-T-T--T-C-ACT--GGTAG-T--------------
gi|22817 : A-TT-T--T-C----A-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAA-T-A--T-C-ACT--GGTAG-TATGA----------ATAATTATTTGTaaacactggccaaagctacccacaattaaatattttatacttggtatgtgaaa
gi|22810 : aattatttatactgctagtgaaaataaattcaacaatggccatcctactc-TT-T--A-TGTTCA-C-T-G-GT--A---G--T--G-AAA--T---TAT-TCT--T-CAACT--GGTAG-T--------------tat
gi|22806 : -TT-T--C-C----A-C-T-G-GT--AAATG--T--G-AAA--T---TAG-T-T--T-T-ACT--GGTAG-T--------------acactggcaacagctacccacaaattaaatatttatactgtagttgaaattgccatcactgacaacgtaa
gi|22813 : ----A-C-T-A-CC--G---G--T--A-AAA--T---TAT-T-T--T-C-ACT--ACTAG-T--------------GTAAATATTTAataaaacgctggccaaagctacccacgaattaatattgtatactggtagttgaaaattgaccaatcacagacaacataagattta
Alignments
lowQualScore : 22222222222222
lowQualScore : 33 2 1 22 333 1 1 3333 999999 3 22 3 9999999999999 3 1 1 22 1 1 1 3 1 44 22 1 55 333 3 22 22 2 44444444444444
lowQualScore : .. . . .. ... . . .... ...... . .. . ............. . . . .. . . . . . .. .. . .. ... . .. .. . ..............
lowQualScore : 88 0 0 55 222 8 8 9999 777777 0 66 8 6666666666666 5 7 7 44 7 7 7 5 7 11 44 7 99 222 6 66 99 2 77777777777777
consensus : ACTACCAGT-GAA-ANTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
Reference ( family-763 ) : ACTACCAGT-GAA-ANTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CGCTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22801 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22802 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------
gi|22803 : ACTACCAGT-AAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGC--TA-CCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAG-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAATTT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACTaaaaata
gi|22804 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--A----TACCAGTG-AAAA-TAA----A------CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-A-T-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22805 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAAATAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATATTT-T--A-TACTT-G-GTATG--T--G-AAA--
gi|22806 : ACTACCAGT-AAA-ACTAATTTC--ACATTTACCAGTGGAAAA-TAA----A----A-CGCTGGCCAAAGC--TACCCACGAAT-------------T-A-ATA-TTGT--A-TAC-T-G-GTA-G--TTGA-AAA--T---TGA-CCAATCACA--GACAA-C--------------ATAA-GATTTA
gi|22807 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--A----TACCAGTG-AAAA-TAA----A------CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-A-T-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------
gi|22808 : ACTACCAGT-AAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGC--TA-CCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAG-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAATTT--TCACT--GGTAG-T--------------aaaat
gi|22809 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAACATA-TT-T----TAC-T-A-GTA-G--T--G-CAA--T---TAA-TT--TCATG--GGTAG-T--------------ATCATTATTTATACTgaatttttttcact
gi|22810 : ACTACCAGTTGAAGAATAATTTC--AC---TACCAGTG-AACA-TAA----A----A-CACTGGCAACAGC--TACCCACAAAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T---GTA-GT-T--G-AAA--T---TGC-CA--TCACT--GACAA-C--------------GTAA
gi|22811 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAACATA-TT-T----TAC-T-A-GTA-G--T--G-CAA--T---TAA-TT--TCATG--GGTAG-T--------------
gi|22812 : CTACCAGT--AA-ATTA-TTTCCAAC---TAA-AGTG-AAAA-TAA----A----AGCGCTGGCC-AAGC--TACCCAA-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--ATTAC-TCG-GTA-G-----G-AAAATT---TAA-TT--tataa
gi|22813 : TACCGGT-AAC-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAG-TAA----A----A-TACAGGCCATAGCCATACTCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-CAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--A---TAA-TT--TTACC--GGTAG-TGAAC----------ATAATT
gi|22814 : ACCAGT---A-AATAATTTC--AC---TCGCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAATC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAAC-T---TAA--T--TCACTCGAGTAGAT--------------ATAATTATTTATACT
gi|22815 : T-GAA-ATTCTTTTC--AC---AACCAGTG-AAAT-TAA----A----A-CGCTGGCCAAACC--TACCCAC-AAT-------------TAG-ATA-TT-T--A-TAC-T-AGGTA-GTAT--G-AAAT-T---TAA-TT----ACG--GGT
gi|22816 : AA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-TGCAGGCCAAAGC--AACCCGT-AAT-------------TAA-AT--TT-C--A-TAC-T-ACCTA-G--T--ATAAA--TATCTAA-TT--
gi|22817 : aA-ATTATTTAT--AC---TGCTAGTG-AAAA-TAA----ATTCAA-CAATGGCCATC-C--TACTCAC-AAA-------------TAA-TTA-TT-C--A-TAC-T-A-CCA-G--T--G-ATA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-TG-------------AAAATTAT
gi|22818 : A-ATTATTTAT--AC---TACTAGTG-AAAA-TAA----ATTCAA-CA-TGGCCATC-C--TACTCAC-AAA-------------TAA-TTA-TT-TTGA-TAC-T-A-CCA-G--T--A-AAA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-TGAAA----------ATAATT
gi|22818 : ACTACCAGT-AAA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----
gi|22819 : aattatttatactactagtgaaaataaattcaacatggccatcctactcacaaataattattttgatA-ATTATTTAC--AC---TACTAGTG-AAAA-TAAATGCA----A-CAATGGTC-AACC--TACCCTC-AAA-------------TAA-TTA-TT-T--A-TA----A-----------A-AAA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-T--------------tt
gi|22820 : TGATTTT--AC---TACCAGTG-GAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGA--TACCCAC-AATTTCACTGGCACTATAA-TTA-TT-T--A-CAC-T-A-CTA-G--T--G-AAA--A---TAA-AT--GCAAC--AATGG-TCAACCTACCCTCAAATAATTATTTATA
gi|22821 : ATATC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----AACACTAGCCAAAGC--TATCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T---GTA-G--T--G-AAA--T---TGA-
gi|22822 : -------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTA
gi|22823 : -------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222
lowQualScore : 33 2 1 22 333 1 1 4444 999999 22 3 9999999999999 3 1 1 22 1 1 1 3 1 44 22 1 55 333 3 22 22 2 44444444444444
lowQualScore : .. . . .. ... . . .... ...... .. . ............. . . . .. . . . . . .. .. . .. ... . .. .. . ..............
lowQualScore : 66 1 0 66 333 9 9 0000 777777 66 8 6666666666666 5 7 7 44 7 7 7 5 7 11 44 7 99 222 6 66 99 2 77777777777777
consensus : ACTACCAGT-GAA-ANTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
Reference ( family-763 ) : ACTACCAGT-GAA-ANTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22801 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22802 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------
gi|22803 : ACTACCAGT-AAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGC--TA-CCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAG-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAATTT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACTaaaaata
gi|22804 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--A----TACCAGTG-AAAA-TAA----A------CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-A-T-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22805 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAAATAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATATTT-T--A-TACTT-G-GTATG--T--G-AAA--
gi|22806 : ACTACCAGT-AAA-ACTAATTTC--ACATTTACCAGTGGAAAA-TAA----A----A-CGCTGGCCAAAGC--TACCCACGAAT-------------T-A-ATA-TTGT--A-TAC-T-G-GTA-G--TTGA-AAA--T---TGA-CCAATCACA--GACAA-C--------------ATAA-GATTTA
gi|22807 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--A----TACCAGTG-AAAA-TAA----A------CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-A-T-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------
gi|22808 : ACTACCAGT-AAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGC--TA-CCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAG-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAATTT--TCACT--GGTAG-T--------------aaaat
gi|22809 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAACATA-TT-T----TAC-T-A-GTA-G--T--G-CAA--T---TAA-TT--TCATG--GGTAG-T--------------ATCATTATTTATACTgaatttttttcact
gi|22810 : ACTACCAGTTGAAGAATAATTTC--AC---TACCAGTG-AACA-TAA----A----A-CACTGGCAACAGC--TACCCACAAAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T---GTA-GT-T--G-AAA--T---TGC-CA--TCACT--GACAA-C--------------GTAA
gi|22811 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAACATA-TT-T----TAC-T-A-GTA-G--T--G-CAA--T---TAA-TT--TCATG--GGTAG-T--------------
gi|22812 : CTACCAGT--AA-ATTA-TTTCCAAC---TAA-AGTG-AAAA-TAA----A----AGCGCTGGCC-AAGC--TACCCAA-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--ATTAC-TCG-GTA-G-----G-AAAATT---TAA-TT--tataa
gi|22813 : TACCGGT-AAC-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAG-TAA----A----A-TACAGGCCATAGCCATACTCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-CAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--A---TAA-TT--TTACC--GGTAG-TGAAC----------ATAATT
gi|22814 : ACCAGT---A-AATAATTTC--AC---TCGCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAATC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAAC-T---TAA--T--TCACTCGAGTAGAT--------------ATAATTATTTATACT
gi|22815 : T-GAA-ATTCTTTTC--AC---AACCAGTG-AAAT-TAA----A----A-CGCTGGCCAAACC--TACCCAC-AAT-------------TAG-ATA-TT-T--A-TAC-T-AGGTA-GTAT--G-AAAT-T---TAA-TT----ACG--GGT
gi|22816 : AA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-TGCAGGCCAAAGC--AACCCGT-AAT-------------TAA-AT--TT-C--A-TAC-T-ACCTA-G--T--ATAAA--TATCTAA-TT--
gi|22817 : aA-ATTATTTAT--AC---TGCTAGTG-AAAA-TAA----ATTCAA-CAATGGCCATC-C--TACTCAC-AAA-------------TAA-TTA-TT-C--A-TAC-T-A-CCA-G--T--G-ATA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-TG-------------AAAATTAT
gi|22818 : A-ATTATTTAT--AC---TACTAGTG-AAAA-TAA----ATTCAA-CA-TGGCCATC-C--TACTCAC-AAA-------------TAA-TTA-TT-TTGA-TAC-T-A-CCA-G--T--A-AAA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-TGAAA----------ATAATT
gi|22819 : A-ATTATTTAC--AC---TACTAGTG-AAAA-TAAATGCA----A-CAATGGTC-AACC--TACCCTC-AAA-------------TAA-TTA-TT-T--A-TA----A-----------A-AAA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-T--------------
gi|22820 : TGATTTT--AC---TACCAGTG-GAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGA--TACCCAC-AATTTCACTGGCACTATAA-TTA-TT-T--A-CAC-T-A-CTA-G--T--G-AAA--A---TAA-AT--GCAAC--AATGG-TCAACCTACCCTCAAATAATTATTTATA
gi|22821 : ATATC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----AACACTAGCCAAAGC--TATCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T---GTA-G--T--G-AAA--T---TGA-
gi|22822 : -------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTA
gi|22823 : -------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTA
blockSeqs : TG G A CA ATT G A ATGC TTCAA CA G TTCACTGGCACTA C T G TG T T C G T TA TG T AT ATC T AA CG A CAACCTACCCTCAA
blockSeqs : G . A . . . . . TTCAA . A . C . . . . . . C . T . . C . T . . . GAAC
blockSeqs : A . T . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . GAAA
blockSeqs : G . A . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : G . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACTACCAGT-GAA-ANTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
finalCons : ACTACCAGT-GAA-ANTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222
lowQualScore : 33 2 1 22 333 1 1 4444 999999 22 3 9999999999999 3 1 1 22 1 1 1 3 1 44 22 1 55 333 3 22 22 2 44444444444444
lowQualScore : .. . . .. ... . . .... ...... .. . ............. . . . .. . . . . . .. .. . .. ... . .. .. . ..............
lowQualScore : 66 1 0 66 333 9 9 0000 777777 66 8 6666666666666 5 7 7 44 7 7 7 5 7 11 44 7 99 222 6 66 99 2 77777777777777
consensus : ACTACCAGT-GAA-ANTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
Reference ( family-763 ) : ACTACCAGT-GAA-ANTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22801 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22802 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------
gi|22803 : ACTACCAGT-AAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGC--TA-CCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAG-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAATTT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACTaaaaata
gi|22804 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--A----TACCAGTG-AAAA-TAA----A------CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-A-T-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTATACT
gi|22805 : ACTACCAGT-GAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAAATAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATATTT-T--A-TACTT-G-GTATG--T--G-AAA--
gi|22806 : ACTACCAGT-AAA-ACTAATTTC--ACATTTACCAGTGGAAAA-TAA----A----A-CGCTGGCCAAAGC--TACCCACGAAT-------------T-A-ATA-TTGT--A-TAC-T-G-GTA-G--TTGA-AAA--T---TGA-CCAATCACA--GACAA-C--------------ATAA-GATTTA
gi|22807 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--A----TACCAGTG-AAAA-TAA----A------CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-A-T-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------
gi|22808 : ACTACCAGT-AAA-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGC--TA-CCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAG-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAATTT--TCACT--GGTAG-T--------------aaaat
gi|22809 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAACATA-TT-T----TAC-T-A-GTA-G--T--G-CAA--T---TAA-TT--TCATG--GGTAG-T--------------ATCATTATTTATACTgaatttttttcact
gi|22810 : ACTACCAGTTGAAGAATAATTTC--AC---TACCAGTG-AACA-TAA----A----A-CACTGGCAACAGC--TACCCACAAAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T---GTA-GT-T--G-AAA--T---TGC-CA--TCACT--GACAA-C--------------GTAA
gi|22811 : ACTACCAGT-GAA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAAGC--TACCCAC-AAT-------------TAACATA-TT-T----TAC-T-A-GTA-G--T--G-CAA--T---TAA-TT--TCATG--GGTAG-T--------------
gi|22812 : CTACCAGT--AA-ATTA-TTTCCAAC---TAA-AGTG-AAAA-TAA----A----AGCGCTGGCC-AAGC--TACCCAA-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--ATTAC-TCG-GTA-G-----G-AAAATT---TAA-TT--tataa
gi|22813 : TACCGGT-AAC-AATAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAG-TAA----A----A-TACAGGCCATAGCCATACTCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-CAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--A---TAA-TT--TTACC--GGTAG-TGAAC----------ATAATT
gi|22814 : ACCAGT---A-AATAATTTC--AC---TCGCAGTG-AAAA-TAA----A----A-CACTGGCCAAATC--TACCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAAC-T---TAA--T--TCACTCGAGTAGAT--------------ATAATTATTTATACT
gi|22815 : T-GAA-ATTCTTTTC--AC---AACCAGTG-AAAT-TAA----A----A-CGCTGGCCAAACC--TACCCAC-AAT-------------TAG-ATA-TT-T--A-TAC-T-AGGTA-GTAT--G-AAAT-T---TAA-TT----ACG--GGT
gi|22816 : AA-ATTAATTTC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----A-TGCAGGCCAAAGC--AACCCGT-AAT-------------TAA-AT--TT-C--A-TAC-T-ACCTA-G--T--ATAAA--TATCTAA-TT--
gi|22817 : aA-ATTATTTAT--AC---TGCTAGTG-AAAA-TAA----ATTCAA-CAATGGCCATC-C--TACTCAC-AAA-------------TAA-TTA-TT-C--A-TAC-T-A-CCA-G--T--G-ATA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-TG-------------AAAATTAT
gi|22818 : A-ATTATTTAT--AC---TACTAGTG-AAAA-TAA----ATTCAA-CA-TGGCCATC-C--TACTCAC-AAA-------------TAA-TTA-TT-TTGA-TAC-T-A-CCA-G--T--A-AAA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-TGAAA----------ATAATT
gi|22819 : A-ATTATTTAC--AC---TACTAGTG-AAAA-TAAATGCA----A-CAATGGTC-AACC--TACCCTC-AAA-------------TAA-TTA-TT-T--A-TA----A-----------A-AAA--T---TAA-TT--TCACT--ACCAG-T--------------
gi|22820 : TGATTTT--AC---TACCAGTG-GAAA-TAA----A----G-CACTGGCCAAAGA--TACCCAC-AATTTCACTGGCACTATAA-TTA-TT-T--A-CAC-T-A-CTA-G--T--G-AAA--A---TAA-AT--GCAAC--AATGG-TCAACCTACCCTCAAATAATTATTTATA
gi|22821 : ATATC--AC---TACCAGTG-AAAA-TAA----A----AACACTAGCCAAAGC--TATCCAC-AAT-------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T---GTA-G--T--G-AAA--T---TGA-
gi|22822 : -------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTA
gi|22823 : -------------TAA-ATA-TT-T--A-TAC-T-A-GTA-G--T--G-AAA--T---TAA-TT--TCACT--GGTAG-T--------------ATAATTATTTA