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lowQualScore                  :        2  9    1  1 99   2 1 1  4        88 0  0  0 555  0 0 0    44       111  0 0  0 6   0 0  0  0 44  88   000000000  88 88 0  88  88 1 5555   00  777     777 1  999    0000000       777 333  7 7  7  777777 77777  7  333 7 333  7    888888  77  7         7   99   7 66 9999 9  7 7 3      000 9  9 66    9  666   9 000 9 6 9  9  99 66  11  7777 000  1111  3 99  999 9   88  444   22  444 1  1 1   99 3  3   7777   3   3 66  66   99   3 22   3    66 3 66    00   6 6   00      8   6 7777   6  6  444 6   3  6 6 6    6     
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Reference ( gi|107069 )       : TAAAACT-GGCACAC-AA-A--GAT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-C-T-GAAAC-TTTTAAA-C-TT-A-TG-GTGCA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--T-G----TTT--TT---AGGTT---T-TT---GCGGGA-----ATGCTCC---A---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGT---G--TC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCA-C--A----G-TT-G-T-GCACCT---A-GT-G--TTTG-TA-A-GGC-T---C-G-T-GC-AC--C-ATA--TT----G---TT----GGTT--GA---T-TTC--CT---CAC--TA---C-CA-A-TTT--C-CA-TTT-A--TCA-GAT-G--AT--GATC-TCA-A--GGT-CCTA--T-G--TGGC--TGG-T-AAA--CAGGACAATA-A----CTC-TC-TC---A-TGT-AT-G-T-TGGT-GCTGA
gi|107070                     : TAGAACT-GGCACAC-AA-A--GAT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-C-T-GAAAC-TTTTAAA-C-TT-A-TG-AGGCA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--T-G----TTT--T----AGGTT---T-T----GCGG-A-----ATGCTCC---A---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGT---G--TC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCA-C--A----G-TT-G-T-GCACCT---A-GT-G--TTTG-TA-A-GGC-T---C-G-T-GC-A---C-ATATTTT----G---TT----GGTT--GA---T-TTC--CT---CAC--TA---C-CA-A-TTT--C-CA-TTA-T--TCA-GAT-G--AT--GAT--TCA-A--GGT-CCTA--T-G--TGGC--TGG-T-AAA--CAAGAC--TA-A----CTC-TC-TC---A-TGT-AT-G-T-TGGT-GCTGA
gi|107071                     : TAAAACT-GGCACAC-AA----GAT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-T-TTGAAAC-TTTTAAA-C-TT-A-TG-G--CA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A--G--AG--T-GT---TTT--TT---AGGTT---T-TT---GC-GGA-----ATGCTCC---A---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGT---G--TC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCA-C--A----G-TT-G-T-GCACCT---A-GT-G--TTTG-TA-A-GGC-T---C-G-T-GC-AC--C-GTA--TG----T---TT----AGTT--GA---T-TTC--TT---CAC--TA---C-CA-A-TTT--C-CA-TTT-G--TCA-GAT-G--AT--GATC-TCA-A--GG--CCTA--T-G--TGGC--T-G-T-AAA--CAGGAC-ATACA----CTC-TC-TC---A-TGT-AT-G-T-TGGT-GCTGAgaga
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gi|107076                     : TAAATCT-GGCACAC-CA-A--GAT-C-G-ACTACT--GAA--T-TC-GT-GTCACG-C-T-GAACT-TTTTAAA-CATT-A-TG-GGGCA-T-AT-TC-ATTGC--TTG---------AA--C--ATAG--A---T-G----TTTA-TT---ATGTT---T-TT---GCGG-A-----ATGCTCT---ACTGTG-TATC-TTAGTTCTC-----AG-CT-T-C-ATATCG-AGAG---G--TC--AG-TGGCAGTTC-ATT--CCA-C--ACATTG-TT-G-TCGCACCT---A-GT-G--TTTG-TA-A-GA------T-A-TAGC-ACCTC-ATATTTT----G---TT----GGTT--GAGTGT-GTCCTCT---CACTATA---C-CA-A-aga
gi|107077                     : TAAAACT-GGCACAC-AA-A--GAT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-T-T-GAAAC-TTTTAAA-C-TT-A-TG-GAGCA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--T-G-----TT--TT---AGGTT---T-T
gi|107078                     : TAAAACT-GGCACAC-AA-A--GAT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-T-T-GAAAC-TTTTAAA-C-TT-A-TG-GGACA-T-AT-GC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--T-G----TTT--TT---ATGTT---T-T
gi|107079                     : TAAAACT-GCCACAC-AA-A--GATTC-T-AC-ACT-GGAA--T-TC-GT-G---CA-C-T-GAAAC-TTTT-AA-C-TT---TG-GGGCA-T-AT-T--AC-GC--TTGGGGGGAAAAAA--CCAA-AG--AAGTT-GTTTTTTT--TT---AGGTT---T-TTTTGGCGG
gi|107080                     : TAAAACT-GGCACAC-AA-A--GAT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-C-T-GAAAC-TTa
gi|107081                     :  AAAACG-GCCACAC-AA-A--GTT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-C-T-GAAAC-TTTTAAA-CTTT-A-TG-GGGCA-T-GA-TT-AC-GCCATTGA--------AA--C--A-AA--AG--T-GAT--TTT--TT---AGGTTTTGT-TT---GGCGGA-----ATGCTCCCCAA---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGT---G--TC--AA-T
gi|107082                     :   AAACT-GG-ACAC-AA----GAT-CCT-AC-ACTTGGAA--T-T--GT-G---CA-C-T-GAAAT-TTTTAAAGC-TT-A-TG-G--CA-T-AT-TC-AC-GC--T-G---------AAAAC--A-AA--AG--T-G----ATTAGTT---AGGGG---T-T----GCGGGA-----ATGC--C---A---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGT---GAGTC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCA-CC-A----G-TT-G-T-G-AC-T---ACGT-G--TTTG-TA-A-GGC-----C-G-T-GC-AC--CGAT---TT----G---TT----GGTT--GA---T-T-C--TT---CAC--TA---C-CA-A-TT---C-CA-TTT-G--TCA-GATTG--AT--GATGATTA-AC-GGT-CCTA--T-G--TG-C--TGG-T-AAA--CAGGACAATA-A----CTC-TC-TC---A-TGTCAT-G-T---GT-GCCGA
gi|107083                     :     ACT-GG-A-GC-AA-A--GAT-C-T-GC-ACTTGGAA--T-CC-GT-G---CA-C-T-GAAA--TTTTAAA-T-TC-A-TA-GGGCA-T-AT-TC-AT-GC--TTG---------AA--C--ATGG--AG--T-G----TTT--TT---AGGTT---C-TT---GCGG-A-----ATGCTCC---A---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-A-C-A---CG-CAGT---T--CC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCA-C--A----G-TT-G-T-GCACCT---A-GT-G--TTTG-TA-T-GGC-T---C-G-T-GC-AC--C-GTGT-TT----G---TT----GGAT--GA---T-TTC--TT---CAC--CA---C-CA-G-TTT--C-CA-TTT-G--TCG-GAT-G--AT--GATC-TCA-A--GGT-CCTA--T-G--TAGagaga
gi|107084                     :     ACT-GG-A-AC-AA-A--GAT-C-T-GC-ACTTGGAA--T-CC-GT-G---C--C-T-GAAAT-TTT--AA-T-TC-A-TA-GGG-A-T-AT-TC-A--GC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--T-G----TTT--TT---AGGTT---C-TT---GCGG-A-----ATGCTCC---A---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-AAC-A---CG-A-GT------TC--AAGTGG-AGTT--ATT--C-A-C--A----G-TT-G-T-GC-CCT---A-GT-GA-TTTG-TA-T-GGC-T---C-G-T-GC-AC--C-GTAT-TT----G---TT----GGAT--GA---T-TT---CT---CAC--CA---C-CA-G-TTT--C-CA-TTT-G--TCG-GAT-G--AT--GATC--CA-A--GG---CTA--T-G--TGGC--TGG-TAAAA--CAGGAC-ATA-A----CTC-TC-TT---A-TGT-ATGG-T-TGGT-GCTGA
gi|107085                     :     ACT-GGAACA-----A--GAT-C-TTGCGACTTGGA---T-CC-GT-G---CA-C-T-GGAAGATTTTAAA-A-TTCA-TA-GGGCA-TTAT-TC-ACCGC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--T-G----TTT--T----AGGTT---C-TT----CGGAA-----ATGCTCC---A---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-A-C-A---CG-AAGT---C--CA--AA-TGGCAGTTCAATTCACCATC--A----G-TTGG-TGGCACCT---A-GTGG--TTTGTTA-T-GGC-TCGCC-G-T-GCAAG--C-GTA--TT----GTGTTT----GGAT--GA---T-TTC--CTTCACGC--AA---C-CA-GTTTT--C-CA-TTT-G--TCG-GAT-G--AT--GATC-TCA-AAGGGT-CCTA--T-G--TGGC--TGG-T-AAA--CAGGACATAA-A----CTC-TC-T----A-TGT-AT-GTT-TGGT-gaga
gi|107086                     :     ACT-GG-A-AC-AA-A--GAT-C-T-GC-ACTTGGAA--T-CC-G--G---CAAC-T-GAAA--TTTTAAA---TC-A-TA-G-GCA---AT-TC-AG-CC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--T-G----TTT--TT---AGTCT---C-TG---GCGG-A-----ATGC------A---T--T-TC-GT------C-----AAAGC-A-C-A---CG-AAGT---T--CC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCA-CA-A----G-TT-G-T-GCACCT---A-GA-G--TTTG-TATC-GGC-T---C-G---GC-AC--C-GTAT-TT----G---TT----GG-T--GA---T-TT---CT---AAC--CA---C-C--A-TTT--C-CATTTT-G--TCG-GAT-A--CT--G-TC-TCATA--GGTACCTA--T-GCATGGC--TGG-T-AAT--CAGGAACATA--------C-TCATA---A-TGT-AT-G-T-T-GT-GCTGAgctagagag
gi|107087                     :     ACT-GGAACA--AA-C--GAT---T-GC-ACTTGGGA--A-CC-GT-G----A-C-T-GAAAT-TTTTAAA-T-TC-A-TA-G-GCA-T-AT-TCCAC-GC--TTG---------AAT-C--A-AG--AG----G----TTT--T-----AGTT---T-gaga
gi|107088                     :               C-AACA--GAT-C---GT-ACTTAGAA--T-TCCGTTG---CA-C-T-GAAAT-TTTTAAA-TGTC-A-TGAGGGCA-TCAT-T--A--GC--TTG---------AAG-C--A-AGCAAG--T-G----TTT--TT---AGTTT---T-TT---GCGAAAAGTCCATG-TGC---A---TG-T-TC-TT------TCCAGAAA-GCTT-T-AT--CT-GAAT---T--TCCAAA-TGGCAGCTCGATT--CCAGC--A----G-TT-G-T-GCACCcg
gi|107089                     :                                       GAA--T-CC-GT-G---CA-C-T-GAAAG-TTT-AAA-T-CC-A-TA-GGGCA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--T-G----TTT--TT---AGGTT---C-TT---GCGG-A-----ATGCTCC---G---TG-T-TC-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGT---T--CC--AA-TGCCAGTTC-ATT--CCA-C--A----G-TT-G-T-GCACCT---A-GT-G--TTTG-TA-T-GGC-T---C-G-T-GC-AC--C-GTAT-TT----G---TT----GGAT--GA---T-TTC--
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Reference ( family-762 )      :                                                                                                                                              TAAAACT-GGCACAC-AA-A--GAT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-C-T-GAAAC-TTTTAAA-C-TT-A-TG-GGGCA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--TG----TTT--TT---AGGTT---T-TT---GCGGGA-----ATGCTCC---A---TGT-T-C-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGT---GTC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCA-C-A----G--TT-G-T-GCACCT---A-GT-G--TTT-G-T-A-N-GGC-T---C-G-T-GC-AC--CGTA-TT-T---G-TT----GGTT--GA-T---TT-C-T-TCAC--T--A---C-CA-A-TTT-C--------C--A-TTT-GT-CG-G---A-T-GA--T--GAT-CTCA-A--GGT-CCTA--TG--TG-----GC--TGG-T-A-AA--CA-GG-A-C-AT-A-A----CTC-TC-TC---A-T---GT-A-T-G-T-TGGT-GCTGA
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gi|107090                     : gaatccgtgcactgaaagtttaaatccatagggcatattcacgcttgaacaagagtgtttttaggttcttgcggaatgctccgtgttcttcaagctcacgaagttccaatgccagttcattccacagttgtgcacctagtgtttgtatggctcgtgcaccgtatttgttggatgatttcgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-TTTTGAA-T-TC-A-TG-GGGCA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--
gi|107091                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -G-T-GCACCTTGAA-GT-GGTTTT-G-T-A-ATGGC-T---C-GGT-GC-AC--CGTA-TT-T---G-TTTTTAAGTTTGGA-T---TT-C-T-TCAC--T--A---C-CA-A-T------------C--A-TTTCGT-CA-G---A-T-GA--T--GAT-CTCA-AG-GGT-CCTAAGTG--TG-----GC--TGGCT-A-AA--C--GG-A-C-AT-A-A----CT--TC-TC---A-T---GT-A-T-G-TGTGGTGGCTGA

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Reference ( family-762 )      :                                                                                                                                              TAAAACT-GGCACAC-AA-A--GAT-C-T-AC-ACTTGGAA--T-TC-GT-G---CA-C-T-GAAAC-TTTTAAA-C-TT-A-TG-GGGCA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--AG--TG----TTT--TT---AGGTT---T-TT---GCGGGA-----ATGCTCC---A---TGT-T-C-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGT---GTC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCA-C-A----G--TT-G-T-GCACCT---A-GT-G--TTT-G-T-A-N-GGC-T---C-G-T-GC-AC--CGTA-TT-T---G-TT----GGTT--GA-T---TT-C-T-TCAC--T--A---C-CA-A-TTT-C--------C--A-TTT-GT-CG-G---A-T-GA--T--GAT-CTCA-A--GGT-CCTA--TG--TG-----GC--TGG-T-A-AA--CA-GG-A-C-AT-A-A----CTC-TC-TC---A-T---GT-A-T-G-T-TGGT-GCTGA
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gi|107082                     :                                                                                                                                                AAACT-GG-ACAC-AA----GAT-CCT-AC-ACTTGGAA--T-T--GT-G---CA-C-T-GAAAT-TTTTAAAGC-TT-A-TG-G--CA-T-AT-TC-AC-GC--T-G---------AAAAC--A-AA--AG--TG----ATTAGTT---AGGGG---T-T----GCGGGA-----ATGC--C---A---TGT-T-C-TT------C-----AA-GC-T-C-A---CG-AAGTGA-GTC--AA-TGGCAGTTC-ATT--CCACC-A----G--TT-G-T-G-A-CT---ACGT-G--TTT-G-T-A-A-GGC-----C-G-T-GC-AC--CG-A-TT-T---G-TT----GGTT--GA-----TT-C-T-TCAC--T--A---C-CA-A--TT-C--------C--A-TTT-GT-CA-G---ATT-GA--T--GATGATTA-AC-GGT-CCTA--TG--T------GC--TGG-T-A-AA--CA-GG-A-CAAT-A-A----CTC-TC-TC---A-T---GTCA-T-G-T---GT-GCCGA
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gi|107090                     : gaatccgtgcactgaaagtttaaatccatagggcatattcacgcttgaacaagagtgtttttaggttcttgcggaatgctccgtgttcttcaagctcacgaagttccaatgccagttcattccacagttgtgcacctagtgtttgtatggctcgtgcaccgtatttgttggatgatttcgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-TTTTGAA-T-TC-A-TG-GGGCA-T-AT-TC-AC-GC--TTG---------AA--C--A-AG--
gi|107091                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -G-T-GCACCTTGAA-GT-GGTTTT-G-T-A-ATGGC-T---C-GGT-GC-AC--CGTA-TT-T---G-TTTTTAAGTTTGGA-T---TT-C-T-TCAC--T--A---C-CA-A-T------------C--A-TTTCGT-CA-G---A-T-GA--T--GAT-CTCA-AG-GGT-CCTAAGTG--TG-----GC--TGGCT-A-AA--C--GG-A-C-AT-A-A----CT--TC-TC---A-T---GT-A-T-G-TGTGGTGGCTGA


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                     .  C    .  . .    . . .  .        .  .  .  . .    . . .    C        TG   . .  .     . .  .  .  .  .    .          .  .  .  .   .   .      .   .       .   .  .      G .           .   .     . . .  .      .      .  . . . .    .    G     .   .         .   .    . . .    .   . . .      .   .  . .    . . . A     . .   . . .  .  .     .  . .   .  .     A .   . .    . T      T     .   .  . .   . .        .  .   .  . A  .   . .  .  .    C    . .    .    .   .   .      .    . . .  .   .  . . .  . . .      .  .  .   . .    . . . . .    .
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