lowQualScore : 1111111 22222
lowQualScore : 2 1 1 22 44 1 3333333 1 33333 2
lowQualScore : . . . .. .. . ....... . ..... .
lowQualScore : 4 8 8 44 33 8 0000000 9 55555 1
consensus : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC--TT-AGTA-GGGT
Reference ( gi|88064 ) : ACTATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------CT-ATCAGGTC--TA-AGTA-GGGT
gi|88065 : ACTATTATGG-ACTGTTTTAGC-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC--AT-AGTA-GGG
gi|88067 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGATGAC--ATC-GCAAA------TT-ATCAGGTC--TT-AGTA-GGGT
gi|88069 : ACTATTATGG-ACTGTAT-AGC-AGAAAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAAGTC--TT-AGTG-GGGT
gi|88071 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AAC-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCATGTCTTTATAGTA-GGGT
gi|88070 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC--AT--ACAAA------TT-ATCAGGTT--TT-AGTA-GAGT
gi|88073 : ACAATTTTGG-ACTATTT-AGC-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAGGT------AGTA-
gi|88074 : ACTATTATGG-ACTGTTT-AGC--GGGAGAA--AT--ACACA------TT-ATCAGGTCT-TT-AGTA-GGGTtagag
gi|88066 : ACTATTATGG-ACTGCT----C-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAG
gi|88075 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC---GGA-ACA-ATC-ACAAA------TTAATCAGGTC--GA-AGTATGGGT
gi|88072 : ACAACTATGG-ACTGTTG-AGC-AGGGAAAC--ATC-ACCAT------TT-ATCAGGTG--TG-AGTA-
gi|88076 : ACTATCATGA-ACTGTTT-AGC-AGGAAGAC--ATT-ACAAA------
gi|88068 : ACTATTATGG-ACTG--------------AC--ATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC--TT-AGTG-GGt
gi|88077 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGCAAT--GTC-AATGATTATTTTT-ATCAGGTC--TT-TGTA-GGGT
gi|88078 : CTATAATGG-ACTGTTT-AGA-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ACCAGGTC--TG-AGTA-GGGT
gi|88079 : TATTGTGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAGGTCA-TA-A-TA-AGGT
gi|88080 : TATAATGG-ACTGTGT-AGC-AGGGAGACATATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC--AT-AGTA-GGGT
gi|88081 : ATAATGG-ACTGCAT-AGT-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC--TT-AGTA-GGGT
gi|88082 : ATTATGG-ATTGTTT-AGC-CGGGAGAC--ATA-ACAAA------TT-ATCAGGTC--GT-AGTA-GGGT
gi|88084 : TTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC--AT-GGTA-GGGT
gi|88083 : TTATGG-ACTGTTT-AGC--GGGAGAC--ATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC--GT-AGTA-GGGT
gi|88085 : TTACGG-ACCGTTT-AGCGGGGGAGGC--ATCGACAAAT-----TT-ATCAGGTC-----AATA-GGGT
gi|88086 : TATGGTACTGTTT-AGC-AGGGAGAT--ATC-ACAAC------TT-ATCAGGT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 11 1 22 1 666666 1 88888 2
lowQualScore : . . . .. . .. . ...... . ..... .
lowQualScore : 0 7 7 99 7 44 7 777777 8 99999 0
consensus : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
Reference ( family-759 ) : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88064 : ACTATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------CT-ATCAGGTC-T---AAGTA-GGGT
gi|88065 : ACTATTATGG-ACTGTTTTAGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAGTA-GGG
gi|88066 : ACTATTATGG-ACTGCT----C-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAG
gi|88067 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGATGAC-AT--C-GCAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88068 : ACTATTATGG-ACTG--------------AC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTG-GG
gi|88069 : ACTATTATGG-ACTGTAT-AGC-AGAAAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAAGTC-T---TAGTG-GGGT
gi|88070 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT----ACAAA------TT-ATCAGGTT-T---TAGTA-GAGT
gi|88071 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AAC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCATGTC-TTTATAGTA-GGGT
gi|88072 : ACAACTATGG-ACTGTTG-AGC-AGGGAAAC-AT--C-ACCAT------TT-ATCAGGTG-T---GAGTA-
gi|88073 : ACAATTTTGG-ACTATTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTA-G---TAGTA-GAG
gi|88074 : ACTATTATGG-ACTGTTT-AGC--GGGAGAA-AT----ACACA------TT-ATCAGGTCTT---TAGTA-GGGT
gi|88075 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC---GGA-ACAAT--C-ACAAA------TTAATCAGGTC-G---AAGTATGGGT
gi|88076 : ACTATCATGA-ACTGTTT-AGC-AGGAAGAC-AT--T-ACAAA------T
gi|88077 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGCAAT-GT--C-AATGATTATTTTT-ATCAGGTC-T---TTGTA-GGGT
gi|88078 : CTATAATGG-ACTGTTT-AGA-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ACCAGGTC-T---GAGTA-GGGT
gi|88079 : ATTGTGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAATA-AGGT
gi|88080 : tATAATGG-ACTGTGT-AGC-AGGGAGAC-ATATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAGTA-GGGT
gi|88081 : tATAATGG-ACTGCAT-AGT-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88082 : ATTATGG-ATTGTTT-AGC-CGGGAGAC-AT--A-ACAAA------TT-ATCAGGTC-G---TAGTA-GGGT
gi|88083 : TTATGG-ACTGTTT-AGC--GGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-G---TAGTA-GGGT
gi|88084 : TTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TGGTA-GGGT
gi|88085 : TTACGG-ACCGTTT-AGCGGGGGAGGC-AT--CGACAAAT-----TT-ATCAGGTC------AATA-GGGT
gi|88086 : TATGGTACTGTTT-AGC-AGGGAGAT-AT--C-ACAAC------TT-ATCAGGT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 11 1 22 1 666666 1 88888 2
lowQualScore : . . . .. . .. . ...... . ..... .
lowQualScore : 0 7 7 99 7 44 7 777777 8 99999 0
consensus : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
Reference ( family-759 ) : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88064 : ACTATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------CT-ATCAGGTC-T---AAGTA-GGGT
gi|88065 : ACTATTATGG-ACTGTTTTAGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAGTA-GGG
gi|88066 : ACTATTATGG-ACTGCT----C-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAG
gi|88067 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGATGAC-AT--C-GCAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88068 : ACTATTATGG-ACTG--------------AC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTG-GG
gi|88069 : ACTATTATGG-ACTGTAT-AGC-AGAAAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAAGTC-T---TAGTG-GGGT
gi|88070 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT----ACAAA------TT-ATCAGGTT-T---TAGTA-GAGT
gi|88071 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AAC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCATGTC-TTTATAGTA-GGGT
gi|88072 : ACAACTATGG-ACTGTTG-AGC-AGGGAAAC-AT--C-ACCAT------TT-ATCAGGTG-T---GAGTA-
gi|88073 : ACAATTTTGG-ACTATTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTA-G---TAGTA-GAG
gi|88074 : ACTATTATGG-ACTGTTT-AGC--GGGAGAA-AT----ACACA------TT-ATCAGGTCTT---TAGTA-GGGT
gi|88075 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC---GGA-ACAAT--C-ACAAA------TTAATCAGGTC-G---AAGTATGGGT
gi|88076 : ACTATCATGA-ACTGTTT-AGC-AGGAAGAC-AT--T-ACAAA------T
gi|88077 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGCAAT-GT--C-AATGATTATTTTT-ATCAGGTC-T---TTGTA-GGGT
gi|88078 : CTATAATGG-ACTGTTT-AGA-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ACCAGGTC-T---GAGTA-GGGT
gi|88079 : ATTGTGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAATA-AGGT
gi|88080 : tATAATGG-ACTGTGT-AGC-AGGGAGAC-ATATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAGTA-GGGT
gi|88081 : tATAATGG-ACTGCAT-AGT-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88082 : ATTATGG-ATTGTTT-AGC-CGGGAGAC-AT--A-ACAAA------TT-ATCAGGTC-G---TAGTA-GGGT
gi|88083 : TTATGG-ACTGTTT-AGC--GGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-G---TAGTA-GGGT
gi|88084 : TTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TGGTA-GGGT
gi|88085 : TTACGG-ACCGTTT-AGCGGGGGAGGC-AT--CGACAAAT-----TT-ATCAGGTC------AATA-GGGT
gi|88086 : TATGGTACTGTTT-AGC-AGGGAGAT-AT--C-ACAAC------TT-ATCAGGT
blockSeqs : T T T GG A AT G TTATTT A TTTA T
blockSeqs : T . . A . . . T . TT .
blockSeqs : A . . A . . . . . A .
blockSeqs : T . . A . . . . . T .
blockSeqs : T . . A . . . . . T .
blockSeqs : A . . A . . . . . T .
blockSeqs : A . . A . . . . . T .
blockSeqs : A . . A . . . . . T .
blockSeqs : A . . A . . . . . G .
blockSeqs : T . . A . . . . . G .
blockSeqs : A . . A . . . . . T .
blockSeqs : T . . A . . . . . T .
blockSeqs : A . . A . . . . . A .
blockSeqs : T . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . T .
blockSeqs : . . C . . . . . G .
blockSeqs : . . A . . . . . G .
blockSeqs : . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
finalCons : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 11 1 22 1 666666 1 88888 2
lowQualScore : . . . .. . .. . ...... . ..... .
lowQualScore : 0 7 7 99 7 44 7 777777 8 99999 0
consensus : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
Reference ( family-759 ) : ACNATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88064 : ACTATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------CT-ATCAGGTC-T---AAGTA-GGGT
gi|88065 : ACTATTATGG-ACTGTTTTAGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAGTA-GGG
gi|88066 : ACTATTATGG-ACTGCT----C-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAG
gi|88067 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGATGAC-AT--C-GCAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88068 : ACTATTATGG-ACTG--------------AC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTG-GG
gi|88069 : ACTATTATGG-ACTGTAT-AGC-AGAAAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAAGTC-T---TAGTG-GGGT
gi|88070 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT----ACAAA------TT-ATCAGGTT-T---TAGTA-GAGT
gi|88071 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AAC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCATGTC-TTTATAGTA-GGGT
gi|88072 : ACAACTATGG-ACTGTTG-AGC-AGGGAAAC-AT--C-ACCAT------TT-ATCAGGTG-T---GAGTA-
gi|88073 : ACAATTTTGG-ACTATTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTA-G---TAGTA-GAG
gi|88074 : ACTATTATGG-ACTGTTT-AGC--GGGAGAA-AT----ACACA------TT-ATCAGGTCTT---TAGTA-GGGT
gi|88075 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC---GGA-ACAAT--C-ACAAA------TTAATCAGGTC-G---AAGTATGGGT
gi|88076 : ACTATCATGA-ACTGTTT-AGC-AGGAAGAC-AT--T-ACAAA------T
gi|88077 : ACAATTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGCAAT-GT--C-AATGATTATTTTT-ATCAGGTC-T---TTGTA-GGGT
gi|88078 : CTATAATGG-ACTGTTT-AGA-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ACCAGGTC-T---GAGTA-GGGT
gi|88079 : ATTGTGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAATA-AGGT
gi|88080 : tATAATGG-ACTGTGT-AGC-AGGGAGAC-ATATC-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TAGTA-GGGT
gi|88081 : tATAATGG-ACTGCAT-AGT-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-T---TAGTA-GGGT
gi|88082 : ATTATGG-ATTGTTT-AGC-CGGGAGAC-AT--A-ACAAA------TT-ATCAGGTC-G---TAGTA-GGGT
gi|88083 : TTATGG-ACTGTTT-AGC--GGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-G---TAGTA-GGGT
gi|88084 : TTATGG-ACTGTTT-AGC-AGGGAGAC-AT--C-ACAAA------TT-ATCAGGTC-A---TGGTA-GGGT
gi|88085 : TTACGG-ACCGTTT-AGCGGGGGAGGC-AT--CGACAAAT-----TT-ATCAGGTC------AATA-GGGT
gi|88086 : TATGGTACTGTTT-AGC-AGGGAGAT-AT--C-ACAAC------TT-ATCAGGT