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Reference ( gi|118528 )       : AACTAACT-CTGTA----T-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TATTT-A--CTGTCTA-GG-TAT-G-AA---A-A--T-C-CCAAAC---T-A-AA---AAC-G-ATC--TC-TA-C-ATCTCCCG-TTCAAAT
gi|118529                     : AACTAACT-CTGTA----T-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TATT--A--CTGTCTAAGG-TAT-G-AA---A-A--T-C-C-AAAC---T-A-AA---AAC-G-ATC--TC-TA-C-ATCTCCCG-TTCAAAT
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Reference ( family-757 )      : AACTAACT-CT---C-TAT-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TACTT-A--CCGTCT-AGG-TAT-G-AA---A-A--T-C-CCAA---A-NT-A-AA---AA-C-G-A--TCA--CTAC-ATTTTCCG-T-TCAAAT
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gi|118534                     : AACTAACT-CT---C-TAT-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TGCTT-A--CCTTCT-AGGTTTT-G-TA---A-A--T-C-CCAA---A--T-A-AATCCAA-----A--ACA--CAAA-ATTTTCTG-T-TCAAA
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gi|118536                     : AACTAACT-CT---T-TAT-CACT--ATTTAATG-TTG-CAT-TACTT-A--GCAGTT-AGA-TAT-G-AA---A-G--T-C-ACAA---ACGT-A-AA---CA-G-G-A--TCA--CT----TTTTCCGTT-TCAAAT
gi|118537                     : AACTAACT-GT---C-TAT-CATT--ATT-AATG-T-G-CAT-TGCTT-A--CCTTCT-ATG-T-T-G-TATTGA-A--T-C-CCAA---A-AT-A-AA---AC-C-A-A--ACA--CAAA-ATTATCCA-T-TCAAA
gi|118538                     : AACTAA-T-CT---T-TAT-CA-T--ATT-AATG-TT--CAT-TACT-------------AG-TA--G-AA---A-A----C-CCAA---A-CT-A-AA---AAAC-A-A--TCA--CTAC-ATTTTCCA-T-TCAA
gi|118539                     : AACTAACT---------AT-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TGCTT-A--CTGTCT-AGG-TTT-G-TA---A-A--T-C-CCAA---A-AT-GTGA---AT-C-A-A--CCA--CTAC-ATTTTTCG-T-TAAAA
gi|118540                     : AACTGACT-CT---C-TAT-CACT--GTT-AATA-TTG-CAT-TGTTT-A--CCG-CT-AAA-TAT-G-TA---A-A--T-CACCAA---A-AT-A-AA----------G--TCT--CTAA-CTTTTCCG-C-TCAAA
gi|118541                     : AACTAACT-CT---C-TAT-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TTCT
gi|118542                     :     AACT-CT---C-TAT-CACT--ATT-AATG-CCG-CAT-TACTT-A--CCGTCT-GGG-TAT-G-CA---A-G--T-C-CCAA---A-AT-A-AA---
gi|118543                     :     AACTTCT---C-TTT-C-CT--ATT-GATG-TTT-CATATACTTGA--CAGTGT-AGA-TATAG-AA---AGA--T-C-CCAAATTA-AT-A-AA---AA-C-GCA--TCAACCT-T-ATTTTCCG-T-
gi|118544                     :        T-CT---G-TAT-CATT--CT-----G-TAT-CAC-TACTT-G--CTGCCT-GGG-TAT-G-AA---A-A--T-C-TCAA---A-ATAA-AA---AA-C-T-A--TCG--CTAA-CTTTTCCG-T-TCAAAT
gi|118545                     :        T-TT---C-TAT-CCCTGTATT-AATG-TTG-CAT-TGCTT-A--CCATCT-GGG-TTT-G-TA---A-A--TCC-CCAA---A-AT-A-TA---AC-C-A-A--GCA--CTAA-ATTTTCCT-T-TCAAA
gi|118546                     :                                       -CAC-TACTT-G--CTGCCT-AGG-TAT-G-AA---A-A--T-C-CCAA---A-AT-A-AA---AA-C-T-A--TCG--CTAA-CTTTTTCG-T-TCAAAT


blockSeqs                     :         T  GTACA   G    GT   A    T   G   A     G TA C    A   T   A TT TTG G .  C A    ATT CT A T  TCC  A TG  TG   AC   CT        T G
blockSeqs                     :         .  C       .    .    T    .   .   .     . .  A    .   .   . A  .   . .  . .    .   CG . T  .    . GC  .    .    C         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  A    .   .   . A  .   . .  . .    .   A  . .  .    . A   .    .    C         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  T    .   .   . A  .   . .  . .    .   C  . .  .    . G   .    .    C         . .
blockSeqs                     :         .  G       .    .    .    .   .   .     . .  T    .   .   . A  .   . .  . .    .   C  . .  .    . G   .    .    C         . .
blockSeqs                     :         .  G       .    .    .    .   .   .     . .  A    .   .   . A  .   . .  . .    .   C  . .  .    . G   .    .    C         . .
blockSeqs                     :         .  A       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . A  .   . .  . .    .   C  . .  .    . A   .    .    A         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . T  .   . .  . .    .   G  . .  .    . G   .    .    A         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . A  .   . .  . .    .   A  . .  .    . A   .    .    C         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . T  .   . .  . .    .   C  . .  .    . G   .    .    A         . .
blockSeqs                     :         .  G       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . G  .   . .  . .    .   C  . .  .    . G   .    .    C         . .
blockSeqs                     :         .  T       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . A  .   . .  . .    .   A  . .  .    . G   .    .    C         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  T    .   .   . T  .   . .  . .    .   C  . .  .    . A   .    .    A         . .
blockSeqs                     :         .  T       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . A  .   . .  . .    .   A  . .  .    . A   .    .    T         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . T  .   . .  . .    .   A  . .  .    . A   .    .    A         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  A    .   .   . T  .   . .  . .    .   A  . .  .    . T   .    .    A         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  T    .   .   . C  .   . .  . .    .   A  . .  .    . A   .    .    A         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  C    .   .   . A  .   . .  . .    .   A  . .  .    . T   .    .    .         . .
blockSeqs                     :         .  G       .    .    .    .   .   .     . .  T    .   .   . A  .   . .  . .    .   A  . .  .    . .   .    .    .         . .
blockSeqs                     :         .  C       .    .    .    .   .   .     . .  .    .   .   . T  .   . .  . .    .   A  . .  .    . .   .    .    .         . .
blockSeqs                     :         .  .       .    .    .    .   .   .     . .  .    .   .   . A  .   . .  . .    .   .  . .  .                                 
blockSeqs                     :                                       .   .                                                                                          


blockSeqCons                  :                                                                              **                                         C*
originalCons                  : AACTAACT-CT---C-TAT-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TACTT-A--CCGTCT-AGG-TAT-G-AA---A-A--T-C-CCAA---A-NT-A-AA---AA-C-G-A--TCA--CTAC-ATTTTCCG-T-TCAAAT
finalCons                     : AACTAACT-CT---C-TAT-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TACTT-A--CCGTCT-AGG-TAT-G-AA---A-A--T-C-CCAA---A-NT-A-AA---AA-C-G-A--TCA--CTAC-ATTTTCCG-T-TCAAAT





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lowQualScore                  :         8  33333   8    55   6    6   7   7     8 55 6    8   8   8 99 222 8 55 8 8    222 44 8 6  222  9 999 66   66   11        9 9      
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Reference ( family-757 )      : AACTAACT-CT---C-TAT-CACT--ATT-AATG-TTG-CAT-TACTT-A--CCGTCT-AGG-TAT-G-AA---A-A--T-C-CCAA---A-NT-A-AA---AA-C-G-A--TCA--CTAC-ATTTTCCG-T-TCAAAT
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gi|118545                     :        T-TT---C-TAT-CCCTGTATT-AATG-TTG-CAT-TGCTT-A--CCATCT-GGG-TTT-G-TA---A-A--TCC-CCAA---A-AT-A-TA---AC-C-A-A--GCA--CTAA-ATTTTCCT-T-TCAAA
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