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Reference ( gi|2742 )         : TCATAATGCTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-C-GT-TCC-AA-TG--TT---GTT-A-A-CG-TA--A--TA-------T--GCC-T-G--T-T---A-T-A----T-A--T--TT----ACT-T-AC-TTAAA--A-CAG-C-G-ATAAAGG-TT--A-A-TT-C--T-AG-A-CAC-A-TTTT-AT-AGAA-AGA--AAAAAT-TATT
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lowQualScore                  :              333  66 9 9 22  66 8  9  9 9 9  6   7  11 888 33333 7   5 5 4444       11 77   11 5 44 7 555 7 5  5 3333333 44  444   99  8 6  6  33 6   8 5        6  55 8 8 33   333  8    8 6    6  6    8  333      5    
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Reference ( family-755 )      : TCATAATGCTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-C-GT-TCC-AA--TN--T-----T-GTT-A-A----CGTAGTA--T--GCC--T-G--T-T---A-T-AT-A-------T--TT---ACT--TT-C-TTAAA--A-CGG-T-GATAAAGG-TT--A-A-T--TTC---AG-ACAC-A-TTTT-AT-AGAA-AGA--AAAAAT-TATT
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gi|2749                       : TCATAATGCTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TC-G-C-CT-TCC-GA--TT--T-----T-GTT-C-A----TAAAGTA--T--ATC--T-AATC-T---A-T-AT-ATT-----T--TT---ACT--TT-C-TTAAA--A-CGG-T-GATATAAG-TT--ATA-T--TTC---AGTTCAC-A-TTTT-AT-TGAG-AGA--AAA
gi|2750                       : TCAAAATGCTATC---AA--T-T-T--AG--G-AA-TG-A-C-GT-TCC-GA--TT-----------TT-A-A----CATAGAA--T--GCC--T-G--C-C---A-T-AT-AT------T--TT---AC---TT-C-TT-GA--A-CG-------------------A-T--TTC---AG-ACAC-A-TTTT-AT-ATAC-AGA--Attt
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gi|2752                       :    TAATGCTATC---AA--A-A-T--AG--G-A--TA-A-C-GT-TCC-AA--TTACC-----T-GTT-A-A----C-TAATGATT--GCC----G--T-TTATA-T-AT-A-------T--TTTCTACT--TCAC-TTAAA----CG--T-GATAAGCG-TT--A-A-T--TTT---AG-ACAC-ATTTTT-AT-AGAA-AGA--ACAAAA-TATT
gi|2753                       :    TAATGCTATC---AA--A-AAT--AG--G-AAATATA-C-GT--CC-AAGTTA--C-----C-GTT-A-A----ACTAATA--TT-GCC--T-G--T-T-----T-AT-AGTCTTATT--TT---ACTACTT-CATTAAAC-A-CGG-TTGATAAGCG-TTTAA-A-T--TTT---AG-ACAC-A-TTT--AT-AGAA-AGA--AAAAAT-
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Alignments
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lowQualScore                  :              333  66 9 9 22  66 8  9  9 9 9  6   7  11 888 33333 7   5 5 4444       11 77   11 5 44 7 555 7 5  5 3333333 44  444   99  8 6  6  33 6   8 5        6  55 8 8 33   333  8    8 6    6  6    8  333      5    
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Reference ( family-755 )      : TCATAATGCTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-C-GT-TCC-AA--TN--T-----T-GTT-A-A----CGTAGTA--T--GCC--T-G--T-T---A-T-AT-A-------T--TT---ACT--TT-C-TTAAA--A-CGG-T-GATAAAGG-TT--A-A-T--TTC---AG-ACAC-A-TTTT-AT-AGAA-AGA--AAAAAT-TATT
gi|2734                       : TCATAATGCTATA---GA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-T-GT-TTC-AA--TT--T-----T-GTT-A-A----CGTAGTA--T--ACC--T-G--T-T---A-T-GT-AT------T--TT---ACT--TT-C-TTAAA--A-CGA-T-GATAAAGG-TT--A-ATT--TTC---AG-ACAC-A-TTTT-AT-AGAG-AG---AAAAAT-TATT
gi|2735                       : TCATAATGCTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-A-GT-TCC-AA--TT--T-----T-G-T-A-A----CGTAGTA--T--GCC--T-G--T-T---A-T-AT-AT------T--TT---ACT--TT-C-TT--A--A-CGG-T-GAT-AAGG-TA--A-A-T--TTC---AG-ACAC-A-TTTT-AT-AGAG-AG---AAAAAT-TAT
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gi|2751                       :  CATAATGCTATC---AA--A-T-T--AA--G-A--------------------TG--T-----T-GTT-A-A----CGTAGTA--T--GCC--C-G--T-T---A-T-AT-A-------T--TTT--ACT--TT-C-TTAAA--A-CGG-T-GATCAAGG-TT--A-A-T--TTC---AG-ACAC-A-TTTC-AT-AGAA-AT---AAAAAT-TATT
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blockSeqs                     :              .    .  . . .   .  .  .  . . .  .   .  .  T   .     .   . . .          .  C    .  . .  . T   . .  . AT      .   TA    A   . .     .  .   . G        .  .  . . .    C    .    . .    .  .    .  A        .
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blockSeqs                     :              .    .  . . .   .  .  .  . . .  .   .  .  T   .     .   . . .          .  .    .  . .  . .   . .  . .       .   .     .   . .     .  .   . .        .  .  . . .    .    .    . .    .  .    .  .         
blockSeqs                     :              .    .  . . .   .  .  .  . . .  .   .  .  G   .     .   . . .          .  .    .  . .  . .   . .  . .       .   .     .   . .     .  .   . .        .  .  . . .    .    .    . .    .  .    .  .         
blockSeqs                     :              .    .  . . .   .  .  .  . . .  .   .  .  A   .     .   . . .          .  .    .  . .  . .   . .  . .       .   .     .   . .     .  .   . .        .  .  . . .    .    .    . .    .  .    .  .         
blockSeqs                     :              .    .  . . .   .  .  .  . . .  .   .  .  T   .     .   . . .          .  .    .  . .  . .   . .  . .       .   .     .   . .     .  .   . .        .  .  . . .    .    .    . .    .  .    .  .         
blockSeqs                     :              .    .  . . .   .  .  .  . . .  .   .  .  A   .     .   . . .          .  .    .  . .  . .   . .  . .       .   .     .   . .     .  .   . .        .  .  . . .    .    .    . .    .  .    .  .         
blockSeqs                     :                                              .   .  .  T   .     .   . . .          .  .    .  . .  . .   . .  . .       .   .     .   . .     .  .   . .        .  .  . . .    .    .    . .    .  .    .  .         
blockSeqs                     :                                                  .  .  .   .     .   . . .          .  .    .  . .  . .   . .  . .       .   .     .                                                                                  


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originalCons                  : TCATAATGCTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-C-GT-TCC-AA--TN--T-----T-GTT-A-A----CGTAGTA--T--GCC--T-G--T-T---A-T-AT-A-------T--TT---ACT--TT-C-TTAAA--A-CGG-T-GATAAAGG-TT--A-A-T--TTC---AG-ACAC-A-TTTT-AT-AGAA-AGA--AAAAAT-TATT
finalCons                     : TCATAATGCTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-C-GT-TCC-AA--TN--T-----T-GTT-A-A----CGTAGTA--T--GCC--T-G--T-T---A-T-AT-A-------T--TT---ACT--TT-C-TTAAA--A-CGG-T-GATAAAGG-TT--A-A-T--TTC---AG-ACAC-A-TTTT-AT-AGAA-AGA--AAAAAT-TATT





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lowQualScore                  :              ...  .. . . ..  .. .  .  . . .  .   .  .. ... ..... .   . . ....       .. ..   .. . .. . ... . .  . ....... ..  ...   ..  . .  .  .. .   . .        .  .. . . ..   ...  .    . .    .  .    .  ...      .    
lowQualScore                  :              333  66 9 9 22  66 8  9  9 9 9  6   7  11 888 33333 7   5 5 4444       11 77   11 5 44 7 555 7 5  5 3333333 44  444   99  8 6  6  33 6   8 5        6  55 8 8 33   333  8    8 6    6  6    8  333      5    
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Reference ( family-755 )      : TCATAATGCTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-C-GT-TCC-AA--TN--T-----T-GTT-A-A----CGTAGTA--T--GCC--T-G--T-T---A-T-AT-A-------T--TT---ACT--TT-C-TTAAA--A-CGG-T-GATAAAGG-TT--A-A-T--TTC---AG-ACAC-A-TTTT-AT-AGAA-AGA--AAAAAT-TATT
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gi|2754                       :         CTATC---AA--A-T-T--AG--G-AA-TA-A-T-GA-TCT-GA--TT--T-----T-GTT-A-A----CATAGTA--T--ACC--T-G--C-C---A-T-ATAA-------T--TT---ACT--TT-C-TT-GA--A-TGA-T-GATAAAGG-TT--A-A-T--TCC---AG-ACAC-T-TTTT-AT-AT-A-AGA--AAATAT-ttatt
gi|2755                       :                                                  -AA--TA--T-----T-GTT-A-A----C-TAGTA--TAAGCT--T----T-T---A-T-ATTA-------T--TTT--ACT--TT-C-TAAAA--A-CAG-TGGATAAA-G-TT--A-A----TTC---AG-AAAC-A-TTTTAAT-AGAT-AGACGAAAAATGTATT
gi|2756                       :                              ggaatagattaccgta-TNC-AA--TT--T-----T-GTT-A-A----CGTAGTA--T--GCC--T-G--T-T---A-C-AC-GT------T--TT---ACT--