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blockSeqs                     :      .  T               . .   . T      T .           . A        G .  .     .   .     T   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  T               . .   . T      . .           . A        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . A      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . A      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . A      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
blockSeqs                     :      .  .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
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blockSeqs                     :         .               . .   . T      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .         .  .
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blockSeqs                     :                         . .   . .      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .             
blockSeqs                     :                         . .   . .      . .           . .        . .  .     .   .     .   .       .   .    .             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAAA--A---GGCACATAGACAC-T-GTT-C---TGTA-A---------CTA-C--------T-A-GA----CT-AGT-----A--AT----TCAT--TA-TAGC--TTGAAAAA-TA-CTTGAC
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Alignments
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lowQualScore                  :      .. ...             . .   . ....   . .........   . ........ . .  ....  .   ..... ..  ....    ..  .    ..        .  .      
lowQualScore                  :      99 555             7 7   7 0000   5 000000000   7 88888888 5 7  7777  7   33333 11  7777    44  7    44        9  9      
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gi|108354                     :                 ATAGACAC-T-ATT-C---TGTA-A---------CTA-CTAGAATAGT-A-GA----AT-AGT-----A--AT----TCATTATA-TAGC--TTGAAGAA-AA-CTTGAC
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gi|108356                     :                      CAC-T-GTT-C---TGTA-A---------CTA-A--------T-A-CA----CA-AGT-----A--AT----TCAT--GA-TAGC--TTGAAAAA-TA-CTTGAC