lowQualScore : 111111111 11 111 1111 111 111111111111111 111 1111111 4444444444444444444 2222222222222222222222 2222 1111 1111 111111 11111111
lowQualScore : 2 2 66666 2 2 2 666 33 55 444 666666 666666666 33 33 2 2 00 2 33 55 0 111 77 0 77777 2 0000 555 2 33 2 2 444 444 555555555555555 2 33 000 5555 5 2 1111111 2 5 55 2 2 2 33 9999999999999999999 33 2222222222222222222222 444 2 2 6666 33 2 5 2 0000 66666 6666 2 2 2 2 2 2 2 444 8888888 55 4 000000 2 2 55555555 33 444 444 2 2
lowQualScore : . . ..... . . . ... .. .. ... ...... ......... .. .. . . .. . .. .. . ... .. . ..... . .... ... . .. . . ... ... ............... . .. ... .... . . ....... . . .. . . . .. ................... .. ...................... ... . . .... .. . . . .... ..... .... . . . . . . . ... ....... .. . ...... . . ........ .. ... ... . .
lowQualScore : 7 7 22222 5 5 5 555 22 66 111 888888 666666666 22 22 4 5 66 5 44 00 1 222 55 9 55555 4 3333 222 2 22 5 5 444 444 666666666666666 5 44 333 3333 0 5 6666666 5 0 99 5 5 5 44 2222222222222222222 44 2222222222222222222222 777 7 7 5555 77 7 3 7 3333 77777 5555 7 7 7 7 7 7 7 777 1111111 99 7 000000 4 4 55555555 22 111 111 4 4
consensus : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACCT-N-GTAAAAN-GGTAACA--T--GAT-AGCT-A--ATA--GAAAA-C--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------GC-T--A---C----GT-AGT-A-------AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-AC-------CTAGT--AAA--CCTAGTA----------------------AAA---CG-T-ACCAACAAT--TT-A-AA-A----CG-----GC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
Reference ( gi|103265 ) : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--T------A--AA--TA-C-GTG-GTAAA-A--CGTAT-CAAAACCT-T-GTAAAAA-GGCAACA--T--GAT-AGCT-C--ATA--GAAAA-C--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------GC-T--A---C----GT-AGT-A-------AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-AC-------CTAAT--AAA--CCTAGTA----------------------AAA---CG-T-ACGGAGAAT--TT-A-AA-A----CG-----GC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACT-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103266 : CGGGA-TA-AA------CGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA----CGTATTCAAAACCT-T-GTAAAAA-GACAACACAT--GAT-AGCT-C--ATA--GAAAA-C--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------GC-T--A---C----GT-AA--G-------AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-AC-------CTAGTA-AAA--CCTAA-A----------------------AAA---CG-T-ACCAACAAT--TT-A-AA-A----CG-----GCG-G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103267 : CGGGA-----A-----ACATG--T-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAGCCT---GTAAAAA-GGCAACA--T--GAT-AGCT-C--ATA--GAAAA-C--CGG-AT-A---ATCC----TAGC---------------GC-T--A---C----GT-AGT-A-------AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-AC-------CTAGTA-AAA--ACTAGTA----------------------AAG---CG-T-ACCAACAAT--TTAA-AA-A----CG-----GC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------T--GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103269 : CGGGAGTA-AAGGTACATGTA-GT-T-TCT---A--AGGGA--TAAAA---C------GTAG-T------C--TA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-AAAATCCT-A-GTAAAAT-GGTAACA--T--AAT-GGCT-A--ATA---AAAA-G--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------AC-T--A---C----GT-AGT-A-------AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-AC-------CTAGT--AAAAACCTAGTA----------------------AAA---CG-T-ACCAACAAT--TT-A-AA-A----CG-----GC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CA-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AAAGTG-ATAG
gi|103271 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-A-TAT---ATACGTGA--CGAAA---C------GTA--CGTGTACA--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTAT-CAAAACCT-A-GTAAAAC-AGTAACA--T--GAT-AGCG-CTAATA---AAAG-C--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------AC-T--A---C----GT-TGT-A-------AA-A-CG--T-AA-GCAATGGT-A--GGA-------------------AAA--CCTAGTA----------------------AAA---CG-T-ACGAACAAT--TT-A-AA--------------------------------ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103268 : CGGGA-CA-AA-----ACGTACGT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--C------A--AA--TG-C--TA--TAAA-A--CGTAT-AAAATCCT-C-GTAAAAT-GGTAACA--T--AAT--GCT-A--ATA----AAA-C--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------AC-T--A---C----GT-AGT-A-------AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-G--AG----AC-------CTAGTAAAAA--CCTAGT-----------------------AAA---CG-T-ACCAACAAT--TT-A-AA-A----CG-----G---G-CAAA--TT-GTC-AC-AA-ACGTGTG-C--TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AAC--------TA--GAC---GCCG---A-AACGTGTACAG
gi|103270 : CGGAA-TA-AA-----ACGTA-GT-T-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CG-AT-AATAATCA-TAGTAAAAT-GGTAAAA--T--AAT-GGCT-A--ATA---AAAA-C--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------AC-T--A---C----GT-AGT-A-------AA-A-CGA-T-AA-ACAAACGT-A----AAA-AA-------CTCGTGAAAA--CCTAGT-----------------------AAA---CG-T-ACCAACAAT--TT-A-AA-A----CG-----GCG-G-CAAA-TTTCGTC-ACGAA-ACGTG-GCCG-TTTTGTT-------C--AAA-CG------CA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AATTTG-ACA
gi|103272 : CGGGA-TA-AA-----ACATG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAT-C-AAACCT-T-GTAAAAC-GGTAACA--T--GTT-AGCT-A--ATA--GAAAA-C--TGG-AT-A---ATCCC---TAGCANCGGTAACATGTTTGCTT--ATTCC----CT-AGC-ACCCTAGTAA-AACG--T-AA-GCAAACGT-T--GGA-------------------AAA--CCTAGTA----------------------AAA--------------------------------CG-----GC--A-CAAA-TTT-ATC-ACGAA-ACATG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CA------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---CCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103274 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTCA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CTTAT-CAAAACCT-A-GT-AAAA-TGCACCA--A--GAT-AGCT-C--ATA--GAAAA-C--CGG-AC-A---ATCCC---TAGC---------------GC-T--A---C----TT-AGT-A-------AA-A-CGTAT-AA-GCGAACGT-A--GGAAA-AC-------CTAGTA-AAA--CCTAGTA----------------------A
gi|103273 : CGGGA-TA-AA-----ACGTA-GT-A-TAT---A--CGTGAG-TGAAAAACT------GTAATC------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-GACCGTAT-AAAATCCT-A-GTAAAGATGGTAACA--CTAGAT-GGCT-A--ATA--AAAAA-CTTCGG-AT-A---ATCCC---TTGC---------------AC-TAAA---CGCGGGT-AGT-ATT-----AACA-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAAGACTCAGTAGTTAATG-AAA--CCTAGTG----------------------AAA---GG-T-ACCAACAAT--TT-ATAA-AAGACCG-----GC--G-C-AG-TTT-GTC-ACGAACACGTG-G-CG-TT---TT-------CAAAAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TAAGAAC---GCCG---AGAACGTG-ACAG
gi|103275 : CGGGA-TA-AA-----ATGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---CGTCCATGTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTA--CAAAACCT-A-GTAAAAC-AGTAACA--T--GAT-AGCT-A--ATA---AAAA-C--C
gi|103276 : GGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACCT-T-GTAAAAA-GACAACA--A--CGT-AGCT-C--ATA--GAAAA-C--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------GC-T--A---C----GT-AGT-A-------AA-A-CG--T-AA-GCATACGT-A--GGA-------------------AAA--CCTAGTA----------------------AAA---CG-T-ACGGACAAT--TT-A-AA-A----CG-----GC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ATGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTTA-AACT-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103277 : GGTA-TA-AA-----ACGTA-GT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-
gi|103278 : GGA-TA-AA-----ACG---GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAA----C------GTA--C------A--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAC-CAAAACCT-T-GTAAAAA-GGCAACAT-T--GAT-AGCT-C--ATA--GACAA-C--CGG-ATAA---ATCCC---TAGC---------------GC-T--A---C----GTAAGT-A-------AA-A-CG--T-AA-GCAATAGT-A--GGAAA-AC-------CTAGTA-AAA--CCTAGTA----------------------AAA---CG-T-AC-CACAAT--TT-A-AA-A----CG-----GC--G-CAAA-TTT-G-C-ACGAA-ACGT--G-CG-TT---TT-------CA-AAA-CG------T--GTG--AACC-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103279 : GGA-TA-AA-----A-GTA-GT-AGTATG--A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------ACGAA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGT-T-AAGAATCT-A-GTAAAAT-GGTAACA--T--AATGGGCT-A--ATA--AAAAAGA--CGG-AT-G---A--GA---TAGC---------------AC-T--AG--G----GT-AGT-T-------AA-A-CG--TAAA-GCAAACGT-A--GGGA------------------AAA--CCTAGTG----------------------AAAACCCGTT-ACGAACAAT--TT-A-AAGA----C------GC--ACCAAA-TTT-GTT-AAG-A-ACGTG-G-TGTTT---TT-------C--AAAGCG------TA-GCGA-AACG-------TA--GAT---TGCG---A-AACATG-ACAG
gi|103280 : A-TACAA-----ACGTA--T-C-TATTGCG--CGTGAAATGAAA---C------GTA--C------A--AAATTAAC-GTG-ATTAA-A--CG-AT---AATCCT-T-GTAAAAG-TTAAAC---T--AAT-GGCC-A--ATA--AA-------CGG--T-A---ATCCCCGGTAGC---------------AC----A---C-----T-AGT-A-------AA-AACG--A-GA-ACAAACGTTA--GGGAA-A---------------AAA--CCTAGTAAAACCTTAGCTTTTCATATTTTAAA---CG-TAACCAACAATTTTT-A-AA-A----CGAGGACGC----CAAA-TTT-GTCGACGAA-ACGTG-
gi|103281 : A-----ACGGG-GTTC-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------G-A--C------A--AA--TA-CGGTGAATAAACA--CGTAT-C-AAACCTAT-GTTAAAA-GTCAA-A--TA-AAT-A-CTGC--ATACGGAAAA-
gi|103282 : AT---A--CGTGA--TAAAA---C------GTA--T------A--AA--TA-C-GTG-ATGAA-A--CCTAT-AAAATCCT-A-GTAAAAT-GGTAACA--T--AAT-AGCT-A--ATA---AAAA-C--CGG-AT-A---ATCCC---TAGC---------------AC--------C----GT-A--------------------T-AC-TC---CGT-A--ATAAA-AC-------C-------------TAGTA----------------------AAA---CG-T-ACAAACAAC--TT-G-AA-A----TG-----GC--A-CAGA-TTT-GTC-CCGAA-ACGTG-G-TG-CT---TT-------C--AAG-CGTATATATA-GTGA-AACTTACACAGTA--GAT---GCCG---A-AAGGTG-ACAG
gi|103283 : -GTAAAAC-GGTAACA--G--AAT-AGCT-A--ATA---AAAA-C--TGG-AT-A---GTCCC---TAGC---------------AC-T--A---C----GT-AGT-A-------AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-AC-------CTATTGAAAA--CCTAGTA----------------------AAA---CG-T-ACCAACAAT--TT-A-AA-A----CG-----GC--G-CAAT-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103284 : --GAAAA-C--CAGCAC-AGACATCC----TAGC---------------GC-T--AAT-C----GTTAGTTA-------AA-A-CG--T-AAAGCAAACGT-AGGGGAAA-AC-------CT------------TAGTA----------------------AAA---CG-T-AC-AACAAT--TT-ACAA-AATC-CG-----GCCGG-CAAACTTT-GTC-ACGAA-AC-T--G-CG-TT---TTGTAGTAGC--AAA-CGAT----CATGTAATAACT-------TA--GATCCGGCCGCACA-ACCGTG-
gi|103285 : -CG-TT---TT-------T--AAAACG------TA-GTAA-AAC---------G--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103286 : T-------C--AAA-CG------TA-ATGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103287 : AA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---ACCG---A-AACGTG-ATAG
Alignments
lowQualScore : 1 1111 22222222222 2222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 2 2 55555 2 2 2 666 33 55 333 666666 66 666666 33 33 2 2 2 2 33 44 2 55 2 3 33 55 2 33 2 2 33 2 444 2 444 0000 33 2 2 2 33 2 2 55 2 2 2 55 1 2 0 66666666666 33 0 2222222222222222222222 2 777 11111111111 2 5 2 9999 444 88 2 2 2 2 2 2 2 2 444 7777777 55 4 999999 2 2 7777777 33 333 333 2 2
lowQualScore : . . ..... . . . ... .. .. ... ...... .. ...... .. .. . . . . .. .. . .. . . .. .. . .. . . .. . ... . ... .... .. . . . .. . . .. . . . .. . . . ........... .. . ...................... . ... ........... . . . .... ... .. . . . . . . . . ... ....... .. . ...... . . ....... .. ... ... . .
lowQualScore : 5 5 99999 4 4 4 111 11 33 999 444444 11 444444 11 11 2 4 4 4 22 11 4 66 2 2 22 66 4 22 1 2 11 4 111 4 111 6666 22 4 4 4 22 4 4 66 4 4 4 66 0 4 9 22222222222 22 5 2222222222222222222222 5 888 99999999999 5 0 5 7777 444 44 5 5 5 5 5 5 5 5 444 6666666 66 4 444444 2 2 2222222 11 999 999 2 2
consensus : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NGTAAA-ACGGTAACA--T--GAT-AGC--TAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
Reference ( family-751 ) : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NGTAAA-ANGGTAACA--T--GAT-AGC--TAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103265 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--T------A--AA--TA-C-GTG-GTAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-TGTAAA-AAGGCAACA--T--GAT-AGC--TCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAAT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGGAGAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACT-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103266 : CGGGA-TA-AA------CGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA----CGTATTCAAAACC-T-TGTAAA-AAGACAACACAT--GAT-AGC--TCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-A--G--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAA-AAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103267 : CGGGA-----A-----ACATG--T-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAGCC-T--GTAAA-AAGGCAACA--T--GAT-AGC--TCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-T-CC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--ACTAGTAAA----------------------GCGT-ACCAACAA---TT-----------TAA-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------T--GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103268 : CGGGA-CA-AA-----ACGTACGT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--C------A--AA--TG-C--T--ATAAA-A--CGTAT-AAAATCC-T-CGTAAA-ATGGTAACA--T--AAT--GC--TAATA--AAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-G--AG----ACCTAGTAAA--------AA--CCTAGT-AA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GG---G-CAAA--TT-GTC-AC-AA-ACGTGTG-C--TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AA-C-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTGTACAG
gi|103269 : CGGGAGTA-AAGGTACATGTA-GT-T-TCT---A--AGGGA--TAAAA---C------GTAGTC------T--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-AAAATCC-T-AGTAAA-ATGGTAACA--T--AAT-GGC--TAATA-AAAA-G--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AAAACCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CA-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AAAGTG-ATAG
gi|103270 : CGGAA-TA-AA-----ACGTA-GT-T-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CG-AT-AATAATCAT-AGTAAA-ATGGTAAAA--T--AAT-GGC--TAATA-AAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CGA-T-AA-ACAAACGT-A----AAA-AACTCGTGAA--------AA--CCTAGT-AA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTTCGTC-ACGAA-ACGTG-GCCG-TTTTGTT-------C--AAA-CG------CA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AATTTG-ACA
gi|103271 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-A-TAT---ATACGTGA--CGAAA---C------GTA--CGTGTACA--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTAT-CAAAACC-T-AGTAAA-ACAGTAACA--T--GAT-AGCGCTAATA-AAAG-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-T-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAATGGT-A--GGA------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGAACAA---TT-----------T-A-AA------------------------------ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103272 : CGGGA-TA-AA-----ACATG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAT-C-AAACC-T-TGTAAA-ACGGTAACA--T--GTT-AGC--TAATAGAAAA-C--TGG-ATA---A-TCCC---TAGCA--N----CG------GT-A--AC-A-TG--T-TT-GCTTATTC-----------CCTAGC-----------AC--CCTAGTAAA----------------------ACGT-A--AGCAAACGTTGGAAAACCTAGT-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-ATC-ACGAA-ACATG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CA------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---CCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103273 : CGGGA-TA-AA-----ACGTA-GT-A-TAT---A--CGTGAG-TGAAAAACT------GTAATC------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-GACCGTAT-AAAATCC-T-AGTAAAGATGGTAACA--CTAGAT-GGC--TAATAAAAAA-CTTCGG-ATA---A-TCCC---TTGCACTAAACGCGGGT-A-GT-ATTAACA-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAAGACTCAGT--AGTTAATGAAA--CCTAGTGAA----------------------AGGT-ACCAACAA---TT-----------T-ATAA-AAGACC---GGC--G-C-AG-TTT-GTC-ACGAACACGTG-G-CG-TT---TT-------CAAAAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TAAGAAC---GCCG---AGAACGTG-ACAG
gi|103274 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTCA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CTTAT-CAAAACC-T-AGTAAA-AT-GCACCA--A--GAT-AGC--TCATAGAAAA-C--CGG-ACA---A-TCCC---TAGCGCTA----CT--T-A-GT-A--AA-A-CGTAT-AA-GCGAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAGTAA
gi|103275 : CGGGA-TA-AA-----ATGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---CGTCCATGTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTA--CAAAACC-T-AGTAAA-ACAGTAACA--T--GAT-AGC--TAATA-AAAA-C--C
gi|103276 : GGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-TGTAAA-AAGACAACA--A--CGT-AGC--TCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCATACGT-A--GGA------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGGACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ATGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTTA-AACT-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103277 : GGTA-TA-AA-----ACGTA-GT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--C------A--AA--TA-
gi|103278 : GGA-TA-AA-----ACG---GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAA----C------GTA--C------A--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAC-CAAAACC-T-TGTAAA-AAGGCAACA--TT-GAT-AGC--TCATAGACAA-C--CGG-ATA---AATCCC---TAGCGCTA----CG--T-AAGT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAATAGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACC-ACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-G-C-ACGAA-ACGT--G-CG-TT---TT-------CA-AAA-CG------T--GTG--AACC-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103279 : GGA-TA-AA-----A-GTA-GT-AGTATG--A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--C------ACGAA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGT-T-AAGAATC-T-AGTAAA-ATGGTAACA--T--AATGGGC--TAATAAAAAAGA--CGG-ATG---A---GA---TAGCACTAG---GG--T-A-GT-T--AA-A-CG--TAAA-GCAAACGT-AG-GGAAA-ACCTAGTGAA--------AA--CCC-GT----------------------------T-ACGAACAA---TT-----------T-A-AAGA----C---GCA--C-CAAA-TTT-GTT-AAG-A-ACGTG-G-TGTTT---TT-------C--AAAGCG------TA-GCGA-AACG-------TA--GAT---TGCG---A-AACATG-ACAG
gi|103280 : A-TACAA-----ACGTA--T-C-TATTGCG--CGTGAAATGAAA---C------GTA--C------A--AAATTAAC-GTG-ATTAA-A--CG-AT---AATCC-T-TGTAAA-A-GTTAAAC--T--AAT-GGC--CAATAAA-------CGG--TA---A-TCCCCGGTAGCAC-A----C---T-A-GT-A--AA-AACG--A-GA-ACAAACGTTA--GGGAA-A--------A--------AA--CCTAGTAAAACCTTAGCTTTTCATATTTTAAACGTAACCAACAATT-TT-----------T-A-AA-A----CGAGGAC--GCCAAA-TTT-GTCGACGAA-ACGTG-
gi|103281 : A-----ACGGG-GTTC-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------G-A--C------A--AA--TA-CGGTGAATAAACA--CGTAT-C-AAACC-TATGTTAA-AAG
gi|103282 : AT---A--CGTGA--TAAAA---C------GTA--T------A--AA--TA-C-GTG-ATGAA-A--CCTAT-AAAATCC-T-AGTAAA-ATGGTAACA--T--AAT-AGC--TAATA-AAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCAC------CG--T-A--T-A--CT-C-CG--T-AA--------T-A-----------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACAAACAA---CT-----------T-G-AA-A----T---GGC--A-CAGA-TTT-GTC-CCGAA-ACGTG-G-TG-CT---TT-------C--AAG-CGTATATATA-GTGA-AACTTACACAGTA--GAT---GCCG---A-AAGGTG-ACAGtcaaataaatactgcatacggaaaa
gi|103283 : GTAAA-ACGGTAACA--G--AAT-AGC--TAATA-AAAA-C--TGG-ATA---G-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-ACCTATTGAA--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAT-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103284 : GAAAA-C--CAGCACAGACA-TCC----TAGCGCTAAT--CG--TTA-GTTA--AA-A-CG--T-AAAGCAAACGT-AGGGGAAA-ACCT--------------------TAGTAAA----------------------ACGT-A-CAACAA---TT-----------T-ACAA-AATC-C---GGCCGG-CAAACTTT-GTC-ACGAA-AC-T--G-CG-TT---TTGTAGTAGC--AAA-CGAT----CATGTAATAACT-------TA--GATCCGGCCGCACA-ACCGTG-
gi|103285 : -CG-TT---TT-------T--AAAACG------TA-GTAA-AAC---------G--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103286 : T-------C--AAA-CG------TA-ATGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103287 : AA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---ACCG---A-AACGTG-ATAG
Alignments
lowQualScore : 111111 1 1111 22222222222 2222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 2 2 55555 2 2 2 666 33 55 333 222222 66 33 33 2 2 2 2 33 44 2 55 2 2 6 33 55 3333 2 2 33 2 444 2 444 0000 33 2 2 2 33 2 2 55 2 2 2 55 1 2 0 66666666666 33 0 2222222222222222222222 2 777 11111111111 2 5 2 9999 444 88 2 2 2 2 2 2 2 2 444 7777777 55 4 999999 2 2 7777777 33 333 333 2 2
lowQualScore : . . ..... . . . ... .. .. ... ...... .. .. .. . . . . .. .. . .. . . . .. .. .... . . .. . ... . ... .... .. . . . .. . . .. . . . .. . . . ........... .. . ...................... . ... ........... . . . .... ... .. . . . . . . . . ... ....... .. . ...... . . ....... .. ... ... . .
lowQualScore : 5 5 99999 4 4 4 111 11 33 999 888888 11 11 11 2 4 4 4 22 11 4 66 2 2 9 22 66 9999 1 2 11 4 111 4 111 6666 22 4 4 4 22 4 4 66 4 4 4 66 0 4 9 22222222222 22 5 2222222222222222222222 5 888 99999999999 5 0 5 7777 444 44 5 5 5 5 5 5 5 5 444 6666666 66 4 444444 2 2 2222222 11 999 999 2 2
consensus : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NG-TAAA-ACGGTAACA--T--GAT-A--GCTAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
Reference ( family-751 ) : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NG-TAAA-ACGGTAACA--T--GAT-A--GCTAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103265 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--TA--AA--TA-C-GTG-GTAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGGCAACA--T--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAAT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGGAGAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACT-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103266 : CGGGA-TA-AA------CGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA----CGTATTCAAAACC-T-TG-TAAA-AAGACAACACAT--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-A--G--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAA-AAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103267 : CGGGA-----A-----ACATG--T-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAGCC-T--G-TAAA-AAGGCAACA--T--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCC----TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--ACTAGTAAA----------------------GCGT-ACCAACAA---TT-----------TAA-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------T--GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103268 : CGGGA-CA-AA-----ACGTACGT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--CA--AA--TG-C--T--ATAAA-A--CGTAT-AAAATCC-T-CG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT----GCTAATA--AAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-G--AG----ACCTAGTAAA--------AA--CCTAGT-AA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GG---G-CAAA--TT-GTC-AC-AA-ACGTGTG-C--TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AA-C-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTGTACAG
gi|103269 : CGGGAGTA-AAGGTACATGTA-GT-T-TCT---A--AGGGA--TAAAA---C------GTAGTCT--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-AAAATCC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT-G--GCTAATA-AAAA-G--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AAAACCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CA-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AAAGTG-ATAG
gi|103270 : CGGAA-TA-AA-----ACGTA-GT-T-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CG-AT-AATAATCAT-AG-TAAA-ATGGTAAAA--T--AAT-G--GCTAATA-AAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CGA-T-AA-ACAAACGT-A----AAA-AACTCGTGAA--------AA--CCTAGT-AA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTTCGTC-ACGAA-ACGTG-GCCG-TTTTGTT-------C--AAA-CG------CA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AATTTG-ACA
gi|103271 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-A-TAT---ATACGTGA--CGAAA---CGTACGTGTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTAT-CAAAACC-T-AG-TAAA-ACAGTAACA--T--GAT-AGCGCTAATA-AAAG-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-T-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAATGGT-A--GGA------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGAACAA---TT-----------T-A-AA------------------------------ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103272 : CGGGA-TA-AA-----ACATG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAT-C-AAACC-T-TG-TAAA-ACGGTAACA--T--GTT-A--GCTAATAGAAAA-C--TGG-ATA---A-TCCC---TAGCA--N----CG------GT-A--AC-A-TG--T-TT-GCTTATTC-----------CCTAGC-----------AC--CCTAGTAAA----------------------ACGT-A--AGCAAACGTTGGAAAACCTAGT-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-ATC-ACGAA-ACATG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CA------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---CCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103273 : CGGGA-TA-AA-----ACGTA-GT-A-TAT---A--CGTGAG-TGAAAAACT------GTAATCA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-GACCGTAT-AAAATCC-T-AG-TAAAGATGGTAACA--CTAGAT-G--GCTAATAAAAAA-CTTCGG-ATA---A-TCCC---TTGCACTAAACGCGGGT-A-GT-ATTAACA-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAAGACTCAGT--AGTTAATGAAA--CCTAGTGAA----------------------AGGT-ACCAACAA---TT-----------T-ATAA-AAGACC---GGC--G-C-AG-TTT-GTC-ACGAACACGTG-G-CG-TT---TT-------CAAAAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TAAGAAC---GCCG---AGAACGTG-ACAG
gi|103274 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTCA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CTTAT-CAAAACC-T-AG-TAAA-AT-GCACCA--A--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ACA---A-TCCC---TAGCGCTA----CT--T-A-GT-A--AA-A-CGTAT-AA-GCGAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAGTAA
gi|103275 : CGGGA-TA-AA-----ATGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---CGTCCATGTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTA--CAAAACC-T-AG-TAAA-ACAGTAACA--T--GAT-A--GCTAATA-AAAA-C--C
gi|103276 : GGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGACAACA--A--CGT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCATACGT-A--GGA------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGGACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ATGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTTA-AACT-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103277 : GGTA-TA-AA-----ACGTA-GT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-
gi|103278 : GGA-TA-AA-----ACG---GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAA----C------GTA--CA--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAC-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGGCAACA--TT-GAT-A--GCTCATAGACAA-C--CGG-ATA---AATCCC---TAGCGCTA----CG--T-AAGT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAATAGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACC-ACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-G-C-ACGAA-ACGT--G-CG-TT---TT-------CA-AAA-CG------T--GTG--AACC-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103279 : GGA-TA-AA-----A-GTA-GT-AGTATG--A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CACGAA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGT-T-AAGAATC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AATGG--GCTAATAAAAAAGA--CGG-ATG---A---GA---TAGCACTAG---GG--T-A-GT-T--AA-A-CG--TAAA-GCAAACGT-AG-GGAAA-ACCTAGTGAA--------AA--CCC-GT----------------------------T-ACGAACAA---TT-----------T-A-AAGA----C---GCA--C-CAAA-TTT-GTT-AAG-A-ACGTG-G-TGTTT---TT-------C--AAAGCG------TA-GCGA-AACG-------TA--GAT---TGCG---A-AACATG-ACAG
gi|103280 : A-TACAA-----ACGTA--T-C-TATTGCG--CGTGAAATGAAA---C------GTA--CA--AAATTAAC-GTG-ATTAA-A--CG-AT---AATCC-T-TG-TAAA-A-GTTAAAC--T--AAT-G--GCCAATAAA-------CGG--TA---A-TCCCCGGTAGCAC-A----C---T-A-GT-A--AA-AACG--A-GA-ACAAACGTTA--GGGAA-A--------A--------AA--CCTAGTAAAACCTTAGCTTTTCATATTTTAAACGTAACCAACAATT-TT-----------T-A-AA-A----CGAGGAC--GCCAAA-TTT-GTCGACGAA-ACGTG-
gi|103281 : A-----ACGGG-GTTC-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------G-A--CA--AA--TA-CGGTGAATAAACA--CGTAT-C-AAACC-TATGTTAAA-A
gi|103282 : AT---A--CGTGA--TAAAA---C------GTA--TA--AA--TA-C-GTG-ATGAA-A--CCTAT-AAAATCC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT-A--GCTAATA-AAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCAC------CG--T-A--T-A--CT-C-CG--T-AA--------T-A-----------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACAAACAA---CT-----------T-G-AA-A----T---GGC--A-CAGA-TTT-GTC-CCGAA-ACGTG-G-TG-CT---TT-------C--AAG-CGTATATATA-GTGA-AACTTACACAGTA--GAT---GCCG---A-AAGGTG-ACAGgtcaaataaatactgcatacggaaaa
gi|103283 : G-TAAA-ACGGTAACA--G--AAT-A--GCTAATA-AAAA-C--TGG-ATA---G-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-ACCTATTGAA--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAT-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103284 : GAAAA-C--CAGCACAGACA-TCC----TAGCGCTAAT--CG--TTA-GTTA--AA-A-CG--T-AAAGCAAACGT-AGGGGAAA-ACCT--------------------TAGTAAA----------------------ACGT-A-CAACAA---TT-----------T-ACAA-AATC-C---GGCCGG-CAAACTTT-GTC-ACGAA-AC-T--G-CG-TT---TTGTAGTAGC--AAA-CGAT----CATGTAATAACT-------TA--GATCCGGCCGCACA-ACCGTG-
gi|103285 : -CG-TT---TT-------T--AAAACG------TA-GTAA-AAC---------G--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103286 : T-------C--AAA-CG------TA-ATGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103287 : AA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---ACCG---A-AACGTG-ATAG
Alignments
lowQualScore : 111111 1 1111 22222222222 2222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 2 2 55555 2 2 2 666 33 55 333 222222 66 33 33 2 2 2 2 33 44 2 55 2 2 6 33 55 3333 2 2 33 2 444 2 444 0000 33 2 2 2 33 2 2 55 2 2 2 55 1 2 0 66666666666 33 0 2222222222222222222222 2 777 11111111111 2 5 2 9999 444 88 2 2 2 2 2 2 2 2 444 7777777 55 4 999999 2 2 7777777 33 333 333 2 2
lowQualScore : . . ..... . . . ... .. .. ... ...... .. .. .. . . . . .. .. . .. . . . .. .. .... . . .. . ... . ... .... .. . . . .. . . .. . . . .. . . . ........... .. . ...................... . ... ........... . . . .... ... .. . . . . . . . . ... ....... .. . ...... . . ....... .. ... ... . .
lowQualScore : 5 5 99999 4 4 4 111 11 33 999 888888 11 11 11 2 4 4 4 22 11 4 66 2 2 9 22 66 9999 1 2 11 4 111 4 111 6666 22 4 4 4 22 4 4 66 4 4 4 66 0 4 9 22222222222 22 5 2222222222222222222222 5 888 99999999999 5 0 5 7777 444 44 5 5 5 5 5 5 5 5 444 6666666 66 4 444444 2 2 2222222 11 999 999 2 2
consensus : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NG-TAAA-ACGGTAACA--T--GAT-A--GCTAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
Reference ( family-751 ) : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NG-TAAA-ACGGTAACA--T--GAT-A--GCTAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103265 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--TA--AA--TA-C-GTG-GTAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGGCAACA--T--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAAT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGGAGAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACT-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103266 : CGGGA-TA-AA------CGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA----CGTATTCAAAACC-T-TG-TAAA-AAGACAACACAT--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-A--G--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAA-AAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103267 : CGGGA-----A-----ACATG--T-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAGCC-T--G-TAAA-AAGGCAACA--T--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCC----TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--ACTAGTAAA----------------------GCGT-ACCAACAA---TT-----------TAA-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------T--GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103268 : CGGGA-CA-AA-----ACGTACGT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--CA--AA--TG-C--T--ATAAA-A--CGTAT-AAAATCC-T-CG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT----GCTAATA--AAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-G--AG----ACCTAGTAAA--------AA--CCTAGT-AA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GG---G-CAAA--TT-GTC-AC-AA-ACGTGTG-C--TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AA-C-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTGTACAG
gi|103269 : CGGGAGTA-AAGGTACATGTA-GT-T-TCT---A--AGGGA--TAAAA---C------GTAGTCT--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-AAAATCC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT-G--GCTAATA-AAAA-G--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AAAACCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CA-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AAAGTG-ATAG
gi|103270 : CGGAA-TA-AA-----ACGTA-GT-T-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CG-AT-AATAATCAT-AG-TAAA-ATGGTAAAA--T--AAT-G--GCTAATA-AAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CGA-T-AA-ACAAACGT-A----AAA-AACTCGTGAA--------AA--CCTAGT-AA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTTCGTC-ACGAA-ACGTG-GCCG-TTTTGTT-------C--AAA-CG------CA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AATTTG-ACA
gi|103271 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-A-TAT---ATACGTGA--CGAAA---CGTACGTGTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTAT-CAAAACC-T-AG-TAAA-ACAGTAACA--T--GAT-AGCGCTAATA-AAAG-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-T-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAATGGT-A--GGA------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGAACAA---TT-----------T-A-AA------------------------------ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103272 : CGGGA-TA-AA-----ACATG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAT-C-AAACC-T-TG-TAAA-ACGGTAACA--T--GTT-A--GCTAATAGAAAA-C--TGG-ATA---A-TCCC---TAGCA--N----CG------GT-A--AC-A-TG--T-TT-GCTTATTC-----------CCTAGC-----------AC--CCTAGTAAA----------------------ACGT-A--AGCAAACGTTGGAAAACCTAGT-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-ATC-ACGAA-ACATG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CA------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---CCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103273 : CGGGA-TA-AA-----ACGTA-GT-A-TAT---A--CGTGAG-TGAAAAACT------GTAATCA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-GACCGTAT-AAAATCC-T-AG-TAAAGATGGTAACA--CTAGAT-G--GCTAATAAAAAA-CTTCGG-ATA---A-TCCC---TTGCACTAAACGCGGGT-A-GT-ATTAACA-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAAGACTCAGT--AGTTAATGAAA--CCTAGTGAA----------------------AGGT-ACCAACAA---TT-----------T-ATAA-AAGACC---GGC--G-C-AG-TTT-GTC-ACGAACACGTG-G-CG-TT---TT-------CAAAAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TAAGAAC---GCCG---AGAACGTG-ACAG
gi|103274 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTCA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CTTAT-CAAAACC-T-AG-TAAA-AT-GCACCA--A--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ACA---A-TCCC---TAGCGCTA----CT--T-A-GT-A--AA-A-CGTAT-AA-GCGAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAGTAA
gi|103275 : CGGGA-TA-AA-----ATGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---CGTCCATGTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTA--CAAAACC-T-AG-TAAA-ACAGTAACA--T--GAT-A--GCTAATA-AAAA-C--C
gi|103276 : GGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGACAACA--A--CGT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCATACGT-A--GGA------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGGACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ATGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTTA-AACT-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103277 : GGTA-TA-AA-----ACGTA-GT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-
gi|103278 : GGA-TA-AA-----ACG---GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAA----C------GTA--CA--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAC-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGGCAACA--TT-GAT-A--GCTCATAGACAA-C--CGG-ATA---AATCCC---TAGCGCTA----CG--T-AAGT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAATAGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACC-ACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-G-C-ACGAA-ACGT--G-CG-TT---TT-------CA-AAA-CG------T--GTG--AACC-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103279 : GGA-TA-AA-----A-GTA-GT-AGTATG--A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CACGAA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGT-T-AAGAATC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AATGG--GCTAATAAAAAAGA--CGG-ATG---A---GA---TAGCACTAG---GG--T-A-GT-T--AA-A-CG--TAAA-GCAAACGT-AG-GGAAA-ACCTAGTGAA--------AA--CCC-GT----------------------------T-ACGAACAA---TT-----------T-A-AAGA----C---GCA--C-CAAA-TTT-GTT-AAG-A-ACGTG-G-TGTTT---TT-------C--AAAGCG------TA-GCGA-AACG-------TA--GAT---TGCG---A-AACATG-ACAG
gi|103280 : A-TACAA-----ACGTA--T-C-TATTGCG--CGTGAAATGAAA---C------GTA--CA--AAATTAAC-GTG-ATTAA-A--CG-AT---AATCC-T-TG-TAAA-A-GTTAAAC--T--AAT-G--GCCAATAAA-------CGG--TA---A-TCCCCGGTAGCAC-A----C---T-A-GT-A--AA-AACG--A-GA-ACAAACGTTA--GGGAA-A--------A--------AA--CCTAGTAAAACCTTAGCTTTTCATATTTTAAACGTAACCAACAATT-TT-----------T-A-AA-A----CGAGGAC--GCCAAA-TTT-GTCGACGAA-ACGTG-
gi|103281 : A-----ACGGG-GTTC-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------G-A--CA--AA--TA-CGGTGAATAAACA--CGTAT-C-AAACC-TATGTTAAA-A
gi|103282 : AT---A--CGTGA--TAAAA---C------GTA--TA--AA--TA-C-GTG-ATGAA-A--CCTAT-AAAATCC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT-A--GCTAATA-AAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCAC------CG--T-A--T-A--CT-C-CG--T-AA--------T-A-----------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACAAACAA---CT-----------T-G-AA-A----T---GGC--A-CAGA-TTT-GTC-CCGAA-ACGTG-G-TG-CT---TT-------C--AAG-CGTATATATA-GTGA-AACTTACACAGTA--GAT---GCCG---A-AAGGTG-ACAGgtcaaataaatactgcatacggaaaa
gi|103283 : G-TAAA-ACGGTAACA--G--AAT-A--GCTAATA-AAAA-C--TGG-ATA---G-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-ACCTATTGAA--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAT-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103284 : GAAAA-C--CAGCACAGACA-TCC----TAGCGCTAAT--CG--TTA-GTTA--AA-A-CG--T-AAAGCAAACGT-AGGGGAAA-ACCT--------------------TAGTAAA----------------------ACGT-A-CAACAA---TT-----------T-ACAA-AATC-C---GGCCGG-CAAACTTT-GTC-ACGAA-AC-T--G-CG-TT---TTGTAGTAGC--AAA-CGAT----CATGTAATAACT-------TA--GATCCGGCCGCACA-ACCGTG-
gi|103285 : -CG-TT---TT-------T--AAAACG------TA-GTAA-AAC---------G--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103286 : T-------C--AAA-CG------TA-ATGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103287 : AA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---ACCG---A-AACGTG-ATAG
blockSeqs : G C GGTAC C T G TGC TA AA AAC GTACGT GT CG AT A G A C AC TC A AT T G A CA TA AGC G G TT C GAC A CGG AACG GG T A T TT C A TA A A T GG A G AGTTAATGA AA ACCTTAGCTTTTCATATTTTAA A ACG GGAAAACCTAG A T G AGAC GAG CG C C C G C T C T TTG GTAGTAG AA G TATATA T T TACACAG AG CCG CAC G T
blockSeqs : . . . . . . G . G . GTCCAT AT . . . . . . . C . T . . A . T GG G . . . . . . AT . . . . . . . A . . . G A . AAA . . . TT . . C . ATC . G . . . . . . . . . . A A AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . T . . A G . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . GAA . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . T . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . GAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . T . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . GAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . C . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . C . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . T . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . T . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . C . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NG-TAAA-ACGGTAACA--T--GAT-A--GCTAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
finalCons : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NG-TAAA-ACGGTAACA--T--GAT-A--GCTAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
Alignments
lowQualScore : 111111 1 1111 22222222222 2222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 2 2 55555 2 2 2 666 33 55 333 222222 66 33 33 2 2 2 2 33 44 2 55 2 2 6 33 55 3333 2 2 33 2 444 2 444 0000 33 2 2 2 33 2 2 55 2 2 2 55 1 2 0 66666666666 33 0 2222222222222222222222 2 777 11111111111 2 5 2 9999 444 88 2 2 2 2 2 2 2 2 444 7777777 55 4 999999 2 2 7777777 33 333 333 2 2
lowQualScore : . . ..... . . . ... .. .. ... ...... .. .. .. . . . . .. .. . .. . . . .. .. .... . . .. . ... . ... .... .. . . . .. . . .. . . . .. . . . ........... .. . ...................... . ... ........... . . . .... ... .. . . . . . . . . ... ....... .. . ...... . . ....... .. ... ... . .
lowQualScore : 5 5 99999 4 4 4 111 11 33 999 888888 11 11 11 2 4 4 4 22 11 4 66 2 2 9 22 66 9999 1 2 11 4 111 4 111 6666 22 4 4 4 22 4 4 66 4 4 4 66 0 4 9 22222222222 22 5 2222222222222222222222 5 888 99999999999 5 0 5 7777 444 44 5 5 5 5 5 5 5 5 444 6666666 66 4 444444 2 2 2222222 11 999 999 2 2
consensus : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NG-TAAA-ACGGTAACA--T--GAT-A--GCTAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
Reference ( family-751 ) : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-NG-TAAA-ACGGTAACA--T--GAT-A--GCTAATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103265 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--TA--AA--TA-C-GTG-GTAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGGCAACA--T--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAAT--A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGGAGAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACT-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103266 : CGGGA-TA-AA------CGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA----CGTATTCAAAACC-T-TG-TAAA-AAGACAACACAT--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-A--G--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAA-AAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103267 : CGGGA-----A-----ACATG--T-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAGCC-T--G-TAAA-AAGGCAACA--T--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCC----TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--ACTAGTAAA----------------------GCGT-ACCAACAA---TT-----------TAA-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------T--GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103268 : CGGGA-CA-AA-----ACGTACGT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--CA--AA--TG-C--T--ATAAA-A--CGTAT-AAAATCC-T-CG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT----GCTAATA--AAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-G--AG----ACCTAGTAAA--------AA--CCTAGT-AA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GG---G-CAAA--TT-GTC-AC-AA-ACGTGTG-C--TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AA-C-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTGTACAG
gi|103269 : CGGGAGTA-AAGGTACATGTA-GT-T-TCT---A--AGGGA--TAAAA---C------GTAGTCT--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-AAAATCC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT-G--GCTAATA-AAAA-G--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-ACCTAGT--A--------AAAACCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CA-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AAAGTG-ATAG
gi|103270 : CGGAA-TA-AA-----ACGTA-GT-T-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--A---TA-C-GTG-ATAAA-A--CG-AT-AATAATCAT-AG-TAAA-ATGGTAAAA--T--AAT-G--GCTAATA-AAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CGA-T-AA-ACAAACGT-A----AAA-AACTCGTGAA--------AA--CCTAGT-AA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGCG-G-CAAA-TTTCGTC-ACGAA-ACGTG-GCCG-TTTTGTT-------C--AAA-CG------CA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AATTTG-ACA
gi|103271 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-A-TAT---ATACGTGA--CGAAA---CGTACGTGTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTAT-CAAAACC-T-AG-TAAA-ACAGTAACA--T--GAT-AGCGCTAATA-AAAG-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCACTA----CG--T-T-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAATGGT-A--GGA------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGAACAA---TT-----------T-A-AA------------------------------ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103272 : CGGGA-TA-AA-----ACATG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAT-C-AAACC-T-TG-TAAA-ACGGTAACA--T--GTT-A--GCTAATAGAAAA-C--TGG-ATA---A-TCCC---TAGCA--N----CG------GT-A--AC-A-TG--T-TT-GCTTATTC-----------CCTAGC-----------AC--CCTAGTAAA----------------------ACGT-A--AGCAAACGTTGGAAAACCTAGT-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-ATC-ACGAA-ACATG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CA------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---CCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103273 : CGGGA-TA-AA-----ACGTA-GT-A-TAT---A--CGTGAG-TGAAAAACT------GTAATCA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-GACCGTAT-AAAATCC-T-AG-TAAAGATGGTAACA--CTAGAT-G--GCTAATAAAAAA-CTTCGG-ATA---A-TCCC---TTGCACTAAACGCGGGT-A-GT-ATTAACA-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAAGACTCAGT--AGTTAATGAAA--CCTAGTGAA----------------------AGGT-ACCAACAA---TT-----------T-ATAA-AAGACC---GGC--G-C-AG-TTT-GTC-ACGAACACGTG-G-CG-TT---TT-------CAAAAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TAAGAAC---GCCG---AGAACGTG-ACAG
gi|103274 : CGGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTCA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CTTAT-CAAAACC-T-AG-TAAA-AT-GCACCA--A--GAT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ACA---A-TCCC---TAGCGCTA----CT--T-A-GT-A--AA-A-CGTAT-AA-GCGAACGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAGTAA
gi|103275 : CGGGA-TA-AA-----ATGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---CGTCCATGTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAC-A--CGTA--CAAAACC-T-AG-TAAA-ACAGTAACA--T--GAT-A--GCTAATA-AAAA-C--C
gi|103276 : GGGA-TA-AA-----ACGTG-GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGTAT-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGACAACA--A--CGT-A--GCTCATAGAAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCGCTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-GCATACGT-A--GGA------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACGGACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--A-CAAA-TTT-GTC-ACGAA-ATGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTTA-AACT-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103277 : GGTA-TA-AA-----ACGTA-GT-C-TAT---A--CGTGA--TGAAA---C------GTA--CA--AA--TA-
gi|103278 : GGA-TA-AA-----ACG---GT-C-TAT---A--CGTGA--CGAA----C------GTA--CA--AA--TA-C-ATG-ATAAA-A--CATAC-CAAAACC-T-TG-TAAA-AAGGCAACA--TT-GAT-A--GCTCATAGACAA-C--CGG-ATA---AATCCC---TAGCGCTA----CG--T-AAGT-A--AA-A-CG--T-AA-GCAATAGT-A--GGAAA-ACCTAGTA-A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACC-ACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAA-TTT-G-C-ACGAA-ACGT--G-CG-TT---TT-------CA-AAA-CG------T--GTG--AACC-------TA--CAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103279 : GGA-TA-AA-----A-GTA-GT-AGTATG--A--CGTGA--CGAAA---C------GTA--CACGAA--TA-C-GTG-ATAAA-A--CGT-T-AAGAATC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AATGG--GCTAATAAAAAAGA--CGG-ATG---A---GA---TAGCACTAG---GG--T-A-GT-T--AA-A-CG--TAAA-GCAAACGT-AG-GGAAA-ACCTAGTGAA--------AA--CCC-GT----------------------------T-ACGAACAA---TT-----------T-A-AAGA----C---GCA--C-CAAA-TTT-GTT-AAG-A-ACGTG-G-TGTTT---TT-------C--AAAGCG------TA-GCGA-AACG-------TA--GAT---TGCG---A-AACATG-ACAG
gi|103280 : A-TACAA-----ACGTA--T-C-TATTGCG--CGTGAAATGAAA---C------GTA--CA--AAATTAAC-GTG-ATTAA-A--CG-AT---AATCC-T-TG-TAAA-A-GTTAAAC--T--AAT-G--GCCAATAAA-------CGG--TA---A-TCCCCGGTAGCAC-A----C---T-A-GT-A--AA-AACG--A-GA-ACAAACGTTA--GGGAA-A--------A--------AA--CCTAGTAAAACCTTAGCTTTTCATATTTTAAACGTAACCAACAATT-TT-----------T-A-AA-A----CGAGGAC--GCCAAA-TTT-GTCGACGAA-ACGTG-
gi|103281 : A-----ACGGG-GTTC-TAT---A--CGTGA--CGAAA---C------G-A--CA--AA--TA-CGGTGAATAAACA--CGTAT-C-AAACC-TATGTTAAA-A
gi|103282 : AT---A--CGTGA--TAAAA---C------GTA--TA--AA--TA-C-GTG-ATGAA-A--CCTAT-AAAATCC-T-AG-TAAA-ATGGTAACA--T--AAT-A--GCTAATA-AAAA-C--CGG-ATA---A-TCCC---TAGCAC------CG--T-A--T-A--CT-C-CG--T-AA--------T-A-----------------A--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACAAACAA---CT-----------T-G-AA-A----T---GGC--A-CAGA-TTT-GTC-CCGAA-ACGTG-G-TG-CT---TT-------C--AAG-CGTATATATA-GTGA-AACTTACACAGTA--GAT---GCCG---A-AAGGTG-ACAGgtcaaataaatactgcatacggaaaa
gi|103283 : G-TAAA-ACGGTAACA--G--AAT-A--GCTAATA-AAAA-C--TGG-ATA---G-TCCC---TAGCACTA----CG--T-A-GT-A--AA-A-CG--T-AA-ACAAACGT-A--GGAAA-ACCTATTGAA--------AA--CCTAGTAAA----------------------ACGT-ACCAACAA---TT-----------T-A-AA-A----C---GGC--G-CAAT-TTT-GTC-ACGAA-ACGTG-G-CG-TT---TT-------C--AAA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103284 : GAAAA-C--CAGCACAGACA-TCC----TAGCGCTAAT--CG--TTA-GTTA--AA-A-CG--T-AAAGCAAACGT-AGGGGAAA-ACCT--------------------TAGTAAA----------------------ACGT-A-CAACAA---TT-----------T-ACAA-AATC-C---GGCCGG-CAAACTTT-GTC-ACGAA-AC-T--G-CG-TT---TTGTAGTAGC--AAA-CGAT----CATGTAATAACT-------TA--GATCCGGCCGCACA-ACCGTG-
gi|103285 : -CG-TT---TT-------T--AAAACG------TA-GTAA-AAC---------G--GAT---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103286 : T-------C--AAA-CG------TA-ATGA-AACC-------TA--GAC---GCCG---A-AACGTG-ACAG
gi|103287 : AA-CG------TA-GTGA-AACC-------TA--GAC---ACCG---A-AACGTG-ATAG