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Reference ( gi|81802 )        : AAAAAT--GAATT---AA---AACAT---AAA-T--A-T-GTT-ACG-C--TTGCC--CCTATAGTGC-GGGGAAATCCCACA-GGT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-C-ACACGT----AAGA---G-T--TAAAA---TTAGG--A-TG-AAGG--T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-----TCC---AG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
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Reference ( family-748 )      : AAA-AAT--GAAT-T-GA------A-A-CAT---AAA-T--A-TT-TT-ACG-C--TTGCC--CCTATAGTGCTGGG-AAATCCCACA-GGT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-C-ACACGT----AAGA---G-T--TAAAA---TTAGG--ATG-AA-GG--T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-----TCC---AG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
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blockSeqs                     :    T   .     G T  .      C .   T     . .  .  A  .   . C      .  CTATA        .          .   .    T    C .    .     . . .      G       .   . .      A       A    .  .  T  .   .   .   .    GT .   .   .  .       .    . TTT                      .   G       T  .    . C  .      .     G G
blockSeqs                     :    .   .     G T  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  CCTTA        .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  C  .   .   .   .    G  .   .   .  .       .    . TT                       .   A       .  .    . .  .      .     A .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  CTATA        .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . TT                       .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  CCTA         .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  CTTA         .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  CTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  CTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  CTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   A       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TTT          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   G       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   .       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  CTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   .       .  .    . .  .      .     . .
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TTA          .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . T                        .   .                                    
blockSeqs                     :    .   .     . .  .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TA           .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . .                        .   .                                    
blockSeqs                     :                   .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TA           .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . .                        .   .                                    
blockSeqs                     :                   .      . .   .     . .  .  .  .   . .      .  TA           .          .   .    .    . .    .     . . .      .       .   . .      .       .    .  .  .  .   .   .   .    .  .   .   .  .       .    . .                        .   .                                    
blockSeqs                     :                                .     . .  .  .  .   . .      .  A            .          .   .    .    . .    .     . . .                                   .                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                .     . .  .  .  .   . .      .  .            .          .   .    .    .                                                                                                                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                 CTA**
originalCons                  : AAA-AAT--GAAT-T-GA------A-A-CAT---AAA-T--A-TT-TT-ACG-C--TTGCC--CCTATAGTGCTGGG-AAATCCCACA-GGT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-C-ACACGT----AAGA---G-T--TAAAA---TTAGG--ATG-AA-GG--T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-----TCC---AG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
finalCons                     : AAA-AAT--GAAT-T-GA------A-A-CAT---AAA-T--A-TT-TT-ACG-C--TTGCC--CCTA--GTGCTGGG-AAATCCCACA-GGT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-C-ACACGT----AAGA---G-T--TAAAA---TTAGG--ATG-AA-GG--T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-----TCC---AG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                      11                                                                                                                                                 22222222222222222222222                                                 
lowQualScore                  :    4   33    6 6  555555 4 2   555   1 22 1  3  1   1 44   44   555  00        1           1  1    5555 3 4444 22    1 1  1     6666    333  22 2    555     1 22  2  2  4 55  22  22  2    77 2   2   2  6666666     4 00000000000000000000000  2   6       5  2    2 5  66666  2     7 5      
lowQualScore                  :    .   ..    . .  ...... . .   ...   . .. .  .  .   . ..   ..   ...  ..        .           .  .    .... . .... ..    . .  .     ....    ...  .. .    ...     . ..  .  .  . ..  ..  ..  .    .. .   .   .  .......     . .......................  .   .       .  .    . .  .....  .     . .      
lowQualScore                  :    4   11    7 7  888888 0 0   000   8 55 8  6  8   8 33   33   111  00        8           8  8    7777 6 0000 66    9 9  9     2222    555  88 0    555     9 88  0  0  0 55  88  88  0    55 0   0   0  5555555     0 11111111111111111111111  0   0       0  5    5 0  22222  5     5 0      
consensus                     : AAA-AAT--GAAT-T-GA------A-A-CAT---AAA-T--A-TT-TT-ACG-C--TTG--CCC-C-TA--GTGCTGGG-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
Reference ( family-748 )      : AAA-AAT--GAAT-T-GA------A-A-CAT---AAA-T--A-TT-TT-ACG-C--TTG--CCC-C-TA--GTGCTGGG-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
gi|81802                      : AAA-AAT--GAAT-T-AA------A-A-CAT---AAA-T--A-TG-TT-ACG-C--TTG--CCC-C-TATAGTGCGGGG-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
gi|81803                      : AAATAAT--AAGTGT-GG------ACA-AAT---AAA-T--A-TT-TT-GCG-C--TTG--CTC-T-TA--GTGCTGGG-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CATGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-C--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGG-AAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
gi|81804                      : AAATAAT--AAGTGT-GG------ACA-AAT---AAA-T--A-TT-TT-GCG-C--TTG--CTC-T-TA--GTGCTGGG-AAATCCCACA--GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CATGT----AAGA---GT--T-CTAA---ATAGG-A--TGAAA-GG-C--CA--GT--TC-TAC---T-CAC-G-G-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGG-AAATCAC-C--CTTC-T-GT-----GC-AACA--C-CTCTTT
gi|81805                      : AAC-AAT--GAAT-TTGG------A-A-CAT---AAA-T--AGTT-TT-ATG-C--TTG--CCC---TA--GTGCTGGG-AAATCCCA-AG-GT-ATTT----A-A----A--TG-C-A-CA-CACGTG---AAGA---GT--T-AAA----TTAGG-A--T--AA-GG-T--CA--GT--TC-TACG--T-CACGGAG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA--GGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
gi|81806                      : AAA-AA----GAT-T-GA------A-A-CAT---AAA-T--A-TT-TT-ACG-C--TTG--CCAAC-TA--GTG-TGGG-AAATCCCACAA--T-ATTTT---A-A----A--TGGC-A-CA-CACGT----A-GA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TT-AGGGAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----G--AACACGC-CTCTTT
gi|81807                      : AAA-AAT--GAAT-T-GA------A-A-CAT---AAA-T--A-TT-T--ACG-C--TTG--CCC-C-TA--GTGCTGGG-AAATCCCACAA-GT-ACTT----A-A----A--TGAC---CA-CACGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-T--CA--GT--TC-TACGGTC-CAC-GAG-TG-------T-CAG-A-----------------------TA-GGGAAAATCA
gi|81808                      : AAA-AAT--GAAT-T-GA------A-AACAT---AAA----A-GT-TT-ACG-C--TTG--CCC-C-TA--ATGCTGGA-AA--CCCA-AA-GT-ATTT----AGA----A--TGGC-A-CA-CAC------AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-T--CA--GTTCTC-TACG--T-CAC-G-T-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGG-AAATCAC-CG-CT---T-GT-----GC-AATAC-C-CTCT
gi|81809                      : AAA-AAT--GAAT-T-GA------A-A-CAT---AAA-T--A-TT-T--ACG-CCTTTG--CCC-C-TA--GTGCTGGG-AAAT-CCACAA-GT-ATTT----A-A----AGGTGGC-A-CA-CACGT-----TGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-C--CG--GT--TC-TACG--T-CAC-AAG-TG-------TCCAG-AT-T--------------------TA-GGGAAAAT
gi|81810                      : AAA-AAT--GAAT-TTGA------A-A-CAT---AAT-T--A-TT-TTTACGGC--TTG--CCC-C-TATAGTGCTGG--AAATCCCACATTGT-ATT-----A-A----A--TGGC-A-CAACACGT----AAGA---GT--TTAAAA---TTAGG-ACATG-AA-GG-TATCATGAT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TGGTGTTTCCCCAGGA--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CGCCTTC-TAGT-----GCAAACACGC-CTCTTT
gi|81811                      : AAA-AAT--GAACGT-GA------A---CATT--AAA-T--A-TTATT-ACG-CC-TTG--CCC-C-TATAGTGCTGGG-AAATC--ACAG-GT---TT----A-A----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAGA---GA--G-AAAAA--TTAGG-A--TG-AA-GG-T--CA--GG--TC-TACG--T-CAC-GAG--G-------TCCAG-------------------------TA-GG--AAATCACACG--TTC-T-GT-----GC-AACAC-TGCTTTTT
gi|81812                      : AAA-AAT--GAAT-T-GGTAAGTGA-A-CAT---A---T--A-TT-TT-ACG-C--TTGTTCCC-T-TA--GTGCGGGT-AAATCCCAC-G-GT-ATTT----A-
gi|81813                      : AAG-AATTGAAAT-T-GA------G-A-CAT---AA--T--A-TTATT-AC--C--TTG--CCC-CCTA--CTGCTGG--AAATCCCACAA-GT-ATTT----A-AAAAGA--TGGCTA-CA-C
gi|81814                      :  AA-AAT--GAAT-T-AA------A-A-CAT---AAA-T--A-TG-TT-ACG-C--TTG--CCC-C-TATAGTGC-GGG-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGA-G--AG-AA-GG-T--CA--GT--TC-TACG--TCCAC-GAG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGG--AATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-A--AC-C-CTCTTT
gi|81815                      :  AA-TAT--GAAT-T-GA------A---CAT---AAA-TTTA-TT-TT-ACG-C--TTG--CCC-T-TA--GTGCTGGG-AAAT-CCACAG-GT-ATTT------A----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAAA---GT--T-AAAA---TTAGGAA--TG-AAGGG-T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GGG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
gi|81816                      :  AA-AAT--GAAT-T-GG------A-A-CAT---ACA-T--A-TT-TT-ACG-C--TTGT-CCC-T-TA--ATGCTGGGAAAATCCCACAG-GTAATTT----A-A----A--TGG-----A-CACGT----AAGA---GTTAT-AAAA---TTAGG-A--TG-CA-GGTT--CA--GT--TC-TACGGTC-CAC-GAG-TG-------ACCA--ATTT--------------------TACGGGAAAATCAA-CG-CTTCTT-GT-----GC-AA-ACAC-CTCTTT
gi|81817                      :  AA-AAT--GAAT-T-GA------C-A-CAT---AAA-T--A-CT------A-C--TT----------A--GTGCGGGG-AATTCCCACAG-GT-ATTT----ACA----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAGA---GT--T-AAAATTTTTAGG-A--TG-AA-GGCC--CA--GT--TCTTACG----CAC-GAGTTG-------TCCAG-AT-T--------------------TA-GGGAAAA
gi|81818                      :  AA-AAT--GAAT-TTGA------A-A-CAT---CAA-T--------T-A-A-C--TTA-------------TGCTGGC-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-ACCA-CACGT----AAGA---GT--T-AAGG---TCAGG-
gi|81819                      :    -AAT--GTAT-T-GA------A-A-TAT---AAAAT--A-AT-TT-GGG-C--TTG--TCC-T-TT--GTGCTGGG-GAATCCTACAA-GT-ATTTTTAAA-A----A--TGGT-G-AA-TGCGT----AAGAAGAGT--T-TAAA---TCTGG-A--AG-AA-GG-T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-TAG-TG-------TTTAA-A--TACCCGACATGGAGTCCCGAATA-GGGATAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTTT
gi|81820                      :                  A------A-A-CATTATAAA-T--A-TT-TT-GCG-C--TTG--CCC-T-TA--GTGCTGGG-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CACGTACGTAAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-C--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-------TCTAG-A--T--------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-T-ATCTTT
gi|81821                      :                  A------A-A-AAT---TAA-T--T-GT-TT-ACG-C--CTG--CCA-C-TA--GTGCTGGG-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-T--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAT-TG-------TCCAG-A-----------------------TA-GGGAAAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACA--C-CTCTTT
gi|81822                      :                              AT---AAA-T--A-TT-T--GCG-C--TTG--CTC-T-TA--GTGCTGGG-AAATCCCACAG-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CATGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-A--TG-AA-GG-C--CA--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-------TCCAG-A--T--------------------TA-GGG-AAATCAC-CG-CTTC-T-GT-----GC-AACAC-C-CTCTT
gi|81823                      :                                ---AAA-T--A-TT-TT-ACG-C--TTG--CC----TA--GTGCTGGG-AAA-CCCACAA-GT-ATTT----A-A----A--TGGC-A-CA-CACGT----AAGA---GT--T-AAAA---TTAGG-T--TG-AA-GG-T--CT--GT--TC-TACG--T-CAC-GAG-TG-------T-CAG-A--T--------------------TA-GGGA
gi|81824                      :                                                                                                                                                              -A--TG-AA-GG-TTTCA--GT--TC-TACGG-T-CAC-GAG-TG-------TCCAGAA--T--------------------TA-AGGGAAATCACTCG-CTTC-TCGTCGTGGGC--ACAC-CGCTCT