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lowQualScore                  :             2     88 0   555555555   99  111111  333333  777777777777777  0000 5555  4  00 2    333333 1   1    44444 33  2  2   9999999    22     00 444444 33     88 5 3333 5   77 55555  8 8  333333333 3 222      8888888888888888888888     7  11111111 11  2 2 33  222222  2  11 66 55   4  33   2   22   444          5  1    
consensus                     :         TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A-------CT----A----GT-CC--TGAGGA------C-TAG-TAAA-T---T-TAT-AT-AATT-A----ACTA--GTCCT--G-G--T-G-TTTAGTA-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------G-CCGA---AGGCAG-C---G--C-GC-------G--TCGCG-AA--------G--CG-A-C--GA----G-GG-GG--GA-G--AGT-GCG-GGA-GGG--GGC---TTGCCCCCTCCTG-CTGG
Reference ( gi|110924 )       :         TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A-------CT----A----GT-CC--TGAGGA------C-TAG-TAAA-T---T-TAT-AT-AATG-A----ACTA--GTCCT--G-G--T-G-TTTAGTA-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------G-CCAA---AGGCAG-C---G--C-GC-------G--TCGCG-AA--------G--CG-A-C--GA----G-GG-GG--GA-G--AGT-GCG-GGA-GGG--GGC---TTGCCCCCTCTTG-CTGG
gi|110921                     :         TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A-------CT----A----AT-CC--TGAGGA------C-TAG-TTAA-T---T--AT-AT-ACTT-A----AGTA--GTCCT--G-G--T-G-TTTGGTA-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------G-GCAA---AGGCAG-C---G--C-GCCGGCCGAA--TCGCG-AA--------G--CG-A-C--GA----G-GG-GG--GA-G--AGT-GCG-GGA-GGG--GGC---TTGCCCCCTCCTG-CTGG
gi|110927                     :         TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT------A-------AT-------A-------CT----A----GT-CC--TCAGGA------C-TAG-TAAA-T---TATAT-AT-CATG-A----ACTA--GTCCT--G-A--T-GTTTTAG-A-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------G-CCGA---AGGCAGCC---G--C-GA-------G--TCGTGAAA--------G--CG-A-C--GA------GG-GC--GA-G--AGT-GCG-GGA-GGG--GGC---TTGCCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110926                     :         TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A-------CT----A----GT-CC--TGAGGA------C-TAG-TAAA-----T-TAT-AT-AATT-A----ACTA--GTCCT--G-G--T-G-TTTGGTA-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------G-CC-A---AGGCAGCC---GGCC-GA-------G--TCGCG-AA--------G--CG-A-C--GA----G-GG-GG--GA-T--AGT-GCG-GGA-GGtggg
gi|110922                     :         TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A-------CT----A----AT-CC--TG-GGA------C-TAG-TTAA-T---T--AT-AT-ACTT-A----A-TAT-GTCCT--G-G--T-G-TTTGGTA-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------G-GCAA---AGGCAG-CCG-G--C--C-------GAATCGCG-AA--------G--CG-A-C--GA----G-GG-GG--G--G--AGT-GCG-GGA-GGG--GGC---TTGCCCCCTCCTG-CTGG
gi|110928                     :         TGTT-TGAC---C-TAA-G-------ATT--TT------A-------AT-------A-------CT----A----GT-CC--TCAGGA------C-TAG-TAAA-T---T-TAT-AT-CATGAA----ACTA--GT-CT--G-A--T-GTTTTAG-A-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------GCCCGA---AGGCAGCC---G--C-GA-------G--TCGTGAAA--------G--CG-A-C--GA-------G-GG--GA-G--AGTGGCG-GGA-GGG--GG----TTGCCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110923                     :         TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT--TT----T-AC------AC-------T-------CT----A----ATTCC--TGAGGA------C-TAG-TTAA-T---T-AAT-A--ACTT-A----AGTA--GTCCT--G-G--T-G-TTTTGTA-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------G-GCAA---AGGCAG-CCG-G--C--C-------GAATCGCG-AA--------G--CG-A-C--GA---------GG--GA-G--AGTCGC--GGA-GGG--GGC---TTGCCCCCTCCTG-CTGGtg
gi|110925                     :         TGTT-TGACA--C-TAA-GTAGTAAGATT--TT----C-ACT-----ATTATAAATA-------CT----A----GT-CC--TCGGGA------C-TAGGTAAA-T---T--AT-AT---T--A----AC-A--GTCCC--T-G--T-GGTTTGATA-A------T-AGT--CGC---CG-G-CTT-----G-CCGA---AGGCAG-CCTGG--C-G--------G--TCGCG-AA--------G--CG-A-C--GA----G-GG-GG--GAAG--AGT-GCG-GGA-GGG--GCT---TTGTCCCCTCCTG-CAGGtggg
gi|110929                     :         TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A-------CT----A----GT-CC--TCAGGA------C-TAG-TGAA-----T-TAT-AT-AATT-G----ACTA--GTCCT--G-G--T-G-TTTGATA-A-A----T-AGT--C-----CG-G-CT------G-ACGA---GGGtggg
gi|110930                     :         TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A-------CT----A----GT-CC--TTAGGA------C-TAG-TAAA-----T-TAT-AT-AATT-A----ACTA--GTCCT--A-G--T-G-TTTGATATATA----T-AGT--C-----CG-G-Cggcctgctg
gi|110935                     :         TGAT-CGACA--C-TAA-T-------TTT--TT----C-ACC-----AC-------A-------TT----A----GT-CC--AAAGGA------C-CAG-TAGA-T---TCTGT-A--AAT--A----ACTA--GTCCT--GTG--A-G-GTCAGTA-G-C----T-AGT--C-----CG-G-CT--------CCAAC--AGTCGG-C---C--C-A--------A--TCGCA-AA--------G--CA-T-T--GA----G-GG-GGTTGG-GGCAGT-GCA-GAA-TGG--G
gi|110934                     :         TGTT-CGACA--C-TAA-C-------TTT--TT----C-ACC-----AT-------T-------GT----A----GC-CC--TAATGA------C-AAG-TAGA-T---T-C-T-GC-AATT-T----AGTA--GTCCT--G-C--TAG-GTCAGTA-G-C----T-AGT--C-----CA-A-CT------G-ACGA---AGGCAG-TCG-G--C-TC-------AT-TTGTA-AA--------G--CA-A-T--AA----G-GG-GG--GT-G--GGT---G-GGA-TAG--GGC---TT
gi|110931                     :         TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A-------CT----A----GT-CC--CCAGGA------C-TAG-TAAA-----T-TAT-AT-AA
gi|110932                     :         TGTTGTGAC---C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------A--------T----A----GT-CC--C--AGA------C-TAG-TAAA-T---TATAT-AT-AAGGCA----GCTG--G--CC--G-------------------------AGT--C-----C-----------------------GCAG-C-----------------------CG-AT--------G---G-G-C--GG----G-GG-GG--GG-G--GG----G-GGG-GGG--GGC---TTGCCCCCTC-TG-CTaggcagctggccgagtcccgcagcgatgggggggggggggcttgccccctcttgcttggggg
gi|110933                     :         TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT-----AT-------C-------AT----A----GC-CC--ACAGGA------C-TAG-TAAA-T---A-TAT-AT-AAtggg
gi|110936                     :         TGTT-TGACAAACGTAATA-------ATTG-TT----T-AGTCATAAAT-------AA------CT----AA---GT-CC--TGAAGAAAAGACC-TAG-TAAAAT---T-TAT-ATTAATATA----ACTAAAGTCCT--G-G--T-G-TTTGGTA-A-A----A-AACAAC-----GG-G-CTTGCACGA-CCAA---AGGCAggcagctggccgagtcacggccagcgagtgggggggggggggcttgccccctctgcttggg
gi|110937                     :          GTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT--TT----T-ACT----------------------------------------TGAGGA------C-TAG-TAAA-T---T--AT-AT-AATT-A----ACTA--GTCCT--G-G--T-G-TTTGGTA-A-A----T-AGT--C-----TG-G-CT------G-CCTT---TGGCAG-C------C-GCCAGA---G--TCGCG-AA--------G--TG-A-C--AA----A-GG-GG--GA-G--AGT-GCA-GGAGGGG--GGC---TTGCCCCCTCCTG-CTGGttggcattatatgagcagccaggccacaccgagtcgcagaccgcgacggaccaggaaggggaagagtgcaaagggatgaggcaaggtcctagacaaccctctcctgctccggcggg
gi|110938                     :           TT-TCACA--C-TTA-A-------CTT--TT----TCACC-----AT-------AGTAGG--CTTAGTA----GC-CCAATAAAGA------T-TAG-TAGC-TAGAT-TCT-GT-AATT-A----ACTA--GTCCT--G---------CTAG-----G----T-AGT--C-----TA-G-CT------G-ACAG---AAGCAG-T---A--A-GCCCA----G--ATGGA-AA--------G--TG-A-CATGG----G-GGTGG--GG-GT-AGT-GTG-GGT-TAG--GGC---TTtggg
gi|110939                     :            T-TGACA--C-TAA-G-------AAT--AT----T-ACTTT---AT-------A-------CT----A-----T-CC--TAAGGA------C-TA--TAAA-T---T--AT-AT-AATT-A----ACTA--GTCCT--G-G--T-G-TTTGGTA-A-A----T-AGTG-C-----CG-GCCT------G-CCAAAGCAGGCGG-C------C-G--------G--TCGCG-AA--------GCCCGTA-C--GAAGGCG-GG-GT--GA-G--AGT-GC--GGA-GGG--GGC---TTG-CCCCTCCTG-CTGG
gi|110940                     :               GACA--C-CAATG-------ATT--TTGCCCC-ACT-----AT-------A-------CC----ACAGAGC-TT--TGA--A------A-TAT-TCAA-T---T-C-T-AT-------------TA--GTCCT--G-T--TTG-TCTA--A-A-G----C-AGC--CTT---CG-G-CT------A-TT------GGTAG-A---G----------------TCGCG-AC--------G--CT-A-C--GT----G-GG-GG--AA-G--A-T-GCT-GGA-GGGGAGGC---ATTCACCCTTCTG-ATGGt
gi|110930                     :                ACA--C-TAG-G-------ACTAGTT----A-ATT-----AT-------ATAATTTACT----A----GT-CC--TAAGGA------C-TAG-TAggg
gi|110937                     : tgtttgacactaagatttttactaA-G-------ACTA-TT----T-ACC-----AA-------A-------C-----A-------CC----AGGA------C-TAG-TTAA-T---T--AT-AT-AATT-T----ACTA--GTCCT--ttgatatatatagtccggc
gi|110941                     :            gtttgacactaagatttttacttgTT--TT----C-ACC-----AT-------A-------GT----A----GT-CC--AAAGGA------C-TAG-TAAA-T---C-T-T-GT-AATT-A----ACTA--GTCCT--G-ggctgcctttggcagccgccagagtcgcgaagtgacaaagggggagagtgcaggaggggggcttgccccctcctgctggtggg
gi|110925                     :                                  aact--TT----T-AC-----------------------CT----A----GT-CC--CGAGGA------C-TAG-T--A-T---T-TATAAT-AGTG-A----A--A--ATCTT--A-C--T-A-CTTAGT
gi|110927                     :                                                 tgtttgacT-------A-------CT----A----GT-CC--TGAGGA------C-TAG-TAttatattaacagtccctgtggtttgataatagtcgccggcttgccgaaggcagcctggcggtcgcgaagcgacgaggggggaagagtgcgggaggggctttgtcccctcctgcaggtggg
gi|110926                     :                                    tgtttgacactaagattttaaT-------A-------CT----A----GT-CC--TCAGGA------C-TAG-TAaattatatatcatgaactagtcctgatgttttagaaatagtccggctgccgaaggcagccgcgagtcgtgaaagcgacgagggcgagagtgcgggagggggcttgccccctcctgctggtggg
gi|110928                     :                                 tgtttgacactaagatttttactaT-------A-------CT----A----GT-CC--TGAGGA------C-TAG-TAaattatataattaactagtcctggtgtttggtaaatagtccggctgccaaggcagccggccgagtcgcgaagcgacgaggggggatagtgcgggagg
gi|110931                     :                                     tgtttgacctaagattttaaT-------A-------CT----A----GT-CC--TGGGGA------C-TAG-TAaatttatatcatgaaactagtctgatgttttagaaatagtccggctgcccgaaggcagccgcgagtcgtgaaagcgacgaggggagagtggcgggagggggttgccccctcctgctggtg
gi|110929                     :                                  tgtttgacactaagatttttacta-------A-------CT----A----GT-CC--TGAGGA------C-TAG-TAaattatataaaggcagctggccgagtcccgcagcgatgggggggggggggcttgccccctcttgcttggggg
gi|110921                     :                                                                     tgtttgacactaagatttttactaAGGA------C-TAC-TTAA-G---T--AT-AT-AATT-A----ACTA--GTCCT--C-A--G-G-ATTAGT----A----T-AGT--gaattatataattgactagtcctggtgtttgataaatagtccggctgacgagggggcctgctg
gi|110926                     :                                                                         tgtttgacacaaacatttttAGGA------C-TAG-TTAA-T---T--AT-AT-AATT-T----ACTA--GTCCTCAG-GACTAG-TATAGTA-A-A------AAT--C-----TT-A-GT------G-TCAA---Aggtgtttggtaaatagtccggctggcaaaggcagcgcgccggccgaatcgcgaagcgacgaggggggagagtgcgggagggggcttgccccctcctgctggtggg
gi|110922                     :                                                                                           tgAGGA------CATAT-TAAG-T------AT-AT-AATT-A----ACTA--GTCCC--A-G----G-ATTAGT----A----T-AGT--ggtgtttggtaaatagtccggctgccaaggcagccggccgagtcgcgaagcgacgaggggggatagtgcgggagg
gi|110923                     :                                                                         tgtttgacacaaacatttttAGGA------C-TAC-TTAA-G---T-TAT--T-AATT-A----ACTA--GTCCT--ggtgtttggtaaatagtccggctggcaaaggcagccggccgaatcgcgaagcgacgagggggggagtgcgggagggggcttgccccctcctgctggtggg
gi|110929                     :                                                          tgtttgacacaaacatttttacactctaattcctgAGGA------C-TAG-TCAA-T---T--AT-AT-AATT-C----ACTA--GTCCT--G-A--G-G-ACTAGT----A----T-AGT--ggtgttttgtaaatagtccggctggcaaaggcagccggccgaatcgcgaagcgacgagggagagtcgcggagggggcttgccccctcctgctggtggg
gi|110930                     :                                                                         tgtttgacactaagatttttAGGA------C-TAG-TTAA-T---T--AT-AT-AATT-T----ACTA--GTCCTAAG-GACTAG-TATAGTA-A-A------AAT--C-----TT-A-GT------G-TCAA---Aggtgtttgataaatagtccggctgacgagggggcctgctg
gi|110931                     :                                                                                              tgA------C-TA---AGA-T---T-TTT-AC-TAT-------ACTA--GTCCC--C-A--G-G-ACTAGTA-A-A----T-TAT--A-----T----------------AA---AGGCAG-CTG-G--CCGA-------G--TCCCG-CA--------G--CG-A-T--GG----G-GG-GG--G-----------------GGG--GGC---TTGCCCCCTCTTG-CTagtgtttgatatatatagtccggc
gi|110942                     :                                                                                                      tgtttgacAAA-T---T-TAA-AT-AATT-ACCCCGCTA--GTCCTT-G-G--T-G-TT--ATA-A-A----TTAGT--CAGTGTCGTG-CA------G-AAAA---AGGCAG-C---C--A-GCCATA---A--TCGCG-AAACGCCACAG--CG-AGC--GA----G-GG-GA--GA-G--A-T-GCGCAGA-TGG--GGCATTTTG-CCCCTCCCGCCTGGtggggg
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gi|110943                     :                                                                                                      tgtttgacactaagatttttT-GT-AATT-A----ACTA--GTCCT--G-C--TAG-GTCAGTC-A-GTTGCT-AAT--C-----TG-G-CT------A-CAGG---AGACAGTT---GGTC-GC-------G--TCGCA-AA--------G--TG-A-CA-GA----GCGT-GG--AA-GC-AGT-GTG-GGA-TGG--TGC---TCTCCCCggcagctggccgagtcccgcagcgatgggggggggggggcttgccccctcttgcttggggg
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Alignments
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Reference ( family-745 )      :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-G-T-G-TTTAGT---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCG--------A---AGGC--------------AG-C---G--C---G--C--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
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gi|110923                     :                                                       TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT-TT----T-AC------AC-------T-----CT----A-ATTCC--TGAGGA------CTAG-TTAA-T---T-AATA--ACT-T-A----AGTA--GTCC-TG-G-T-G-TTTTGT---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-GCA--------A---AGGC--------------AG-C------C---GGCC--------GAATCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A---------GG--GA-G--AGT--C---GCGGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110924                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-G-A----ACTA--GTCC-TG-G-T-G-TTTAGT---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCA--------A---AGGC--------------AG-C---G--C---G--C--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCTTG-CTGGtggg
gi|110925                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-GTAGTAAGATT-TT----C-ACT-----ATTATAAATA-----CT----A-GT-CC--TCGGGA------CTAGGTAAA-T---T----AT-A-T-T-A----AC-A--GTCC-CT-G-T-GGTTTGAT---A-A------TAGT-CGCCGG-CTT-----G-CCG--------A---AGGC--------------AG-CCTGG--C---G-----------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GAAG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GC-------T---TTG----TCCCCTCCTG-CAGG
gi|110926                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-G-T-G-TTTGGT---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CC---------A---AGGC--------------AGCC---GGCC---G--A--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-T--AGT-GC---G-GGA-GGtggg
gi|110927                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT------A-------AT-------A-----CT----A-GT-CC--TCAGGA------CTAG-TAAA-T---TATATAT-CAT-G-A----ACTA--GTCC-TG-A-T-GTTTTAG----A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCG--------A---AGGC--------------AGCC---G--C---G--A--------G--TCGTGAA--------A--G--CG-A-C--G-------A------GG-GC--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
gi|110928                     :                                                       TGTT-TGAC---C-TAA-G-------ATT-TT------A-------AT-------A-----CT----A-GT-CC--TCAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-CAT-GAA----ACTA--GT-C-TG-A-T-GTTTTAG----A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------GCCCG--------A---AGGC--------------AGCC---G--C---G--A--------G--TCGTGAA--------A--G--CG-A-C--G-------A-------G-GG--GA-G--AGTGGC---G-GGA-GGG--GG-----------TTG----CCCCCTCCTG-CTGGtggg
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gi|110930                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TTAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TA-G-T-G-TTTGAT---ATATA----TAGT-C--CGG-Cggcctgctg
gi|110931                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--CCAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AA
gi|110931                     :                                                                                                                                        A------CTA---AGA-T---T-TTTAC-TAT--------ACTA--GTCC-CC-A-G-G-ACTAGT---A-A-A----TTAT-A--TA-----------------------A---AGGC--------------AG-CTG-G--CC--G--A--------G--TCCCG-C--------A--G--CG-A-T--G-------G----G-GG-GG--G--------------------GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCTTG-CTaggcagctggccgagtcccgcagcgatgggggggggggggcttgccccctcttgcttggggg
gi|110932                     :                                               tgtttgacTGTTGTGAC---C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A------T----A-GT-CC--C--AGA------CTAG-TAAA-T---TATATAT-AA----G----GC-A--G--C-TG-GCC-G--------------------AGT-C--C-G-CA------G-CCG--------A---TGG----------------------------------------------GCG-G--------G--G----------G-------G----G-GG-GG--G--------------G-GGG-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCT-CTG-CTtggggg
gi|110933                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------C-----AT----A-GC-CC--ACAGGA------CTAG-TAAA-T---A-TATAT-AAtggg
gi|110933                     :                                                                                                                                                                                                                                               --------A---AGGC--------------AG-CTG-G--CC--G--A--------G--TCACG-------------G--CC-AGC--G-------A----G-TG-GG--G--------------G-GGG-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCT-CTG-CTggcagctggccgagtcacggccagcgagtgggggggggggggcttgccccctctgcttggg
gi|110934                     : tgtttgacactaagatttttactatcatagcccacaggactagtaaatatatatTGTT-CGACA--C-TAA-C-------TTT-TT----C-ACC-----AT-------T-----GT----A-GC-CC--TAATGA------CAAG-TAGA-T---T-C-TGC-AAT-T-T----AGTA--GTCC-TG-C-TAG-GTCAGT---A-G-C----TAGT-C--CAA-CT------G-ACG--------A---AGGC--------------AG-TCG-G--C---T--C--------AT-TTGTA-A--------A--G--CA-A-T--A-------A----G-GG-GG--GT-G--GGT------G-GGA-TAG--GG-------C---TTtggg
gi|110935                     :                                                       TGAT-CGACA--C-TAA-T-------TTT-TT----C-ACC-----AC-------A-----TT----A-GT-CC--AAAGGA------CCAG-TAGA-T---T-C-TGT-AAA-T-A----ACTA--GTCC-TGTG-A-G-GTCAGT---A-G-C----TAGT-C--CGG-CT--------CCA--------AC--AGTC--------------GG-C---C--C---A-----------A--TCGCA-A--------A--G--CA-T-T--G-------A----G-GG-GGTTGG-GGCAGT-GC---A-GAA-TGG--G
gi|110936                     :                                                       TGTT-TGACAAACGTAATA-------ATTGTT----T-AGTCATAAAT-------AA----CT----AAGT-CC--TGAAGAAAAGACCTAG-TAAAAT---T-TATATTAATAT-A----ACTAAAGTCC-TG-G-T-G-TTTGGTAAAA-A-A----CAA--C--GGG-CTTGCACGA-CCA--------A---AGGCATTGGCATTATATGAG-CA--G--CCAGG--CCACACCGAG--TCGCA-G--------ACCG--CG-A-C--GGACCAGGA----A-GG-GG--AA-G--AGT-GCAAAG-GGA-TGA--GGCAAGGTCC---TAGACAACCCTCTCCTG-CT
gi|110937                     :                                                        GTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----------------------------------TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T--ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-G-T-G-TTTGGT---A-A-A----TAGT-C--TGG-CT------G-CCT--------T---TGGC--------------AG-C------C---G--CCAGA----G--TCGCG-A--------A--G--TG-A-C--A-------A----A-GG-GG--GA-G--AGT-GC---A-GGAGGGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGccggcggg
gi|110938                     :                                                         TT-TCACA--C-TTA-A-------CTT-TT----TCACC-----AT-------AGTAGGCTTAGTA-GC-CCAATAAAGA------TTAG-TAGC-TAGAT-TCTGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG--------CTAG--------G----TAGT-C--TAG-CT------G-ACA--------G---AAGC--------------AG-T---A--A---G--CCCA-----G--ATGGA-A--------A--G--TG-A-CATG-------G----G-GGTGG--GG-GT-AGT-GT---G-GGT-TAG--GG-------C---TTtggg
gi|110939                     :                                                          T-TGACA--C-TAA-G-------AAT-AT----T-ACTTT---AT-------A-----CT----A--T-CC--TAAGGA------CTA--TAAA-T---T--ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-G-T-G-TTTGGT---A-A-A----TAGTGC--CGGCCT------G-CCA--------AAGCAGGC--------------GG-C------C---G-----------G--TCGCG-A--------A--GCCCGTA-C--G-------AAGGCG-GG-GT--GA-G--AGT-GC-----GGA-GGG--GG-------C---TTG-----CCCCTCCTG-CTGG
gi|110940                     :                                                             GACA--C-CAATG-------ATT-TTGCCCC-ACT-----AT-------A-----CC----A-----C--AGAG--------CTTT-GAAA-T------ATTC-AAT-T-CT---ATTA--GTCC-TG-T-TTG-TCTA-----A-A-G----CAGC-CTTCGG-CT------A-TTG--------------GT--------------AG-A---G---------------------TCGCG-A--------C--G--CT-A-C--G-------T----G-GG-GG--AA-G--A-T-GC---T-GGA-GGGGAGG-------C---ATT----CACCCTTCTG-ATGGt
gi|110941                     :                                                                                  TT-TT----C-ACC-----AT-------A-----GT----A-GT-CC--AAAGGA------CTAG-TAAA-T---C-T-TGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-ggg
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Reference ( family-745 )      :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCG--------A---AGGC--------------AG-C---G--C---G--C--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
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gi|110925                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-GTAGTAAGATT-TT----C-ACT-----ATTATAAATA-----CT----A-GT-CC--TCGGGA------CTAGGTAAA-T---T----AT-A-T-T-A----AC-A--GTCC-CT-GT-GGTTTGA-T---A-A------TAGT-CGCCGG-CTT-----G-CCG--------A---AGGC--------------AG-CCTGG--C---G-----------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GAAG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GC-------T---TTG----TCCCCTCCTG-CAGG
gi|110926                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CC---------A---AGGC--------------AGCC---GGCC---G--A--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-T--AGT-GC---G-GGA-GGtggg
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gi|110931                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--CCAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AA
gi|110931                     :                                                                                                                                                                                                                                               --------A---AGGC--------------AG-CTG-G--CC--G--A--------G--TCCCG-C--------A--G--CG-A-T--G-------G----G-GG-GG--G--------------------GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCTTG-CTaggcagctggccgagtcccgcagcgatgggggggggggggcttgccccctcttgcttggggg
gi|110932                     : tgtttgacactaagatttttactatactagtccccaggactagtaaattatataTGTTGTGAC---C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A------T----A-GT-CC--C--AGA------CTAG-TAAA-T---TATATAT-AA----G----GC-A--G--C-TG-G-----CCG----------------AGT-C--C-G-CA------G-CCG--------A---TGG----------------------------------------------GCG-G--------G--G----------G-------G----G-GG-GG--G--------------G-GGG-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCT-CTG-CTtggggg
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gi|110933                     :                                                                                                                                                                                                                                               --------A---AGGC--------------AG-CTG-G--CC--G--A--------G--TCACG-------------G--CC-AGC--G-------A----G-TG-GG--G--------------G-GGG-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCT-CTG-CTggcagctggccgagtcacggccagcgagtgggggggggggggcttgccccctctgcttggg
gi|110934                     : tgtttgacactaagatttttactatcatagcccacaggactagtaaatatatatTGTT-CGACA--C-TAA-C-------TTT-TT----C-ACC-----AT-------T-----GT----A-GC-CC--TAATGA------CAAG-TAGA-T---T-C-TGC-AAT-T-T----AGTA--GTCC-TG-CTAG-GTCAG-T---A-G-C----TAGT-C--CAA-CT------G-ACG--------A---AGGC--------------AG-TCG-G--C---T--C--------AT-TTGTA-A--------A--G--CA-A-T--A-------A----G-GG-GG--GT-G--GGT------G-GGA-TAG--GG-------C---TTtggg
gi|110935                     :                                                       TGAT-CGACA--C-TAA-T-------TTT-TT----C-ACC-----AC-------A-----TT----A-GT-CC--AAAGGA------CCAG-TAGA-T---T-C-TGT-AAA-T-A----ACTA--GTCC-TGTGA-G-GTCAG-T---A-G-C----TAGT-C--CGG-CT--------CCA--------AC--AGTC--------------GG-C---C--C---A-----------A--TCGCA-A--------A--G--CA-T-T--G-------A----G-GG-GGTTGG-GGCAGT-GC---A-GAA-TGG--G
gi|110936                     :                                                       TGTT-TGACAAACGTAATA-------ATTGTT----T-AGTCATAAAT-------AA----CT----AAGT-CC--TGAAGAAAAGACCTAG-TAAAAT---T-TATATTAATAT-A----ACTAAAGTCC-TG-GT-G-TTTGG-TAAAA-A-A----CAA--C--GGG-CTTGCACGA-CCA--------A---AGGCATTGGCATTATATGAG-CA--G--CCAGG--CCACACCGAG--TCGCA-G--------ACCG--CG-A-C--GGACCAGGA----A-GG-GG--AA-G--AGT-GCAAAG-GGA-TGA--GGCAAGGTCC---TAGACAACCCTCTCCTG-CT
gi|110937                     :                                                        GTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----------------------------------TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T--ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--TGG-CT------G-CCT--------T---TGGC--------------AG-C------C---G--CCAGA----G--TCGCG-A--------A--G--TG-A-C--A-------A----A-GG-GG--GA-G--AGT-GC---A-GGAGGGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGccggcggg
gi|110938                     :                                                         TT-TCACA--C-TTA-A-------CTT-TT----TCACC-----AT-------AGTAGGCTTAGTA-GC-CCAATAAAGA------TTAG-TAGC-TAGAT-TCTGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-----------TGC-T---A-G-G----TAGT-C--TAG-CT------G-ACA--------G---AAGC--------------AG-T---A--A---G--CCCA-----G--ATGGA-A--------A--G--TG-A-CATG-------G----G-GGTGG--GG-GT-AGT-GT---G-GGT-TAG--GG-------C---TTtggg
gi|110939                     :                                                          T-TGACA--C-TAA-G-------AAT-AT----T-ACTTT---AT-------A-----CT----A--T-CC--TAAGGA------CTA--TAAA-T---T--ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGTGC--CGGCCT------G-CCA--------AAGCAGGC--------------GG-C------C---G-----------G--TCGCG-A--------A--GCCCGTA-C--G-------AAGGCG-GG-GT--GA-G--AGT-GC-----GGA-GGG--GG-------C---TTG-----CCCCTCCTG-CTGG
gi|110940                     :                                                             GACA--C-CAATG-------ATT-TTGCCCC-ACT-----AT-------A-----CC----A-----C--AGAG--------CTTT-GAAA-T------ATTC-AAT-T-CT---ATTA--GTCC-TG------TTTGTCT---A-A-AG---CAGC-CTTCGG-CT------A-TTG--------------GT--------------AG-A---G---------------------TCGCG-A--------C--G--CT-A-C--G-------T----G-GG-GG--AA-G--A-T-GC---T-GGA-GGGGAGG-------C---ATT----CACCCTTCTG-ATGGt
gi|110941                     :                                                                                  TT-TT----C-ACC-----AT-------A-----GT----A-GT-CC--AAAGGA------CTAG-TAAA-T---C-T-TGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-ggg
gi|110942                     :                                                                                                                                                 aactAAA-T---T-TAAAT-AAT-T-ACCCCGCTA--GTCCTTG-GT-G-TT--A-T---A-A-AT---TAGT-C--AG---T------G-TCGTGCAGAAAA---AGGC--------------AG-C---C--A---G--CCATA----A--TCGCG-AAACGCCACA--G--CG-AGC--G-------A----G-GG-GA--GA-G--A-T-GC---GCAGA-TGG--GG-------CATTTTG-----CCCCTCCCGCCTGG
gi|110943                     :                                                                                                                                                actagtaatcatcctgaTGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-CTAG-GTCAG-T---C-A-GTTGCTAAT-C--TGG-CT------A-CAG--------G---AGAC--------------AGTT---GGTC---G--C--------G--TCGCA-A--------A--G--TG-A-CA-G-------A----GCGT-GG--AA-GC-AGT-GT---G-GGA-TGG--TG-------C---TCT----CCCCtg
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Reference ( family-745 )      :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCG--------A---AGGC--------------AG-C---G--C---G--C--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
gi|110921                     :                                                       TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-AT-CC--TGAGGA------CTAG-TTAA-T---T--ATAT-ACT-T-A----AGTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-GCA--------A---AGGC--------------AG-C---G--C---G--CCGGCCGA-A--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
gi|110922                     :                                                       TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-AT-CC--TG-GGA------CTAG-TTAA-T---T--ATAT-ACT-T-A----A-TAT-GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-GCA--------A---AGGC--------------AG-C------C---GGCC--------GAATCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--G--G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110923                     :                                                       TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT-TT----T-AC------AC-------T-----CT----A-ATTCC--TGAGGA------CTAG-TTAA-T---T-AATA--ACT-T-A----AGTA--GTCC-TG-GT-G-TTTTG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-GCA--------A---AGGC--------------AG-C------C---GGCC--------GAATCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A---------GG--GA-G--AGT--C---GCGGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110924                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-G-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTAG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCA--------A---AGGC--------------AG-C---G--C---G--C--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCTTG-CTGGtggg
gi|110925                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-GTAGTAAGATT-TT----C-ACT-----ATTATAAATA-----CT----A-GT-CC--TCGGGA------CTAGGTAAA-T---T----AT-A-T-T-A----AC-A--GTCC-CT-GT-GGTTTGA-T---A-A------TAGT-CGCCGG-CTT-----G-CCG--------A---AGGC--------------AG-CCTGG--C---G-----------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GAAG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GC-------T---TTG----TCCCCTCCTG-CAGG
gi|110926                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CC---------A---AGGC--------------AGCC---GGCC---G--A--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-T--AGT-GC---G-GGA-GGtggg
gi|110927                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT------A-------AT-------A-----CT----A-GT-CC--TCAGGA------CTAG-TAAA-T---TATATAT-CAT-G-A----ACTA--GTCC-TG-AT-G-TTTTA-G---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCG--------A---AGGC--------------AGCC---G--C---G--A--------G--TCGTGAA--------A--G--CG-A-C--G-------A------GG-GC--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
gi|110928                     :                                                       TGTT-TGAC---C-TAA-G-------ATT-TT------A-------AT-------A-----CT----A-GT-CC--TCAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-CAT-GAA----ACTA--GT-C-TG-AT-G-TTTTA-G---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------GCCCG--------A---AGGC--------------AGCC---G--C---G--A--------G--TCGTGAA--------A--G--CG-A-C--G-------A-------G-GG--GA-G--AGTGGC---G-GGA-GGG--GG-----------TTG----CCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110929                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TCAGGA------CTAG-TGAA-----T-TATAT-AAT-T-G----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGA-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-ACG--------A---GGGtg
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gi|110931                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--CCAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AA
gi|110931                     :                                                                                                                                                                                                                                               --------A---AGGC--------------AG-CTG-G--CC--G--A--------G--TCCCG-C--------A--G--CG-A-T--G-------G----G-GG-GG--G--------------------GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCTTG-CTaggcagctggccgagtcccgcagcgatgggggggggggggcttgccccctcttgcttggggg
gi|110932                     : tgtttgacactaagatttttactatactagtccccaggactagtaaattatataTGTTGTGAC---C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A------T----A-GT-CC--C--AGA------CTAG-TAAA-T---TATATAT-AA----G----GC-A--G--C-TG-G-----CCG----------------AGT-C--C-G-CA------G-CCG--------A---TGG----------------------------------------------GCG-G--------G--G----------G-------G----G-GG-GG--G--------------G-GGG-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCT-CTG-CTtggggg
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gi|110934                     : tgtttgacactaagatttttactatcatagcccacaggactagtaaatatatatTGTT-CGACA--C-TAA-C-------TTT-TT----C-ACC-----AT-------T-----GT----A-GC-CC--TAATGA------CAAG-TAGA-T---T-C-TGC-AAT-T-T----AGTA--GTCC-TG-CTAG-GTCAG-T---A-G-C----TAGT-C--CAA-CT------G-ACG--------A---AGGC--------------AG-TCG-G--C---T--C--------AT-TTGTA-A--------A--G--CA-A-T--A-------A----G-GG-GG--GT-G--GGT------G-GGA-TAG--GG-------C---TTtggg
gi|110935                     :                                                       TGAT-CGACA--C-TAA-T-------TTT-TT----C-ACC-----AC-------A-----TT----A-GT-CC--AAAGGA------CCAG-TAGA-T---T-C-TGT-AAA-T-A----ACTA--GTCC-TGTGA-G-GTCAG-T---A-G-C----TAGT-C--CGG-CT--------CCA--------AC--AGTC--------------GG-C---C--C---A-----------A--TCGCA-A--------A--G--CA-T-T--G-------A----G-GG-GGTTGG-GGCAGT-GC---A-GAA-TGG--G
gi|110936                     :                                                       TGTT-TGACAAACGTAATA-------ATTGTT----T-AGTCATAAAT-------AA----CT----AAGT-CC--TGAAGAAAAGACCTAG-TAAAAT---T-TATATTAATAT-A----ACTAAAGTCC-TG-GT-G-TTTGG-TAAAA-A-A----CAA--C--GGG-CTTGCACGA-CCA--------A---AGGCATTGGCATTATATGAG-CA--G--CCAGG--CCACACCGAG--TCGCA-G--------ACCG--CG-A-C--GGACCAGGA----A-GG-GG--AA-G--AGT-GCAAAG-GGA-TGA--GGCAAGGTCC---TAGACAACCCTCTCCTG-CT
gi|110937                     :                                                        GTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----------------------------------TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T--ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--TGG-CT------G-CCT--------T---TGGC--------------AG-C------C---G--CCAGA----G--TCGCG-A--------A--G--TG-A-C--A-------A----A-GG-GG--GA-G--AGT-GC---A-GGAGGGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGccggcggg
gi|110938                     :                                                         TT-TCACA--C-TTA-A-------CTT-TT----TCACC-----AT-------AGTAGGCTTAGTA-GC-CCAATAAAGA------TTAG-TAGC-TAGAT-TCTGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-----------TGC-T---A-G-G----TAGT-C--TAG-CT------G-ACA--------G---AAGC--------------AG-T---A--A---G--CCCA-----G--ATGGA-A--------A--G--TG-A-CATG-------G----G-GGTGG--GG-GT-AGT-GT---G-GGT-TAG--GG-------C---TTtggg
gi|110939                     :                                                          T-TGACA--C-TAA-G-------AAT-AT----T-ACTTT---AT-------A-----CT----A--T-CC--TAAGGA------CTA--TAAA-T---T--ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGTGC--CGGCCT------G-CCA--------AAGCAGGC--------------GG-C------C---G-----------G--TCGCG-A--------A--GCCCGTA-C--G-------AAGGCG-GG-GT--GA-G--AGT-GC-----GGA-GGG--GG-------C---TTG-----CCCCTCCTG-CTGG
gi|110940                     :                                                             GACA--C-CAATG-------ATT-TTGCCCC-ACT-----AT-------A-----CC----A-----C--AGAG--------CTTT-GAAA-T------ATTC-AAT-T-CT---ATTA--GTCC-TG------TTTGTCT---A-A-AG---CAGC-CTTCGG-CT------A-TTG--------------GT--------------AG-A---G---------------------TCGCG-A--------C--G--CT-A-C--G-------T----G-GG-GG--AA-G--A-T-GC---T-GGA-GGGGAGG-------C---ATT----CACCCTTCTG-ATGGt
gi|110941                     :                                                                                  TT-TT----C-ACC-----AT-------A-----GT----A-GT-CC--AAAGGA------CTAG-TAAA-T---C-T-TGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-ggg
gi|110942                     :                                                                                                                                                 aactAAA-T---T-TAAAT-AAT-T-ACCCCGCTA--GTCCTTG-GT-G-TT--A-T---A-A-AT---TAGT-C--AG---T------G-TCGTGCAGAAAA---AGGC--------------AG-C---C--A---G--CCATA----A--TCGCG-AAACGCCACA--G--CG-AGC--G-------A----G-GG-GA--GA-G--A-T-GC---GCAGA-TGG--GG-------CATTTTG-----CCCCTCCCGCCTGG
gi|110943                     :                                                                                                                                                actagtaatcatcctgaTGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-CTAG-GTCAG-T---C-A-GTTGCTAAT-C--TGG-CT------A-CAG--------G---AGAC--------------AGTT---GGTC---G--C--------G--TCGCA-A--------A--G--TG-A-CA-G-------A----GCGT-GG--AA-GC-AGT-GT---G-GGA-TGG--TG-------C---TCT----CCCCtg
gi|110944                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TAG----CCCCCTCCTG-CTGG


blockSeqs                     :                                                           G     AA G   GTAGTAAG    G  GCCCC    CATAA  TATAAATA       TAGT A  T  AA G    AAAGAC    G    TAGA  AT    T   A A CCCC    AA    T  T  A G     C AAA T GTTGC     G GC   C  TGCACG C  GTGCAGAAAA       ATTGGCATTATATG  CAGCCAGGCCACACCGAG              AAACGCCAC  CC CC  T G AT GACCAGG AGGCG   T  TT AA GC   G  AAA C   G   GA  CAAGGTC ATT   ACAA          C
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   TA          .  TC       TT     AGTAGG         .    .  .  .  G    .         .    AT    AT    .   . . T       T     .  .  A .     . .   . TA        . TT   .  T      .  AAAGC            .               CCAGCCATAA                      AA         .  .   . G A  .       GC      .  .  A  T    .  .   C   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   TG          .  T        .      AA             .    .  .  .  G    .         .    T     A     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . AG        . .    .  .      .  AAC              .               CCGGCCGAA                       AA         .  .   . . .  .       G       .  .  A  C    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   C           .  T        .      A              .    .  .  .  C    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . AT        . .    .  .      .  AA               .               CCGGCCGAA                       A          .  .   . . .  .       G       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   C           .  T        .      T              .    .  .  .  G    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  AA               .               CCGGCCGAG                       A          .  .   . . .  .       G       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  C        .      A              .    .  .  .  C    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  AA               .               CTGGCCGAG                       A          .  .   . . .  .       G       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  T        .      A              .    .  .  .  C    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  GA               .               CTGGCCGAG                       A          .  .   . . .  .       G       .  .  T  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  T        .      A              .    .  .  .  C    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  GA               .               TCGGCTCAT                       A          .  .   . . .  .       G       .  .  G  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  T        .      A              .    .  .  .  T    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  GA               .               CCGCCAGAG                       C          .  .   . . .  .       G       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  T        .      A              .    .  .  .  C    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  GA               .               TAAGCCCAG                       G          .  .   . . .  .       G       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  T        .      A              .    .  .  .  C    .         .    T     C     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  GA               .               TTGGTCGCG                       A          .  .   . . .  .       G       .  .  G  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  T        .      A              .    .  .  .  A    .         .    T     C     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . C         . .    .  .      .  GA               .               CCTGGCGG                        A          .  .   . . .  .       A       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  C        .      A              .    .  .  .  A    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . C         . .    .  .      .  AA               .               CCGCGAG                         G          .  .   . . .  .       A       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  C        .      C              .    .  .  .  G    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  TT               .               CCGCGAG                         A          .  .   . . .  .       G       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   C           .  T        .      T              .    .  .  .  G    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  AG               .               CGCGCG                          A          .  .   . . .  .       G       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .             .
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   T           .  T        .      A              .    .  .  .  A    .         .    T     T     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . G         . .    .  .      .  GG               .               CCCAA                           A          .  .   . . .  .       G       .  .  A  .    .  .   .   .   .   .       .     .              
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   G           .  T        .      A              .    .  .  .  A    .         .    T     .     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . A         . .    .  .      .  A                .               CCGG                            A          .  .   . . .  .       G       .  .  .  .    .  .   .   .   .   .       .                    
blockSeqs                     :                                                           .     .  .   A           .  C        .      A              .    .  .  .  G    .         .    .     .     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . .         . .    .  .      .  G                .               AG                              A          .  .   . . .  .       .       .  .  .  .    .  .   .   .   .   .       .                    
blockSeqs                     :                                                                 .  .   G           .  .        .      A              .    .  .  .  A    .         .    .     .     .   . . .       .     .  .  . .     . .   . .         . .    .                             .               .                               .          .  .   . . .  .       .       .  .  .  .    .  .   .   .   .                                
blockSeqs                     :                                                                                    .  .        .      .              .    .  .  .  .    .         .    .     .     .   . . .       .     .  .                                                                                                                            .  .   . . .  .       .       .  .  .  .    .  .   .   .                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                        .     .     .                                                                                                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                    .                                                                                                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                              T*                                                                                                               CCGGCCGAG******************
originalCons                  :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCG--------A---AGGC--------------AG-C---G--C---G--C--------G--TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
finalCons                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---TT-ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-TG-GT-G-TTTGG-T---A-A-A----TAGT-C--CGG-CT------G-CCG--------A---AGGC--------------AGCCGGCCGAG------------------TCGCG-A--------A--G--CG-A-C--G-------A----G-GG-GG--GA-G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG





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lowQualScore                  :                                                           1     88 0   333333333   9  222222   44444  6666666666666  0000 9  9  66 5    555555    9    99999 44    7   9 9 0000    55     9 9  0 0     0  0 888888 0   88 55   0  222222 1  444444444   33333333333333333    22222  2222222   9       4444444444 66 66  9 8 7777777  666666  9  66 99 44   9  333 8   9   88  8888888 777   0000          5    
consensus                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCCT-G-GT-G-TTTGG-TA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-CCG--------AAG-----------------GCAGC----CGG------CCG-AGTCGCG-A--------A--G--CG-A-C-------GA----G-GG-GG--G-AG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
Reference ( family-745 )      :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCCT-G-GT-G-TTTGG-TA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-CCG--------AAG-----------------GCAGC----CGG------CCG-AGTCGCG-A--------A--G--CG-A-C-------GA----G-GG-GG--G-AG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
gi|110921                     :                                                       TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-AT-CC--TGAGGA------CTAG-TTAA-T---T--ATAT-ACT-T-A----AGTA--GTCCT-G-GT-G-TTTGG-TA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-GCA--------AAG-----------------GCAGCGCGCCGG------CCG-AATCGCG-A--------A--G--CG-A-C-------GA----G-GG-GG--G-AG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
gi|110922                     :                                                       TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-AT-CC--TG-GGA------CTAG-TTAA-T---T--ATAT-ACT-T-A----A-TAT-GTCCT-G-GT-G-TTTGG-TA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-GCA--------AAG-----------------GCAGC----CGG------CCG-AATCGCG-A--------A--G--CG-A-C-------GA----G-GG-GG--G--G--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110923                     :                                                       TGTT-TGACA--C-AAA-C-------ATT-TT----T-AC------AC-------T-----CT----A-ATTCC--TGAGGA------CTAG-TTAA-T---T-AATA--ACT-T-A----AGTA--GTCCT-G-GT-G-TTTTG-TA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-GCA--------AAG-----------------GCAGC----CGG------CCG-AATCGCG-A--------A--G--CG-A-C-------GA---------GG--G-AG--AGT--C---GCGGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110924                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-AAT-G-A----ACTA--GTCCT-G-GT-G-TTTAG-TA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-CCA--------AAG-----------------GCAG-----CG--------CG-CGTCGCG-A--------A--G--CG-A-C-------GA----G-GG-GG--G-AG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCTTG-CTGGtggg
gi|110925                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-GTAGTAAGATT-TT----C-ACT-----ATTATAAATA-----CT----A-GT-CC--TCGGGA------CTAGGTAAA-T---T----AT-A-T-T-A----AC-A--GTCCC-T-GT-GGTTTGA-TA-A------T-AGT--CGCCGG-CTT-----G-CCG--------AAG-----------------GCAGC----CTG------GCG--GTCGCG-A--------A--G--CG-A-C-------GA----G-GG-GG--GAAG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GC-------T---TTG----TCCCCTCCTG-CAGG
gi|110926                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TGAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCCT-G-GT-G-TTTGG-TA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-CC---------AAG-----------------GCAGC----CGG------CCG-AGTCGCG-A--------A--G--CG-A-C-------GA----G-GG-GG--G-AT--AGT-GC---G-GGA-GGtggg
gi|110927                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT------A-------AT-------A-----CT----A-GT-CC--TCAGGA------CTAG-TAAA-T---TATATAT-CAT-G-A----ACTA--GTCCT-G-AT-G-TTTTA-GA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-CCG--------AAG-----------------GCAGC----CG--------CG-AGTCGTGAA--------A--G--CG-A-C-------GA------GG-GC--G-AG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGG
gi|110928                     :                                                       TGTT-TGAC---C-TAA-G-------ATT-TT------A-------AT-------A-----CT----A-GT-CC--TCAGGA------CTAG-TAAA-T---T-TATAT-CAT-GAA----ACTA--GT-CT-G-AT-G-TTTTA-GA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------GCCCG--------AAG-----------------GCAGC----CG--------CG-AGTCGTGAA--------A--G--CG-A-C-------GA-------G-GG--G-AG--AGTGGC---G-GGA-GGG--GG-----------TTG----CCCCCTCCTG-CTGGtggg
gi|110929                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TCAGGA------CTAG-TGAA-----T-TATAT-AAT-T-G----ACTA--GTCCT-G-GT-G-TTTGA-TA-A-A----T-AGT--C--CGG-CT------G-ACG--------AGG-----------------G-GGC----CTG------CTG-tg
gi|110930                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--TTAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCCT-A-GT-G-TTTGA-TATATA----T-AGT--C--CGG-C
gi|110931                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A-----CT----A-GT-CC--CCAGGA------CTAG-TAAA-----T-TATAT-AA
gi|110931                     :                                                                                                                                                                                                                                              --------AAG-----------------GCAGC----TGG------CCG-AGTCCCG-C--------A--G--CG-A-T-------GG----G-GG-GG--G--------------------GGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCTTG-CTaggcagctggccgagtcccgcagcgatgggggggggggggcttgccccctcttgcttggggg
gi|110932                     : tgtttgacactaagatttttactatactagtccccaggactagtaaattatataTGTTGTGAC---C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------A------T----A-GT-CC--C--AGA------CTAG-TAAA-T---TATATAT-AA----G----GC-A--G--CT-G-G-----CCG--------------AGT--C--C-G-CA------G-CCG--------ATG-----------------G-------------------------GCG-G--------G--G---------------GG----G-GG-GG--G--------------G-GGG-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCT-CTG-CTtggggg
gi|110933                     :                                                       TGTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----AT-------C-----AT----A-GC-CC--ACAGGA------CTAG-TAAA-T---A-TATAT-AAtggg
gi|110933                     :                                                                                                                                                                                                                                              --------AAG-----------------GCAGC----TGG------CCG-AGTCACG-------------G--CC-AGC-------GA----G-TG-GG--G--------------G-GGG-GGG--GG-------C---TTG----CCCCCT-CTG-CTggcagctggccgagtcacggccagcgagtgggggggggggggcttgccccctctgcttggg
gi|110934                     : tgtttgacactaagatttttactatcatagcccacaggactagtaaatatatatTGTT-CGACA--C-TAA-C-------TTT-TT----C-ACC-----AT-------T-----GT----A-GC-CC--TAATGA------CAAG-TAGA-T---T-C-TGC-AAT-T-T----AGTA--GTCCT-G-CTAG-GTCAG-TA-G-C----T-AGT--C--CAA-CT------G-ACG--------AAG-----------------GCAGT----CGG------CTC-ATTTGTA-A--------A--G--CA-A-T-------AA----G-GG-GG--G-TG--GGT------G-GGA-TAG--GG-------C---TTtggg
gi|110935                     :                                                       TGAT-CGACA--C-TAA-T-------TTT-TT----C-ACC-----AC-------A-----TT----A-GT-CC--AAAGGA------CCAG-TAGA-T---T-C-TGT-AAA-T-A----ACTA--GTCCT-GTGA-G-GTCAG-TA-G-C----T-AGT--C--CGG-CT--------CCA--------A--------------------CAGT----CGG------CCC-AATCGCA-A--------A--G--CA-T-T-------GA----G-GG-GGTTG-GGGCAGT-GC---A-GAA-TGG--G
gi|110936                     :                                                       TGTT-TGACAAACGTAATA-------ATTGTT----T-AGTCATAAAT-------AA----CT----AAGT-CC--TGAAGAAAAGACCTAG-TAAAAT---T-TATATTAATAT-A----ACTAAAGTCCT-G-GT-G-TTTGG-TA-A-A----A-AACAAC--GGG-CTTGCACGA-CCA--------AAGGCATTGGCATTATATGAGCAGC----CAGGCCACACCG-AGTCGCA-G--------ACCG--CG-A-CGGACCAGGA----A-GG-GG--A-AG--AGT-GCAAAG-GGA-TGA--GGCAAGGTCC---TAGACAACCCTCTCCTG-CT
gi|110937                     :                                                        GTT-TGACA--C-TAA-G-------ATT-TT----T-ACT-----------------------------------TGAGGA------CTAG-TAAA-T---T--ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCCT-G-GT-G-TTTGG-TA-A-A----T-AGT--C--TGG-CT------G-CCT--------TTG-----------------GCAGC----CGC------CAG-AGTCGCG-A--------A--G--TG-A-C-------AA----A-GG-GG--G-AG--AGT-GC---A-GGAGGGG--GG-------C---TTG----CCCCCTCCTG-CTGGccggcggg
gi|110938                     :                                                         TT-TCACA--C-TTA-A-------CTT-TT----TCACC-----AT-------AGTAGGCTTAGTA-GC-CCAATAAAGA------TTAG-TAGC-TAGAT-TCTGT-AAT-T-A----ACTA--GTCC-----------TGC-TA-G-G----T-AGT--C--TAG-CT------G-ACA--------GAA-----------------GCAGT----AAG------CCC-AGATGGA-A--------A--G--TG-A-CAT-----GG----G-GGTGG--G-GGT-AGT-GT---G-GGT-TAG--GG-------C---TTtggg
gi|110939                     :                                                          T-TGACA--C-TAA-G-------AAT-AT----T-ACTTT---AT-------A-----CT----A--T-CC--TAAGGA------CTA--TAAA-T---T--ATAT-AAT-T-A----ACTA--GTCCT-G-GT-G-TTTGG-TA-A-A----T-AGTG-C--CGGCCT------G-CC---------AAA-----------------GCAGG----CGG------CCG--GTCGCG-A--------A--GCCCGTA-C-------GAAGGCG-GG-GT--G-AG--AGT-GC-----GGA-GGG--GG-------C---TTG-----CCCCTCCTG-CTGG
gi|110940                     :                                                             GACA--C-CAATG-------ATT-TTGCCCC-ACT-----AT-------A-----CC----A-----C--AGAG--------CTTT-GAAA-T------ATTC-AAT-T-CT---ATTA--GTCCT-G------TTTGTCTA-A-AG---C-AGC--CTTCGG-CT------A-TTG----------------------------GTAG------------------AGTCGCG-A--------C--G--CT-A-C-------GT----G-GG-GG--A-AG--A-T-GC---T-GGA-GGGGAGG-------C---ATT----CACCCTTCTG-ATGGt
gi|110941                     :                                                                                  TT-TT----C-ACC-----AT-------A-----GT----A-GT-CC--AAAGGA------CTAG-TAAA-T---C-T-TGT-AAT-T-A----ACTA--GTCCT-G-ggg
gi|110942                     :                                                                                                                                                 aactAAA-T---T-TAAAT-AAT-T-ACCCCGCTA--GTCCTTG-GT-G-TT--A-TA-A-A----TTAGT--C--AG---T------G-TCGTGCAGAAAAAG-----------------GCAGC----CAG------CCATAATCGCG-AAACGCCACA--G--CG-AGC-------GA----G-GG-GA--G-AG--A-T-GC---GCAGA-TGG--GG-------CATTTTG-----CCCCTCCCGCCTGG
gi|110943                     :                                                                                                                                                actagtaatcatcctgaTGT-AAT-T-A----ACTA--GTCCT-G-CTAG-GTCAG-TC-A-GTTGCT-AAT--C--TGG-CT------A-CAG--------GAG-----------------ACAGT----TGG------TCG-CGTCGCA-A--------A--G--TG-A-CA------GA----GCGT-GG--A-AGC-AGT-GT---G-GGA-TGG--TG-------C---TCT----CCCCtg
gi|110944                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --G--CG-A-C-------GA----G-GG-GG--G-AG--AGT-GC---G-GGA-GGG--GG-------C---TAG----CCCCCTCCTG-CTGG