lowQualScore : 111 33 22222 11111111 2 1111111111111111 333 11 44444444
lowQualScore : 2 444 444 333 444 9 55 5555 666 2 333 2 99 777 2 777 33333 4 4 2 44 1 1 1 333 55555555 333 2 777 333 22 22 44 5 333 4444 55 2 2 2 22 3 1111111111111111 1 8888888888 44 666 1 1 1 22 000 66 9999999 1 33 3 1 1 1 22 3 1 1 22222222
lowQualScore : . ... ... ... ... . .. .... ... . ... . .. ... . ... ..... . . . .. . . . ... ........ ... . ... ... .. .. .. . ... .... .. . . . .. . ................ . .......... .. ... . . . .. ... .. ....... . .. . . . . .. . . . ........
lowQualScore : 4 111 111 666 111 4 66 0000 111 1 777 1 44 999 1 444 77777 0 0 0 88 9 9 9 888 00000000 555 0 555 555 88 88 88 0 555 2222 55 0 0 0 44 5 6666666666666666 8 0000000000 33 888 8 8 8 55 222 11 5555555 8 66 8 9 9 9 66 8 9 9 77777777
consensus : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---TA-T---CA-GT--TTTG--A-AAAAT---CTC---T-A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--T-C-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTTA-T-AA-T--TTC-TAACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A----ATG-ATTAT
Reference ( gi|68457 ) : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---TA-T---CA-GTATTTTT--A-AAAAT---CTC---A-A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--CGG---G---GAAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAACA---AA----TCG--T-C-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTTA-T-AA-T--TTCGTAACTG--A-------TTTAA-A-GGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A--T-AT--ATTAT
gi|68459 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---TA-T---CA-GT--TTTG--A-AAAAT---TTC---T-A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--TGG---G---GAAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAA-A---AA----TCG--T-T-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------T------T-C----------GT--G---TTCA-T-AA-T--TTCTT-ACTG--A-------TTTAA-A--ACC-T-A-T-G--ACACT-T-A-A--T-GT--
gi|68458 : AATTTTACGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---TA-T---CA-GT--TTTG--A-AAAAT---TTC---T-A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--TGGA--G---GGAA---A-A---TT---CT--GA--TG--GAAAA---AA----TTG--T-C-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------TTCGTAGT-C----------GT--G---TTTA-T-AA-T--TTCTT-ACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ATGCT-T-A-A----ATG-ATTATtat
gi|68456 : AAATTTTCGAC-A---C---T--C-T---G-AA--TTTTTGGCAA----A---TA-T---CA-GT--TTTT--A-AAA-T---CTC---T-A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAA-A---AA----TTAGTT-C-A-GTT--ATGG-AA-GGG---------T------T-C----------GT--G---TTTA-T-AA-T--TTC-TAACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-T-A--A-ATG-ATTAT
gi|68466 : AATTTATAGAC-AACTT---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA--------TA-T---CA-GT--TTTT--A-AAAAT---CTT---T-A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--CGG---G----AAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAA-----AA----TCG--T-C-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTTA-T-AA-T--TTC-TAACTG--A-------TTTAA-
gi|68465 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--ATTTGC-AAA----A---TAAT---CA-GT--TTTT--A-AAAAT---CTC---TTA-AGTTA-TC-G--AC-A-C-T--CGG---G---GAAA---A-AAATTT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TCG--TTC-A-GTT--ATGG-A-GGGG---------T------TAC----------GT--G---TTTA-TTAA-T--TTC-TAACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A--TGAT--ATcgacgacaagacta
gi|68460 : AATTTTTT-AC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGAGAAA----AA--TA-T---CA-GT---TTG--A-AAAAT---TCC---T-A-ATTTT-TC-G--ACCA-C-T--TGG---G---GAAA---A-AA--TT---CT--GA--TG--AAA-A---AA----TTG--T-C-A-GTT--GTG--AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTTA---AA-T--TTACTAACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A----ATG-ATTATat
gi|68464 : AATTTTTCGAC-A---C---TTTC-T---G-AT--TTTTGGGAAATCCAA---TA-T---CA-GT-TTTTA--A-AAAAT---TTC---A-A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---A-A---TT---CT--GA--TGA-AAAAA---AA----TCG--G-C-A-GTTGCGTGG-AAGGGG---------TG-----T-C----------GTCCG---TTTA-T-AA-T--TAC-T-ACTG--A-------TTAAA-A-GCAC-TCA-T-G--ACGCTAT-A-A----ATTGATTAT
gi|68467 : AATTTTTCGA--A---C---TTTC-T---G-AA--TTTTGGCAAA----AAATTA-T----A-GTTTTTTTTAA-AAAAT---CTCTTTA-A-TTTTT-TC-G--AC-A-C-T--CGG--------AAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAGAA---AA----TCG--T-C-A-GTT--AT-G-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G----TTA-T-AA-T--TTC-TAACTG--A-------TTTAA-A---AC-T-A-T-G--ACGCTGTAA-A--T-ATG-ATTAT
gi|68461 : AATTTTTCAAC-A---C---TTTC-T---G-AA--TTTCAAGAAA----A---TA-T---CA-GT--TTTG--A-AAAAT---TTC---T-A-ATTAT-TC-G--AC-A-C-T--AGG---G---AAAA---A-AA--TT---CT--GA--TG--AAA-A---AA----TAG--T-C-A-GTT--GTGG-AAAGGG---------T------T-C----------GT--G---TTGA-T-AA-T--TC--TTACTG--AACAGATTTTTAA-A--GAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A----ATG-ATTAT
gi|68463 : AATTTTCGGAC-A---C---TT-TGT---A-GA--TTTTGGGGAA----A---TA-T---CA-GT--TTTG--A-AAAATTTTCTT---T-G-ATTTTCTC-G--AC-A-C-T--TGG---GCGGAAAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAA-----AA----TCG--T-C-A-GTT--GTGG-GAAGGG----------------T-C----------GT--AT--TTTA-C-AA-T--TTTCTAACTGA-A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A----ATG-ATTAT
gi|68462 : AATTTTCGGAC-A---C---TT-TGT---A-GA--TTTTGGGGAA----A---TA-T---CA-GT--TTTG--A-AAAATTTTCTT---T-G-ATTTTCTC-G--AC-A-C-T--TGG---GCGGAAAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAA-----AA----TCG--T-C-A-GTT--GTGG-GAAGGG----------------T-C----------GT--AT--TTTA-C-AA-T--TTTCTAACTGA-A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A----ATG-ATTAT
gi|68468 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-------G-AAA-TTTTGGGAAA----A---TA-T---CA-GT--TTTG--A-AAAAT---TTC---T-A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--TGG---G---
gi|68469 : ATTTTTCGACGA---C---TTTC-T---G-AA--TTTTGGCAAA----A---TA-T---CG-----TTTT--A-AAA-T---C-C---A-A-ATTTT-TC-G--AC-ATC-T--CGT---G---AAAA---A-A---TT---CG--TA--TG--ATAAA---AA----TAG--T-C-A-GTT--AT-G-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTTA-T-AA-T--TCT---AC-G--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-a
gi|68470 : ATTTTTCGAA-G---CCCTTT-C-T---G-AGAGTTGTTGGAGA----A---TA-TACTCA-A-GTTTTT--A-ACAAT---TCC---GTA-ATTTT-TCTG--AC-A-C-TTTCGG---G---AAAA---A------T---CT--GA--TGTAAAAAA---AA----TCG--T-C-A-GTT--GTGGTAAGGGG---------T------T-C----------GTC-G---TTTA-T-AA-T--TTC-CAACTG--AT------TTTAA-ATAGAC-T-A-TGG--ACGTT-T-A-AATT-GT--ATTATgatgatgtat
gi|68471 : TTTTCGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---TA-T---CA-G--TTTTG--ATAAAAT---TTCT--A-ATATTTT-TC-G--AC-A-C-T---GG---G---GAAA---A-A---TT---CT--GA--TG--AAA-A---AA---------C-C-A-GTT--GTGG-AAGGAGT--------T------T-C----------GT--G---TTTA-T-AA-T--TTCTT-ACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A--
gi|68472 : TTTTCGAC-A---C---TT-T-T---G-AA--TTT-GGGAAA----A---TA-C---CA-GT--TTTG--A-AAAAT---TTC---T-A-ATTTT-TC-G--AT-A-C-T--TGG---A----AAA---A-A---TT---CT--GC--AG--AAAAA---AA----TCA--T-C-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-T----------GT--G---TTTA-T--------------CTG--A-------TTTAA-A--GACGT-A-T-G--ACACT-T-A-A----ATG-ATTATatgatt
gi|68473 : TTTTCGAC-A---C---CT-C-TTTGG-AA--TTT--GGGAA----A---TA-C---CA-GTTTTATG--A-AAAAT---TTCGTCA-A-ATTTT--C-G--AT-A-C-T--TGG---G-----AA---A-A---TT---CT--GC--AG--AAAAA---AA----TCA--T-C-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-T----------GT--G---TTTA-T---------TG---CTG--A-------TTTAA-T-AAGC-T-A-T-G--ACACT-T-A-A--T-G---ATTAT
gi|68474 : ---TA-C---CATGTTTTTTT--A-AAACT---CTA---A-GTGTTTT-CC-GC-AC-A-CAT--CTGTGTG---AAAAGTAA-A---TTTTACT--GAAATG--AAAAA---AAAACCTCC--T-CTATGTT--GTGG-AAGGGGGCGGAATTAT------T-CTTGACCATGAGT--GAGATTTA-T-AA-T--TTC-TAACTGCAA-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGTT-A-A-A--T-G---ATTAT
gi|68475 : A-T---CA-GT--TTCT--A-AAAAT---CTC---TTA-ATTTT-TC-AGAAC-A-C-T--CGG---A---AACA---G-A---TC---ATTGGA--TG--AAAAAGGCAA----TCGGAT-C-A-GTT--ATGGGAAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTTATT-AA-TGATTCTAAACTG--AG------CTTAACA-AGACAT-ATT-G--ACGCT-T-A-A--
gi|68468 : -A-ATTTT-TC-G--AC-A-C-T--TG-----------A---A-A---TT---TT--GG---G--A---A---AA----T-A--T-C-A-GTT--TTGA-AAatgagttat
gi|68476 : C-A-C-T--TGG---G---AAAA---AAA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TCG--T-C-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------AA--G---TTTA-T-AA-T--TTCTT-ACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A----ATG-ATTATaatttctaatttttcgacacttggga
gi|68477 : T--GTGG-AAGGGT---------T------T-T-----------T--G---TTAA-T-AA-T--CCTCTTACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-G--ACGCT-T-A-A--A-TT--ATTAT
gi|68478 : T--GTGG-AAGGGA---------T------G-C----------GT--G---TT-----AA-T--TTT-TCACTG--G-------TATGA-A-AGAC-T-A-T-G--ACACT-C-A-A--
gi|68479 : T--GTGG-A--GGG---------T------T----------------G---TTAA-T-AAGT--TCCTTAACTG--A-------TTTAA-A-AGAC-T-A-T-GCCACGCT-G-ACA--C-ATG-ATTAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 111 111111
lowQualScore : 2 333 333 222 333 8 55 4444 666 2 333 2 22 11111 2 777 77777 333 22 4 2 2 44 1 1 1 333 555 000 555 333 333 22 22 44 777777777 66 2 2 22 3 777777777 8888888888888888888 44 333 3 3 22 1 5 44 44 22 222222 7777777 1 1 3 1 1 1 22 1 66 44 3 1 1 3
lowQualScore : . ... ... ... ... . .. .... ... . ... . .. ..... . ... ..... ... .. . . . .. . . . ... ... ... ... ... ... .. .. .. ......... .. . . .. . ......... ................... .. ... . . .. . . .. .. .. ...... ....... . . . . . . .. . .. .. . . . .
lowQualScore : 2 999 999 333 999 9 33 7777 111 1 777 1 88 88888 0 000 11111 555 88 0 0 0 88 9 9 9 000 222 555 555 555 555 88 88 88 111111111 88 0 0 44 5 000000000 4444444444444444444 11 000 5 5 44 7 2 11 88 44 000000 4444444 7 7 5 7 7 8 55 8 11 33 8 9 9 8
consensus : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
Reference ( family-744 ) : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68456 : AAATTTTCGAC-A---C---T--C-T---G-AA--TTTTTGGCAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----TA-AAA-T---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TAGT-TC-A-GTT--ATGG-AA-GGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGCTT--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68457 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GTATTTT----TA-AAAAT---CTC--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAACA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-CG-T-AACTG--A------TTTAA-------A-GG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAAT-A-T--A-T-TAT
gi|68458 : AATTTTACGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGGA--G---GGAA---AA---TT---CT--GA--TG--GAAAA---AA----TTG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------TTCGTAGT-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ATGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68459 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG---AAAA---AA----TCG--TT-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------T------T-C----------GT--G---TTC-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-A--CC-T-A-T-G--ACAC-T--T-A--A-TG---T-TAT
gi|68460 : AATTTTTT-AC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGAGAAA----AA--T-AT---CA-GT--TT-----GA-AAAAT---TCC--T--AA---T--TTT-T-C-G--ACCA-C-T--TGG---GG--AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---A-----TTG--TC-A-GTT--GTG--AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A--AAT--T-TAC--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68461 : AATTTTTCAAC-A---C---TTTC-T---G-AA--TTTCAAGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TAT-T-C-G--AC-A-C-T--AGG---GA--AAAA---AA---TT---CT--GA--TG---AAAA---AA----TAG--TC-A-GTT--GTGG-AAAGGG---------T------T-C----------GT--G---TTG-A-TAA---T-T-C--T-TACTG--AACAGATTTTTA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68462 : AATTTTCGGAC-A---C---TT-TGT---A-GA--TTTTGGGGAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAATTTTCTT--T--GA---T--TTTCT-C-G--AC-A-C-T--TGG---GCGGAAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---------TCG--TC-A-GTT--GTGG-GAAGGG---------T--------C----------GT--A---TTTTA-CAAT--T-TTC--T-AACTG--AA-----TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68463 : AATTTTCGGAC-A---C---TT-TGT---A-GA--TTTTGGGGAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAATTTTCTT--T--GA---T--TTTCT-C-G--AC-A-C-T--TGG---GCGGAAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---------TCG--TC-A-GTT--GTGG-GAAGGG---------T--------C----------GT--A---TTTTA-CAAT--T-TTC--T-AACTG--AA-----TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68464 : AATTTTTCGAC-A---C---TTTC-T---G-AT--TTTTGGGAAATCCAA---T-AT---CA-GT--TTTT---AA-AAAAT---TTC--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TGA-AAAAA---AA----TCG--GC-A-GTTGCGTGG-AAGGGG---------TG-----T-C----------GTCCG---TTT-A-TAAT--T-A-C--T--ACTG--A-------TTAA-------A-AGCAC-TCA-T-G--ACGC-TA-TAA--ATTG-A-T-TAT
gi|68465 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--ATTT-GCAAA----A---TAAT---CA-GT--TTT----TA-AAAAT---CTCT-T--AA---G--TTA-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---GAAA---AAAATTT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TCGT-TC-A-GTT--ATGG--AGGGG---------T------TAC----------GT--G---TTT-ATTAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--T-A--A-TG-A-TATAT
gi|68466 : AATTTATAGAC-AACTT---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA--------T-AT---CA-GT--TTT----TA-AAAAT---CTT--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---A----TT---CT--GA--TG--AAAA-----A----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAACGACGACA-AG-AC-T-A-
gi|68467 : AATTTTTCGA--A---C---TTTC-T---G-AA--TTTTGGCAAA----AAATT-AT----A-GT--TTTTTTTAA-AAAAT---CTC--TTTAA---T--TTT-TTC-G--AC-A-C-T--CGG--------AAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAGAA---AA----TCG--TC-A-GTT--AT-G-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G----TT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A----AC-T-A-T-G--ACGC-TG-TAAATA-TG-A-T-TAT
gi|68468 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-------G-AAA-TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGG---G---A
gi|68469 : ATTTTTCGACGA---C---TTTC-T---G-AA--TTTTGGCAAA----A---T-AT---C--GT--TTT-------AAAAT---C-C--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-ATC-T--CGT---G---AAAA---AA---TT---CG--TA--TG--ATAAA---AA----TAG--TC-A-GTT--ATG--AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T---C--T-A--CG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAG--A-TG-A-TGTAT
gi|68470 : ATTTTTCGAA-G---CCCTTT-C-T---G-AGAGTTGTTGGAGA----A---T-ATACTCAAGT--TTT----TA-ACAAT---TCCG-T--AA---T--TTT-T-CTG--AC-A-C-TTTCGG---G---AAAA---A-----T---CT--GA--TGTAAAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGGTAAGGGG---------T------T-C----------GTC-G---TTT-A-TAAT--T-T-C--C-AACTG--AT-----TTTAA-------ATAG-AC-T-A-TGG--ACGT-T--TAA--ATTGTA-T-TAT
gi|68471 : TTTTCGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GATAAAAT---TTC--T--AA---TATTTT-T-C-G--AC-A-C-T---GG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---A----------CC-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------T------TTC----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-
gi|68472 : TTTTCGAC-A---C---TT-T-T---G-AA--TTT-GGGAAA----A---T-AC---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AT-A-C-T--T-G---G---AAAA---AA---TT---CT--GC--AG--AAAAA---AA----TCA--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-T----------GT--G---TTT-A-T----------------CTG--A------TTT-A-------A-AG-ACGT-A-T-G--ACAC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68473 : TTTTCGAC-A---C---CT-C-TTTGG-AA--TTT--GGGAA----A---T-AC---CA-GT--TTTAT--GA-AAAAT---TTCGTC--AA---A--TTT-T-C-G--AT-A-C-T--TGG---G---AAAA--------TT---CT--GC--AG--AAAAA---AA----TCA--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-T----------GT--G---TTT-A-T--T------------GCTG--A------TTTAA-------T-AA-GC-T-A-T-G--ACAC-T--T-A--A-TG-A-T-TAT
gi|68474 : T--TTT----TA-AAA-----CTC--T--AAGTGT--TTT-C-C-GC-AC-A-CAT--CTGTGTG---AAAAGTAAA---TTTTACT--GAAATG--AAAAA---AAAACCTCC--TCTATGTT--GTGG-AAGGGGGCGGAATTAT------T-CTTGACCATGAGT--GAGATTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTGCAA------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACG--T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68475 : taccatgtt-AT---CA-GT--TTC----TA-AAAAT---CTC--TT-AA---T--TTT-T-C-AGAAC-A-C-T--CGG---A---AACA---GA---TC---ATTGGA--TG--AAAAAGGCAA----TCGGATC-A-GTT--ATGGGAAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-ATTAATGAT-T-C--TAAACTG--AG-----CTTAAC------A-AG-ACAT-ATT-G--ACGC-T--TAA--A-TG-AGT-TAT
gi|68476 : C-A-C-T--TGG---G---AAAAA--AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------AA--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68477 : T--GTGG-AAGGGT---------T------T-T-----------T--G---TTA-A-TAAT--CCT-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TT-A-T-TAT
gi|68478 : T--GTGG-AAGGGA---------T------G-C----------GT--G---TT-----AAT--T-T-T--T-CACTG--G------TATGA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACAC-T--CAA--
gi|68479 : T--GTGG-A--GGG---------T------T----------------G---TTA-A-TAAG--T-T-CCTT-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-GCCACGC-TGACAC--A-TG-A-T-TAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 111 111111
lowQualScore : 2 333 333 222 333 8 55 4444 666 2 333 2 22 11111 2 777 77777 333 22 4 2 2 44 1 1 1 333 555 000 555 333 333 22 22 44 777777777 66 2 2 22 3 777777777 8888888888888888888 44 333 3 3 22 1 5 44 44 22 222222 7777777 1 1 3 1 1 1 22 1 66 44 3 1 1 3
lowQualScore : . ... ... ... ... . .. .... ... . ... . .. ..... . ... ..... ... .. . . . .. . . . ... ... ... ... ... ... .. .. .. ......... .. . . .. . ......... ................... .. ... . . .. . . .. .. .. ...... ....... . . . . . . .. . .. .. . . . .
lowQualScore : 2 999 999 333 999 9 33 7777 111 1 777 1 88 88888 0 000 11111 555 88 0 0 0 88 9 9 9 000 222 555 555 555 555 88 88 88 111111111 88 0 0 44 5 000000000 4444444444444444444 11 000 5 5 44 7 2 11 88 44 000000 4444444 7 7 5 7 7 8 55 8 11 33 8 9 9 8
consensus : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
Reference ( family-744 ) : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68456 : AAATTTTCGAC-A---C---T--C-T---G-AA--TTTTTGGCAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----TA-AAA-T---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TAGT-TC-A-GTT--ATGG-AA-GGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGCTT--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68457 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GTATTTT----TA-AAAAT---CTC--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAACA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-CG-T-AACTG--A------TTTAA-------A-GG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAAT-A-T--A-T-TAT
gi|68458 : AATTTTACGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGGA--G---GGAA---AA---TT---CT--GA--TG--GAAAA---AA----TTG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------TTCGTAGT-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ATGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68459 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG---AAAA---AA----TCG--TT-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------T------T-C----------GT--G---TTC-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-A--CC-T-A-T-G--ACAC-T--T-A--A-TG---T-TAT
gi|68460 : AATTTTTT-AC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGAGAAA----AA--T-AT---CA-GT--TT-----GA-AAAAT---TCC--T--AA---T--TTT-T-C-G--ACCA-C-T--TGG---GG--AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---A-----TTG--TC-A-GTT--GTG--AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A--AAT--T-TAC--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68461 : AATTTTTCAAC-A---C---TTTC-T---G-AA--TTTCAAGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TAT-T-C-G--AC-A-C-T--AGG---GA--AAAA---AA---TT---CT--GA--TG---AAAA---AA----TAG--TC-A-GTT--GTGG-AAAGGG---------T------T-C----------GT--G---TTG-A-TAA---T-T-C--T-TACTG--AACAGATTTTTA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68462 : AATTTTCGGAC-A---C---TT-TGT---A-GA--TTTTGGGGAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAATTTTCTT--T--GA---T--TTTCT-C-G--AC-A-C-T--TGG---GCGGAAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---------TCG--TC-A-GTT--GTGG-GAAGGG---------T--------C----------GT--A---TTTTA-CAAT--T-TTC--T-AACTG--AA-----TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68463 : AATTTTCGGAC-A---C---TT-TGT---A-GA--TTTTGGGGAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAATTTTCTT--T--GA---T--TTTCT-C-G--AC-A-C-T--TGG---GCGGAAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---------TCG--TC-A-GTT--GTGG-GAAGGG---------T--------C----------GT--A---TTTTA-CAAT--T-TTC--T-AACTG--AA-----TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68464 : AATTTTTCGAC-A---C---TTTC-T---G-AT--TTTTGGGAAATCCAA---T-AT---CA-GT--TTTT---AA-AAAAT---TTC--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TGA-AAAAA---AA----TCG--GC-A-GTTGCGTGG-AAGGGG---------TG-----T-C----------GTCCG---TTT-A-TAAT--T-A-C--T--ACTG--A-------TTAA-------A-AGCAC-TCA-T-G--ACGC-TA-TAA--ATTG-A-T-TAT
gi|68465 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--ATTT-GCAAA----A---TAAT---CA-GT--TTT----TA-AAAAT---CTCT-T--AA---G--TTA-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---GAAA---AAAATTT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TCGT-TC-A-GTT--ATGG--AGGGG---------T------TAC----------GT--G---TTT-ATTAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--T-A--A-TG-A-TATAT
gi|68466 : AATTTATAGAC-AACTT---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA--------T-AT---CA-GT--TTT----TA-AAAAT---CTT--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---A----TT---CT--GA--TG--AAAA-----A----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAACGACGACA-AG-AC-T-A-
gi|68467 : AATTTTTCGA--A---C---TTTC-T---G-AA--TTTTGGCAAA----AAATT-AT----A-GT--TTTTTTTAA-AAAAT---CTC--TTTAA---T--TTT-TTC-G--AC-A-C-T--CGG--------AAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAGAA---AA----TCG--TC-A-GTT--AT-G-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G----TT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A----AC-T-A-T-G--ACGC-TG-TAAATA-TG-A-T-TAT
gi|68468 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-------G-AAA-TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGG---G---A
gi|68469 : ATTTTTCGACGA---C---TTTC-T---G-AA--TTTTGGCAAA----A---T-AT---C--GT--TTT-------AAAAT---C-C--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-ATC-T--CGT---G---AAAA---AA---TT---CG--TA--TG--ATAAA---AA----TAG--TC-A-GTT--ATG--AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T---C--T-A--CG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAG--A-TG-A-TGTAT
gi|68470 : ATTTTTCGAA-G---CCCTTT-C-T---G-AGAGTTGTTGGAGA----A---T-ATACTCAAGT--TTT----TA-ACAAT---TCCG-T--AA---T--TTT-T-CTG--AC-A-C-TTTCGG---G---AAAA---A-----T---CT--GA--TGTAAAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGGTAAGGGG---------T------T-C----------GTC-G---TTT-A-TAAT--T-T-C--C-AACTG--AT-----TTTAA-------ATAG-AC-T-A-TGG--ACGT-T--TAA--ATTGTA-T-TAT
gi|68471 : TTTTCGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GATAAAAT---TTC--T--AA---TATTTT-T-C-G--AC-A-C-T---GG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---A----------CC-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------T------TTC----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-
gi|68472 : TTTTCGAC-A---C---TT-T-T---G-AA--TTT-GGGAAA----A---T-AC---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AT-A-C-T--T-G---G---AAAA---AA---TT---CT--GC--AG--AAAAA---AA----TCA--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-T----------GT--G---TTT-A-T----------------CTG--A------TTT-A-------A-AG-ACGT-A-T-G--ACAC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68473 : TTTTCGAC-A---C---CT-C-TTTGG-AA--TTT--GGGAA----A---T-AC---CA-GT--TTTAT--GA-AAAAT---TTCGTC--AA---A--TTT-T-C-G--AT-A-C-T--TGG---G---AAAA--------TT---CT--GC--AG--AAAAA---AA----TCA--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-T----------GT--G---TTT-A-T--T------------GCTG--A------TTTAA-------T-AA-GC-T-A-T-G--ACAC-T--T-A--A-TG-A-T-TAT
gi|68474 : T--TTT----TA-AAA-----CTC--T--AAGTGT--TTT-C-C-GC-AC-A-CAT--CTGTGTG---AAAAGTAAA---TTTTACT--GAAATG--AAAAA---AAAACCTCC--TCTATGTT--GTGG-AAGGGGGCGGAATTAT------T-CTTGACCATGAGT--GAGATTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTGCAA------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACG--T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68475 : taccatgtt-AT---CA-GT--TTC----TA-AAAAT---CTC--TT-AA---T--TTT-T-C-AGAAC-A-C-T--CGG---A---AACA---GA---TC---ATTGGA--TG--AAAAAGGCAA----TCGGATC-A-GTT--ATGGGAAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-ATTAATGAT-T-C--TAAACTG--AG-----CTTAAC------A-AG-ACAT-ATT-G--ACGC-T--TAA--A-TG-AGT-TAT
gi|68476 : C-A-C-T--TGG---G---AAAAA--AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------AA--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68477 : T--GTGG-AAGGGT---------T------T-T-----------T--G---TTA-A-TAAT--CCT-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TT-A-T-TAT
gi|68478 : T--GTGG-AAGGGA---------T------G-C----------GT--G---TT-----AAT--T-T-T--T-CACTG--G------TATGA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACAC-T--CAA--
gi|68479 : T--GTGG-A--GGG---------T------T----------------G---TTA-A-TAAG--T-T-CCTT-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-GCCACGC-TGACAC--A-TG-A-T-TAT
blockSeqs : G ACT CCT TC TTG G AG TCCA AAT A ACT A AT TTTTA T TTT TTT GTG AT C T T GA C T A TTC TGT CGG GTA AAT TTA TG AA TA AAAACC GA T T GC T GCGGAATTA TCTTGACCATGA CC AGA T T GA C A CT AA CA ACAGAT CGACGAC T C G C T G CC . GA AT T T G A
blockSeqs : . . . TG . G A . A . . . . ATG . TTT GTC . . C . . C . . . C A CGG A . . . . A GGCAA T . . . G . TCGTAGTC C . T T . . T G A . A C . . A . . . . . A T T . . G
blockSeqs : . . . TG . G . . . . . . . TA . . TT . . . . . . . . . T . G . . . . . . AA . . . . . . GTC . . . . . . T . T . A . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . TC . G . . . . . . . T . . GT . . . . . . . . . T . A . . . . . . AA . . . . . . TAC . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TC . . . . . . . . . G . . TT . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . . . . TTC . . . . . . . . A . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TC . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . AA . . . . . . TC . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . . . . TC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . AT . . . . . . TC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . AA . . . . . . TC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . AA . . . . . . TC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . AA . . . . . . TC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . AA . . . . . . TC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . . . . TC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . AT . . . . . . TT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . TT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . TC . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . TC . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
finalCons : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111 111 111111
lowQualScore : 2 333 333 222 333 8 55 4444 666 2 333 2 22 11111 2 777 77777 333 22 4 2 2 44 1 1 1 333 555 000 555 333 333 22 22 44 777777777 66 2 2 22 3 777777777 8888888888888888888 44 333 3 3 22 1 5 44 44 22 222222 7777777 1 1 3 1 1 1 22 1 66 44 3 1 1 3
lowQualScore : . ... ... ... ... . .. .... ... . ... . .. ..... . ... ..... ... .. . . . .. . . . ... ... ... ... ... ... .. .. .. ......... .. . . .. . ......... ................... .. ... . . .. . . .. .. .. ...... ....... . . . . . . .. . .. .. . . . .
lowQualScore : 2 999 999 333 999 9 33 7777 111 1 777 1 88 88888 0 000 11111 555 88 0 0 0 88 9 9 9 000 222 555 555 555 555 88 88 88 111111111 88 0 0 44 5 000000000 4444444444444444444 11 000 5 5 44 7 2 11 88 44 000000 4444444 7 7 5 7 7 8 55 8 11 33 8 9 9 8
consensus : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
Reference ( family-744 ) : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68456 : AAATTTTCGAC-A---C---T--C-T---G-AA--TTTTTGGCAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----TA-AAA-T---CTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TAGT-TC-A-GTT--ATGG-AA-GGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGCTT--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68457 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GTATTTT----TA-AAAAT---CTC--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAACA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-CG-T-AACTG--A------TTTAA-------A-GG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAAT-A-T--A-T-TAT
gi|68458 : AATTTTACGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGGA--G---GGAA---AA---TT---CT--GA--TG--GAAAA---AA----TTG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------TTCGTAGT-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ATGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68459 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG---AAAA---AA----TCG--TT-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------T------T-C----------GT--G---TTC-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-A--CC-T-A-T-G--ACAC-T--T-A--A-TG---T-TAT
gi|68460 : AATTTTTT-AC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGAGAAA----AA--T-AT---CA-GT--TT-----GA-AAAAT---TCC--T--AA---T--TTT-T-C-G--ACCA-C-T--TGG---GG--AAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---A-----TTG--TC-A-GTT--GTG--AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A--AAT--T-TAC--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68461 : AATTTTTCAAC-A---C---TTTC-T---G-AA--TTTCAAGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TAT-T-C-G--AC-A-C-T--AGG---GA--AAAA---AA---TT---CT--GA--TG---AAAA---AA----TAG--TC-A-GTT--GTGG-AAAGGG---------T------T-C----------GT--G---TTG-A-TAA---T-T-C--T-TACTG--AACAGATTTTTA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68462 : AATTTTCGGAC-A---C---TT-TGT---A-GA--TTTTGGGGAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAATTTTCTT--T--GA---T--TTTCT-C-G--AC-A-C-T--TGG---GCGGAAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---------TCG--TC-A-GTT--GTGG-GAAGGG---------T--------C----------GT--A---TTTTA-CAAT--T-TTC--T-AACTG--AA-----TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68463 : AATTTTCGGAC-A---C---TT-TGT---A-GA--TTTTGGGGAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAATTTTCTT--T--GA---T--TTTCT-C-G--AC-A-C-T--TGG---GCGGAAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---------TCG--TC-A-GTT--GTGG-GAAGGG---------T--------C----------GT--A---TTTTA-CAAT--T-TTC--T-AACTG--AA-----TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68464 : AATTTTTCGAC-A---C---TTTC-T---G-AT--TTTTGGGAAATCCAA---T-AT---CA-GT--TTTT---AA-AAAAT---TTC--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---AA---TT---CT--GA--TGA-AAAAA---AA----TCG--GC-A-GTTGCGTGG-AAGGGG---------TG-----T-C----------GTCCG---TTT-A-TAAT--T-A-C--T--ACTG--A-------TTAA-------A-AGCAC-TCA-T-G--ACGC-TA-TAA--ATTG-A-T-TAT
gi|68465 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-C-T---G-AA--ATTT-GCAAA----A---TAAT---CA-GT--TTT----TA-AAAAT---CTCT-T--AA---G--TTA-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---GAAA---AAAATTT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TCGT-TC-A-GTT--ATGG--AGGGG---------T------TAC----------GT--G---TTT-ATTAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--T-A--A-TG-A-TATAT
gi|68466 : AATTTATAGAC-AACTT---TT-C-T---G-AA--TTTTGGGAAA--------T-AT---CA-GT--TTT----TA-AAAAT---CTT--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--CGG---G---AAAA---A----TT---CT--GA--TG--AAAA-----A----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAACGACGACA-AG-AC-T-A-
gi|68467 : AATTTTTCGA--A---C---TTTC-T---G-AA--TTTTGGCAAA----AAATT-AT----A-GT--TTTTTTTAA-AAAAT---CTC--TTTAA---T--TTT-TTC-G--AC-A-C-T--CGG--------AAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAGAA---AA----TCG--TC-A-GTT--AT-G-AAGGGG---------T------T-C----------GT--G----TT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTG--A------TTTAA-------A----AC-T-A-T-G--ACGC-TG-TAAATA-TG-A-T-TAT
gi|68468 : AATTTTTCGAC-A---C---TT-------G-AAA-TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AC-A-C-T--TGG---G---A
gi|68469 : ATTTTTCGACGA---C---TTTC-T---G-AA--TTTTGGCAAA----A---T-AT---C--GT--TTT-------AAAAT---C-C--A--AA---T--TTT-T-C-G--AC-ATC-T--CGT---G---AAAA---AA---TT---CG--TA--TG--ATAAA---AA----TAG--TC-A-GTT--ATG--AAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-A-TAAT--T---C--T-A--CG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAG--A-TG-A-TGTAT
gi|68470 : ATTTTTCGAA-G---CCCTTT-C-T---G-AGAGTTGTTGGAGA----A---T-ATACTCAAGT--TTT----TA-ACAAT---TCCG-T--AA---T--TTT-T-CTG--AC-A-C-TTTCGG---G---AAAA---A-----T---CT--GA--TGTAAAAAA---AA----TCG--TC-A-GTT--GTGGTAAGGGG---------T------T-C----------GTC-G---TTT-A-TAAT--T-T-C--C-AACTG--AT-----TTTAA-------ATAG-AC-T-A-TGG--ACGT-T--TAA--ATTGTA-T-TAT
gi|68471 : TTTTCGAC-A---C---TT-T-T---GGAA--TTTTGGGAAA----A---T-AT---CA-GT--TTT----GATAAAAT---TTC--T--AA---TATTTT-T-C-G--AC-A-C-T---GG---G---GAAA---AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---A----------CC-A-GTT--GTGG-AAGGAG---------T------TTC----------GT--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-
gi|68472 : TTTTCGAC-A---C---TT-T-T---G-AA--TTT-GGGAAA----A---T-AC---CA-GT--TTT----GA-AAAAT---TTC--T--AA---T--TTT-T-C-G--AT-A-C-T--T-G---G---AAAA---AA---TT---CT--GC--AG--AAAAA---AA----TCA--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-T----------GT--G---TTT-A-T----------------CTG--A------TTT-A-------A-AG-ACGT-A-T-G--ACAC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68473 : TTTTCGAC-A---C---CT-C-TTTGG-AA--TTT--GGGAA----A---T-AC---CA-GT--TTTAT--GA-AAAAT---TTCGTC--AA---A--TTT-T-C-G--AT-A-C-T--TGG---G---AAAA--------TT---CT--GC--AG--AAAAA---AA----TCA--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-T----------GT--G---TTT-A-T--T------------GCTG--A------TTTAA-------T-AA-GC-T-A-T-G--ACAC-T--T-A--A-TG-A-T-TAT
gi|68474 : T--TTT----TA-AAA-----CTC--T--AAGTGT--TTT-C-C-GC-AC-A-CAT--CTGTGTG---AAAAGTAAA---TTTTACT--GAAATG--AAAAA---AAAACCTCC--TCTATGTT--GTGG-AAGGGGGCGGAATTAT------T-CTTGACCATGAGT--GAGATTT-A-TAAT--T-T-C--T-AACTGCAA------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACG--T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68475 : taccatgtt-AT---CA-GT--TTC----TA-AAAAT---CTC--TT-AA---T--TTT-T-C-AGAAC-A-C-T--CGG---A---AACA---GA---TC---ATTGGA--TG--AAAAAGGCAA----TCGGATC-A-GTT--ATGGGAAGGGG---------T------T-C----------GT--G---TTT-ATTAATGAT-T-C--TAAACTG--AG-----CTTAAC------A-AG-ACAT-ATT-G--ACGC-T--TAA--A-TG-AGT-TAT
gi|68476 : C-A-C-T--TGG---G---AAAAA--AA---TT---CT--GA--TG--AAAAA---AT----TCG--TC-A-GTT--GTGG-AAGGGG---------T------T-C----------AA--G---TTT-A-TAAT--T-T-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TG-A-T-TAT
gi|68477 : T--GTGG-AAGGGT---------T------T-T-----------T--G---TTA-A-TAAT--CCT-C--T-TACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACGC-T--TAA--A-TT-A-T-TAT
gi|68478 : T--GTGG-AAGGGA---------T------G-C----------GT--G---TT-----AAT--T-T-T--T-CACTG--G------TATGA-------A-AG-AC-T-A-T-G--ACAC-T--CAA--
gi|68479 : T--GTGG-A--GGG---------T------T----------------G---TTA-A-TAAG--T-T-CCTT-AACTG--A------TTTAA-------A-AG-AC-T-A-T-GCCACGC-TGACAC--A-TG-A-T-TAT