lowQualScore                  :                                                    11111111111                      11                                                             11111111111                                        
lowQualScore                  :      6     6   222   2  999 1  6 2    2      2  2  11111111111  999 2  55555 2   22 44   2   555555  2 2 2 2 55555  2   2  2  2 22 999       55  1 22222222222      22   2   6  2   55555  7 44 2     
lowQualScore                  :      .     .   ...   .  ... .  . .    .      .  .  ...........  ... .  ..... .   .. ..   .   ......  . . . . .....  .   .  .  . .. ...       ..  . ...........      ..   .   .  .   .....  . .. .     
lowQualScore                  :      0     0   777   0  111 6  0 0    0      5  0  88888888888  222 0  00000 0   88 66   0   888888  0 0 0 0 00000  0   0  0  0 88 777       22  9 66666666666      88   0   0  2   99999  5 55 6     
consensus                     : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-G-GGAA-ATTCGACGA-GA--------G--GTN--T-GG-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CT-NAACTTGC--AG-TC--GG----C-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
Reference ( gi|27770 )        : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-G-GAAA-ATTCGACGA-GA--------G--GTA--T-GG-----G-TCC--T-AAGC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CC-TAACTTGC--AG-TT--GG----C-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-TTCTGAAA
gi|27769                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-G-GGAA-ATTCGACGA-GA--------G--GTT--T-GG-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AG-C-C-A-T-----AA-CTC-AG-CA-G--CT-GAACTTTC--AG-TC--GA----C-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CT
gi|27771                      : AACCC-CAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-G-GAAA-ATTCGACGA-GA--------G--GT---T-TG-----G-TCC--T-CAGC-ATC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CT-GAATTTGC--AG-CC--AG----C-AACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAAt
gi|27777                      : AACCT-CAGTC-TTGTA-AGA-AA-A-CGTG-G-GGAA-ATTCGA-GA-GA--------GATGTA--T-GG-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-GCTCT-TAACTTGC--AG-TC--GG----C-CACCCA--GTC-AAG-T
gi|27772                      : AACCG-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-C-CCTG-A-GGAA-ATTCGACTT-GA--------G--GTT--T-CG-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--AT-GAACTTCC--AG-TC--GG----C-CACCCA--GTC-AAG-TG-GTG-----AG-A-CTTTGAGA
gi|27773                      : AACAT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-G-GGAA-ATTCAACGA-TA--------G--GTT--T-GGTTTGGG-TCC--T-CAGC-ACC------AA-A-C-A-TAACATAA-CTC-AC-CA-G--CT-GAACTTGC--AG-TA--AG----T-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27774                      : AAACT-CGGTC-TTA-G-AGA-AA-A-CCTG-G-GGAA-ATTCGACGA-GA--------G--GTT--T-GG-----G-TCC--T-CAGC-AAC------AG-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CT-GAACTTGC--AG-TT--GG----C-CACCC-----C-AAG-CA-TTG-----A
gi|27775                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-G-GGAA-ATTCCACAA-GA--------G--CTT--T-GG-----A-TCC--T-CAGC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CT-GAACTTCC--AG-TC--GG------CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAAtac
gi|27778                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-GGGGAA-A-CGTG-G-GAA---TTCGACGAAGA--------T--GTA--T-GG-----G-TCC--TCAAGCGACC------AG-A-CCA-T-----AA-TCA-AC-CG-A--GT-TAACTTGC--AGGTC--GA----C-CAC--A--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTCTGAA
gi|27776                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-G-GGAA-ATTCCACAA-GA--------G--CTT--T-GG-----A-TCC--T-CAGC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-CA-G---C-TGACTT-C--AG-TC--GG------CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27779                      : AACCC-GAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-G-GATA-ATTCGACGA-GA--------G--CTT--T-GG-----G-TCC--C-CAGC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--
gi|27780                      : AACCC-GAGTT-TCG-G-ATA-CA-T-ATTG-A-GGAG-ATTTGAGAA-GA--------G--GTT--T-GG-----A-TCT--T-CAGC-GCC------CA-A-C-A-T-----CA-CAC-AC-CA-A--CT-GAATTTCC--AA-GC--GG----C-CACCCA--GTC-CAG-TG-GTG-----AG-A-
gi|27784                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCG-GAAA-ATTCGA-GA-GA--------G--GTA--T-GG-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-TA-G--CT-TAACTTG---AG-TC--GG------CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAAcgttg
gi|27783                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCG-GAAA-ATTCGA-GA-GA--------G--GTA--T-GG-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-TA-G--CT-TAACTTG---AG-TC--GG------CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27782                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCG-GAAA-ATTCGA-GA-GA--------G--GTA--T-GG-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-TA-G--CT-TAACTTG---AG-TC--GG------CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27781                      :  ACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-G-GGAA-ATTCGACGA-GACTCGGAGAG--GTT--TTGG-----G-TCC--T-CAGC-ACA------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CT-AAACTTGC--AG-T-----------CATCCA--GTC-AAG-CG-GTA-----AG-A-TTTTGAGA
gi|27785                      :  ACCT-CATTC-TTG-T-AGA-AA-AACGTT-G-GAA---TTCGAAGA-GA--------AT-GTAAAT-GG-----GGTCCGTC-AAGC-ACC------AG-AGC-AGT-----AAACTCCAC-CA-G--CTATAACTTGCCCAG-T----G----C-CACCCA--GTC-AAG-
gi|27786                      :   CCT-CAGTC-TTG-----A-TA-A-CGTA-GAGACATATTCGACGA-GA--------TCTGTA--T-GG-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AGTA-C-A-T-----AA-CTC-AC-CATG--CT-TCA--TGT--AA-TT--GGTCGAC-CACCCAGGGTC-AAG-TATGTGGGAGAAG-A-CTCTGAAA
gi|27787                      :    CT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-G-GAAA-AATCGACGA-GA--------T--GTA--C-GA-----G-TCC--T-CAGC-ACC------AT-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CT-TAACTTGC--AG-TC--GG----C-
gi|27788                      :    CT-CAGTC-TTG-GGAGA-AA-A-CGTG-G-GAAA-ATTCGACGA-GA-----------TTA--T-GG-----T-CCC--T-CAAC-ACCAGATCTAG-A-C-A-T-----AA-CTC-ACGCA-G--CT-T-ACTTGCAAAG-TCAAGT----CACACTCA--GTCAAAG-TA-GTG-----AG-ACCTCTGAAA
gi|27789                      :     T-CAGTC-TTC-G-AGA-AA-A-CCTG-A-GGAA-ATTCGACGA-AA--------G--GTT--T-GG-----G-TTC--T-CAGC-ACT------AG-A-C-A-T-----AA-CTT-AC-CA-G--CT-GAACTTGC--AG-TC--CG----C-CACCCG--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27791                      :                                                                                                                                       AACTTGC--AG-TA--AG----T-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27792                      :                                                                                                                                    ctgAACTTGC--AG-TC--GA----C-CACCCA--GTC-AAG-TA-GT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27790 ): GAGAAGCTTTTTGGGTCGTCCACGTCGGACATGACACACCAACTGAATTTCCAGTTTGCGTCCCAGAACGAGGGAGACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                    11111111111                                                                                                                                          
lowQualScore                  :      5     5   222   1  888 1  5  0 1 1      1  1  00000000000 333 333 1  44444 1   1   3  1   555555  1 1 1 1 44444  1   1  1  1 22  22       44 3333 1  22  55      22   1   5  2   55555  6 2        
lowQualScore                  :      .     .   ...   .  ... .  .  . . .      .  .  ........... ... ... .  ..... .   .   .  .   ......  . . . . .....  .   .  .  . ..  ..       .. .... .  ..  ..      ..   .   .  .   .....  . .        
lowQualScore                  :      7     7   000   9  222 0  7  9 9 9      9  8  55555555555 222 555 8  55555 8   8   6  8   222222  8 8 8 8 55555  8   8  8  8 44  77       88 7777 7  44  11      55   8   5  0   33333  3 1        
consensus                     : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CTG-AACTTGC--A----G-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
Reference ( family-743 )      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CTN-AACTTGC--A----G-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27769                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-C-C-A-T-----AA-CTC-AG-CA-G--CTG-AACTTTC--A----G-TC--GAC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTT
gi|27770                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TAA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CCT-AACTTGC--A----G-TT--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-TTCTGAAA
gi|27771                      : AACCC-CAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-------TCC-TCA-GC-ATC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CTG-AATTTGC--A----G-CC--AGC-AACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27772                      : AACCG-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-C-CCTG-AGGA-A-ATTCGACTT-GA--------G--G---TT--T-CG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--ATG-AACTTCC--A----G-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TG-GTG-----AG-A-CTTTGAGA
gi|27773                      : AACAT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCAACGA-TA--------G--G---TT--T-GGTTTGGG-TCC-TCA-GC-ACC------AA-A-C-A-TAACATAA-CTC-AC-CA-G--CTG-AACTTGC--A----G-TA--AGT-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27774                      : AAACT-CGGTC-TTA-G-AGA-AA-A-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CTG-AACTTGC--A----G-TT--GGC-CACCC-----C-AAG-CA-TTG-----AT-A-
gi|27775                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-GGGA-A-ATTCCACAA-GA--------G--C---TT--T-GG-----A-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CTG-AACTTCC--A----G-TC--GG--CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27776                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-GGGA-A-ATTCCACAA-GA--------G--C---TT--T-GG-----A-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CTG--ACTT-C--A----G-TC--GG--CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27777                      : AACCT-CAGTC-TTGTA-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGA-GA-GA--------GATG---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-GCTCTT-AACTTGC--A----G-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-T
gi|27778                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-GGGGAA-A-CGTG-GG---A-ATTCGACGAAGA--------T--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCAAGCGACC------AG-A-CCA-T-----AA-TCA-AC-CG-A--GTT-AACTTGC--A----GGTC--GAC-CAC--A--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTCTGAA
gi|27779                      : AACCC-GAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-GGAT-A-ATTCGACGA-GA--------G--C---TT--T-GG-----G-TCC-CCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--
gi|27780                      : AACCC-GAGTT-TCG-G-ATA-CA-T-ATTG-AGGA-G-ATTTGAGAA-GA--------G--G---TT--T-GG-----A-TCT-TCA-GC-GCC------CA-A-C-A-T-----CA-CAC-AC-CA-A--CTG-AATTTCC--A----A-GC--GGC-CACCCA--GTC-CAG-TG-GTG-----AG-A-CGTTG
gi|27781                      :  ACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GACTCGGAGAG--G---TT--TTGG-----G-TCC-TCA-GC-ACA------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CTA-AACTTGC--A----G-T-------CATCCA--GTC-AAG-CG-GTA-----AG-A-TTTTGAGA
gi|27782                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-TA-G--CTT-AACTTG---A----G-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27783                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-TA-G--CTT-AACTTG---A----G-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27784                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-TA-G--CTT-AACTTG---A----G-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27785                      :  ACCT-CATTC-TTG-T-AGA-AA-AACGTT-GG---A-ATTCGAAGA-GA--------AT-G---TAAAT-GG-----GGTCCGTCAAGC-ACC------AG-AGC-AGT-----AAACTCCAC-CA-G--CTATAACTTGCCCA----G-T----GC-CACCCA--GTC-AAG-
gi|27786                      :   CCT-CAGTC-TTG-----A-TA-A-CGTA-GAGACATATTCGACGA-GA--------TCTG---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AGTA-C-A-T-----AA-CTC-AC-CATG--CTT-CA--TGT--AATTGG-TC--GAC-CACCCAGGGTC-AAG-TATGTGGGAGAAG-A-CTCTGAAA
gi|27787                      :    CT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-AATCGACGA-GA--------T--G---TA--C-GA-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AT-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-CA-G--CTT-AACTTGC--A----G-TC--GGC-
gi|27788                      :    CT-CAGTC-TTG-GGAGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA-----------T---TA--T-GG-----T-CCC-TCA-AC-ACCAGATCTAG-A-C-A-T-----AA-CTC-ACGCA-G--CTT--ACTTGCAAA----G-TCAAGTCACACTCA--GTCAAAG-TA-GTG-----AG-ACCTCTGAAA
gi|27789                      :     T-CAGTC-TTC-G-AGA-AA-A-CCTG-AGGA-A-ATTCGACGA-AA--------G--G---TT--T-GG-----G-TTC-TCA-GC-ACT------AG-A-C-A-T-----AA-CTT-AC-CA-G--CTG-AACTTGC--A----G-TC--CGC-CACCCG--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27790                      :                                               GA-GA--------A--GCTTTT--T-GG-----G-TCG-TCC-AC-GTC------GG-A-C-A-T-----GA-CAC-AC-CA-A--CTG-AATTTCC--A----G-TT--TGC-GTCCCA--G---AAC-GA-GGG-----AG-A-CT
gi|27791                      :                                                                                                                                   --CTG-AACTTGC--A----G-TA--AGT-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27792                      :                                                                                                                                        -AACTTGC--A----G-TC--GAC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GT





Alignments
lowQualScore                  :                                                    11111111111                                                                                                                                           
lowQualScore                  :      5     5   222   1  888 1  5  0 1 1      1  1  00000000000 333 333 1  44444 1   1   3  1   555555  1 1 1 1 44444  1   1  1 1 1 22 3333 33       44  1  22  55      22   1   5  2   55555  6 2        
lowQualScore                  :      .     .   ...   .  ... .  .  . . .      .  .  ........... ... ... .  ..... .   .   .  .   ......  . . . . .....  .   .  . . . .. .... ..       ..  .  ..  ..      ..   .   .  .   .....  . .        
lowQualScore                  :      7     7   000   9  222 0  7  9 9 9      9  8  55555555555 222 555 8  55555 8   8   6  8   222222  8 8 8 8 55555  8   8  8 8 8 44 9999 44       88  7  44  11      55   8   5  0   33333  3 1        
consensus                     : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
Reference ( family-743 )      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27769                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-C-C-A-T-----AA-CTC-AG-C-A-G--C----TG-AACTTTC--AG-TC--GAC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTT
gi|27770                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TAA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----CT-AACTTGC--AG-TT--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-TTCTGAAA
gi|27771                      : AACCC-CAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-------TCC-TCA-GC-ATC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AATTTGC--AG-CC--AGC-AACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27772                      : AACCG-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-C-CCTG-AGGA-A-ATTCGACTT-GA--------G--G---TT--T-CG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--A----TG-AACTTCC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TG-GTG-----AG-A-CTTTGAGA
gi|27773                      : AACAT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCAACGA-TA--------G--G---TT--T-GGTTTGGG-TCC-TCA-GC-ACC------AA-A-C-A-TAACATAA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TA--AGT-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27774                      : AAACT-CGGTC-TTA-G-AGA-AA-A-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TT--GGC-CACCC-----C-AAG-CA-TTG-----AT-A-
gi|27775                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-GGGA-A-ATTCCACAA-GA--------G--C---TT--T-GG-----A-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTCC--AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27776                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-GGGA-A-ATTCCACAA-GA--------G--C---TT--T-GG-----A-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG--ACTT-C--AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27777                      : AACCT-CAGTC-TTGTA-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGA-GA-GA--------GATG---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-GCTC----TT-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-T
gi|27778                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-GGGGAA-A-CGTG-GG---A-ATTCGACGAAGA--------T--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCAAGCGACC------AG-A-CCA-T-----AA-TCA-AC-CGA-G--T----T--AACTTGC--AGGTC--GAC-CAC--A--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTCTGAA
gi|27779                      : AACCC-GAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-GGAT-A-ATTCGACGA-GA--------G--C---TT--T-GG-----G-TCC-CCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--
gi|27780                      : AACCC-GAGTT-TCG-G-ATA-CA-T-ATTG-AGGA-G-ATTTGAGAA-GA--------G--G---TT--T-GG-----A-TCT-TCA-GC-GCC------CA-A-C-A-T-----CA-CAC-AC-C-A-A--C----TG-AATTTCC--AA-GC--GGC-CACCCA--GTC-CAG-TG-GTG-----AG-A-CGTTG
gi|27781                      :  ACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GACTCGGAGAG--G---TT--TTGG-----G-TCC-TCA-GC-ACA------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TA-AACTTGC--AG-T-------CATCCA--GTC-AAG-CG-GTA-----AG-A-TTTTGAGA
gi|27782                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27783                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27784                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27785                      :  ACCT-CATTC-TTG-T-AGA-AA-AACGTT-GG---A-ATTCGAAGA-GA--------AT-G---TAAAT-GG-----GGTCCGTCAAGC-ACC------AG-AGC-AGT-----AAACTCCAC-C-A-G--C----TATAACTTGCCCAG-T----GC-CACCCA--GTC-AAG-
gi|27786                      :   CCT-CAGTC-TTG-----A-TA-A-CGTA-GAGACATATTCGACGA-GA--------TCTG---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AGTA-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-ATG--CTTCATG-TAATTG----G-TC--GAC-CACCCAGGGTC-AAG-TATGTGGGAGAAG-A-CTCTGAAA
gi|27787                      :    CT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-AATCGACGA-GA--------T--G---TA--C-GA-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AT-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TT-AACTTGC--AG-TC--GGC-
gi|27788                      :    CT-CAGTC-TTG-GGAGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA-----------T---TA--T-GG-----T-CCC-TCA-AC-ACCAGATCTAG-A-C-A-T-----AA-CTC-ACGC-A-G--C----TT--ACTTGCAAAG-TCAAGTCACACTCA--GTCAAAG-TA-GTG-----AG-ACCTCTGAAA
gi|27789                      :     T-CAGTC-TTC-G-AGA-AA-A-CCTG-AGGA-A-ATTCGACGA-AA--------G--G---TT--T-GG-----G-TTC-TCA-GC-ACT------AG-A-C-A-T-----AA-CTT-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--CGC-CACCCG--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27790                      :                                               GA-GA--------A--GCTTTT--T-GG-----G-TCG-TCC-AC-GTC------GG-A-C-A-T-----GA-CAC-AC-C-A-A--C----TG-AATTTCC--AG-TT--TGC-GTCCCA--G---AAC-GA-GGG-----AG-A-CT
gi|27791                      :                                                                                                                                    --C----TG-AACTTGC--AG-TA--AGT-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27792                      :                                                                                                                                             -AACTTGC--AG-TC--GAC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GT





Alignments
lowQualScore                  :                                                    11111111111                                                                                                                                           
lowQualScore                  :      5     5   222   1  888 1  5  0 1 1      1  1  00000000000 333 333 1  44444 1   1   3  1   555555  1 1 1 1 44444  1   1  1 1 1 22 3333 33       44  1  22  55      22   1   5  2   55555  6 2        
lowQualScore                  :      .     .   ...   .  ... .  .  . . .      .  .  ........... ... ... .  ..... .   .   .  .   ......  . . . . .....  .   .  . . . .. .... ..       ..  .  ..  ..      ..   .   .  .   .....  . .        
lowQualScore                  :      7     7   000   9  222 0  7  9 9 9      9  8  55555555555 222 555 8  55555 8   8   6  8   222222  8 8 8 8 55555  8   8  8 8 8 44 9999 44       88  7  44  11      55   8   5  0   33333  3 1        
consensus                     : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
Reference ( family-743 )      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27769                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-C-C-A-T-----AA-CTC-AG-C-A-G--C----TG-AACTTTC--AG-TC--GAC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTT
gi|27770                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TAA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----CT-AACTTGC--AG-TT--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-TTCTGAAA
gi|27771                      : AACCC-CAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-------TCC-TCA-GC-ATC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AATTTGC--AG-CC--AGC-AACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27772                      : AACCG-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-C-CCTG-AGGA-A-ATTCGACTT-GA--------G--G---TT--T-CG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--A----TG-AACTTCC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TG-GTG-----AG-A-CTTTGAGA
gi|27773                      : AACAT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCAACGA-TA--------G--G---TT--T-GGTTTGGG-TCC-TCA-GC-ACC------AA-A-C-A-TAACATAA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TA--AGT-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27774                      : AAACT-CGGTC-TTA-G-AGA-AA-A-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TT--GGC-CACCC-----C-AAG-CA-TTG-----AT-A-
gi|27775                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-GGGA-A-ATTCCACAA-GA--------G--C---TT--T-GG-----A-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTCC--AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27776                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-GGGA-A-ATTCCACAA-GA--------G--C---TT--T-GG-----A-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG--ACTT-C--AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27777                      : AACCT-CAGTC-TTGTA-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGA-GA-GA--------GATG---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-GCTC----TT-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-T
gi|27778                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-GGGGAA-A-CGTG-GG---A-ATTCGACGAAGA--------T--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCAAGCGACC------AG-A-CCA-T-----AA-TCA-AC-CGA-G--T----T--AACTTGC--AGGTC--GAC-CAC--A--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTCTGAA
gi|27779                      : AACCC-GAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-GGAT-A-ATTCGACGA-GA--------G--C---TT--T-GG-----G-TCC-CCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--
gi|27780                      : AACCC-GAGTT-TCG-G-ATA-CA-T-ATTG-AGGA-G-ATTTGAGAA-GA--------G--G---TT--T-GG-----A-TCT-TCA-GC-GCC------CA-A-C-A-T-----CA-CAC-AC-C-A-A--C----TG-AATTTCC--AA-GC--GGC-CACCCA--GTC-CAG-TG-GTG-----AG-A-CGTTG
gi|27781                      :  ACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GACTCGGAGAG--G---TT--TTGG-----G-TCC-TCA-GC-ACA------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TA-AACTTGC--AG-T-------CATCCA--GTC-AAG-CG-GTA-----AG-A-TTTTGAGA
gi|27782                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27783                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27784                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27785                      :  ACCT-CATTC-TTG-T-AGA-AA-AACGTT-GG---A-ATTCGAAGA-GA--------AT-G---TAAAT-GG-----GGTCCGTCAAGC-ACC------AG-AGC-AGT-----AAACTCCAC-C-A-G--C----TATAACTTGCCCAG-T----GC-CACCCA--GTC-AAG-
gi|27786                      :   CCT-CAGTC-TTG-----A-TA-A-CGTA-GAGACATATTCGACGA-GA--------TCTG---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AGTA-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-ATG--CTTCATG-TAATTG----G-TC--GAC-CACCCAGGGTC-AAG-TATGTGGGAGAAG-A-CTCTGAAA
gi|27787                      :    CT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-AATCGACGA-GA--------T--G---TA--C-GA-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AT-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TT-AACTTGC--AG-TC--GGC-
gi|27788                      :    CT-CAGTC-TTG-GGAGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA-----------T---TA--T-GG-----T-CCC-TCA-AC-ACCAGATCTAG-A-C-A-T-----AA-CTC-ACGC-A-G--C----TT--ACTTGCAAAG-TCAAGTCACACTCA--GTCAAAG-TA-GTG-----AG-ACCTCTGAAA
gi|27789                      :     T-CAGTC-TTC-G-AGA-AA-A-CCTG-AGGA-A-ATTCGACGA-AA--------G--G---TT--T-GG-----G-TTC-TCA-GC-ACT------AG-A-C-A-T-----AA-CTT-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--CGC-CACCCG--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27790                      :                                               GA-GA--------A--GCTTTT--T-GG-----G-TCG-TCC-AC-GTC------GG-A-C-A-T-----GA-CAC-AC-C-A-A--C----TG-AATTTCC--AG-TT--TGC-GTCCCA--G---AAC-GA-GGG-----AG-A-CT
gi|27791                      :                                                                                                                                    --C----TG-AACTTGC--AG-TA--AGT-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27792                      :                                                                                                                                             -AACTTGC--AG-TC--GAC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GT


blockSeqs                     :      G     C   TA    G  TA  G  C    C T      C  A  CTCGGAGAG   CTT AAA T  TTTGG G   G   A  G   AGATCT  T G C G AACAT  A   C  G G T CT TTCA AT       CC  G  AA  CA      GG   A   T  T   GGAGA  T C
blockSeqs                     :      G     C   GG    .  TA  C  C    . .      C  .  GAT         .   A   .  .     .   .   A  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    T        AA  .  .   C       .    .   T  .   .      T .
blockSeqs                     :      G     C   G     .  TA  C  C    . .      C  .  TCT         .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   C       .    .   T  .   .      T .
blockSeqs                     :      .     .   A     .  AA  G  .    . .      C  .  AT          .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  A   C  .    . .      C  .  G           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   T       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  T   A  .    . .      C  .  G           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  C   A  .    . .      C  .  G           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   C     .  A   G  .    . .      C  .  G           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   C     .  A   G  .    . .      C  .  G           .   A   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    T        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  C   C  .    . .      G  .  G           .   A   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   A     .  C   T  .    . .      C  .  G           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    A        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  A   C  .    . .      A  .  T           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    T        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  A   G  .    . .      C  .  G           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    T        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  T   G  .    . .      C  .  G           .   A   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    T        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  T   G  .    . .      C  .  G           .   A   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   T       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  T   G  .    . .      C  .  G           .   A   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    T        .   .  .   C       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   T     .  A   G  .    . .      .  .  G           .   A   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    T        .   .  .   .       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  A   G  .    . .      .  .  T           .   A   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   .       .    .   .  .   .      . .
blockSeqs                     :      .     .   G     .  A   G  .    . .      .  .  G           .   A   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   .       .    .   .  .             
blockSeqs                     :      .     .   .     .  A   C  .    . .      .  .  A           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    G        .   .  .   .       .    .   .                
blockSeqs                     :                                                 .  .           .   T   .  .     .   .   .  .   .       . . . . .      .   .  . . . .  .    .        .   .  .   .       .    .   .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .                .   .  .   .                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
finalCons                     : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                    11111111111                                                                                                                                           
lowQualScore                  :      5     5   222   1  888 1  5  0 1 1      1  1  00000000000 333 333 1  44444 1   1   3  1   555555  1 1 1 1 44444  1   1  1 1 1 22 3333 33       44  1  22  55      22   1   5  2   55555  6 2        
lowQualScore                  :      .     .   ...   .  ... .  .  . . .      .  .  ........... ... ... .  ..... .   .   .  .   ......  . . . . .....  .   .  . . . .. .... ..       ..  .  ..  ..      ..   .   .  .   .....  . .        
lowQualScore                  :      7     7   000   9  222 0  7  9 9 9      9  8  55555555555 222 555 8  55555 8   8   6  8   222222  8 8 8 8 55555  8   8  8 8 8 44 9999 44       88  7  44  11      55   8   5  0   33333  3 1        
consensus                     : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
Reference ( family-743 )      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TN--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27769                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-C-C-A-T-----AA-CTC-AG-C-A-G--C----TG-AACTTTC--AG-TC--GAC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTT
gi|27770                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TAA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----CT-AACTTGC--AG-TT--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-TTCTGAAA
gi|27771                      : AACCC-CAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-------TCC-TCA-GC-ATC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AATTTGC--AG-CC--AGC-AACCCA--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27772                      : AACCG-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-C-CCTG-AGGA-A-ATTCGACTT-GA--------G--G---TT--T-CG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--A----TG-AACTTCC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-TG-GTG-----AG-A-CTTTGAGA
gi|27773                      : AACAT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCAACGA-TA--------G--G---TT--T-GGTTTGGG-TCC-TCA-GC-ACC------AA-A-C-A-TAACATAA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TA--AGT-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27774                      : AAACT-CGGTC-TTA-G-AGA-AA-A-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GA--------G--G---TT--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TT--GGC-CACCC-----C-AAG-CA-TTG-----AT-A-
gi|27775                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-GGGA-A-ATTCCACAA-GA--------G--C---TT--T-GG-----A-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG-AACTTCC--AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27776                      : AACCT-CAGTC-TTG-C-AGA-AA-C-TATG-GGGA-A-ATTCCACAA-GA--------G--C---TT--T-GG-----A-TCC-TCA-GC-AAC------AG-A---A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TG--ACTT-C--AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAG-GA-GTG-----AG-G-CTTTGAAA
gi|27777                      : AACCT-CAGTC-TTGTA-AGA-AA-A-CGTG-GGGA-A-ATTCGA-GA-GA--------GATG---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-GCTC----TT-AACTTGC--AG-TC--GGC-CACCCA--GTC-AAG-T
gi|27778                      : AACCT-CAGTC-TTG-G-GGGGAA-A-CGTG-GG---A-ATTCGACGAAGA--------T--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCAAGCGACC------AG-A-CCA-T-----AA-TCA-AC-CGA-G--T----T--AACTTGC--AGGTC--GAC-CAC--A--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTCTGAA
gi|27779                      : AACCC-GAGTC-TTG-A-AGA-AA-T-CCTG-GGAT-A-ATTCGACGA-GA--------G--C---TT--T-GG-----G-TCC-CCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--
gi|27780                      : AACCC-GAGTT-TCG-G-ATA-CA-T-ATTG-AGGA-G-ATTTGAGAA-GA--------G--G---TT--T-GG-----A-TCT-TCA-GC-GCC------CA-A-C-A-T-----CA-CAC-AC-C-A-A--C----TG-AATTTCC--AA-GC--GGC-CACCCA--GTC-CAG-TG-GTG-----AG-A-CGTTG
gi|27781                      :  ACCT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-T-CCTG-GGGA-A-ATTCGACGA-GACTCGGAGAG--G---TT--TTGG-----G-TCC-TCA-GC-ACA------AG-A-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TA-AACTTGC--AG-T-------CATCCA--GTC-AAG-CG-GTA-----AG-A-TTTTGAGA
gi|27782                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27783                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27784                      :  ACCTGCAGTCCTTG-G-AGA-AATA-CGTGCGGAA-A-ATTCGA-GA-GA--------G--G---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AG-A-C-A-T-----AA-CTC--C-T-A-G--C----TT-AACTTG---AG-TC--GG--CACCCA--GTC-AAATTG-GTG-----AGTA-TTTTGAA
gi|27785                      :  ACCT-CATTC-TTG-T-AGA-AA-AACGTT-GG---A-ATTCGAAGA-GA--------AT-G---TAAAT-GG-----GGTCCGTCAAGC-ACC------AG-AGC-AGT-----AAACTCCAC-C-A-G--C----TATAACTTGCCCAG-T----GC-CACCCA--GTC-AAG-
gi|27786                      :   CCT-CAGTC-TTG-----A-TA-A-CGTA-GAGACATATTCGACGA-GA--------TCTG---TA--T-GG-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AGTA-C-A-T-----AA-CTC-AC-C-ATG--CTTCATG-TAATTG----G-TC--GAC-CACCCAGGGTC-AAG-TATGTGGGAGAAG-A-CTCTGAAA
gi|27787                      :    CT-CAGTC-TTG-G-AGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-AATCGACGA-GA--------T--G---TA--C-GA-----G-TCC-TCA-GC-ACC------AT-A-T-A-T-----AA-CTC-AC-C-A-G--C----TT-AACTTGC--AG-TC--GGC-
gi|27788                      :    CT-CAGTC-TTG-GGAGA-AA-A-CGTG-GGAA-A-ATTCGACGA-GA-----------T---TA--T-GG-----T-CCC-TCA-AC-ACCAGATCTAG-A-C-A-T-----AA-CTC-ACGC-A-G--C----TT--ACTTGCAAAG-TCAAGTCACACTCA--GTCAAAG-TA-GTG-----AG-ACCTCTGAAA
gi|27789                      :     T-CAGTC-TTC-G-AGA-AA-A-CCTG-AGGA-A-ATTCGACGA-AA--------G--G---TT--T-GG-----G-TTC-TCA-GC-ACT------AG-A-C-A-T-----AA-CTT-AC-C-A-G--C----TG-AACTTGC--AG-TC--CGC-CACCCG--GTC-AAG-TA-GTG-----AG-A-CTTTGAAA
gi|27790                      :                                               GA-GA--------A--GCTTTT--T-GG-----G-TCG-TCC-AC-GTC------GG-A-C-A-T-----GA-CAC-AC-C-A-A--C----TG-AATTTCC--AG-TT--TGC-GTCCCA--G---AAC-GA-GGG-----AG-A-CT
gi|27791                      :                                                                                                                                    --C----TG-AACTTGC--AG-TA--AGT-CACCCA--GTC-AAA-TA-GTG-----AA-A-CTTTGAAA
gi|27792                      :                                                                                                                                             -AACTTGC--AG-TC--GAC-CACCCA--GTC-AAG-TA-GT