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lowQualScore                  :    1            1       22      777777777    2  99     4  3333 4 55     4     8        77777   4   7      
lowQualScore                  :    .            .       ..      .........    .  ..     .  .... . ..     .     .        .....   .   .      
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Reference ( gi|19608 )        : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCT---------ACACTGG--GATTC-TA-A--A-T--TCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCAGAAGTG
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Alignments
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lowQualScore                  :    .            .       ..        ..........      ...   . .. ..  .      .     .        .....   .          
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Reference ( family-742 )      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ACGGGG-A-TTC-T--A--GA-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
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Alignments
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Reference ( family-742 )      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ACGGGG-A-TTC-T--A--GA-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
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blockSeqs                     :    .            .       .         C               AA    . .  T   .      .     G        CTG     .
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blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :    .            .       .         .                                                             
blockSeqs                     :                                   .                                                             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ACGGGG-A-TTC-T--A--GA-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
finalCons                     : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ACGGGG-A-TTC-T--A--GA-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                              11                        11111              
lowQualScore                  :    1            1       22        9999999999      444   3 55 22  3      3     7        55555   3          
lowQualScore                  :    .            .       ..        ..........      ...   . .. ..  .      .     .        .....   .          
lowQualScore                  :    8            8       55        3333333333      111   6 00 33  6      6     3        55555   6          
consensus                     : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ACGGGG-A-TTC-T--A--GA-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
Reference ( family-742 )      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ACGGGG-A-TTC-T--A--GA-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
gi|19608                      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ACTGGG-A-TTC-T--A--AA-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCAGAAGTG
gi|19609                      : CTA-AACTGGTACCCCCGTTGATT--GGTGCTAC----------ACTGGG-A-TTC-T--A---A-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCAG-AGTG
gi|19610                      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ATGGAG-A-TTC-T--A--GA-TTCTGT-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
gi|19611                      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTTATT--GGTGCTAC----------ATGGAG-A-TTC-T--A--GA-TTCTGC-CTATA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
gi|19612                      : CTA-AACTGGTACCCT-ATTGATT--GGTGCTAC----------ATAGGG---TTC-T--A--GA-TTCTGC-CTGTA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
gi|19613                      : CTACAGCTGGTACCT--ATTGATT--GGTGCTAC----------ATAGGGTA-T---------GA-TTCTGC-CTGTA-GGTGGCGG-----TAA-TCCGGAAGTG
gi|19614                      : CTA-A--TGGTACCCC-GT-GATT--G-TGCTAC----------ATGGAG-A-TTC-T--A--AATTTCTGC-CTATA-GG-GGCGGTGGTTTAA-TCCGGAAGT
gi|19615                      : CTA-AACTGGTACCC--GTT-ATT--G-TGTTACC---------GTGGAG-A-CTC-T--AT-GA-T-CTGC-TCATA-GGTGGCGG-----TAA--CCGGAAGTG
gi|19616                      : CTA-AACTGGTACCC--GTTGATTTGGATGCTATCAATTAGACAATGGAA-AATTC-T--AAAGA-TTCTGC-CTATACGGTGGCGG-----T-A-TCCGG-AGTG
gi|19617                      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------AC
gi|19618                      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAT----------AC
gi|19619                      : CTA-AACTGGTACCCC-ATTGATT--GGTGCTAC----------A
gi|19620                      : CTA-ACCTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------ACnt
gi|19621                      : CTA-AACTGGTACCCC-GTTGCTT--GGTGCTAC----------AC
gi|19622                      : CTA-AACTGGTGCCCC-ATTGATT--GGTGCTAC----------A
gi|19623                      : CTA-AACTGGTCCCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------
gi|19624                      :  TA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------AC
gi|19625                      :  TA-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------AC
gi|19626                      :  TA-AACTGGTATCCC-GTTGATT--GGTGCTAC----------AC
gi|19627                      :  TA-AACTGGTACCCC-GTAGATT--GGTGCTAC----------AC
gi|19628                      :  TA-AACTGGTACCCC-GTTGACT--GGTGCTAC----------
gi|19629                      :   A-AACTGGTACCCC-GTTGATT--GATGCTAC----------AC
gi|19630                      :                            GTACTAC----------ACGGGG-G-TTC-TGAA--TA-TTCTGCGCTTTA-GGTGGCGGCTG--TAA-TCCGGAAGT
gi|19631                      :                                                GGG-A-TTCGT--AA-GA-TTCTGC-CTATAGGGTGGCGG-----TAATTCCGGAAGTG