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originalCons                  : GATACG-AGCTCTTCTGT-GTAGGAGGTGCA-TTTAG-TGGAACTTTGAA--TGCCG--AGGTGGG--ACA----GAGTG
finalCons                     : GATACG-AGCTCTTCTGT-GTAGGAGGTGCA-TTTAG-TGGAACTTTGAA--TGCCG--AGGTGGG--ACA----GAGTG





Alignments
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lowQualScore                  :       .           .            .     .            ..     ..       ..   ....     
lowQualScore                  :       8           0            7     7            44     55       55   9999     
consensus                     : GATACG-AGCTCTTCTGT-GTAGGAGGTGCA-TTTAG-TGGAACTTTGAA--TGCCG--AGGTGGG--ACA----GAGTG
Reference ( family-741 )      : GATACG-AGCTCTTCTGT-GTAGGAGGTGCA-TTTAG-TGGAACTTTGAA--TGCCG--AGGTGGG--ACA----GAGTG
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gi|96051                      : GATACA-AACTCTTGTGT-GTAGGAGGTGCA-TTTAG-TGGAACTTTGGA--TGCCG--AGGTGGG--ACA----GAGTG
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gi|96059                      : GATACG-AGCTCTTTTGC-ATGGGAGGTGTA-TTTAA-TCTAATTTTCAA--TGCCG--AGGTGGA--ACA----AAGTG
gi|96060                      : GATACGCAACTCTTCTGT-AGAAGAGGTGCCCTTTAG-TGAAACTTTGAAATTGCCG--AGGTGGG--ACATTCCGAGTG
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gi|96064                      : GATAAG-AGCTCTTCTGC-GTAGGAGGTGTA-TTTAG-TGCAACTATCAA--TGTCT--TAGTGGG--ACA----TAG
gi|96065                      :  ATACG-GGCTCTTCTGT-GTAGGAGGTGCA-TTTGG-TGGAACTTAAAA--TGCCG--AAGTGGG--ACA----GAGT
gi|96066                      :  ATATG-AGCTCTTCTGC-GTAGGAGGTGCA-TTTTG-TGAAACTTTGAA--TGCCA--AGGTGGG--ACA----GAAT
gi|96067                      :     CG-AGCTCTTCTGTTGTAAAAGGTGCA-TTTAG-TGGAACTTTGAA--TGCCG--AGGT-AG--ACA----GAGTG
gi|96068                      :     CG-AGCTCTTCTGTTGTAAAAGGTGCA-TTTAG-TGGAACTTTGAA--TGCCG--AGGT-AG--ACA----GAGTG
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gi|96070                      :     CG-GGCTCTTCTGT-GAAGTAGGTGCA-TTTGG-TG-AACTTTGAA--TGACG--AGGTGGG--ACA----GAGTG
gi|96071                      :       -AGCTCTTTTGA-GTAGGAGGTGCA-TTTTA-TGGTACTTTAAA--TGCTG--CATAGGA--ACA----GAGTG
gi|96072                      :                 GT-GTAGGAGGTGCA-TTTAG-TGGAAATTTGAT--AGCCG--AGGTGGG--ACA----GAGTG
gi|96073                      :                gGT-GTAGGAGGTGTA-ATTAG-TGGAACTTTGAA--AGCCA--AGGTGGG--ACA----GAGTG