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lowQualScore                  :         77    55555  4              5  00 0          5   4444  7777777  666666 3     77 1  1 1 0  7777  1 22 1  33       333 1  44  66666666 1      1      3  2 2  1111111111111111111111111111111111111111111111  5      6666 4    4 2  8     444444444  5   33     66666666666666666666666666666666 5 2  4                
lowQualScore                  :         ..    .....  .              .  .. .          .   ....  .......  ...... .     .. .  . . .  ....  . .. .  ..       ... .  ..  ........ .      .      .  . .  ..............................................  .      .... .    . .  .     .........  .   ..     ................................ . .  .                
lowQualScore                  :         99    77777  2              3  22 2          6   0000  5555555  111111 2     66 8  8 8 3  0000  8 55 8  88       222 8  33  66666666 7      8      3  0 0  9999999999999999999999999999999999999999999999  3      7777 4    2 0  3     888888888  2   11     66666666666666666666666666666666 3 7  0                
consensus                     :   TCATTCGATCCA--CGNGGNATCACCACAGACAGTCA--GAGTCACATCCTNACA----GCN------GA-CNA--TGACAAT-NA-CC-G-TGTC----CA-C--A-TCN-TAGATCA---G-GA--CG--------G-ACAGTT-CCTCCGTTA-C-AT---A-----G---AC---TGTGGACTG--A-GN-NG-NCCN-CG-NGGNCTGTGT-G--TGGATA-CNAACGACAA--C------CTNTTT--GTTGCTCGAGNGA-G----NAAC----A---AAN---A-A-GTGAAGAAAATCAAATATC
Reference ( gi|118661 )       :   TCATTTGGTCCA--CAAGGAATCACCACAGACAGTCA--GAGTCACATCCTTACA----GCT------GA-TTA--TAACAAT-GA-CT-G-TGTC----CA-C--A-TCA-TAGACCA---G-GA--CG--------G-ACAGTT-CCTCCGTTA-C-AT---A-----G---AC---TGTGGACTG--A-GT-TC-TCCC-TG-GGGACTGTGT-A--TAGATA-CAAACGACAA--T------CTCTTT--GTTGCTCAAGAGA-G----AAAC----A---AAG---A-A-GTAAAGAAAATTAAATATC
gi|118660                     :   TCATTTGATCCA--GTTGGCATTGCAACAGACAGTCA--GAGTCACATCCTGACA----GCA------GA-CTG--CAACAAA-CA-TC-G-TATC----CA-C--A-TTC-TAGATCA---G-GA--CG--------G-ACAGTT-CCTTCGTTA-C-AT---T-----GATAAC---TGTGGTTTA--C-GA-TG-GCCA-TG-GGGCTTATGT-G--TCGACA-CCAGAAACAA--C------CTCTTT--GTGGC---AGAGT-G----TGAC----ACTGGGA---A-A-GTGAAGAAAATCCAATA
gi|118654                     :  aTCATTCAATCCA--CTAGGAATCACCACAGACAGTCA--GTGTCACATCCTTACA----GCT------GA-TTA--TTACAAT-AA-CT-G-TGTC----CA-C--A-TCA-TAGACCG---G-GA--CG--------G-ACA
gi|118655                     : aaTTATTCGATCCA--GCCGGCATCACTACAGACAGCCA--TAGTCACATCCTAACA----GCA------GA-CTA--CATGAAT-CA-CC-G-TATC----CA-T--A-TCC-TAGATCA---G-GA--CG--------G-ACAGTT-CAAC--TTA-C----------------------------------GC-TA-TCCA-AG-GGGGTTATGT-G--TGGACATCAGA-GTCAA--T------CTGTTT--GTCGCT---GAGT-G----TCAC----A---CTGGTAA-A-GTGAAGAACATTCATTATC
gi|118656                     : aaTCATTTAGTCCG--AGTGGTGTGACCACAGACAG-CAT-GTGTCACATCCTGATC----GCT------GA--CA--T--CAAT-AA-CC-A-CGTTATA-CA-T--A-TCA-TTGATCA---G-AA--CG--------G-ACAGTT-CCTCCAGTA-C-AT---A-----G---AC-------AACTGTAA-CT-TA-CACC------GACCATATCATCTCAATA-CAGACAGCAA--TGACATGTTGTTT--GTTGCTGCATAT--G----AAAC----T---AAC---ATA-TTGAAACAAATCAAGTAT
gi|118653                     : aaTCATTTAATCCA--CGTGGTGTGACCACAGACAG-CAT-GTGTCACATCCTGATC----GCT------GA-CCG--TGGTAAC-CA-CG-T-TATA----CA-T--A-TCA-TTGATCA---T-AA--CG--------G-ACAGTT-CCTCCAGTA-C-AT---A-----GAAAAC---TGT-AACTT--A-CA-CC-AACC------AATTG-AT-C--TCAGTA-CAGACAGCAA--TGATGTGTTGTTT--GTTGCTGAATGCA-A----AACC----A---ACA---T-T-GTGAAACAAATTAAATAT
gi|118657                     : aaTCATTTAATCCA--TGTGGTGTGACCACAGACAG-CAC-GTGTCACATCCTGATT----GCT------GA-CCG--TGGTCAC-CA-CG-T-TATA----CA-T--A-TCA-TTGATCA---A-AA--CG--------G-ACAGTT-CCTTCAGTA-C-AT---A-----GACAAC---TGT-GACTT--A-AA-CCAACCA-TA-TGGTCTCAGT-G--CAGACA-ACAATGACGT--G------TTGTTT--GTTACTGAA-CTA-G----TAAC----C---AAC---ATG-GTGAAACAAATTAAGTAT
gi|118648                     :  aaCATTCAATCCA--CGAGGAATCACCACAGACAGTCA--GAATCACATCCTTACA----GCT------GA-TGT--TAACAAT-GA-CT-G-TGTG----CA-C--A-TCA-TAGACCA---G-GA--CG--------G-ACAGTT-CCTCCATTA-C-AT---A-----G---AC---TGTGGACTG--A-GT-GT-ACCC-TG-GGGACTGTGT-A--TAGATA-CAAACGGCAA--T------CTGCTT--GTTGCTCAGTTTA-G----TAAC----A---AAC---A-A-GTGAAGAAAATCAAATATC
gi|118649                     : aacCATTCAATCCA--AAAGGAATCACCACAAACAGTCA--GAGTCACATCCTTATA----TCT------GA-TGA--TAAAAAT-GA-CT-G-TGTC----CA-C--A-TCA-TAGACCA---G-GA--CG--------G-ACTGTT-CCTCCGTTA-C-AC---A-----G---AC---TGTGGACTG--A-GA-AA-ACCC-CA-TGGACTGTAT-A--TCGATA-CAAACGACAA--T------CTGTTT--GTTGCTCAATGGA-G----AAAC----A---AAC---A-A-GTACACAAAATCAAATATC
gi|118651                     : aacCATTCGTTCCA--ACAGGAATCACTACAGACAGTCA--GAGTCACATCCTTTCA----TCT------GA-TGA--TAACAAT-CA-AT-G-TGTC----CA-C--A-TCA-TAGACCA---A-GA--CG--------G-ACAGTT-CCTTCGTTA-C-AT---A-----C---AA---CGTGGACTG--A-GT-GG-ACTC-AT-GGGACTGAGT-A--TAGATA-CAAATGACAA--T------CTGTTC--ATTGCTCAAAGCC-G----AAAC----C---AAA---A-A-GTGAAGAAAATCAAATATC
gi|118650                     : aacCATTCAACCCA--CAAGGAATCACCACAGACAGTCA--GAGTCGCATTCTTATA----ACT------GA-TGA--TTACAAG-CA-CT-G-TGTC----CA-C--A-TTT-TAGACGA---G-AA--CG--------G-ACAGTT-CCTCCGTTA-C-AT---A-----T---AC---TGTGCACTG--A-AT-GA-CCCC-CG-AGGACTGCAT-A--TAGATA-ACAACGACAA--T------TTGTTT--GTTGCTCAATCAA-A----AAAC----A---AAC---G-A-GTGAAGAAAATCAAATATC
gi|118662                     : aacCATTTTATCCATTCA--GCATCACTACAGACAGCCA--GAGTCACATCCTAACA----TCA------GA-CCG--TGACAAT-GG-TG-G-CATT----TA-C--A-TAA-TAGATCA---G-AA--CG--------G-ACAGTT-CCTCAG--A-C-AT---ATTCAGA---AC---TGTGGTTTA--A-GG-GC-TCCA-CA-CGGTTTGTGT-G--TCGATA-TAAAAAACAA--C------CACTTT--GTGGC---AGAG
gi|118663                     :      TTTTATCCA--TACGGCATTACAGCAGACAGCCA--G--TCACATCCTGACG----GCA------GA-CTA--TAACAAT-AA-CT-G-TATT----CA-C--A-TCC-TGGATCA---G-GA--TG--------G-GCAGTT-CCTCCGTTT-C-ATTC-A-----GA--AC---TGTCATTTA--C-GC-CG-TCCA-TT-TGGTTTATGT-G--TGGACA-CCAGTTGCAA--C------CTCTTT--G-TGGTGGAGTGG-G----CTACTGCTA---------A-A-GTGAAGAAAATTCAGTATCtgtaccactgtagccgtgaagaaatgccaacatc
gi|118664                     :      TTTGATCCA--CACGGCATCACAACAGACAGCCA--CAGCCATATCTTGACA----GCA------GA-CTG--TCACAAT-AA-CC-G-CATC----CA-C--A-TCC-TTGATGG---A-GA--CG--------G-AAAGTT-CCTTCGTTT-C-AT---T-----GATAAC---TGTGGTTTAC-A-A---C-GCCCATA-CAGCTTATCT-G--TGGATA-CCAATGACAA--C------GTTTTC--G-TACTTGAGCTACA----AAAT----A---GAA---A-A-TTGAAGAAAATTCGATACC
gi|118666                     :           TCCA--CGAGGAATCACCACAGACAATCA--GAGTCACATCCTTACA----GCT------GA-TTA--TAACAAT-CA-CT-G-TATC----CA-C--T-TCA-TAGACCA---G-GA--CG--------G-ACAGTT-CCTCCGTTA-C-AT---A-----G---AA---TGTGGACTG--A-GT-AA-ACCC-TG-GGGACTGTGT-A--TAGATA-CAAAGGACAA--T------CTTTTT--GTTGCTCAACGGA-G----TAAC----A---AAC---A-A-GTAAAGAAAATCAAATATC
gi|118652                     :                    GGAATCACAACAGACAGTCA--GAGTCAGATCCTGACA----GCA------GA-CAG--TGATAAT-CA-CT-G-TATC----CA-C--A-TCC-TGGACCA---G-AA--TG--------G-ACAGTT-CCTCCGCTA-T-AT---A-----GAGAAC---TGTGATCTG--A-AG-TA-CCCA-TA-CGGTTTATGC-G--TGGACA-AAAGTGACAA--C------TTGTTT--GTTGCT-----GA-GTTTTATAG----T---GGG---A-ATGTGAAGAAAATCAAGTATC
gi|118667                     :       aaccattcaaaccctggTCACTACA-ACAGCCA--GAGTCACATCCTGACA----GTTTGGGGGGA-CTA--TGACCACAGA-CCCG-TATC----CA-C--AATCC-TAGATCA---G-GAAACG--------G-ACAGTT-CCTCCGCTA-CCATTGAA-----A---AC---TTT----TA--C-GT-GG-TCCA-TG-TGGTTTATGT-G--TGGATA-TTAGAGATAACCT------CTCTTT--G
gi|118668                     :                        TCACTACAGACAGCCA--GAGTCACATCCTGACATTGGGGG------GACTTGACCAAC-AC-GACCC-G-TATC----CAGCAGA-TCC-TAGATCA---GAAA--CG--------GAACAGTTCCCTCCGCTACC-ATTGAA-----A---AC---T-TG--TTA--C-GTGTG-TCCA-TGTGCGTTTATGT-G--TGGATA-TTAGAGATAA--C------CTTTTTCGGTGGCGCAAGagtggcgaagtcgtaacactgctaaagtgaagaatat
gi|118665                     :                          ACCACAGACAG-CAT-GTGTCACATCCTGATC----TCT------GA-ATA--TGATAA---A-CC-A-CGTTTATACA-T--A-TCATTTGATCA---G-AAG-CG--------G-ACAG-T-CATCCAGTA-C-tcctaacactgctaaagtgaagaataatccatatc
gi|118659                     :          tttaatccagcgtgtgtgaACCGAC--TCAATGGGTCATATCATTGTG----GCA------GA-TAT--TGCCAAT-GA-CT-G-TCTA----CA-C--A-TTC-TAGACCA---G-AA--TG--------G-ACAATT-C
gi|118669                     :           aatcattccacccagaacagatagtgTCA--GAGTCGCATCCTCATA----ACT------GA-TTA--TTTCAAT-CA-CT-G-TGTC----CA-C--A-TCA-TAGattaaatgtgtggaaaaatgtgatcagccttttggactaagtatggaca
gi|118658                     :                                        --GAATCAGATCATTGTG----GCA------GA-TAA--AAACAAT-AA-CT-G-TCTA----CA-C--A-TCC-TGAATCA---A-AA--CG--------G-ACAGTT-CCTGAGATG-T-GT---G-----G---ACAATTGTGGACT---A-GA-TA-AACC-TGTAGGACTGAGT-G--TGGACA-
gi|118663                     :                                                   agtcatttattcctgaacaattagtgacggattccatA-CT-GGTGTC----CA-C--A--CA-TAAACCAAATG-GA--CGGCGTAAATG-ACAGTT-C
gi|118670                     :     ttttatccatacggcattacagcagacagccagtcacatcctgacggcagactataacaataactgtattcacatcctggatcaggatgggcagttcctccgtttcattcaAGATCA---G-AA--CG--------G-ACAGTT-CCTCCGCTA-C-AT------------------TGAAAACTT--ACGT-TG-TCCA-TG-TGGTTTATGT-G--TGGATA-TTAGAGATAA--C------CTCTTT--GTGGCC---GAGC-G----TAAC----A---CTGCTAA-A-GTGAAGAAAATCCAATATCtgcaacctctttgtggtggagtgggctactgctaaagtgaagaaaattcagtatc
gi|118671                     :                                                                                                                                              -ACAGTT-CCTCCGCTA-C-AT---T-----C---AC-------AACTT--ACGT-TG-TCCA-CG-TAGTTTATGT-G--TGGACATCAGA-GATAA--C------CTCTTT--GTAGC-CGAGCGT-G----ACACTGCTA---------A-A-GTGAGGAAAATTNA





Alignments
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lowQualScore                  :                                            .     ...  .              .  .            .   ....  .......   .... .     . .... .     ....  . ..   ..        . .. .   .      .      .  .   .............  ...   .... . ........ . .... . .  .     .    ..  .        .   ..     ................................ .         .    .      
lowQualScore                  :                                            9     666  0              3  6            0   0000  5555555   3333 2     7 7777 8     7777  9 55   99        9 66 9   8      9      7  8   7777777777777  555   8888 0 88888888 0 6666 0 0  0     1    66  4        0   99     77777777777777777777777777777777 3         1    3      
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Reference ( family-740 )      :                                      TCATTCGATCCACGNGGNATCACCACAGACAGTCA-GAGTCACATCCTNACA----GC------NGACNA--TGACAATNA----CCGTGTC----CA-C--ATC-NTAGATCAG-G--A-CGG-ACAGTT-CCTCCGTTA-CAT---A-----G---AC---TGTG-GAC-TGA-GNNGNC-CNCGNG-GNCTGTGTGTGGATACNAACGACAACCTNTTT--GTTGCTCGAG--NGA----GNAAC-A-----A---ANA-AGTGAAGAA-AATCAAATATC
gi|118648                     :                                       CATTCAATCCACGAGGAATCACCACAGACAGTCA-GAATCACATCCTTACA----GC------TGATGT--TAACAATGA----CTGTGTG----CA-C--ATC-ATAGACCAG-G--A-CGG-ACAGTT-CCTCCATTA-CAT---A-----G---AC---TGTG-GAC-TGA-GTGTAC-CCTGGG-GACTGTGTATAGATACAAACGGCAATCTGCTT--GTTGCTCAGT--TTA----GTAAC-A-----A---ACA-AGTGAAGAA-AATCAAATATC
gi|118649                     :                                    aacCATTCAATCCAAAAGGAATCACCACAAACAGTCA-GAGTCACATCCTTATA----TC------TGATGA--TAAAAATGA----CTGTGTC----CA-C--ATC-ATAGACCAG-G--A-CGG-ACTGTT-CCTCCGTTA-CAC---A-----G---AC---TGTG-GAC-TGA-GAAAAC-CCCATG-GACTGTATATCGATACAAACGACAATCTGTTT--GTTGCTCAAT--GGA----GAAAC-A-----A---ACA-AGTACACAA-AATCAAATATC
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Unaligned ( gi|118659 ): AATCATTCCACCCAGAACAGATAGTGACCGACTCAATGGGTCATATCATTGTGGCAGATATTGCCAATGACTGTCTACACATTCTAGACCAGAATGGACAATTCATTAAATGTGTGGAAAAATGTGATCAGCCTTTTGGACTAAGTATGGACA






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Unaligned ( gi|118659 ): AATCATTCCACCCAGAACAGATAGTGACCGACTCAATGGGTCATATCATTGTGGCAGATATTGCCAATGACTGTCTACACATTCTAGACCAGAATGGACAATTCATTAAATGTGTGGAAAAATGTGATCAGCCTTTTGGACTAAGTATGGACA






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Reference ( family-740 )      :                                      TCATTCGATCCACGNGGNATCACCACAGACAGTCA-GAGTCACATCCTNACA----GCT------GACTA--TGACAATNA----CCGTGTC----CA-C--ATC-NTAGATCAG-G--A-CGG-ACAGTT-CCTCCGTTA-CAT---A-----G---AC---TGTG-GAC-TGA-GNCGNC-CATG-NG-GNCTGTGTGTGGACACCAGNGACAACCTNTTT--GTTGCTC-GAG-C-G----C-GNAAC---GNAAA-A--GTGAAGAA-AATCAAATATC
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Unaligned ( gi|118659 ): AATCATTCCACCCAGAACAGATAGTGACCGACTCAATGGGTCATATCATTGTGGCAGATATTGCCAATGACTGTCTACACATTCTAGACCAGAATGGACAATTCATTAAATGTGTGGAAAAATGTGATCAGCCTTTTGGACTAAGTATGGACA






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Reference ( family-740 )      :                                      TCATTCGATCCACGNGGNATCACCACAGACAGTCA-GAGTCACATCCTNACA----GCT------GACTA--TGACAATNA----CCGTGTC----CA-C--ATC-NTAGATCAG-G--A-CGG-ACAGTT-CCTCCGTTA-CAT---A-----G---AC---TGTG-GAC-TGA-GNCGNC-CATG-NG-GNCTGTGTGTGGACACCAGNGACAACCTNTTT--GTTGCTC-GAG-C-G----C-GNAAC---GNAAA-A--GTGAAGAA-AATCAAATATC
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blockSeqs                     :                                                  AGT  T              T  .            G   .     A         CG   G     A .          .     . .    C         . .  .   .      .      G  .   TGATA          .     GGT  . GAAGTAC  .    T  . T             AC  T        G   .      TGAGTTTTATAGTGGGA            . .         .    A
blockSeqs                     :                                                  TGT  T              C  .            G   .     T         AA   A     C .          .     . .    A         . .  .   .      .      A  .   TGAAA          .     GGA  . AAACCAA  .    G  . A             CC  A        C   .      TGAGTGTCACACTGGTA            . .         .    C
blockSeqs                     :                                                  GTT  C              C  .            T   .     T         TG   A     A .          .     . .    A         . .  .   .      .      T  .   TGAAA          .     GGT  . ACGATGG  .    G  . C             CA  C        C   .      AGAGTGTGACACTGGGA            . .         .    A
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blockSeqs                     :                                                  TTC  C              T  .            T   .     A         CG   G     G .          .     . .    C         . .  .   .      .      T  .   AT             .     GGT  . AAGGGCT  .    T  . T             CC  T        C   .      AGAGTGTACCACTGTAG            . .         .    C
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blockSeqs                     :                                                                      .  .            G   .     T         TA   G     C .          .     . .    C         . .  .   .      .      C  .   TC             .     .    . GCTAT    .    T  . T             TC  A        C   .      TGAATGCAAAACCAA              . .         .     
blockSeqs                     :                                                                      .  .            G   .     G         A    T     C .          .     . .    C         . .  .   .      .      C  .   .              .     .    . GTGT     .    .  . T                                                                                    
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finalCons                     :                                      TCATTCGATCCACGNGGNATCACCACAGACAGTCA-GAGTCACATCCTNACA----GCT------GACTA--TGACAATNA----CCGTGTC----CA-C--ATC-NTAGATCAG-G--A-CGG-ACAGTT-CCTCCGTTA-CATGAAA---------AC---TGTG-GAC-TGA-GNCGNC-CATG-NG-GNCTGTGTGTGGACACCAGNGACAACCTNTTT--GTTGCTC-GAG-C-G----C-GNAAC---GNAAA-A--GTGAAGAA-AATCAAATATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|118659 ): AATCATTCCACCCAGAACAGATAGTGACCGACTCAATGGGTCATATCATTGTGGCAGATATTGCCAATGACTGTCTACACATTCTAGACCAGAATGGACAATTCATTAAATGTGTGGAAAAATGTGATCAGCCTTTTGGACTAAGTATGGACA






Alignments
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Reference ( family-740 )      :                                      TCATTCGATCCACGNGGNATCACCACAGACAGTCA-GAGTCACATCCTNACA----GCT------GACTA--TGACAATNA--C----CGTGTC----CA-C-A--TC-NTAGATCAGG--A-CGGA-CAGTTCC-TCCGTTA-C-A-T-G---AA-AACT-GTGGAC-TGA-GNCGNC-CATG-NG-GNCTGTGTGTGGACACCAGNGACAACCTNTTT--GTTGCTC-GAG-C-G----C-GNAAC---GNAAA-A--GTGAAGAA-AATCAAATATC
gi|118648                     :                                       CATTCAATCCACGAGGAATCACCACAGACAGTCA-GAATCACATCCTTACA----GCT------GATGT--TAACAATGA--C----TGTGTG----CA-C-A--TC-ATAGACCAGG--A-CGGA-CAGTTCC-TCCATTA-C-A-T------A-GACT-GTGGAC-TGA-GTGTAC-CCTG-GG-GACTGTGTATAGATACAAACGGCAATCTGCTT--GTTGCTC--AG-T-T----TAGTAAC---AAACA-A--GTGAAGAA-AATCAAATATC
gi|118649                     :                                    aacCATTCAATCCAAAAGGAATCACCACAAACAGTCA-GAGTCACATCCTTATA----TCT------GATGA--TAAAAATGA--C----TGTGTC----CA-C-A--TC-ATAGACCAGG--A-CGGA-CTGTTCC-TCCGTTA-C-A-C------A-GACT-GTGGAC-TGA-GAAAAC-CCCA-TG-GACTGTATATCGATACAAACGACAATCTGTTT--GTTGCTC-AAT-G-G----A-GAAAC---AAACA-A--GTACACAA-AATCAAATATC
gi|118650                     :                                    aacCATTCAACCCACAAGGAATCACCACAGACAGTCA-GAGTCGCATTCTTATA----ACT------GATGA--TTACAAGCA--C----TGTGTC----CA-C-A--TT-TTAGACGAGA--A-CGGA-CAGTTCC-TCCGTTA-C-A-T------A-TACT-GTGCAC-TGA-ATGACC-CCCG-AG-GACTGCATATAGATAACAACGACAATTTGTTT--GTTGCTC-AAT-C-A----A-AAAAC---AAACG-A--GTGAAGAA-AATCAAATATC
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gi|118652                     :                                    aacCATTCAAACCCTGGGGAATCACAACAGACAGTCA-GAGTCAGATCCTGACA----GCA------GACAG--TGATAATCA--C----TGTATC----CA-C-A--TC-CTGGACCAGA--A-TGGA-CAGTTCC-TCCGCTA-T-A-TAG---AG-AACT-GTGATC-TGA-AGTACC-CATA-CG-GTTTATGCGTGGACAAAAGTGACAACTTGTTT--GTTGCT--GAGTT-T----T-ATAGT---GGGAA-T--GTGAAGAA-AATCAAGTATC
gi|118653                     :                                   aacTCATTTAATCCACGTGGTGTGACCACAGACAG-CATGTGTCACATCCTGATC----GCT------GACCG--TGGTAACCA--C----GTTATA----CA-T-A--TC-ATTGATCATA--A-CGGA-CAGTTCC-TCCAGTA-C-A-TAG---AA-AACT-GT-AAC-TTACACCAAC-CAAT-TG-ATCTCAGTACAGACAGCAATGATGTGTTGTTT--GTTGCT--GAA-T-G----C-AAAAC----CAAC-ATTGTGAAACA-AATTAAATAT
gi|118654                     :                                    aaTCATTCAATCCACTAGGAATCACCACAGACAGTCA-GTGTCACATCCTTACA----GCT------GATTA--TTACAATAA--C----TGTGTC----CA-C-A--TC-ATAGACCGGG--A-CGGA-CA
gi|118655                     :                                    aaTTATTCGATCCAGCCGGCATCACTACAGACAGCCA-TAGTCACATCCTAACA----GCA------GACTACATGA--ATCA--C----CGTATC----CA-T-A--TC-CTAGATCAGG--A-CGGA-CAGTTC-----------------------AACT--------TAC-GCTATC-CAAG-GG-GGTTATGTGTGGACATCAGAGTCAATCTGTTT--GTCGCT--GAG-T-GT---C-ACACT---GGTAA-A--GTGAAGAA-CATTCATTATC
gi|118656                     :                                    aaTCATTTAGTCCGAGTGGTGTGACCACAGACAG-CATGTGTCACATCCTGATC----GCT------GAC-A--T--CAATAA--C----CACGTTATA-CA-T-A--TC-ATTGATCAGA--A-CGGA-CAGTTCC-TCCAGTA-C-A-TAG---AC-AACT-GT-AAC-TTACACCGAC-CATA-TC-ATCTCAATACAGACAGCAATGACATGTTGTTT--GTTGCT--GCA-T-A----T-GAAAC---TAACATA--TTGAAACA-AATCAAGTAT
gi|118657                     :                                    aaTCATTTAATCCATGTGGTGTGACCACAGACAG-CACGTGTCACATCCTGATT----GCT------GACCG--TG---GTCA--C----CACGTTATA-CA-T-A--TC-ATTGATCAAA--A-CGGA-CAGTTCC-TTCAGTA-C-A-TAG---AC-AACT-GTGACT-TAA-ACCAAC-CATA-TG-GTCTCAGTGCAGACAACAATGACGTGTTGTTT--GTTACT--GAA-C-T----A-GTAAC---CAACATG--GTGAAACA-AATTAAGTAT
gi|118658                     :                                                                       aa-GAATCAGATCATTGTG----GCA------GATAA--AAACAATAA--C----TGTCTA----CA-C-A--TC-CTGAATCAAA--A-CGGA-CAGTTCC-TGAGATG-T-G-T-G---GACAATT-GTGGAC-T-A-GATAAA-CCTGTAG-GACTGAGTGTGGACA
gi|118660                     : agtcatttattcctgaacaattagtgacggattccatTCATTTGATCCAGTTGGCATTGCAACAGACAGTCA-GAGTCACATCCTGACA----GCA------GACTG--CAACAAACA--T----CGTATC----CA-C-A--TT-CTAGATCAGG--A-CGGA-CAGTTCC-TTCGTTA-C-ATT-G---AT-AACT-GTGGTT-TAC-GATGGC-CATG-GG-GCTTATGTGTCGACACCAGAAACAACCTCTTT--GTGGC-A-GAG-T-G----T-GACACT--GGGAA-A--GTGAAGAA-AATCCAATA
gi|118661                     :                                     aTCATTTGGTCCACAAGGAATCACCACAGACAGTCA-GAGTCACATCCTTACA----GCT------GATTA--TAACAATGA--C----TGTGTC----CA-C-A--TC-ATAGACCAGG--A-CGGA-CAGTTCC-TCCGTTA-C-A-T------A-GACT-GTGGAC-TGA-GTTCTC-CCTG-GG-GACTGTGTATAGATACAAACGACAATCTCTTT--GTTGCTC-AAG-A-G----A-GAAAC---AAAGA-A--GTAAAGAA-AATTAAATATC
gi|118662                     :                                       CATTTTATCCATTCAGCATCACTACAGACAGCCA-GAGTCACATCCTAACA----TCA------GACCG--TGACAATGG--T----GGCATT----TA-C-A--TA-ATAGATCAGA--A-CGGA-CAGTTCC-TCAG--A-C-A-T-ATTCAG-AACT-GTGGTT-TAA-GGGCTC-CACA-CG-GTTTGTGTGTCGATATAAAAAACAACCACTTT--GTGGC-A-GAG-T-G----T-ACCACT--GTAGC-C--GTGAAGAA-ATGCCAACATC
gi|118663                     :                                             ATCCATACGGCATTACAGCAGACAGCCA-G--TCACATCCTGACG----GCA------GACTA--TAACAATAA--C----TGTATT----CA-C-A--TC-CTGGATCAGG--A-TGGG-CAGTTCC-TCCGTTT-C-ATT-C---AG-AACT-GTCATT-TAC-GCCGTC-CATT-TG-GTTTATGTGTGGACACCAGTTGCAACCTCTTT--G-TGGTG-GAG-T-G----G-GCTACT--GCTAA-A--GTGAAGAA-AATTCAGTATC
gi|118664                     :                                     ttttTTTGATCCACACGGCATCACAACAGACAGCCA-CAGCCATATCTTGACA----GCA------GACTG--TCACAATAA--C----CGCATC----CA-C-A--TC-CTTGATGGAG--A-CGGA-AAGTTCC-TTCGTTT-C-ATT-G---AT-AACT-GTGGTT-TAC-AACGCC-CATA-CA-GCTTATCTGTGGATACCAATGACAACGTTTTC--G-TACTT-GAG-CTA----C-AAAAT---AGAAA-A--TTGAAGAA-AATTCGATACC
gi|118665                     :                                                           ACCACAGACAG-CATGTGTCACATCCTGATC----TCT------GAATA--TGATAA--A--C----CACGTTTATACA-T-A--TCATTTGATCAGA--AGCGGA-CAG-TCA-TCCAGTA-C-
gi|118666                     :                           tttaatccagcgtgtgtgaTCCACGAGGAATCACCACAGACAATCA-GAGTCACATCCTTACA----GCT------GATTA--TAACAATCA--C----TGTATC----CA-C-T--TC-ATAGACCAGG--A-CGGA-CAGTTCC-TCCGTTA-C-A-T-A---GA-A--T-GTGGAC-TGA-GTAAAC-CCTG-GG-GACTGTGTATAGATACAAAGGACAATCTTTTT--GTTGCTC-AAC-G-G----A-GTAAC---AAACA-A--GTAAAGAA-AATCAAATATC
gi|118667                     :                                                         TCACTACA-ACAGCCA-GAGTCACATCCTGACA----GTTTGGGGGGACTA--TGACCACAGACC----CGTATC----CA-CAA--TC-CTAGATCAGGAAA-CGGA-CAGTTCC-TCCGCTACC-ATT-G---AA-AACT-TT-----TAC-GTGGTC-CATG-TG-GTTTATGTGTGGATATTAGAGATAACCTCTCT---TTGAGT-G-G-C-GAAGTC-GTAACACTGCTAA-A--GTGAAGAA-TAT
gi|118668                     :                                                         TCACTACAGACAGCCA-GAGTCACATCCTGACATTGGGGG------GACT---TGACCAACA--CGACCCGTATC----CAGC-AGATC-CTAGATCAGA--AACGGAACAGTTCCCTCCGCTA-CCA-TTG---AA-AACTTGTT-ACGTG----TGTC-CATG-TGCGTTTATGTGTGGATATTAGAGATAACCTTTTTCGGTGGCGC-AAG-T------C-CTAACACTGCTAA-A--GTGAAGAATAATC-CATATC
gi|118669                     :                                                                      TCA-GAGTCGCATCCTCATA----ACT------GATTA--TTTCAATCA--C----TGTGTC----CA-C-A--TC-ATAG
gi|118670                     :                                                                                                                                                     AGATCAGA--A-CGGA-CAGTTCC-TCCGCTA-C-A-TTG---AA-AACT--------TAC-GTTGTC-CATG-TG-GTTTATGTGTGGATATTAGAGATAACCTCTTT--GTGGC-C-GAG-C-G----T-AACACT--GCTAA-A--GTGAAGAA-AATCCAATATC
gi|118671                     :                                                                                                                                                                    A-CAGTTCC-TCCGCTA-C-A-T-T---CACAACT--------TAC-GTTGTC-CACG-TA-GTTTATGTGTGGACATCAGAGATAACCTCTTT--GTAGC-C-GAG-C-G----T-GACACT--GCTAA-A--GTGAGGAA-AATTN
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|118659 ): AATCATTCCACCCAGAACAGATAGTGACCGACTCAATGGGTCATATCATTGTGGCAGATATTGCCAATGACTGTCTACACATTCTAGACCAGAATGGACAATTCATTAAATGTGTGGAAAAATGTGATCAGCCTTTTGGACTAAGTATGGACA