lowQualScore : 11 11
lowQualScore : 1 44 1 1 11 55 22 333 1 333 22 1 999999 1 1 66666 1 1 1 22 1 8 2 22 55 0 33
lowQualScore : . .. . . .. .. .. ... . ... .. . ...... . . ..... . . . .. . . . .. .. . ..
lowQualScore : 8 33 7 7 11 99 44 000 7 000 44 7 888888 8 8 33333 9 9 9 66 9 2 1 99 00 4 44
consensus : TACAGT-CAAC-T-CTC-GATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GA--A-TTTGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
Reference ( gi|68231 ) : TACAGT-CAAA-T-CTC-GATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GA--A-TCTGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68230 : TACAGT-CAAC-T-CTC-GATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GA--A-TTGGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAGAAA
gi|68232 : TACAGT-CAAC-T-CTC-GATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT------G-CAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GA--A-TTTGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68234 : TACGGT-CAAC-T-CTC-GATATAAA--CCGC--CAC---C-TTTTTTGT--TC-TTT------G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GA--A-TTTGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCC-CTTGGAA--GAAAAA
gi|68233 : TACAGT-CAAC-T-TTC-GATA--AA--CCGC--CAC---C-TATT--GT--TC-TTC--T---G-AAT-C--TA-TGGC-AT-TCTAAC-AA--A-TTTGGCTAT-GAATT--GAA--TCTCCACCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68237 : TACAGT-CAAC-T-CTC-GATA--AA--C-GC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--CA-TGGC-GT-TATAAC-GA--A-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTCTTGCAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68235 : TACAGT-CAAC-T-CTC-GATA--AA--CCGC--CA----C-TTTT--G----C-TCT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GA--A-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTTGAA--AGAAAA
gi|68238 : TATAGT-CAAC-T-TTC-GATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--TT--TC-TCC--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-GATAAC-GG--A-TTTGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCGGTAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68239 : TACAGT-CAC--T-CTC-GATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-TAT-A--TTATGGC-GT-TA-AAC-GA--A-TTTGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTCGTA--GAAAAA
gi|68240 : TACAGT-CAAC-T-CTC-GATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--TA--TC-TTT--T---G-AAT-C--CA-TGGC-GT-TATAAC-GA--A-TTT-GCGAT-GAATT--GAATTTTTCTGCAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68236 : TACAGT-CAAC-TTCTC-GATA--AAA-CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--C---G-AAT-T--TT-T--C-AT-TATAACTGA--A-TTTGGCGATGGAATT--GAAT-TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68241 : TACAGC---AA-T-CTC-AATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT---T--TC-TTT--T---G-AAT-C--A---GGC-GT-TATAAC-GA--A-TTTGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCTGCAATTTTGTA--GAAAA
gi|68242 : TACAGT-CCAACT-CTC-GATA--AA---CGC--CAC---CTTTTT--GT--TC-TTT--T---GAAAT-C--TT-T-GC-AT-TATAAC-GAATA-TATGACGAT-GAATTTGAAA--TTTCCGCAA--TTGAA--GAAAAA
gi|68243 : TACAGT-CAAG---CTCTGATA--AAA-CCGC--CAT---C-TTT---GT--TC-TTT---------AT-C--AT-TTGC-ATATATAAC-GA--A-TTTGGCGAT-GAATT--GAA--TTGCCGCCCATTTGAA--GAAAAA
gi|68245 : TACAGTTCATA-T-CTT-GATA--AAACCCGC--CAC---A-TATT--GT--AA-TT-------G-AAA-T--TT-TTGC-AT-TATAAC--A--G-T-TGGCGAT-GAATT--TAA---TTATGCCATTTTGAAAGGAAAAA
gi|68244 : TACAGT-CAAC-T-CTC-GATA--AG--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--T
gi|68248 : TACAGT-CAGC-T-CTC-GTTAC-AA--CGGC--CAC-----------GT--TCGTTT--C---C-GGT-CATTT-TGCC-GT-TATAAC-GA--A-TCTGCCGTT-GAAAC--GAA--
gi|68246 : TACAGT-CAAC-T-CTC-GATA--AA--CCGT--CAC---C-TTTT--GT--TC-
gi|68250 : TACAGT-CAAC-T-CTC-GTTAC-AA--CGAC--CAC---G-TTT---GT--T---TC--C---G-A-T-CATTT-TGCC-GT-TATAAC-AA--A-TCTGCCGTT-GTAAT--GAA--
gi|68249 : TACAGT-CAGC-T-CTC-GTTAC-AA--TGGC--CAC---G-TTT---GT--T---TC--T---G-AACAT--TT-TGCC-AT-TATAAC-AA--A-TCTGCCG
gi|68251 : TACAGT-CAGC-T-CTC-GTTAC-AA--CGGC--CACGTTC-GTTT--ATGATC-ATT--TAACG-AAT-C--T---GCC-GT-TGTAAC-GA--A-TCTGCCG
gi|68247 : TACAGT-CAAT-T-CTC-ATTA--TA--TCAC--CCC---C-TTTT--GT--AC-TTTGGT---A-AAT-A-----TGGC-AG-CATTAT-GA-----TTGGTGGT-GAATT--GAA--CTttttaacaaaa
gi|68252 : AGT-CAAC-T-CTC-GATAC-AA--CCGCGCCAC---C-TTTT--GT--TC-TTT------G-AAT-C--TTCTGGCCGT-AATAAC-GA--AATTTGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTGAAA--GAAAAA
gi|68253 : -T-CTC-GATA--AA--CCGC--CAC---G-TTT----------------------------TT-TGAC-AT-TATAAC-AA--A-TTTAGCGAT-GAATT--GAA--ATTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 1 1 1 00 55 22 222 1 222 22 1 999999 1 1 55555 1 1 1 1 1 1 2 22 44 33
lowQualScore : . . . . .. .. .. ... . ... .. . ...... . . ..... . . . . . . . .. .. ..
lowQualScore : 7 7 7 7 66 66 33 999 7 555 33 7 000000 7 7 22222 8 8 8 8 8 8 0 88 88 22
consensus : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
Reference ( family-739 ) : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68230 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA-T-T-GGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAGAAA
gi|68231 : TACAGT-C-AA-AT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-C-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68232 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT------G-CAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68233 : TACAGT-C-AA-CT-TTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TATT--GT--TC-TTC--T---G-AAT-C--TA-TGGC-AT-TCTAAC-AAA-T-T-TGGCTAT-GAATT--GAA--TCTCCACCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68234 : TACGGT-C-AA-CT-CTCGATATAAA--CCGC--CAC---C-TTTTTTGT--TC-TTT------G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCC-CTTGGAA--GAAAAA
gi|68235 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CA----C-TTTT--G----C-TCT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA---T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTTGAA--AGAAAA
gi|68236 : TACAGT-C-AA-CTTCTCGATA--AAA-CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--C---G-AAT-T--TT-T--C-AT-TATAACTGAA-T-T-TGGCGATGGAATT--GAAT-TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68237 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--C-GC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--CA-TGGC-GT-TATAAC-GAA---T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTCTTGCAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68238 : TATAGT-C-AA-CT-TTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--TT--TC-TCC--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-GATAAC-GGA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCGGTAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68239 : TACAGT-C-A--CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-TAT-A--TTATGGC-GT-TA-AAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTCGTA--GAAAAA
gi|68240 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--TA--TC-TTT--T---G-AAT-C--CA-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-T-GCGAT-GAATT--GAATTTTTCTGCAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68241 : TACAG--C-AA--T-CTCAATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT---T--TC-TTT--T---G-AAT-C--A---GGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCTGCAATTTTGTA--GAAAA
gi|68242 : TACAGT-CCAA-CT-CTCGATA--AA---CGC--CAC---CTTTTT--GT--TC-TTT--T---GAAAT-C--TT-T-GC-AT-TATAAC-GAA-TATATGACGAT-GAATTTGAAA--TTTCCGCAA--TTGAA--GAAAAA
gi|68243 : TACAGT-C-AAGCT-CT-GATA--AAA-CCGC--CAT---C-TTT---GT--TC-TTT---------AT-C--AT-TTGC-ATATATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTGCCGCCCATTTGAA--GAAAAA
gi|68244 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AG--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--T
gi|68245 : TACAGTTC-AT-AT-CTTGATA--AAACCCGC--CAC---A-TATT--GT--AA-TT-------G-AAA-T--TT-TTGC-AT-TATAAC---A-G-T-TGGCGAT-GAATT--TAA---TTATGCCATTTTGAAAGGAAAAA
gi|68246 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGT--CAC---C-TTTT--GT--TC-
gi|68247 : TACAGT-C-AA-TT-CTCATTA--TA--TCAC--CCC---C-TTTT--GT--AC-TTTGGT---A-AAT-A-----TGGC-AG-CATTAT-GA----T-TGGTGGT-GAATT--GAA--CT
gi|68248 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--CGGC--CAC-----------GT--TCGTTT--C---C-GGT-CATTT-TGCC-GT-TATAAC-GAA-T-C-TGCCGTT-GAAAC--GAA--
gi|68249 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--TGGC--CAC---G-TTT---GT--T---TC--T---G-AACAT--TT-TGCC-AT-TATAAC-AAA-T-C-TGCCG
gi|68250 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGTTAC-AA--CGAC--CAC---G-TTT---GT--T---TC--C---G-A-T-CATTT-TGCC-GT-TATAAC-AAA-T-C-TGCCGTT-GTAAT--GAA--
gi|68251 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--CGGC--CACGTTC-GTTT--ATGATC-ATT--TAACG-AAT-C--T---GCC-GT-TGTAAC-GAA-T-C-TGCCG
gi|68252 : AGT-C-AA-CT-CTCGATAC-AA--CCGCGCCAC---C-TTTT--GT--TC-TTT------G-AAT-C--TTCTGGCCGT-AATAAC-GAAAT-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTGAAA--GAAAAAttttaacaaaa
gi|68253 : -C-AT-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---G-TTT----------------------------TT-TGAC-AT-TATAAC-AAA-T-T-TAGCGAT-GAATT--GAA--ATTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 1 1 1 00 55 22 222 1 222 22 1 999999 1 1 55555 1 1 1 1 1 1 2 22 44 33
lowQualScore : . . . . .. .. .. ... . ... .. . ...... . . ..... . . . . . . . .. .. ..
lowQualScore : 7 7 7 7 66 66 33 999 7 555 33 7 000000 7 7 22222 8 8 8 8 8 8 0 88 88 22
consensus : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
Reference ( family-739 ) : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68230 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA-T-T-GGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAGAAA
gi|68231 : TACAGT-C-AA-AT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-C-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68232 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT------G-CAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68233 : TACAGT-C-AA-CT-TTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TATT--GT--TC-TTC--T---G-AAT-C--TA-TGGC-AT-TCTAAC-AAA-T-T-TGGCTAT-GAATT--GAA--TCTCCACCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68234 : TACGGT-C-AA-CT-CTCGATATAAA--CCGC--CAC---C-TTTTTTGT--TC-TTT------G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCC-CTTGGAA--GAAAAA
gi|68235 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CA----C-TTTT--G----C-TCT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA---T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTTGAA--AGAAAA
gi|68236 : TACAGT-C-AA-CTTCTCGATA--AAA-CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--C---G-AAT-T--TT-T--C-AT-TATAACTGAA-T-T-TGGCGATGGAATT--GAAT-TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68237 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--C-GC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--CA-TGGC-GT-TATAAC-GAA---T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTCTTGCAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68238 : TATAGT-C-AA-CT-TTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--TT--TC-TCC--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-GATAAC-GGA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCGGTAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68239 : TACAGT-C-A--CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-TAT-A--TTATGGC-GT-TA-AAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTCGTA--GAAAAA
gi|68240 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--TA--TC-TTT--T---G-AAT-C--CA-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-T-GCGAT-GAATT--GAATTTTTCTGCAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68241 : TACAG--C-AA--T-CTCAATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT---T--TC-TTT--T---G-AAT-C--A---GGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCTGCAATTTTGTA--GAAAA
gi|68242 : TACAGT-CCAA-CT-CTCGATA--AA---CGC--CAC---CTTTTT--GT--TC-TTT--T---GAAAT-C--TT-T-GC-AT-TATAAC-GAA-TATATGACGAT-GAATTTGAAA--TTTCCGCAA--TTGAA--GAAAAA
gi|68243 : TACAGT-C-AAGCT-CT-GATA--AAA-CCGC--CAT---C-TTT---GT--TC-TTT---------AT-C--AT-TTGC-ATATATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTGCCGCCCATTTGAA--GAAAAA
gi|68244 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AG--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--T
gi|68245 : TACAGTTC-AT-AT-CTTGATA--AAACCCGC--CAC---A-TATT--GT--AA-TT-------G-AAA-T--TT-TTGC-AT-TATAAC---A-G-T-TGGCGAT-GAATT--TAA---TTATGCCATTTTGAAAGGAAAAA
gi|68246 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGT--CAC---C-TTTT--GT--TC-
gi|68247 : TACAGT-C-AA-TT-CTCATTA--TA--TCAC--CCC---C-TTTT--GT--AC-TTTGGT---A-AAT-A-----TGGC-AG-CATTAT-GA----T-TGGTGGT-GAATT--GAA--CT
gi|68248 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--CGGC--CAC-----------GT--TCGTTT--C---C-GGT-CATTT-TGCC-GT-TATAAC-GAA-T-C-TGCCGTT-GAAAC--GAA--
gi|68249 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--TGGC--CAC---G-TTT---GT--T---TC--T---G-AACAT--TT-TGCC-AT-TATAAC-AAA-T-C-TGCCG
gi|68250 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGTTAC-AA--CGAC--CAC---G-TTT---GT--T---TC--C---G-A-T-CATTT-TGCC-GT-TATAAC-AAA-T-C-TGCCGTT-GTAAT--GAA--
gi|68251 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--CGGC--CACGTTC-GTTT--ATGATC-ATT--TAACG-AAT-C--T---GCC-GT-TGTAAC-GAA-T-C-TGCCG
gi|68252 : AGT-C-AA-CT-CTCGATAC-AA--CCGCGCCAC---C-TTTT--GT--TC-TTT------G-AAT-C--TTCTGGCCGT-AATAAC-GAAAT-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTGAAA--GAAAAAttttaacaaaa
gi|68253 : -C-AT-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---G-TTT----------------------------TT-TGAC-AT-TATAAC-AAA-T-T-TAGCGAT-GAATT--GAA--ATTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
blockSeqs : T C G T TA AC GC GTT T TTT GA G TAAC A A ATTT C A T A A A G TG TT AG
blockSeqs : . . . . C A . . . T . . GGT . . ATTT . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . C A . . . T . . T . . TTA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . T . . T . . TTC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . T . . T . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . T . . C . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T . . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T . . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . C . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T . . AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . C . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . TT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . TT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
finalCons : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 1 1 1 00 55 22 222 1 222 22 1 999999 1 1 55555 1 1 1 1 1 1 2 22 44 33
lowQualScore : . . . . .. .. .. ... . ... .. . ...... . . ..... . . . . . . . .. .. ..
lowQualScore : 7 7 7 7 66 66 33 999 7 555 33 7 000000 7 7 22222 8 8 8 8 8 8 0 88 88 22
consensus : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
Reference ( family-739 ) : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68230 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA-T-T-GGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAGAAA
gi|68231 : TACAGT-C-AA-AT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-C-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68232 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT------G-CAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68233 : TACAGT-C-AA-CT-TTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TATT--GT--TC-TTC--T---G-AAT-C--TA-TGGC-AT-TCTAAC-AAA-T-T-TGGCTAT-GAATT--GAA--TCTCCACCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68234 : TACGGT-C-AA-CT-CTCGATATAAA--CCGC--CAC---C-TTTTTTGT--TC-TTT------G-AAT-C--TT-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCGCC-CTTGGAA--GAAAAA
gi|68235 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CA----C-TTTT--G----C-TCT--T---G-AAT-C--TT-TGGC-AT-TATAAC-GAA---T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTTGAA--AGAAAA
gi|68236 : TACAGT-C-AA-CTTCTCGATA--AAA-CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--C---G-AAT-T--TT-T--C-AT-TATAACTGAA-T-T-TGGCGATGGAATT--GAAT-TTTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA
gi|68237 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--C-GC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--CA-TGGC-GT-TATAAC-GAA---T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTCTTGCAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68238 : TATAGT-C-AA-CT-TTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--TT--TC-TCC--T---G-AAT-C--TT-TGGC-GT-GATAAC-GGA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCGGTAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68239 : TACAGT-C-A--CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-TAT-A--TTATGGC-GT-TA-AAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTCGTA--GAAAAA
gi|68240 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT--TA--TC-TTT--T---G-AAT-C--CA-TGGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-T-GCGAT-GAATT--GAATTTTTCTGCAATTTTGTA--GAAAAA
gi|68241 : TACAG--C-AA--T-CTCAATA--AA--CCGC--CAC---C-TTTT---T--TC-TTT--T---G-AAT-C--A---GGC-GT-TATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCTGCAATTTTGTA--GAAAA
gi|68242 : TACAGT-CCAA-CT-CTCGATA--AA---CGC--CAC---CTTTTT--GT--TC-TTT--T---GAAAT-C--TT-T-GC-AT-TATAAC-GAA-TATATGACGAT-GAATTTGAAA--TTTCCGCAA--TTGAA--GAAAAA
gi|68243 : TACAGT-C-AAGCT-CT-GATA--AAA-CCGC--CAT---C-TTT---GT--TC-TTT---------AT-C--AT-TTGC-ATATATAAC-GAA-T-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTGCCGCCCATTTGAA--GAAAAA
gi|68244 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AG--CCGC--CAC---C-TTTT--GT--TC-TTT--T---G-AAT-C--T
gi|68245 : TACAGTTC-AT-AT-CTTGATA--AAACCCGC--CAC---A-TATT--GT--AA-TT-------G-AAA-T--TT-TTGC-AT-TATAAC---A-G-T-TGGCGAT-GAATT--TAA---TTATGCCATTTTGAAAGGAAAAA
gi|68246 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGATA--AA--CCGT--CAC---C-TTTT--GT--TC-
gi|68247 : TACAGT-C-AA-TT-CTCATTA--TA--TCAC--CCC---C-TTTT--GT--AC-TTTGGT---A-AAT-A-----TGGC-AG-CATTAT-GA----T-TGGTGGT-GAATT--GAA--CT
gi|68248 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--CGGC--CAC-----------GT--TCGTTT--C---C-GGT-CATTT-TGCC-GT-TATAAC-GAA-T-C-TGCCGTT-GAAAC--GAA--
gi|68249 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--TGGC--CAC---G-TTT---GT--T---TC--T---G-AACAT--TT-TGCC-AT-TATAAC-AAA-T-C-TGCCG
gi|68250 : TACAGT-C-AA-CT-CTCGTTAC-AA--CGAC--CAC---G-TTT---GT--T---TC--C---G-A-T-CATTT-TGCC-GT-TATAAC-AAA-T-C-TGCCGTT-GTAAT--GAA--
gi|68251 : TACAGT-C-AG-CT-CTCGTTAC-AA--CGGC--CACGTTC-GTTT--ATGATC-ATT--TAACG-AAT-C--T---GCC-GT-TGTAAC-GAA-T-C-TGCCG
gi|68252 : AGT-C-AA-CT-CTCGATAC-AA--CCGCGCCAC---C-TTTT--GT--TC-TTT------G-AAT-C--TTCTGGCCGT-AATAAC-GAAAT-T-TGGCGAT-GAATT--GAA--TTTCCG-CATTTGAAA--GAAAAAttttaacaaaa
gi|68253 : -C-AT-CT-CTCGATA--AA--CCGC--CAC---G-TTT----------------------------TT-TGAC-AT-TATAAC-AAA-T-T-TAGCGAT-GAATT--GAA--ATTCCGCCATTTTGAA--GAAAAA