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Reference ( gi|121188 )       :    AATTGTA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--T-T--T-A--TG-T--G-A-T-C-AG---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TT---A-T-AC-TT---TG-----C--TT---T--AAACT--G-AAACA-T-AG-ACACAAG--AATA-----GAC-ACC-AA-CATTAAAA---A-AAAGTAT
gi|121189                     :    AATTGTA-ATT-CCACG-A-TAAACAA-CATG-AA----TA--T-T--A-A--TG-T--G-A---C-AG---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TT---A-T-AC-TT---TG-----C--TT---T--AAACT--G-AAACA-T-AG-ACACAAG--AATA-----GAC-ACC-AA-CATTAAAA---A-AAAGTAT
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Reference ( family-736 )      :                                          AAATG-TA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--T-T--T-A--TG-T--G-A-T-C-A-G---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TTA--T-ACTT---T-G-----C--TT---T--AAACT--G-AAACA-T-AG-ACACAAGT--ATA-----GAC-ACC-AAAAT-TAAAA---A-AAAGTAT
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Reference ( family-736 )      :                                          AAATG-TA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--T-T--T-A--TG-T--G-A-T-C-A-G---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TTA--T-ACTT---T-G-----C--TT---T--AAACT--G-AAACA-T-AG-ACACAAGT--ATA-----GAC-ACC-AAAAT-TAAAA---A-AAAGTAT
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blockSeqs                     :                                               .  C         . .            .  .     .  . CT . C   C AA G . . . . .   . T    . . .   . .       CTCCCAA           C  .    .   . TGG       TTA        TGA      . G  .        TT   .       T   .     .     CA   
blockSeqs                     :                                               .  C         . .            .  .     .  . C  . .   . T  G . . . . .   . G    . . .   . .       ATT               .  .    .   . CT        TA         GA       . .  .        A    .       .   .     .     AC   
blockSeqs                     :                                               .  C         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       TC                .  .    .   . C         TT         G        . .  .        .    .       .   .     .     AC   
blockSeqs                     :                                               .  C         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       TC                .  .    .   . T         G          G        . .  .        .    .       .   .     .     CA   
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     C    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     C    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     A    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     A    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       C                 .  .    .   . A         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     C    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       C                 .  .    .   . A         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     C    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     C    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     A    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     A    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     A    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     C    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . A         G          G        . .  .        .    .       .   .     .     A    
blockSeqs                     :                                               .  .         . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       C                 .  .    .   . C         T          G        . .  .        .    .       .   .     .     C    
blockSeqs                     :                                                            . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       T                 .  .    .   . T         T          .        . .  .        .    .       .   .     .     C    
blockSeqs                     :                                                            . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       .                 .  .    .   . .         .          .        . .  .        .    .       .   .     .          
blockSeqs                     :                                                            . .            .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       .                 .  .    .   . .         .          .        . .  .        .    .       .   .     .          
blockSeqs                     :                                                                           .  .     .  . .  . .   . .  . . . . . .   . .    . . .   . .       .                 .  .    .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                  . .  .                                                                                                                                                    


blockSeqCons                  :                                          
originalCons                  :                                          AAATG-TA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--T-T--T-A--TG-T--G-A-T-C-A-G---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TTA--T-ACTT---T-G-----C--TT---T--AAACT--G-AAACA-T-AG-ACACAAGT--ATA-----GAC-ACC-AAAAT-TAAAA---A-AAAGTAT
finalCons                     :                                          AAATG-TA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--T-T--T-A--TG-T--G-A-T-C-A-G---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TTA--T-ACTT---T-G-----C--TT---T--AAACT--G-AAACA-T-AG-ACACAAGT--ATA-----GAC-ACC-AAAAT-TAAAA---A-AAAGTAT





Alignments
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lowQualScore                  :                                               2  0         1 1            1  3333  22 1 66 1 44  3 66 5 1 1 1 1 333 1 5    1 1 22  1 5555555 333333333333333   44 1    333 1 77777777  666666     6666     1 3  1        66   44444   3   1     1     22222       
lowQualScore                  :                                               .  .         . .            .  ....  .. . .. . ..  . .. . . . . . ... . .    . . ..  . ....... ...............   .. .    ... . ........  ......     ....     . .  .        ..   .....   .   .     .     .....       
lowQualScore                  :                                               1  5         8 8            7  7777  44 7 55 7 11  3 22 0 7 7 7 7 000 7 2    7 7 44  7 7777777 999999999999999   11 7    000 8 55555555  555555     2222     8 6  8        88   55555   6   8     8     11111       
consensus                     :                                          AAATG-TA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--T-T--T-A--TG-T--G-A-T-C-A-G---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TTA--T-ACTT---T-G-----C--TT---T--AAACT--G-AAACA-T-AG-ACACAAGT--ATA-----GAC-ACC-AAAAT-TAAAA---A-AAAGTAT
Reference ( family-736 )      :                                          AAATG-TA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--T-T--T-A--TG-T--G-A-T-C-A-G---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TTA--T-ACTT---T-G-----C--TT---T--AAACT--G-AAACA-T-AG-ACACAAGT--ATA-----GAC-ACC-AAAAT-TAAAA---A-AAAGTAT
gi|121171                     :                                          AAATG-TA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--T-T--T-A--TG-T--G-A-T-C-A-G---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TTA--T-ACTT---T-G-----C--TT---T--AAACT--T-AAACA-T-AG-ACACAAGT--AGA-----GAC-ACC-AAAAT-TAAA
gi|121172                     :                                       tagAAATG-TA-ATTTCCACG-A-TAAACAAACATT-AA----TA--C-T--T-A--TG-T--C-A-T-T-A-G---A-T-CGCC-G-T--TA-C-------T--------T------TTA--T-ACTT---T-G-----C--TT---TA-AAACT--G-AAACA-T-AG-ACGCAGGT--ATA-----GAC-ACC-AAAGT-TAAAA---A-AAAGTAT
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