lowQualScore                  :                                                            111111111                       
lowQualScore                  :             444    1  22     3 1 44444   333 9999999 1 333 000000000        22  333   4    
lowQualScore                  :             ...    .  ..     . . .....   ... ....... . ... .........        ..  ...   .    
lowQualScore                  :             888    7  44     5 7 33333   222 8888888 8 222 222222222        99  999   7    
consensus                     : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
Reference ( gi|98252 )        : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98250                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTTATTTT
gi|98249                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTTATTTTtt
gi|98253                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGATT-C-A-----TGA---C-------C-C---CCC-------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTTtt
gi|98254                      : CCACAGGCACTTT--GGGG-CACATGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--CC---TTT-TTTT
gi|98251                      : CCACAGGCACT-----GGG-CA--TGGATAC-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTCC--TT---TTT-TTTTtt
gi|98256                      : CCACAGGAACTT---GGGG-CA--AGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---G---------CCCCCTTT--TC---TTT-TCTTtttt
gi|98255                      : CCACTGGCACTT---GGGG-CA--AGTATTC-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-TTTT
gi|98257                      : CCACAGGCACTT---GGGGGCA--TGGAT-C-A-----TGC---C-------C-C---C---------CCCCCt
gi|98258                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGc
gi|98260                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCTTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98264                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGA--C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTA--TT---TTT-TTtt
gi|98259                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-A-A-----GGA---C-------CAC---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTT
gi|98262                      :  CACAGGAACTT---GGGG-CA--TGGAT-T-A-----TGA---CCCCT---C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TT
gi|98263                      :  CACAGGAACTT---GGGG-CA--TGGAT-T-A-----TGA---C-------C-CCCTC---------CCCCCTCC--CT---TTT-TTTTatt
gi|98265                      :  CACAGGCACTTAATGGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTt
gi|98267                      :  CACAGACACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---CTAGGCCCCTCCCCCTTT--T
gi|98266                      :  CACAGACACTT---AGGA-CA--AGAAT-C-T-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-
gi|98268                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----CGA---C-------C-C---
gi|98261                      :  CACGGACACTT---GGGG-CA--GGGAT-CTG-----TGAATCC-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---
gi|98269                      :   ACAGGCACTT---GGGG-CA--AGGAT-C-A-----TAG---CCGGGCCGC-C---C---------CCCCCTTTCATT---TTC-TTTT
gi|98270                      :     AGGCACTT---GGG--CA--AGGAT-C-A------GA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TTTTTTTC-TTTTt
gi|98271                      :           TT---AGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCCC--TT---TTT-
gi|98272                      :            T---GGGG-TA--GGGAT-C-AATGCATGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-TTTT





Alignments
lowQualScore                  :             444    1  22     3 1 44444   333 9999999 1 333 999999999        22  333   4    
lowQualScore                  :             ...    .  ..     . . .....   ... ....... . ... .........        ..  ...   .    
lowQualScore                  :             666    7  33     3 7 22222   000 3333333 7 000 888888888        88  777   4    
consensus                     : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
Reference ( family-735 )      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98249                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTTATTTT
gi|98250                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTTATTTTtt
gi|98251                      : CCACAGGCACT-----GGG-CA--TGGATAC-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTCC--TT---TTT-TTTTtt
gi|98252                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTTtttt
gi|98253                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGATT-C-A-----TGA---C-------C-C---CCC-------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98254                      : CCACAGGCACTTT--GGGG-CACATGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--CC---TTT-TTTT
gi|98255                      : CCACTGGCACTT---GGGG-CA--AGTATTC-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-TTTTtt
gi|98256                      : CCACAGGAACTT---GGGG-CA--AGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---G---------CCCCCTTT--TC---TTT-TCTTt
gi|98257                      : CCACAGGCACTT---GGGGGCA--TGGAT-C-A-----TGC---C-------C-C---C---------CCCCC
gi|98258                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGc
gi|98259                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-A-A-----GGA---C-------CAC---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTT
gi|98260                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCTTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98261                      :  CACGGACACTT---GGGG-CA--GGGAT-CTG-----TGAATCC-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---tt
gi|98262                      :  CACAGGAACTT---GGGG-CA--TGGAT-T-A-----TGA---CCCCT---C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TT
gi|98263                      :  CACAGGAACTT---GGGG-CA--TGGAT-T-A-----TGA---C-------C-CCCTC---------CCCCCTCC--CT---TTT-TTTTatt
gi|98264                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGA--C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTA--TT---TTT-TTt
gi|98265                      :  CACAGGCACTTAATGGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTT
gi|98266                      :  CACAGACACTT---AGGA-CA--AGAAT-C-T-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-
gi|98267                      :  CACAGACACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---CTAGGCCCCTCCCCCTTT--T
gi|98268                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----CGA---C-------C-C---
gi|98269                      :   ACAGGCACTT---GGGG-CA--AGGAT-C-A-----TAG---CCGGGCCGC-C---C---------CCCCCTTTCATT---TTC-TTTT
gi|98270                      :     AGGCACTT---GGG--CA--AGGAT-C-A------GA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TTTTTTTC-TTTTt
gi|98271                      :           TT---AGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCCC--TT---TTT-
gi|98272                      :            T---GGGG-TA--GGGAT-C-AATGCATGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-TTTT





Alignments
lowQualScore                  :             444    1  22     3 1 44444   333 9999999 1 333 999999999        22  333   4    
lowQualScore                  :             ...    .  ..     . . .....   ... ....... . ... .........        ..  ...   .    
lowQualScore                  :             666    7  33     3 7 22222   000 3333333 7 000 888888888        88  777   4    
consensus                     : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
Reference ( family-735 )      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98249                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTTATTTT
gi|98250                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTTATTTTtt
gi|98251                      : CCACAGGCACT-----GGG-CA--TGGATAC-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTCC--TT---TTT-TTTTtt
gi|98252                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTTtttt
gi|98253                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGATT-C-A-----TGA---C-------C-C---CCC-------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98254                      : CCACAGGCACTTT--GGGG-CACATGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--CC---TTT-TTTT
gi|98255                      : CCACTGGCACTT---GGGG-CA--AGTATTC-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-TTTTtt
gi|98256                      : CCACAGGAACTT---GGGG-CA--AGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---G---------CCCCCTTT--TC---TTT-TCTTt
gi|98257                      : CCACAGGCACTT---GGGGGCA--TGGAT-C-A-----TGC---C-------C-C---C---------CCCCC
gi|98258                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGc
gi|98259                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-A-A-----GGA---C-------CAC---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTT
gi|98260                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCTTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98261                      :  CACGGACACTT---GGGG-CA--GGGAT-CTG-----TGAATCC-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---tt
gi|98262                      :  CACAGGAACTT---GGGG-CA--TGGAT-T-A-----TGA---CCCCT---C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TT
gi|98263                      :  CACAGGAACTT---GGGG-CA--TGGAT-T-A-----TGA---C-------C-CCCTC---------CCCCCTCC--CT---TTT-TTTTatt
gi|98264                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGA--C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTA--TT---TTT-TTt
gi|98265                      :  CACAGGCACTTAATGGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTT
gi|98266                      :  CACAGACACTT---AGGA-CA--AGAAT-C-T-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-
gi|98267                      :  CACAGACACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---CTAGGCCCCTCCCCCTTT--T
gi|98268                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----CGA---C-------C-C---
gi|98269                      :   ACAGGCACTT---GGGG-CA--AGGAT-C-A-----TAG---CCGGGCCGC-C---C---------CCCCCTTTCATT---TTC-TTTT
gi|98270                      :     AGGCACTT---GGG--CA--AGGAT-C-A------GA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TTTTTTTC-TTTTt
gi|98271                      :           TT---AGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCCC--TT---TTT-
gi|98272                      :            T---GGGG-TA--GGGAT-C-AATGCATGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-TTTT


blockSeqs                     :             AAT    G  CA     A T ATGCA   ATC CGGGCCG A CCT TAGGCCCCT        CA  TTT   A
blockSeqs                     :             T      .  .      T . .       .   CCCT    . .   CC               .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .     .
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .   .      
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                .          
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                           
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .   .                           
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .       .   .       . .                               
blockSeqs                     :             .      .  .      . . .                                                     


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
finalCons                     : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT





Alignments
lowQualScore                  :             444    1  22     3 1 44444   333 9999999 1 333 999999999        22  333   4    
lowQualScore                  :             ...    .  ..     . . .....   ... ....... . ... .........        ..  ...   .    
lowQualScore                  :             666    7  33     3 7 22222   000 3333333 7 000 888888888        88  777   4    
consensus                     : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
Reference ( family-735 )      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98249                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTTATTTT
gi|98250                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTTATTTTtt
gi|98251                      : CCACAGGCACT-----GGG-CA--TGGATAC-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTCC--TT---TTT-TTTTtt
gi|98252                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTTtttt
gi|98253                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGATT-C-A-----TGA---C-------C-C---CCC-------CCCCCTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98254                      : CCACAGGCACTTT--GGGG-CACATGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--CC---TTT-TTTT
gi|98255                      : CCACTGGCACTT---GGGG-CA--AGTATTC-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-TTTTtt
gi|98256                      : CCACAGGAACTT---GGGG-CA--AGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---G---------CCCCCTTT--TC---TTT-TCTTt
gi|98257                      : CCACAGGCACTT---GGGGGCA--TGGAT-C-A-----TGC---C-------C-C---C---------CCCCC
gi|98258                      : CCACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGc
gi|98259                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-A-A-----GGA---C-------CAC---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TTT
gi|98260                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCTTTT--TT---TTT-TTTT
gi|98261                      :  CACGGACACTT---GGGG-CA--GGGAT-CTG-----TGAATCC-------C-C---C---------CCCCCTTT--TT---tt
gi|98262                      :  CACAGGAACTT---GGGG-CA--TGGAT-T-A-----TGA---CCCCT---C-C---C---------CCCCCTTT--TT---TTT-TT
gi|98263                      :  CACAGGAACTT---GGGG-CA--TGGAT-T-A-----TGA---C-------C-CCCTC---------CCCCCTCC--CT---TTT-TTTTatt
gi|98264                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGA--C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTTA--TT---TTT-TTt
gi|98265                      :  CACAGGCACTTAATGGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCTT
gi|98266                      :  CACAGACACTT---AGGA-CA--AGAAT-C-T-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-
gi|98267                      :  CACAGACACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---CTAGGCCCCTCCCCCTTT--T
gi|98268                      :  CACAGGCACTT---GGGG-CA--TGGAT-C-A-----CGA---C-------C-C---
gi|98269                      :   ACAGGCACTT---GGGG-CA--AGGAT-C-A-----TAG---CCGGGCCGC-C---C---------CCCCCTTTCATT---TTC-TTTT
gi|98270                      :     AGGCACTT---GGG--CA--AGGAT-C-A------GA---C-------C-C---C---------CCCCCTTT--TTTTTTTC-TTTTt
gi|98271                      :           TT---AGGG-CA--TGGAT-C-A-----TGA---C-------C-C---C---------CCCCCCCC--TT---TTT-
gi|98272                      :            T---GGGG-TA--GGGAT-C-AATGCATGA---C-------C-C---C---------CCCCCCTT--TT---TTT-TTTT