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lowQualScore                  :     .  .   .  .    ..  .. . .  .   . ..  . .    .   .. ..  ..  . .  .  .  .. . . ..     
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Reference ( gi|21403 )        : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AG--A-C-A-AACAAA
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gi|21404                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--GCACG--GT-C-CA-AT-AG--A-C-ACAACAAA
gi|21407                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--AT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AG--A-C-
gi|21408                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--TA--T-TTCA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CGGTGT-C-CA-AT-AG--A-C-A-AACAAAgcgtaa
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Alignments
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Reference ( family-733 )      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--ACAAA
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Alignments
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Reference ( family-733 )      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--ACAAA
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blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .  A  
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .  A  
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .  A  
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .  A  
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .  .  
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .  .  
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .  .  
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .  .  
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .   . .     
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .           
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .           
blockSeqs                     :     .  .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .           
blockSeqs                     :        .   .  .    .   .  . .  .   . .   . .    .   .  .   .   . .  .  .           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--ACAAA
finalCons                     : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--ACAAA





Alignments
lowQualScore                  :     1  1   1  1    22  44 1 1  1   1 22  1 1    1   22 66  22  1 3  1  1   4 2  666    
lowQualScore                  :     .  .   .  .    ..  .. . .  .   . ..  . .    .   .. ..  ..  . .  .  .   . .  ...    
lowQualScore                  :     7  7   7  7    33  00 7 7  7   7 33  7 7    7   33 22  33  7 3  7  7   0 0  999    
consensus                     : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--ACAAA
Reference ( family-733 )      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--ACAAA
gi|21403                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AA--ACAAA
gi|21404                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--GCACG--GT-C-CA-AT-AGA-C-ACA-ACAAA
gi|21405                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCGGCG--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AA--ACAAA
gi|21406                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--C---GT-C-CA-AT-AGT-C-AC--ACAAA
gi|21407                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--AT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-GC--GTAA
gi|21408                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--TA--T-TTCA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CGGTGT-C-CA-AT-AGA-C-AA--ACAAA
gi|21409                      : AGAT-CG-CCGCGT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--GCCCG--GT-C-CA-AT-A
gi|21410                      : AGAT-CG-CCG--T-CCAA--AT--T-C-TA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GTCC-CA-AT-AGA-C-AC---CAAA
gi|21411                      : AGAT-CG-CTG-GT-CCAA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CT--GT-CAAA-AT-AG
gi|21412                      : AGAT-CG-CCG-TT-CCAA--AA--T-T-TA-AAA-AATCT-A-TTGA-CAG--G--TG--GT-C-GA-AT-AGA-CTAC--ACAAA
gi|21413                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AAA-T-T-CA-AAA-A--CT-ATTTGA--CG--G--CG--GC-T-CA-ATAAGAGC-AC--ACAAA
gi|21414                      : AGATTCG-CCG-GT-C-AA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT----TGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGT-C-ACCAACAA
gi|21415                      : AGAT-CGTCCG-GT-CAGA--AA--TGT-CA-AAA----CT-A-TTGA-CCG--GC-CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--AAAAA
gi|21416                      : AGAC-TG-CCG-GT-CC-A--AA--T-T-CACAAA-A--CT-A-TTG--CCC--G--CG--GT-C-CAGAT-AGA-A-TC--ACAAA
gi|21417                      : AGAT-CG-CCG-GT-CCAA--AATTT-T-CA-AAA-A--ATCA-GTGA--TG--G--CG--GT-C-AA-AT-AG
gi|21418                      : AGAA-CA-CTG-GT-CCAA--AA--T---CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CC---G--CG--GT-CAAA-AT-AG
gi|21419                      : AGAT-CG-CCG-GT-CGCA--AA--T-T-C--AAA-A--CT-A-TTGA-CCC--G--CG--AT----A----AGA-C-AC---CAAA
gi|21420                      : AGAT-CG-CCG-GT-CGCA--AA--T-T-C--AAA-A--CT-A-TTGA-CCC--G--CG--AT----A----AGA-C-AC---CAAA
gi|21421                      : AGAT-CG-CCG-GT-CGCA--AA--T-T-C--AAA-A--CT-A-TTGA-CCC--G--CG--AT----A----AGA-C-AC---CAAA
gi|21422                      :  GGT-CG-CCG-GTGCCAA--AA--T-T-AA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--ACAAA
gi|21423                      :  GAT-CG-CCG-GT-CCAA--AA--A-T-TA-AAT-A--CT-T-ATGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGT-C-AC--ATAAA
gi|21424                      :   AT-TG-CCG-GT-CCCA--AA--T-T-CA-AAA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGA-C-AC--ACAAA
gi|21425                      :   AT-TG-CCG-GT-C--A--AA--T-T-CA-AAATA--CT-A--TGACCCG--G--C---GT-C-CA-AT-AGT-C-AC--ACAAA
gi|21426                      :       G-CCG-GT-CCAATAAA--T-T-CA-CCA-A--CT-A-TTGA-CCG--G--CG--GT-C-CA-AT-AGATC-AC--