lowQualScore : 11111 22222222222222 11111111111111111
lowQualScore : 666 22 22 1 1 22 1 44 3 3 66666 22 22 22 1 5555555 1 22 22 3333 666666 33333 22 33 1 1 444 33 22 444 444 11111111111111 33 1 33333333333333333 1 22 3 1 3 3 3 22 555
lowQualScore : ... .. .. . . .. . .. . . ..... .. .. .. . ....... . .. .. .... ...... ..... .. .. . . ... .. .. ... ... .............. .. . ................. . .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 222 88 11 6 6 11 5 22 1 1 55555 11 11 11 5 0000000 5 00 00 1111 333333 77777 11 77 5 5 888 77 11 888 888 22222222222222 77 5 88888888888888888 5 11 1 5 1 2 6 55 000
consensus : TACCGTA---A--TTTCT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----AA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
Reference ( gi|47087 ) : TACCGTA---A--TCCCT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----GA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47088 : TACTGTA---A--TCCTT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----GA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47089 : TACCGTA---A--TCCTT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CA----GA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47091 : TACCGTA---A--TCCTT-C-TAAT--TT-TT--CGATCA-CTT---GA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TA-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAATTTT
gi|47090 : TACCGTA---A--TCCTT-C-TAAT--TT-TT--CGATCA-CTT---GA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TA-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAATTTT
gi|47095 : TACCGTA---A--TCCTT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----GA--A--A--TA-C-------A-T--T--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GC-----AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA--T-T--G---AAAACTTT
gi|47093 : TACCGTA---A--TTTCT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----GA--A--A--TA-C-------A-G--C--T----A------TA-----TT--TT--A-GG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------A-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47092 : TACCGTATA-A--TTTCT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-----A--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAAGAGAA--------------G--TG-TC-----------------GAAAAAA--T-TA-A-AA-TT-T--G---AAAACTT
gi|47096 : TACCGTA---A--TTTCT-C-TAATATTT-TT--CGA-CA-CT----AA--T--A--AA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TC--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TT-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47094 : TACCGTA---A--CTTCT-C-TAAC--TTATT--CGA-CA-CT----AA--A--A--TA-C------------C--C----A------TT-----TT--TTG-C-AGCG---A--T--TTT---GCAA---AAC-------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TAGG-AA-TT-T------AAAACTTT
gi|47098 : TACCGTATACA--TTTCT-C-TTAT--TT-TT--CGA-CA-CT----AA--A--A--TA-C-------A-CCAC--C----ACT----TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------GT-TG-TCG----------------G-AAAAA--T-TA-ACAA-TT-T--G----AAACTTt
gi|47099 : TACCGTA---A--TTTCT-C-TAAT--TT-TTTCTGA-CA-CTA---AA--A--A--TA-C-------A----C--C----A------TT-----TT--TG--C-AG-G---AT-T--TTT---GCAACC-AA--------------G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TA---AA-TT-T--G---AAAACTTTct
gi|47102 : TACTGTA---AGATTACT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CTA---AA--A--A--TA-C-------A-C--C--A----T------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--A--TTTGTGGCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--TCTT-G-AA-TT-T--G---AA
gi|47101 : TACCGTA---A--TTTCTTC-TAAT--TT-TT--C-A-CA-C-----GA--A--AAATA---------A-C--C--C----C------TT-----TT--TT--C-AG-GGT-A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TT-G-AA-TT-T--G----AAACTTT
gi|47097 : TACCGTA---A--TTTCT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----AA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----T
gi|47103 : ACCGTA---A--TTTCT-C-TAAT--TT-TT---GA-CA-CT----AA--A--A--TA-C-------A-C--C-------A------TT-----TT---T--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--A---AAAACTTT
gi|47104 : ACCGTA---A--TCCCT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----AA--A--A--TA-C-------A-C--C--T----T------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTN---NNNN---NN--------------N--NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCCAG-AAAAA--TCTA-GAAA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47105 : CCGTA---A--TTTCT-C-TAAT--TT-TTTTCGA-CAACT----AA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TT-----TT--TTCCC-AG-G---A--T--TTTTG-GCAA---AA--------------G--TT-TT-----------------G--AAAA--T-T--G-AA-TT-T--GGAAAAAACTTT
gi|47106 : CCGTA---A--TTT-T-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----AA--ACCA--TACC-------A-C--C--C----A------TT-----TTTCTT--CAAG-G---A--TTCTCT---GCAA---AAG-------------G--TG-TCT----------------G-AAAAAACT-TA-A-AA-TT-TTCG---AAAA
gi|47107 : CGTA---G--ATTCT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----AA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A------TA-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GC-A---AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA---AA-TTAT--G----AAACTTT
gi|47109 : TA---A--TCT-T-C-TAAT--TT-T---CGA-CAACT----GA--A--A--TA-C-------A-C--C--C----A-------T-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AC--------------ACCTG-TC-----------------G-AAAAT--A-TA-G-AA-TTCT--GA--AAAACTTTt
gi|47108 : CT-CATAAT--TT-T---CG--CA-CT----AAGTA--A--TA-C-------A-C--CTTC----ACCCTACTTCTCTATT--TT--C-AG-G---AATT--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAT--C-TT-G-AACTT-T--G---AAAACTt
gi|47088 : gtattttatT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----------------------------------------------------TT--TG--C-AA-A---A--T--CCT---GAAA---AAATGGGTGTATTTCAG--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-
gi|47089 : tactgtaatccT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CT----------------------------------------------------TT--TG--C-AA-A---A--T--CCT---GAAA---AAATGGGTGTATTTCTG--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-atttgaaaacttt
gi|47095 : taccgtaatccT-C-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CTTGC-AA--A--A--TC-CTGAAAAAA-T--G--A----A------T-----------------G-T---A--T--TTC-----------A--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-atttgaaaacttt
gi|47107 : taccgtaatccT-T-TAAT--TT-TT--CGA-CA-CTTTGCAA--A--A--T------------C--C--TGAAAA------TA-----T---------GG-GTGTA--T--TTT-----------A--------------G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-Aattgaaaacttt
gi|47100 : cgtagattcT--TT-TT--CGA-CA-CT----GA--A--A--TA-C-------AAC--C--C----A------TT-----TT--TT--C-AG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TGATC-----------------G-AACAA--T-TT-G-AATTT-T--G---AAAAttatgaaactttt
gi|47110 : tatcttaatttt--C--T----A------TA-----TT--TT--A-GG-G---A--T--TTT---GCAA---AA--------------G--TG-TC-----------------A-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 555 22 1 44 1 44 3 3 8 22 22 1 1 22 22 777777 44444 22 44 1 1 22 44 22 555 555 3 44 1 55555555555555555 1 22 3 1 3 3 3 22 444
lowQualScore : ... .. . .. . .. . . . .. .. . . .. .. ...... ..... .. .. . . .. .. .. ... ... . .. . ................. . .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 444 44 7 88 7 88 5 5 7 44 44 7 7 33 33 111111 22222 44 11 7 7 44 11 44 444 444 5 11 7 77777777777777777 7 44 5 7 5 5 5 44 888
consensus : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
Reference ( family-731 ) : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47087 : TACCGTA---A--TCCC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47088 : TACTGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47089 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CA-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47090 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGATCA-CTTGA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TA-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAATTTT
gi|47091 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGATCA-CTTGA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TA-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAATTTT
gi|47092 : TACCGTATA-A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A---TA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAAGAGAA-G--TG-TC-----------------GAAAAAA--T-TA-A-AA-TT-T--G---AAAACTT
gi|47093 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-G--C--TA------TA-----TT--TT--A-GG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------A-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47094 : TACCGTA---A--CTTC-TCTAAC--TTATT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-C-----C--CA------TT-----TT--TTG-C-AGCG--A--T--TTT---GCAA---AACG--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TAGG-AA-TT-T------AAAACTTT
gi|47095 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-T--T--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GC-----AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA--T-T--G---AAAACTTTt
gi|47096 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAATATTT-TT--CGA-CA-CT-AA--T--AAA-CA-C--C--CA------TT-----TC--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TT-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47097 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----T
gi|47098 : TACCGTATACA--TTTC-TCTTAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-CCAC--CACT----TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-GT-TG-TCG----------------G-AAAAA--T-TA-ACAA-TT-T--G----AAACTT
gi|47099 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TTTCTGA-CA-CTAAA--A--ATA-CA----C--CA------TT-----TT--TG--C-AG-G--AT-T--TTT---GCAACC-AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TA---AA-TT-T--G---AAAACTTTct
gi|47100 : TATCTTA---A--TTTT-T-------TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CAAC--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TGATC-----------------G-AACAA--T-TT-G-AATTT-T--G---AAAA
gi|47101 : TACCGTA---A--TTTCTTCTAAT--TT-TT--C-A-CA-CGAAA--A--ATA--A-C--C--CC------TT-----TT--TT--C-AG-GGTA--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TT-G-AA-TT-T--G----AAACTTT
gi|47102 : TACTGTA---AGATTAC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CTAAA--A--ATA-CA-C--C--AT------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--A--TTTGTGGCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--TCTT-G-AA-TT-T--G---AA
gi|47103 : ACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT---GA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C---A------TT-----TT---T--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--A---AAAACTTT
gi|47104 : ACCGTA---A--TCCC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--TT------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTN---NNNN---NN-N--NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCCAG-AAAAA--TCTA-GAAA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47105 : CCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TTTTCGA-CAACT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TTCCC-AG-G--A--T--TTTTG-GCAA---AA-G--TT-TT-----------------G--AAAA--T-T--G-AA-TT-T--GGAAAAAACTTT
gi|47106 : CCGTA---A--TTT--TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--ACCATACCA-C--C--CA------TT-----TTTCTT--CAAG-G--A--TTCTCT---GCAA---AAGG--TG-TCT----------------G-AAAAAACT-TA-A-AA-TT-TTCG---AAAA
gi|47107 : CGTA---G--ATTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TA-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GC-A---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA---AA-TTAT--G----AAACTTT
gi|47108 : GTA---T--TTTA-TCTCATAATT-TT--CG--CA-CT-AAGTA--ATA-CA-C--CTTCACCCTACTTCTCTATT--TT--C-AG-G--AATT--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAT--C-TT-G-AACTT-T--G---AAAACTt
gi|47109 : TA---A--TCT--TCTAAT--TT-T---CGA-CAACT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA-------T-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AC-ACCTG-TC-----------------G-AAAAT--A-TA-G-AA-TTCT--GA--AAAACTTT
gi|47110 : --C--TA------TA-----TT--TT--A-GG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------A-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTTt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 555 22 1 44 1 44 3 3 8 22 22 1 1 22 22 777777 44444 22 44 1 1 22 44 22 555 555 3 44 1 55555555555555555 1 22 3 1 3 3 3 22 444
lowQualScore : ... .. . .. . .. . . . .. .. . . .. .. ...... ..... .. .. . . .. .. .. ... ... . .. . ................. . .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 444 44 7 88 7 88 5 5 7 44 44 7 7 33 33 111111 22222 44 11 7 7 44 11 44 444 444 5 11 7 77777777777777777 7 44 5 7 5 5 5 44 888
consensus : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
Reference ( family-731 ) : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47087 : TACCGTA---A--TCCC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47088 : TACTGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47089 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CA-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47090 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGATCA-CTTGA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TA-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAATTTT
gi|47091 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGATCA-CTTGA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TA-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAATTTT
gi|47092 : TACCGTATA-A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A---TA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAAGAGAA-G--TG-TC-----------------GAAAAAA--T-TA-A-AA-TT-T--G---AAAACTT
gi|47093 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-G--C--TA------TA-----TT--TT--A-GG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------A-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47094 : TACCGTA---A--CTTC-TCTAAC--TTATT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-C-----C--CA------TT-----TT--TTG-C-AGCG--A--T--TTT---GCAA---AACG--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TAGG-AA-TT-T------AAAACTTT
gi|47095 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-T--T--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GC-----AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA--T-T--G---AAAACTTTt
gi|47096 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAATATTT-TT--CGA-CA-CT-AA--T--AAA-CA-C--C--CA------TT-----TC--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TT-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47097 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----T
gi|47098 : TACCGTATACA--TTTC-TCTTAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-CCAC--CACT----TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-GT-TG-TCG----------------G-AAAAA--T-TA-ACAA-TT-T--G----AAACTT
gi|47099 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TTTCTGA-CA-CTAAA--A--ATA-CA----C--CA------TT-----TT--TG--C-AG-G--AT-T--TTT---GCAACC-AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TA---AA-TT-T--G---AAAACTTTct
gi|47100 : TATCTTA---A--TTTT-T-------TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CAAC--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TGATC-----------------G-AACAA--T-TT-G-AATTT-T--G---AAAA
gi|47101 : TACCGTA---A--TTTCTTCTAAT--TT-TT--C-A-CA-CGAAA--A--ATA--A-C--C--CC------TT-----TT--TT--C-AG-GGTA--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TT-G-AA-TT-T--G----AAACTTT
gi|47102 : TACTGTA---AGATTAC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CTAAA--A--ATA-CA-C--C--AT------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--A--TTTGTGGCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--TCTT-G-AA-TT-T--G---AA
gi|47103 : ACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT---GA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C---A------TT-----TT---T--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--A---AAAACTTT
gi|47104 : ACCGTA---A--TCCC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--TT------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTN---NNNN---NN-N--NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCCAG-AAAAA--TCTA-GAAA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47105 : CCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TTTTCGA-CAACT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TTCCC-AG-G--A--T--TTTTG-GCAA---AA-G--TT-TT-----------------G--AAAA--T-T--G-AA-TT-T--GGAAAAAACTTT
gi|47106 : CCGTA---A--TTT--TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--ACCATACCA-C--C--CA------TT-----TTTCTT--CAAG-G--A--TTCTCT---GCAA---AAGG--TG-TCT----------------G-AAAAAACT-TA-A-AA-TT-TTCG---AAAA
gi|47107 : CGTA---G--ATTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TA-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GC-A---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA---AA-TTAT--G----AAACTTT
gi|47108 : GTA---T--TTTA-TCTCATAATT-TT--CG--CA-CT-AAGTA--ATA-CA-C--CTTCACCCTACTTCTCTATT--TT--C-AG-G--AATT--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAT--C-TT-G-AACTT-T--G---AAAACTt
gi|47109 : TA---A--TCT--TCTAAT--TT-T---CGA-CAACT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA-------T-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AC-ACCTG-TC-----------------G-AAAAT--A-TA-G-AA-TTCT--GA--AAAACTTT
gi|47110 : --C--TA------TA-----TT--TT--A-GG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------A-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTTt
blockSeqs : TAC GA T AT A TC T A T GT CC C A CA TT CCCTAC CTCTA TC CC A C GT AT TC GTG GAG C CC A NNNNNNNNNNNNNGCCA A AC C G C T A TC GAA
blockSeqs : TA . . AA . TT T A T . . . . . . CT . . G . . . T . TG CC G T . G . . C . A C C . A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
finalCons : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 555 22 1 44 1 44 3 3 8 22 22 1 1 22 22 777777 44444 22 44 1 1 22 44 22 555 555 3 44 1 55555555555555555 1 22 3 1 3 3 3 22 444
lowQualScore : ... .. . .. . .. . . . .. .. . . .. .. ...... ..... .. .. . . .. .. .. ... ... . .. . ................. . .. . . . . . .. ...
lowQualScore : 444 44 7 88 7 88 5 5 7 44 44 7 7 33 33 111111 22222 44 11 7 7 44 11 44 444 444 5 11 7 77777777777777777 7 44 5 7 5 5 5 44 888
consensus : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
Reference ( family-731 ) : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47087 : TACCGTA---A--TCCC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47088 : TACTGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47089 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CA-GA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47090 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGATCA-CTTGA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TA-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAATTTT
gi|47091 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGATCA-CTTGA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TA-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAATTTT
gi|47092 : TACCGTATA-A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A---TA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAAGAGAA-G--TG-TC-----------------GAAAAAA--T-TA-A-AA-TT-T--G---AAAACTT
gi|47093 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-G--C--TA------TA-----TT--TT--A-GG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------A-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47094 : TACCGTA---A--CTTC-TCTAAC--TTATT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-C-----C--CA------TT-----TT--TTG-C-AGCG--A--T--TTT---GCAA---AACG--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TAGG-AA-TT-T------AAAACTTT
gi|47095 : TACCGTA---A--TCCT-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CA-T--T--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GC-----AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA--T-T--G---AAAACTTTt
gi|47096 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAATATTT-TT--CGA-CA-CT-AA--T--AAA-CA-C--C--CA------TT-----TC--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TT-G-AA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47097 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----T
gi|47098 : TACCGTATACA--TTTC-TCTTAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-CCAC--CACT----TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-GT-TG-TCG----------------G-AAAAA--T-TA-ACAA-TT-T--G----AAACTT
gi|47099 : TACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TTTCTGA-CA-CTAAA--A--ATA-CA----C--CA------TT-----TT--TG--C-AG-G--AT-T--TTT---GCAACC-AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TA---AA-TT-T--G---AAAACTTTct
gi|47100 : TATCTTA---A--TTTT-T-------TT-TT--CGA-CA-CT-GA--A--ATA-CAAC--C--CA------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TGATC-----------------G-AACAA--T-TT-G-AATTT-T--G---AAAA
gi|47101 : TACCGTA---A--TTTCTTCTAAT--TT-TT--C-A-CA-CGAAA--A--ATA--A-C--C--CC------TT-----TT--TT--C-AG-GGTA--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G--AAAA--T-TT-G-AA-TT-T--G----AAACTTT
gi|47102 : TACTGTA---AGATTAC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CTAAA--A--ATA-CA-C--C--AT------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--A--TTTGTGGCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--TCTT-G-AA-TT-T--G---AA
gi|47103 : ACCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TT---GA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C---A------TT-----TT---T--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--A---AAAACTTT
gi|47104 : ACCGTA---A--TCCC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--TT------TT-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTN---NNNN---NN-N--NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCCAG-AAAAA--TCTA-GAAA-TT-T--G---AAAACTTT
gi|47105 : CCGTA---A--TTTC-TCTAAT--TT-TTTTCGA-CAACT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TT-----TT--TTCCC-AG-G--A--T--TTTTG-GCAA---AA-G--TT-TT-----------------G--AAAA--T-T--G-AA-TT-T--GGAAAAAACTTT
gi|47106 : CCGTA---A--TTT--TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--ACCATACCA-C--C--CA------TT-----TTTCTT--CAAG-G--A--TTCTCT---GCAA---AAGG--TG-TCT----------------G-AAAAAACT-TA-A-AA-TT-TTCG---AAAA
gi|47107 : CGTA---G--ATTC-TCTAAT--TT-TT--CGA-CA-CT-AA--A--ATA-CA-C--C--CA------TA-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GC-A---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAA--T-TA---AA-TTAT--G----AAACTTT
gi|47108 : GTA---T--TTTA-TCTCATAATT-TT--CG--CA-CT-AAGTA--ATA-CA-C--CTTCACCCTACTTCTCTATT--TT--C-AG-G--AATT--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------G-AAAAT--C-TT-G-AACTT-T--G---AAAACTt
gi|47109 : TA---A--TCT--TCTAAT--TT-T---CGA-CAACT-GA--A--ATA-CA-C--C--CA-------T-----TT--TT--C-AG-G--A--T--TTT---GCAA---AC-ACCTG-TC-----------------G-AAAAT--A-TA-G-AA-TTCT--GA--AAAACTTT
gi|47110 : --C--TA------TA-----TT--TT--A-GG-G--A--T--TTT---GCAA---AA-G--TG-TC-----------------A-AAAAA--T-TA-G-AA-TT-T--G---AAAACTTTt