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lowQualScore                  :         7   66     11          33333333333333  7   666     99 99  0       44 0 44 99 7 2   1  0 0 0      6666666 3333 555  44444 88 1111111 0    0 0    222 2222  66   55  5555 9 66 55 55 8 2222  8  6 55 888888888 8 55  888    666666666 44 7 7 7       5 55     8 8 8  66    
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Reference ( gi|124122 )       : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGT----A--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124123                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGT----A--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----CT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124124                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-G-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGT----A--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CATTT-C-A-GC--CCTA
gi|124125                     : TATTGCAA-ATC--ACATGAGAACTTTAAGA--------------AA-TGA---C-TGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-AAT-CG-GGA-CCGAAA---AA--T-CG-A---GGT----A--A-T---G-A-ATCG-A-ACATAT-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--TTAA-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CATTT-C-A-GC--CCTA
gi|124126                     : TAATGCAA-ATCC-ACATG--AACTTTAAGAC-------------AA-TGA-G-CATGT--CTCAA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-AACCGAAA---A---T-CG-AT--GGT----A--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A------AT-CG-A--A---------CAA--GT---ATCGAA-------T-AT-T-TAGGGTGAA-T--CGTTT-CAA-GCGACCTA
gi|124127                     :   ATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-GCCATGT--CA-AA-CATTGTT--A-A--AG-C-G-TAT-CG-G-A--CGAAA---A---TCCG-A---GGT----A--A-T---G-A-ATTG---ACAT-T-G----AAAGTCGATAG-C--G-TCGT--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ACGG-A-------T-AT-TCT-GGGTGAAGT--CGTTT-C-A-GC--CCT
gi|124128                     :   ATGCAATATTCTACATG--AACTTTAAGA--------------AAATAA-G-TATGT--C--AATCATTGTTTAA-A--AT-C-G-T-T-CG-A---CCGAAA---A---T-CGGA---GGT----A--A-TTGTG-A-ATCG-ATACAT-T-G----AA--TGA--GG-C--G-T--T-----A-TTA--AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAAGT--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124129                     :   ATGCAA-ATC--ACATG--AACTTTAAGATTTGATTTGAGAAAAA-TGAAG-CATGTGTC--A--CATTGTT--A-A--A--G-G-TATTCGCA-A-CCGAAA---A---T-CG-AC--GGT----A--AAT---GCG-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TC---AG-CA-G-T--T--T--A-T----ATGCGGA--A---------C-ATAGT---ATC--A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-AGGC--CCTA
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gi|124133                     :                                                                         TT--AGA--A--CTG-TAT-CG-A-A-CCGAAA-------T-AG-ACCTGG-----A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-G----AA--TCG--AGACCAG-T--A--C--A-TCACGAT-TC-A--G---------C-A--GC---ATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CT--CCTA
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Alignments
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Reference ( family-728 )      : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124122                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124123                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----CT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124124                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-G-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CATTT-C-A-GC--CCTA
gi|124125                     : TATTGCAA-ATC--ACATGAGAACTTTAAGA--------------AA-TGA---C-TGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-AAT-CG-GGA-CCGAAA---AA--T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACATAT-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--TTAA-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CATTT-C-A-GC--CCTA
gi|124126                     : TAATGCAA-ATCC-ACATG--AACTTTAAGAC-------------AA-TGA-G-CATGT--CTCAA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-AACCGAAA---A---T-CG-AT--GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A------AT-CG-A--A---------CAA--GT---ATCGAA-------T-AT-T-TAGGGTGAA-T--CGTTT-CAA-GCGACCTA
gi|124127                     :   ATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-GCCATGT--CA-AA-CATTGTT--A-A--AG-C-G-TAT-CG-G-A--CGAAA---A---TCCG-A---GGTA--A-T---G-A-ATTG---ACAT-T-G----AAAGTCGATAG-C--G-TCGT--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ACGG-A-------T-AT-TCT-GGGTGAAGT--CGTTT-C-A-GC--CCT
gi|124128                     :   ATGCAATATTCTACATG--AACTTTAAGA--------------AAATAA-G-TATGT--C--AATCATTGTTTAA-A--AT-C-G-T-T-CG-A---CCGAAA---A---T-CGGA---GGTA--A-TTGTG-A-ATCG-ATACAT-T-G----AA--TGA--GG-C--G-T--TATT--A------AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAAGT--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124129                     :   ATGCAA-ATC--ACATG--AACTTTAAGATTTGATTTGAGAAAAA-TGAAG-CATGTGTC--A--CATTGTT--A-A--A--G-G-TATTCGCA-A-CCGAAA---A---T-CG-AC--GGTA--AAT---GCG-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TC---AG-CA-G-T--T--T--A-T----ATGCGGA--A---------C-ATAGT---ATC--A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-AGGC--CCTA
gi|124130                     :                                                               --AA-CATT-TT--A-G--AATT-G-TAT-CA-A-A-CCGAAATAGG---C-CC-A---G--A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-A----AA--TCG--AGAC--C-A--G--T--A-C----AT-CGCG--ATT-------C-A--GTTGCATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CC--CCTA
gi|124131                     :                                                                     ATT-TT--AGA--A--CTG-TAT-CA-A-A-CCGAAATAGA---C-CC-A---G--A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-G----AA--TCG--AGACCAG-T--A--C--A-TCACGAT-TC-A--G---------C-T--GC---ATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CC--CCTA
gi|124132                     :                                                                      TTGTA--A-ACCA--C-G-CAT-GG-A-A-TCGGAA---A---T-TG-A---GGAA--A-T---G-A-ATCA-A-ACAA-T-G----AA--TTG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AC-TG-A--T---------C-A--GT---ATCA-G-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CATTT-C-A-G
gi|124133                     :                                                                         TT--AGA--A--CTG-TAT-CG-A-A-CCGAAA-------T-AG-ACCTGG-A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-G----AA--TCG--AGACCAG-T--A--C--A-TCACGAT-TC-A--G---------C-A--GC---ATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CT--CCTA
gi|124134                     :                                                                          T--A-A--AACC-G-TAT-C--A-A-CCTAAA---A---T-AC-A---GATA--A-T-------ATCG-A-CCAT---G----AA--TCGC-AG----G-G--T--T--A-T----AT-TG-A--A---------C-A--GTC--ATTA-A-------TCGTGT-G-CGGTGCA-T--GACTT-C-A-GT--CCTA
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gi|124136                     :                                                                           --A-A--A--C-G-CAT-CA-G-A-CCAAAA---A---T----------TT--A-C---G-A-ATCG-A-ACAT-T-GCATGAA--TTG--GG-C--A-T--T--T--A-T----AT-GG-A--ATAGTAATTGC-A--GT---ATCG-A-------T-GT-T-T-TGGTAAA-T--CGTTT-C-A-GC--CTTA
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Alignments
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lowQualScore                  :         0   99     88          44444444444444  0   222     99 66  4       22 7 22 22 4 1   0  9 9 9      777 222 7777 111  0 66 0000000 9    9 9    9 9 0000  55   33  5 88 8 55 88 44 7 4444  7  5 44 333333333 7 44  666    999999999 11 7 7 7       3 44     7 7 7  55    
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Reference ( family-728 )      : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124122                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
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gi|124130                     :                                                               --AA-CATT-TT--A-G--AATT-G-TAT-CA-A-A-CCGAAATAGG---C-CC-A---G--A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-A----AA--TCG--AGAC--C-A--G--T--A-C----AT-CGCG--ATT-------C-A--GTTGCATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CC--CCTA
gi|124131                     :                                                                     ATT-TT--AGA--A--CTG-TAT-CA-A-A-CCGAAATAGA---C-CC-A---G--A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-G----AA--TCG--AGACCAG-T--A--C--A-TCACGAT-TC-A--G---------C-T--GC---ATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CC--CCTA
gi|124132                     :                                                                      TTGTA--A-ACCA--C-G-CAT-GG-A-A-TCGGAA---A---T-TG-A---GGAA--A-T---G-A-ATCA-A-ACAA-T-G----AA--TTG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AC-TG-A--T---------C-A--GT---ATCA-G-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CATTT-C-A-G
gi|124133                     :                                                                         TT--AGA--A--CTG-TAT-CG-A-A-CCGAAA-------T-AG-ACCTGG-A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-G----AA--TCG--AGACCAG-T--A--C--A-TCACGAT-TC-A--G---------C-A--GC---ATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CT--CCTA
gi|124134                     :                                                                          T--A-A--AACC-G-TAT-C--A-A-CCTAAA---A---T-AC-A---GATA--A-T-------ATCG-A-CCAT---G----AA--TCGC-AG----G-G--T--T--A-T----AT-TG-A--A---------C-A--GTC--ATTA-A-------TCGTGT-G-CGGTGCA-T--GACTT-C-A-GT--CCTA
gi|124135                     :                                                                           --A-A--A--A-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-TA-A---GGCA--A-T---G-A-ACCG-A-ACAT-T-G----AA--TTG--AC-C--G-T--T--T--ATT----AT-TG-A--A---------C-A--GT---ATCA-T-------T-GT-T-T-CAGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124136                     :                                                                           --A-A--A--C-G-CAT-CA-G-A-CCAAAA---A---T----------TT--A-C---G-A-ATCG-A-ACAT-T-GCATGAA--TTG--GG-C--A-T--T--T--A-T----AT-GG-A--ATAGTAATTGC-A--GT---ATCG-A-------T-GT-T-T-TGGTAAA-T--CGTTT-C-A-GC--CTTA
gi|124137                     :                                                                           --A-A--A--C-G-CAT-GG-A-A-ACGAAA---A---T-GA-A---GGCA--A-T---A-A-ATCA-A-ACAT-T-G----AA--TTG--AG-C--A-T--TTAT--A-T----AT-TG-A--A---------C-C--AT---ATTG-A-------A-GT-T-T-CGAT-AA-T--CATTT-C-A-GC--CCTA
gi|124138                     :                                                                           --A-A--A--C-GGTAT-TG-A-A-C--AAA---ACATT-CG-A---GGTA--A-C---A-T-ATCG-A-CCAT-T-T----AA--CCG--AG-T--G-C--T--T--A-T----AT-TG-A--A---------C-A--GT---ATTA-C-------C-GT-T-T-CGGTGCA-T--TGTTT-C-A-AT--CTT
gi|124139                     :                                                                                      -G-TAT-CG-A-A-CTGAAA---A---T-T--A---GGTATTT-T---G-T-ACCGTA-AC-----G----AA--CCG--GC-C--ACT--T--T--A-G----AC-CG-C--G---------G-A--GA---ACCG-A-------T-AC-C-G-CGGTAAA-C--CGTTT-C-A-CC--CCTA
gi|124140                     :                                                                                        -TAT-AA-A-A-CCAAAG---A---T-CA-A---TGCA--A-----G-ATATTG-A-ACAG-A-A----AA--CTG--AG-T--G-T--T--A--A-T----AT-TG-A--A---------C-A--GT---TACA-A-------T-GT-T-T-TGCTG-A-T--TGTTA-C-A-GC--CCTA
gi|124141                     :                                                                                           T-TG-A-A-CCAAAG---A---T-AG-A---GG-----------------------AC-T-G----AA--TCA--AG-C--C-T--T--T--A-T----AT-TG-AGAA---------C-T--GT---ATTG-A-------T-AT-T-T-TGGTGAA-TGGCATCTGC-G-GC--CCTA
gi|124142                     :                                                                                               -A-A-CCAAAA---G---T-CG-A---GGCA--A-----------CG-T-GCAT-TTG----AA--TCT--AG-T--G-T--T--T--A-C----AT-TG-A--A---------C-A--GT---A-CG-A-------T-GT-T-T-CGGTGAA-
gi|124143                     :                                                                                                                                                               --TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-ATATTAATT-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124144                     :                                                                                                                                                                                  --T--A-T----AT-TG-A--A---------C-A--GC---ATTG-A-------T-GT-T-T-CGGTAAA-T--CCTTT-C-A-GT--CCTA
gi|124145                     :                                                                                                                                                                                                                        ---ATTG-A-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA


blockSeqs                     :         T   CT     AG          TTTGATTTGAGAAA  A   GC      GT TC  T       TA G CC AT T G   T  C G A      TAG CAT CCG  CCT  T TT TTGTG   T    T T    A T CATG  AG   AT  A CA C CG AT TA T CACG  G  G GA TAGTAATTG A TA  TGC    ATATTAAT  CG G C A       G GG     G A G  GA
blockSeqs                     :         .   C      G           C               .   AG      .  A   .       .  G .  AC T .   .  . . .      TAG A   CGG  T    T .  ATGC    .    . .    . . .     .    C   A CA . .  TA .  . CACG  .  C .  TT        . .   C      AA        A  . . .       G .      . . .  . 
blockSeqs                     :         .   .      G           .               .   G       .  .   .       .  . .  G  . .   .  . . .      .   .   CG   C    T .  TG      .    . .    . . .     .    .   A A  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :         .   .      G           .               .   G       .  .   .       .  . .  T  . .   .  . . .      .   .   CG   .    T .  TG      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :         .   .      .           .               .   G       .  .   .       .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   CG   .    T .  TG      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :         .   .      .           .               .   G       .  .   .       .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   CG   .    T .  TG      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :         .   .      .           .               .   .       .  .   .       .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   CG   .    T .  TG      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                               .   .       .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   CC   .    A .  TA      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   CC   .    T .  TA      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      G         G  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   TG   .    C .  TG      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         G  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   AG   .    T .  TA      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      T         G  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   AC   .    C .  TG      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         G  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   TA   .    T .  CG      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         G  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   GA   .    T .  TA      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      C         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   CG   .    C .  CA      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         G  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .  .  . .   .  . . .      .   .   CA   .    C .  TG      .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                      . .   .  . . .      .   .   AG   .    . .  T       .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         G  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                        .   .  . . .      .   .   CG   .    . .  G       .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         A  . . .       . .      . . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                            .  . . .      .   .   T    .    . .  .       .    . .    . . .     .    .   . .  . .  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      A         G  . . .       . .      . . .  . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                  .  .  . .     .  . .  .         . .   .      .         .  . . .       . .      . . .    
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blockSeqCons                  :                    G*
originalCons                  : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
finalCons                     : TAATGCAA-ATC--ACATGG-AACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA





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lowQualScore                  :         0   99     88          44444444444444  0   222     99 66  4       22 7 22 22 4 1   0  9 9 9      777 222 7777 111  0 66 0000000 9    9 9    9 9 0000  55   33  5 88 8 55 88 44 7 4444  7  5 44 333333333 7 44  666    999999999 11 7 7 7       3 44     7 7 7  55    
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Reference ( family-728 )      : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124122                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124123                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----CT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124124                     : TAATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-G-CATGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-G-A-CCGAAA---A---T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CATTT-C-A-GC--CCTA
gi|124125                     : TATTGCAA-ATC--ACATGAGAACTTTAAGA--------------AA-TGA---C-TGT--C--AA-CATTGTT--A-A--A--C-G-AAT-CG-GGA-CCGAAA---AA--T-CG-A---GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACATAT-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--TTAA-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CATTT-C-A-GC--CCTA
gi|124126                     : TAATGCAA-ATCC-ACATG--AACTTTAAGAC-------------AA-TGA-G-CATGT--CTCAA-CATTGTT--A-A--A--C-G-TAT-CG-A-AACCGAAA---A---T-CG-AT--GGTA--A-T---G-A-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TCG--AG-C--G-T--T--T--A------AT-CG-A--A---------CAA--GT---ATCGAA-------T-AT-T-TAGGGTGAA-T--CGTTT-CAA-GCGACCTA
gi|124127                     :   ATGCAA-ATC--ACATG-GAACTTTAAGA--------------AA-TGA-GCCATGT--CA-AA-CATTGTT--A-A--AG-C-G-TAT-CG-G-A--CGAAA---A---TCCG-A---GGTA--A-T---G-A-ATTG---ACAT-T-G----AAAGTCGATAG-C--G-TCGT--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ACGG-A-------T-AT-TCT-GGGTGAAGT--CGTTT-C-A-GC--CCT
gi|124128                     :   ATGCAATATTCTACATG--AACTTTAAGA--------------AAATAA-G-TATGT--C--AATCATTGTTTAA-A--AT-C-G-T-T-CG-A---CCGAAA---A---T-CGGA---GGTA--A-TTGTG-A-ATCG-ATACAT-T-G----AA--TGA--GG-C--G-T--TATT--A------AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-A-------T-AT-T-T-CGGTGAAGT--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124129                     :   ATGCAA-ATC--ACATG--AACTTTAAGATTTGATTTGAGAAAAA-TGAAG-CATGTGTC--A--CATTGTT--A-A--A--G-G-TATTCGCA-A-CCGAAA---A---T-CG-AC--GGTA--AAT---GCG-ATCG-A-ACAT-T-G----AA--TC---AG-CA-G-T--T--T--A-T----ATGCGGA--A---------C-ATAGT---ATC--A-------T-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-AGGC--CCTA
gi|124130                     :                                                               --AA-CATT-TT--A-G--AATT-G-TAT-CA-A-A-CCGAAATAGG---C-CC-A---G--A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-A----AA--TCG--AGAC--C-A--G--T--A-C----AT-CGCG--ATT-------C-A--GTTGCATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CC--CCTA
gi|124131                     :                                                                     ATT-TT--AGA--A--CTG-TAT-CA-A-A-CCGAAATAGA---C-CC-A---G--A--A-T---A-A-ATCG-A-ACAT-C-G----AA--TCG--AGACCAG-T--A--C--A-TCACGAT-TC-A--G---------C-T--GC---ATCG------------------CGATGTA-T--CGTTT-C-A-CC--CCTA
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gi|124143                     :                                                                                                                                                               --TCG--AG-C--G-T--T--T--A-T----AT-CG-A--A---------C-A--GT---ATCG-ATATTAATT-AT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA
gi|124144                     :                                                                                                                                                                                  --T--A-T----AT-TG-A--A---------C-A--GC---ATTG-A-------T-GT-T-T-CGGTAAA-T--CCTTT-C-A-GT--CCTA
gi|124145                     :                                                                                                                                                                                                                        ---ATTG-A-------T-GT-T-T-CGGTGAA-T--CGTTT-C-A-GC--CCTA