lowQualScore                  :                                                                         11111111111111                   1                                                                                                                 1111111                                                                                                                                   
lowQualScore                  :      1 1  888  1  1  1  666 44   44 3   1 44 3    1 1  1  3 1   444 22  00000000000000   1 66666 1  3  1 0 22 3 333  2222  1 55555 22 6666 1 44 1  1  888 22 22   222 3 1 1 1 3   8888 22      1  3333   1  3 1 3    3 1 1 7777777  1     1  333  44   2 2 77777   333   2 2 4  4 22  2  333 2 6      2 6666     7777   22 2     2 6666  22 2  2  5555 6   2  22     
lowQualScore                  :      . .  ...  .  .  .  ... ..   .. .   . .. .    . .  .  . .   ... ..  ..............   . ..... .  .  . . .. . ...  ....  . ..... .. .... . .. .  .  ... .. ..   ... . . . . .   .... ..      .  ....   .  . . .    . . . .......  .     .  ...  ..   . . .....   ...   . . .  . ..  .  ... . .      . ....     ....   .. .     . ....  .. .  .  .... .   .  ..     
lowQualScore                  :      8 8  999  7  7  7  222 00   00 3   7 00 3    7 7  7  5 7   888 44  22222222222222   7 11111 7  5  7 4 44 5 000  7777  7 88888 33 5555 7 00 7  7  555 33 33   999 3 7 7 7 3   1111 33      7  5555   7  5 7 5    5 7 7 6666666  7     9  333  55   0 0 00000   555   0 0 0  0 88  0  555 0 0      0 2222     0000   88 0     1 6666  99 1  1  1111 3   1  99     
consensus                     : CCCGA-A-TT--TAA-GA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-T-AAA---T--TT----A---------GTA-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---TT--T-GA-G-----A--T----T-T--T-CA-CT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--ATTTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
Reference ( gi|92632 )        : CCCGA-A-TT--CAA-GA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-T-AAA---T--TT----A---------GTA-C-----A-AA-AA-TAT--T-C---TT--T-GA-G-----A--T----T-T--T-CA-CT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-T--ATTTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92630                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAAAC-AA-AAAT-AAA---T--TT----A---------GTT-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---TT--T-GA-G-----A--T----T-T--T-CA-CT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--A--TTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCT----TTT--C-AACTT-C----AT--C-AG-CA-C--G-TTA-AC--TTTCC
gi|92633                      : CCCGA-A-TT--TTA-AG-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-T-AAA---T--TT----T---------GTA-C-----A-AA-T--TGT--T-C---TT--T-GA-G-----A--T----T-T--T-CA-CT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGT----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--A--TTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---A-----G-AC-A--CG-AG---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-CA---AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92635                      : CCCGA-A-TT--TGA-GA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--TTGAAA-C-AA-AA-T-AAA---T--TT----A---------ATA-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---TT----GA-G-----AATT----T-T--T-CA-CT---A--C--AAA-----T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTT-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--ATTTT---TTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CT-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TT--AT--TTTCC
gi|92637                      : CCCTA-A-TT--TAA-GA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-TATT-GAAA-CCAA-AA-T-AAA---T--TT----A---------GTA-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---TT--T-TA-G-----A--T----T-T----CA-TT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--ATTTT---TTG-TA---AA--TCT-A-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTC-----ACTT-C----AT--C-CG-CA-C--G-TTA-A---TTTCC
gi|92636                      : CCCCA-A-TT--AAA-GA-AA-AAA--C--TGC--C-TGC-T--T--AAA-C-AA-AA---GAA---T--TT----A---------ATA-C-----A-AA-AA-T-T--T-C---CT--T-GA-------A--T----T-T--T-CA-CT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--A--TTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TC-CC----TTT--C-AACTC-C----AT--C-TG-CA-C--G--TA-AG--TTTC
gi|92640                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-AA-A----C--TGC--C-TGC-T--T-GAA--C-AA-AA-T-AAA---T--TT----A---------ATA-C-------AA-AA-TGT--T-C---TT--T-GA-G-----A--T----T-T--T-CACCT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-CT-T-C-ACGC-A-T-G-G--CATTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-TA----AAA---AAT-C-G-ACAA--CG-A----T-T-CGTTAC-TG---TCTCC----TTT--C-AA-TA-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92638                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T----GAAA-C-AA-AA-T-AAA---A--TT----A---------GTA-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---TT----GA-G-----G--T----T-T--T-TA-CT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-T-T-G-C--ATTTT--TTTG-TA---AA--TCT-T-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACT
gi|92639                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-AA-AAA--C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-T-AAA---T--T-----A---------GTA-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---T-----GA-G-----A--T----T-T--T-CA-TT---TTTA--AAA---A-T-T-G-T-CAC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--A--TTGTTTTG-TA---AAATCCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----T---C----TTT--C-AACTT-C----AT--C-CG-CA-C--GTTTA-AG--TTTC
gi|92631                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-AA-AA---C--TGC--C-TCT-T--T-GAAC-A-AA-AA-T-AAA---T--TT----A---------GTT-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---TT--T-GG-A-----T--T----T-T--T-CA-CT---A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--A--TTTTTTTG-T----AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-CAG-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TCT-C----TTT--C-AAC-T-C----AT--C-AG-CA-C--G--TA-AC--TTTCC
gi|92634                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-AA-AC---T--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-G-AAA---TAATT----A---------GTA-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---TT----GA-G-----A--T----GATAAT-CA-CT---A--A--AAA---A-T-TCG-T--GCT---T--TTGAAA--T----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--A--TTTTTTTG-TA---AAT-TCT-C-T-----AAA---AATGC-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92642                      : CCCGA---TT--TAA-GA-AA-AA---C--TGCGCT-TGCCT--T-GAAA-C-AA-AA-T-AAACATT--TT----A---------GTA-C-----A-AATAA-TGT--T-C---TG--T-GAAG-----A--T----T-T--T-CA-CTC--A--A--AAA---A-T-T-G-T-CGCGCT-T--TTGAAA-TA----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-G-C--A--TTTTTTTGATA---AA--TCT-C-T------AA---AAT-C-G-AC-A--CG-A----T-T-CTTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AA-TT-C----AT--C-TG-CACC--GCTTA-AG--TTTCC
gi|92641                      : CTCGA-A-TT---AA-GA-AA-AA---CA-TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-A--T-AAA---G--TT----T---------GTAAC-----A-AA-AA-TGT--TTC---TT--TAGA-G-----A--T----T-T--TTCA-CT---A--A--AAA---A-----------------------AA-TTATTATTG-TT-T-C-ACGC-A-TTG-C--ATTTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-TCCGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92644                      : CCCGAGA-TT--TAAAGA-AA-AAATTC--TGC----TGC-TA-T-GAAA-C-AA-AA-T-AAA---T--CT----T---------GTA-C-------AA-AA-TGT--T-C---TT--T--A-G-----A--T----T-T--T-CA-CT---T--A--AAA---A-T-T-GAT-CGC----TTATTGAAA-TT----TTG-TT-T-CAACGCTATT-G-C--ATTATATTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAAATTAAT-C-G-AC-T--CG-AT---T-TGCGTTACTT----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-T--CA-C--G-TTACAG--TTTC
gi|92643                      : CCCGA-A-TTATTAA-GACAATAA---C--TGC--C-TGC-T--TTGAAA-C-AA-AA-T-AAA---T--TTT---A---------GTA-C-----ATAATAG-TGT--T-C---TT--T-TG-G-----A--TATT-T-T--T-CA-CT---A--A--TAACACA-T-T-G-TTCG-----T--TTGAAA-TG----TTGATTAT-C-ACGC-A-T-G-C--ATTTTTTTGTC-AA---AA--TCT-CTT-----AAA---AAT-C-GAAC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC------TCTCC----TTT--C-AAC-T-C----ATTCT-TC-CA-C--GCTTA-AG--TTTCC
gi|92647                      : CCCAA-A-TT--TAA-GA-AA-AA---TCTTGCA-C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-T-AAA---G--TT----T---------GTA-C-----A-AA-AA-TGTAAC-T---TT--T-GA-GA----A--T----T-TG-T-CA-CT------A--AAA---A-T-T-G-T---C----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-ACGC---T-G-C--A---TTTTTTG-T----AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-ATTCG-ATTCCT-C-CGTCTC-T----CTTCC----TTTTGC-AACTTCC----AT--C-TT-GA----G-TTA-AG--TTT
gi|92648                      : CCCGA-A-TT--TCA-GA-AA-AA---C--TTG--C-TGC-T----GAAA----A-AA-T-AAA---T--TT----A---------ATA-C-----A-AA-AA-TGT--T-CTGTTT--T-GA-G-----A-------T-T--T-CA-TT---A--AATAAA---A-T-T-G-TGCGC----T--TTGAAA--T----TTG-TT-T-C-A-GC-----------TCATTTGTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---A---C-G-ACGA--CGAAT---T-T-CGTTAC-T----TCT------TTT--CAAACTC-C----AA--C-TG-CA----G-TTA-AG--TTTC
gi|92645                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-A-------C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-T-AAAT--T--TT----T---------GTA-C-----A-AA-AA-TGT--T-C---TT--T-GA-G-----A--T----T-C--T------------A--AAA---A-T-T-G-T-CGC----T--TTG--A-TT----TTG-TT-T-C-ACGC-A-T-GCT--ATTTTT
gi|92649                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-GA-AA---C--TGC--A-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AAAT-AAA---T--TT----A---------GTA-A-----A-AA-AAATGT--T-C---TT--T-GA-A-----A--T----T-T--T-CA-CT---A--A--AAG---A-T-T-G-T-CGC----T--TTGAAA-TT----gctaatct
gi|92650                      : CCCGA---TT--TAA-GA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-T-GAA---T--TT----ACCCTGGGTAGTA-TTTCTTA-AA-AA-TGT--TAC---TT--T-GA-G-----A--TATTTT-T--T-CA-CTT--A--A--AAA---A-T-T-G-T-CAC------------------------TT-T-C-ACG--A-T-G-TTCATTTTTTTATA-TATATAA--T-T-C-TCATAAAAA---AAT-C-G-A--A--TG-AT---TCC-CGTTAC-TTAAATCTCTTCAATTT--C-AACTT-C----AT--TATGTCA-TTAG-TTA-TG--TTTCC
gi|92651                      : CCCGA-AATT--CA--GA-AT-AA---C--CAC--C-TCC-G--T-GAAA-C-AA-AG-T-AAC---T--TT----A---------GTA-T-----G-TA-CA-TGT--T-C---TT--C-GA-G-----T--T----T-T--C-TG-CTTAAA--A--AAA---A-CAT-G-T-CGC----T--TTTAAACTT----TTG-TT-T-C-ACA--G-G-G-T--AATTTT------TA---AA--------A-----AAA---AAT-C-G-TT-T--CA-TT---T-T-CGCTA--------ATCA----CTT--C-AACTT-TGTTAAT--C-TT-C-------TTA-AGGATTTC
gi|92652                      : CCCGA-A-TT--TAA-GA-AA-AA---C--TGC--C-CGC-T--T-GAAA-
gi|92633                      :      -A-TT--TAC-AA-AA-AA---A--TGC--A-TGC-G--T-GAAA-C-AA-AA-T-------T--TC----A---------AAA-C-----G-AC-AA-T-T--T-T---TTAGT-GA-A-----A--A----T-C--T-CA-AA---G--A--ACA---ATT-T-G-T--ACAAAAT--TT---A-TT----TTG-TT-T-C-AAGC-A-G-G-C--AGTTTTCTT
gi|92641                      : cccgaatttt--CAA-AA-AA-AA---A--TGC--AATGC-G--T-GAAA-C-AATAA-T-AAT---T--TTTTTTA---------GTG-------A-AA-AA-T------C---TC--T-AA-AGAAACA--T----T-T--T-TG-TT---A--C--AAA---------------C----T--TTA-----T----TTG-TT-T-C-AAGC-A-G-G-C--ATGTTTTTCT--TA---AT--TCctctaaaagacacgagttcgttacttctcctttcaacttcaatctgcacgttaagtttcc
gi|92646                      :            ctcA-GA-AA-AA---C--TGC--CCTGC-T--T-GAAA-C-AA-AA-TGAAA---T--TT----T---------GTA-CC----A-AA-AA-TGT--T-G---TT--T-GA-G-----A--T----T-T--T-CA-CTAA-A--A--AAA---A-T-T-G----GT----C--CTGAA--------TTG-TTAT-CAACGCAA-T-G-C--A--TTTTTTTG-TT---AA--TCTGA-A-----AAA---AAT-C-GAAC-A---G-AT---T-TCCGTTAC-T----TCTCCTA--TTT--C--ACTT-C----AT--C-TG-CA----G-TT--AG--TTTCCtaaatctctaaaaatcgacacgatttccgttacttctcctttcaacttcatctgcacgttaagtttc
gi|92653                      :                                                                                                         cccgaagctgtat--T-GA-G-----A--T----T-T--T-CA-CT---A--A--AAA---AAT-T-G---CGC----T--TTGAAA-TT----TTG-TT-CAC-GCGC-A---G-C--ATTTT--TTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--CG-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTC------TC--C-AACTT-C----AT--C-AG-CA-C--G-TTA-AC--TTTTC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                          22                                                                                                                                    
lowQualScore                  :      1 22  22  1 1 1 1  1  444 44   44 1   1 44 3    1 1    3 1   555 22  1 777777777   1 66666 1  3 1    22 3 333   1  1 1 22 6666 1 44 1  44  888  22   333 1 1 1 1 3   444 22      1  3333   1  3 1 3  333  3 1 3 22  66        1  333  44   1 1 66666   333   1 1 1  3 22 1 1  333 1 5      1 6666     6666   22 1     2 6666  22 2  2  4444 6   2  22     
lowQualScore                  :      . ..  ..  . . . .  .  ... ..   .. .   . .. .    . .    . .   ... ..  . .........   . ..... .  . .    .. . ...   .  . . .. .... . .. .  ..  ...  ..   ... . . . . .   ... ..      .  ....   .  . . .  ...  . . . ..  ..        .  ...  ..   . . .....   ...   . . .  . .. . .  ... . .      . ....     ....   .. .     . ....  .. .  .  .... .   .  ..     
lowQualScore                  :      7 44  44  7 7 7 7  7  888 11   11 7   7 11 5    7 8    6 8   000 55  8 333333333   8 44444 8  6 8    55 6 222   7  7 7 44 7777 7 11 7  11  999  44   000 7 7 7 7 5   888 44      7  7777   8  6 8 6  222  6 8 6 55  22        8  222  33   8 9 77777   333   9 9 9  8 66 9 9  333 9 7      9 0000     7777   66 9     0 2222  88 0  0  3333 0   0  88     
consensus                     : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
Reference ( family-725 )      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CATTTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92630                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAAAC-AAAAAT-AAA---T--TT-A---------GTT-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--TTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCT----TTT--C-AACTT-C----AT--C-AG-CA-C--G-TTA-AC--TTTCC
gi|92631                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TCT-T--T-GAAC-A-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTT-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GG-A-T--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--TTTTTTTG-T----AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-CAG-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCT-C----TTT--C-AAC-T-C----AT--C-AG-CA-C--G--TA-AC--TTTCC
gi|92632                      : CCCGA-A--TT--CA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATAT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--TATTTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92633                      : CCCGA-A--TT--TT-A-A-G-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-T---------GTA-C-----A-AA-T--TGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGT---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--TTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---A-----G-AC-A--C-G-AG---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-CA---AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92634                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AC---T--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-G-AAA---TAATT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TT--GA-G-A--T----GATAAT-CA--CT---AA--AAA---A-T-TCG-T--GCT--T--TTGAAA--T----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--TTTTTTTG-TA---AAT-TCT-C-T-----AAA---AATGC-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92635                      : CCCGA-A--TT--TG-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--TTGAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C----TT-GA-G-AATT----T-T--T-CA--CT----A--CAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTT-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA---TTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-T-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TT--AT--TTTCC
gi|92636                      : CCCCA-A--TT--AA-A-G-A-AA-AAA--C--TGC--C-TGC-T--T--AAA-C-AAAA---GAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-AT-T--T-C---CTT-GA---A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--TTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TC-CC----TTT--C-AACTC-C----AT--C-TG-CA-C--G--TA-AG--TTTC
gi|92637                      : CCCTA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-TATT-GAAA-CCAAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-TA-G-A--T----T-T----CA--TT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CATTTT---TTG-TA---AA--TCT-A-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTC-----ACTT-C----AT--C-CG-CA-C--G-TTA-A---TTTCC
gi|92638                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T----GAAA-C-AAAA-T-AAA---A--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TT--GA-G-G--T----T-T--T-TA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-T-T-G--CA--TTTTTTTG-TA---AA--TCT-T-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACT
gi|92639                      : CCCGA-A--TT--TA-A-GAA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA------TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C-----T-GA-G-A--T----T-T--T-CATTTT---TA--AAA---A-T-T-G-T-CAC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--TTGTTTTG-TA---AAATCCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----T---C----TTT--C-AACTT-C----AT--C-CG-CA-C--GTTTA-AG--TTTC
gi|92640                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-A----C--TGC--C-TGC-T--T-GAA--C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-------AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CAC-CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-CT-T-C-AC---GC-A-TGG--CA-TTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-TA----AAA---AAT-C-G-ACAA--C-G-A----T-T-CGTTAC-TG---TCTCC----TTT--C-AA-TA-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92641                      : CTCGA-A--TT---A-A-G-A-AA-AA---CA-TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAA--T-AAA---G--TT-T---------GTAAC-----A-AA-A-ATGT--TTC---TTTAGA-G-A--T----T-T--TTCA--CT---AA--AAA---A----------------------AA-TTATTATTG-TT-T-C-AC---GC-A-TTG--CATTTTTTTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-TCCGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92642                      : CCCGA----TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGCGCT-TGCCT--T-GAAA-C-AAAA-T-AAACATT--TT-A---------GTA-C-----A-AATA-ATGT--T-C---TGT-GAAG-A--T----T-T--T-CA--CTC--AA--AAA---A-T-T-G-T-CGCGCTT--TTGAAA-TA----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--TTTTTTTGATA---AA--TCT-C-T------AA---AAT-C-G-AC-A--C-G-A----T-T-CTTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AA-TT-C----AT--C-TG-CACC--GCTTA-AG--TTTCC
gi|92643                      : CCCGA-A--TTATTA-A-G-ACAATAA---C--TGC--C-TGC-T--TTGAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TTTA---------GTA-C-----ATAATA-GTGT--T-C---TTT-TG-G-A--TATT-T-T--T-CA--CT---AA--TAACACA-T-T-G-TTCG----T--TTGAAA-TG----TTGATTAT-C-AC---GC-A-T-G--CATTTTTTTGTC-AA---AA--TCT-CTT-----AAA---AAT-C-GAAC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC------TCTCC----TTT--C-AAC-T-C----ATTCT-TC-CA-C--GCTTA-AG--TTTCC
gi|92644                      : CCCGAGA--TT--TA-AAG-A-AA-AAATTC--TGC----TGC-TA-T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--CT-T---------GTA-C-------AA-A-ATGT--T-C---TTT--A-G-A--T----T-T--T-CA--CT---TA--AAA---A-T-T-GAT-CGC---TTATTGAAA-TT----TTG-TT-T-CAAC---GCTATT-G--CATTATATTTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAAATTAAT-C-G-AC-T--C-G-AT---T-TGCGTTACTT----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-T--CA-C--G-TTACAG--TTTC
gi|92645                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-A-------C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAAT--T--TT-T---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-C--T-----------A--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTG--A-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--C---TATTTTTG-CT---AA--TCT-
gi|92646                      : CCCGA-AGCTG--TATA-G-A-AA-AA---C--TGC--CCTGC-T--T-GAAA-C-AAAA-TGAAA---T--TT-T---------GTA-CC----A-AA-A-ATGT--T-G---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CTAA-AA--AAA---A-T-T-G----GT---C--CTGAA--------TTG-TTAT-CAAC---GCAA-T-G--CA--TTTTTTTG-TT---AA--TCTGA-A-----AAA---AAT-C-G-A--A--CAG-AT---T-TCCGTTAC-T----TCTCCTA--TTT--C--ACTT-C----AT--C-TG-CA----G-TT--AG--TTTCC
gi|92647                      : CCCAA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---TCTTGCA-C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---G--TT-T---------GTA-C-----A-AA-A-ATGTAAC-T---TTT-GA-GAA--T----T-TG-T-CA--CT----A--AAA---A-T-T-G-T---C---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC---T-G--CA---TTTTTTG-T----AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-ATTC-G-ATTCCT-C-CGTCTC-T----CTTCC----TTTTGC-AACTTCC----AT--C-TT-GA----G-TTA-AG--TTT
gi|92648                      : CCCGA-A--TT--TC-A-G-A-AA-AA---C--TTG--C-TGC-T----GAAA----AAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-ATGT--T-CTGTTTT-GA-G-A-------T-T--T-CA--TT---AAATAAA---A-T-T-G-TGCGC---T--TTGAAA--T----TTG-TT-T-C-A----GC---T----CA---TTTGTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---A---C-G-ACGA--C-GAAT---T-T-CGTTAC-T----TCT------TTT--CAAACTC-C----AA--C-TG-CA----G-TTA-AG--TTTC
gi|92649                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-GA-AA---C--TGC--A-TGC-T--T-GAAA-C-AAAAAT-AAA---T--TT-A---------GTA-A-----A-AA-AAATGT--T-C---TTT-GA-A-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAG---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----
gi|92650                      : CCCGA----TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-GAA---T--TT-ACCCTGGGTAGTA-TTTCTTA-AA-A-ATGT--TAC---TTT-GA-G-A--TATTTT-T--T-CA--CTT--AA--AAA---A-T-T-G-T-CAC-----------------------TT-T-C-AC---G--A-T-GTTCATTTTTTTATA-TATATAA--T-T-C-TCATAAAAA---AAT-C-G-A--A--T-G-AT---TCC-CGTTAC-TTAAATCTCTTCAATTT--C-AACTT-C----AT--TATGTCA-TTAG-TTA-TG--TTTCC
gi|92651                      : CCCGA-A--AT--TC-A-G-A-AT-AA---C--CAC--C-TCC-G--T-GAAA-C-AAAG-T-AAC---T--TT-A---------GTA-T-----G-TA-C-ATGT--T-C---TTC-GA-G-T--T----T-T--C-TG--CTTAAAA--AAA---A-CAT-G-T-CGC---T--TTTAAACTT----TTG-TT-T-C-ACAGGGT-A-------ATTTT-------TA---AA--------A-----AAA---AAT-C-G-TT-T--C-A-TT---T-T-CGCTA--------ATCA----CTT--C-AACTT-TGTTAAT--C-TT-C-------TTA-AGGATTTC
gi|92652                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-CGC-T--T-GAAA-
gi|92653                      :                                                                                                                     T-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---AAT-T-G---CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-CAC-GC---GC-A---G--CATTTT--TTTG-TA---AA--TCT-C-T-----AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTC------TC--C-AACTT-C----AT--C-AG-CA-C--G-TTA-AC--TTTTC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                          22                                                                                                                                      
lowQualScore                  :      1 22  22  1 1 1 1  1  444 44   44 1   1 44 3    1 1    3 1   555 22  1 777777777   1 66666 1  3 1    22 3 333   1  1 1 22 6666 1 44 1  44  888  22   333 1 1 1 1 3   444 22      1  3333   1  3 1 3  333  3 1 3 22  00 1  1   44444   22   44   1 3 44   333   1 1 1  3 22 1 1  333 1 5      1 6666     6666   22 1     2 6666  22 2  2  4444 6   2  22     
lowQualScore                  :      . ..  ..  . . . .  .  ... ..   .. .   . .. .    . .    . .   ... ..  . .........   . ..... .  . .    .. . ...   .  . . .. .... . .. .  ..  ...  ..   ... . . . . .   ... ..      .  ....   .  . . .  ...  . . . ..  .. .  .   .....   ..   ..   . . ..   ...   . . .  . .. . .  ... . .      . ....     ....   .. .     . ....  .. .  .  .... .   .  ..     
lowQualScore                  :      7 44  44  7 7 7 7  7  888 11   11 7   7 11 5    7 8    6 8   000 55  8 333333333   8 44444 8  6 8    55 6 222   7  7 7 44 7777 7 11 7  11  999  44   000 7 7 7 7 5   888 44      7  7777   8  6 8 6  222  6 8 6 55  66 8  8   55555   55   33   8 8 55   333   9 9 9  8 66 9 9  333 9 7      9 0000     7777   66 9     0 2222  88 0  0  3333 0   0  88     
consensus                     : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
Reference ( family-725 )      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92630                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAAAC-AAAAAT-AAA---T--TT-A---------GTT-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCT----TTT--C-AACTT-C----AT--C-AG-CA-C--G-TTA-AC--TTTCC
gi|92631                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TCT-T--T-GAAC-A-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTT-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GG-A-T--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT---AA--TCT-C-T--AAA---AAT-CAG-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCT-C----TTT--C-AAC-T-C----AT--C-AG-CA-C--G--TA-AC--TTTCC
gi|92632                      : CCCGA-A--TT--CA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATAT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--TATTT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92633                      : CCCGA-A--TT--TT-A-A-G-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-T---------GTA-C-----A-AA-T--TGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGT---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---A-----G-AC-A--C-G-AG---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-CA---AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92634                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AC---T--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-G-AAA---TAATT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TT--GA-G-A--T----GATAAT-CA--CT---AA--AAA---A-T-TCG-T--GCT--T--TTGAAA--T----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAAT-TCT-C-T--AAA---AATGC-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92635                      : CCCGA-A--TT--TG-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--TTGAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C----TT-GA-G-AATT----T-T--T-CA--CT----A--CAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTT-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA----TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-T-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TT--AT--TTTCC
gi|92636                      : CCCCA-A--TT--AA-A-G-A-AA-AAA--C--TGC--C-TGC-T--T--AAA-C-AAAA---GAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-AT-T--T-C---CTT-GA---A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TC-CC----TTT--C-AACTC-C----AT--C-TG-CA-C--G--TA-AG--TTTC
gi|92637                      : CCCTA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-TATT-GAAA-CCAAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-TA-G-A--T----T-T----CA--TT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT---T-----TGT--AAA--TCT-A-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTC-----ACTT-C----AT--C-CG-CA-C--G-TTA-A---TTTCC
gi|92638                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T----GAAA-C-AAAA-T-AAA---A--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TT--GA-G-G--T----T-T--T-TA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-T-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-T-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACT
gi|92639                      : CCCGA-A--TT--TA-A-GAA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA------TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C-----T-GA-G-A--T----T-T--T-CATTTT---TA--AAA---A-T-T-G-T-CAC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TG-TTT-----TGT--AAAATCCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----T---C----TTT--C-AACTT-C----AT--C-CG-CA-C--GTTTA-AG--TTTC
gi|92640                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-A----C--TGC--C-TGC-T--T-GAA--C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-------AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CAC-CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-CT-T-C-AC---GC-A-TGG--CA-TT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-TA-AAA---AAT-C-G-ACAA--C-G-A----T-T-CGTTAC-TG---TCTCC----TTT--C-AA-TA-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92641                      : CTCGA-A--TT---A-A-G-A-AA-AA---CA-TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAA--T-AAA---G--TT-T---------GTAAC-----A-AA-A-ATGT--TTC---TTTAGA-G-A--T----T-T--TTCA--CT---AA--AAA---A----------------------AA-TTATTATTG-TT-T-C-AC---GC-A-TTG--CA-TT-TTTTTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-TCCGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92642                      : CCCGA----TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGCGCT-TGCCT--T-GAAA-C-AAAA-T-AAACATT--TT-A---------GTA-C-----A-AATA-ATGT--T-C---TGT-GAAG-A--T----T-T--T-CA--CTC--AA--AAA---A-T-T-G-T-CGCGCTT--TTGAAA-TA----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT-TTT-----GAT--AAA--TCT-C-T---AA---AAT-C-G-AC-A--C-G-A----T-T-CTTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AA-TT-C----AT--C-TG-CACC--GCTTA-AG--TTTCC
gi|92643                      : CCCGA-A--TTATTA-A-G-ACAATAA---C--TGC--C-TGC-T--TTGAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TTTA---------GTA-C-----ATAATA-GTGT--T-C---TTT-TG-G-A--TATT-T-T--T-CA--CT---AA--TAACACA-T-T-G-TTCG----T--TTGAAA-TG----TTGATTAT-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGTCAAAA--TCT-CTT--AAA---AAT-C-GAAC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC------TCTCC----TTT--C-AAC-T-C----ATTCT-TC-CA-C--GCTTA-AG--TTTCC
gi|92644                      : CCCGAGA--TT--TA-AAG-A-AA-AAATTC--TGC----TGC-TA-T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--CT-T---------GTA-C-------AA-A-ATGT--T-C---TTT--A-G-A--T----T-T--T-CA--CT---TA--AAA---A-T-T-GAT-CGC---TTATTGAAA-TT----TTG-TT-T-CAAC---GCTATT-G--CA-TTATA-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAAATTAAT-C-G-AC-T--C-G-AT---T-TGCGTTACTT----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-T--CA-C--G-TTACAG--TTTC
gi|92645                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-A-------C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAAT--T--TT-T---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-C--T-----------A--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTG--A-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--C---T-AT-TTT-----TGC--TAA--TCT-
gi|92646                      : CCCGA-AGCTG--TATA-G-A-AA-AA---C--TGC--CCTGC-T--T-GAAA-C-AAAA-TGAAA---T--TT-T---------GTA-CC----A-AA-A-ATGT--T-G---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CTAA-AA--AAA---A-T-T-G----GT---C--CTGAA--------TTG-TTAT-CAAC---GCAA-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--TAA--TCTGA-A--AAA---AAT-C-G-A--A--CAG-AT---T-TCCGTTAC-T----TCTCCTA--TTT--C--ACTT-C----AT--C-TG-CA----G-TT--AG--TTTCC
gi|92647                      : CCCAA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---TCTTGCA-C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---G--TT-T---------GTA-C-----A-AA-A-ATGTAAC-T---TTT-GA-GAA--T----T-TG-T-CA--CT----A--AAA---A-T-T-G-T---C---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC---T-G--CA----TT-TTT-----TGT---AA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-ATTC-G-ATTCCT-C-CGTCTC-T----CTTCC----TTTTGC-AACTTCC----AT--C-TT-GA----G-TTA-AG--TTT
gi|92648                      : CCCGA-A--TT--TC-A-G-A-AA-AA---C--TTG--C-TGC-T----GAAA----AAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-ATGT--T-CTGTTTT-GA-G-A-------T-T--T-CA--TT---AAATAAA---A-T-T-G-TGCGC---T--TTGAAA--T----TTG-TT-T-C-A----GC---T----CA----TT-TGT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---A---C-G-ACGA--C-GAAT---T-T-CGTTAC-T----TCT------TTT--CAAACTC-C----AA--C-TG-CA----G-TTA-AG--TTTC
gi|92649                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-GA-AA---C--TGC--A-TGC-T--T-GAAA-C-AAAAAT-AAA---T--TT-A---------GTA-A-----A-AA-AAATGT--T-C---TTT-GA-A-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAG---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----
gi|92650                      : CCCGA----TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-GAA---T--TT-ACCCTGGGTAGTA-TTTCTTA-AA-A-ATGT--TAC---TTT-GA-G-A--TATTTT-T--T-CA--CTT--AA--AAA---A-T-T-G-T-CAC-----------------------TT-T-C-AC---G--A-T-GTTCA-TT-TT-TTTATATATAT--AAT--TCT-CATAAAAA---AAT-C-G-A--A--T-G-AT---TCC-CGTTAC-TTAAATCTCTTCAATTT--C-AACTT-C----AT--TATGTCA-TTAG-TTA-TG--TTTCC
gi|92651                      : CCCGA-A--AT--TC-A-G-A-AT-AA---C--CAC--C-TCC-G--T-GAAA-C-AAAG-T-AAC---T--TT-A---------GTA-T-----G-TA-C-ATGT--T-C---TTC-GA-G-T--T----T-T--C-TG--CTTAAAA--AAA---A-CAT-G-T-CGC---T--TTTAAACTT----TTG-TT-T-C-ACAGGGT-A-------A-TT-TT-----------T--AAA--------A--AAA---AAT-C-G-TT-T--C-A-TT---T-T-CGCTA--------ATCA----CTT--C-AACTT-TGTTAAT--C-TT-C-------TTA-AGGATTTC
gi|92652                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-CGC-T--T-GAAA-
gi|92653                      :                                                                                                                     T-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---AAT-T-G---CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-CAC-GC---GC-A---G--CA-TT-TT-TTT------GT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTC------TC--C-AACTT-C----AT--C-AG-CA-C--G-TTA-AC--TTTTC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                          22                                                                                                                                      
lowQualScore                  :      1 22  22  1 1 1 1  1  444 44   44 1   1 44 3    1 1    3 1   555 22  1 777777777   1 66666 1  3 1    22 3 333   1  1 1 22 6666 1 44 1  44  888  22   333 1 1 1 1 3   444 22      1  3333   1  3 1 3  333  3 1 3 22  00 1  1   44444   22   44   1 3 44   333   1 1 1  3 22 1 1  333 1 5      1 6666     6666   22 1     2 6666  22 2  2  4444 6   2  22     
lowQualScore                  :      . ..  ..  . . . .  .  ... ..   .. .   . .. .    . .    . .   ... ..  . .........   . ..... .  . .    .. . ...   .  . . .. .... . .. .  ..  ...  ..   ... . . . . .   ... ..      .  ....   .  . . .  ...  . . . ..  .. .  .   .....   ..   ..   . . ..   ...   . . .  . .. . .  ... . .      . ....     ....   .. .     . ....  .. .  .  .... .   .  ..     
lowQualScore                  :      7 44  44  7 7 7 7  7  888 11   11 7   7 11 5    7 8    6 8   000 55  8 333333333   8 44444 8  6 8    55 6 222   7  7 7 44 7777 7 11 7  11  999  44   000 7 7 7 7 5   888 44      7  7777   8  6 8 6  222  6 8 6 55  66 8  8   55555   55   33   8 8 55   333   9 9 9  8 66 9 9  333 9 7      9 0000     7777   66 9     0 2222  88 0  0  3333 0   0  88     
consensus                     : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
Reference ( family-725 )      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92630                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAAAC-AAAAAT-AAA---T--TT-A---------GTT-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCT----TTT--C-AACTT-C----AT--C-AG-CA-C--G-TTA-AC--TTTCC
gi|92631                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TCT-T--T-GAAC-A-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTT-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GG-A-T--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT---AA--TCT-C-T--AAA---AAT-CAG-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCT-C----TTT--C-AAC-T-C----AT--C-AG-CA-C--G--TA-AC--TTTCC
gi|92632                      : CCCGA-A--TT--CA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATAT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--TATTT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92633                      : CCCGA-A--TT--TT-A-A-G-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-T---------GTA-C-----A-AA-T--TGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGT---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---A-----G-AC-A--C-G-AG---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-CA---AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
gi|92634                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AC---T--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-G-AAA---TAATT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TT--GA-G-A--T----GATAAT-CA--CT---AA--AAA---A-T-TCG-T--GCT--T--TTGAAA--T----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAAT-TCT-C-T--AAA---AATGC-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92635                      : CCCGA-A--TT--TG-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--TTGAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C----TT-GA-G-AATT----T-T--T-CA--CT----A--CAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTT-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA----TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-T-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TT--AT--TTTCC
gi|92636                      : CCCCA-A--TT--AA-A-G-A-AA-AAA--C--TGC--C-TGC-T--T--AAA-C-AAAA---GAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-AT-T--T-C---CTT-GA---A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TC-CC----TTT--C-AACTC-C----AT--C-TG-CA-C--G--TA-AG--TTTC
gi|92637                      : CCCTA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-TATT-GAAA-CCAAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-TA-G-A--T----T-T----CA--TT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT---T-----TGT--AAA--TCT-A-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTC-----ACTT-C----AT--C-CG-CA-C--G-TTA-A---TTTCC
gi|92638                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T----GAAA-C-AAAA-T-AAA---A--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TT--GA-G-G--T----T-T--T-TA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-T-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-T-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACT
gi|92639                      : CCCGA-A--TT--TA-A-GAA-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA------TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C-----T-GA-G-A--T----T-T--T-CATTTT---TA--AAA---A-T-T-G-T-CAC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TG-TTT-----TGT--AAAATCCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----T---C----TTT--C-AACTT-C----AT--C-CG-CA-C--GTTTA-AG--TTTC
gi|92640                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-A----C--TGC--C-TGC-T--T-GAA--C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-------AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CAC-CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-CT-T-C-AC---GC-A-TGG--CA-TT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-TA-AAA---AAT-C-G-ACAA--C-G-A----T-T-CGTTAC-TG---TCTCC----TTT--C-AA-TA-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92641                      : CTCGA-A--TT---A-A-G-A-AA-AA---CA-TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAA--T-AAA---G--TT-T---------GTAAC-----A-AA-A-ATGT--TTC---TTTAGA-G-A--T----T-T--TTCA--CT---AA--AAA---A----------------------AA-TTATTATTG-TT-T-C-AC---GC-A-TTG--CA-TT-TTTTTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-TCCGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTC
gi|92642                      : CCCGA----TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGCGCT-TGCCT--T-GAAA-C-AAAA-T-AAACATT--TT-A---------GTA-C-----A-AATA-ATGT--T-C---TGT-GAAG-A--T----T-T--T-CA--CTC--AA--AAA---A-T-T-G-T-CGCGCTT--TTGAAA-TA----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT-TTT-----GAT--AAA--TCT-C-T---AA---AAT-C-G-AC-A--C-G-A----T-T-CTTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AA-TT-C----AT--C-TG-CACC--GCTTA-AG--TTTCC
gi|92643                      : CCCGA-A--TTATTA-A-G-ACAATAA---C--TGC--C-TGC-T--TTGAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TTTA---------GTA-C-----ATAATA-GTGT--T-C---TTT-TG-G-A--TATT-T-T--T-CA--CT---AA--TAACACA-T-T-G-TTCG----T--TTGAAA-TG----TTGATTAT-C-AC---GC-A-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGTCAAAA--TCT-CTT--AAA---AAT-C-GAAC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC------TCTCC----TTT--C-AAC-T-C----ATTCT-TC-CA-C--GCTTA-AG--TTTCC
gi|92644                      : CCCGAGA--TT--TA-AAG-A-AA-AAATTC--TGC----TGC-TA-T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--CT-T---------GTA-C-------AA-A-ATGT--T-C---TTT--A-G-A--T----T-T--T-CA--CT---TA--AAA---A-T-T-GAT-CGC---TTATTGAAA-TT----TTG-TT-T-CAAC---GCTATT-G--CA-TTATA-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAAATTAAT-C-G-AC-T--C-G-AT---T-TGCGTTACTT----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-T--CA-C--G-TTACAG--TTTC
gi|92645                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-A-------C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAAT--T--TT-T---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-C--T-----------A--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTG--A-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--C---T-AT-TTT-----TGC--TAA--TCT-
gi|92646                      : CCCGA-AGCTG--TATA-G-A-AA-AA---C--TGC--CCTGC-T--T-GAAA-C-AAAA-TGAAA---T--TT-T---------GTA-CC----A-AA-A-ATGT--T-G---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CTAA-AA--AAA---A-T-T-G----GT---C--CTGAA--------TTG-TTAT-CAAC---GCAA-T-G--CA--T-TT-TTT-----TGT--TAA--TCTGA-A--AAA---AAT-C-G-A--A--CAG-AT---T-TCCGTTAC-T----TCTCCTA--TTT--C--ACTT-C----AT--C-TG-CA----G-TT--AG--TTTCC
gi|92647                      : CCCAA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---TCTTGCA-C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---G--TT-T---------GTA-C-----A-AA-A-ATGTAAC-T---TTT-GA-GAA--T----T-TG-T-CA--CT----A--AAA---A-T-T-G-T---C---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC---T-G--CA----TT-TTT-----TGT---AA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-ATTC-G-ATTCCT-C-CGTCTC-T----CTTCC----TTTTGC-AACTTCC----AT--C-TT-GA----G-TTA-AG--TTT
gi|92648                      : CCCGA-A--TT--TC-A-G-A-AA-AA---C--TTG--C-TGC-T----GAAA----AAA-T-AAA---T--TT-A---------ATA-C-----A-AA-A-ATGT--T-CTGTTTT-GA-G-A-------T-T--T-CA--TT---AAATAAA---A-T-T-G-TGCGC---T--TTGAAA--T----TTG-TT-T-C-A----GC---T----CA----TT-TGT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---A---C-G-ACGA--C-GAAT---T-T-CGTTAC-T----TCT------TTT--CAAACTC-C----AA--C-TG-CA----G-TTA-AG--TTTC
gi|92649                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-GA-AA---C--TGC--A-TGC-T--T-GAAA-C-AAAAAT-AAA---T--TT-A---------GTA-A-----A-AA-AAATGT--T-C---TTT-GA-A-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAG---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----
gi|92650                      : CCCGA----TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-GAA---T--TT-ACCCTGGGTAGTA-TTTCTTA-AA-A-ATGT--TAC---TTT-GA-G-A--TATTTT-T--T-CA--CTT--AA--AAA---A-T-T-G-T-CAC-----------------------TT-T-C-AC---G--A-T-GTTCA-TT-TT-TTTATATATAT--AAT--TCT-CATAAAAA---AAT-C-G-A--A--T-G-AT---TCC-CGTTAC-TTAAATCTCTTCAATTT--C-AACTT-C----AT--TATGTCA-TTAG-TTA-TG--TTTCC
gi|92651                      : CCCGA-A--AT--TC-A-G-A-AT-AA---C--CAC--C-TCC-G--T-GAAA-C-AAAG-T-AAC---T--TT-A---------GTA-T-----G-TA-C-ATGT--T-C---TTC-GA-G-T--T----T-T--C-TG--CTTAAAA--AAA---A-CAT-G-T-CGC---T--TTTAAACTT----TTG-TT-T-C-ACAGGGT-A-------A-TT-TT-----------T--AAA--------A--AAA---AAT-C-G-TT-T--C-A-TT---T-T-CGCTA--------ATCA----CTT--C-AACTT-TGTTAAT--C-TT-C-------TTA-AGGATTTC
gi|92652                      : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-CGC-T--T-GAAA-
gi|92653                      :                                                                                                                     T-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---AAT-T-G---CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-CAC-GC---GC-A---G--CA-TT-TT-TTT------GT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTC------TC--C-AACTT-C----AT--C-AG-CA-C--G-TTA-AC--TTTTC


blockSeqs                     :      G GC  AT  T A A C  T  ATT CT   GC C   C AT T    . C    A G   CAT AA  T CCCTGGGTA   A TTCTT T  T A    AA T TGT   A  A A AT ATTT A AA T  TT  TAA  AT   CAC A A C A T   GCT TA      C  ATTA   A  A A A  AGG  T T G TT  TT A  T   ATATA   CA   AT   G T AA   ATT   G A A  A TT A A  TCC C C      T TAAA     TCAA   TG A     C GTTA  TC A  T  TTA  T   C  GA
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  A   A    A  .   . A  T    . .    . .   T   .   . .           . C     .  T .    .  A .     .  . . .  ATT  . G  .  C   AA   .    .   . . . . G   T   .       .  .      .  A . A  .    A . T .   T  .  .   .       .    T    . A A    .     . . .  G .  . .  .   . G      . G        TA     .  .     . A     .  .  .  CC   C   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   C    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   T  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . C      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    C   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   T    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   T  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   T  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   T  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   T  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   T  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   T  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  C    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  .    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  .    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  .    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .     . .     .  .  .  .    .   .  . 
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    . . .    .     . . .  . .  . .  .   . .      . .        .      .  .                                    
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    . .    . .   .   .   . .           . .     .  . .    .  . .     .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .      .  . . .  .    . . . .   .  .  .   .       .    .    .                                                                                                      
blockSeqs                     :      . .   .   . . . .  .  .   .    .  .   . .  .    .                                                               .  . . .  .    . .  .  .   .    .    .   . . . . .   .   .       .  .                                                                                                                                                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC
finalCons                     : CCCGA-A--TT--TA-A-G-A-AA-AA---C--TGC--C-TGC-T--T-GAAA-C-AAAA-T-AAA---T--TT-A---------GTA-C-----A-AA-A-ATGT--T-C---TTT-GA-G-A--T----T-T--T-CA--CT---AA--AAA---A-T-T-G-T-CGC---T--TTGAAA-TT----TTG-TT-T-C-AC---GC-A-T-G--CA-TT-TT-TTT-----TGT--AAA--TCT-C-T--AAA---AAT-C-G-AC-A--C-G-AT---T-T-CGTTAC-T----TCTCC----TTT--C-AACTT-C----AT--C-TG-CA-C--G-TTA-AG--TTTCC