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blockSeqs : . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TGGGCGACGTGTC-AGCCA----GT--ATN-GTATC---GTTAT---T-CT-GTA--T-ATT---CA-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-TCGAGC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-AAGT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTG
finalCons : TGGGCGACGTGTC-AGCCA----GT--ATN-GTATC---GTTAT---T-CT-GTA--T-ATT---CA-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-TCGAGC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-AAGT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTG
Alignments
lowQualScore : 2 4444 55 33 555 666 1 3 22 1 666 1 22 5555 3 1 333 1 3 22 22 3 3333 3333 1 6 0 4 2 2 2 2 2 666666 2 2 4 2
lowQualScore : . .... .. .. ... ... . . .. . ... . .. .... . . ... . . .. .. . .... .... . . . . . . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 0 2222 55 77 555 777 9 6 44 7 555 7 44 4444 3 7 000 7 6 55 55 6 9999 9999 8 0 9 2 1 1 1 1 2 444444 2 2 4 2
consensus : TGGGCGACGTGTC-AGCCA----GT--ATN-GTATC---GTTAT---T-CT-GTA--T-ATT---CA-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-TCGAGC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-AAGT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTG
Reference ( family-723 ) : TGGGCGACGTGTC-AGCCA----GT--ATN-GTATC---GTTAT---T-CT-GTA--T-ATT---CA-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-TCGAGC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-AAGT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTG
gi|15517 : TGGGCGACGTCTC-AGCCA----TT--TTT-GTATC---GTTAT---T-CT-GTA--T-ATT---CG-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-TTGAGC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GT----G-ACA-GTGT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTG
gi|15518 : TGGGCGACGTCTC-AGCCA----TT--TTT-GTATC---GTTAT---T-TT-GTA--T-ATTT--CG-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-TTGAGC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GT----G-ACA-GTGT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTG
gi|15519 : TGGGCGACTTGTC-CGCCA----AT--ATA-GTATC---GTTAT---T-TC-GTA--T-ATT---CA-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-TCGAGC-GACA--AGT--ATCCTACA----GA----G-ACA-TAGT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTG
gi|15520 : TGGGCGACGTGTC-AGTCAACTAGT--ATT-GTATG---GTCAT---T-TG-GTA--T-ATT---CA-TGGAA----GA-AGA-TA---AA-TTGAGC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GGAACAG-ACA-GAGT-G-TC-TAT-CAAC-AGA-G------ATAAA-TG-T-TC-AGTG
gi|15521 : TGGGTGACGTGTC-AGACA----GT--ATA-TTATC---TTTAT---T-TC-GTA--T-ATT---CA-TTGAA----GA-ACA-TA---TT-CTGAGC-GACA--AGT--AACCT-CG----GG----G-ACACAAGT-G-CT-CAC-CAGC-AGACA------ATACACTG-C-TC-GATG
gi|15522 : TGGGCGACGTGTCCAGCCA----GT--ATA-GTA-C---TTTAT---T-TC-GTA--T-ATT---CAATTAAA----GA-AAA-TA---TA-TCGAGCCGACA--AGT--AT-CT-CG----GG----ACACA-AAGT-G-CC-CAC-CAGC-AGA-G-------TACA-TG-CTTC-GATG
gi|15523 : TGGGCAAAGTGTC-AGCCA---------------------TTAT---T-TT-ATA--T-ATT---CC-TGACA----GA-AAA-TA---GA-TTGAGC-GACA--AGT--AACCT-CG----GG----A-ATA-ATCT-G-TT-TAC-CAAC-AGA-GGTACATGTACA-TG-C-TC-GATG
gi|15524 : TGGGCGACGTAT---ATCT----TT--GTT-GTAC--------T---T-CT-TTA--T-ACT---CA-TAATG----GC-ATA-TA---TA-CCGAAC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-AATT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TA-T-TC-GTTG
gi|15525 : TGGGCGACGTGCC-AGCCA----GTGCATGTATATCTTTGTTGTCCTT-CT-CTA--T-ACT---CA-TAATG----GC-ATA-TA---TA-CCGAAC-GACA--AGT--ATCCT-CGTTCGAG----G-ACA-AATT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TA-T-TT-GGTG
gi|15526 : TAGGCGACGTGCC-AGACA----GT--ATA-GTTTT---GTTTTCTTT-CT-GTA--T-ACA---CA-TG-AT----GACATA-TA---TA-CCAAAC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-AGTT-G-TC-CAC-CTGC-AGA-G------ATACA-TA-T-TC-GG
gi|15527 : TGGGTGACGTGTC-AGCCA----GT--ATT-GTATC---GTTAT---T-TA-GTA--T-AGT---CA-TGGAA----GA-ACA-T
gi|15528 : TGGGCGACGTGCC-AGCCA----GT--ATA-GTTTT---GTTCT---T-CT-CTA--T-ACT---CA-TAATG----GC-ATA-TA---TA-CCGAAC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-A
gi|15529 : TGGGCGACGTGCC-AGCCA----GT--ATA-GTTTT---GTCCT---TCCT-ATAACT-ACT---CA-TCAAAATTGGT-ATACTA---TA-ACGA-C-GACA--A-T--ATCCT-CG----GG----G-AC---ATT-GCTC-CACTCAGC-A-A-G------ATACA-TATC-TCTGGT
gi|15530 : TGGGCGCCGTGTC-AGTCG----GT--ATT-GTATC---G--AA---T-GTAGTA--T-ATT---CA-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-T
gi|15531 : GGCGACGTCTC-AGCCA----TT--TTT-GTATC---GTTAT---T-CT-GTA--T-ATT---CG-TGGAA----GA-ACA-TA---TA-TTGAGC-GACA--AGT--AT-CT-CG----GT----G-ACA-GTGTGG-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTGt
gi|15532 : GGCGACGTGTC-AGCCA----GT--ATA-TTATC---TTTAT---T-TC-GTA--T-ATT---TA-TTAAA----TA-ACA-TG---CA-TCGAGT-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACACAAGT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATGCA-TG-A-TC-GATG
gi|15533 : GGCGACTTGTC-CGCCA----ACTAAGT-GCATC---GTTAT---T-TTCGTA--TCATTT--CA-TGAAAA---GACACA-TA---TAGTCGAGCCGACA--AGTTTATCCTACA----GA----G-ACA-TAGTTG-TCTCAC-CAGCCAGA-G------ATACA-TG-C-TC-GGTG
gi|15534 : GGCGACGTGCC-AGCCA----GT--ATA--TATTT--GTTCT---T-CT-CTA--T-ACTACTCA-TAATG----GT-ATA-TA---TA-CCGAAC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-
gi|15535 : GTGTC-AGCCC----GT--ATA-TTATC---GTTAT---T-TC-GTA--T-ATT---CA-TTGAG----GA-ACA-TA---TA-TCGAGC-GACA--GGT--ATCCT-CG----GA----G-A
gi|15536 : TC-AACCA----GT--ATT-GTTTC---GTTAT---T-GT--TA--T-AGT---CA-TGGAA----G-------------------T-GA-A--GGT--TTCCT-CG----GG----G-AAA-GAAT-A-TC-CTC-CAGC---A-G------ATACA-TG-C-TT-GATG
gi|15537 : T---T-CT-GTA--C-ACT---CA-T--AA----TG-GCA-TAATGTA-CCGAAC-GACACAAGT--ATC-T-CG----GG----G-ACA-AATT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-T-TC-GGTG
gi|15538 : -GTA--T-GTT---CA-TGAAA----GA-ACA-AA---AA-TCGAGC-GGAA--AAT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-AACT-G-TC-CAC-C-GC-A
gi|15539 : TA--T-ATT---CA-TTAAA----GA-ACA-TG---TA-TCG-GC-GA-A--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACACAAGT-G-T--CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-CTTC-GATG
gi|15540 : -ATA-TG---TA-CCGAAC-GACA--AGT--ATCCT-CG----GG----G-ACA-AAAT-G-TC-CAC-CAGC-AGA-G------ATACA-TG-T-TC-GGTG