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Reference ( gi|92154 )        : GAAGACGAAAA-TCGAA--GTA-C-T-GA-AAGT--A-T-C---AAAAAG-C--GCTA-A----AC-T-----TCG----TAA--A--------T-T-TT-GTCTA--TT-A-TGT---AAA-T-GTCAA-G-G-AA-CAA--C-A-C-GAT--A-AA-AA---A---G--T---A--CAT-G---C-AAC----T-CT--A----T--TT---CT-GTAA--G--A-A--TG--T----A---A--C-AG----A-T-AT-GGA--A--GGG-G------A-AAGTGTCCT-GAAA-CT-C--TTC-A-C---CA---CCTTG-A--A-ATA-TA--A-ACT---T--TG-T--A-TGCT-G-TT--G--A-TAAAAG
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lowQualScore                  :     2   1    8 9     55 9 9 9 9 555555555  9      7      7777777 66    9 1111  9 99999   7777 7777777777777 7 7       11  555  000  0000 3   888 7  7   33 3 7 7 7 777   7  888 999 00 555 7   3 222 3   5555 7  33 4444 66  666  7    33 33 7 33  33 5555 999 00 7  7777 5 8  8   88 00   8 888888 8         8    8  7777   9 9 222 9    9  9 66 9   9  88 0   555 88  0 88 0    0 0  88 88 0      
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Reference ( family-721 )      :  GAA-GAC-AAAA-A-TCAAA--G-T-A-C-T---------GA-AAGTAT-CGAAAA----G--C--GCTA-A----AC-T-----TCG----TAA--A--------T-T-TTGTCTA--TTA-TGT---AAA-T-GTCAA-G-G-AA-CAA--C-A-C-G-AT--AAA-AA---A---G--T---A-CAT-G---C-AAT----T-CT--A----T--TT---CT-GTAA--G--A-A--TG--T----A---A--C-AG----A-T-AT-GGA--A--GGG-G------A-AAATGTCCT-GAAA-CT-C--TTC-A-C---C-ACGT-TG-A--A-ATA-TA--A-ACT---T--TG-T--A-TGCT-G-TT--G--A-TAAAAG
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gi|92178                      :                                                                                                                                              tttgttttttgataaattaacttcagatgcA---A---G--T---A-CAT-G---C-AAT----T-CT--A----T--TT---CT-GTAA--G--T-A--TG--T----A---A--C-A


blockSeqs                     :     T   T    A A     CA G C G G TCGAACGGG  T      T      TTCGG   CG    C GTTG  T GACAA   GAGG AACCACATGCCGT G A       CT  ATT  ACC  AAT  T   AG  A  T   TC A G A T TAA   T  ACG CGA AT TGC T   C ACT A   CAAC G  TA TCAT AT  TTC  T    GG AA T AT  AA TACA CCC AG A  ATCT T C  A   TC AG   C AAAAAT T         A    G  TCA    G G CAA A    C  T AT T   T  CC G   AAA CC  T AA T    G A  AC AA T
blockSeqs                     :     .   .    A .     A  . . . . A          .      T      AAG     .     . CCTG  . GACA    .    AACT          . .       T   AT   .    ATA  T   GT  .  .   .  A . . . T     .  .   AA  T  CT  .   T AT  T   .    .  .  CAT  G   C    .    .  .  . .   .  .    .   A  .  .    C .  .   TT GT   . AAAAT  .         .    .  GT     . . T   .    .  . .  .   .  G  .   .   .   . .  T    . .  C  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      T      AGT     .     . .     . ATTG    .    AAA           . .       .   AA   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . T     .  .   T   .  GA  .   . .   .   .    .  .  AC   G   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   T  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  C    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      GG      .     . .     . .       .    GTT           . .       .   AT   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  T    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      AT      .     . .     . .       .    AAA           . .       .   AT   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      A       .     . .     . .       .    AAA           . .       .   TT   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    AAA           . .       .   AT   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    ATA           . .       .   AT   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    AAA           . .       .   AT   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    TAA           . .       .   AT   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . G     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    AAA           . .       .   AC   .    AT   T   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    AAG           . .       .   AT   .    GA   T   A   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  G      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    AAG           . .       .   TT   .    AT   C   T   .  .   .  . . . . C     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    A             . .       .   TT   .    AT   A   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  G      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    A             . .       .   T    .    AT   T   T   .  .   .  . . . . G     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      C       .     . .     . .       .    .             . .       .   T    .    T    A   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  G      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :     .   .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    .             . .       .   A    .    A    A   T   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :         .    . .     .  . . . . .          .      .      G       .     . .     . .       .    .             . .       .   A    .    T    .   G   .  .   .  . . . . T     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  G      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :              . .     .  . . . . .          .      .      A       .     . .     . .       .    .             . .       .   A    .    .    .   G   .  .   .  . . . . C     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  G      . . .   .    .  . .  .   .  .  .   .   .   . .  .    . .  .  .  .
blockSeqs                     :              . .     .  . . . . .          .      .      .       .     . .     . .       .    .             . .       .   C    .    .    .   .   .  .   .  . . . . .     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  C      . . .   .    .  . .  .   .                                       
blockSeqs                     :                                                                                          .    .             . .       .   .    .    .    .   .   .  .   .  . . . . .     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    . .  .   .  .    . .      .         .    .  .                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                          .    .             . .       .   .    .    .    .   .   .  .   .  . . . . .     .  .   .   .  .   .   . .   .   .    .  .  .    .   .    .    .  .  . .   .  .    .   .  .  .    .                                                                                                                   
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lowQualScore                  :     2   1    8 9     55 9 9 9 9 555555555  9      7      7777777 66    9 1111  9 99999   7777 7777777777777 7 7       11  555  000  0000 3   888 7  7   33 3 7 7 7 777   7  888 999 00 555 7   3 222 3   5555 7  33 4444 66  666  7    33 33 7 33  33 5555 999 00 7  7777 5 8  8   88 00   8 888888 8         8    8  7777   9 9 222 9    9  9 66 9   9  88 0   555 88  0 88 0    0 0  88 88 0      
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gi|92172                      :    A-GAC-AAAAAA-TCAAA--G-T-A-A-T---------GATAAGTAT-CG-AAA----G--C--CCTA-A----AC-T-----TTG----TAA--CT-------T-T-TTGTTTAT-TTA-TGT---AAG-A-GACAA-----CA-CAC--C-A-C-G-AT--AAA-AT---A---G--CGA-G-CAT-G---C-GGA----T-GA--G----C--TT---C----GA--G--G-G--TT--C----ACCCA--C-AG----ACT-AT-GGA--A--GGG-A------A-AA--GTACT-GAAA-CT----TTC-A-CT--C-ACGT-TGTA--A-ATG-TAG-A-ACT---T--TG-TAAA-TGCT-G-TT--G--A-TGAAAG
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