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gi|25125                      : CACATTTG-T--CCACA---C---AT-T-TA-AT--GAA-----TTGTCCA-T--C-T-GA--T-C-TA--GA-ATTGTGTA-GACAGTCATT-G---TT--A-AA---ATC---TGCCA-C----A-ATGA--TACGA-CC-CATTG-A--GT-C---G-GTCA-CT-AT--CTGTC---CTGG--ATCGA--ATGT-TTT--TCTG-T-------CC--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCGGAATCT--G-AC---A-T-C-T-CCTGTC-C-TG-TTCACCACTAC-CA---CTGTT-T--T-AGC-ATTAAAATCCG
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gi|25129                      : CACAATTG-T--CTACA---C---AT-T-TA-AT--CAA-----TTGTCCA-TT-C-T-GG--T-C-TA--GA-AT-ATGTA-GACAAGTATT-T---CT--G-AA---ATC---TGCCA-C----A-ATGA--TATGG-CC-C-TTGTA--GT-C---A-GTCA-CT-AT--CTGTC---TTGG--ACTGA--ATG--CTT--TCTG-T-C---CTCC--C------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCGGAATCG--G-AC---T-T-T-T-CCCGTC-C-TG-TCCACTACTAC-CA---CTGTG-T--C-AGC-ATTAAGATC
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25139 ): CACAGTTCTCTATATAGCGGAGGAACTGTCCATTCTGGTCCAGGATGTGGATACAGTGATTATCACTGTCTGCTGTCAGGATCTGACTCTGACTGTCTGTTGTGATTCCCCAGGGTTTGAATGGTTCGAGTTTGTTAGTAGAAGAATGACCAGTGTATCTAAATCGTAGTTTTCCAGCCTGGTTGACCACCACTACTG






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Reference ( family-720 )      : CACANTTG-T--CCACA---C---ATTTAAC-G----AACTGTCCG-T--C-T-GA--T-C-TAGG---AT-GTGT-ANACAGTCATT-G---TT--A-NNATC-TGCCG--C-A----A-G-A--TGTGA-CCCATGG-A--GT-C---G-GTC-G-CT-AT----CTGTC---CT---GG--ATCGA--ATG-NTT----TCTG-T-C-C-C---C--T------G-G-----T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCTGAATC---G-ACNT--TTCCC-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-CACCACTGCT-T--T-AGC-ATTAANATCCG
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Reference ( family-720 )      : CACAATTG-T--CCACA---C---ATTTAANG----AACTGTCCG-T--C-T-GA--T-C-TAGG---AT-GTG-NANACAGTCATT-G---TT--A-NNATC-TGCCG--C-A----A-GA--TGTGA-CCCATGG-A--GTCNG--TC-G-CT-AT----CTGTC---CT---GG--ATCGA--ATG-NTT----TCTG-T-C-C-C---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCTGAATC---G-ACNT--TTCCC-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-CACCACTGCT-T--T-AGC-ATTAANATCCG
gi|25125                      : CACATTTG-T--CCACA---C---ATTTAATG----AATTGTCCA-T--C-T-GA--T-C-TAGA---ATTGTG-TAGACAGTCATT-G---TT--A-AAATC-TGCCA--C-A----ATGA--TACGA-CCCATTG-A--GTCGG--TC-A-CT-AT----CTGTC---CT---GG--ATCGA--ATGTTTT----TCTG-T-----C---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCGGAATCT--G-ACAT--CTCCT-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-TACCACTGTT-T--T-AGC-ATTAAAATCCG
gi|25126                      : CACATTTG-T--CCACA---C---ATTTAATG----AA-TGTCCA-T--C-T-GA--T-C-TAGA---AT-GTG-TAGACAGTCATT-G---TT--A-AAATC-TGCCA--C-A----A-GA--TACGA-CCCATTG-A--GTCGG--TC-A-CT-AT----CTGTC---CT---GG--ATCGA--ATG-TTT----TCTG-T-C-C-C---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCGGAATC---G-ACAT--CTCCT-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-TACCACTGTT-T--T-AGC-ATTAAAATCCG
gi|25127                      : CACATTTT-T--CCACA---C---ATTTAATG----AATTGTCCA-TT-C-T-GG--T-C-TAGA---AT-GTG-TAGACAGTCATT-G---GC--A-ATATC-TGCCA--C-A----ATGA--TATGA-CCCATTG-A--GTCGG--TC-A-CT-AT----CTGTT---CT---GG--GTGGA--ATG-ATT----CCCT-C-C-CAC---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------AT-ATCGGAATCT--G-ACCT--TTCCA-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-TACCACTGTT-T--T-AGC-ATTAACATCCG
gi|25128                      : CACAATTG-T--CCACA---C---ATTTAATG----AATTGTCCA-TT-C-T-GA--T-C-TAGA---AT-GTG-TAGACAGGCATT-G---TC--A-GGATC-TGCCA--C-A----ATGA--TA-GA-CCCATGG-A--GTCGT--CC-A-CT-AT----CTGTCT--TT---GG--ACTGA--ATG-GTT----TCTG-TCC-C-C---C--T------G-----G--T-------G-----GCTTG--G--C--GTT---------GT-ATCGGAATCG--G-ACTT--TTCCC-GTC-C-TG-TCC-ACCAC-TACCACTGCT-C--TAAGC-ATTAATATC
gi|25129                      : CACAATTG-T--CTACA---C---ATTTAATC----AATTGTCCA-TT-C-T-GG--T-C-TAGA---AT-ATG-TAGACAAGTATT-T---CT--G-AAATC-TGCCA--C-A----ATGA--TATGG-CCCTTGT-A--GTCAG--TC-A-CT-AT----CTGTC---TT---GG--ACTGA--ATG-CTT----TCTG-T-C-CTC---C--C------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCGGAATCG--G-ACTT--TTCCC-GTC-C-TG-TCC-ACTAC-TACCACTGTG-T--C-AGC-ATTAAGATC
gi|25130                      : CACAATTG-T--CCACA---C---ATCTCAGG----AACTGTCCGTT--T-T-GA--T-T-CAGG---AT-GTG-TAGACAGTTATT-G---TT--T-TTATC-TGCCA--C-A----ATGA--TCTGA-TTCATGG-A--ATCCG--TC-A-CT-AA----TTGTT---CA---GG--AATAA--ATG-ACT----TCTT-T-C-T-C---C--T------G-----GC-T-------G-----GTTTC--C--C--GTC---------GT-ATCGGAATCG--G-ACTT--TTCCT-GAT-T-TG-TCC-ACCAC-GACCACCATT-C--C-AGC-ATTATAATC
gi|25131                      : CACA-TTG-T--CCACAA--C---ATCTCAGG----AACTGCCCG-T--T-T-GA--T-C-CAGG---AT-GTGTAAGGCAGTCATT-GTT-TT--G-GAATC-TGCCA--C-A----ATGA--TCTGATCTCATGGAA--GTCTG--TC-A-CT-AT----ATGTC---TA---GG--ATAAA--AAG-ATC----TCTT-C-C-T-C---C--TC-----G-----C--T-------G-----ATGTA--C--C--GTC---------GT-ATCTGAATG---G-ACTTC-TTCCT-GAC-T-TG-TTC-ACGAC-AACCATGGTA-T--C-AGC-ATTAA
gi|25132                      : CACA-TTG-T--CCACAA--C---ATCTCA-G----AACTGCCCG-T--T-T-GAAAT-C-CAAGGAGAT-GTG-TAGGCAGTCATT-GGCTTT--GCGAATCGTGCCA--C-A----ATGAGTTCTGATCTCATGG-A--GTC-G--TC-A-TG-AT----ATGTC---TA---GG--ATAAAAGATC-TTTCC--TCCT-T-C-G-C---C--T------G-----G--A-------T-----GTAAGCCT--C--GTC---------GTAATCTGAATC---G-GCTTACTTCCA-TTC-T-TT-TTC-
gi|25133                      : CACAATTG-T--CCACA---C---ATTTAATG----AGTTGTCCA-TT-C-T-GA--T-C-TAGA---AT-ATG-AATGCAGTCATT-G---AA--T-CCATC-TCCCA--C-T----ATGA--TGTGA-CCCATGG-A--GTCGG--TC-A-CT-AT----CTGTG---TA---GG--ACTGC--ATG-GTA----GCCG-T-CTC-C---C--C------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------tgacactgtt
gi|25134                      : CACAATTG-TTTCCACA---C---ATT-ACTG----AA-TGTCCA-TTTC-T-GA--TAC-TAGA---AT-GTG-TAGACAGGC-TT-G---GTCAA-GCAT--TGCGA--C-A----A-TA--TGATA-CCCATGG-A--GT--G--GC-A-CTAATA---CTGT----CT---GG---TTGA--ATG-C-T----CCTG-T-C-C-C---G--C------G-----G--T-------G-----G-TTG--T--C--GTT---------GTAATCGGAATCG--G-ATTT--TTCCC-ATC-C-TG-CGC-A-AAC-TA--AATGCT-C--T-AGC-GTTAGGATC
gi|25135                      : CACAATTG-T--CCACA---C---ATTTAATG----AATCGTCCATT--C-T-GG--T-C-TAGA---AT-ATG-AAGACAGGCATT-GAA-TT-----GGTC-TCCCA--CTA----T-GA--TATGA-CCCTTGG-A--GTCGG--
gi|25136                      : CACAATTGAT--CCACA---CA--AATTAATG----AATAGTCCATT--C-T-GA--T-CGCGGA---AT-ATG-TAGACAGGCATTGG---TT--AGAAATC-TTACA--C-A----T-GA---AAGA-CCCAAGGAA--GTACGTTTC-ACCT-ATA---CTGCCTAATT---GG--ACTGA--ATG-AGT----TCTA-T-T-C-C---CCAT------G-----GC-T-------GA----GTTTG--TAAT--GCTTACTAAAAGGT-ATC--GATCGCTG-ACCTTGTTCCCTCTC-C-TG-TCCAACTACTCACATCTGTG-T--C-CGCGATTAACATC
gi|25137                      : CACAGTTA-T--CAATG---T---AACGAAGG----AACTGTCCG-T--CCT-GA--T-C-TAGA---AT-GTG-GATACGATGTTT-G---TT--G-CAGTC-TGCTGT-C-A----G-GA--TGTGA-CTC-T-G-ACTGTCTG--TT-G-CA-A------TGCCAA-CT---GG--ATCAA--ATG-A-T----CCTT-T-C-T-C---C--TTA----G-----A--T-------G-----GATGA--C--C--AGT---------GT-ATCTAAATC---G-
gi|25138                      : CACAGTTG-T--CTATG---T---ACTGAAGG----AACTGTCCGTT--T-T-GA--T-C-AATG---AT-ATG-TATAACGTGGTG-A---CC--A-CGGTC-AGCAAT-C-A----G-GA--TGTGA-CACGTGC-T--GTCTG--TG-G-TC-ACA---CCA-C---AT---GG--ATTAA--ATG-ATT----TCT--T-T-G-A---T--T------G-----G--A-------G-----ATTT---C--C--ATT---------AT-AGCTGAACCT--G-A-AC--TTGCC-ATCAT-TG-TTC-ACCAC-CATTACTGTTGTTGT-AGC-A
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Reference ( family-720 )      : CACAATTG-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AACTGTCCG-T--C-T-GA--T-C-TAGG---AT-GTG-NANACAGTCATT-G---TT--A-NNATC-TGCCG--C-A----A-GA--TGTGA-CCCATGG-A--GTCTG--T-C-G-CT-AT----CCGTC---CTGG--ATCGA--ATG-NTT----TCTG-T-C-C-C---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCTGAATC---G-ACNT--TTCCC-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-CACCACTGCT-T--T-AGC-ATTAANATCCG
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gi|25132                      : CACA-TTG-T--CCACAA--C---AT-CTCA-G----AACTGCCCG-T--T-T-GAAAT-C-CAAGGAGAT-GTG-TAGGCAGTCATT-GGCTTT--GCGAATCGTGCCA--C-A----ATGAGTTCTGATCTCATGG-A--GTC-G--T-C-A-TG-AT----ATGTC---TAGG--ATAAAAGATC-TTTCC--TCCT-T-C-G-C---C--T------G-----G--A-------T-----GTAAGCCT--C--GTC---------GTAATCTGAATC---G-GCTTACTTCCA-TTC-T-TT-TTC-
gi|25133                      : CACAATTG-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AGTTGTCCATT--C-T-GA--T-C-TAGA---AT-ATG-AATGCAGTCATT-G---AA--T-CCATC-TCCCA--CTA----T-GA--TGTGA-CCCATGG-A--GTCGG--T-C-A-CT-AT----CTGTG---TAGG--ACTGC--ATG-GTA----GCCG-T-CTC-C---C--C------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------tgacactgtt
gi|25134                      : CACAATTG-TTTCCACA---C---AT-T-ACTG----AA-TGTCCA-TTTC-T-GA--TAC-TAGA---AT-GTG-TAGACAGGC-TT-G---GTCAA-GCAT--TGCGA--C-A----A-TA--TGATA-CCCATGG-A--G--TG--G-C-A-CTAATA---CTGT----CTGG---TTGA--ATG-C-T----CCTG-T-C-C-C---G--C------G-----G--T-------G-----G-TTG--T--C--GTT---------GTAATCGGAATCG--G-ATTT--TTCCC-ATC-C-TG-CGC-A-AAC-TA--AATGCT-C--T-AGC-GTTAGGATC
gi|25135                      : CACAATTG-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AATCGTCCATT--C-T-GG--T-C-TAGA---AT-ATG-AAGACAGGCATT-GAA-TT-----GGTC-TCCCA--CTA----T-GA--TATGA-CCCTTGG-A--GTC
gi|25136                      : CACAATTGAT--CCACA---C---AAATTAATG----AATAGTCCATT--C-T-GA--T-CGCGGA---AT-ATG-TAGACAGGCATTGG---TT--AGAAATC-TTACA--C-A----T-GA---AAGA-CCCAAGGAA--GTACGTTT-C-ACCT-ATA---CTGCCTAATTGG--ACTGA--ATG-AGT----TCTA-T-T-C-C---CCAT------G-----GC-T-------GA----GTTTG--TAAT--GCTTACTAAAAGGT-ATC--GATCGCTG-ACCTTGTTCCCTCTC-C-TG-TCCAACTACTCACATCTGTG-T--C-CGCGATTAACATCgg
gi|25137                      : CACAGTTA-T--CAATG---T---AA-CGAAGG----AACTGTCCG-T--CCT-GA--T-C-TAGA---AT-GTG-GATACGATGTTT-G---TT--G-CAGTC-TGCTGT-C-A----G-GA--TGTGA-CTC-T-G-ACTGTCTG--T-T-G-CA-AT------GCCAA-CTGG--ATCAA--ATG-A-T----CCTT-T-C-T-C---C--TTA----G-----A--T-------G-----GATGA--C--C--AGT---------GT-ATCTAAATC---G-
gi|25138                      : CACAGTTG-T--CTATG---T---AC-TGAAGG----AACTGTCCGTT--T-T-GA--T-C-AATG---AT-ATG-TATAACGTGGTG-A---CC--A-CGGTC-AGCAAT-C-A----G-GA--TGTGA-CACGTGC-T--GTCTG--T-G-G-TC-ACA---CCA-C---ATGG--ATTAA--ATG-ATT----TCT--T-T-G-A---T--T------G-----G--A-------G-----ATTT---C--C--ATT---------AT-AGCTGAACCT--G-A-AC--TTGCC-ATCAT-TG-TTC-ACCAC-CATTACTGTTGTTGT-AGC-A
gi|25139                      : CACAGTTC-T--CTATA---T---AG-CGGAGG----AACTGTCCA-TT-C-T-GG--T-C-CAGG---AT-GTG-GATACAGTGATT-A---TC--A-CTGTC-TGCTGT-C-A----G-GA--TCTGA-CTC-T-G-ACTGTCTG--T-T-G-TG-AT----TCCCC---AGGG--TTTGA--ATG-GTTCGAGTTTG-T------------T------A-----G--TAGAA---G-----AATGA--C--C--AGT---------GT-ATCTAAATC---GTAGTT--TTCCA-GCC-T-GG-TTG-ACCAC-CACTACTG
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Reference ( family-720 )      : CACAATTG-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AACTGTCCG-T--C-T-GA--T-C-TAGG---AT-GTG-NANACAGTCATT-G---TT--A-NNATC-TGCCG--C-A----A-GA--TGTGA-CCCATGG-A--GTCTG--T-C-G-CT-AT----CCGTC---CTGG--ATCGA--ATG-NTT----TCTG-T-C-C-C---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCTGAATC---G-ACNT--TTCCC-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-CACCACTGCT-T--T-AGC-ATTAANATCCG
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gi|25136                      : CACAATTGAT--CCACA---C---AAATTAATG----AATAGTCCATT--C-T-GA--T-CGCGGA---AT-ATG-TAGACAGGCATTGG---TT--AGAAATC-TTACA--C-A----T-GA---AAGA-CCCAAGGAA--GTACGTTT-C-ACCT-ATA---CTGCCTAATTGG--ACTGA--ATG-AGT----TCTA-T-T-C-C---CCAT------G-----GC-T-------GA----GTTTG--TAAT--GCTTACTAAAAGGT-ATC--GATCGCTG-ACCTTGTTCCCTCTC-C-TG-TCCAACTACTCACATCTGTG-T--C-CGCGATTAACATCgg
gi|25137                      : CACAGTTA-T--CAATG---T---AA-CGAAGG----AACTGTCCG-T--CCT-GA--T-C-TAGA---AT-GTG-GATACGATGTTT-G---TT--G-CAGTC-TGCTGT-C-A----G-GA--TGTGA-CTC-T-G-ACTGTCTG--T-T-G-CA-AT------GCCAA-CTGG--ATCAA--ATG-A-T----CCTT-T-C-T-C---C--TTA----G-----A--T-------G-----GATGA--C--C--AGT---------GT-ATCTAAATC---G-
gi|25138                      : CACAGTTG-T--CTATG---T---AC-TGAAGG----AACTGTCCGTT--T-T-GA--T-C-AATG---AT-ATG-TATAACGTGGTG-A---CC--A-CGGTC-AGCAAT-C-A----G-GA--TGTGA-CACGTGC-T--GTCTG--T-G-G-TC-ACA---CCA-C---ATGG--ATTAA--ATG-ATT----TCT--T-T-G-A---T--T------G-----G--A-------G-----ATTT---C--C--ATT---------AT-AGCTGAACCT--G-A-AC--TTGCC-ATCAT-TG-TTC-ACCAC-CATTACTGTTGTTGT-AGC-A
gi|25139                      : CACAGTTC-T--CTATA---T---AG-CGGAGG----AACTGTCCA-TT-C-T-GG--T-C-CAGG---AT-GTG-GATACAGTGATT-A---TC--A-CTGTC-TGCTGT-C-A----G-GA--TCTGA-CTC-T-G-ACTGTCTG--T-T-G-TG-AT----TCCCC---AGGG--TTTGA--ATG-GTTCGAGTTTG-T------------T------A-----G--TAGAA---G-----AATGA--C--C--AGT---------GT-ATCTAAATC---GTAGTT--TTCCA-GCC-T-GG-TTG-ACCAC-CACTACTG
gi|25140                      :  ACAGTTG-T--CTATG---T---AC-TGGAGG----AACTGTCCG-TT-C-T-GA--T-C-AATG---AT-ATG-TATAACGTGGTT-A---TT--G-ATGTC-AGC-GATC-A----G-GA--TGTGA-CACATGC-T--GTCTG--T-G-G-TC-ACA---CCA-C---TCGG--ACTAA--ATG-ATT----CCT--T-T-A-A---T--T------G-----G--A-------G-----A--TG--TC-C--ATT---------AT-AGCTGAACCT--G-A-AC--TTGCC-GTC-CTTG-TCC-ACCAC-CTCTACTGTA-T--C-AGA-ATCA
gi|25141                      :        G-T--CCACAGTCT---AT-GTAATGGAGGAACTGTCCG-T--CCT-GG--T-C-TATG---AT-GTG-CACACAGTCATT-G---TT--A-ACATC-AGCTG--T-A----AGGA--TGTGA-TTC-T-G-ACTGTCTG--T-G-G-TG-AT----TCCTC---GTGG--ATTGA--ATG-GTT------TG-T-T-C-T---T--T------G-----G--A-------GCAGGAGTATG--T--CCAG-T---------GT-ACCTGAATC---T-CAGC--TTCCC-GGC-C-TGATTG-ACCAC-CACTACTGCG-C--T-AGC-
gi|25142                      :        G-T--CCACA---TTCTAT-GTAACGGAGGAACTGTCCG-T--CCT-GG--T-C-TATG---AA-GTG-GATACAGTGATT-G---TT--A-TAATC-AGCTG--T-A----AGGA--TGTGA-CTC-T-G-ATTGTCTG--T-G-G-TG-AT----TCCTC---GTGG--AGAGA--ATA-TT-------TGAT-T-C-T---T--T------G-----G--A-------GTAGGAGTATG--T--CCAG-T---------GT-ACCTGAATC---T-CAGT--TTCCC-GTC-CTTA-TTG-ACCAC-CACAACTGCG-T--T-A
gi|25143                      :        G-T--CCACAGTCT---AT-GTAACGGAGGAACTGTCCG-T--CCT-GG--T-C-TATG---AT-GTG-GACACAGTCATT-G---TT--A-TAATC-AGCTG--T-A----AGGA--TGTGA-CTC-T-G-ACTGTCTG--T-G-G-TG-AT----TCCTT---GTGG--ACCAA--ATG-
gi|25144                      :                              AAGG----AACTGTCCG-T--C-TTGG--T-C-TATG---AT-GTG-GACACATTGATT-G---TT--A-TCATC-AGATG--A-A----AGGA--TGTGA-CTC-T-G-ACTGTCTG--T-A-G-TG-AT----TCCTG---TTGG--AACGA--ATG-GTT------TG-T-T-T-T---T--T------GGAAAAG--G-------G-----GTATG--T--CCAG-T---------GT-ATCTGAATC---T-TAAT--TTCCC-AGC-C-TGATTA-ACCAC-CACTACTGCT-C--T-AGC-
gi|25145                      :                                TG----AACTGTCCG-T--CCT-GA--T-C-TAGG---AT-ATG-GATACGGTGATT-C---AT--G-TAGTC-TGCTGT-T-A----G-GA--TGTGA--CTATGG-CT-GTCTG--T-A-G-TG-ATG---CCG-G---CTGG--ATCGA--ATA-ATT-------------C-C---C--T------C-----G--TATTAGAGG-----GATGA--C--C--AGT---------GT-ATCTAAATTG--G-AGTT--TTCCT-AAC-T-AA-TTA-ACCAC-CACTACTGCC-T--T-AGC-
gi|25146                      :                                 G----AACTGCCCA-T--CCT-GA--T-C-CAGG---AT-GTG-AATACAGTTATT-G---TT--A-TAGTC-TGCCGT-C-A----G-GA--TGTGA-C---TGG------CTG--T-CTG-CT-GTAATGCCGT----ATGG--ATAAA--AGG-TTT----TCT---------------T------G-----GAATTATAG--G-----GATGA--C--C--ACT---------GT-ATCTGAATC---G-GAAT--TTTCC-ATA-C-TGATTG-ACCAC-TACTACTGCT-C--T-A
gi|25147                      :                                 G----AACAGTCCG-T--CCT-GG--T-C-TATG---AT-GTG-GACACAGTCATT-T---TT--A-TCATC-AGATA--T-A----AGGA--TGTGA-CTC-T-G-ACTGTTTG--T-G-G-TG-AT----TCCTT---TTGG--ATTGA--ATG-GTT------GG-T-T-C-T---T--TGGAGAAG-----G--A-------G-----GATGA--C--C--AGT---------GT-ACCTGAATC---T-CAGT--TTCCC-GGC-C-TGATTG-ACCAC-CACTAATTCT-T--T-AG
gi|25148                      :                                                                                   GTTATT-G---TT--T-TTATC-TGCCA--CTACAATA-GA--TCTGA-TTCATGG-A--ATC-G----C-A-CT-AA----TTGTT---TCGGGAATGAA--ATG-ACT----TTTT-T-C-T-CAAAC--T------GT----GGCT-------G-----GTTTC--T--C----T---------GT-ATCGGAATC---G-GACT--TTCCC-
gi|25149                      :                                                                                                                                             --GTCTG--T-C-A-CT-AT----ATGTG---CAGG--ACTAA--ATG-ACT----CCTC-C-C-T-C---C--T------G-----CC-T-------G-----GTGTA--C--C--GTC---------GT-ATCGGAATC---GGACTC--TTCCT-GAC-T-TG-TTC-ACCAC-GACCACGGTG-T--G-AGC-ATTtg


blockSeqs                     :     T   A TT     GTC TCT  A    T GAGG         T TTC  T  AA A G    GAG  .   TA G         G GCT  CAAGC    G     CTACAATA     GT     T C ATGGAA     G TT CCA   TA  ACTGCCTAAT      GA  C  AG   T   TTTTTCTCAAACTGTGGCTG                                 T   CCT   GCTTACTAAAAG    A   G     GCTGACCTTG      T   A T  A   A     T         TG TG A   G     A
blockSeqs                     :     T   . .      GTC .    .    T GAGG         T TC   .  .  . .    .    .   T  G         . TT   GCGA     .     ATCAG        .      T C AAGGAA     G .  CAC   T   AATGCCGTA       .   G  .    A   TCTATTCCCCATGGCTGA                                   T   TAA   CAGT            A   G     GGCTTAC         .   . T  A   .     .         T  .  .   .     C
blockSeqs                     :     A   . .      A   .    .    T GAGG         T TC   .  .  . .    .    .   T  G         . AA   AGAA     .     CAAT         .      . C ATGGCT     A .  CTG   T   CTGTCTT         .   T  .    G   CGAGTTTGTTAGTAGAAG                                   C   TC    CAGT            .   G     TGACCT          .   . .  A   .     .         T  .  .   .     T
blockSeqs                     :     A   . .      A   .    .    T .            T TC   .  .  . .    .    .   T  G         . .    AAA      .     CAAT         .      . C ATTGA      C .  CA    T   CTGTCC          .   T  .    C   TGATTCTTTGGAGTAGGA                                   T   T     CAGT            .   G     GGACTT          .   . .  A   .     .         T  .  .   .     G
blockSeqs                     :     A   . .      .   .    .    G .            T CC   .  .  . .    .    .   T  G         . .    AAT      .     CAAT         .      . T ATTGA      T .  CA    T   CTGTTC          .   T  .    A   GGTTCTTTGGAGAAGGAG                                   T   T     GTT             .   G     GGACTT          .   . .  .   .     .         G  .  .   .     A
blockSeqs                     :     A   . .      .   .    .    G .            . TC   .  .  . .    .    .   T  G         . .    AGG      .     CAAT         .      . T ATGGA      G .  CA    T   CTGTCT          .   A  .    A   TGTTCTTTGGAGCAGGA                                    T   G     GTT             .   T     GGACTT          .   . .  .   .     .         T  .  .   .     G
blockSeqs                     :     A   . .      .   .    .    T .            . TC   .  .  . .    .    .   T  G         . .    GAA      .     CAAT         .      . T TTGTA      T .  CA    T   TTGTTC          .   A  .    T   TGTTTTTTGGAAAAGGG                                    T   T     GTT             .   T     GACTTC          .   . .  .   .     .         A  .  .   .     C
blockSeqs                     :     A   . .      .   .    .    T .            . CC   .  .  . .    .    .   A  T         . .    TTT      .     CAAT         .      . C ATGGA      C .  CA    G   ATGTCT          .   T  .    G   CCTCCTTCGCCTGGAT                                     T   C     GTT             .   G     GGATTT          .   . .  .   .     .         T  .  .   .      
blockSeqs                     :     A   . .      .   .    .    T .            . CC   .  .  . .    .    .   T  G         . .    GGA      .     CTAT         .      . C ATGGA      T .  CA    T   ATGTCT          .   T  .    C   CCTTTCTCCTTAGATG                                     T   C     GTC             .   T     GTAGTT          .   . .  .   .     .         G  .  .   .      
blockSeqs                     :     G   . .      .   .    .    T .            . CC   .  .  . .    .    .   A  G         . .    TCC      .     CTAT         .      . C ATGGA      T .  CA    T   CTGTGT          .   T  .    A   CCCTCCCACCTGGTG                                      A   T     GTC             .   T     GGAGTT          .   . .  .   .     .         A  .  .   .      
blockSeqs                     :     G   . .      .   .    .    G .            . CC   .  .  . .    .    .   T  G         . .    GCA      .     TCAG         .      . C ATGGA      T .  CA    A   ACTGTC          .   C  .    A   TCTGTCCCCCTGGTG                                      T   T     GTC             .   T     GGACTC          .   . .  .   .     .         G  .  .   .      
blockSeqs                     :     G   . .      .   .    .    G .            . CC   .  .  . .    .    .   G  T         . .    ACG      .     TCAG         .      . T TTGGA      T .  TG    C   GCCAAC          .   T  .    A   TCTGTCCTCCCGGTG                                      A   C     GTT             .   T     GACAT           .   . .  .   .     .         G  .  .   .      
blockSeqs                     :     G   . .      .   .    .    G .            . CC   .  .  . .    .    .   T  T         . .    ACT      .     TCAG         .      . A TGACT      T .  GG    G   ACCACA          .   T  .    G   TCTTTCTCCTGGCTG                                      T   C     GTT             .   T     TGAAC           .   . .  .   .     .         T  .  .   .      
blockSeqs                     :     .   . .      .   .    .    G .            . C    .  .  . .    .    .   G  T         . .    GAT      .     TAAG         .      . T GTGCT      T .  TG    C   TCCCCA          .   T  .    A   TCTTCCTCCTCGCTG                                      T   C     AGT             .   T     TGAAC           .   . .  .   .     .         C  .  .   .      
blockSeqs                     :     .   . .      .   .    .    T .            . T    .  .  . .    .    .   T  T         . .    AAC      .     TAAG         .      . A TGACT      T .  GG    G   ACCACT          .   T  .    G   GCCGTCTCCCCGGTG                                      T   T     ATT             .   T     TCAGC           .   . .  .   .     .         T  .  .          
blockSeqs                     :         . .      .   .    .    C .            . T    .  .  . .    .    .   C  C         . .    ATA      .     TAAG         .      . T ATGCT      T .  GG    G   TCCTCG          .   A  .    T   CCCTCGTATTAGAGG                                      A   T     AGT             .   T     TCAGT           .   . .  .   .     .         T  .  .          
blockSeqs                     :         . .      .   .    .    C .            . T    .  .  . .    .    .   G  T         . .    ATA      .     AAAG         .      . T TGACT      T .  GG    G   TCCTCG          .   C  .    G   TCTTGGAATTATAGG                                      A   T     ATT             .   T     TTAAT           .   . .  .   .     .         G  .  .          
blockSeqs                     :         . .      .   .    .    G .            . C    .  .  . .    .    .   G  C         . .    ATC      .     TTAG         .      . T TGATT      T .  GG    G   TCCTTG          .   C  .    A   CCTCCCTCCTGCCTG                                      A   C     AGT             .   T     GGAAT           .   . .  .   .     .                          
blockSeqs                     :                                T .            . C    .  .  . .    .    .   G  C         . .    GTA      .     TCAG         .      . T TGACT      T .  AG    G   TCCTGT          .   C  .    T   TCTGTCCCCTGGTG                                       T   C     ACT             .   G     TCAGT           .   . .  .   .                                
blockSeqs                     :                                . .            . C    .  .  . .    .    .   G  T         . .    ATA      .     TAAG         .      . C TGACT      T .  AG    T   GCCGGC          .   A  .    G   CCTGTCCCGCGGTG                                       T   C     AGT             .   G     GGACT           .                                             
blockSeqs                     :                                  .            . T    .  .  . .    .    .   A  T         . .    ATC      .     CAA          .      . T TGACT      . .  GG    G   TCCTTT          .   T  .    A   TCTTTGATTGGAG                                        .   T     GTC             .   .                                                                   
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originalCons                  : CACAATTG-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AACTGTCCG-T--C-T-GA--T-C-TAGG---AT-GTG-NANACAGTCATT-G---TT--A-NNATC-TGCCG--C-A----A-GA--TGTGA-CCCATGG-A--GTCTG--T-C-G-CT-AT----CCGTC---CTGG--ATCGA--ATG-NTT----TCTG-T-C-C-C---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCTGAATC---G-ACNT--TTCCC-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-CACCACTGCT-T--T-AGC-ATTAANATCCG
finalCons                     : CACAATTG-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AACTGTCCG-TCC--T-GA--T-C-TAGG---AT-GTG-NANACAGTCATT-G---TT--A-NNATC-TGCCG--C-A----A-GA--TGTGA-CCCATGG-A--GTCTG--T-C-G-CT-AT----CCGTC---CTGG--ATCGA--ATGN-TT----TCTG-T-C-C-C---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-ATCTGAATCGGACTT-----TTCCC-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-CACCACTGCT-T--T-AGC-ATTAANATCCG





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lowQualScore                  :     8   1 99     666 777  1    8 1111           55   44 7 7    000  7   0 0 7        7 222  555555   7     55555555555  33     7 55 1 7 7 66   5 33 33333 3 7 2222222222222   33  2  33   0  77777777777777777777777777777777777777777777777777777     44444 77777777777777  8 8  0     2222  000000     9 5 0 0  0   0     1   7     66 11 2   7     0     
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Reference ( family-720 )      : CACAATTG-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AACTGTCCGTC-CTGA--T-C-TAGG---AT-GTGNANA-CAGTCATT-G---TT--A-NNATC-TGCCG--C----A-A-GA--TGTGA-CC-CATGG-A--GTCTG--T-C-G-CTA-T----CCGTC---CTGG--ATCGA--ATGNTT----T-CTG-T-C-C-C---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-A-TCTGAATC-G--GA-CTT--TTCCC-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-CACCACTGCT-T--T-AGC-ATTAANATCCG
gi|25125                      : CACATTTG-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AATTGTCCATC--TGA--T-C-TAGA---ATTGTGTAGA-CAGTCATT-G---TT--A-AAATC-TGCCA--C----A-ATGA--TACGA-CC-CATTG-A--GTCGG--T-C-A-CTA-T----CTGTC---CTGG--ATCGA--ATGTTT----TTCTG-T-C-C--------T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------GT-A-TCGGAATC-T--GA-CAT--CTCCT-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-TACCACTGTT-T--T-AGC-ATTAAAATCCG
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gi|25127                      : CACATTTT-T--CCACA---C---AT-TTAATG----AATTGTCCATT-CTGG--T-C-TAGA---AT-GTGTAGA-CAGTCATT-G---GC--A-ATATC-TGCCA--C----A-ATGA--TATGA-CC-CATTG-A--GTCGG--T-C-A-CTA-T----CTGTT---CTGG--GTGGA--ATGATT----C-CCT-C-C-CAC---C--T------G-----G--T-------G-----GTTTG--T--C--GTT---------AT-A-TCGGAATC-T--GA-CCT--TTCCA-GTC-C-TG-TTC-ACCAC-TACCACTGTT-T--T-AGC-ATTAACATCCG
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gi|25132                      : CACA-TTG-T--CCACAA--C---AT-CTCA-G----AACTGCCCGTT--TGAAAT-C-CAAGGAGAT-GTGTAGG-CAGTCATT-GGCTTT--GCGAATCGTGCCA--C----A-ATGAGTTCTGATCT-CATGG-A--GTC-G--T-C-A-TGA-T----ATGTC---TAGG--ATAAAAGATCTTTCC--T-CCT-T-C-G-C---C--T------G-----G--A-------T-----GTAAGCCT--C--GTC---------GTAA-TCTGAATC-G--G--CTTACTTCCA-TTC-T-TT-TTC-
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gi|25138                      : CACAGTTG-T--CTATG---T---AC-TGAAGG----AACTGTCCGTT-TTGA--T-C-AATG---AT-ATGTATA-ACGTGGTG-A---CC--A-CGGTC-AGCAAT-C----A-G-GA--TGTGA-CA-CGTGC-T--GTCTG--T-G-G-TCA-CA---CCA-C---ATGG--ATTAA--ATGATT----T-CT--T-T-G-A---T--T------G-----G--A-------G-----ATTT---C--C--ATT---------AT-A-GCTGAACCTG--AA-C----TTGCC-ATCAT-TG-TTC-ACCAC-CATTACTGTTGTTGT-AGC-A
gi|25139                      : CACAGTTC-T--CTATA---T---AG-CGGAGG----AACTGTCCATT-CTGG--T-C-CAGG---AT-GTGGATA-CAGTGATT-A---TC--A-CTGTC-TGCTGT-C----A-G-GA--TCTGA-CT-C-T-G-ACTGTCTG--T-T-G-TGA-T----TCCCC---AGGG--TTTGA--ATGGTTCGAGT-TTG-T------------T------A-----G--TAGAA---G-----AATGA--C--C--AGT---------GT-A-TCTAAATC-G--TA-GTT--TTCCA-GCC-T-GG-TTG-ACCAC-CACTACTG
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gi|25142                      :        G-T--CCACA---TTCTAT-GTAACGGAGGAACTGTCCGTC-CTGG--T-C-TATG---AA-GTGGATA-CAGTGATT-G---TT--A-TAATC-AGCTG--T----A-AGGA--TGTGA-CT-C-T-G-ATTGTCTG--T-G-G-TGA-T----TCCTC---GTGG--AGAGA--ATATT--------TGAT-T-C-T---T--T------G-----G--A-------GTAGGAGTATG--T--CCAG-T---------GT-A-CCTGAATC-T--CA--GT--TTCCC-GTC-CTTA-TTG-ACCAC-CACAACTGCG-T--T-A
gi|25143                      :        G-T--CCACAGTCT---AT-GTAACGGAGGAACTGTCCGTC-CTGG--T-C-TATG---AT-GTGGACA-CAGTCATT-G---TT--A-TAATC-AGCTG--T----A-AGGA--TGTGA-CT-C-T-G-ACTGTCTG--T-G-G-TGA-T----TCCTT---GTGG--ACCAA--ATG
gi|25144                      :                              AAGG----AACTGTCCGTC-TTGG--T-C-TATG---AT-GTGGACA-CATTGATT-G---TT--A-TCATC-AGATG--A----A-AGGA--TGTGA-CT-C-T-G-ACTGTCTG--T-A-G-TGA-T----TCCTG---TTGG--AACGA--ATGGTT-------TG-T-T-T-T---T--T------GGAAAAG--G-------G-----GTATG--T--CCAG-T---------GT-A-TCTGAATC-T--TA-A-T--TTCCC-AGC-C-TGATTA-ACCAC-CACTACTGCT-C--T-AGC-
gi|25145                      :                                TG----AACTGTCCGTC-CTGA--T-C-TAGG---AT-ATGGATA-CGGTGATT-C---AT--G-TAGTC-TGCTGT-T----A-G-GA--TGTGA--C-TATGG-CT-GTCTG--T-A-G-TGA-TG---CCG-G---CTGG--ATCGA--ATAATT--------------C-C---C--T------C-----G--TATTAGAGG-----GATGA--C--C--AGT---------GT-A-TCTAAATT-G--GA-GTT--TTCCT-AAC-T-AA-TTA-ACCAC-CACTACTGCC-T--T-AGC-
gi|25146                      :                                 G----AACTGCCCATC-CTGA--T-C-CAGG---AT-GTGAATA-CAGTTATT-G---TT--A-TAGTC-TGCCGT-C----A-G-GA--TGTGA-C----TGG------CTG--T-CTG-CTG-TAATGCCGT----ATGG--ATAAA--AGGTTT----T-CT---------------T------G-----GAATTATAG--G-----GATGA--C--C--ACT---------GT-A-TCTGAATC-G--GA-ATT--TT-CC-ATA-C-TGATTG-ACCAC-TACTACTGCT-C--T-A
gi|25147                      :                                 G----AACAGTCCGTC-CTGG--T-C-TATG---AT-GTGGACA-CAGTCATT-T---TT--A-TCATC-AGATA--T----A-AGGA--TGTGA-CT-C-T-G-ACTGTTTG--T-G-G-TGA-T----TCCTT---TTGG--ATTGA--ATGGTT-------GG-T-T-C-T---T--TGGAGAAG-----G--A-------G-----GATGA--C--C--AGT---------GT-A-CCTGAATC-T--CA--GT--TTCCC-GGC-C-TGATTG-ACCAC-CACTAATTCT-T--T-AG
gi|25148                      :                                                                                GTTATT-G---TT--T-TTATC-TGCCA--CTACAATA-GA--TCTGA-TT-CATGG-A--ATC-G----C-A-CTA-A----TTGTT---TCGGGAATGAA--ATGACT----T-TTT-T-C-T-CAAAC--T------GTG---GC-T-------G-----GTTTC--T--C----T---------GT-A-TCGGAATC-G--GA-CTT--TCCCT-G
gi|25149                      :                                                                                                                                           --GTCTG--T-C-A-CTA-T----ATGTG---CAGG--ACTAA--ATGACT----C-CTC-C-C-T-C---C--T------G-----CC-T-------G-----GTGTA--C--C--GTC---------GT-A-TCGGAATC-G--GA-CTC--TTCCT-GAC-T-TG-TTC-ACCAC-GACCACGGTG-T--G-AGC-ATT