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Reference ( gi|95882 )        : AATGTAATT-GAA--AAA-GTAAT-CA----TA-ATT-AC-A--C--CA---CAA--AATTT-A-GC--TG-TAATCGA-TT--A-A--A----TTA--C--G-----ATTA--CA----A---G---TAA--T-T---G---AAAA---T----AG-C-T-T-CA-ATT----------A-CAAA-T-TA---C--TG----T-CA--A-T--------T-ACTTG-----AAAAA-A---A--GTAA-------T-----------G-A-T-TAC---------A-------A--------------T--C---GA--T------------TA------CGA-TTAC--CCCAT-GCCTG
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Alignments
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gi|95893                      :         AAAGTA-ATC-TAA--AT--GT--AATCA----TG-ATT-AC-AG--G---G---TAA--AATTA-A-----TG-TAATCGA-TT--A-----------CG-AT-TA-C-----AT--GTAA---------TCT--A---AAA-----A---TA----CA-CG-ATT----------A-CAGA-TT-----AC-ATT-CG--A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----A-ATG-TAA-----------TC-A-A-T-TAC-----A-------G----C--T------------------GA--T------------TA------CGA-TTAC--
gi|95894                      :         AGAGTA-ATT-GAA--AA--GT--AATTC----AA-ATT-AC-AT------G---TTA----TTT-T-GCAATG-TAATTAA-TT--A-AA----TTA-CA-AT-TA-C-----TT--GTAA---------T-TAAA---AAA-----A---AAA-C-TT-CA-ATT----------A-CAAA-TTACTTGAC-TTC-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAATATGTA-CCG-TAA-----------TC-A-A-T-TAC-----A-------C----T--C------------------AA--T------------TA------CAA-TTAC--agattacgattaccctgtctctg
gi|95895                      :          AAGTA-ATC-AAA--AAA-GT--AATCAAATGTA-ATC-AT-AT--TAGGG---TAA--AATTA-A-----TG-TAATCGA-TT--ACAA----TTA--A-AT-TA-C-----AT--GTAA---------T-CTAA---AAA-----A---TA----CA-CG-ATT----------A-CAGA-TT-----AC-ATT-TG--A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----A-ATG-TAA-----------TC-A-A-T-TAC-----A-------G----C--T------------------GA--TTAGATTACAAGATA------CGA-TTAC--CCCAT-CTCTG
gi|95896                      :          AAATA-ATT-GAA--AA--GT--AATTG----GA-ATT-TC-AT------G---TTA--TTTTT---GCAGTG-TGATTAA-TT--A-AA----TTA-CC-AT-TA-T-----TT--GTAA---------C-T--G---AAA-----AAAATA--C-TT-CA-AT-----------A-CC-A-TT-----AC-TTC-CA--A-T--------T-ACTTA-----A--AAA-----T-ATG-TAA-----------TT-A-A-T-TAC-----A-------C----T--C------------------GA--T-------------------------TAC--CCCAT-CCCT
gi|95897                      :         AAAGTAGACT---A--AAT-GT--AATCA----TG-ATT-AC-AG--G---G---TAA--AATTA-A-----TG-CAATTGA-TT--ACAA----TTA-AA-AT-GG-C-----AT--GTAAAC-------T-A--A---AAA-----A---CA-------CA-ATT----------AACAGA-TT-----ACATCTGCATGA-T--------T-ACATG-----A--AAA-----A-ATG-TAA-----------TCAC-A-T-TAC-----AGCTGATTA----T--A------------------GA--T------------TA------CGA-ATAC--CCCAT-CTCTG
gi|95898                      : aagtaatcaaaGTA-ATT-GAA--AAA-AT--AATCA----TA-AT---C-AC--C---A---C-A--AATTT-A-GC--TGTTAATCGA-TT--A-AATATTTTA-CGCATGTATC-----AG--TTAAGTTATAGTTT-T--A---AAAAATTTA---CAG-C-TTGCA-ACTCTCACAGTCAA-TAGA-TT--------TAT-CG--A-TCCTTATCAT-ACTTGTGAGAA--AAG-----A-GAG-TAAAT---------T--GTA-T-AAT-----A-------T----T--C------------------GATTT------------TA------CGATTTAC--CCCATGGCCTG
gi|95899                      :            GTA-ATG-GAA--A---GT--AATTG----GA-ATT-AC-AT--T---T---TA-----TTT-ATGCAATG-TAATTAA-TT--A-AA----TTA-CA-AT-TA-C-----TT--CTAA---------T-T--GC--AAA-----A---AAA-C-TT-CATATT----------AACAAA-TT-----AC-TTC-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAT-----A-ATG-TAATT---------T--A-A-T-TAC-----A-------C----T--C------------------AA--T------------TA------CAA-TTAC--
gi|95900                      :             TA-ATT-GAA--AAA-GT--AATTA----TA-ATT-AC-AC--C---A---CAA--AATTTTA-GC--TG-CAATCGA-TTTAA-AA----TTA-CG-AT-TA-C-----AA--GTAA---------T-T--G---AAA-----A---TAG-C-TT-CA-ATT----------A-CAGA-TT-----AC-TGT-CA--A-T--------T-ACTTGA----A--AAA-----A-AAA-TAA-----------T--G-A-T-TAC-----A-------T----A--C------------------GA--T------------TA------CGA-TTAC--CCCAT-GCCTG
gi|95901                      :             TA-ATT-GAA--AAA--T--AATTG----GA-ATT-AC-AT------G---TTA----TTT-T-GCAATG-TTATTAA-TT--G-AA----TTA-CA-AT-TA-CCCGGTACTTGTAA---------T-T--G---AAA-----A---AAAAC-TT-CA-ATT----------A-CAAA-TT-----AC-TTC-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----T-ATG-TAAT----------T--A-A-T-CAC-----A-------C----T--C------------------AA--T------------TA------CAA-TTAC--
gi|95902                      :              A-ATT-GAA--AAA-GT--AATTA----TA-ATT-AC-AC--C---AA--CAA--AATTT-A-GC--TG-CAATCGA-TT--A-A-----TTA-CG-AT-TA-------AA--GTAA---------T-T--G---AAA-----A---TAG-C-TT-CA-ATT----------A-CAGA-TT-----AC-TGT-CA--A-T--------T-ACTTGA----A--AAA-----A-AAG-TAA-----------T--G-A-TACAT-----A-------A----T--C------------------GA--T------------TA------CGA-TTAC--TCGAT-
gi|95903                      :                 TT-GAAGGAAA-GT--AATCA----TATATT-ACTAC--C---AA--CAA--AAGT--A-GC--TG-TAATCGA-TT--A-AAAA--TTA-CG-AT-TA-C-----AA--GTAA---------T-T--G---AAA-----A---TAG-C-CT-CA-TTT----------A-CAGATTT-----AC-TGT-C---A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----A-AAG-T-A-----------T--G-ATT-TAC-----A-------A----T--C------------------GA--TCAG---------TA------CGA-TCGC--TCGAT-
gi|95904                      :                  T-GGA--GGA-GTTAAATTG----GA-ATT-AC-AT------G---TTA----TTT-T-GCAGTG-TAATTAA-TT--A-AA----TTA-CA-AT-TA-T------T--GCAA---------T-T--A---AAA-----A---AAA-C-TT-CA-ATT----------A-CAAA-TT-----AC-T-T-CA--ATT--------T-ACTTG-----A--AAA-----T-ATG-TAATTACATG----T--A-A-T-TACACTAAA-------A----TTAC------------------AA--T------------TATTTTTTC-A-TTAC--CCCAT-TCCT
gi|95905                      :                  T-AAA--AAA-GT--AATTG----GA-ATT-AC-A---T---G---T----TATTT-T-GC--AG-TG--TGA-TT----AA----TTA-CA-AT-TA-T-----TT--GTAA---------C-T--GAAAAAA-----A---TA--C-TT-CA-ATT----------A-CACA-TT------C-TTC-CA--A-T--------T-ACTTA-----A--AAT-----G-ATG-TAAT----------T--A-A-T-TAC-----AC------C----T--C------------------GA--T------------TA------C
gi|95906                      :                                                                   --AATTT-T-GC--T----ATTAA-TT--A-AA----TTA-AT-AT-TA-C-----TT--GTAA---------T-T--GG--AAA-----A---AAA-C-TG-CA-CTT----------A-CAAA-TT-----AC-TTC-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----T-ATG-TAA-----------T--GAA-T-TAC-----G-------T----T--C------------------AG--T------------TA------CAA-TTAC--ccca


blockSeqs                     :               G   T   GG  AA  TA     AATG  T   A  A CCAACACA      TTA   TATGCAA   T       A  TA C  TATT   G  C  G  T CCGGTACTT    GTTATAGTT C GAAA     AATTT AAAT AA T  G  T   CTCACAGTCA A    T  ACTTG  A G C  TG T CCTTATCA A     TGAGA TT   TATGTA  C A   TCAATTACAGCTG    T A   CAGATCGTTAACGCGATTATCTTC                  TT TAGATTACAAGA  TTTTTT   T    CT     G
blockSeqs                     :               .   .   .   AA  .      .     .   .  T TTAGGGTA      A     TTGCAA    .       .  .  C  AA     .  .  .  . AA           AC        . TAA      .     T    G  .  .  .   .          A    .  .      . G G  .  . .        .     A     .    AC      A .   TTACATGTA        . .   AATCGTTAACGATTACTC                        .  CAG           .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . CAACACA       A     TTGCAA    .       .  .  C  A      .  .  .  . AA           T         . TAA      .     A    G  .  .  .   .          .    .  .      . G .  .  . .        .     A     .    AC      A .   ATTGT            . .   AGCTGATTACA                               .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . CCAACA        A     TTGCAA    .       .  .  C  .      .  .  .  . AA           T         . AAA      .     A    G  .  .  .   .          .    .  .      . G .  .  . .        .     .     .    A       A .   TCGG             . .   AGCTGATTATA                               .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . CCAACA        A     TTGCAG    .       .  .  .  .      .  .  .  . AA           .         . TAA      .     T    G  .  .  .   .          .    .  .      . G .  .  . .        .     .     .    A       A .   TCAC             . .   ACTAAAATTAC                               .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . CCACA         A     TGCAG     .       .  .  .  .      .  .  .  . AA           .         . GA       .     T    G  .  .  .   .          .    .  .      . G .  .  . .        .     .     .    A       T .   TTTA             . .   GATTACTC                                  .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . CCACA         A     TTAGC     .       .  .  .  .      .  .  .  . AA           .         . GC       .     T    G  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    A       T .   TTA              . .   AATTACA                                   .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . CCACA         T     TGGC      .       .  .  .  .      .  .  .  . AT           .         . GG       .     A    A  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    T       T .   TCA              . .   ACCTC                                     .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   T   .      .     .   .  . CCACA         A     TAGT      .       .  .  .  .      .  .  .  . AT           .         . G        .     T    A  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    A       A .   TCA              . .   AATC                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . GGGTA         A     AAGC      .       .  .  .  .      .  .  .  . AT           .         . G        .     T    G  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    A       T .   TCA              . .   AATC                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . GGGTA         A     AAGC      .       .  .  .  .      .  .  .  . AC           .         . G        .     T    A  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    T       C .   TCA              . .   ACTC                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . ACGTA         A     TAAC      .       .  .  .  .      .  .  .  . AT           .         . G        .     A    G  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    A       T .   TTA              . .   AATC                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . GGGTA         T     TAGC      .       .  .  .  .      .  .  .  . TT           .         . G        .     T    G  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    A       T .   TTA              . .   AGCT                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . GGGTA         A     TAGC      .       .  .  .  .      .  .  .  . AT           .         . G        .     C    G  .  .  .   .          .    .  .      . C .  .  . .        .     .     .    T       T .   TTA              . .   ACTC                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . TTTTA         A     TAGC      .       .  .  .  .      .  .  .  . TT           .         . G        .     C    A  .  .  .   .          .    .  .      . A .  .  . .        .     .     .    A       A .   TGA              . .   AGCT                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   A   .      .     .   .  . CCACA         A     TTGC      .       .  .  .  .      .  .  .  . AT           .         . A        .     A    A  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    A       T .   CG               . .   ACTC                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   .   .      .     .   .  . CTGT          A     TTGC      .       .  .  .  .      .  .  .  . AG           .         . G        .     T    .  .  .  .   .          .    .  .      . G .  .  . .        .     .     .    A       A .   TG               . .   ATTC                                      .  .             .        .    .      .
blockSeqs                     :               .   .   .   .   .      .     .   .  . TGTT          A     TAG       .       .  .  .  .      .  .  .  . TT           .         . A        .     A    .  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    A       T .   TG               . .   ACTC                                      .  .             .        .    .       
blockSeqs                     :               .   .   .   .   .      .     .   .  . TGTT          T     AGC       .       .  .  .  .      .  .  .  . AA           .         . A        .     T    .  .  .  .   .          .    .  .      . G .  .  . .        .     .     .    T       A .   TG               . .   ATAC                                      .  .             .        .    .       
blockSeqs                     :               .   .   .   .   .      .     .   .  . CCAC          A     AA        .       .  .  .  .      .  .  .  . AA           .         . G        .     T    .  .  .  .   .          .    .  .      . G .  .  . .        .     .     .    A       A .   TG               . .   ACTC                                      .  .             .        .    .       
blockSeqs                     :                   .   .   .   .      .     .   .  . TGTT          .     AA        .       .  .  .  .      .  .  .  . AA           .         . G        .     A    .  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    A       T .   TA               . .   AATC                                      .  .             .        .    .       
blockSeqs                     :                   .   .   .   .      .     .   .  . TGTT          .     AA        .       .  .  .  .      .  .  .  . TT           .         . G        .     T    .  .  .  .   .          .    .  .      . T .  .  . .        .     .     .    T       T .   TG               . .   AATC                                      .  .             .        .    .       
blockSeqs                     :                   .   .   .   .      .     .   .  . TGT           .     AA        .       .  .  .  .      .  .  .  . TT           .         . G        .     A    .  .  .  .   .          .    .  .      . . .  .  . .        .     .     .    G       T .   TG               . .   GTTC                                      .  .             .        .    .       
blockSeqs                     :                                                                   .     AA        .       .  .  .  .      .  .  .  . T            .         . A        .     .    .  .  .  .   .          .    .  .      . . .  .  . .        .     .     .    T       . .   TG               . .   TC                                        .  .             .                     


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         AAAGTA-ATT-GAA--AAA-GT--AATTA----TA-ATT-AC-AC--C---G---CAA--AATTT-A-GC--TG-TAATCGA-TT--A-AA----TTA-CG-AT-TA-C-----AN--GTAA---------T-T--G---AAA-----A---TAG-C-TT-CA-ATT----------A-CAGA-TT-----AC-TNT-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----A-ANG-TAA-----------T--G-A-T-TAC-----A-------A----T--C------------------GA--T------------TA------CGA-TTAC--CCCAT-GCCTG
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Alignments
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lowQualScore                  :               1   1   22  88  22     3333  1   1  3 6666666666666 333   44444444  1       1  22 6  7777   1  1  1  1 555555555    111111111 1 111111   44444 4444 00 1  1  1   7777777777 3    1  44444  1 3 3  22 1 55555555 1     77777 22   5555555 2 1   7777777777777777 1 1   2222222222222222222222222222222222222222  22 111111111111  444444   1    22     2     
lowQualScore                  :               .   .   ..  ..  ..     ....  .   .  . ............. ...   ........  .       .  .. .  ....   .  .  .  . .........    ......... . ......   ..... .... .. .  .  .   .......... .    .  .....  . . .  .. . ........ .     ..... ..   ....... . .   ................ . .   ........................................  .. ............  ......   .    ..     .     
lowQualScore                  :               9   7   33  77  33     5555  7   7  3 4444444444444 222   77777777  6       6  22 4  2222   6  6  6  6 444444444    888888888 6 555555   00000 3333 44 6  6  6   0000000000 2    6  00000  6 1 2  22 6 88888888 6     22222 22   0000000 6 6   2222222222222222 6 6   4444444444444444444444444444444444444444  22 000000000000  666666   7    33     2     
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Reference ( family-719 )      :         AAAGTA-ATT-GAA--AAA-GT--AATTA----TA-ATT-AC-AC--C---G---CAA--AATTT-A-GC--TG-TAATCGA-TT--A-AA----TTA-CG-AT-TA-C-----AN--GTAA---------T-T--G---AAA-----A---TAG-C-TT-CA-ATT----------A-CAGA-TT-----AC-TNT-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----A-ANG-TAA-----------T--G-A-T-TAC-----A-------A----T--C------------------GA--T------------TA------CGA-TTAC--CCCAT-GCCTG
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gi|95897                      :         AAAGTAGACT---A--AAT-GT--AATCA----TG-ATT-AC-AG--G---G---TAA--AATTA-A-----TG-CAATTGA-TT--ACAA----TTA-AA-AT-GG-C-----AT--GTAAAC-------T-A--A---AAA-----A---CA-------CA-ATT----------AACAGA-TT-----ACATCTGCATGA-T--------T-ACATG-----A--AAA-----A-ATG-TAA-----------TCAC-A-T-TAC-----AGCTGATTA----T--A------------------GA--T------------TA------CGA-ATAC--CCCAT-CTCTG
gi|95898                      : aagtaatcaaaGTA-ATT-GAA--AAA-AT--AATCA----TA-AT---C-AC--C---A---C-A--AATTT-A-GC--TGTTAATCGA-TT--A-AATATTTTA-CGCATGTATC-----AG--TTAAGTTATAGTTT-T--A---AAAAATTTA---CAG-C-TTGCA-ACTCTCACAGTCAA-TAGA-TT--------TAT-CG--A-TCCTTATCAT-ACTTGTGAGAA--AAG-----A-GAG-TAAAT---------T--GTA-T-AAT-----A-------T----T--C------------------GATTT------------TA------CGATTTAC--CCCATGGCCTG
gi|95899                      :            GTA-ATG-GAA--A---GT--AATTG----GA-ATT-AC-AT--T---T---TA-----TTT-ATGCAATG-TAATTAA-TT--A-AA----TTA-CA-AT-TA-C-----TT--CTAA---------T-T--GC--AAA-----A---AAA-C-TT-CATATT----------AACAAA-TT-----AC-TTC-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAT-----A-ATG-TAATT---------T--A-A-T-TAC-----A-------C----T--C------------------AA--T------------TA------CAA-TTAC--
gi|95900                      :             TA-ATT-GAA--AAA-GT--AATTA----TA-ATT-AC-AC--C---A---CAA--AATTTTA-GC--TG-CAATCGA-TTTAA-AA----TTA-CG-AT-TA-C-----AA--GTAA---------T-T--G---AAA-----A---TAG-C-TT-CA-ATT----------A-CAGA-TT-----AC-TGT-CA--A-T--------T-ACTTGA----A--AAA-----A-AAA-TAA-----------T--G-A-T-TAC-----A-------T----A--C------------------GA--T------------TA------CGA-TTAC--CCCAT-GCCTG
gi|95901                      :             TA-ATT-GAA--AAA--T--AATTG----GA-ATT-AC-AT------G---TTA----TTT-T-GCAATG-TTATTAA-TT--G-AA----TTA-CA-AT-TA-CCCGGTACTTGTAA---------T-T--G---AAA-----A---AAAAC-TT-CA-ATT----------A-CAAA-TT-----AC-TTC-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----T-ATG-TAAT----------T--A-A-T-CAC-----A-------C----T--C------------------AA--T------------TA------CAA-TTAC--
gi|95902                      :              A-ATT-GAA--AAA-GT--AATTA----TA-ATT-AC-AC--C---AA--CAA--AATTT-A-GC--TG-CAATCGA-TT--A-A-----TTA-CG-AT-TA-------AA--GTAA---------T-T--G---AAA-----A---TAG-C-TT-CA-ATT----------A-CAGA-TT-----AC-TGT-CA--A-T--------T-ACTTGA----A--AAA-----A-AAG-TAA-----------T--G-A-TACAT-----A-------A----T--C------------------GA--T------------TA------CGA-TTAC--TCGAT-
gi|95903                      :                 TT-GAAGGAAA-GT--AATCA----TATATT-ACTAC--C---AA--CAA--AAGT--A-GC--TG-TAATCGA-TT--A-AAAA--TTA-CG-AT-TA-C-----AA--GTAA---------T-T--G---AAA-----A---TAG-C-CT-CA-TTT----------A-CAGATTT-----AC-TGT-C---A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----A-AAG-T-A-----------T--G-ATT-TAC-----A-------A----T--C------------------GA--TCAG---------TA------CGA-TCGC--TCGAT-
gi|95904                      :                  T-GGA--GGA-GTTAAATTG----GA-ATT-AC-AT------G---TTA----TTT-T-GCAGTG-TAATTAA-TT--A-AA----TTA-CA-AT-TA-T------T--GCAA---------T-T--A---AAA-----A---AAA-C-TT-CA-ATT----------A-CAAA-TT-----AC-T-T-CA--ATT--------T-ACTTG-----A--AAA-----T-ATG-TAATTACATG----T--A-A-T-TACACTAAA-------A----TTAC------------------AA--T------------TATTTTTTC-A-TTAC--CCCAT-TCCT
gi|95905                      :                  T-AAA--AAA-GT--AATTG----GA-ATT-AC-A---T---G---T----TATTT-T-GC--AG-TG--TGA-TT----AA----TTA-CA-AT-TA-T-----TT--GTAA---------C-T--GAAAAAA-----A---TA--C-TT-CA-ATT----------A-CACA-TT------C-TTC-CA--A-T--------T-ACTTA-----A--AAT-----G-ATG-TAAT----------T--A-A-T-TAC-----AC------C----T--C------------------GA--T------------TA------C
gi|95906                      :                                                                   --AATTT-T-GC--T----ATTAA-TT--A-AA----TTA-AT-AT-TA-C-----TT--GTAA---------T-T--GG--AAA-----A---AAA-C-TG-CA-CTT----------A-CAAA-TT-----AC-TTC-CA--A-T--------T-ACTTG-----A--AAA-----T-ATG-TAA-----------T--GAA-T-TAC-----G-------T----T--C------------------AG--T------------TA------CAA-TTAC--ccca