lowQualScore : 222 11111111111111 11111 222222222222 11
lowQualScore : 1 1 1 22 1 1 333 999 7777777 1 3 88 1 44 1 3 1 22 7 333 77 1 3 333 00000000000000 44 55555 1 22 444 1 1 6666 1 1 888 3 1 22 1 44 3 44 22 1 1 1 666666 66666 1 1 4444 44 444 1 3333 00000 333 1 1 22 666666666666 1 1 1 22 22 55 22 1 1 3 66666666 3 1 3 1 4 66
lowQualScore : . . . .. . . ... ... ....... . . .. . .. . . . .. . ... .. . . ... .............. .. ..... . .. ... . . .... . . ... . . .. . .. . .. .. . . . ...... ..... . . .... .. ... . .... ..... ... . . .. ............ . . . .. .. .. .. . . . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 9 9 8 55 8 8 222 555 7777777 8 6 00 8 33 8 6 7 44 2 000 22 7 5 000 22222222222222 00 88888 7 33 888 7 7 1111 7 7 999 5 7 44 7 11 5 11 44 7 7 7 777777 11111 7 7 9999 11 888 7 7777 55555 222 8 8 55 444444444444 8 8 8 66 66 00 66 9 9 8 99999999 8 9 8 9 0 88
consensus : AAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-A-T-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA---T-AA-A--AG-T-----A----T-C-TT-T--AAT--TTG-TTTTG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
Reference ( gi|130746 ) : AAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---A---A-------A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGGCA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-A-C-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA---T-AA-A--AG-C-----A----T-C-TT-T--AAT--TTA-TTTTG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130745 : AAAA-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TATAC-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-A-T-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--T---CT-T----GTA----AA---T-AA-A--AG-T-----A----T-C-TT-T--AAT--TTG-TTTTG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130747 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGG-A---T--------------CAA--T-----G-CT--GA---A-T-T----A-C-A-T-G-A-TT--AC-C--CTT-CT--------A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA---T-AA-A--AG-T-----A----T-C-TT-T--AAT--TTG-TTTTG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACTt
gi|130748 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---A---A-------A-C-TA--T-GT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AAT--T-T-T----A-C-A-T-G-A-TT--CC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-C------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA---T-AA-A--AG-T-----A----T-C--T-T--AAT--TTG-TTTTG--TT-G-T-G--------TCAA-CT-G-T-ATA--t
gi|130749 : AAAT---TG-TT--TC-A-AGG---GT--A-------A-C-TA--C-AT--GTT---G-TG--AGACA---TCTTT---AAA-GAA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-A-T-G-A-TT--TT-C---TT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GCA----AA---T-AA-A--AG-T-----ATCAGT-C-TT-T--AAT--TTG-TTTTG--TT-G-T-GTCACTGCTTC-A-CT-G-T-ATA--GAGACT
gi|130750 : AAAT-C-TG-TTGTTC-A-AGG---AT--A-------A-CCTA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-----T--------------CAATTT-----G-TTTAAA---A-T-T----A-T-T-G-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A----TA--C---TT-T----GTA----AA-----AA-A--AG-T-----A----T-C-TT-T--AAT--TTG-TTTTGTTTT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T--TT--AAGACTt
gi|130751 : AAAT-CGTG-TT--TC-A-AGG---ATG-A-------A-C-TG--C-AT--GTT-T-G-TG--CGACAAGATCTTTT--ACA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-C-T-G-A--T--TC-C--CTT-CTGT-T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TG--T---CTGT----GT-----AA---T-AA-A--AG-T-----A----T---TT-T--AAT--TTG-TTTTG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-TAATA--AAGATTt
gi|130752 : AAAT-C-CG-TT--TCCA-AGG---A---A-------AAC-TAA-C-AT--GGT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-A------------------CAA--T-----G-TT--AA---AGTAT----A-C-A-T-G-A-TTCTTC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------AATGTTTGAA-G-A-T--T---C---CT-T----GTA----AA---TTAA-A--AG-T-----A----T-C-TT-T--AAT--TTG-TTTT---TT-G-TAG--------TC-A-CT-G-T-ATT--AAGACTt
gi|130753 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-GGA---T---A-------A-CGTA----AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA--GA-G---TAATGAATTATGGTTCAA--T-----G-TT--AA-----T-T----A-C-A-T-G-A-TT--TC-C--CGT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GT-----AA---T-AA-A--AGTT-----A----T-C-TT-T--AAT--TTG-TTTGT--TT-G-T-G--------TC-A--T-G-T-AT----AGACT
gi|130754 : AAAT-G-T--TT--TT-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT---TG-T-G-TG--AGACA---TCTTT---AAA-AGA-G---T--------------CCA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-A-T-GAA-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-TTATTGAA-----TG-A-G-A----TA--C---CT-T----GTA----AA---T-AC-A--AGTT-----A----T-C--T-T--AAT--TTGTTTTTG--T----T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACTt
gi|130756 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---ATA-A-------A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TGTGAGACA---TCTTTT--TAA-AGA-G---T--------------CAA--TTGAGTG-TT--AACTAA-T-T----AAC-A-T-T-A-TT--TC-C---TT-C-G--T--T-A-C-T------A-----TGCA-A------TA--C---CA-T----GTA----AA---T-AA-A--AGGT-----A----T-C-TT-T--AAT--TGT-TTTTG--TT-G-T-G--------TC-A-CTGG-T-ATA--AA-ACTt
gi|130758 : AAAT-C--G-TT--TC-ATAGG---ACA-A-------A-C-TA--CGAT--GTTAT-G-TG--AGACA---TTTTTT--AAA-AGACA---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-A-T-G-ACTT--TT-C--CTT-CTG--G--T---C-TG-----A-----TGAA-G-A-C--TA--CT--CA-T----GTA----AA---T-AA-A--AG-T-----AT---T-C-TT-T--A---------TTTG--TT-T-T-T--------TC-A-CT-G-G-ATATTAAGACT
gi|130757 : AAAT-C-TG-TT--TT-A-AGG---ATA-A-------A-C-TA--------ATT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--TA---A-T-T----A-C-A-T-GCA-TT--T--C--CTT-CTG--T--T-A-CTT------A-----TGAG--------TA------CT-T----GT------A---T-AA-A--AG-----------------T-T--ATT--TTA-ATTTG--TT-G-T-G--------TG-T-CA-G-T-ATA--AAGACT
gi|130759 : AAAT-C-TGCTT--TC-A-AGT---A---GCGATTATA-C-TAT-C-AT--GTT-T-GCTG--AGACA---ACTTT---AAA-AGA-A---T--------------CAAA-T-----G-TT--AA---A-T-C----A-CAA-T-G-A-TT--TC-C--CTTACTA--T--TAA-C-T------A-----TCAA-G-A-TTATA--C---CT-T----GCAATACAA---T-AA-A--AG-CCAGTTA----TAC-TT-T--AAT--TTGCTTTTG---T-G-T-G--------TC-A-C--G-T-ATA--AAGAt
gi|130760 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--GTT-T--------------------T--AAA-AG---------------------------------------------T-T----A-C-A-T-G-A-TT---------------------------------A-----TGAA---A-T--TA--C----T-T----GTA----AA---T-AA-A--AG-T-----A----T-C-TT-T--AAT--TTG-TTTTG--TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACatt
gi|130761 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---ATAGAT------A-C-TA--C--T--GTT-G-G-AG--AA-TA---TCTTTT--AAA-A-A-G---T--------------CAT--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-ATC-G-C-TC--T--C--CTT-CTG--T--A-A-C-T------G-----TAAA-GTG-G--TAC-C---CT-T----GTA----AA---T-AAGA--AG-T-----AGTC-T-C-CC-T--AATTGTTC-TCTT---TT-G-TAG--------TC-A-CTCG-TCATA--AAGATTct
gi|130755 : AAATGT-TG-AT--TT-A-AGA---T---A-------A---TA--C-ATTGGTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTA--AAA-AGA-GGTTC--------------CAT--T-----GTTT--AA---A-T-TAAACA-C-A-T-A-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-T-G-T------AT----TGAATG-AGT--TACTC---TT-T----GT-----AA---T--A-A--AG-T-----T----T-C--T-T--AAT--TTCTTTTTG--T----T-G--------TC-A-CT-G-T-AT---AAGACT
gi|130762 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT------AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--A
gi|130763 : AAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----T-TT--AA---A-T-T----A-C-A-T-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA---T-AA-A--AG-T-----ATCAGT-C-TT-T--AAT--TTG-TTGTG--TT-G-T-A--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130764 : AAT-T-TG-TT--TA-A-AAGGGTA---A-------A-C-TA----AT--GTT---G-TG--GGACA---TCTTTT--AAA-AGAAG---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-A-T-G-A-TT--TT-CG-CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GC-----AA---T--A-A--AG-T-----ATAG-T-C-TTGT--AAT--TTGTTTTTG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-t
gi|130765 : AAT-C-TG-CT--TC-C-AAG---G---A-------A-C-TA--C-AT--GTT-A-T-TG--AGACA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-CT--AA---A-T-T----A-C-------A-TT--TC-C--CTTACTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-G-T--TA--C---CT-T----GTAG---AA---T-AA-AATAT-C-----AG---T-C-TT-T--AGT--TGT-TTGTG--TT-G-T-C--------T--A-CT-G-T-ATAC-AAGACT
gi|130766 : -C-TG-TT--TC-A-AAA---T---A-------A-C-TA--C-ATT-GTT-TTG-TG--AGA-A---TTTTTTTTAAACAGA-G---T--------------CAG--T-----G-TG--AA---A---T----A-C-A-T-G-A-TT--TC-C--TTT-CTT--T--T-A-C-A------C-----TGAG-A-G-T--TA--C------T----G-------A---T-AC-A--AG-T-----A----T-A-TT-t
gi|130767 : -TT--TC-A-AGG---AC--A-------A-C-TAA-C-AT--GTT-TTG-TG--AGGCA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA--TT----G-TT--AA---A-T-TTA--A-C-A-C-G-A-TT--TT-TTTCTT-CTG--TCTT-AGC-T------G------GAA-G-A-T--TA--C---CT-TAGTTGTG----AAGTAT-AA-A--GT-C-----A----T-CATT-TGCAAT--TTA-TTTTG--TT-G-T-G--------CT-C-CT-G-T-ATAG-AAGACT
gi|130768 : -TG--AGACA---TTTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAG--T-----G-TT--GA---A-A-T----A-C-A-T-G-A-TT--TC-C--TTT-CTG--T--T-A-C-C------A-----TGAA-G-G-T--TA--C---CT-T----GTA----
gi|130769 : A--T-----G-T---AA---A-T-T----A-C-A-TTG-A-TT--TTTC--CTT-CTGAAC--T-A-C-T------A-----TCAA-G-A-TC-TA--CATTCT-T----ATAT---AA---T-AA-C--AG-T-----A----T-C-TT-T--AAT--TTC-GATTG--TTGG-T-G--------TCTATCT-GTT-ATA--AAGACT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111
lowQualScore : 1 1 1 22 3 1 1 3333 3 444 7 3 77 1 44 1 3 1 22 222 66 1 3 222 99999999999999 33 55555 1 22 444 1 1 5555 1 1 1 3 1 22 1 44 3 44 22 1 1 1 666666 55555 1 1 4444 44 444 1 3333 99999 1 1 1 1 11111 1 7777 1 1 1 22 3 22 1 22 1 5 3 66666666 3 1 3 1 3 66
lowQualScore : . . . .. . . . .... . ... . . .. . .. . . . .. ... .. . . ... .............. .. ..... . .. ... . . .... . . . . . .. . .. . .. .. . . . ...... ..... . . .... .. ... . .... ..... . . . . ..... . .... . . . .. . .. . .. . . . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 8 8 7 44 5 7 7 7777 5 888 0 5 66 7 11 7 5 7 33 999 99 7 3 999 88888888888888 88 66666 6 22 666 7 7 8888 7 7 7 3 7 33 7 00 3 00 33 7 7 7 555555 88888 7 7 3333 00 666 7 5555 77777 7 7 7 7 33333 7 2222 7 7 7 55 6 55 8 55 8 5 6 66666666 6 8 6 8 8 44
consensus : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
Reference ( family-718 ) : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130745 : AAAA-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TATAC-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--T---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130746 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GA--A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGGCA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AC-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----C-A----T-C-TT-T--AATTTA-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACTt
gi|130747 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGG-A---T--------------CAA--T-----G-CT--GA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--AC-C--CTT-C-------T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130748 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GA--A---A-C-TA--T-GT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AAT--T-T-T----A-C-AT-G-A-TT--CC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-C------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C--T-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TCAA-CT-G-T-ATA--t
gi|130749 : AAAT---TG-TT--TC-A-A-G----GGT-A---A-C-TA--C-AT--GTT---G-TG--AGACA---TCTTT---AAA-GAA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TT-C---TT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GCA----AA-T-A-A-AAG-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-GTCACTGCTTC-A-CT-G-T-ATA--GAGACT
gi|130750 : AAAT-C-TG-TTGTTC-A-A-G----GAT-A---A-CCTA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-----T--------------CAATTT-----G-TTTAAA---A-T-T----A-T-TG-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A----TA--C---TT-T----GTA----AA---A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TGTTTT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T--TT--AAGACTt
gi|130751 : AAAT-CGTG-TT--TC-A-A-G----GATGA---A-C-TG--C-AT--GTT-T-G-TG--CGACAAGATCTTTT--ACA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-CT-G-A--T--TC-C--CTT-CTGT-T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TG--T---CTGT----GT-----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T---TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-TAATA--AAGATTt
gi|130752 : AAAT-C-CG-TT--TCCA-A-G----GAA-A---A-C-TAA-C-AT--GGT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-A------------------CAA--T-----G-TT--AA---AGTAT----A-C-AT-G-A-TTCTTC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------AATGTTTGAA-G-A-T--T---C---CT-T----GTA----AA-TTA-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-T---TT-G-TAG--------TC-A-CT-G-T-ATT--AAGACTt
gi|130753 : AAAT-C-TG-TT--TC-A---G----GAT-A---A-CGTA----AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA--GA-G---TAATGAATTATGGTTCAA--T-----G-TT--AA-----T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CGT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GT-----AA-T-A-A-AAGT----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-GT--TT-G-T-G--------TC-A--T-G-T-AT----AGACT
gi|130754 : AAAT-G-T--TT--TT-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT---TG-T-G-TG--AGACA---TCTTT---AAA-AGA-G---T--------------CCA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-GAA-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-TTATTGAA-----TG-A-G-A----TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-C-AAGT----T-A----T-C--T-T--AATTTG-T--TT-----TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACTt
gi|130755 : AAATGT-TG-AT--TT-A-A-G-----AT-A---A---TA--C-ATTGGTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTA--AAA-AGA-GGTTC--------------CAT--T-----GTTT--AA---A-T-TAAACA-C-AT-A-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-T-G-T------AT----TGAATG-AGT--TACTC---TT-T----GT-----AA-T---A-AAG-----T-T----T-C--T-T--AATTTC-T--TT-----TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-AT---AAGACTt
gi|130756 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---AAC-TA--C-AT--GTT-T-G-TGTGAGACA---TCTTTT--TAA-AGA-G---T--------------CAA--TTGAGTG-TT--AACTAA-T-T----AAC-AT-T-A-TT--TC-C---TT-C-G--T--T-A-C-T------A-----TGCA-A------TA--C---CA-T----GTA----AA-T-A-A-AAGG----T-A----T-C-TT-T--AATTGT-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CTGG-T-ATA--AA-ACT
gi|130757 : AAAT-C-TG-TT--TT-A-A-G----GAT-A---AAC-TA--------ATT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--TA---A-T-T----A-C-AT-GCA-TT--T--C--CTT-CTG--T--T-A-CTT------A-----TGAG--------TA------CT-T----GT------A-T-A-A-AAGT----T-A----T---TT-T--AATTTG-----T-TG---T-G-T-G--------TC-A----G-T-ATA--AAGACT
gi|130758 : AAAT-C--G-TT--TC-ATA-G----GAC-A---AAC-TA--CGAT--GTTAT-G-TG--AGACA---TTTTTT--AAA-AGACA---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-ACTT--TT-C--CTT-CTG--G--T---C-TG-----A-----TGAA-G-A-C--TA--CT--CA-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-T-CT-T--TATTTG-T--TT-T---T---------------TC-A-CT-G-G-ATATTAAGACTt
gi|130759 : AAAT-C-TGCTT--TC-A-A-GTAGCGATTAT--A-C-TAT-C-AT--GTT-T-GCTG--AGACA---ACTTT---AAA-AGA-A---T--------------CAAA-T-----G-TT--AA---A-T-C----A-CAAT-G-A-TT--TC-C--CTTACTA--T--TAA-C-T------A-----TCAA-G-A-TTATA--C---CT-T----GCAATACAA-T-A-A-AAGCCAGTT-A----TAC-TT-T--AATTTGCT--TT-TG---T-G-T-G--------TC-A-C--G-T-ATA--AAGA
gi|130760 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T--------------------T--AAA-AG---------------------------------------------T-T----A-C-AT-G-A-TT---------------------------------A-----TGAA---A-T--TA--C----T-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACatt
gi|130761 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-AGATA-C-TA--C--T--GTT-G-G-AG--A-ATA---TCTTTT--AAA-A-A-G---T--------------CAT--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-C-G-CT--CT-C--CTT-CTG--T--A-A-C-T------G-----TAAA-GTG-G--TAC-C---CT-T----GTA----AA-T-A-AGAAG-----T-AGTC-T-C-CC-T--AA-TTG-TTCTC-TT--TT-G-TAG--------TC-A-CTCG-TCATA--AAGATTct
gi|130762 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT------AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--A
gi|130763 : AAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----T-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTTG-T--TG-TG--TT-G-T-A--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130764 : AAT-T-TG-TT--TA-A-AAG----GGT-A---AAC-TA----AT--GTT---G-TG--GGACA---TCTTTT--AAA-AGAAG---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TT-CG-CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GC-----AA-T---A-AAG-----T-ATAG-T-C-TTGT--AATTTGTT--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-t
gi|130765 : AAT-C-TG-CT--TCCA-A-G----GA------A-C-TA--C-AT--GTT-A-T-TG--AGACA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-CT--AA---A-T-T----A-C------A-TT--TC-C--CTTACTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-G-T--TA--C---CT-T----GTAG---AA-T-A-A-AA------T-ATCAGT-C-TT-T--AG-TTG-T--TTGTG--TT-G-T-C--------T--A-CT-G-T-ATAC-AAGACT
gi|130766 : -C-TG-TT--TC-A-A-A-----AT-A---A-C-TA--C-ATT-GTT-TTG-TG--AGA-A---TTTTTTTTAAACAGA-G---T--------------CAG--T-----G-TG--AA---A-T------A-C-AT-G-A-TT--TC-C--TTT-CTT--T--T-A-C-A------C-----TGAG-A-G-T--TA--C------T----G-------A-T-A-C-AAG-----T-A----T-A-TT-t
gi|130767 : -TT--TC-A-A-G----GAC-A---A-C-TAA-C-AT--GTT-TTG-TG--AGGCA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA--TT----G-TT--AA---A-T-TTA--A-C-AC-G-A-TT--TT-TTTCTT-CTG--TCTT-AGC-T------G------GAA-G-A-T--TA--C---CT-TAGTTGTG----AAGT-ATA-AAG-----TCA----T-CATT-TGCAATTTA-T--TT-TG--TT-G-T-G--------CT-C-CT-G-T-ATAG-AAGACT
gi|130768 : -TG--AGACA---TTTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAG--T-----G-TT--GA---A-A-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--TTT-CTG--T--T-A-C-C------A-----TGAA-G-G-T--TA--C---CT-T----GTA----
gi|130769 : A--T-----G-T---AA---A-T-T----A-C-ATTG-A-TT--TTTC--CTT-CTGAAC--T-A-C-T------A-----TCAA-G-A-TC-TA--CATTCT-T----ATAT---AA-T-A-A-CAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTC-G--AT-TG--TTGG-T-G--------TCTATCT-GTT-ATA--AAGACT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111
lowQualScore : 1 1 1 22 3 1 1 3333 3 444 7 3 77 1 44 1 3 1 22 222 66 1 3 222 99999999999999 33 55555 1 22 444 1 1 5555 1 1 1 3 1 22 1 44 3 44 22 1 1 1 666666 55555 1 1 4444 44 444 1 3333 99999 1 1 1 1 11111 1 7777 1 1 1 22 3 22 1 22 1 5 3 66666666 3 1 3 1 3 66
lowQualScore : . . . .. . . . .... . ... . . .. . .. . . . .. ... .. . . ... .............. .. ..... . .. ... . . .... . . . . . .. . .. . .. .. . . . ...... ..... . . .... .. ... . .... ..... . . . . ..... . .... . . . .. . .. . .. . . . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 8 8 7 44 5 7 7 7777 5 888 0 5 66 7 11 7 5 7 33 999 99 7 3 999 88888888888888 88 66666 6 22 666 7 7 8888 7 7 7 3 7 33 7 00 3 00 33 7 7 7 555555 88888 7 7 3333 00 666 7 5555 77777 7 7 7 7 33333 7 2222 7 7 7 55 6 55 8 55 8 5 6 66666666 6 8 6 8 8 44
consensus : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
Reference ( family-718 ) : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130745 : AAAA-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TATAC-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--T---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130746 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GA--A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGGCA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AC-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----C-A----T-C-TT-T--AATTTA-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACTt
gi|130747 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGG-A---T--------------CAA--T-----G-CT--GA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--AC-C--CTT-C-------T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130748 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GA--A---A-C-TA--T-GT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AAT--T-T-T----A-C-AT-G-A-TT--CC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-C------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C--T-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TCAA-CT-G-T-ATA--t
gi|130749 : AAAT---TG-TT--TC-A-A-G----GGT-A---A-C-TA--C-AT--GTT---G-TG--AGACA---TCTTT---AAA-GAA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TT-C---TT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GCA----AA-T-A-A-AAG-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-GTCACTGCTTC-A-CT-G-T-ATA--GAGACT
gi|130750 : AAAT-C-TG-TTGTTC-A-A-G----GAT-A---A-CCTA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-----T--------------CAATTT-----G-TTTAAA---A-T-T----A-T-TG-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A----TA--C---TT-T----GTA----AA---A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TGTTTT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T--TT--AAGACTt
gi|130751 : AAAT-CGTG-TT--TC-A-A-G----GATGA---A-C-TG--C-AT--GTT-T-G-TG--CGACAAGATCTTTT--ACA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-CT-G-A--T--TC-C--CTT-CTGT-T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TG--T---CTGT----GT-----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T---TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-TAATA--AAGATTt
gi|130752 : AAAT-C-CG-TT--TCCA-A-G----GAA-A---A-C-TAA-C-AT--GGT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-A------------------CAA--T-----G-TT--AA---AGTAT----A-C-AT-G-A-TTCTTC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------AATGTTTGAA-G-A-T--T---C---CT-T----GTA----AA-TTA-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-T---TT-G-TAG--------TC-A-CT-G-T-ATT--AAGACTt
gi|130753 : AAAT-C-TG-TT--TC-A---G----GAT-A---A-CGTA----AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA--GA-G---TAATGAATTATGGTTCAA--T-----G-TT--AA-----T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CGT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GT-----AA-T-A-A-AAGT----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-GT--TT-G-T-G--------TC-A--T-G-T-AT----AGACT
gi|130754 : AAAT-G-T--TT--TT-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT---TG-T-G-TG--AGACA---TCTTT---AAA-AGA-G---T--------------CCA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-GAA-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-TTATTGAA-----TG-A-G-A----TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-C-AAGT----T-A----T-C--T-T--AATTTG-T--TT-----TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACTt
gi|130755 : AAATGT-TG-AT--TT-A-A-G-----AT-A---A---TA--C-ATTGGTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTA--AAA-AGA-GGTTC--------------CAT--T-----GTTT--AA---A-T-TAAACA-C-AT-A-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-T-G-T------AT----TGAATG-AGT--TACTC---TT-T----GT-----AA-T---A-AAG-----T-T----T-C--T-T--AATTTC-T--TT-----TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-AT---AAGACTt
gi|130756 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---AAC-TA--C-AT--GTT-T-G-TGTGAGACA---TCTTTT--TAA-AGA-G---T--------------CAA--TTGAGTG-TT--AACTAA-T-T----AAC-AT-T-A-TT--TC-C---TT-C-G--T--T-A-C-T------A-----TGCA-A------TA--C---CA-T----GTA----AA-T-A-A-AAGG----T-A----T-C-TT-T--AATTGT-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CTGG-T-ATA--AA-ACT
gi|130757 : AAAT-C-TG-TT--TT-A-A-G----GAT-A---AAC-TA--------ATT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--TA---A-T-T----A-C-AT-GCA-TT--T--C--CTT-CTG--T--T-A-CTT------A-----TGAG--------TA------CT-T----GT------A-T-A-A-AAGT----T-A----T---TT-T--AATTTG-----T-TG---T-G-T-G--------TC-A----G-T-ATA--AAGACT
gi|130758 : AAAT-C--G-TT--TC-ATA-G----GAC-A---AAC-TA--CGAT--GTTAT-G-TG--AGACA---TTTTTT--AAA-AGACA---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-ACTT--TT-C--CTT-CTG--G--T---C-TG-----A-----TGAA-G-A-C--TA--CT--CA-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-T-CT-T--TATTTG-T--TT-T---T---------------TC-A-CT-G-G-ATATTAAGACTt
gi|130759 : AAAT-C-TGCTT--TC-A-A-GTAGCGATTAT--A-C-TAT-C-AT--GTT-T-GCTG--AGACA---ACTTT---AAA-AGA-A---T--------------CAAA-T-----G-TT--AA---A-T-C----A-CAAT-G-A-TT--TC-C--CTTACTA--T--TAA-C-T------A-----TCAA-G-A-TTATA--C---CT-T----GCAATACAA-T-A-A-AAGCCAGTT-A----TAC-TT-T--AATTTGCT--TT-TG---T-G-T-G--------TC-A-C--G-T-ATA--AAGA
gi|130760 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T--------------------T--AAA-AG---------------------------------------------T-T----A-C-AT-G-A-TT---------------------------------A-----TGAA---A-T--TA--C----T-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACatt
gi|130761 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-AGATA-C-TA--C--T--GTT-G-G-AG--A-ATA---TCTTTT--AAA-A-A-G---T--------------CAT--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-C-G-CT--CT-C--CTT-CTG--T--A-A-C-T------G-----TAAA-GTG-G--TAC-C---CT-T----GTA----AA-T-A-AGAAG-----T-AGTC-T-C-CC-T--AA-TTG-TTCTC-TT--TT-G-TAG--------TC-A-CTCG-TCATA--AAGATTct
gi|130762 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT------AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--A
gi|130763 : AAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----T-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTTG-T--TG-TG--TT-G-T-A--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130764 : AAT-T-TG-TT--TA-A-AAG----GGT-A---AAC-TA----AT--GTT---G-TG--GGACA---TCTTTT--AAA-AGAAG---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TT-CG-CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GC-----AA-T---A-AAG-----T-ATAG-T-C-TTGT--AATTTGTT--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-t
gi|130765 : AAT-C-TG-CT--TCCA-A-G----GA------A-C-TA--C-AT--GTT-A-T-TG--AGACA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-CT--AA---A-T-T----A-C------A-TT--TC-C--CTTACTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-G-T--TA--C---CT-T----GTAG---AA-T-A-A-AA------T-ATCAGT-C-TT-T--AG-TTG-T--TTGTG--TT-G-T-C--------T--A-CT-G-T-ATAC-AAGACT
gi|130766 : -C-TG-TT--TC-A-A-A-----AT-A---A-C-TA--C-ATT-GTT-TTG-TG--AGA-A---TTTTTTTTAAACAGA-G---T--------------CAG--T-----G-TG--AA---A-T------A-C-AT-G-A-TT--TC-C--TTT-CTT--T--T-A-C-A------C-----TGAG-A-G-T--TA--C------T----G-------A-T-A-C-AAG-----T-A----T-A-TT-t
gi|130767 : -TT--TC-A-A-G----GAC-A---A-C-TAA-C-AT--GTT-TTG-TG--AGGCA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA--TT----G-TT--AA---A-T-TTA--A-C-AC-G-A-TT--TT-TTTCTT-CTG--TCTT-AGC-T------G------GAA-G-A-T--TA--C---CT-TAGTTGTG----AAGT-ATA-AAG-----TCA----T-CATT-TGCAATTTA-T--TT-TG--TT-G-T-G--------CT-C-CT-G-T-ATAG-AAGACT
gi|130768 : -TG--AGACA---TTTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAG--T-----G-TT--GA---A-A-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--TTT-CTG--T--T-A-C-C------A-----TGAA-G-G-T--TA--C---CT-T----GTA----
gi|130769 : A--T-----G-T---AA---A-T-T----A-C-ATTG-A-TT--TTTC--CTT-CTGAAC--T-A-C-T------A-----TCAA-G-A-TC-TA--CATTCT-T----ATAT---AA-T-A-A-CAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTC-G--AT-TG--TTGG-T-G--------TCTATCT-GTT-ATA--AAGACT
blockSeqs : G G C GT C T A TAGC G GAT A C A G TG A T C TG AGA TA C C GTT AATGAATTATGGTT TT TGAGT T TA CTA G A AAAC A A T A C CT T TT A AA CT A G T TATTGA ATGTT T T TTA CT ATT G AGTT AATAC G T T G CCAGT C TCAG A A G GC C TC G TT G T A TCACTGCT A T G T A TT
blockSeqs : . . . . C . . . T T A G T . T . T . . . TT . A . . A T . . T . . TA . . . C . . . G A T . . . . G T . . GT C T . . AG . . . . T . TCAG . . . . T . . . . T A . T . C . C C
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . AT . . . . T . TCAG . . . . . . . . . T . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . G . GTC . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . T . TAG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
finalCons : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111
lowQualScore : 1 1 1 22 3 1 1 3333 3 444 7 3 77 1 44 1 3 1 22 222 66 1 3 222 99999999999999 33 55555 1 22 444 1 1 5555 1 1 1 3 1 22 1 44 3 44 22 1 1 1 666666 55555 1 1 4444 44 444 1 3333 99999 1 1 1 1 11111 1 7777 1 1 1 22 3 22 1 22 1 5 3 66666666 3 1 3 1 3 66
lowQualScore : . . . .. . . . .... . ... . . .. . .. . . . .. ... .. . . ... .............. .. ..... . .. ... . . .... . . . . . .. . .. . .. .. . . . ...... ..... . . .... .. ... . .... ..... . . . . ..... . .... . . . .. . .. . .. . . . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 8 8 7 44 5 7 7 7777 5 888 0 5 66 7 11 7 5 7 33 999 99 7 3 999 88888888888888 88 66666 6 22 666 7 7 8888 7 7 7 3 7 33 7 00 3 00 33 7 7 7 555555 88888 7 7 3333 00 666 7 5555 77777 7 7 7 7 33333 7 2222 7 7 7 55 6 55 8 55 8 5 6 66666666 6 8 6 8 8 44
consensus : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
Reference ( family-718 ) : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130745 : AAAA-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TATAC-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--T---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130746 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GA--A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGGCA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AC-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----C-A----T-C-TT-T--AATTTA-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACTt
gi|130747 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGG-A---T--------------CAA--T-----G-CT--GA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--AC-C--CTT-C-------T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130748 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GA--A---A-C-TA--T-GT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AAT--T-T-T----A-C-AT-G-A-TT--CC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-C------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C--T-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TCAA-CT-G-T-ATA--t
gi|130749 : AAAT---TG-TT--TC-A-A-G----GGT-A---A-C-TA--C-AT--GTT---G-TG--AGACA---TCTTT---AAA-GAA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TT-C---TT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GCA----AA-T-A-A-AAG-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-GTCACTGCTTC-A-CT-G-T-ATA--GAGACT
gi|130750 : AAAT-C-TG-TTGTTC-A-A-G----GAT-A---A-CCTA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-----T--------------CAATTT-----G-TTTAAA---A-T-T----A-T-TG-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A----TA--C---TT-T----GTA----AA---A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TGTTTT-G-T-G--------TC-A-CT-G-T--TT--AAGACTt
gi|130751 : AAAT-CGTG-TT--TC-A-A-G----GATGA---A-C-TG--C-AT--GTT-T-G-TG--CGACAAGATCTTTT--ACA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-CT-G-A--T--TC-C--CTT-CTGT-T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TG--T---CTGT----GT-----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T---TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-TAATA--AAGATTt
gi|130752 : AAAT-C-CG-TT--TCCA-A-G----GAA-A---A-C-TAA-C-AT--GGT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-A------------------CAA--T-----G-TT--AA---AGTAT----A-C-AT-G-A-TTCTTC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------AATGTTTGAA-G-A-T--T---C---CT-T----GTA----AA-TTA-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-T---TT-G-TAG--------TC-A-CT-G-T-ATT--AAGACTt
gi|130753 : AAAT-C-TG-TT--TC-A---G----GAT-A---A-CGTA----AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA--GA-G---TAATGAATTATGGTTCAA--T-----G-TT--AA-----T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CGT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GT-----AA-T-A-A-AAGT----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-GT--TT-G-T-G--------TC-A--T-G-T-AT----AGACT
gi|130754 : AAAT-G-T--TT--TT-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT---TG-T-G-TG--AGACA---TCTTT---AAA-AGA-G---T--------------CCA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-GAA-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-TTATTGAA-----TG-A-G-A----TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-C-AAGT----T-A----T-C--T-T--AATTTG-T--TT-----TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACTt
gi|130755 : AAATGT-TG-AT--TT-A-A-G-----AT-A---A---TA--C-ATTGGTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTA--AAA-AGA-GGTTC--------------CAT--T-----GTTT--AA---A-T-TAAACA-C-AT-A-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-T-G-T------AT----TGAATG-AGT--TACTC---TT-T----GT-----AA-T---A-AAG-----T-T----T-C--T-T--AATTTC-T--TT-----TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-AT---AAGACTt
gi|130756 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---AAC-TA--C-AT--GTT-T-G-TGTGAGACA---TCTTTT--TAA-AGA-G---T--------------CAA--TTGAGTG-TT--AACTAA-T-T----AAC-AT-T-A-TT--TC-C---TT-C-G--T--T-A-C-T------A-----TGCA-A------TA--C---CA-T----GTA----AA-T-A-A-AAGG----T-A----T-C-TT-T--AATTGT-T--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CTGG-T-ATA--AA-ACT
gi|130757 : AAAT-C-TG-TT--TT-A-A-G----GAT-A---AAC-TA--------ATT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--TA---A-T-T----A-C-AT-GCA-TT--T--C--CTT-CTG--T--T-A-CTT------A-----TGAG--------TA------CT-T----GT------A-T-A-A-AAGT----T-A----T---TT-T--AATTTG-----T-TG---T-G-T-G--------TC-A----G-T-ATA--AAGACT
gi|130758 : AAAT-C--G-TT--TC-ATA-G----GAC-A---AAC-TA--CGAT--GTTAT-G-TG--AGACA---TTTTTT--AAA-AGACA---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-ACTT--TT-C--CTT-CTG--G--T---C-TG-----A-----TGAA-G-A-C--TA--CT--CA-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-T-CT-T--TATTTG-T--TT-T---T---------------TC-A-CT-G-G-ATATTAAGACTt
gi|130759 : AAAT-C-TGCTT--TC-A-A-GTAGCGATTAT--A-C-TAT-C-AT--GTT-T-GCTG--AGACA---ACTTT---AAA-AGA-A---T--------------CAAA-T-----G-TT--AA---A-T-C----A-CAAT-G-A-TT--TC-C--CTTACTA--T--TAA-C-T------A-----TCAA-G-A-TTATA--C---CT-T----GCAATACAA-T-A-A-AAGCCAGTT-A----TAC-TT-T--AATTTGCT--TT-TG---T-G-T-G--------TC-A-C--G-T-ATA--AAGA
gi|130760 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T--------------------T--AAA-AG---------------------------------------------T-T----A-C-AT-G-A-TT---------------------------------A-----TGAA---A-T--TA--C----T-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTG-T--TT-TG--TT-GTT-G--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACatt
gi|130761 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-AGATA-C-TA--C--T--GTT-G-G-AG--A-ATA---TCTTTT--AAA-A-A-G---T--------------CAT--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-C-G-CT--CT-C--CTT-CTG--T--A-A-C-T------G-----TAAA-GTG-G--TAC-C---CT-T----GTA----AA-T-A-AGAAG-----T-AGTC-T-C-CC-T--AA-TTG-TTCTC-TT--TT-G-TAG--------TC-A-CTCG-TCATA--AAGATTct
gi|130762 : AAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT------AGA-G---T--------------CAA--T-----G-TT--A
gi|130763 : AAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----GAT-A---A-C-TA--C-AT--GTT-T-G-TG--AGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----T-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GTA----AA-T-A-A-AAG-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTTG-T--TG-TG--TT-G-T-A--------TC-A-CT-G-T-ATA--AAGACT
gi|130764 : AAT-T-TG-TT--TA-A-AAG----GGT-A---AAC-TA----AT--GTT---G-TG--GGACA---TCTTTT--AAA-AGAAG---T--------------CAA--T-----G-TT--AA---A-T-T----A-C-AT-G-A-TT--TT-CG-CTT-CTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-A-T--TA--C---CT-T----GC-----AA-T---A-AAG-----T-ATAG-T-C-TTGT--AATTTGTT--TT-TG--TT-G-T-G--------TC-A-CT-G-t
gi|130765 : AAT-C-TG-CT--TCCA-A-G----GA------A-C-TA--C-AT--GTT-A-T-TG--AGACA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA--T-----G-CT--AA---A-T-T----A-C------A-TT--TC-C--CTTACTG--T--T-A-C-T------A-----TGAA-G-G-T--TA--C---CT-T----GTAG---AA-T-A-A-AA------T-ATCAGT-C-TT-T--AG-TTG-T--TTGTG--TT-G-T-C--------T--A-CT-G-T-ATAC-AAGACT
gi|130766 : -C-TG-TT--TC-A-A-A-----AT-A---A-C-TA--C-ATT-GTT-TTG-TG--AGA-A---TTTTTTTTAAACAGA-G---T--------------CAG--T-----G-TG--AA---A-T------A-C-AT-G-A-TT--TC-C--TTT-CTT--T--T-A-C-A------C-----TGAG-A-G-T--TA--C------T----G-------A-T-A-C-AAG-----T-A----T-A-TT-t
gi|130767 : -TT--TC-A-A-G----GAC-A---A-C-TAA-C-AT--GTT-TTG-TG--AGGCA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA--TT----G-TT--AA---A-T-TTA--A-C-AC-G-A-TT--TT-TTTCTT-CTG--TCTT-AGC-T------G------GAA-G-A-T--TA--C---CT-TAGTTGTG----AAGT-ATA-AAG-----TCA----T-CATT-TGCAATTTA-T--TT-TG--TT-G-T-G--------CT-C-CT-G-T-ATAG-AAGACT
gi|130768 : -TG--AGACA---TTTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAG--T-----G-TT--GA---A-A-T----A-C-AT-G-A-TT--TC-C--TTT-CTG--T--T-A-C-C------A-----TGAA-G-G-T--TA--C---CT-T----GTA----
gi|130769 : A--T-----G-T---AA---A-T-T----A-C-ATTG-A-TT--TTTC--CTT-CTGAAC--T-A-C-T------A-----TCAA-G-A-TC-TA--CATTCT-T----ATAT---AA-T-A-A-CAG-----T-A----T-C-TT-T--AATTTC-G--AT-TG--TTGG-T-G--------TCTATCT-GTT-ATA--AAGACT