lowQualScore                  :                                                 11               11                                               
lowQualScore                  :              1   33  22 1   3   1   3     22    22 55     22 3   22   22  444  1 777777       55    44   2 2      
lowQualScore                  :              .   ..  .. .   .   .   .     ..    .. ..     .. .   ..   ..  ...  . ......       ..    ..   . .      
lowQualScore                  :              7   11  33 7   3   7   3     33    33 66     33 3   55   33  666  7 555555       99    88   0 0      
consensus                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-ATT-GGA-CAA-TTTTT--CTTCG-A--TTTAC--A-GGC-TTTT--TT---CC-A--CA--TATGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
Reference ( gi|133493 )       : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-ATT-GGA-CAA-TTTTT--CTTCC-A--TTTAC--A-GGC-TTTT--TT---CC-A--TA--TATGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133494                     : CACCTGGTATTTT-CAAT-TT--G-ATC-GGA-CAT-TTTTT--CTTCG-A--TTTAC--A-GGCTTTTT--TT---CC-A--CA--TATGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133495                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--A-ATT-GGA-CGA-TTTTT--CTTTG-A--TTTAC--A-GGC-GTTT--TC---CC-A--TA--TATGGAC--TTAG--AAA-T-TTTGTC
gi|133506                     : CACCTTATATTTT-CATT-TT--G-ATT-GGA-CAA-TTTTT--CTTCG-A--TTTAC--A-GGC-TTTT--TT---CT-A--GA--TACGGAC--TTAG--ACA-T-ATTGTC
gi|133498                     : CACCTG--ATTTT-CATT-TT--G-ATTTGGA-CAA--TTTT--CTTCG-A--TTTAC--A-GGCGGTTT--TT---CC-A--TA--TATGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133499                     : CACCTGGTATTT--CATT-TT--GGATT-G-A-CAAATTTTT--CTTTCGA--TTTAC--A-GGC-GTTT--TT---CC-A--TA--TATGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133509                     : CACCTGTTATTTT-CATT-TT--G-ATC-GGA-CAA-TTTTT--CTTAC-A--TTTAC--A-TGCTTTTT--TT---CC-A--CA--TGGAGGC--TTAG--ACA-T-ATTGTC
gi|133500                     : CACCTGGTATTT--CATT-TT--G-A-T-GGA-CAATTTTTT--CTTCG-AT-TTTAC--A--GC-GTTT--TT---CC-A--TA--TATGGAC--TTAG--ACA-T-TTT
gi|133496                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-ATT-GGA-CAA-TTTTT--CTCCA-A--TTTAT--A-GGC--TTT--TT---CC-A--CT--TATGGAC--TTAGTTATA-T-TT
gi|133501                     : CACCTTGTATTT--CATT-T-----ATT-GGA-CAA-TTTT---CTTCG-A--TTTACCAG-GGCGTTTT--TT---CC-A--TA--TATGGACT-TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133507                     : CACTTGGTATTTT-CATA-TT--G-ATT-AGA-CAA-TTTTT--CTTCA-A--TTTAC--A-GGC-TTTT--TTTCCCC-A--CT--TATGGAC--TTTG--TCA-C-TTT
gi|133508                     : CACTTGGTATTTT-CATA-TT--G-ATT-GGA-CAA-TTTTT--CTTCA-A--TTTAC--A-GGC-TTTT--CC---CC-C--CACTTATGGAC--TTTG--TCA-C-TTT
gi|133504                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-ATT-GGA-CAA-TTTTT--C-TCA-A--TTTAT--AGGGC-TTTT--TT---CC-A--CT--TA-GGAC--TTAGTTATA-T-TT
gi|133511                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-ATT-GGA-CAA-ATTTT--CTTTT-GT-TTTGC--A-GGC-TTTT--CT---CC-T--TT--TATGGAC--TTAG--TCG-T-TTT
gi|133510                     : CACCTGGTATTTT-CAT------G-ATT-GAA-CAA-TTTTT--CTCCA-A--TTTAC--A-GGC-TTTT--CT---CC-A--CT--TACAGAC--TTGG--TCA-TATTT
gi|133497                     : CACCTGGTATTTT-CATG-TT--G-ATT-AGA-CAA-TTTTT--CTCCA-A--TTTAT--A-GGC-TTTT--TT---CC-ACTTA--TAT
gi|133505                     : CACCTGGTATTTT-CATTATT--G-ATTTGGA-CAA-TTTTT--CTTCC-AATTCTAT--AGGGC-TTTT--TT---CC-A--CT--TAT-GAC--TTAG--
gi|133512                     : CACCTGGTATTTT-GAAT-TC--A-GGC-GGG-CAG-TTTTTTTCTTCC-A--TT-AC--A-GTC-TTTTGTTT---TC-A--GA--TATGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133502                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--A-AAT-GGA-AGA-TTTTT--CT--C-G--ATTAC--A-GGC-GTTT--TT---CCAA--TA--T-TGGAC--GTAG--AAATT-TTTGTC
gi|133503                     : CACCTG--ATTTT-CATT-TTTTA-AAT-GGA-AGA-TTTTT--CTTTCGA--TTTAC--A-GGC-GTTT--TT---CC-ATTTAT-TATGGACGTTTAG--AAA-T-TTTGTC
gi|133513                     : CACCTGGTATTCG-CACG-TT--G-AAT-GGA-C---CCCCT--CCCCCAA--TTTAC--A-GGCATTTT--TT---CC-A--CT--TATGGACT-TTAG--TCA-T-TTT
gi|133514                     :    CTGGTATTTT-CATT-TT--A-TTT-GGAACGA-TTTTT--CTTCG-A--TTTAC--A-GGC-GTTT--TTA--CA-A--TA--TACGGAT--ATAG--A
gi|133515                     :    CTGGGAGTTTGCAAT-TT--G-GTC-GGA-CAA-TTTTT--CTTTG-A--TTTAC--A-GGC--TTT--TT---CC-A--TA---A-GGAC--TTAG---CA-T-TTTTTC
gi|133516                     :     TGGTTTTTC-CGAG-CT--G-ATT-GGA-CAT-TCTTT--CTCCA-A--TTTAT----GGC---TT--TT---CC-A--CT--TATGGAC--TTAG--
gi|133517                     :         ATTTT-CATT-TT--G-ATT-GGA-CAA-TTTTT--CTTTG-A--TTTAC--A-GGC-TTTT--TT---CC-A--TA--TATGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC





Alignments
lowQualScore                  :              1   22  22 1 3     1   3     22 1  4   1  1   22 3   99   22  444   666666  1     55    44   1 1      
lowQualScore                  :              .   ..  .. . .     .   .     .. .  .   .  .   .. .   ..   ..  ...   ......  .     ..    ..   . .      
lowQualScore                  :              6   66  22 6 2     6   2     22 6  8   6  6   22 2   66   22  444   888888  6     66    66   9 9      
consensus                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
Reference ( family-717 )      : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133493                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CCA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133494                     : CACCTGGTATTTT-CAAT-TT--G-A-TCGGA-CAT-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGCTTTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133495                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--A-A-TTGGA-CGA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TC---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--AAA-T-TTTGTC
gi|133496                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAT--A-GGC--TTT--TT---CCA--CT--TA-TGGAC--TTAGTTATA-T-TT
gi|133497                     : CACCTGGTATTTT-CATG-TT--G-A-TTAGA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAT--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA-T
gi|133498                     : CACCTG--ATTTT-CATT-TT--G-ATTTGGA-CAA--TTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGCGGTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTCat
gi|133499                     : CACCTGGTATTT--CATT-TT--GGA-TTG-A-CAAATTTTT--C-TTTCGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133500                     : CACCTGGTATTT--CATT-TT--G-A--TGGA-CAATTTTTT--C-TT-CGATTT-TAC--A--GC-GTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTT
gi|133501                     : CACCTTGTATTT--CATT-T-----A-TTGGA-CAA-TTTT---C-TT-CGA-TT-TACCAG-GGCGTTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGACT-TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133502                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--A-A-ATGGA-AGA-TTTTT--C--T-CGA--T-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCA---A--TATTGGAC--GTAG--AAATT-TTTGTC
gi|133503                     : CACCTG--ATTTT-CATT-TTTTA-A-ATGGA-AGA-TTTTT--C-TTTCGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCATTTAT-TA-TGGACGTTTAG--AAA-T-TTTGTC
gi|133504                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C--T-CAA-TT-TAT--AGGGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA--GGAC--TTAGTTATA-T-TT
gi|133505                     : CACCTGGTATTTT-CATTATT--G-ATTTGGA-CAA-TTTTT--C-TTCCAA-TTCTAT--AGGGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA-T-GAC--TTAG--
gi|133506                     : CACCTTATATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CTA--GA--TA-CGGAC--TTAG--ACA-T-ATTGTC
gi|133507                     : CACTTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTAGA-CAA-TTTTT--C-TT-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TTTCCCCA--CT--TA-TGGAC--TTTG--TCA-C-TTT
gi|133508                     : CACTTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--CC---CCC--CACTTA-TGGAC--TTTG--TCA-C-TTT
gi|133509                     : CACCTGTTATTTT-CATT-TT--G-A-TCGGA-CAA-TTTTT--C-TT-ACA-TT-TAC--A-TGCTTTTT--TT---CCA--CA--TG-GAGGC--TTAG--ACA-T-ATTGTC
gi|133510                     : CACCTGGTATTTT-CAT------G-A-TTGAA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--CT---CCA--CT--TA-CAGAC--TTGG--TCA-TATTT
gi|133511                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-ATTTT--CTTT-TGT-TT-TGC--A-GGC-TTTT--CT---CCT--TT--TA-TGGAC--TTAG--TCG-T-TTT
gi|133512                     : CACCTGGTATTTT-GAAT-TC--A-G-GCGGG-CAG-TTTTTTTC-TT-CCA-TT--AC--A-GTC-TTTTGTTT---TCA--GA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133513                     : CACCTGGTATTCG-CACG-TT--G-A-ATGGA-C-C-CCCTC--C-CC-CAA-TT-TAC--A-GGCATTTT--TT---CCA--CT--TA-TGGACT-TTAG--TCA-T-TTT
gi|133514                     :    CTGGTATTTT-CATT-TT--A-T-TTGGAACGA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TTA--CAA--TA--TA-CGGAT--ATAG--A
gi|133515                     :    CTGGGAGTTTGCAAT-TT--G-G-TCGGA-CAA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TC--------CA--TA-AGGAC--TTAG---CA-T-TTTTTC
gi|133516                     :     TGGTTTTTC-CGAG-CT--G-A-TTGGA-CAT-TCTTT--C-TC-CAA-TT-TAT----GGC---TT--TT---CCA--CT--TA-TGGAC--TTAG--
gi|133517                     :         ATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC





Alignments
lowQualScore                  :              1   22  22 1 3     1   3     22 1  4   1  1   22 3   99   22  444   666666  1     55    44   1 1      
lowQualScore                  :              .   ..  .. . .     .   .     .. .  .   .  .   .. .   ..   ..  ...   ......  .     ..    ..   . .      
lowQualScore                  :              6   66  22 6 2     6   2     22 6  8   6  6   22 2   66   22  444   888888  6     66    66   9 9      
consensus                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
Reference ( family-717 )      : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133493                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CCA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133494                     : CACCTGGTATTTT-CAAT-TT--G-A-TCGGA-CAT-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGCTTTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133495                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--A-A-TTGGA-CGA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TC---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--AAA-T-TTTGTC
gi|133496                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAT--A-GGC--TTT--TT---CCA--CT--TA-TGGAC--TTAGTTATA-T-TT
gi|133497                     : CACCTGGTATTTT-CATG-TT--G-A-TTAGA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAT--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA-T
gi|133498                     : CACCTG--ATTTT-CATT-TT--G-ATTTGGA-CAA--TTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGCGGTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTCat
gi|133499                     : CACCTGGTATTT--CATT-TT--GGA-TTG-A-CAAATTTTT--C-TTTCGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133500                     : CACCTGGTATTT--CATT-TT--G-A--TGGA-CAATTTTTT--C-TT-CGATTT-TAC--A--GC-GTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTT
gi|133501                     : CACCTTGTATTT--CATT-T-----A-TTGGA-CAA-TTTT---C-TT-CGA-TT-TACCAG-GGCGTTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGACT-TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133502                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--A-A-ATGGA-AGA-TTTTT--C--T-CGA--T-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCA---A--TATTGGAC--GTAG--AAATT-TTTGTC
gi|133503                     : CACCTG--ATTTT-CATT-TTTTA-A-ATGGA-AGA-TTTTT--C-TTTCGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCATTTAT-TA-TGGACGTTTAG--AAA-T-TTTGTC
gi|133504                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C--T-CAA-TT-TAT--AGGGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA--GGAC--TTAGTTATA-T-TT
gi|133505                     : CACCTGGTATTTT-CATTATT--G-ATTTGGA-CAA-TTTTT--C-TTCCAA-TTCTAT--AGGGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA-T-GAC--TTAG--
gi|133506                     : CACCTTATATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CTA--GA--TA-CGGAC--TTAG--ACA-T-ATTGTC
gi|133507                     : CACTTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTAGA-CAA-TTTTT--C-TT-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TTTCCCCA--CT--TA-TGGAC--TTTG--TCA-C-TTT
gi|133508                     : CACTTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--CC---CCC--CACTTA-TGGAC--TTTG--TCA-C-TTT
gi|133509                     : CACCTGTTATTTT-CATT-TT--G-A-TCGGA-CAA-TTTTT--C-TT-ACA-TT-TAC--A-TGCTTTTT--TT---CCA--CA--TG-GAGGC--TTAG--ACA-T-ATTGTC
gi|133510                     : CACCTGGTATTTT-CAT------G-A-TTGAA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--CT---CCA--CT--TA-CAGAC--TTGG--TCA-TATTT
gi|133511                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-ATTTT--CTTT-TGT-TT-TGC--A-GGC-TTTT--CT---CCT--TT--TA-TGGAC--TTAG--TCG-T-TTT
gi|133512                     : CACCTGGTATTTT-GAAT-TC--A-G-GCGGG-CAG-TTTTTTTC-TT-CCA-TT--AC--A-GTC-TTTTGTTT---TCA--GA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133513                     : CACCTGGTATTCG-CACG-TT--G-A-ATGGA-C-C-CCCTC--C-CC-CAA-TT-TAC--A-GGCATTTT--TT---CCA--CT--TA-TGGACT-TTAG--TCA-T-TTT
gi|133514                     :    CTGGTATTTT-CATT-TT--A-T-TTGGAACGA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TTA--CAA--TA--TA-CGGAT--ATAG--A
gi|133515                     :    CTGGGAGTTTGCAAT-TT--G-G-TCGGA-CAA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TC--------CA--TA-AGGAC--TTAG---CA-T-TTTTTC
gi|133516                     :     TGGTTTTTC-CGAG-CT--G-A-TTGGA-CAT-TCTTT--C-TC-CAA-TT-TAT----GGC---TT--TT---CCA--CT--TA-TGGAC--TTAG--
gi|133517                     :         ATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC


blockSeqs                     :              G   TA  TT G T     A   A     TT T  T   T  C   CA G   TT   GT  TCC   TTTAT   T     GT    TT   T A
blockSeqs                     :              .   T   .  . T     .   T     .  .  T   .  .   .  G   GG   .   A     CACT    .     T     TT   . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  C   .  .   .  .   GT   .   .     CA      .     T     .    . .
blockSeqs                     :              .   A   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   TT   .   .     TA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   G   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   AT   .   .     CT      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   G    .   .     CT      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     TA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   G    .   .     TA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   G    .   .     TA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   G    .   .     TA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   G    .   .     CT      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   A   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     CT      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     GA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   A   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     CT      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   A   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     CA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     CT      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   A   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     TT      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     GA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   G   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     CT      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   G    .   .     TA      .     .     .    . .
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     CA      .     .     .       
blockSeqs                     :              .   G   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   T    .   .     CT      .     .     .       
blockSeqs                     :              .   T   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   .    .   .     TA      .     .     .       
blockSeqs                     :              .   .   .  . .     .   .     .  .  .   .  .   .  .   .    .   .     A       .                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
finalCons                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC





Alignments
lowQualScore                  :              1   22  22 1 3     1   3     22 1  4   1  1   22 3   99   22  444   666666  1     55    44   1 1      
lowQualScore                  :              .   ..  .. . .     .   .     .. .  .   .  .   .. .   ..   ..  ...   ......  .     ..    ..   . .      
lowQualScore                  :              6   66  22 6 2     6   2     22 6  8   6  6   22 2   66   22  444   888888  6     66    66   9 9      
consensus                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
Reference ( family-717 )      : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133493                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CCA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133494                     : CACCTGGTATTTT-CAAT-TT--G-A-TCGGA-CAT-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGCTTTTT--TT---CCA--CA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133495                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--A-A-TTGGA-CGA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TC---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--AAA-T-TTTGTC
gi|133496                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAT--A-GGC--TTT--TT---CCA--CT--TA-TGGAC--TTAGTTATA-T-TT
gi|133497                     : CACCTGGTATTTT-CATG-TT--G-A-TTAGA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAT--A-GGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA-T
gi|133498                     : CACCTG--ATTTT-CATT-TT--G-ATTTGGA-CAA--TTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGCGGTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTCat
gi|133499                     : CACCTGGTATTT--CATT-TT--GGA-TTG-A-CAAATTTTT--C-TTTCGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133500                     : CACCTGGTATTT--CATT-TT--G-A--TGGA-CAATTTTTT--C-TT-CGATTT-TAC--A--GC-GTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTT
gi|133501                     : CACCTTGTATTT--CATT-T-----A-TTGGA-CAA-TTTT---C-TT-CGA-TT-TACCAG-GGCGTTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGACT-TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133502                     : CACCTGGTATTTT-CATT-TT--A-A-ATGGA-AGA-TTTTT--C--T-CGA--T-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCA---A--TATTGGAC--GTAG--AAATT-TTTGTC
gi|133503                     : CACCTG--ATTTT-CATT-TTTTA-A-ATGGA-AGA-TTTTT--C-TTTCGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TT---CCATTTAT-TA-TGGACGTTTAG--AAA-T-TTTGTC
gi|133504                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C--T-CAA-TT-TAT--AGGGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA--GGAC--TTAGTTATA-T-TT
gi|133505                     : CACCTGGTATTTT-CATTATT--G-ATTTGGA-CAA-TTTTT--C-TTCCAA-TTCTAT--AGGGC-TTTT--TT---CCA--CT--TA-T-GAC--TTAG--
gi|133506                     : CACCTTATATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CTA--GA--TA-CGGAC--TTAG--ACA-T-ATTGTC
gi|133507                     : CACTTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTAGA-CAA-TTTTT--C-TT-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TTTCCCCA--CT--TA-TGGAC--TTTG--TCA-C-TTT
gi|133508                     : CACTTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--CC---CCC--CACTTA-TGGAC--TTTG--TCA-C-TTT
gi|133509                     : CACCTGTTATTTT-CATT-TT--G-A-TCGGA-CAA-TTTTT--C-TT-ACA-TT-TAC--A-TGCTTTTT--TT---CCA--CA--TG-GAGGC--TTAG--ACA-T-ATTGTC
gi|133510                     : CACCTGGTATTTT-CAT------G-A-TTGAA-CAA-TTTTT--C-TC-CAA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--CT---CCA--CT--TA-CAGAC--TTGG--TCA-TATTT
gi|133511                     : CACCTGGTATTTT-CATA-TT--G-A-TTGGA-CAA-ATTTT--CTTT-TGT-TT-TGC--A-GGC-TTTT--CT---CCT--TT--TA-TGGAC--TTAG--TCG-T-TTT
gi|133512                     : CACCTGGTATTTT-GAAT-TC--A-G-GCGGG-CAG-TTTTTTTC-TT-CCA-TT--AC--A-GTC-TTTTGTTT---TCA--GA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC
gi|133513                     : CACCTGGTATTCG-CACG-TT--G-A-ATGGA-C-C-CCCTC--C-CC-CAA-TT-TAC--A-GGCATTTT--TT---CCA--CT--TA-TGGACT-TTAG--TCA-T-TTT
gi|133514                     :    CTGGTATTTT-CATT-TT--A-T-TTGGAACGA-TTTTT--C-TT-CGA-TT-TAC--A-GGC-GTTT--TTA--CAA--TA--TA-CGGAT--ATAG--A
gi|133515                     :    CTGGGAGTTTGCAAT-TT--G-G-TCGGA-CAA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TC--------CA--TA-AGGAC--TTAG---CA-T-TTTTTC
gi|133516                     :     TGGTTTTTC-CGAG-CT--G-A-TTGGA-CAT-TCTTT--C-TC-CAA-TT-TAT----GGC---TT--TT---CCA--CT--TA-TGGAC--TTAG--
gi|133517                     :         ATTTT-CATT-TT--G-A-TTGGA-CAA-TTTTT--C-TT-TGA-TT-TAC--A-GGC-TTTT--TT---CCA--TA--TA-TGGAC--TTAG--ACA-T-TTTGTC