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Reference ( gi|124232 )       : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------AT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-TAGCCCGGAA-GGGATAGGG--A-GGGG---GA-CTC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCC---G-AGAGAGCAACAG-----CACCTGAAC----AGTTTC-C----TCAGTCAGCA
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Reference ( family-713 )      : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---G-ACGC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGNGCAGCAG-----CGCCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
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Alignments
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Reference ( family-713 )      : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---GACGC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGAGCAGCAG-----CGCCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
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Alignments
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Reference ( family-713 )      : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---GACGC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGAGCAGCAG-----CGCCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
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blockSeqs                     :       .  .     C   A  .  .          .  .   A  .          .  . TA  CT  . .  . . .          .          G     .       .         .    .          G .    A       TC            .         . G   
blockSeqs                     :       .  .     C   .  .  .          .  .   A  .          .  . .   .   . .  . . .          .          G     .       .         .    .          G .    A       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   A  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    C       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    C       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    A       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          G .    A       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          A .    A       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    A       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          T .    A       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          G .    C       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    C       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    C       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    G       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    G       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    C       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    C       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    A       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          C .    .       .             .         . .   
blockSeqs                     :       .  .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          . .    .       .             .         . .   
blockSeqs                     :          .     .   .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .          .     .       .         .    .          . .    .       .             .         . .   
blockSeqs                     :                    .  .  .          .  .   .  .          .  . .   .   . .  . . .          .                                                                                               
blockSeqs                     :                                                          .  . .   .   . .  . . .          .                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                       . .  . . .          .                                                                                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---GACGC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGAGCAGCAG-----CGCCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
finalCons                     : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---GACGC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGAGCAGCAG-----CGCCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA





Alignments
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lowQualScore                  :       .  .     .   .  .. .........  .  ... .  .....      .. . ..  ..  . .  . . .       .  .          ..    ...     ....      ...  ..         . ..   .       ..... .       ....      . ....          
lowQualScore                  :       9  8     5   5  44 000000000  7  000 0  33333      33 7 66  66  6 6  6 6 6       5  6          11    222     9999      222  55         2 55   4       00000 9       9999      8 7777          
consensus                     : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---GACGC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGAGCAGCAG-----CGCCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
Reference ( family-713 )      : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---GACGC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGAGCAGCAG-----CGCCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
gi|124232                     : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------AT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-TAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---GACTC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCGA--GAGAGCAACAG-----CACCTGAAC----AGTTTC-C----TCAGTCAGCA
gi|124233                     : ATCACT-GG-TAACT-ACT-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---AACGC----AGGGAT---CT--CTTTAGGTCGA--GAGAGCAACAG-----CACCTGAAC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
gi|124234                     : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCAAAA-GGGATCGGGAG-GGGG---GGCGC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCGA--AAGAGCAACAG-----CACCTGAAC----AGTTTC-C----TCAGTCAGCA
gi|124235                     : ATCACT-GG-TAACT-GCC-TT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-T-CTGCTCGGAA-GGGGTATAGA--GGGG---GACAC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCGA--GAGAGCAACAG-----CACCTGAAC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
gi|124236                     : ATCGCC-GG-TAACT-GCC-GT--A---------TT-AC---A-TC-----ACTACG--C-T--CA--GC-T-TG-C-C-CAACCCGGAA-GGGATAGGGA--GGGG---GACAC----AGGGAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGCGCAGCAG-----CACCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
gi|124237                     : ATCACC-GA-CAACT-GCC-CA--A---------GT-AC---A-TC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGGAA-AGGATAGGGA--GGGG---GACAC----AGGGAT---TT--TTGTAGACC---------CAGCAG-----CATCTGAGC----AGTTTC-C----TCGGGCAGCA
gi|124238                     : ATCATC-GG-CAGCT-GCC-CT--C---------GT-AC---A-TC-----ACTACC--T-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAACCCAGAA-GGGATATGGAG-GGGG---GACAC----AGGAAT---TT--CTTTAGGCCCA--GGGCGTAGCAG-----TAACCGAAC----TGTTTC-C----TCGGTCAGCA
gi|124239                     : ATCACT-GG-TAACT-GCCACTGGA---------GT-AC---A-CC-----ACTACG--C-T--CA--GCGCGTG-C-CGCAGCCCGAA----GATA-GGA--GGAG---GACGC----A-GGAT---TT--CTTTAGCCGCA--GAGAGCAACAGACAAACGGCTGAAC----AGTTTC-C----CTCGTCAGC
gi|124240                     : ATCACT-GG--AACT-GCCACT--ATGTACAAGTGT-AC---G-CC-----CTTACGACT-T--CA---C-C-TG-C-C-CAGTCTGAAA-GGGATGGGTG--GCGG---GACGC----AGATAT---TT--CTTT-GGCCGA--GAGAGCAACAG-----CACCTGAAC----AGTTTC-CG---TCGGTCAG
gi|124241                     : ATCACT-GG-TAA-T-GCC-CT--A---------GTCAC---AACC-----ACTCCG--CCT--CA--GC-C-TG-C-C-CATCCCGGAAAGGGAAGGGGA--GGGG---CCCGC----AGGGAT---TT--CGTTAGGCGAA--GAG-GCAACAATC---CACCTGA-C----AGTTTC-CCTTTTCGGTCAG
gi|124242                     : ATCACT-GG-TAACT-GCC-CT--A---------GT-AC---A-CC-----ACTGCG--C-T--CA--GC-C-T--C-C-CAGCCCGGAA-G---TAG-----AGGA---GAC-C----A-GGAT---TT--C-TTAGG-CCA--GGAAG-AACAG-----CAC--GAGCTTTGAGTTTCTC----TCGGTCAG
gi|124243                     : ATCACT-GGGTAACT-GCC-----A---------AG-AC-----CC-----AC-A------T--CA--GC---TG-C-C-CAGCCCGTAA-GGGATAGGGA----GG---GACGCAAGGAGGGATGGATT--CTTTAGGCCTATGAGAAGCAAC-G-----CACCTGAAC----AGTTCC-T----TCGGTCAACA
gi|124244                     : ATCACT-GG-AAACC-GGC-C-------------GT-AC---A-TC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAACCCGAAA---------------GA---GACGC----AGGAAT---TT--CTTCAGGCT---------CAGCAG-----CACATGAGC----AGTTTC-C----TCTGT-AGCA
gi|124245                     : ATCACT-GG-TAACTCGCC-CT--A---------GT-AC---AACC-----ACTAAG--C-T--CA--GC-C-T----C-TAGATAGAAA-AGGAT
gi|124246                     : ATCACT-GG-TAACTCGCC-CT--A---------GT-AC---AACC-----ACTAAG--C-T--CA--GC-C-T----C-TAGATAGAAA-AGGAT
gi|124247                     : ATCACT-GG-TAACTCGCC-CT--A---------GT-AC---AACC-----ACTAAG--C-T--CA--GC-C-T----C-TAGATAGAAA-AGGAT
gi|124248                     :  TCACT-GT-AAACT-GCC-CT--A---------GT-AA---A-GC-----ACTACG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAGCCCGCAA-GGGATAGGCA--AGGG---GACGC----AGGGAT---TT--CATTAGTACGA--GAGAGCAACAG-----CACCTGAAC----AGTTTC-C----TCGGTCAGCA
gi|124249                     :  TCACT-GG-CAACT-GCC-CT--G---------AT-AC---A-CC-----TCTATG--C-TTACA--GT-C-TG-C-C-CAACCCG-AA-GGGATAGGGA--GGAG---GACGC----TGGGAT---TT--CTTTAGGTCCA--GGGCGCAGCAG-----TGCCTGGGC----AGTTTT-C----TCGG
gi|124250                     :  TCACTCGG-CAACT-GCC-CT--G---------AT-AC---A-CC-----TCTATG--C-TTACA--GT-C-TGTC-C-CAACCCG--A-GGGATAGGGA--GGAG---GACGC----TGGGAT---TTATCTTTAGGTCCA--GGGCGCAGCAG-----TGCCTGGGC----AGTTTT-C----TCGG
gi|124251                     :  TCACC-GG-CAACT-GCC-CC--A---------AT-AC---A-CC-----TCTACG--C-T--CATAGT-C-TG-C-C-CAACTCAGAA-GGGATAGGG---GGAG---GACGC----AGGGAT---TT--GTTTAAGTCCA--GGGCGCAGCAG-----TGCCTGGGC----AGTTTT-C----TCGGGCAACA
gi|124252                     :  TCACC-GG-TGATT-GCC-CC--A---------GT-ACCTTA-CTGTGTTACTATG--C-T--CA--GA-C-TG-CTC-CAGCC-GGAA-GGGAT-GAGA--GGAGAATGACAC----AGGGAT---TT--CATTAGGCCCA--GGGGGCAACAG-----CACTTGAAC----AGTTTC-C----TTGGAGAGCA
gi|124253                     :         G-TAACT-GCC-CC--A---------GT-AC---C-TT-----GCAATG--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAACCTGGAA-GGGATGGAGATAGGGG---AATGC----AAGGAT---TT--CTTCAAGCCCA--GAAGACAGCAG-----CACCCGGGC----AAATTC-C----TCGGGCAGCA
gi|124254                     :                  CC-CT--A---------GT-AC---A-TC-----AATACA--C-T--CA--GC-C-TG-C-C-CAACCTGGAA-GGGATAAGGA--GGGG---G-TGC----AAATAT---TG--TTTTAGGCCCA--GGCCACAGTAG-----CGCCTGAGT----GGTTTC-C----TCCGGCAG
gi|124255                     :                                                     CTACG--C-T--CACTGT-C-TG-C-C-CAACCCGGAA-TGAATAGAGA--GGAG---GACGC----AGGGAT---TT--CTTTAGTTCCA--GGGCGCAGCAG-----TGCCTGGGC----AGTTTT-C----TCGGGCAAC
gi|124256                     :                                                                       -C-NG-C-C-CAACCCGGAA-GGGATGGGGG--AAAG---GACGC----AGGGAT---TT--TTTCAGACCCA--AGGAACAACAG-----CGCCCGAGC----AGTTTC-C----TCCGGCAACA