lowQualScore                  :                                                              1111111        111111                        777777777777777                                             11111111111                                                       44444444444444444   111111                             111111                                 11111111        111                  2222       11          22   1111               1111      111    111                              3333333333            111111111    2222    111               11                     1                
lowQualScore                  :        444    33   2  4  2      9   55555 22 2 2   2 4  33 2 0000000  333 4 000000 22      55  66666  888 555555555555555 2   33  33   444 66 5555 2 2 2 2  999   2   11111111111  2  2 7777   2   666 55  2 2   55 2 88888888   5555 2 66666666666666666   333333   4   33  444 2 2   666666  333333   666  444  2  7  33  444  55 2 44444444 33  2  000 2   5  2 33  444 1111 444   11  777 6   00   0000   44 44 3 555 1111   3  888    000   77    99 555     7 3 3 7 3 1111111111     3 999  888888888    2222 55 000 55 2 66 2     00 1    4444     2 2 2 5 2 2  2   2     
lowQualScore                  :        ...    ..   .  .  .      .   ..... .. . .   . .  .. . .......  ... . ...... ..      ..  .....  ... ............... .   ..  ..   ... .. .... . . . .  ...   .   ...........  .  . ....   .   ... ..  . .   .. . ........   .... . .................   ......   .   ..  ... . .   ......  ......   ...  ...  .  .  ..  ...  .. . ........ ..  .  ... .   .  . ..  ... .... ...   ..  ... .   ..   ....   .. .. . ... ....   .  ...    ...   ..    .. ...     . . . . . ..........     . ...  .........    .... .. ... .. . .. .     .. .    ....     . . . . . .  .   .     
lowQualScore                  :        777    44   4  7  4      4   33333 99 4 4   4 7  22 4 0000000  999 2 333333 99      00  55555  888 111111111111111 4   22  22   111 55 0000 4 4 4 4  777   4   22222222222  4  4 2222   4   555 66  4 4   66 4 55555555   0000 4 22222222222222222   444444   7   22  111 4 4   888888  555555   555  444  5  5  44  444  99 5 44444444 44  5  333 5   0  5 44  444 6666 444   11  333 7   55   4444   66 66 3 888 7777   3  888    444   99    22 888     3 6 6 4 6 4444444444     6 555  222222222    8888 00 555 00 9 88 9     77 4    8888     9 9 9 5 9 9  9   9     
consensus                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GC---A-------CGAT----C-TGT--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G--------GCT----T-G---G-GTA---T-----ACA-C----CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--AC---A-G--C---CCGC-GC---G-TTGT-GTA----AGT--G--T-G---T----TTA-TAA--ATCC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-AAT-C----------TACTT-A--AAT---------AAAAA---C--A--GT--A-C--A-AACTT--CAAAGT-A--AAAAC-C-T-GGT-C-AA-GTA-ATTTA
Reference ( gi|113781 )       : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GC---A-------C-------C-TGT--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G--------GCT----T-G---A-ATA---A-----ACA-T----CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--AC---A-C--C---CCGT-GC---G-TTGA-GTA----AGT--G--T-G---T----TTA-TAC--ATCC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-ACT-C----------TACTT-A--GAT---------AAAAC---C--A--AT--A-C--A-AACTT--CAAAGT-A--AAAAC-C-T-GCT-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113780                     : ATTTTAC---TTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--T-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GC---A-------TGCATGATC-TGT--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A--------GCT----T-G---G-GTA---T-----ACA-C----AAG-CTC--GG---G-C-GCA------TG------CAA---TT---AG-CTTGA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---T-ATA-TT-C--AC---A-G--A---CTGC-GT---G-TTGG-GTA----AGT--G--T-G---T----TTA-TAA--ATCC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-ACT-C----------TACTC-A--AAT---------AAAAA---C--A--GT--A-C--A-AACTT--CATAGT-A--AAAAC-C-T-GGT-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113782                     : ATTTTAC---CTGG--TTTGAT-GT-CGAAC--CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-GG-----C--CGATCA--TA--A---C---A-------TGAT----C-TGT--CA--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G--------GCT----T-G---G-GTA---T-----ACA-C----CTG-CTC--GG---G-C-ACA------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-T--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--AC---AGG--A---CCGC-AC---G-TTG--GTA----AGT--G--T-G---T----TTA-TA---ATCC---ACG--CAAC--A---AACTCTA-T-ACT-C----------TACTT-A--AAT---------AAAAA---C--A--CT--A-C--A-AACTT--CAAAGT-A--AAAAC-C-T-GGT-C-AA-GTA-ATTTAaaaatt
gi|113783                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GTGCGAACT-CAG-G---AC-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TTG------C--CGAACA--TAT-A--GC---A-------TTGACT--C-TGT--CG--AG----A--C----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T--TA--C-T--------GTT----T-G---G-GTA---T-----ACA-C----CTGCCTC--GG---G-C-GCG------TG------TAA---TT---TG-CTGGA--CC---TT--A-C--------GTTTA-AAAC-C-ATA-TT-C--AC---AGC--C---CGGC-GC---G-TTGGTGTA----AGT--G--T-G---TGGTATTA-AAT--TCCC---ACG--CTAC--A---AA-TC-A-TGAAT-C----------TACTT-A--AATA--------AAAAA---C--A--GT--A-C--A-AACTC--CAAGTT-A--AAAAC-C---GTC-A-AA-GTACATTTacaaatta
gi|113784                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TATAA--GC---A-------TGAT----C-TGT--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G--------GCT----T-G---G-GTA---T-----ACA-C----CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--G-C--------G--TA-TA---C-GTA-TT-C--AC---A-G--C---CCGtaaaaat
gi|113786                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-AATTT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--AC-GC---A-------TGAT----C-TGT--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TA-AG-AGTT-ATT-AATG--T--GA-T-ATA--C-A--------GCT----T-G---G-GTATACATGT--ACA-T----CTG-TTC--AG---G-T-GCG------TGTAATTGCAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--AC---A-G--C---CCGC-GC---c
gi|113785                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--C--GCATGA-------T-------C-TGT--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TA-AG-A-----TT-AAT---T--GA-T-ATA--C----------ACT----T-G---G-GTAT--ACATGTACA-T----CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--AC---A-G--C---CCGC-GC---
gi|113787                     : ATTTTAC---CTGG--TT--AT-GT--GAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA-----GC---A-------TGAT----C-TGT--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CTT--AAT-CGA-----------TA-AG-A----GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A--------GCT----T-G---G-GTATACATT---ACA-T----CTG-TTC--AG---G-T-GCG------TGTAATTGCAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A----A-G--C---CCGC-GC---
gi|113788                     : ATTTTACATGCTGG--TTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CT-ACA-TTT-T-CC--G-GGTTGTTCTC---C-G------C--CGAACAG-TA--A--GC---A-------TGATT---C-TGTATCG--TGTCCCA--GGGACC-T-CAT-CG---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-CATATGTA-GA-T-ATA--C-G--------GTT----T-GTTCG-GTA---TT----ACA-C----CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TTTAGAG-CT-GA--CC---TT--G-CCCAT----C--TA-AACACC-ATA-TT-CCAAC---A-A--C---CCGCGGC---GTTTGT-GAA----GGTTCG--T-G---T----TTA-TCCAAATCC---ACGTACTACCTA---AACTC-ATT-AAT-CGATCAA----TA-TT-A--ATT---------AAAAT---CAGA--GT--A-CAAA-AACTTCGCACAGT-A--AAAACGC-T-G-T-C-TA-GTA-ATTTA
gi|113790                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--acaatt
gi|113789                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--
gi|113791                     :  TTTTAC---GTGT--TTA-AT-GT-CGAACTTCAG-A---CT------TT-T-CCAAG-T-------TC---T-G------TGGCGAA-A--TA--A--GC---A-------TGA-----T-TGT--TG--AGT---A--G----C-T-C-TTCT---AAT-CGA-----------TG--G-A--A-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G--------G-T----T-G---G-GTG---T-----ACA-C----CTG-CTC--GG-----C-GGA------TG------CA----TT---AG-CTTGA--C----TT--A----------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--ACTAGA-A--C---GCAA-GC---G-TTG--GTA----AGT--G--T-G---TAT--TTAATAA--ATCC---ACG--CAAC--A---AACTC-A-T-GAT-C----------T-CTT-A--AAT---------AAAAA---C--A--GT--A-C--A-ATCTT--CAAAGT-A--ATAAC-C-TGGTT-C-AA-GTA-ATTTAcctggcctactcaagt
gi|113792                     :  TTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--acaatta
gi|113793                     :   TTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------A--CGAACA--TA--A--GC---A-------CGAT----C-TGT--CG--AGT---A--G----C-TCC-T-CTTA-AAT-CGA-----------TG-AG-AC-C-GTT-AAT---T---A-T-ATA--C-G--------GCT----TGG---A-GTA---AT----ACACC----CTG--TC--GG---G-C-GCG------TG------CAATAGTT---AGTCT-GA--CC---TT--A-C--------G--T--AA---C-ATATTT-C--AC---A-G--C---CCGC-GC---G-TAGT-GTAATAGAGT--G--T-G---T----TTA-TAA--ATCC---ACG--CTA---A---AACTC-A-T-AAT-C----------TACTT-T--AAT---------AAAA----C--AGTAT--A-C--A-AACTT--CCAAGT----CAAAC-C-T-GGT-CTAA-GTA-ATTTAcctggcctactcaagt
gi|113794                     :   TTTAC---CTGGGGTTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CTGA-A-TTTGTGCC--GTG-------TCGGCT-GG-----C--CGAACA--TG--AAGGC---ATGCCCTGC-------CGTGT--CG--AGT------G----C-T-C-T-CT---AGTGCGA-----------TG-AG-A--T-GTT-AAT---T--GACT-ATA--C-G--------GTTCTCGT-G---T-ATT---T-----ACA-C----CTT-CTC--GG---G-CCGCC------GG------CAA---TT---AG-CT-GAAGCC---TTTTA-C--------G--TAGAA---C-ATAGTT-C--A----A-C--TAGTCCGC-GC---GGTTGG-GTAT---AGT--G--T-G---T----TTA-TAA--ATCTCG-ACG--CTAC--AGAGAACTCGA-T-AAT-C----------TACTT-AGGGATAGAAAAAAAAAAACATAC--A--GT--A-C--GTCACTT--CCAAGT-AATAAAGC-CGT-GGTCC-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113795                     :        ---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC-----G------C--CGAACA--TA--A--GC---A-------CGAT----C-TGT--CGTGAGT---ATAG----CAT-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--CCGTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G--------GCT----T-G---G-GTA---T-----ACA-C----CTG-CTC--GG---G-C-GCG------T-------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TTT-A-C--------G--TA-AAA--C-ATA-TT-C--AC---A-G--C---CCGC-GC---G-TAGT-GCA----AGT--G--T-G---T----TTA-TAA--ATCC---ACG--CTACAAA---AACTC-A-T-AAT-C----------TACTT-T--AAT---------AAAAA---C--A--GT--A-CT-A-AACGT--CCAAGTAA--AAAAC-C-T-GGT-C-AA-GT--ATTTAatcaatta
gi|113796                     :            TGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-AGACCT-A-A-TTT-CGCC--G-G-------TC---T-GGGGGTGC--CGA-CA--TA--A--GC---ATGAT---C-------C-TGT--CG--AGT---AAAG----C-T-C-T-CT---AAT-TGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT------GA-T-ACATTC-G---------TT----T-GGTTA-ATGC--A-----ACG------CTG-CTC--GG---GGC-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-CGTAACATGG--TA-AA---C-ATA-TTCC--AC---AGC--C---CCGT--C---G-TTGT-GTA----AAT--GCAT-GTGTT----TTA-TAG--ATCC---ACA--CTAC--A---AAC-C-A-T-ATTACTATAGGATCGTACTTAA--AAT---------AAAAA---C--G--GTAAA-G--A-AACTT--C-CAGT-A--AAAAC-C-T-GGT-C-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113797                     :                   T-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-GG------TC---TTG------C--CGAACA--TA--A--GC---A-------TGAT----C-TGT--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATAT-C-G--------GTT----T-G---G-GTA---T-----ACA-C----CTT-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------A--TA-AA---CTATA-TT-C--AC---A-TGGT---CCGC-GCC--G-TTGT-GTA----AGT--G--T-G---T----TTA-TAA--ATCC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-AAA-C----------TACTT-A--AAT---------AAAAA---C--A--GT--ATC--A-CACTT--CCAAGT----AAAAC-C-T-GGT-C-AA-GT--ATTTAaacaagtta
gi|113798                     :                                                                      C---T-G------T--CGAACACATA--A--GCTCGAT------C-------C-TGT--CG--TGT---A--G----C-T-C-T-CCTAAAAT-CGA-----------TGCAGAA--C-GTTAAAT---T--GA-TAATA--TAG--------GCT----T-G---G-CTAT--T-----ACA-A----CTGCCTC--GG---G-T-GAG------TA------CAA---acaatta
gi|113799                     :                                                                           -G------C--CGAACA--TA--A--GC---A-------TGAT----C-TGT--TG--GGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGACTATAAGAGTTTT-AG-A--C-TTT-AAT---TTTGA-T-ATA--C-GTGTAACGAATT----T-G---ATATC---A-----ACG-CACTGCTG-CTCCCGGCCCA-C-TCG------TG------TAAA--TT---AG-CT-GA--TCATATT--AAC--------G--TA-AA---C--TA-TT-A--CC---AGC--C---CCGCAGCCAGG-TTGT-GTA----AGT--G--TGG---T----TTA-TAA--ATCCCAGACGT-CTAC--A---
gi|113800                     :                                                                                                                           -TGT--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AC-A--C-GTT-GAT---T--GA-T-ACA--C-G--------GCT----T-G---G-GTA---T-----ACT-C----CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--C-C--------G--TA-AA---C-ATA-AT-C--AC---A-G--C---CCGC-GT---G-TTGG-GTA----AGT--G--T-G---T----TTA-TAA--ATCC---ACG--CCAC--G---AACGC-A-T-ACT-CTA--------TATTT-A--AAT---------AAAA----C--A--GT--A-T--G-AACCT--CAAAGT-A--AAAAC-T-T-GGT-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113802                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -C--A-AACTT--CAAAGT-A--AAAAC-A-T-GGT-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113803                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -C--A-AACTTTTCAAAGT-A--AAAAC-A-T-GGT-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113804                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -C--A-AACTTT-CAAAGT-A--AAAAC-A-T-GGT-C-AAGGCA-ATTTAacaatta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|113801 ): AGTACAAATTTCAAATGTAAAAACAGGTCAAGTCATTTAACAATTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                     11111111111                                                            11111111111     111111                     111111                                         11111111                                                                                                                         1111111111               1111111111                                                                              
lowQualScore                  :        444    33   2  4  2      8   44444  2 2 2   2 4  33 2 9999999  333 6 777777 22      44  55555   44 5555 2 2 4  55555 33  33   333 66 4444 2 2 2 2  999   2   00000000000  2  2 6666   2   666 55  2 2   55 2 4444 33 333   333 2  2 88888888888   4 111111   4   33  333 2 2   222222  666666   666  444  2  7  33  444  55 2 33333333 33  2  999 2   4  2 33 33 2 55    4  77 2 666 6  3 6   9999   44 44 3 555 77   6 44    44  999   77    88 555     6 3 3 4444444444   77   88888  7777777777    3    44    44 44 2 55  777777    99 0  2  2 33     2 2   2 2 5  2   2     
lowQualScore                  :        ...    ..   .  .  .      .   .....  . . .   . .  .. . .......  ... . ...... ..      ..  .....   .. .... . . .  ..... ..  ..   ... .. .... . . . .  ...   .   ...........  .  . ....   .   ... ..  . .   .. . .... .. ...   ... .  . ...........   . ......   .   ..  ... . .   ......  ......   ...  ...  .  .  ..  ...  .. . ........ ..  .  ... .   .  . .. .. . ..    .  .. . ... .  . .   ....   .. .. . ... ..   . ..    ..  ...   ..    .. ...     . . . ..........   ..   .....  ..........    .    ..    .. .. . ..  ......    .. .  .  . ..     . .   . . .  .   .     
lowQualScore                  :        444    22   2  4  2      9   55555  2 2 2   2 4  11 2 4444444  777 0 888888 88      88  66666   66 0000 4 4 4  66666 11  11   999 11 7777 2 2 2 2  222   2   66666666666  2  2 2222   2   111 33  2 2   33 2 7777 11 999   999 2  2 88888888888   4 777777   4   11  999 2 2   888888  444444   111  111  4  1  22  111  66 4 55555555 22  4  777 4   7  4 22 22 4 66    7  99 5 999 2  1 1   6666   22 22 1 444 33   2 22    22  666   33    55 444     7 3 3 6666666666   99   33333  9999999999    3    66    22 22 5 99  222222    44 1  5  5 44     5 5   5 5 0  5   5     
consensus                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
Reference ( family-712 )      : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113780                     : ATTTTAC---TTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--T-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-GCATGA-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------AAG-CTC--GG---G-C-GCA------TG------CAA---TT---AG-CTTGA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---T-ATA-TT-C--A--C-A--GACT-GC--G-T---G-TT-GGGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------CTC--TAC-----TC----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CATA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113781                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAC----------C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---A-AT-A------A----ACA-T------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--CCCC-GT--G-C---G-TT-GAGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--ACAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------CTC--TAC-----TT----------AGAT-AAAA--CCAA--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGC-T-C-AA-GTA-ATTTAaaaatt
gi|113782                     : ATTTTAC---CTGG--TTTGAT-GT-CGAAC--CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TGG------C--CGATCA--TA--A---CAT-G----A-T-C-TG-----T--CA--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-ACA------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-T--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-AG-GACC-GC--A-C---G-TT-G-GTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T---AAT--CC---ACG--CAAC--A---AACTCTA-T-A----------CTC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAC--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113783                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GTGCGAACT-CAG-G---AC-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TTG------C--CGAACA--TAT-A--GCATTG----ACT-C-TG-----T--CG--AG----A--C----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T--TA--C-T----G--T---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTGCCTC--GG---G-C-GCG------TG------TAA---TT---TG-CTGGA--CC---TT--A-C--------GTTTA-AAAC-C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCCGGC--G-C---G-TTGGTGTA----AGT--G--T-G---TG-GTATT--AAATTCCC---ACG--CTAC--A---AA-TC-A-TGA----------ATC--TAC-----TT----------AAATAAAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTC--CAAG-TT-A--AAAAC-C---G-T-CAAA-GTACATTTacaaatta
gi|113784                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TATAA--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--G-C--------G--TA-TA---C-GTA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--taaaaat
gi|113785                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--C--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TA-AG-A-----TT-AAT---T--GA-T-ATA--C------A--C---TTG---G-GT-ATACATGT----ACA-T------CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---
gi|113786                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-AATTT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--AC-GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TA-AG-AGTT-ATT-AATG--T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-TGTACATCTG-TTC--AG---G-T-GCG------TGTAATTGCAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---
gi|113787                     : ATTTTAC---CTGG--TT--AT-GT--GAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA-----GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CTT--AAT-CGA-----------TA-AG-A----GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-ATACAT-T----ACA-T------CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A----A--GCCC-GC--G-C---
gi|113788                     : ATTTTACATGCTGG--TTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CT-ACA-TTT-T-CC--G-GGTTGTTCTC---C-G------C--CGAACAG-TA--A--GCAT-G----A-TTC-TG-----TATCG--TGTCCCA--GGGACC-T-CAT-CG---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-CATATGTA-GA-T-ATA--C-G----G--T---TTGTTCG-GT-A------TT---ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TTTAGAG-CT-GA--CC---TT--G-CCCAT----C--TA-AACACC-ATA-TT-CCAA--C-A--ACCC-GCG-G-C---GTTT-GTGAA----GGTTCG--T-G---T--TTA-TCCAAAT--CC---ACGTACTACCTA---AACTC-ATT-A----------ATC--GATCAATATT----------AATT-AAAATCAGAG--T--A-CAAAA------ACTTCGCACA-GT-A--AAAACGC-T-G-T-C-TA-GTA-ATTTA
gi|113789                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--acaatt
gi|113790                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--cctggcctactcaagt
gi|113791                     :  TTTTAC---GTGT--TTA-AT-GT-CGAACTTCAG-A---CT------TT-T-CCAAG-T-------TC---T-G------TGGCGAA-A--TA--A--GCAT-G----A-T---TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-TTCT---AAT-CGA-----------TG--G-A--A-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G------TTG---G-GT-G------T----ACA-C------CTG-CTC--GG-----C-GGA------TG------CA----TT---AG-CTTGA--C----TT--A----------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--CTA--GAAC-GCAAG-C---G-TT-G-GTA----AGT--G--T-G---TATTTAAT--AAAT--CC---ACG--CAAC--A---AACTC-A-T-G----------ATC--T-C-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------TCTT--CAAA-GT-A--ATAAC-C-TGGTT-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113792                     :  TTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--acaatta
gi|113793                     :   TTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------A--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-TCC-T-CTTA-AAT-CGA-----------TG-AG-AC-C-GTT-AAT---T---A-T-ATA--C-G----G--C---TTG---GAGTAA------T----ACACC------CTG--TC--GG---G-C-GCG------TG------CAATAGTT---AGTCT-GA--CC---TT--A-C--------G--T--AA---C-ATATTT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TA-GTGTAATAGAGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTA---A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------TAAT--AAA--ACAGTAT--A-C--AA------ACTT--CCAA-GT----CAAAC-C-TGG-T-CTAA-GTA-ATTTAcctggcctactcaagt
gi|113794                     :   TTTAC---CTGGGGTTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CTGA-A-TTTGTGCC--GTG-------TCGGCT-GG-----C--CGAACA--TG--AAGGCAT-G----C-C-C-TGCCGTGT--CG--AGT------G----C-T-C-T-CT---AGTGCGA-----------TG-AG-A--T-GTT-AAT---T--GACT-ATA--C-G----GTTC---TCG---T-GT-A------TTT--ACA-C------CTT-CTC--GG---G-CCGCC------GG------CAA---TT---AG-CT-GAAGCC---TTTTA-C--------G--TAGAA---C-ATAGTT-C--AACT-A--GTCC-GC--G-C---GGTT-GGGTAT---AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CTCG-ACG--CTAC--AGAGAACTCGA-T-A----------ATC--TAC-----TTAGGGATAGAAAAAA-AAAA--ACA---T--A-C--AGTACGTCACTT--CCAA-GT-AATAAAGC-CGTGG-TCC-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113795                     :        ---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC-----G------C--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CGTGAGT---ATAG----CAT-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--CCGTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------T-------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TTT-A-C--------G--TA-AAA--C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TA-GTGCA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTACAAA---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------TAAT-AAAA--ACAG--T--A-CT-AA------ACGT--CCAA-GTAA--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GT--ATTTAatcaatta
gi|113796                     :            TGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-AGACCT-A-A-TTT-CGCC--G-G-------TC---T-GGGGGTGC--CGA-CA--TA--A--GCAT-G----A-T-CCTG-----T--CG--AGT---AAAG----C-T-C-T-CT---AAT-TGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT------GA-T-ACATTC-G-------T---TTG---G-TT-AA-----T----GCAACG-----CTG-CTC--GG---GGC-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-CGTAACATGG--TA-AA---C-ATA-TTCC--A--C-A--GCCC--C--GTC---G-TT-GTGTA----AAT--GCAT-GTGTT--TTA-T--AGAT--CC---ACA--CTAC--A---AAC-C-A-T-ATTACTATAGGATCG-TAC-----TTA---------AAAT-AAAA--ACGG--TAAA-G--AA------ACTT--C-CA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113797                     :                   T-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-GG------TC---TTG------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATAT-C-G----G--T---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTT-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------A--TA-AA---CTATA-TT-C--A--C-ATGGTCC-GC--G-CC--G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------AAC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--ATC--AC------ACTT--CCAA-GT----AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GT--ATTTAaacaagtta
gi|113798                     :                                                                      C---T-G------T--CGAACACATA--A--GCTC-G----A-T-CCTG-----T--CG--TGT---A--G----C-T-C-T-CCTAAAAT-CGA-----------TGCAGAA--C-GTTAAAT---T--GA-TAATA--TAG----G--C---TTG---G-CT-AT-----T----ACA-A------CTGCCTC--GG---G-T-GAG------TA------CAA---acaatta
gi|113799                     :                                                                           -G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--GGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGACTATAAGAGTTTT-AG-A--C-TTT-AAT---TTTGA-T-ATA--C-GTGTAA--CGAATTT---G-AT-A------TCAACGCA-CTG----CTG-CTCCCGGCCCA-C-TCG------TG------TAAA--TT---AG-CT-GA--TCATATT--AAC--------G--TA-AA---C--TA-TT-A--C--C-A--GCCCCGCA-G-CCAGG-TT-GTGTA----AGT--G--TGG---T--TTA-T--AAAT--CCCAGACGT-CTAC--A---
gi|113800                     :                                                                                                                    -TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-CT---AAT-CGA-----------TG-AC-A--C-GTT-GAT---T--GA-T-ACA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACT-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--C-C--------G--TA-AA---C-ATA-AT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-T---G-TT-GGGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CCAC--G---AACGC-A-T-A----------CTCTATAT-----TT----------AAAT--AAA--ACAG--T--A-T--GA------ACCT--CAAA-GT-A--AAAAC-T-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113801                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AG--T--A-C--AA------ATTT--CAAATGT-A--AAAAC-A--GG-T-C-AA-GTC-ATTTAacaatta
gi|113802                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113803                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -C--AA------ACTTTTCAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113804                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -C--AA------ACTTT-CAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AAGGCA-ATTTAacaatta





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                      11111111111                                                            11111111111     111111                     111111                                         11111111                                                                                                                         1111111111               1111111111                                                                              
lowQualScore                  :        444    33   2  4  2      8   44444  2 2 2   2 4  33 2 9999999  333 6 777777 22      44  99999    2 4444 2 2 4  99999 22  22   333 66 4444 2 2 2 2 2 666   2   00000000000  2  2 6666   2   666 55  2 2   55 2 4444 33 333   333 2  2 88888888888   4 111111   4   33  333 2 2   222222  666666   666  444  2  7  33  444  55 2 33333333 33  2  999 2   4  2 33 33 2 55    4  77 2 666 6  3 6   9999   44 44 3 555 77   6 44    44  999   77    88 555     6 3 3 4444444444   77   88888  7777777777    3    44    44 44 2 55  777777    99 0  2  2 33     2 2   2 2 5  2   2     
lowQualScore                  :        ...    ..   .  .  .      .   .....  . . .   . .  .. . .......  ... . ...... ..      ..  .....    . .... . . .  ..... ..  ..   ... .. .... . . . . . ...   .   ...........  .  . ....   .   ... ..  . .   .. . .... .. ...   ... .  . ...........   . ......   .   ..  ... . .   ......  ......   ...  ...  .  .  ..  ...  .. . ........ ..  .  ... .   .  . .. .. . ..    .  .. . ... .  . .   ....   .. .. . ... ..   . ..    ..  ...   ..    .. ...     . . . ..........   ..   .....  ..........    .    ..    .. .. . ..  ......    .. .  .  . ..     . .   . . .  .   .     
lowQualScore                  :        444    22   2  4  2      9   55555  2 2 2   2 4  11 2 4444444  777 0 888888 88      88  88888    1 5555 1 1 0  00000 88  88   555 11 7777 2 2 2 2 2 999   2   66666666666  2  2 2222   2   111 33  2 2   33 2 7777 11 999   999 2  2 88888888888   4 777777   4   11  999 2 2   888888  444444   111  111  4  1  22  111  66 4 55555555 22  4  777 4   7  4 22 22 4 66    7  99 5 999 2  1 1   6666   22 22 1 444 33   2 22    22  666   33    55 444     7 3 3 6666666666   99   33333  9999999999    3    66    22 22 5 99  222222    44 1  5  5 44     5 5   5 5 0  5   5     
consensus                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
Reference ( family-712 )      : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113780                     : ATTTTAC---TTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--T-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-GCATGA-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------AAG-CTC--GG---G-C-GCA------TG------CAA---TT---AG-CTTGA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---T-ATA-TT-C--A--C-A--GACT-GC--G-T---G-TT-GGGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------CTC--TAC-----TC----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CATA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113781                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAC----------C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---A-AT-A------A----ACA-T------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--CCCC-GT--G-C---G-TT-GAGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--ACAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------CTC--TAC-----TT----------AGAT-AAAA--CCAA--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGC-T-C-AA-GTA-ATTTAaaaatt
gi|113782                     : ATTTTAC---CTGG--TTTGAT-GT-CGAAC--CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TGG------C--CGATCA--TA--A---CAT-G----A-T-C-TG-----T--CA--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-ACA------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-T--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-AG-GACC-GC--A-C---G-TT-G-GTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T---AAT--CC---ACG--CAAC--A---AACTCTA-T-A----------CTC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAC--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113783                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GTGCGAACT-CAG-G---AC-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TTG------C--CGAACA--TAT-A--GCATTG----ACT-C-TG-----T--CG--AG----A--C----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T--TA--C-T----G--T---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTGCCTC--GG---G-C-GCG------TG------TAA---TT---TG-CTGGA--CC---TT--A-C--------GTTTA-AAAC-C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCCGGC--G-C---G-TTGGTGTA----AGT--G--T-G---TG-GTATT--AAATTCCC---ACG--CTAC--A---AA-TC-A-TGA----------ATC--TAC-----TT----------AAATAAAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTC--CAAG-TT-A--AAAAC-C---G-T-CAAA-GTACATTTacaaatta
gi|113784                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TATAA--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--G-C--------G--TA-TA---C-GTA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--taaaaat
gi|113785                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--C--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TA-AG-A-----TT-AAT---T--GA-T-ATA--C------A--C---TTG---G-GT-ATACATGT----ACA-T------CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---
gi|113786                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-AATTT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--AC-GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TA-AG-AGTT-ATT-AATG--T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-TGTACATCTG-TTC--AG---G-T-GCG------TGTAATTGCAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---
gi|113787                     : ATTTTAC---CTGG--TT--AT-GT--GAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA-----GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CTT---AAT-CGA-----------TA-AG-A----GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-ATACAT-T----ACA-T------CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A----A--GCCC-GC--G-C---
gi|113788                     : ATTTTACATGCTGG--TTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CT-ACA-TTT-T-CC--G-GGTTGTTCTC---C-G------C--CGAACAG-TA--A--GCAT-G----A-TTC-TG-----TATCG--TGTCCCA--GGGACC-T-CAT-C-G---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-CATATGTA-GA-T-ATA--C-G----G--T---TTGTTCG-GT-A------TT---ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TTTAGAG-CT-GA--CC---TT--G-CCCAT----C--TA-AACACC-ATA-TT-CCAA--C-A--ACCC-GCG-G-C---GTTT-GTGAA----GGTTCG--T-G---T--TTA-TCCAAAT--CC---ACGTACTACCTA---AACTC-ATT-A----------ATC--GATCAATATT----------AATT-AAAATCAGAG--T--A-CAAAA------ACTTCGCACA-GT-A--AAAACGC-T-G-T-C-TA-GTA-ATTTA
gi|113789                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA------CCT-G----G-C-C-TAC----T--CA--AGT---acaatt
gi|113790                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--
gi|113791                     :  TTTTAC---GTGT--TTA-AT-GT-CGAACTTCAG-A---CT------TT-T-CCAAG-T-------TC---T-G------TGGCGAA-A--TA--A--GCAT-G----A-T---TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-TTC-T---AAT-CGA-----------TG--G-A--A-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G------TTG---G-GT-G------T----ACA-C------CTG-CTC--GG-----C-GGA------TG------CA----TT---AG-CTTGA--C----TT--A----------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--CTA--GAAC-GCAAG-C---G-TT-G-GTA----AGT--G--T-G---TATTTAAT--AAAT--CC---ACG--CAAC--A---AACTC-A-T-G----------ATC--T-C-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------TCTT--CAAA-GT-A--ATAAC-C-TGGTT-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113792                     :  TTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA------CCT-G----G-C-C-TAC----T--CA--AGT---acaatta
gi|113793                     :   TTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------A--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-TCC-T-C-TTA-AAT-CGA-----------TG-AG-AC-C-GTT-AAT---T---A-T-ATA--C-G----G--C---TTG---GAGTAA------T----ACACC------CTG--TC--GG---G-C-GCG------TG------CAATAGTT---AGTCT-GA--CC---TT--A-C--------G--T--AA---C-ATATTT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TA-GTGTAATAGAGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTA---A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------TAAT--AAA--ACAGTAT--A-C--AA------ACTT--CCAA-GT----CAAAC-C-TGG-T-CTAA-GTA-ATTTA
gi|113794                     :   TTTAC---CTGGGGTTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CTGA-A-TTTGTGCC--GTG-------TCGGCT-GG-----C--CGAACA--TG--AAGGCAT-G----C-C-C-TGCCGTGT--CG--AGT------G----C-T-C-T-C-T---AGTGCGA-----------TG-AG-A--T-GTT-AAT---T--GACT-ATA--C-G----GTTC---TCG---T-GT-A------TTT--ACA-C------CTT-CTC--GG---G-CCGCC------GG------CAA---TT---AG-CT-GAAGCC---TTTTA-C--------G--TAGAA---C-ATAGTT-C--AACT-A--GTCC-GC--G-C---GGTT-GGGTAT---AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CTCG-ACG--CTAC--AGAGAACTCGA-T-A----------ATC--TAC-----TTAGGGATAGAAAAAA-AAAA--ACA---T--A-C--AGTACGTCACTT--CCAA-GT-AATAAAGC-CGTGG-TCC-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113795                     :        ---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC-----G------C--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CGTGAGT---ATAG----CAT-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--CCGTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------T-------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TTT-A-C--------G--TA-AAA--C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TA-GTGCA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTACAAA---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------TAAT-AAAA--ACAG--T--A-CT-AA------ACGT--CCAA-GTAA--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GT--ATTTAatcaatta
gi|113796                     :            TGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-AGACCT-A-A-TTT-CGCC--G-G-------TC---T-GGGGGTGC--CGA-CA--TA--A--GCAT-G----A-T-CCTG-----T--CG--AGT---AAAG----C-T-C-T-C-T---AAT-TGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT------GA-T-ACATTC-G-------T---TTG---G-TT-AA-----T----GCAACG-----CTG-CTC--GG---GGC-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-CGTAACATGG--TA-AA---C-ATA-TTCC--A--C-A--GCCC--C--GTC---G-TT-GTGTA----AAT--GCAT-GTGTT--TTA-T--AGAT--CC---ACA--CTAC--A---AAC-C-A-T-ATTACTATAGGATCG-TAC-----TTA---------AAAT-AAAA--ACGG--TAAA-G--AA------ACTT--C-CA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113797                     :                   T-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-GG------TC---TTG------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATAT-C-G----G--T---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTT-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------A--TA-AA---CTATA-TT-C--A--C-ATGGTCC-GC--G-CC--G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------AAC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--ATC--AC------ACTT--CCAA-GT----AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GT--ATTTAaacaagtta
gi|113798                     :                                                                      C---T-G------T--CGAACACATA--A--GCTC-G----A-T-CCTG-----T--CG--TGT---A--G----C-T-C-T-C-CTAAAAT-CGA-----------TGCAGAA--C-GTTAAAT---T--GA-TAATA--TAG----G--C---TTG---G-CT-AT-----T----ACA-A------CTGCCTC--GG---G-T-GAG------TA------CAA---acaatta
gi|113799                     :                                                                           -G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--GGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGACTATAAGAGTTTT-AG-A--C-TTT-AAT---TTTGA-T-ATA--C-GTGTAA--CGAATTT---G-AT-A------TCAACGCA-CTG----CTG-CTCCCGGCCCA-C-TCG------TG------TAAA--TT---AG-CT-GA--TCATATT--AAC--------G--TA-AA---C--TA-TT-A--C--C-A--GCCCCGCA-G-CCAGG-TT-GTGTA----AGT--G--TGG---T--TTA-T--AAAT--CCCAGACGT-CTAC--A---
gi|113800                     :                                                                                                                    -TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AC-A--C-GTT-GAT---T--GA-T-ACA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACT-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--C-C--------G--TA-AA---C-ATA-AT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-T---G-TT-GGGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CCAC--G---AACGC-A-T-A----------CTCTATAT-----TT----------AAAT--AAA--ACAG--T--A-T--GA------ACCT--CAAA-GT-A--AAAAC-T-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113801                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AG--T--A-C--AA------ATTT--CAAATGT-A--AAAAC-A--GG-T-C-AA-GTC-ATTTAacaatta
gi|113802                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113803                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTTTTCAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113804                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTTT-CAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AAGGCA-ATTTAacaatta





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                      11111111111                                                            11111111111     111111                     111111                                         11111111                                                                                                                         1111111111               1111111111                                                                              
lowQualScore                  :        444    33   2  4  2      8   44444  2 2 2   2 4  33 2 9999999  333 6 777777 22      44  99999    2 4444 2 2 4  99999 22  22   333 66 4444 2 2 2 2 2 666   2   00000000000  2  2 6666   2   666 55  2 2   55 2 4444 33 333   333 2  2 88888888888   4 111111   4   33  333 2 2   222222  666666   666  444  2  7  33  444  55 2 33333333 33  2  999 2   4  2 33 33 2 55    4  77 2 666 6  3 6   9999   44 44 3 555 77   6 44    44  999   77    88 555     6 3 3 4444444444   77   88888  7777777777    3    44    44 44 2 55  777777    99 0  2  2 33     2 2   2 2 5  2   2     
lowQualScore                  :        ...    ..   .  .  .      .   .....  . . .   . .  .. . .......  ... . ...... ..      ..  .....    . .... . . .  ..... ..  ..   ... .. .... . . . . . ...   .   ...........  .  . ....   .   ... ..  . .   .. . .... .. ...   ... .  . ...........   . ......   .   ..  ... . .   ......  ......   ...  ...  .  .  ..  ...  .. . ........ ..  .  ... .   .  . .. .. . ..    .  .. . ... .  . .   ....   .. .. . ... ..   . ..    ..  ...   ..    .. ...     . . . ..........   ..   .....  ..........    .    ..    .. .. . ..  ......    .. .  .  . ..     . .   . . .  .   .     
lowQualScore                  :        444    22   2  4  2      9   55555  2 2 2   2 4  11 2 4444444  777 0 888888 88      88  88888    1 5555 1 1 0  00000 88  88   555 11 7777 2 2 2 2 2 999   2   66666666666  2  2 2222   2   111 33  2 2   33 2 7777 11 999   999 2  2 88888888888   4 777777   4   11  999 2 2   888888  444444   111  111  4  1  22  111  66 4 55555555 22  4  777 4   7  4 22 22 4 66    7  99 5 999 2  1 1   6666   22 22 1 444 33   2 22    22  666   33    55 444     7 3 3 6666666666   99   33333  9999999999    3    66    22 22 5 99  222222    44 1  5  5 44     5 5   5 5 0  5   5     
consensus                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
Reference ( family-712 )      : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113780                     : ATTTTAC---TTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--T-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-GCATGA-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------AAG-CTC--GG---G-C-GCA------TG------CAA---TT---AG-CTTGA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---T-ATA-TT-C--A--C-A--GACT-GC--G-T---G-TT-GGGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------CTC--TAC-----TC----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CATA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113781                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAC----------C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---A-AT-A------A----ACA-T------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--CCCC-GT--G-C---G-TT-GAGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--ACAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------CTC--TAC-----TT----------AGAT-AAAA--CCAA--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGC-T-C-AA-GTA-ATTTAaaaatt
gi|113782                     : ATTTTAC---CTGG--TTTGAT-GT-CGAAC--CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TGG------C--CGATCA--TA--A---CAT-G----A-T-C-TG-----T--CA--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-ACA------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-T--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-AG-GACC-GC--A-C---G-TT-G-GTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T---AAT--CC---ACG--CAAC--A---AACTCTA-T-A----------CTC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAC--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113783                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GTGCGAACT-CAG-G---AC-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TTG------C--CGAACA--TAT-A--GCATTG----ACT-C-TG-----T--CG--AG----A--C----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T--TA--C-T----G--T---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTGCCTC--GG---G-C-GCG------TG------TAA---TT---TG-CTGGA--CC---TT--A-C--------GTTTA-AAAC-C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCCGGC--G-C---G-TTGGTGTA----AGT--G--T-G---TG-GTATT--AAATTCCC---ACG--CTAC--A---AA-TC-A-TGA----------ATC--TAC-----TT----------AAATAAAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTC--CAAG-TT-A--AAAAC-C---G-T-CAAA-GTACATTTacaaatta
gi|113784                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TATAA--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--G-C--------G--TA-TA---C-GTA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--taaaaat
gi|113785                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--C--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TA-AG-A-----TT-AAT---T--GA-T-ATA--C------A--C---TTG---G-GT-ATACATGT----ACA-T------CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---
gi|113786                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-AATTT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--AC-GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TA-AG-AGTT-ATT-AATG--T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-TGTACATCTG-TTC--AG---G-T-GCG------TGTAATTGCAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---
gi|113787                     : ATTTTAC---CTGG--TT--AT-GT--GAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA-----GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CTT---AAT-CGA-----------TA-AG-A----GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-ATACAT-T----ACA-T------CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A----A--GCCC-GC--G-C---
gi|113788                     : ATTTTACATGCTGG--TTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CT-ACA-TTT-T-CC--G-GGTTGTTCTC---C-G------C--CGAACAG-TA--A--GCAT-G----A-TTC-TG-----TATCG--TGTCCCA--GGGACC-T-CAT-C-G---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-CATATGTA-GA-T-ATA--C-G----G--T---TTGTTCG-GT-A------TT---ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TTTAGAG-CT-GA--CC---TT--G-CCCAT----C--TA-AACACC-ATA-TT-CCAA--C-A--ACCC-GCG-G-C---GTTT-GTGAA----GGTTCG--T-G---T--TTA-TCCAAAT--CC---ACGTACTACCTA---AACTC-ATT-A----------ATC--GATCAATATT----------AATT-AAAATCAGAG--T--A-CAAAA------ACTTCGCACA-GT-A--AAAACGC-T-G-T-C-TA-GTA-ATTTA
gi|113789                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA------CCT-G----G-C-C-TAC----T--CA--AGT---acaatt
gi|113790                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--
gi|113791                     :  TTTTAC---GTGT--TTA-AT-GT-CGAACTTCAG-A---CT------TT-T-CCAAG-T-------TC---T-G------TGGCGAA-A--TA--A--GCAT-G----A-T---TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-TTC-T---AAT-CGA-----------TG--G-A--A-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G------TTG---G-GT-G------T----ACA-C------CTG-CTC--GG-----C-GGA------TG------CA----TT---AG-CTTGA--C----TT--A----------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--CTA--GAAC-GCAAG-C---G-TT-G-GTA----AGT--G--T-G---TATTTAAT--AAAT--CC---ACG--CAAC--A---AACTC-A-T-G----------ATC--T-C-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------TCTT--CAAA-GT-A--ATAAC-C-TGGTT-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113792                     :  TTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA------CCT-G----G-C-C-TAC----T--CA--AGT---acaatta
gi|113793                     :   TTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------A--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-TCC-T-C-TTA-AAT-CGA-----------TG-AG-AC-C-GTT-AAT---T---A-T-ATA--C-G----G--C---TTG---GAGTAA------T----ACACC------CTG--TC--GG---G-C-GCG------TG------CAATAGTT---AGTCT-GA--CC---TT--A-C--------G--T--AA---C-ATATTT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TA-GTGTAATAGAGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTA---A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------TAAT--AAA--ACAGTAT--A-C--AA------ACTT--CCAA-GT----CAAAC-C-TGG-T-CTAA-GTA-ATTTA
gi|113794                     :   TTTAC---CTGGGGTTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CTGA-A-TTTGTGCC--GTG-------TCGGCT-GG-----C--CGAACA--TG--AAGGCAT-G----C-C-C-TGCCGTGT--CG--AGT------G----C-T-C-T-C-T---AGTGCGA-----------TG-AG-A--T-GTT-AAT---T--GACT-ATA--C-G----GTTC---TCG---T-GT-A------TTT--ACA-C------CTT-CTC--GG---G-CCGCC------GG------CAA---TT---AG-CT-GAAGCC---TTTTA-C--------G--TAGAA---C-ATAGTT-C--AACT-A--GTCC-GC--G-C---GGTT-GGGTAT---AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CTCG-ACG--CTAC--AGAGAACTCGA-T-A----------ATC--TAC-----TTAGGGATAGAAAAAA-AAAA--ACA---T--A-C--AGTACGTCACTT--CCAA-GT-AATAAAGC-CGTGG-TCC-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113795                     :        ---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC-----G------C--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CGTGAGT---ATAG----CAT-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--CCGTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------T-------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TTT-A-C--------G--TA-AAA--C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TA-GTGCA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTACAAA---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------TAAT-AAAA--ACAG--T--A-CT-AA------ACGT--CCAA-GTAA--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GT--ATTTAatcaatta
gi|113796                     :            TGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-AGACCT-A-A-TTT-CGCC--G-G-------TC---T-GGGGGTGC--CGA-CA--TA--A--GCAT-G----A-T-CCTG-----T--CG--AGT---AAAG----C-T-C-T-C-T---AAT-TGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT------GA-T-ACATTC-G-------T---TTG---G-TT-AA-----T----GCAACG-----CTG-CTC--GG---GGC-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-CGTAACATGG--TA-AA---C-ATA-TTCC--A--C-A--GCCC--C--GTC---G-TT-GTGTA----AAT--GCAT-GTGTT--TTA-T--AGAT--CC---ACA--CTAC--A---AAC-C-A-T-ATTACTATAGGATCG-TAC-----TTA---------AAAT-AAAA--ACGG--TAAA-G--AA------ACTT--C-CA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113797                     :                   T-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-GG------TC---TTG------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATAT-C-G----G--T---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTT-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------A--TA-AA---CTATA-TT-C--A--C-ATGGTCC-GC--G-CC--G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------AAC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--ATC--AC------ACTT--CCAA-GT----AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GT--ATTTAaacaagtta
gi|113798                     :                                                                      C---T-G------T--CGAACACATA--A--GCTC-G----A-T-CCTG-----T--CG--TGT---A--G----C-T-C-T-C-CTAAAAT-CGA-----------TGCAGAA--C-GTTAAAT---T--GA-TAATA--TAG----G--C---TTG---G-CT-AT-----T----ACA-A------CTGCCTC--GG---G-T-GAG------TA------CAA---acaatta
gi|113799                     :                                                                           -G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--GGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGACTATAAGAGTTTT-AG-A--C-TTT-AAT---TTTGA-T-ATA--C-GTGTAA--CGAATTT---G-AT-A------TCAACGCA-CTG----CTG-CTCCCGGCCCA-C-TCG------TG------TAAA--TT---AG-CT-GA--TCATATT--AAC--------G--TA-AA---C--TA-TT-A--C--C-A--GCCCCGCA-G-CCAGG-TT-GTGTA----AGT--G--TGG---T--TTA-T--AAAT--CCCAGACGT-CTAC--A---
gi|113800                     :                                                                                                                    -TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AC-A--C-GTT-GAT---T--GA-T-ACA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACT-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--C-C--------G--TA-AA---C-ATA-AT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-T---G-TT-GGGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CCAC--G---AACGC-A-T-A----------CTCTATAT-----TT----------AAAT--AAA--ACAG--T--A-T--GA------ACCT--CAAA-GT-A--AAAAC-T-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113801                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AG--T--A-C--AA------ATTT--CAAATGT-A--AAAAC-A--GG-T-C-AA-GTC-ATTTAacaatta
gi|113802                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113803                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTTTTCAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113804                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTTT-CAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AAGGCA-ATTTAacaatta


blockSeqs                     :        ATG    GG   G  T  G      G   AGAC   G C A   G G  AA T GTTGTTC  GGC G GGGGTG GG      CA  TAA      T .    C T C  CCGTG AT  TG   CCC TA GGAC A C A T T TAA   G   CTATAAGAGTT  C  A GTT    A   ATG TT  C A   TT A TGTA TT GAA   TTC A  A TACATGT       C GTACAT   C   CC  CCC G C   TGTAAT  TAATTG   TAG  TAG  T  G  AG  ATA  TT A GTAACATG TT  G  CAC T   T  C CA AC T TG    G  AA T CAG T  G A   ATAG   TC CA G TGT AT   T CC    TC  CAG   TA    CT GAG     T T G TTACTATAGG   TA   CAATA  AGGGATAGAA    A    TC    TA AA T AA  TACGTC    CG    T  A AT     G G   T C A  G   C
blockSeqs                     :        .      .    .  T  .      G   GA     . . .   . G  .  . G        .   T G      .       G   AAG      . .    . . C  C     .   .    .   AA .    . . . . . TA    .   .            .  . CC     .   G   A   . .   T  . .    .  .     .   .  . TACATT        A TG       C   .   .   . .   TGTAAT  .        A    .    .  T  .   .    T  . CCAT     .   .  AC  .   G  . .  .  . G     C  G  . C   G  . T   T      .  .  . .   G    A .     .   CG    T     AA .       G . . .            G    .      A             .    .     .  .  . T   .         TT    .  . .      . .   . . T  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      T   GA     . . .   . .  .  . .        .   T .      .       .   TA       . .    . . .  C     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . CC     .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . TCAAC         . G        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  A   .   .  . .  .  . .     .  A  . .   .  . T   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         T     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      G   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   AC       . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . TTT           . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . T   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . TT            . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . G   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   G      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . AT            . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . T   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   C        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . TT            . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . T   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . A             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . T   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . A      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . T   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . T      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . G   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   T      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . .   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .       . . . .            .    .      .             .    .     .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   T      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .   .  . .   .      .  .  . .   .    . .     .   .     .     .  .                                                               .  .  . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .                                                                                                                                     . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   T      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .                                                                                                                                     . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :        .      .    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   A        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . C      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .  . .                                                                                                                                     . .   .         .     .  . .      . .   . . .  .   .
blockSeqs                     :               .    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   .        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . .      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .    .    .  .  .   .    .  . .        .   .  .   .   .  . .  .  . .     .  .                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                    .  .  .      .   A      . . .   . .  .  . .        .   . .      .       .   .        . .    . . .  .     .   .    .   .  .    . . . . . .     .   .            .  . .      .   .   .   . .   .  . .    .  .     .   .  . T             . .        .   .   .   . .   .       .        .                                                                                                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                       .   . .      .       .   .        . .    . . .  .     .   .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                           . .      .       .                       .  .     .   .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             


blockSeqCons                  :                                                                                                           ****
originalCons                  : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
finalCons                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                      11111111111                                                            11111111111     111111                     111111                                         11111111                                                                                                                         1111111111               1111111111                                                                              
lowQualScore                  :        444    33   2  4  2      8   44444  2 2 2   2 4  33 2 9999999  333 6 777777 22      44  99999    2 4444 2 2 4  99999 22  22   333 66 4444 2 2 2 2 2 666   2   00000000000  2  2 6666   2   666 55  2 2   55 2 4444 33 333   333 2  2 88888888888   4 111111   4   33  333 2 2   222222  666666   666  444  2  7  33  444  55 2 33333333 33  2  999 2   4  2 33 33 2 55    4  77 2 666 6  3 6   9999   44 44 3 555 77   6 44    44  999   77    88 555     6 3 3 4444444444   77   88888  7777777777    3    44    44 44 2 55  777777    99 0  2  2 33     2 2   2 2 5  2   2     
lowQualScore                  :        ...    ..   .  .  .      .   .....  . . .   . .  .. . .......  ... . ...... ..      ..  .....    . .... . . .  ..... ..  ..   ... .. .... . . . . . ...   .   ...........  .  . ....   .   ... ..  . .   .. . .... .. ...   ... .  . ...........   . ......   .   ..  ... . .   ......  ......   ...  ...  .  .  ..  ...  .. . ........ ..  .  ... .   .  . .. .. . ..    .  .. . ... .  . .   ....   .. .. . ... ..   . ..    ..  ...   ..    .. ...     . . . ..........   ..   .....  ..........    .    ..    .. .. . ..  ......    .. .  .  . ..     . .   . . .  .   .     
lowQualScore                  :        444    22   2  4  2      9   55555  2 2 2   2 4  11 2 4444444  777 0 888888 88      88  88888    1 5555 1 1 0  00000 88  88   555 11 7777 2 2 2 2 2 999   2   66666666666  2  2 2222   2   111 33  2 2   33 2 7777 11 999   999 2  2 88888888888   4 777777   4   11  999 2 2   888888  444444   111  111  4  1  22  111  66 4 55555555 22  4  777 4   7  4 22 22 4 66    7  99 5 999 2  1 1   6666   22 22 1 444 33   2 22    22  666   33    55 444     7 3 3 6666666666   99   33333  9999999999    3    66    22 22 5 99  222222    44 1  5  5 44     5 5   5 5 0  5   5     
consensus                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
Reference ( family-712 )      : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113780                     : ATTTTAC---TTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--T-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-GCATGA-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------AAG-CTC--GG---G-C-GCA------TG------CAA---TT---AG-CTTGA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---T-ATA-TT-C--A--C-A--GACT-GC--G-T---G-TT-GGGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------CTC--TAC-----TC----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTT--CATA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113781                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TA--A--GCAC----------C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---A-AT-A------A----ACA-T------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--CCCC-GT--G-C---G-TT-GAGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--ACAT--CC---ACG--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------CTC--TAC-----TT----------AGAT-AAAA--CCAA--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGC-T-C-AA-GTA-ATTTAaaaatt
gi|113782                     : ATTTTAC---CTGG--TTTGAT-GT-CGAAC--CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TGG------C--CGATCA--TA--A---CAT-G----A-T-C-TG-----T--CA--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-ACA------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-T--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-AG-GACC-GC--A-C---G-TT-G-GTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T---AAT--CC---ACG--CAAC--A---AACTCTA-T-A----------CTC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAC--T--A-C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113783                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GTGCGAACT-CAG-G---AC-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---TTG------C--CGAACA--TAT-A--GCATTG----ACT-C-TG-----T--CG--AG----A--C----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T--TA--C-T----G--T---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTGCCTC--GG---G-C-GCG------TG------TAA---TT---TG-CTGGA--CC---TT--A-C--------GTTTA-AAAC-C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCCGGC--G-C---G-TTGGTGTA----AGT--G--T-G---TG-GTATT--AAATTCCC---ACG--CTAC--A---AA-TC-A-TGA----------ATC--TAC-----TT----------AAATAAAAA--ACAG--T--A-C--AA------ACTC--CAAG-TT-A--AAAAC-C---G-T-CAAA-GTACATTTacaaatta
gi|113784                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CGG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--CGAACA--TATAA--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--G-C--------G--TA-TA---C-GTA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--taaaaat
gi|113785                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--C--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TA-AG-A-----TT-AAT---T--GA-T-ATA--C------A--C---TTG---G-GT-ATACATGT----ACA-T------CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---
gi|113786                     : ATTTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-AATTT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA--AC-GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TA-AG-AGTT-ATT-AATG--T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-TGTACATCTG-TTC--AG---G-T-GCG------TGTAATTGCAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---
gi|113787                     : ATTTTAC---CTGG--TT--AT-GT--GAACT-CAG-A---CT-A-A-ATT-T-CC--G-A-------TC---T-G------C--TGAACA--TA-----GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-T-CTT---AAT-CGA-----------TA-AG-A----GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-A----G--C---TTG---G-GT-ATACAT-T----ACA-T------CTG-TTC--AG---G-T-GCGTGTAATTG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A----A--GCCC-GC--G-C---
gi|113788                     : ATTTTACATGCTGG--TTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CT-ACA-TTT-T-CC--G-GGTTGTTCTC---C-G------C--CGAACAG-TA--A--GCAT-G----A-TTC-TG-----TATCG--TGTCCCA--GGGACC-T-CAT-C-G---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-CATATGTA-GA-T-ATA--C-G----G--T---TTGTTCG-GT-A------TT---ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TTTAGAG-CT-GA--CC---TT--G-CCCAT----C--TA-AACACC-ATA-TT-CCAA--C-A--ACCC-GCG-G-C---GTTT-GTGAA----GGTTCG--T-G---T--TTA-TCCAAAT--CC---ACGTACTACCTA---AACTC-ATT-A----------ATC--GATCAATATT----------AATT-AAAATCAGAG--T--A-CAAAA------ACTTCGCACA-GT-A--AAAACGC-T-G-T-C-TA-GTA-ATTTA
gi|113789                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA------CCT-G----G-C-C-TAC----T--CA--AGT---acaatt
gi|113790                     : ATTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA--
gi|113791                     :  TTTTAC---GTGT--TTA-AT-GT-CGAACTTCAG-A---CT------TT-T-CCAAG-T-------TC---T-G------TGGCGAA-A--TA--A--GCAT-G----A-T---TG-----T--TG--AGT---A--G----C-T-C-TTC-T---AAT-CGA-----------TG--G-A--A-GTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G------TTG---G-GT-G------T----ACA-C------CTG-CTC--GG-----C-GGA------TG------CA----TT---AG-CTTGA--C----TT--A----------G--TA-AA---C-ATA-TT-C--A--CTA--GAAC-GCAAG-C---G-TT-G-GTA----AGT--G--T-G---TATTTAAT--AAAT--CC---ACG--CAAC--A---AACTC-A-T-G----------ATC--T-C-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--A-C--AA------TCTT--CAAA-GT-A--ATAAC-C-TGGTT-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113792                     :  TTTCAC---CTGG--TTT-AT-CT-CGAAGTGCAG-T---C--A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------C--TTACCA--TA------CCT-G----G-C-C-TAC----T--CA--AGT---acaatta
gi|113793                     :   TTTAC---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC---T-G------A--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-TCC-T-C-TTA-AAT-CGA-----------TG-AG-AC-C-GTT-AAT---T---A-T-ATA--C-G----G--C---TTG---GAGTAA------T----ACACC------CTG--TC--GG---G-C-GCG------TG------CAATAGTT---AGTCT-GA--CC---TT--A-C--------G--T--AA---C-ATATTT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TA-GTGTAATAGAGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTA---A---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------TAAT--AAA--ACAGTAT--A-C--AA------ACTT--CCAA-GT----CAAAC-C-TGG-T-CTAA-GTA-ATTTA
gi|113794                     :   TTTAC---CTGGGGTTT-ATTGT-CGAACT-CAGGA---CTGA-A-TTTGTGCC--GTG-------TCGGCT-GG-----C--CGAACA--TG--AAGGCAT-G----C-C-C-TGCCGTGT--CG--AGT------G----C-T-C-T-C-T---AGTGCGA-----------TG-AG-A--T-GTT-AAT---T--GACT-ATA--C-G----GTTC---TCG---T-GT-A------TTT--ACA-C------CTT-CTC--GG---G-CCGCC------GG------CAA---TT---AG-CT-GAAGCC---TTTTA-C--------G--TAGAA---C-ATAGTT-C--AACT-A--GTCC-GC--G-C---GGTT-GGGTAT---AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CTCG-ACG--CTAC--AGAGAACTCGA-T-A----------ATC--TAC-----TTAGGGATAGAAAAAA-AAAA--ACA---T--A-C--AGTACGTCACTT--CCAA-GT-AATAAAGC-CGTGG-TCC-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113795                     :        ---CTGG--TTT-AT-GT-CGTACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-G-------TC-----G------C--CGAACA--TA--A--GCAC-G----A-T-C-TG-----T--CGTGAGT---ATAG----CAT-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--CCGTT-AAT---T--GA-T-ATA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------T-------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TTT-A-C--------G--TA-AAA--C-ATA-TT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-C---G-TA-GTGCA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CTACAAA---AACTC-A-T-A----------ATC--TAC-----TT----------TAAT-AAAA--ACAG--T--A-CT-AA------ACGT--CCAA-GTAA--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GT--ATTTAatcaatta
gi|113796                     :            TGG--TTT-AT-GT-CGAACT-CAG-AGACCT-A-A-TTT-CGCC--G-G-------TC---T-GGGGGTGC--CGA-CA--TA--A--GCAT-G----A-T-CCTG-----T--CG--AGT---AAAG----C-T-C-T-C-T---AAT-TGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT------GA-T-ACATTC-G-------T---TTG---G-TT-AA-----T----GCAACG-----CTG-CTC--GG---GGC-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-CGTAACATGG--TA-AA---C-ATA-TTCC--A--C-A--GCCC--C--GTC---G-TT-GTGTA----AAT--GCAT-GTGTT--TTA-T--AGAT--CC---ACA--CTAC--A---AAC-C-A-T-ATTACTATAGGATCG-TAC-----TTA---------AAAT-AAAA--ACGG--TAAA-G--AA------ACTT--C-CA-GT-A--AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTAacaatta
gi|113797                     :                   T-AT-GT-CGAACT-CAG-A---CT-A-A-TTT-T-CC--G-GG------TC---TTG------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AG-A--C-GTT-AAT---T--GA-T-ATAT-C-G----G--T---TTG---G-GT-A------T----ACA-C------CTT-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--A-C--------A--TA-AA---CTATA-TT-C--A--C-ATGGTCC-GC--G-CC--G-TT-GTGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACA--CTAC--A---AACTC-A-T-A----------AAC--TAC-----TT----------AAAT-AAAA--ACAG--T--ATC--AC------ACTT--CCAA-GT----AAAAC-C-TGG-T-C-AA-GT--ATTTAaacaagtta
gi|113798                     :                                                                      C---T-G------T--CGAACACATA--A--GCTC-G----A-T-CCTG-----T--CG--TGT---A--G----C-T-C-T-C-CTAAAAT-CGA-----------TGCAGAA--C-GTTAAAT---T--GA-TAATA--TAG----G--C---TTG---G-CT-AT-----T----ACA-A------CTGCCTC--GG---G-T-GAG------TA------CAA---acaatta
gi|113799                     :                                                                           -G------C--CGAACA--TA--A--GCAT-G----A-T-C-TG-----T--TG--GGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGACTATAAGAGTTTT-AG-A--C-TTT-AAT---TTTGA-T-ATA--C-GTGTAA--CGAATTT---G-AT-A------TCAACGCA-CTG----CTG-CTCCCGGCCCA-C-TCG------TG------TAAA--TT---AG-CT-GA--TCATATT--AAC--------G--TA-AA---C--TA-TT-A--C--C-A--GCCCCGCA-G-CCAGG-TT-GTGTA----AGT--G--TGG---T--TTA-T--AAAT--CCCAGACGT-CTAC--A---
gi|113800                     :                                                                                                                    -TG-----T--CG--AGT---A--G----C-T-C-T-C-T---AAT-CGA-----------TG-AC-A--C-GTT-GAT---T--GA-T-ACA--C-G----G--C---TTG---G-GT-A------T----ACT-C------CTG-CTC--GG---G-C-GCG------TG------CAA---TT---AG-CT-GA--CC---TT--C-C--------G--TA-AA---C-ATA-AT-C--A--C-A--GCCC-GC--G-T---G-TT-GGGTA----AGT--G--T-G---T--TTA-T--AAAT--CC---ACG--CCAC--G---AACGC-A-T-A----------CTCTATAT-----TT----------AAAT--AAA--ACAG--T--A-T--GA------ACCT--CAAA-GT-A--AAAAC-T-TGG-T-C-AA-GTA-ATTTA
gi|113801                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AG--T--A-C--AA------ATTT--CAAATGT-A--AAAAC-A--GG-T-C-AA-GTC-ATTTAacaatta
gi|113802                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTT--CAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113803                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTTTTCAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AA-GCA-ATTTAacaatta
gi|113804                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C--AA------ACTTT-CAAA-GT-A--AAAAC-A-TGG-T-C-AAGGCA-ATTTAacaatta