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Reference ( gi|4709 )         : TTA-AAGA-TA-TA-CAG-G-CTG--CCATA------A--TATT--T---ATT---TTTTT--GC-------CTG---------T-G--TAGA--AA-AA---TGA-T---T-TA----AG-TTT-A--C---C-TG--T-G---C-CTCA-AACC-AAATAAAA--T----AAA--C-CTTT-G---CAG-C--A-A-T-TTT-TA-T-AAG-A-T--G-AA-A--TCA--TC----T---AA-TT--GC---GTA-ATA-A-A-T-G-AGCATA-TG--ATTT-AAT-TG-C--GGC---------TCGGT-GC------TT-T-TCT-C-G-T---AAAT-A---TGT-ATG-A-A----GGGGA-AA--T-CCAT-A--C-A-A-C--CT-CTCTGC--G-----CA-T-G-TGC-GCAA
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Reference ( family-710 )      : TTA-AAGA-TA-TA-CAG-G-CTG--CCATA------A--TATT--T---ATT---TTTTT---G------C-GG--G---TG------TAGA--AA-AA---TGA-T---T-TA----A-GTTT-A--C---C-TG--T-G---C-CTCA-AACC-AAATAAAA--T----AAA--C-CTTT-G---CAG-C--AA-T-TTT-T-A-T-AAA-A-T--GAA-A--CCA--T--C----T---AA-TT--GC---GTA-AT-A-A-A-TG-AGCGT--A--A---ATTT--AAT-T-G-C--GGC---------TCGGT-GC------TT-T-TCT-C-G-T---AAAT-A---TGT-ATG-A-A----GGGGA-AA--T-CCAT-A--C-A-A-C--CT-CTCTGC--G-----CA-T-G-TGC-GCAA
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gi|4731                       :           A-TAGCAG-G-CTG--C-ATA------A--TATT--T---ATT---TTTTT---G------C-GG--GG--TGC-----TAAA--TA-AA---TGA-T---T-TA----A-GTT--A--C---C-TGCAT-G---TGCTCA-AACC-AAATAAAAA-T----AAT--C-CTTT-G---CAG-C--AA-T-TTT---A-T-AAA-A-----AA-A--ACA--T--C----T---AA-TT--GC---GTA-AT-A-A-A-TG-AGTGT--AAGA---ATTT---AT-T-G-C--GGC---------TCGG--GC------TT-T-TCT-CGG-G---AAAT-----TGT-ATG-A-A----GGGGA-AA--T-CCAT-A--C-A-A-C--CT-CTCTGC--
gi|4732                       :                   -G-CTG--CCATATAGAACA--TTTT--T---ATTGTTTTTTT---GTTTGATC-GG--GGGTTG------TTGA--AA-AA---TGA-T---T--A----A-TTTC-T--T---C-GA--T-G---C--TCA-AAC---AATAAAA--T----CAA--TACTTT-G---CG-----AA-T-TTTAT-A-T-AAA-AAT--GAA-A--C-A--T--C----T---AA-TTTTG----GTG-AT-A-T-A-TG-A-CGT--AT-A---ATTT--AGT-T-GGC--GG----------TCGGT-GC------TT-T--CT-C-G-T---AA-T-A---TGT-ATG-A-AAG--GGGGA-AA--TGCCAT-A--C-
gi|4733                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GC---------TCGCT-GC------TT-T-TCT-C-G-T---GAAT-A---TGT-ATG-A-A----CGGGA-AA--T-TC


blockSeqs                     :    T    A  A  G   C G   TG     TAGAAC AC    AT TAC   GTT     TTT TTTGAT A  GGGT    CCTGAT    TG  C  GAA   T CTT C  TAAT G    T TA GTG A  CA T AAC G    C    A        AA GTGC   GA G    C TGC   G TA  T A   A T T A   C A TG   C GA   AT AT TAAA GGA  A  TT  ATC   C  T G T G  T     AG ATAC      TA   C T G CG   GAGTAAGCCT    C  CCTCCT  G A   C T TTGA     C AGG   C   T T CAGC     T  TT G    C GG A AC  CA  A      GG GCTAC  T A A   G
blockSeqs                     :    T    .  .  G   . G   .      TTAG   GA    .  CT    G       TT  GG     A  CAA     GT        .   .  AA    . .   .  .    .    . C  .   .  C  . .   .    .    .        A  .      .  A    . C     G .   A .   . . A .   . . TG   . A    .  .  .    .    .  C   T     .  . . . .  G     A  AGA       .    . . . .    T             .  CC      . .   G G TA       . .     .   . . AG       .  .  .    . .  . TA  AA  .      .  .      . . .   T
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      T      .     .  G     .       .   .      .  TG      C         .   .  .     . .   .  .    .    . A  .   .  .  . .   .    .    .        A  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   C     .  . . . .  .     .  GA        .    . . . .    T             .  T       . .   . . TG       . .     .   . . C        .  .  .    . .  . A   A   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  GG      .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  GA        .    . . . .    T             .  .       . .   . . CT       . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  GG      .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  GA        .    . . . .    T             .  .       . .   . . CT       . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  G       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  GA        .    . . . .    T             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  G       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  GA        .    . . . .    T             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  T       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  TA        .    . . . .    T             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  A       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  TA        .    . . . .    T             .  .       . .   . . G        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  G       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  T         .    . . . .    T             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  G       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  A         .    . . . .    T             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  T       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  A         .    . . . .    T             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  T       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  A         .    . . . .    G             .  .       . .   . . C        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . T   .   .      .  .      . . .   .
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  T       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  G         .    . . . .    T             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . A   .   .      .  .      .        
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  G       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  A         .    . . . .    T             .  .       . .   . . G        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . .   .   .      .                  
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  G       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  T         .    . . . .    T             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  . .   .   .                         
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  G       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  G         .    . . . .    .             .  .       . .   . . T        . .     .   . . .        .  .  .    . .  .                                   
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  A       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  .         .    . . . .    .             .  .       . .   . . .        . .     .   . . .        .  .  .    . .                                      
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  G       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .     .  .         .    . . . .    .             .  .       . .   . . .        . .     .   . . .        .  .  .                                             
blockSeqs                     :    .    .  .  .   . .   .      .      .     .  .     .       .   .      .  A       .         .   .  .     . .   .  .    .    . .  .   .  .  . .   .    .    .        .  .      .  .    . .     . .   . .   . . . .   . . .    . .    .  .  .    .    .  .   .     .  . . . .  .                                  .                                                                                                                        
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Alignments
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lowQualScore                  :    .    .  .  .   . .   ..     ...... ..    .. ...   ...     ... ...... .  ......  ......    ..  .  ...   . ... .  .... .    . .. ... .  .. . ... .    .    .        .. ....   .. .    . ...   . ..  . .   . . . .   . . ..   . ..   .. .. .... ...  .  ..  ...   .  . . . .  .     .. ......    ..   . . . ..   ..........    .  ......  . .   . . .....    . ...   .   . . ....     .  .. .    . .. . ... ..  .      .. .....  . . .   .    
lowQualScore                  :    6    8  7  5   7 3   33     000000 66    33 999   666     222 111111 3  777777  888888    33  7  444   7 000 7  7777 7    7 11 222 8  33 8 222 8    8    8        11 9999   55 6    8 000   6 55  6 8   8 8 6 9   9 9 22   9 55   66 66 0000 333  9  55  111   9  9 9 9 9  8     88 888888    88   0 0 0 88   9999999999    0  555555  0 0   0 0 33333    0 555   0   0 0 0000     0  88 0    1 99 2 000 88  4      44 77777  7 9 9   7    
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Reference ( family-710 )      : TTA-AAGA-TA-TA-CAG-G-CTG--CCATA------A--TATT--T---ATT---TTTTT---G------C-GG--G---TG------TAGA--AA-AA---TGA-T---T-TA----A-GTTT-A--C---C-TG--T-G---C-CTCA-AACC-AAATAAAA--T----AAA--C-CTTT-G---CAG-C--AA-T-TTT-T-A-T-AAA-A-T--GAA-A--CCA--T--C----T---AA-TT--GC---GTA-AT-A-A-A-TG-AGCGT--A--A---ATTT--AAT-T-G-C--GGC---------TCGGT-GC------TT-T-TCT-C-G-T---AAAT-A---TGT-ATG-A-A----GGGGA-AA--T-CCAT-A--C-A-A-C--CT-CTCTGC--G-----CA-T-G-TGC-GCAA
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gi|4720                       : TTA-AAGA-TA-TA-CAG-G-CTG--CC-TA---------TATT--T---ATT---TTTTC---G--------AG--G---TG------------AA-AA---TCT-G---T-TA----A-GTTT-AA-C---C-TG--T-G---C-CTCA-AACC-AAATAAA---T----AA---C-CTTG-G---CAG-C--AA-T-TTT-TTA-T-AAA-A-TTGGAA-A--C----T--C----T---TA-AT--GCT--GTA-AT-A-A-A-TGGAGCAT--A--G---AATT--AAT-T-G-C--GGC---------TCGGT-GC------TTGT-TCTGC-G-C---CAAT-A---TGT-ATG-A-AC---GGGGA-AA--T-CCAT-A--C-A-ACC--CT-CTCTGC--G-----CC-A-C-TGC-GCA
gi|4721                       : TTA-AAGA-TA-TA-C-G-G-CTGTGCCATA------AACTATT--T---TTT---TTTTT---A------C-GG--G---T-------TAGA--AA-AAAA-TGA-T---TCTA----A-GTTT-T--A---C-TG--T-G---C--TCA-AACC-AAATAAAAAAT----AAA--C-ATTT-G---CAG-C--AA-T-TTC-T-A-T-AAA-G-TTGAAA-A--CCA--T--CTAAAT---AA-TT--GC---GTA-AT---A-A-TG-AGCAT--G--A---ATTT--AAT-T---C--GG-----------TGGT-GC------TT-C-TCT-T-G------AAT-AAGGTTT-ATGTA-A----AGGGA-AT--T-CCAT-AGGA-A-A-C--CT--TCTGC--G-----CA-T-G-CGC-GCAA
gi|4722                       : TTATAAGA-TAATA-CAGCG-CT---CCATA------A--TATT--TTACGTT---TTTTT---G------C-GGCAA---TG------TAGA--TT-A----TGA-T---T-TA----A-GTTT-ATAC---CATG--TTG---C-CTCA-AACC-AAATAAAT--T----AAA--C-CTTT-ATGCCAG-CTAAA-T-TTT-T-AAT-AAACA-T--GAA-AA-CCAATT--C----T---AAATT--GCC--GTA-AT-A-A-A-TG-AGAAT--A--T---AATT--AAT-TTG-C--GGC----------CGGT-GC------TA-T-TCT-C-TCT---AAAT-A---TGT-ATG-A-A----GGGGA-AA--T-CCAT-A--CAA-A-CAACT-C-CTGC--GGCTACCT-C-G-TGC-GCAA
gi|4723                       : TTA-AAGA-TA-TA-CAG-G--TG--CCATA------A--TATT--T---ATT---TTTTT---G------C-GG--A---TG------TAGA--AA-AA---TTA-T---T-TA----A-GTTT-A--C---C-TG--T-G---C-CTCA-AACC-AA-----------------------------------------TTT-T-A-T-AAA-A-T--GAA-A--CCA--T--C----T---AA-TT--GC---ATA-AT-A-A-A-TG-AGCAT--AT-A---ATTT--AAT-T-G-C--GGC-------------------------------------------------------G-A-A----GGGGA-AA--T-CCAT-A--
gi|4724                       : TTA-AAGA-TA-TA-CAG-G-CTG--CCGTA------A--TATT--T---ATT---TTTT----G------C-GA--G---TG------TAGA--AA-AA---TAA-T---T-TA----A-GTTT-T--C---C-TG--T-G---C-CTAA-AACC-AAATAAAA--T----AAA--C-CTTT-G---CAG-C--AA-T-TT---------------------A--CAA--T--C----T---AA-TT--GC---GTA-AT-A-A-A-TG-A
gi|4725                       : TTA-AA-A-TA--A-CAA---CTG--CCATA------A--TACT------ATT---TTTTT----------C-GGT-G---TT------TAGA--AACAA---TGA-TCTTT-TA----A-GGTT-A--C---C-TG--T-C---C-CTCA-AACC-AAATAAAA--T----AAA--C-CTTT-GC--CAG-C--AC-A-TTC-T-A-A-CAA-A-T--G-A-A--CCA--T--C--------AA-AT--GC---GT--AT-A-ATA-TG-A-CGT--A--G---ATCT--AAG-C-G-G--GGC---------T
gi|4726                       : TTA-AAAA-TA-CA-CAG-GGCTG--C--TA------A--TATT--T---A-T---TTTTT---G------C-AG--A---T-------TAGATGAA-AA---TGA-T---T-TA----AGGTTT-A--C---C-TGC-T-G---C-CTCA-AACC-AAAATAAA--T----AAA--CGCTTTCA---CGG-C---A-T-TTT-T-A-
gi|4727                       : TTATAAGA-TA-TA-CAG---CTG--CCCTATTAG--A--TATTATT---ATT---CTTTT---G------CAGG--G---TGCCTGATTATA--AA-CC---TGC-T---T-TA----A-GTTTTA--C---C-TG--T-TAACC-CTCACAACA-AAACCAAC--T----GAAGAC-CCTT-G---CAGGC--AAATATTT-T-A-T-AAA-A-C------A--CCA--TATC----T---AA-AT--GCATCGTACAT-A-A-AGTG-AGCAT--A--ATACATTT--TAT-T-G-C--GGCGAGTAAGCCTGAGT-GCCCTCCTTT-TATTT-C-G-T---AAAT-A---TGA-ATG-A-ACAGCGGCGC-AC--A-CCAT-A--C-ATA-CA-CT-CT
gi|4728                       : TTA-AAGA-TA-TA-CAG-G-ATG--CCATA------A--TATT--T---ACT---TTTTT---A------C-GG--G---TG------TAGA--AA-
gi|4729                       : TTA-AAGA-TA-TA-CAG-G-CTG--CCATA------A--AATT--T---A-----TTTTT---G------CAGG--A---TG------TAG------AA---TG--T---T-TATAATA-GTTT-
gi|4730                       :   A-AAGAATA-CAGCAG-G-GCG--TCATA------AGATATT--TG--ATTG--TTTTT---GGG----C-GG--GG--TGGT----TAGG--AA-AAGAATTA-T---T-TA----A--TTT-A--CGTGC-GG--T-G---C-CTGC-AACC-AA-TAAAA--TGTGCAAG--C-CTTT-G---CGGGC--AG-T-ATG-T-A-T-AAA-A-T--GAG-AGACCA--T--T----CGGAAA-TTC-GC---GTA-ATTA-A-A-------GT--A-------TTT--AATCT-G-CCGGGC---------GCGGTCGCCC----TT-T-TCT-CTGCT---AAATCA---TGT-ATG-A-A----GGGGA-AA--T-CCAT-A--C-A-T-C--CTACTCTGC--G-----CA-TAG-AGC-GCAA
gi|4731                       :           A-TAGCAG-G-CTG--C-ATA------A--TATT--T---ATT---TTTTT---G------C-GG--GG--TGC-----TAAA--TA-AA---TGA-T---T-TA----A-GTT--A--C---C-TGCAT-G---TGCTCA-AACC-AAATAAAAA-T----AAT--C-CTTT-G---CAG-C--AA-T-TTT---A-T-AAA-A-----AA-A--ACA--T--C----T---AA-TT--GC---GTA-AT-A-A-A-TG-AGTGT--AAGA---ATTT---AT-T-G-C--GGC---------TCGG--GC------TT-T-TCT-CGG-G---AAAT-----TGT-ATG-A-A----GGGGA-AA--T-CCAT-A--C-A-A-C--CT-CTCTGC--
gi|4732                       :                   -G-CTG--CCATATAGAACA--TTTT--T---ATTGTTTTTTT---GTTTGATC-GG--GGGTTG------TTGA--AA-AA---TGA-T---T--A----A-TTTC-T--T---C-GA--T-G---C--TCA-AAC---AATAAAA--T----CAA--TACTTT-G---CG-----AA-T-TTTAT-A-T-AAA-AAT--GAA-A--C-A--T--C----T---AA-TTTTG----GTG-AT-A-T-A-TG-A-CGT--AT-A---ATTT--AGT-T-GGC--GG----------TCGGT-GC------TT-T--CT-C-G-T---AA-T-A---TGT-ATG-A-AAG--GGGGA-AA--TGCCAT-A--C-
gi|4733                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GC---------TCGCT-GC------TT-T-TCT-C-G-T---GAAT-A---TGT-ATG-A-A----CGGGA-AA--T-TC