lowQualScore : 3333333 11111111111111 222222222222 11
lowQualScore : 33 2 2 44444 3 1 1 1 22 1 1 0000000 7777777 1 3 77 1 44 3333 5555 1 7 222 66 1 3 222 11111111111111 99999 444 22 222 1 1 1 9999 22 1 77 3 44 22 0 1 3 55 1 1 1 666666 66666 1 1 1 3333 44 1 6666 1 88888 333 1 1 22 1 333333333333 1 1 1 22 00
lowQualScore : .. . . ..... . . . . .. . . ....... ....... . . .. . .. .... .... . . ... .. . . ... .............. ..... ... .. ... . . . .... .. . .. . .. .. . . . .. . . . ...... ..... . . . .... .. . .... . ..... ... . . .. . ............ . . . .. ..
lowQualScore : 11 1 1 33333 2 7 7 7 44 7 7 7777777 4444444 7 5 66 7 11 7777 7777 7 1 999 99 7 3 999 55555555555555 88888 666 33 999 7 7 7 6666 44 7 11 5 11 44 4 7 5 99 7 7 7 777777 11111 7 7 7 2222 11 7 7777 7 88888 222 8 8 55 8 111111111111 9 9 9 88 77
consensus : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-A-TG-A--TT--TCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C----T-TGTA----A---AT-AA-A--A-G-T-----A----T-C-TT-T--AATTTG-TTTTGTT
Reference ( gi|91347 ) : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---A---A-------A-C-TA--C-AT--G----TT--T-G-TGAGGCA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-A-CG-A--TT--TCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C----T-TGTA----A---AT-AA-A--A-G-C-----A----T-C-TT-T--AATTTA-TTTTGTT
gi|91349 : TTTAAA--TCTGTT-T-A--CA-AAA---C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TATAC-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-A-TG-A--TT--TCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--T-C----T-TGTA----A---AT-AA-A--A-G-T-----A----T-C-TT-T--AATTTG-TTTTGTT
gi|91350 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AA--T-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGG-A---T--------------CAA-----TG---CT--G---A-A-T-T----A--C-A-TG-A--TT--ACC-CTT-C-----T-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C----T-TGTA----A---AT-AA-A--A-G-T-----A----T-C-TT-T--AATTTG-TTTTGTT
gi|91351 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TTGTTC-A-AGG---AT--A-------A-CCTA--C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-----T--------------CAATT---TG---TTTAA---A-A-T-T----A--T-T-GG-A--TT--TCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A----TA--C-T----T-TGTA----A---A--AA-A--A-G-T-----A----T-C-TT-T--AATTTG-TTTTGTT
gi|91354 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--TA-AAA-T-CGTG-TT--TC-A-AGG---ATG-A-------A-C-TG--C-AT--G----TT--T-G-TGCGACAAGATCTTTT--ACA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-C-TG-A---T--TCC-CTT-CTGT-TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TG--T-C----TGTGT-----A---AT-AA-A--A-G-T-----A----T---TT-T--AATTTG-TTTTGTTt
gi|91353 : TTTTAA--T-TGTT---A--CA-AAA-T-C-CG-TT--TCCA-AGG---A---A-------AAC-TAA-C-AT--G----GT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-A------------------CAA-----TG---TT--A---A-AGTAT----A--C-A-TG-A--TTCTTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------AATGTTTG-AA-G-A-T--T---C-C----T-TGTA----A---ATTAA-A--A-G-T-----A----T-C-TT-T--AATTTG-TTTT
gi|91356 : TTTTAA--TTTGTT-T-A--CA-AAAAT-G-T--TT--TT-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT-------TG--T-G-TGAGACA---TCTTT---AAA-AGA-G---T--------------CCA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-A-TGAA--TT--TCC-CTT-CTG--TT-A-C-TTATTGAA-----TG--A-G-A----TA--C-C----T-TGTA----A---AT-AC-A--A-GTT-----A----T-C--T-T--AATTTGTTTTTGTTtt
gi|91357 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CC-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-AGGAT-A---A-------A-C-TA--C-AT--G----TTTGT-G-TGAGACA---TCTTTT--TAA-AGA-G---T--------------CAATTGAGTG---TT--AACTA-A-T-TA---A--C-A-TT-A--TT--T-C-CTT-C-G--TT-A-C-T------A-----TGCAA--------TA--C-C----A-TGTA----A---AT-AA-A--AGG-T-----A----T-C-TT-T--AATTGT-TTTTGTT
gi|91352 : TTTTAAAATCTGTT-T-AAACA-ATAAT-T-TG-TT--TA-A-AAGGGTA---A-------A-C-TA----AT--G----TT----G-TGGGACA---TCTTTT--AAA-AGAAG---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-A-TG-A--TT--TTCGCTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C----T-TGC-----A---AT--A-A--A-G-T-----ATAG-T-C-TTGT--AATTTG-TTTT
gi|91355 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--AC-AAAAT-C--G-TT--TC-ATAGG---ACA-A-------A-C-TA--CGAT--G----TTA-T-G-TGAGACA---TTTTTT--AAA-AGACA---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-A-TG-AC-TT--TTC-CTT-CTG--GT---C-TG-----A-----TG-AA-G-A-C--TA--CTC----A-TGTA----A---AT-AA-A--A-G-T-----A----T-T-CT-T--TATTTG-TTTTt
gi|91348 : TTTTAA--TCTGTTAT-A--CA-AAAAT-T-T---T--TC-A-AGG---AC--A-------A-C-TAA-C-AT--G----TT--TTG-TGAGGCA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAAT----TG---TT--A---A-A-T-TTA--A--C-A-CG-ATTTT--TTT-CTT-CTGTCTT-AGC-T------G------G-AA-G-A-T--TA--C-CTTAGT-TGTG----AAGTAT-AA-A--G-T-C-----A----T-CATT-TGCAATTTA-TTTTGTTtt
gi|91358 : TTTTAA--TTTGTT-T-A---A-CAAAT-C-TG-TT--TT-A-AGG---ATA-A-------A-C-TA--------A----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--T---A-A-T-T----A--C-A-TGCA--TT--T-C-CTT-CTG--TT-A-CTT------A-----TG-AG--------TA----C----T-TGT---------AT-AA-A--A-GTT-----A----T---TT-T--AATTTG-TT
gi|91359 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-AAG---GCATA-------A-C-TA--C-GT--GTGGTTT--C-G-TG-GACA---TC-TTT--AAA-AGA-G---TC-------------CAA-----TGTTTTT--A---A-A-T-TC---ACCC-A-TG-T--TT--CCC-TTT-CTGC-TT-A-C-T------A-----TG--A-G-A-T--TA--C-CCTT-T-TGTA----A---AT-AA-A--A-
gi|91360 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--C--AAAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT------AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---
gi|91361 : TTTTAA--TCTGTT---A--CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--G----TT--T------------------T--AAA-AG----------------------------------------------T-T----A--C-A-TG-A--TT-----------------------------A-----TG-AA---A-T--TA--C------T-TGTA----A---AT-AA-A--A-G-T-----A----T-C-TT-T--AATTTG-TTTTGTT
gi|91362 : TTAAA--TCTGTT-T-A-----AAAAT-C-TG-TT--TC-A-GGA---T---A-------A-CGTA----AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA--GA-G---TAATGAATTATGGTTCAA-----TG---TT--A---A---T-T----A--C-A-TG-A--TT--TCC-CGT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C----T-TGT-----A---AT-AA-A--A-GTT-----A----T-C-TT-T--AATTTG--TTTGTT
gi|91364 : TTTAA--TCTGTT-T-A--CCCAAAAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---ATAGAT------A-C-TA--C--T--G----TT--G-G-AGAA-TA---TCTTTT--AAA-A-A-G---T--------------CAT-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATCG-C--TC--T-C-CTT-CTG--TA-A-C-T------G-----TA-AA-GTG-G--TAC-C-C----T-TGTA----A---AT-AAGA--A-G-T-----AGTC-T-C-CC-T--AATTt
gi|91365 : TAA--TCTGTT-TTA--CTTAAAAT-C-TGCTT--TC-A-AGT---A---GCGATTATA-C-TAT-C-AT--G----TT--T-GCTGAGACA---ACTTT---AAA-AGA-A---T--------------CAAA----TG---TT--A---A-A-T-C----A--CAA-TG-A--TT--TCC-CTTACTA--TTAA-C-T------A-----TC-AA-G-A-TTATA--C-C----T-TGCAATACA---AT-AA-A--A-G-CCAGTTA----TAC-TT-T--AATTTG-CTTTgttctctttt
gi|91366 : AA--TATGTT-T----CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-AGG---A---A-------A-C-TA--T-GT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---ATT-T-T----A--C-A-TG-A--TT--CCC-CTT-CTG--TT-A-C-C------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C----T-TGTA----A---AT-AA-A--A-G-T-----A----T-C--T-T--AATTTG-TTTTGTTt
gi|91363 : TGTT-T-A--CA-AAAATGT-TG-AT--TT-A-AGA---T---A-------A---TA--C-ATTGG----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTA--AAA-AGA-GGTTC--------------CAT-----TGT--TT--A---A-A-T-TAAACA--C-A-TA-A--TT--TCC-CTT-CTG--TT-T-G-T------AT----TG-AATG-AGT--TACTC-T----T-TGT-----A---AT--A-A--A-G-T-----T----T-C--T-T--AATTTCTTTTTGTT
gi|91367 : tttatatat-AAAAT---TG-TT--TC-A-AGG---GT--A-------A-C-TA--C-AT--G----TT----G-TGAGACA---TCTTT---AAA-GAA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-A-TG-A--TT--TTC--TT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C----T-TGCA----A---AT-AA-A--A-G-T-----ATCAGT-C-TT-T--AATTTG-TTTTGTT
gi|91368 : AAT-C-TG-TT--TC-A-AGG---AT--A-------A-C-TA--C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TT---TT--A---A-A-T-T----A--C-A-TG-A--TT--TCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C----T-TGTA----A---AT-AA-A--A-G-T-----ATCAGT-C-TT-T--AATTTG-TT
gi|91369 : AAT-C-TG-CT--TC-C-AAG---G---A-------A-C-TA--C-AT--G----TT--A-T-TGAGACA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---CT--A---A-A-T-T----A--C------A--TT--TCC-CTTACTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-G-T--TA--C-C----T-TGTAG---A---AT-AA-AATA-T-C-----AG---T-C-TT-T--AGTT
gi|91370 : -C-TG-TT--TC-A-AAA---T---A-------A-C-TA--C-ATT-G----TT--TTG-TGAGA-A---TTTTTTTTAAACAGA-G---T--------------CAG-----TG---TG--A---A-A---T----A--C-A-TG-A--TT--TCC-TTT-CTT--TT-A-C-A------C-----TG-AG-A-G-T--TA--C--------TG----------AT-AC-A--A-G-T-----A----T-A-TT-gttt
gi|91371 : -TGAGACA---TTTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAG-----TG---TT--G---A-A-A-T----A--C-A-TG-A--TT--TCC-TTT-CTG--TT-A-C-C------A-----TG-AA-G-G-T--TA--C-C----T-TGTA----
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111111 11111 1111
lowQualScore : 22 2 2 22 3 4 1 1 1 22 3 1 1 3333 22 5 444 5 55 1 3 1 44 5555 4444 1 222 66 1 3 222 11111111111111 99999 444 22 222 1 1 1 9999 22 1 3 44 22 1 3 55 1 1 1 666666 55555 1 1 1 2222 44 1 222 1 1 111111111 1 1 1 1 00000 1 8888 1 1 1 22 1 1
lowQualScore : .. . . .. . . . . . .. . . . .... .. . ... . .. . . . .. .... .... . ... .. . . ... .............. ..... ... .. ... . . . .... .. . . .. .. . . .. . . . ...... ..... . . . .... .. . ... . . ......... . . . . ..... . .... . . . .. . .
lowQualScore : 99 0 0 88 8 8 7 7 7 33 3 7 7 5555 33 0 666 0 66 7 3 7 00 2222 4444 6 888 66 6 2 888 00000000000000 44444 444 22 888 7 7 7 2222 33 7 3 00 33 7 3 66 7 7 7 555555 88888 7 7 7 7777 00 7 999 7 7 000000000 7 7 7 7 00000 8 0000 8 8 8 66 9 9
consensus : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
Reference ( family-709 ) : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91347 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--A--A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGGCA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ACG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----C-A----T-C-TT-T--AATTT-A-TTTTGTT
gi|91348 : TTTTAA--TCTGTTAT-A--CA-AAAAT-T----TT--TC-A-A-G----G--AC-A---A-C--TAA-C-AT--GT---TT--T-G-TGAGGCA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAAT----TG---TT--A---A-A-T-TTA--A--C-ACG-ATTT--TTTT-CTT-CTGTCTT-AGC-T------G------G-AA-G-A-T--TA--C-C---T-TAGTTGTGA----AG-TATA-AA-G-----TCA----T-CATT-TGCAATTT-A-TTTTGTT
gi|91349 : TTTAAA--TCTGTT-T-A--CA-AAA---C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-CTAT-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--T-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91350 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AA--T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGG-A---T--------------CAA-----TG---CT--G---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TACC-CTT-C-----T-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91351 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TTGTTC-A-A-G----G--AT-A---A-CC-T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-----T--------------CAATT---TG---TTTAA---A-A-T-T----A--T-TGG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A----TA--C-T---T-T-GT----A----AA--A-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91352 : TTTTAAAATCTGTT-T-AAACA-ATAAT-T-TG-TT--TA-A-AAG----G--GT-A---AAC--T-A---AT--G----TT----G-TGGGACA---TCTTTT--AAA-AGAAG---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTTCGCTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GC---------AA-T--A-AA-G-----T-ATAG-T-C-TTGT--AATTT-G-TTTTt
gi|91353 : TTTTAA--T-TGTT---A--CA-AAA-T-C-CG-TT--TCCA-A-G----G--AA-A---A-C--T-AAC-AT--G----GT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-A------------------CAA-----TG---TT--A---A-AGTAT----A--C-ATG-A--TTCTTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------AATGTTTG-AA-G-A-T--T---C-C---T-T-GT----A----AATTA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTt
gi|91354 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--TA-AAA-T-CGTG-TT--TC-A-A-G----G--ATGA---A-C--T-G-C-AT--G----TT--T-G-TGCGACAAGATCTTTT--ACA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-CTG-A-----TTCC-CTT-CTGT-TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TG--T-C---TGT-GT---------AA-TA-A-AA-G-----T-A----T---TT-T--AATTT-G-TTTTGTTtt
gi|91355 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--AC-AAAAT-C--G-TT--TC-ATA-G----G--AC-A---AAC--T-A-CGAT--G----TTA-T-G-TGAGACA---TTTTTT--AAA-AGACA---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-AC-T--TTTC-CTT-CTG--GT---C-TG-----A-----TG-AA-G-A-C--TA--CTC---A-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-T-CT-T--TATTT-G-TTTT
gi|91356 : TTTTAA--TTTGTT-T-A--CA-AAAAT-G-T--TT--TT-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT-------TG--T-G-TGAGACA---TCTTT---AAA-AGA-G---T--------------CCA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATGAA--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-TTATTGAA-----TG--A-G-A----TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-C-AA-GT----T-A----T-C--T-T--AATTT-GTTTTTGTTtt
gi|91357 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CC-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--ATAA---A-C--T-A-C-AT--G----TTTGT-G-TGAGACA---TCTTTT--TAA-AGA-G---T--------------CAATTGAGTG---TT--AACTA-A-T-TA---A--C-ATT-A--T--TT-C-CTT-C-G--TT-A-C-T------A-----TGCAA--------TA--C-C---A-T-GT----A----AA-TA-A-AAGG-----T-A----T-C-TT-T--AATTG-T-TTTTGTT
gi|91358 : TTTTAA--TTTGTT-T-A---A-CAAAT-C-TG-TT--TT-A-A-G----G--AT-A---AAC--T-A-------A----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--T---A-A-T-T----A--C-ATGCA--T--TT-C-CTT-CTG--TT-A-CTT------A-----TG-AG--------TA----C---T-T-GT----------A-TA-A-AA-GT----T-A----T---TT-T--AATTT-G-TT
gi|91359 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-A----GGCAT-A---A-C--T-A-C-GT--GTGGTTT--C-G-TG-GACA---TC-TTT--AAA-AGA-G---TC-------------CAA-----TGTTTTT--A---A-A-T-TC---ACCC-ATG-T--T--TCCC-TTT-CTGC-TT-A-C-T------A-----TG--A-G-A-T--TA--C-CCTTT-T-GT----A----AA-TA-A-AA-
gi|91360 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT------AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---
gi|91361 : TTTTAA--TCTGTT---A--CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G------------------------TTTT--AAA-AG----------------------------------------------T-T----A--C-ATG-A--T-----------------------T------A-----TG-AA---A-T--TA----C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91362 : TTAAA--TCTGTT-T-A-----AAAAT-C-TG-TT--TC-A---G----G--AT-A---A-CG-T-A---AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA--GA-G---TAATGAATTATGGTTCAA-----TG---TT--A---A---T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CGT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT---------AA-TA-A-AA-GT----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G--TTTGTT
gi|91363 : TGTT-T-A--CA-AAAATGT-TG-AT--TT-A-A-G-------AT-A---A----T-A-C-ATTGG----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTA--AAA-AGA-GGTTC--------------CAT-----TGT--TT--A---A-A-T-TAAACA--C-ATA-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-T-G-T------AT----TG-AATG-AGT--TACTC-T---T-T-GT---------AA-T--A-AA-G-----T-T----T-C--T-T--AATTTCT-TTTTGTTt
gi|91364 : tttatatatTTTAA--TCTGTT-T-A--CCCAAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-AGATA-C--T-A-C--T--G----TT--G-G-AGA-ATA---TCTTTT--AAA-A-A-G---T--------------CAT-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATC-G--C--TCTC-CTT-CTG--TA-A-C-T------G-----TA-AA-GTG-G--TAC-C-C---T-T-GT----A----AA-TA-AGAA-G-----T-AGTC-T-C-CC-T--AA-TT-G-TTCTCTT
gi|91365 : TAA--TCTGTT-TTA--CTTAAAAT-C-TGCTT--TC-A-A-GTAGCG--ATTAT--A-C--T-ATC-AT--G----TT--T-GCTGAGACA---ACTTT---AAA-AGA-A---T--------------CAAA----TG---TT--A---A-A-T-C----A--CAATG-A--T--TTCC-CTTACTA--TTAA-C-T------A-----TC-AA-G-A-TTATA--C-C---T-T-GC----AATACAA-TA-A-AA-GCCAGTT-A----TAC-TT-T--AATTT-G-CTTTtt
gi|91366 : AA--TATGTT-T----CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--A--A---A-C--T-A-T-GT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---ATT-T-T----A--C-ATG-A--T--TCCC-CTT-CTG--TT-A-C-C------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C--T-T--AATTT-G-TTTTGTTt
gi|91367 : -AAAAT---TG-TT--TC-A-A-G----G--GT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT----G-TGAGACA---TCTTT---AAA-GAA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTTC--TT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GC----A----AA-TA-A-AA-G-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91368 : AAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TT---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTT-G-TT
gi|91369 : AAT-C-TG-CT--TCCA-A-G----G--A------A-C--T-A-C-AT--G----TT--A-T-TGAGACA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---CT--A---A-A-T-T----A--C-----A--T--TTCC-CTTACTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-G-T--TA--C-C---T-T-GT----AG---AA-TA-A-AA-------T-ATCAGT-C-TT-T--AG-TT-G-TTT
gi|91370 : -C-TG-TT--TC-A-A-A-------AT-A---A-C--T-A-C-ATT-G----TT--TTG-TGAGA-A---TTTTTTTTAAACAGA-G---T--------------CAG-----TG---TG--A---A-A-T------A--C-ATG-A--T--TTCC-TTT-CTT--TT-A-C-A------C-----TG-AG-A-G-T--TA--C-------T-G-----------A-TA-C-AA-G-----T-A----T-A-TT-
gi|91371 : -TGAGACA---TTTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAG-----TG---TT--G---A-A-A-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-TTT-CTG--TT-A-C-C------A-----TG-AA-G-G-T--TA--C-C---T-T-GT----A----
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111111 11111 1111
lowQualScore : 22 2 2 22 3 4 1 1 1 22 3 1 1 3333 22 5 444 5 55 1 3 1 44 5555 4444 1 222 66 1 3 222 11111111111111 99999 444 22 222 1 1 1 9999 22 1 3 44 22 1 3 55 1 1 1 666666 55555 1 1 1 2222 44 1 222 1 1 111111111 1 1 1 1 00000 1 8888 1 1 1 22 1 1
lowQualScore : .. . . .. . . . . . .. . . . .... .. . ... . .. . . . .. .... .... . ... .. . . ... .............. ..... ... .. ... . . . .... .. . . .. .. . . .. . . . ...... ..... . . . .... .. . ... . . ......... . . . . ..... . .... . . . .. . .
lowQualScore : 99 0 0 88 8 8 7 7 7 33 3 7 7 5555 33 0 666 0 66 7 3 7 00 2222 4444 6 888 66 6 2 888 00000000000000 44444 444 22 888 7 7 7 2222 33 7 3 00 33 7 3 66 7 7 7 555555 88888 7 7 7 7777 00 7 999 7 7 000000000 7 7 7 7 00000 8 0000 8 8 8 66 9 9
consensus : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
Reference ( family-709 ) : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91347 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--A--A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGGCA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ACG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----C-A----T-C-TT-T--AATTT-A-TTTTGTT
gi|91348 : TTTTAA--TCTGTTAT-A--CA-AAAAT-T----TT--TC-A-A-G----G--AC-A---A-C--TAA-C-AT--GT---TT--T-G-TGAGGCA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAAT----TG---TT--A---A-A-T-TTA--A--C-ACG-ATTT--TTTT-CTT-CTGTCTT-AGC-T------G------G-AA-G-A-T--TA--C-C---T-TAGTTGTGA----AG-TATA-AA-G-----TCA----T-CATT-TGCAATTT-A-TTTTGTT
gi|91349 : TTTAAA--TCTGTT-T-A--CA-AAA---C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-CTAT-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--T-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91350 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AA--T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGG-A---T--------------CAA-----TG---CT--G---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TACC-CTT-C-----T-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91351 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TTGTTC-A-A-G----G--AT-A---A-CC-T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-----T--------------CAATT---TG---TTTAA---A-A-T-T----A--T-TGG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A----TA--C-T---T-T-GT----A----AA--A-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91352 : TTTTAAAATCTGTT-T-AAACA-ATAAT-T-TG-TT--TA-A-AAG----G--GT-A---AAC--T-A---AT--G----TT----G-TGGGACA---TCTTTT--AAA-AGAAG---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTTCGCTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GC---------AA-T--A-AA-G-----T-ATAG-T-C-TTGT--AATTT-G-TTTTt
gi|91353 : TTTTAA--T-TGTT---A--CA-AAA-T-C-CG-TT--TCCA-A-G----G--AA-A---A-C--T-AAC-AT--G----GT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-A------------------CAA-----TG---TT--A---A-AGTAT----A--C-ATG-A--TTCTTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------AATGTTTG-AA-G-A-T--T---C-C---T-T-GT----A----AATTA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTt
gi|91354 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--TA-AAA-T-CGTG-TT--TC-A-A-G----G--ATGA---A-C--T-G-C-AT--G----TT--T-G-TGCGACAAGATCTTTT--ACA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-CTG-A-----TTCC-CTT-CTGT-TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TG--T-C---TGT-GT---------AA-TA-A-AA-G-----T-A----T---TT-T--AATTT-G-TTTTGTTtt
gi|91355 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--AC-AAAAT-C--G-TT--TC-ATA-G----G--AC-A---AAC--T-A-CGAT--G----TTA-T-G-TGAGACA---TTTTTT--AAA-AGACA---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-AC-T--TTTC-CTT-CTG--GT---C-TG-----A-----TG-AA-G-A-C--TA--CTC---A-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-T-CT-T--TATTT-G-TTTT
gi|91356 : TTTTAA--TTTGTT-T-A--CA-AAAAT-G-T--TT--TT-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT-------TG--T-G-TGAGACA---TCTTT---AAA-AGA-G---T--------------CCA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATGAA--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-TTATTGAA-----TG--A-G-A----TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-C-AA-GT----T-A----T-C--T-T--AATTT-GTTTTTGTTtt
gi|91357 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CC-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--ATAA---A-C--T-A-C-AT--G----TTTGT-G-TGAGACA---TCTTTT--TAA-AGA-G---T--------------CAATTGAGTG---TT--AACTA-A-T-TA---A--C-ATT-A--T--TT-C-CTT-C-G--TT-A-C-T------A-----TGCAA--------TA--C-C---A-T-GT----A----AA-TA-A-AAGG-----T-A----T-C-TT-T--AATTG-T-TTTTGTT
gi|91358 : TTTTAA--TTTGTT-T-A---A-CAAAT-C-TG-TT--TT-A-A-G----G--AT-A---AAC--T-A-------A----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--T---A-A-T-T----A--C-ATGCA--T--TT-C-CTT-CTG--TT-A-CTT------A-----TG-AG--------TA----C---T-T-GT----------A-TA-A-AA-GT----T-A----T---TT-T--AATTT-G-TT
gi|91359 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-A----GGCAT-A---A-C--T-A-C-GT--GTGGTTT--C-G-TG-GACA---TC-TTT--AAA-AGA-G---TC-------------CAA-----TGTTTTT--A---A-A-T-TC---ACCC-ATG-T--T--TCCC-TTT-CTGC-TT-A-C-T------A-----TG--A-G-A-T--TA--C-CCTTT-T-GT----A----AA-TA-A-AA-
gi|91360 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT------AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---
gi|91361 : TTTTAA--TCTGTT---A--CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G------------------------TTTT--AAA-AG----------------------------------------------T-T----A--C-ATG-A--T-----------------------T------A-----TG-AA---A-T--TA----C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91362 : TTAAA--TCTGTT-T-A-----AAAAT-C-TG-TT--TC-A---G----G--AT-A---A-CG-T-A---AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA--GA-G---TAATGAATTATGGTTCAA-----TG---TT--A---A---T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CGT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT---------AA-TA-A-AA-GT----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G--TTTGTT
gi|91363 : TGTT-T-A--CA-AAAATGT-TG-AT--TT-A-A-G-------AT-A---A----T-A-C-ATTGG----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTA--AAA-AGA-GGTTC--------------CAT-----TGT--TT--A---A-A-T-TAAACA--C-ATA-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-T-G-T------AT----TG-AATG-AGT--TACTC-T---T-T-GT---------AA-T--A-AA-G-----T-T----T-C--T-T--AATTTCT-TTTTGTTt
gi|91364 : tttatatatTTTAA--TCTGTT-T-A--CCCAAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-AGATA-C--T-A-C--T--G----TT--G-G-AGA-ATA---TCTTTT--AAA-A-A-G---T--------------CAT-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATC-G--C--TCTC-CTT-CTG--TA-A-C-T------G-----TA-AA-GTG-G--TAC-C-C---T-T-GT----A----AA-TA-AGAA-G-----T-AGTC-T-C-CC-T--AA-TT-G-TTCTCTT
gi|91365 : TAA--TCTGTT-TTA--CTTAAAAT-C-TGCTT--TC-A-A-GTAGCG--ATTAT--A-C--T-ATC-AT--G----TT--T-GCTGAGACA---ACTTT---AAA-AGA-A---T--------------CAAA----TG---TT--A---A-A-T-C----A--CAATG-A--T--TTCC-CTTACTA--TTAA-C-T------A-----TC-AA-G-A-TTATA--C-C---T-T-GC----AATACAA-TA-A-AA-GCCAGTT-A----TAC-TT-T--AATTT-G-CTTTtt
gi|91366 : AA--TATGTT-T----CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--A--A---A-C--T-A-T-GT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---ATT-T-T----A--C-ATG-A--T--TCCC-CTT-CTG--TT-A-C-C------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C--T-T--AATTT-G-TTTTGTTt
gi|91367 : -AAAAT---TG-TT--TC-A-A-G----G--GT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT----G-TGAGACA---TCTTT---AAA-GAA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTTC--TT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GC----A----AA-TA-A-AA-G-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91368 : AAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TT---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTT-G-TT
gi|91369 : AAT-C-TG-CT--TCCA-A-G----G--A------A-C--T-A-C-AT--G----TT--A-T-TGAGACA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---CT--A---A-A-T-T----A--C-----A--T--TTCC-CTTACTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-G-T--TA--C-C---T-T-GT----AG---AA-TA-A-AA-------T-ATCAGT-C-TT-T--AG-TT-G-TTT
gi|91370 : -C-TG-TT--TC-A-A-A-------AT-A---A-C--T-A-C-ATT-G----TT--TTG-TGAGA-A---TTTTTTTTAAACAGA-G---T--------------CAG-----TG---TG--A---A-A-T------A--C-ATG-A--T--TTCC-TTT-CTT--TT-A-C-A------C-----TG-AG-A-G-T--TA--C-------T-G-----------A-TA-C-AA-G-----T-A----T-A-TT-
gi|91371 : -TGAGACA---TTTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAG-----TG---TT--G---A-A-A-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-TTT-CTG--TT-A-C-C------A-----TG-AA-G-G-T--TA--C-C---T-T-GT----A----
blockSeqs : AA A T AA C A G G C GT C T A TAGC GC G GAT A TA A A G TG TGGT TGT C AGA TA C A GTT AATGAATTATGGTT TTGAG TTT TA ACT T G A AAAC CC A A TT TC G A TC A G T TATTGA ATGTT C T T TTA CT T CTT G A TGTGA T T G G CCAGT C TCAG A A G GC C T
blockSeqs : . . . . T A . . . . C . . . . A T A C . T . T T AT . . TA . C . C TT T . . . . . TA . . C C . . A T . . . G T . . . GT C . . . . AATAC . . . . T . TCAG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . T . A G . . . . . TT . . TT . . . . T . . . . . . A . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . . . AG . . . . T . TCAG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . T . TAG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . GTC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
finalCons : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111111 11111 1111
lowQualScore : 22 2 2 22 3 4 1 1 1 22 3 1 1 3333 22 5 444 5 55 1 3 1 44 5555 4444 1 222 66 1 3 222 11111111111111 99999 444 22 222 1 1 1 9999 22 1 3 44 22 1 3 55 1 1 1 666666 55555 1 1 1 2222 44 1 222 1 1 111111111 1 1 1 1 00000 1 8888 1 1 1 22 1 1
lowQualScore : .. . . .. . . . . . .. . . . .... .. . ... . .. . . . .. .... .... . ... .. . . ... .............. ..... ... .. ... . . . .... .. . . .. .. . . .. . . . ...... ..... . . . .... .. . ... . . ......... . . . . ..... . .... . . . .. . .
lowQualScore : 99 0 0 88 8 8 7 7 7 33 3 7 7 5555 33 0 666 0 66 7 3 7 00 2222 4444 6 888 66 6 2 888 00000000000000 44444 444 22 888 7 7 7 2222 33 7 3 00 33 7 3 66 7 7 7 555555 88888 7 7 7 7777 00 7 999 7 7 000000000 7 7 7 7 00000 8 0000 8 8 8 66 9 9
consensus : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
Reference ( family-709 ) : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91347 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--A--A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGGCA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ACG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----C-A----T-C-TT-T--AATTT-A-TTTTGTT
gi|91348 : TTTTAA--TCTGTTAT-A--CA-AAAAT-T----TT--TC-A-A-G----G--AC-A---A-C--TAA-C-AT--GT---TT--T-G-TGAGGCA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAAT----TG---TT--A---A-A-T-TTA--A--C-ACG-ATTT--TTTT-CTT-CTGTCTT-AGC-T------G------G-AA-G-A-T--TA--C-C---T-TAGTTGTGA----AG-TATA-AA-G-----TCA----T-CATT-TGCAATTT-A-TTTTGTT
gi|91349 : TTTAAA--TCTGTT-T-A--CA-AAA---C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-CTAT-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--T-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91350 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AA--T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGG-A---T--------------CAA-----TG---CT--G---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TACC-CTT-C-----T-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91351 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TTGTTC-A-A-G----G--AT-A---A-CC-T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-----T--------------CAATT---TG---TTTAA---A-A-T-T----A--T-TGG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A----TA--C-T---T-T-GT----A----AA--A-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91352 : TTTTAAAATCTGTT-T-AAACA-ATAAT-T-TG-TT--TA-A-AAG----G--GT-A---AAC--T-A---AT--G----TT----G-TGGGACA---TCTTTT--AAA-AGAAG---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTTCGCTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GC---------AA-T--A-AA-G-----T-ATAG-T-C-TTGT--AATTT-G-TTTTt
gi|91353 : TTTTAA--T-TGTT---A--CA-AAA-T-C-CG-TT--TCCA-A-G----G--AA-A---A-C--T-AAC-AT--G----GT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-A------------------CAA-----TG---TT--A---A-AGTAT----A--C-ATG-A--TTCTTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------AATGTTTG-AA-G-A-T--T---C-C---T-T-GT----A----AATTA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTt
gi|91354 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--TA-AAA-T-CGTG-TT--TC-A-A-G----G--ATGA---A-C--T-G-C-AT--G----TT--T-G-TGCGACAAGATCTTTT--ACA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-CTG-A-----TTCC-CTT-CTGT-TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TG--T-C---TGT-GT---------AA-TA-A-AA-G-----T-A----T---TT-T--AATTT-G-TTTTGTTtt
gi|91355 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--AC-AAAAT-C--G-TT--TC-ATA-G----G--AC-A---AAC--T-A-CGAT--G----TTA-T-G-TGAGACA---TTTTTT--AAA-AGACA---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-AC-T--TTTC-CTT-CTG--GT---C-TG-----A-----TG-AA-G-A-C--TA--CTC---A-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-T-CT-T--TATTT-G-TTTT
gi|91356 : TTTTAA--TTTGTT-T-A--CA-AAAAT-G-T--TT--TT-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT-------TG--T-G-TGAGACA---TCTTT---AAA-AGA-G---T--------------CCA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATGAA--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-TTATTGAA-----TG--A-G-A----TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-C-AA-GT----T-A----T-C--T-T--AATTT-GTTTTTGTTtt
gi|91357 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CC-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--ATAA---A-C--T-A-C-AT--G----TTTGT-G-TGAGACA---TCTTTT--TAA-AGA-G---T--------------CAATTGAGTG---TT--AACTA-A-T-TA---A--C-ATT-A--T--TT-C-CTT-C-G--TT-A-C-T------A-----TGCAA--------TA--C-C---A-T-GT----A----AA-TA-A-AAGG-----T-A----T-C-TT-T--AATTG-T-TTTTGTT
gi|91358 : TTTTAA--TTTGTT-T-A---A-CAAAT-C-TG-TT--TT-A-A-G----G--AT-A---AAC--T-A-------A----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--T---A-A-T-T----A--C-ATGCA--T--TT-C-CTT-CTG--TT-A-CTT------A-----TG-AG--------TA----C---T-T-GT----------A-TA-A-AA-GT----T-A----T---TT-T--AATTT-G-TT
gi|91359 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-A----GGCAT-A---A-C--T-A-C-GT--GTGGTTT--C-G-TG-GACA---TC-TTT--AAA-AGA-G---TC-------------CAA-----TGTTTTT--A---A-A-T-TC---ACCC-ATG-T--T--TCCC-TTT-CTGC-TT-A-C-T------A-----TG--A-G-A-T--TA--C-CCTTT-T-GT----A----AA-TA-A-AA-
gi|91360 : TTTTAA--TCTGTT-T-A--CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT------AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---
gi|91361 : TTTTAA--TCTGTT---A--CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G------------------------TTTT--AAA-AG----------------------------------------------T-T----A--C-ATG-A--T-----------------------T------A-----TG-AA---A-T--TA----C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91362 : TTAAA--TCTGTT-T-A-----AAAAT-C-TG-TT--TC-A---G----G--AT-A---A-CG-T-A---AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA--GA-G---TAATGAATTATGGTTCAA-----TG---TT--A---A---T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CGT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT---------AA-TA-A-AA-GT----T-A----T-C-TT-T--AATTT-G--TTTGTT
gi|91363 : TGTT-T-A--CA-AAAATGT-TG-AT--TT-A-A-G-------AT-A---A----T-A-C-ATTGG----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTA--AAA-AGA-GGTTC--------------CAT-----TGT--TT--A---A-A-T-TAAACA--C-ATA-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-T-G-T------AT----TG-AATG-AGT--TACTC-T---T-T-GT---------AA-T--A-AA-G-----T-T----T-C--T-T--AATTTCT-TTTTGTTt
gi|91364 : tttatatatTTTAA--TCTGTT-T-A--CCCAAAAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-AGATA-C--T-A-C--T--G----TT--G-G-AGA-ATA---TCTTTT--AAA-A-A-G---T--------------CAT-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATC-G--C--TCTC-CTT-CTG--TA-A-C-T------G-----TA-AA-GTG-G--TAC-C-C---T-T-GT----A----AA-TA-AGAA-G-----T-AGTC-T-C-CC-T--AA-TT-G-TTCTCTT
gi|91365 : TAA--TCTGTT-TTA--CTTAAAAT-C-TGCTT--TC-A-A-GTAGCG--ATTAT--A-C--T-ATC-AT--G----TT--T-GCTGAGACA---ACTTT---AAA-AGA-A---T--------------CAAA----TG---TT--A---A-A-T-C----A--CAATG-A--T--TTCC-CTTACTA--TTAA-C-T------A-----TC-AA-G-A-TTATA--C-C---T-T-GC----AATACAA-TA-A-AA-GCCAGTT-A----TAC-TT-T--AATTT-G-CTTTtt
gi|91366 : AA--TATGTT-T----CA-AAA-T-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--A--A---A-C--T-A-T-GT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---ATT-T-T----A--C-ATG-A--T--TCCC-CTT-CTG--TT-A-C-C------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-A----T-C--T-T--AATTT-G-TTTTGTTt
gi|91367 : -AAAAT---TG-TT--TC-A-A-G----G--GT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT----G-TGAGACA---TCTTT---AAA-GAA-G---T--------------CAA-----TG---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTTC--TT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GC----A----AA-TA-A-AA-G-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTT-G-TTTTGTT
gi|91368 : AAT-C-TG-TT--TC-A-A-G----G--AT-A---A-C--T-A-C-AT--G----TT--T-G-TGAGACA---TCTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAA-----TT---TT--A---A-A-T-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-CTT-CTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-A-T--TA--C-C---T-T-GT----A----AA-TA-A-AA-G-----T-ATCAGT-C-TT-T--AATTT-G-TT
gi|91369 : AAT-C-TG-CT--TCCA-A-G----G--A------A-C--T-A-C-AT--G----TT--A-T-TGAGACA---TCTTTTTAAAA-AGA-G---T--------------CAA-----TG---CT--A---A-A-T-T----A--C-----A--T--TTCC-CTTACTG--TT-A-C-T------A-----TG-AA-G-G-T--TA--C-C---T-T-GT----AG---AA-TA-A-AA-------T-ATCAGT-C-TT-T--AG-TT-G-TTT
gi|91370 : -C-TG-TT--TC-A-A-A-------AT-A---A-C--T-A-C-ATT-G----TT--TTG-TGAGA-A---TTTTTTTTAAACAGA-G---T--------------CAG-----TG---TG--A---A-A-T------A--C-ATG-A--T--TTCC-TTT-CTT--TT-A-C-A------C-----TG-AG-A-G-T--TA--C-------T-G-----------A-TA-C-AA-G-----T-A----T-A-TT-
gi|91371 : -TGAGACA---TTTTTT--AAA-AGA-G---T--------------CAG-----TG---TT--G---A-A-A-T----A--C-ATG-A--T--TTCC-TTT-CTG--TT-A-C-C------A-----TG-AA-G-G-T--TA--C-C---T-T-GT----A----