lowQualScore : 1111
lowQualScore : 22 1 77 1 222 55 7777 3 1 3333 66666 1 1 3 2
lowQualScore : .. . .. . ... .. .... . . .... ..... . . . .
lowQualScore : 44 7 99 7 999 11 2222 3 7 0000 11111 7 7 6 1
consensus : TAATGTCATA--A-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
Reference ( gi|127160 ) : TAATGTCATA--A-TG-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAAGT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127163 : TAATGTCATA--A-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAAGT--AG-CG-AC---ATTAATTTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127165 : TGATGTCATA-------T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CA-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTTAA
gi|127161 : TAATGTCTTA--A-TA-T-TTTTCTTTCC---AT-ACAACT--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-GATG-CGTCAA
gi|127162 : TAATGTCATA--A-TA-T-TT--CTTGTC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTT-AATG-CGTCAA
gi|127166 : TAATGTCATA--A-TG-T-TTTTCATGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----CTTAAAGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127168 : TAATGTCATA--A-TG-A-TTTTCTTGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA-TTGTG-ATTG-CGTCAA
gi|127169 : TAATGTCATA--A-AA-A-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-GA-CTTTG-AATG-TGCCGA
gi|127164 : TAAT---ATA--A-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA--TTTG-AATG-CGTCAA
gi|127167 : TAATGTCATA--A-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CA-AC---A-----TTTAACGG--A-TTTTG-AAT
gi|127170 : TAGTATCATA--A-CA-T-TTTTCTTGCCTTAATTACAACT--AA-TG-AC---A-----TTTAGTGG-AA-TTTTG-AATG-AGTCAA
gi|127172 : TAATGTCATACTA-T--T-TTTTCTTGCC---A--AAAACT--AA-CG-AT---A-----TTTCACGG-AA-TTATG-AATA-CGTCAA
gi|127171 : TAATGTCATA--A-TATT-TTTTCATA-C---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTCACGG-AA-TTTTG-AATG-CG-CAA
gi|127173 : TAATG-CATA--AATA-T-TTTTCTTGTC---AT-ACAACA--AG-CACAT---A-----TCTGACGG-AA-TTTTGAAATG-CATCAA
gi|127174 : TAATCTCATA--A-TA-T-TTTTCTTGCT---AT-ACAACT--AG-CG-AC---
gi|127175 : AATGTCATA--A-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-
gi|127176 : AATGTCATG--A-TA-T-TTTTCTTGCC---CT-ACAAATTAAGACG-AT---AT----TTTAACAG-AA-TTTTG-AAAG-CGCCAA
gi|127177 : ATGTCATA--G-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACA--AT-CG-AT---A-----TTTAACGG-GA-TTTTG-AATG-TGTCGA
gi|127178 : ATGTCATA--A-TA-T-TTTTCAAGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AATTTTTG-AAT
gi|127180 : TATCATC--A-TC-TATTTCCTTGCC---AT-ACAACA--AGCCG-AC---A------TAAACGGCAA-TTTTGTAATGCCGTCAA
gi|127181 : GTCACA--G-TG-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAATT--AG-TG-AA---A-----TTTACAGG-GA-TTTTG-TATG-TGTCAA
gi|127182 : TCATA--A-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AA---A-----TTTAACGG-AA-TGTT
gi|127183 : --A-TA-T-TTTTCTTGTC---AT-ACAACT--AG-CG-GT---A-----TTTAACGG-TA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127184 : --A-TA-C-TTTTCTTGCC---AT-ACAGCA--AG-CG-AT---A-----TTAAACAG-AA-TTTTG-AAT
gi|127179 : -TTTTCTTGCC----T-ACAA-C--AA-CG-CCTGGA-----TCTAACGG-AA-TCTTG-AATG-CGACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 3 1 222 1 333 3 1 222 55555 1 1 3 2
lowQualScore : . . . . ... . ... . . ... ..... . . . .
lowQualScore : 7 6 2 6 888 6 555 2 6 888 88888 7 7 5 0
consensus : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
Reference ( family-706 ) : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127160 : TAATGTCA-TAA-TG-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAAGT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127161 : TAATGTCT-TAA-TA-T-TTTTCTTTCC---AT-ACAACT--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-GATG-CGTCAA
gi|127162 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TT--CTTGTC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTT-AATG-CGTCAA
gi|127163 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAAGT--AG-CG-AC---ATTAATTTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127164 : TAAT---A-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA--TTTG-AATG-CGTCAA
gi|127165 : TGATGTCA-TA-----T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CA-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTTAA
gi|127166 : TAATGTCA-TAA-TG-T-TTTTCATGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----CTTAAAGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127167 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CA-AC---A-----TTTAACGG--A-TTTTG-AAT
gi|127168 : TAATGTCA-TAA-TG-A-TTTTCTTGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA-TTGTG-ATTG-CGTCAA
gi|127169 : TAATGTCA-TAA-AA-A-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-GA-CTTTG-AATG-TGCCGA
gi|127170 : TAGTATCA-TAA-CA-T-TTTTCTTGCCTTAATTACAACT--AA-TG-AC---A-----TTTAGTGG-AA-TTTTG-AATG-AGTCAA
gi|127171 : TAATGTCA-TAA-TATT-TTTTCATA-C---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTCACGG-AA-TTTTG-AATG-CG-CAA
gi|127172 : TAATGTCA-TAC-TATT-TTTTCTTGCC---A--AAAACT--AA-CG-AT---A-----TTTCACGG-AA-TTATG-AATA-CGTCAA
gi|127173 : TAATG-CA-TAAATA-T-TTTTCTTGTC---AT-ACAACA--AG-CACAT---A-----TCTGACGG-AA-TTTTGAAATG-CATCAA
gi|127174 : TAATCTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCT---AT-ACAACT--AG-CG-AC---
gi|127175 : AATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-
gi|127176 : AATGTCA-TGA-TA-T-TTTTCTTGCC---CT-ACAAATTAAGACG-AT---AT----TTTAACAG-AA-TTTTG-AAAG-CGCCAA
gi|127177 : ATGTCA-TAG-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACA--AT-CG-AT---A-----TTTAACGG-GA-TTTTG-AATG-TGTCGA
gi|127178 : ATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCAAGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AATTTTTG-AAT
gi|127179 : ACGTCACTTA-TA-T-TTT-CTTGCC----T-ACAAC---AA-CG-CCTGGA-----TCTAACGG-AA-TCTTG-AATG-CGACA
gi|127180 : TATCA-TCA-TC-TATTTCCTTGCC---AT-ACAACA--AGCCG-AC---A------TAAACGGCAA-TTTTGTAATGCCGTCAA
gi|127181 : GTCA-CAG-TG-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAATT--AG-TG-AA---A-----TTTACAGG-GA-TTTTG-TATG-TGTCAA
gi|127182 : TCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AA---A-----TTTAACGG-AA-TGTT
gi|127183 : A-TA-T-TTTTCTTGTC---AT-ACAACT--AG-CG-GT---A-----TTTAACGG-TA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127184 : A-TA-C-TTTTCTTGCC---AT-ACAGCA--AG-CG-AT---A-----TTAAACAG-AA-TTTTG-AAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 3 1 222 1 333 3 1 222 55555 1 1 3 2
lowQualScore : . . . . ... . ... . . ... ..... . . . .
lowQualScore : 7 6 2 6 888 6 555 2 6 888 88888 7 7 5 0
consensus : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
Reference ( family-706 ) : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127160 : TAATGTCA-TAA-TG-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAAGT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127161 : TAATGTCT-TAA-TA-T-TTTTCTTTCC---AT-ACAACT--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-GATG-CGTCAA
gi|127162 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TT--CTTGTC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTT-AATG-CGTCAA
gi|127163 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAAGT--AG-CG-AC---ATTAATTTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127164 : TAAT---A-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA--TTTG-AATG-CGTCAA
gi|127165 : TGATGTCA-TA-----T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CA-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTTAA
gi|127166 : TAATGTCA-TAA-TG-T-TTTTCATGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----CTTAAAGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127167 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CA-AC---A-----TTTAACGG--A-TTTTG-AAT
gi|127168 : TAATGTCA-TAA-TG-A-TTTTCTTGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA-TTGTG-ATTG-CGTCAA
gi|127169 : TAATGTCA-TAA-AA-A-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-GA-CTTTG-AATG-TGCCGA
gi|127170 : TAGTATCA-TAA-CA-T-TTTTCTTGCCTTAATTACAACT--AA-TG-AC---A-----TTTAGTGG-AA-TTTTG-AATG-AGTCAA
gi|127171 : TAATGTCA-TAA-TATT-TTTTCATA-C---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTCACGG-AA-TTTTG-AATG-CG-CAA
gi|127172 : TAATGTCA-TAC-TATT-TTTTCTTGCC---A--AAAACT--AA-CG-AT---A-----TTTCACGG-AA-TTATG-AATA-CGTCAA
gi|127173 : TAATG-CA-TAAATA-T-TTTTCTTGTC---AT-ACAACA--AG-CACAT---A-----TCTGACGG-AA-TTTTGAAATG-CATCAA
gi|127174 : TAATCTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCT---AT-ACAACT--AG-CG-AC---
gi|127175 : AATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-
gi|127176 : AATGTCA-TGA-TA-T-TTTTCTTGCC---CT-ACAAATTAAGACG-AT---AT----TTTAACAG-AA-TTTTG-AAAG-CGCCAA
gi|127177 : ATGTCA-TAG-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACA--AT-CG-AT---A-----TTTAACGG-GA-TTTTG-AATG-TGTCGA
gi|127178 : ATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCAAGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AATTTTTG-AAT
gi|127179 : ACGTCACTTA-TA-T-TTT-CTTGCC----T-ACAAC---AA-CG-CCTGGA-----TCTAACGG-AA-TCTTG-AATG-CGACA
gi|127180 : TATCA-TCA-TC-TATTTCCTTGCC---AT-ACAACA--AGCCG-AC---A------TAAACGGCAA-TTTTGTAATGCCGTCAA
gi|127181 : GTCA-CAG-TG-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAATT--AG-TG-AA---A-----TTTACAGG-GA-TTTTG-TATG-TGTCAA
gi|127182 : TCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AA---A-----TTTAACGG-AA-TGTT
gi|127183 : A-TA-T-TTTTCTTGTC---AT-ACAACT--AG-CG-GT---A-----TTTAACGG-TA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127184 : A-TA-C-TTTTCTTGCC---AT-ACAGCA--AG-CG-AT---A-----TTAAACAG-AA-TTTTG-AAT
blockSeqs : C A T A TTA T TTA A C TGG TTAAT C T A C
blockSeqs : . . T . . . T C . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
finalCons : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 3 1 222 1 333 3 1 222 55555 1 1 3 2
lowQualScore : . . . . ... . ... . . ... ..... . . . .
lowQualScore : 7 6 2 6 888 6 555 2 6 888 88888 7 7 5 0
consensus : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
Reference ( family-706 ) : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127160 : TAATGTCA-TAA-TG-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAAGT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127161 : TAATGTCT-TAA-TA-T-TTTTCTTTCC---AT-ACAACT--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-GATG-CGTCAA
gi|127162 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TT--CTTGTC---AT-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTT-AATG-CGTCAA
gi|127163 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAAGT--AG-CG-AC---ATTAATTTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127164 : TAAT---A-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA--TTTG-AATG-CGTCAA
gi|127165 : TGATGTCA-TA-----T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CA-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-CGTTAA
gi|127166 : TAATGTCA-TAA-TG-T-TTTTCATGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----CTTAAAGG-AA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127167 : TAATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACT--AG-CA-AC---A-----TTTAACGG--A-TTTTG-AAT
gi|127168 : TAATGTCA-TAA-TG-A-TTTTCTTGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AA-TTGTG-ATTG-CGTCAA
gi|127169 : TAATGTCA-TAA-AA-A-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-GA-CTTTG-AATG-TGCCGA
gi|127170 : TAGTATCA-TAA-CA-T-TTTTCTTGCCTTAATTACAACT--AA-TG-AC---A-----TTTAGTGG-AA-TTTTG-AATG-AGTCAA
gi|127171 : TAATGTCA-TAA-TATT-TTTTCATA-C---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTCACGG-AA-TTTTG-AATG-CG-CAA
gi|127172 : TAATGTCA-TAC-TATT-TTTTCTTGCC---A--AAAACT--AA-CG-AT---A-----TTTCACGG-AA-TTATG-AATA-CGTCAA
gi|127173 : TAATG-CA-TAAATA-T-TTTTCTTGTC---AT-ACAACA--AG-CACAT---A-----TCTGACGG-AA-TTTTGAAATG-CATCAA
gi|127174 : TAATCTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCT---AT-ACAACT--AG-CG-AC---
gi|127175 : AATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AC---A-----TTTAACGG-AA-TTTTG-AATG-
gi|127176 : AATGTCA-TGA-TA-T-TTTTCTTGCC---CT-ACAAATTAAGACG-AT---AT----TTTAACAG-AA-TTTTG-AAAG-CGCCAA
gi|127177 : ATGTCA-TAG-TA-T-TTTTCTTGCC---AT-ACAACA--AT-CG-AT---A-----TTTAACGG-GA-TTTTG-AATG-TGTCGA
gi|127178 : ATGTCA-TAA-TA-T-TTTTCAAGCC---AT-ACAACA--AG-CG-AT---A-----TTTAACGG-AATTTTTG-AAT
gi|127179 : ACGTCACTTA-TA-T-TTT-CTTGCC----T-ACAAC---AA-CG-CCTGGA-----TCTAACGG-AA-TCTTG-AATG-CGACA
gi|127180 : TATCA-TCA-TC-TATTTCCTTGCC---AT-ACAACA--AGCCG-AC---A------TAAACGGCAA-TTTTGTAATGCCGTCAA
gi|127181 : GTCA-CAG-TG-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAATT--AG-TG-AA---A-----TTTACAGG-GA-TTTTG-TATG-TGTCAA
gi|127182 : TCA-TAA-TA-T-TTTTCTTGCC---AC-ACAACT--AG-CG-AA---A-----TTTAACGG-AA-TGTT
gi|127183 : A-TA-T-TTTTCTTGTC---AT-ACAACT--AG-CG-GT---A-----TTTAACGG-TA-TTTTG-AATG-CGTCAA
gi|127184 : A-TA-C-TTTTCTTGCC---AT-ACAGCA--AG-CG-AT---A-----TTAAACAG-AA-TTTTG-AAT