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Alignments
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gi|84786                      :    T-TA---A--C---T--TA-TTT-CG---A-G--TTA-T---G--C--T--G-----A-------AG-T-C-CGA--AAA---A-A---T---AA--TGTC-T--GG--CC--TT-CA-T-GA-A-A-A-T---GG---C-T-T-------TA--------A-A--AG-GTGCTAA-G---A-AT-G-GC-G-A-TT--C-A-A-AAT--T-G--C-G--GA--CA---C-AAGTATTTTT
gi|84787                      :            --C---C--TA-TAT-TG---A-G--A-T-T---G--A--T--G-----A-------A--T-C-GAA--AAA---A-A---T---A---TG-C-T--GT--CC---T-CA-T-G--A-A-A-T---GG---C-T-TA------TA--------C-T-TAG-GT-C--A-A---A-AT-G-GC-GTA-TT--C-AGA-AAT--G-G--C-G--GA--CA--CC-AAT-ATCTTT


blockSeqs                     :     A  TAC AA AGC GC  A   T  TGA T AT T C AGT GG GC TG TGCAT CATTAGAA   AA    CA   CCC T ATG GAT ATA  T G TA  GC  CT  A  T C  T T G T ATG  CTT G G AACGTGG  CACGTTAT A T   T  G TA T GAG C  T T  G C A  GC A G T   AA C CT C AC  AC  CC  A  GT
blockSeqs                     :     .  C   T  G   A   C   .  .   . GT . . T   A  T  .  A     AGA        TC    TC   .   . AA  T   A    A C .   .   T   .  C T  . . . C C    GT  . G AAAA     .        . .   C  . .  . .   .  . .  . T T  .  A . .   .  . C  . T   TT  .   .  T 
blockSeqs                     :     .  .   .  A   C   .   .  .   . G  . . .   A  A  .  .     GA         A     T    .   . .   .   .    C . .   .   T   .  . A  . . . . .    G   . . A        .        . .   T  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . A  . . .   .  G  .  .     TG         C     .    .   . .   .   .    A . .   .   .   .  . C  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     AG         C     .    .   . .   .   .    T . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     A          C     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     A          A     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     A          C     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     A          A     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
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blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     A          C     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     T          A     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     A          A     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     A          C     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .   .  . 
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blockSeqs                     :     .  .   .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     .          C     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .   .   .        
blockSeqs                     :            .  .   .   .   .  .   . .  . . .   .  .  .  .     .          .     .    .   . .   .   .    . . .   .   .   .  . .  . . . . .    .   . . .        .        . .   .  . .  . .   .  . .  . . .  .  . . .   .  . .  . .                


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lowQualScore                  :     7  666 88 000 44  2   6  888 6 66 6 6 444 44 00 22 66666 8888888888 222   00   888 6 000 444 444  0 2 22  22  44  6  2 4  6 6 6 2 444  666 6 2 2222222  88888888 6 6   8  6 22 6 888 6  6 6  6 2 2  22 2 6 6   22 6 88 6 88  66  33  7  11      
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Reference ( family-705 )      : TTTT-TA---A--C---C--TA-TTT-CG---A-G--T-A-T---G--C--T--G-----A-------A--T-C-CGA--AAA---A-A---T---A---TG-C-T--GG--CC--TT-CA-T-GA-A-A-A-T---GG---C-T-T-------TA--------A-G-TAG-GT-C--A-A---A-AT-G-GC-G-A-TT--C-A-A-AAT--G-G--C-G--GA--CA--CC-AA--ATTTTT
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