lowQualScore                  :                                                                                                                                     111111                  44444444444444444444444444444444444444444444            2222                                                                                        
lowQualScore                  :                               2     88888888  2 55   2  33     2        55 33     5 1   4  2 2  22 2          55555    4     555    111111 2  8888   33 444 00000000000000000000000000000000000000000000  2  2  333 5555  1  1  1      44  2    9999999999 22   333 55     33   999           5555   4  4   5   
lowQualScore                  :                               .     ........  . ..   .  ..     .        .. ..     . .   .  . .  .. .          .....    .     ...    ...... .  ....   .. ... ............................................  .  .  ... ....  .  .  .      ..  .    .......... ..   ... ..     ..   ...           ....   .  .   .   
lowQualScore                  :                               5     55555555  4 66   4  22     4        33 11     8 4   7  2 4  99 1          33333    2     666    666666 2  5555   22 111 99999999999999999999999999999999999999999999  0  0  555 7777  9  9  9      66  0    2222222222 99   777 00     11   222           0000   7  1   0   
consensus                     :                         ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---A-T--T---TG-CG--TTTA-AA--CCGT-GGAT----G---G-TTT-CT-CT---AC---GC-AT-CA-GCTACG-TTT-TTAT----------T--ACG---C--ATTTC--TACG--TATCGTGTACG----TTT-CTGTACGTTT
Reference ( gi|6107 )         :                         ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---A-T--T---TG-CG--TTTA-AA--CCGT-GGAT----G---G-GTT-CT-TT---A----GC-AT-CA-GCTACG-TTT-TTAT----------T--ACG---C--ATTTC--TACA--TATTGTGTACG----TTT-TTCTACATTT
gi|6108                       :                         ACGTTT-ACTCC--------CG-A--ATA-GC--CATGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-TA--C-TGCGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACC-TT-A-T-CTTAT-ACG--T---T-T--T---TG-C---TTTA-AA--CCAT-GGAT----G---G-TTT-CT-TT---A----GC-AT-CA-GCTACG--TT-TTAT----------T--ACG---C--ATTTC--TACG--TATTGTGTACG----TTT-CTGTACGTTT
gi|6109                       :                         ACGTTTTACTCC---------G-A--ATA-GC--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-TA--C-TACG-TTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACGTTT-A-T-CC--T-ACG--T---A-T--T---TG-CG--TTTA-AA---CGT-GGAT----T---G-GTTGCT-TT---A----GC-AT-CA-GCTACG--TT-TTAT----------T--ACG---A--TTTTC--TAAG--TATTGTGTA-G----TTT-CTCTACGTTTt
gi|6111                       :                         ACGTTT-ACTCT--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTATTAG--G--TTTGAGCCAAC-GT-C-TA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-TAAACG-TT-A-C-CC--T-ACG--T---A-T--T---TG-CGTTTTTA-AA--TCGT-GGAT----G---G-TTT-CT-TT---A----GC-AA-CA-GGTACG-TTT-TTAT----------T--ACG---C--ATTTC--TACG--TAt
gi|6112                       :                         ACCTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-CT--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTTGAAC-AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACGTTT-T-T-CC--T-ACG--T---A---------A-CA--AATA-AAACCCTT-CG------C---G-TTT-CT-CT---AC---GT-AT-CA-GCTACG-TTT-TTAC----------T--ACG---C--ATTTC--TACC--TATCGTGTGCG----TTT-TTCTACGTTT
gi|6110                       :                         ACCTTT-CCTCC---------G-T--ATA-GT--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAA-CAAG-GT-CACA----TACG-CGTCC-----TACG-ATT-A-T-TACGTTT-T-T-CC--T-ACG--T---A---------A-CA--ATAA-AA--CCCT--TAC----T---G-TTT-CT-CT---AC---GC-AT-CA-GCTACG-TTT-TTAT----------T--A-G---C--GTTTC--TACA--TATCGTGTACG----TTT-TTCTAt
gi|6113                       :                         ACGTTT-ACTCC--------TG-T--ATA-GC--TAGGT-TTT-----------------CAAG-GT-T-CA--C-TTCGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-C
gi|6114                       :                         ACGTTT-ACCCCACGTTATACA-T--ATATGT--TAAGT-TTTAGTAG--G----TGAACCAAG-GT-C-CAAGC-TACGTTTTCCACGTGCGAG-ATTAATT-TACGTTT-A-T-CC--TGACG--T---A-T--T---CT-C---TTT-------CGC----------------TT-CTCCT---AC---GC-GT-CA-GCTACA-ATT-T
gi|6126                       :                         ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTT-CTCTATGCAT-C-AG--C-TACGTTT--------------TTAA---TACG--C-A-T-TTG-T-ACG--T---A-T--CGTGTA-CG--TTTatcctaaaccgctatattcctacg
gi|6115                       : accacattttatcccgtataaaatACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTT-CTCTATGCAT-C-AG--C-TACGTTT--------------TTAA---TACG--C-A-T-TTG-T-ACG--T---A-T--CGTGTA-CG--TTT-------CTT-CTAT----GTTTG-ATT-TT-TT--------GC--------CCACG-TTT-GTAT----------T--GTG---C--Acttctatgttt
gi|6127                       :                         ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGAAG--G--TTT
gi|6117                       : accacgttttatcccgtataaactACCTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-TT--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-ctttacgcatcagctacgtttttaatacttacttctatcgtgtacgtttctgtacatttt
gi|6116                       :                         ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGAAG--G--TTT
gi|6118                       :                          CGTTT-ACTCC--------CG-TT-ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-TA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---A-T--T---TG-CG--TTTA-AA--CCG--GGGT----G---GTTTT-CT-TT---A----GC-AT-CA-GCTACG--TT-TTAT----------T--ACG---C--ATTTC--TACG--TATTGTGTACG----TTT-CTGTACGTTT
gi|6119                       :                            TTT-ACCCC--------CG-T--ATA-G-------T-TTTAGTAGA-G--TTTGAAC-AAG-GTTC-CA--C-TACGTCTTCC------A-G-ATTAA-T-TACG-TT-T-TTCC--T-ACG--T---A-A-------A-AA--ATAA-AA--CCCT-TTAC----G------TT-TC-TT---ACT--GC-AT-CA-GCTACG-TTTATTAT----------T--ACG---C--ATTTC--TACG--TATCGTGTACG-----TT-TTCTACGTTTt
gi|6120                       :                            TTT-A-TCC--------CGAT--ATA-GCAGTAG----TTAGTAA--GAGTTTGAGCCA-G-GT-C-TA--C-TACGTTGT-C-----CACG--TT-A-T-TACG-TT-A-T-CC--T-A-G--T---ATT--T---TGCCG--TTTATAA--CCGTGGGAT----G---T-TGT-CT-TT---A----GA-TT-CA-GC-ACG-TTT-TATT----------T--ACG---TCAATTTCCATACG--TATTGTG-ACG----TTT-TTGTACGTTT
gi|6121                       :                             TT-ACTTC--------TG-CTAATA-GT--TAAGTCTTTAGTAGTAG--GTTGAAA-AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA---TA-----------C--T-GCG--T---A-T--T---T
gi|6122                       :                                   CC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CTCG-ATCAA-T-TACATTT-A-T-CC--T-ACGAATAAAA-T--T---TG-TG--TTTA-AA--CTAC-GGGT----G---G-ttccgcccctaactaacaaatcaacataccttcacgtttcgcccccttccacgttacgctcctttaacgtgcatcagctagtttttatttaacgggccattttcacgggttttgtgtacgcttttttttctacgttt
gi|6123                       :                                                                     GTAC--G--TTTTA--CTAG-GT-T-TA--T-TAGGTTTTCC-----TACG-TTTGC-T-TACG-TT-T-T-AC--T-ACG--T---A---------G-CG---CTA-G--------GGATTATCC---G-GTT-TT-CTATGA----GCTAT-CATGTTGCC-TTT-TTACAAGGTTTTGAT--ACG---T--TTTAC--CACG--TATT-TATACG----TTT-t
gi|6124                       :                                                                                      AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA-T-Tcgtcacgt
gi|6125                       :                                                                                           T-C-CA--CATACGNNNNNN-----NNNN-NNNNN-N-NNNN-NN-N-N-N-----ACG--T-----T--T---TT-C---TTTA-AA--CCAT-GGAT----G---G-TTT-CT-TT---A----GC-AT-CA-
gi|6126                       :                                                                                                A--C-CACATTTTAT-----CCCGTATAAA-A-TACG-TTTACT-CC-----CG--T---A-TAGC---TA-GG--TTTT-A-----GT-AAGT-----------TT-CT-CT---AT---GC-AT-CA-GCTACG-TTT-TTAA----------T--ACG---C--ATTTG--TACG--TATCGTGTACG----TTTCTTCTATGTTT
gi|6127                       :                                                                                                A--C-CACGTTTTAT-----CCCGTATAAA-C-TACG-TTTACT-CC-----CG--T---A-TAGC---TA-GG--TTT---------T-AGAA----G---G-TTT-CT-TT---AC---GC-AT-CA-GCTACG-TTT-TTAA----------T--ACT---T--ACTTC--------TATCGTGTACG----TTT-CTGTACATTT
gi|6132                       :                                                                                                                                                                                                         TT-CT-CT---AC---GC-AT-CA-GCTGCG-TTT-CCAT----------T--ACG---C--ATTTC--TACG--TATCGTGTACG----TTT-CTGTACGTTTt
gi|6115                       :                                                                                                                                                                                                        tTT-CT-CT---AT---GC-AT-CA-GCTACG-TTT-TTAA----------T--ACG---C--ATTTG--TACG--TATCGTGTACG----TTTCTTCTATGTTTt
gi|6121                       :                                                                                                                                                                       acgtttactcccgtatagctaggttttagtaagtTC-CT-TT---AACGTGC-AT-CA-GCTA-G-TTT-TTAT----------TTAACGGGCC--ATTTT--CACGGGTTTTGTGTACGCTTTTTT-TTCTACGTTTgattttttgcccacgtttgtattgtgca
gi|6128                       :                                                             ttacttctgctaatagttaagtctttagtagtaggttgaaaaaggtccactacgtcttcccacgattaatactgcgtatttttccgcccctaactaacaaatcaacataccttcacgtttcgcccccttccacgttacgcTT-CT-CT---AC---GC-AT-TA-GCTGCG-CTT-TCGT----------C--ACG---C--ATTTC--TACG--TA-TGTGTACG----TTT-CTGTACGTTT
gi|6129                       :                                                                                                                                                                                                       gtTT-CT-CT---AC---GC-AT-CA-TCTGCG-CTT-TCAT----------T--ACG---C--ATTTC--TACG--TATCGTGTATG----TTT-CTATAAGTTTt
gi|6131                       :                                                                                                                                                                                                       gtTT-CT-CT---AC---GC-AT-CA-GCTGCG-CTA-TCGT----------T--ACG---C--ATTTT--TATG--CATCGTGTACG----TTT-TTGTACGTTTt
gi|6130                       :                                                                                                                                                                                                                   gt----GC-ATGCA-GCTGCGGCTT-TCAT----------T--ACG---CC-ATTTC--TACG--TATCGTGTACG----TTA-CTGTATGTTTt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                  111111111111111111111111111111111111111            11                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    2     99999999  2 55   2  33     2        55 33     1 3   2  2 2  22 2          55555    4     333    8  777 4  6666   33 444 444444444444444444444444444444444444444  1     22  11 333   1  1     1 22  1    8888888888 22 333  333 777     22   22            4444    4 2 2      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    .     ........  . ..   .  ..     .        .. ..     . .   .  . .  .. .          .....    .     ...    .  ... .  ....   .. ... .......................................  .     ..  .. ...   .  .     . ..  .    .......... .. ...  ... ...     ..   ..            ....    . . .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    7     11111111  5 99   5  44     5        66 22     9 5   4  2 4  99 1          33333    2     111    9  666 4  1111   22 111 000000000000000000000000000000000000000  8     88  55 222   8  8     9 88  9    3333333333 66 333  333 999     88   88            7777    4 0 2      
consensus                     :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----GG-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
Reference ( family-704 )      :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----GG-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6107                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----GG-GTTCT-TTA--G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--ATATTGTGTACG----TTTT-TCT-ACATTT
gi|6108                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-A--ATA-GC--CATGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-TA--C-TGCGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACC-TT-A-T-CTTAT-ACG--T---TT--T---T-GC----TTTA-AA--CCATGG-A-T-----GG-TTTCT-TTA--G---CAT-CA-GCTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATTGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6109                       :                                                                                                                                              ACGTTTTACTCC---------G-A--ATA-GC--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-TA--C-TACG-TTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACGTTT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA---CGTGG-ATT-----GG-TTGCT-TTA--G---CAT-CA-GCTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---A---TTTTC--TAA--GTATTGTGTA-G----TTTC-TCT-ACGTTTt
gi|6110                       :                                                                                                                                              ACCTTT-CCTCC---------G-T--ATA-GT--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAAC-AAG-GT-CACA----TACGCGT-CC-----TACG-ATTA--T-TACG-TT-T-TTCC--T-ACG--T---A---------AC-A--ATAA-AA--CCCTTA-C-T-----G--TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A----G---C---GTTTC--TAC--ATATCGTGTACG----TTTT-TCT-t
gi|6111                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCT--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTATTAG--G--TTTGAGCCAAC-GT-C-TA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-TAAACG-TT-A-C-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-GTTTTTA-AA--TCGTGG-A-T-----GG-TTTCT-TTA--G---CAA-CA-GGTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTA
gi|6112                       :                                                                                                                                              ACCTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-CT--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTTGAAC-AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACGTTT-T-T-CC--T-ACG--T---A---------AC-A--AATA-AAACCCTTCG---------CG-TTTCT-CTAC-G---TAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAC----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--CTATCGTGTGCG----TTTT-TCT-ACGTTT
gi|6113                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------TG-T--ATA-GC--TAGGT-TTT-----------------CAAG-GT-T-CA--C-TTCGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-Ct
gi|6114                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACCCCACGTTATACA-T--ATATGT--TAAGT-TTTAGTAG--G--T--GAACCAAG-GT-C-CAAGC-TACGTTTTCCACGTGCGAG-ATTAATT-TACGTTT-A-T-CC--TGACG--T---AT--T---C-TC-T--TTC----------------------G-CTTCTCCTAC-G---CGT-CA-GCTACAA-TTT-ATCC----------T--AAACCG---CTATATTCC--TAC--G
gi|6115                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTT-CTCTATGCAT-C-AG--C-TACGTTT--------------TTAA---TACG--C-A-T-TTG-T-ACG--T---AT--CGTGT-AC-G--TTTC-TT--CTATGT-T-T-----GA-TTTTT----T-G---C-------CCAC-G-TTT-GTAT----------T--G---TG---C---A
gi|6115                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTCT-CTAT-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CG---C---ATTTG--TAC--GTATCGTGTACG----TTTCTTCT-ATGTTT
gi|6116                       :                                                                                                              acgtttactcccgtatagctaggttttagtaaACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGAAG--G--TTTgattttttgcccacgtttgtattgtgca
gi|6117                       :                                                                                                                                              ACCTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-TT--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-
gi|6118                       :                                                                                                                                               CGTTT-ACTCC--------CG-TT-ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-TA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCG-GG-G-T-----GGTTTTCT-TTA--G---CAT-CA-GCTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATTGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6119                       :                                                                                                                                                 TTT-ACCCC--------CG-T--ATA-G-------T-TTTAGTAGA-G--TTTGAAC-AAG-GTTC-CA--C-TACGTCTTCC------A-G-ATTAA-T-TACG-TT-T-TTCC--T-ACG--T---AA--------AA-A--ATAA-AA--CCCTTT-A-C-----G--TTTCT--TACTG---CAT-CA-GCTAC-G-TTTATTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTT--TCT-ACGTTTt
gi|6120                       :                                                                                                                                                 TTT-A-TCC--------CGAT--ATA-GCAGTAG----TTAGTAA--GAGTTTGAGCCA-G-GT-C-TA--C-TACGTTGTCC------ACG--TTA--T-TACG-TT-A-T-CC--T-A-G--T---AT--T---TTGCCG--TTTATAA--CCGTGGGA-T-----GT-TGTCT-TTA--G---ATT-CA-GC-AC-G-TTT-TATT----------T--A---CG---TCA-ATTTCCATAC--GTATTGTG-ACG----TTTT-TGT-ACGTTT
gi|6121                       :                                                                                                                                                  TT-ACTTC--------TG-CTAATA-GT--TAAGTCTTTAGTAGTAG--GTTGAAA-AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA---TA-----------C--T-GCG--T---AT--T---T-
gi|6121                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -G---CAT-CA-GCTA--G-TTT-TTAT----------TTAA---CGGGCC---ATTTT--CACGGGTTTTGTGTACGCTTTTTTT-TCT-ACGTTTttccgcccctaactaacaaatcaacataccttcacgtttcgcccccttccacgttacgctcctttaacgtgcatcagctagtttttatttaacgggccattttcacgggttttgtgtacgcttttttttctacgttt
gi|6122                       : ttacttctgctaatagttaagtctttagtagtaggttgaaaaaggtccactacgtcttcccacgattaatactgcgtatttttccgcccctaactaacaaatcaacataccttcacgtttcgcccccttccacgttacgctcctttaacgtCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CTCG-ATCAA-T-TACATTT-A-T-CC--T-ACGAATAAAAT--T---T-GT-G--TTTA-AA--CTACGG-G-T-----GG-T
gi|6123                       :                                                                                                                                                                                          GTAC--G--TTTTA--CTAG-GT-T-TA--T-TAGGTTTTCC-----TACG-TTTGC-T-TACG-TT-T-T-AC--T-ACG--T---A---------GC-G---CTA-G-------GG-A-TTATCCGG-TTT-T-CTAT-GAGCTAT-CATGTTGC-C-TTT-TTACAAGGTTTTGAT--A---CG---T---TTTAC--CAC--GTATT-TATACG----TTTC--GTCACGT
gi|6124                       :                                                                                                                                                                                                           AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA-T-T
gi|6125                       :                                                                                                                                                                                                                T-C-CA--CATACGNNNNNN-----NNNN-NNNNN-N-NNNN-NN-N-N-N-----ACG--T----T--T---T-TC----TTTA-AA--CCATGG-A-T-----GG-TTTCT-TTA--G---CAT-CA-
gi|6126                       :                                                                                                                                                                                                                     A--C-CACATTTTAT-----CCCGTATAAA-A-TACG-TTTACT-CC-----CG--T---ATAGC---T-AG-G--TTTT-A-----GTAA----------G-TTTCT-CTAT-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CG---C---ATTTG--TAC--GTATCGTGTACG----TTTCTTCT-ATGTTT
gi|6127                       :                                                                                                                                                                                                                     A--C-CACGTTTTAT-----CCCGTATAAA-C-TACG-TTTACT-CC-----CG--T---ATAGC---T-AG-G--TTT---------TAG-A-A-----GG-TTTCT-TTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CT---T---ACTTC--------TATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACATTT
gi|6128                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTCT-CTAC-G---CAT-TA-GCTGC-G-CTT-TCGT----------C--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTAT-GTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTTt
gi|6129                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-TCTGC-G-CTT-TCAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTATG----TTTC-TAT-AAGTTTt
gi|6130                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTGT-CTAC-G---CATGCA-GCTGC-GGCTT-TCAT----------T--A---CG---CC--ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTAC-TGT-ATGTTTt
gi|6131                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTGC-G-CTA-TCGT----------T--A---CG---C---ATTTT--TAT--GCATCGTGTACG----TTTT-TGT-ACGTTTt
gi|6132                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTGC-G-TTT-CCAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTTt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                  111111111111111111111111111111111111111            11                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    2     99999999  2 55   2  33     2        55 33     1 3   2  2 2  22 2          55555    4     333    8  777 4  6666   33 444 444444444444444444444444444444444444444  1     22  11 333   1  1     1 22  1    8888888888 22 333  333 777     22   22            4444    4 2 2      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    .     ........  . ..   .  ..     .        .. ..     . .   .  . .  .. .          .....    .     ...    .  ... .  ....   .. ... .......................................  .     ..  .. ...   .  .     . ..  .    .......... .. ...  ... ...     ..   ..            ....    . . .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    7     11111111  5 99   5  44     5        66 22     9 5   4  2 4  99 1          33333    2     111    9  666 4  1111   22 111 000000000000000000000000000000000000000  8     88  55 222   8  8     9 88  9    3333333333 66 333  333 999     88   88            7777    4 0 2      
consensus                     :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----GG-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
Reference ( family-704 )      :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----GG-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6107                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----GG-GTTCT-TTA--G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--ATATTGTGTACG----TTTT-TCT-ACATTT
gi|6108                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-A--ATA-GC--CATGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-TA--C-TGCGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACC-TT-A-T-CTTAT-ACG--T---TT--T---T-GC----TTTA-AA--CCATGG-A-T-----GG-TTTCT-TTA--G---CAT-CA-GCTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATTGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6109                       :                                                                                                                                              ACGTTTTACTCC---------G-A--ATA-GC--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-TA--C-TACG-TTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACGTTT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA---CGTGG-ATT-----GG-TTGCT-TTA--G---CAT-CA-GCTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---A---TTTTC--TAA--GTATTGTGTA-G----TTTC-TCT-ACGTTTt
gi|6110                       :                                                                                                                                              ACCTTT-CCTCC---------G-T--ATA-GT--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAAC-AAG-GT-CACA----TACGCGT-CC-----TACG-ATTA--T-TACG-TT-T-TTCC--T-ACG--T---A---------AC-A--ATAA-AA--CCCTTA-C-T-----G--TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A----G---C---GTTTC--TAC--ATATCGTGTACG----TTTT-TCT-t
gi|6111                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCT--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTATTAG--G--TTTGAGCCAAC-GT-C-TA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-TAAACG-TT-A-C-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-GTTTTTA-AA--TCGTGG-A-T-----GG-TTTCT-TTA--G---CAA-CA-GGTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTA
gi|6112                       :                                                                                                                                              ACCTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-CT--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTTGAAC-AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACGTTT-T-T-CC--T-ACG--T---A---------AC-A--AATA-AAACCCTTCG---------CG-TTTCT-CTAC-G---TAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAC----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--CTATCGTGTGCG----TTTT-TCT-ACGTTT
gi|6113                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------TG-T--ATA-GC--TAGGT-TTT-----------------CAAG-GT-T-CA--C-TTCGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-Ct
gi|6114                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACCCCACGTTATACA-T--ATATGT--TAAGT-TTTAGTAG--G--T--GAACCAAG-GT-C-CAAGC-TACGTTTTCCACGTGCGAG-ATTAATT-TACGTTT-A-T-CC--TGACG--T---AT--T---C-TC-T--TTC----------------------G-CTTCTCCTAC-G---CGT-CA-GCTACAA-TTT-ATCC----------T--AAACCG---CTATATTCC--TAC--G
gi|6115                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTT-CTCTATGCAT-C-AG--C-TACGTTT--------------TTAA---TACG--C-A-T-TTG-T-ACG--T---AT--CGTGT-AC-G--TTTC-TT--CTATGT-T-T-----GA-TTTTT----T-G---C-------CCAC-G-TTT-GTAT----------T--G---TG---C---A
gi|6115                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTCT-CTAT-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CG---C---ATTTG--TAC--GTATCGTGTACG----TTTCTTCT-ATGTTT
gi|6116                       :                                                                                                              acgtttactcccgtatagctaggttttagtaaACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGAAG--G--TTTgattttttgcccacgtttgtattgtgca
gi|6117                       :                                                                                                                                              ACCTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-TT--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-
gi|6118                       :                                                                                                                                               CGTTT-ACTCC--------CG-TT-ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-TA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCG-GG-G-T-----GGTTTTCT-TTA--G---CAT-CA-GCTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATTGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6119                       :                                                                                                                                                 TTT-ACCCC--------CG-T--ATA-G-------T-TTTAGTAGA-G--TTTGAAC-AAG-GTTC-CA--C-TACGTCTTCC------A-G-ATTAA-T-TACG-TT-T-TTCC--T-ACG--T---AA--------AA-A--ATAA-AA--CCCTTT-A-C-----G--TTTCT--TACTG---CAT-CA-GCTAC-G-TTTATTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTT--TCT-ACGTTTt
gi|6120                       :                                                                                                                                                 TTT-A-TCC--------CGAT--ATA-GCAGTAG----TTAGTAA--GAGTTTGAGCCA-G-GT-C-TA--C-TACGTTGTCC------ACG--TTA--T-TACG-TT-A-T-CC--T-A-G--T---AT--T---TTGCCG--TTTATAA--CCGTGGGA-T-----GT-TGTCT-TTA--G---ATT-CA-GC-AC-G-TTT-TATT----------T--A---CG---TCA-ATTTCCATAC--GTATTGTG-ACG----TTTT-TGT-ACGTTT
gi|6121                       :                                                                                                                                                  TT-ACTTC--------TG-CTAATA-GT--TAAGTCTTTAGTAGTAG--GTTGAAA-AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA---TA-----------C--T-GCG--T---AT--T---T-
gi|6121                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -G---CAT-CA-GCTA--G-TTT-TTAT----------TTAA---CGGGCC---ATTTT--CACGGGTTTTGTGTACGCTTTTTTT-TCT-ACGTTTttccgcccctaactaacaaatcaacataccttcacgtttcgcccccttccacgttacgctcctttaacgtgcatcagctagtttttatttaacgggccattttcacgggttttgtgtacgcttttttttctacgttt
gi|6122                       : ttacttctgctaatagttaagtctttagtagtaggttgaaaaaggtccactacgtcttcccacgattaatactgcgtatttttccgcccctaactaacaaatcaacataccttcacgtttcgcccccttccacgttacgctcctttaacgtCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CTCG-ATCAA-T-TACATTT-A-T-CC--T-ACGAATAAAAT--T---T-GT-G--TTTA-AA--CTACGG-G-T-----GG-T
gi|6123                       :                                                                                                                                                                                          GTAC--G--TTTTA--CTAG-GT-T-TA--T-TAGGTTTTCC-----TACG-TTTGC-T-TACG-TT-T-T-AC--T-ACG--T---A---------GC-G---CTA-G-------GG-A-TTATCCGG-TTT-T-CTAT-GAGCTAT-CATGTTGC-C-TTT-TTACAAGGTTTTGAT--A---CG---T---TTTAC--CAC--GTATT-TATACG----TTTC--GTCACGT
gi|6124                       :                                                                                                                                                                                                           AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA-T-T
gi|6125                       :                                                                                                                                                                                                                T-C-CA--CATACGNNNNNN-----NNNN-NNNNN-N-NNNN-NN-N-N-N-----ACG--T----T--T---T-TC----TTTA-AA--CCATGG-A-T-----GG-TTTCT-TTA--G---CAT-CA-
gi|6126                       :                                                                                                                                                                                                                     A--C-CACATTTTAT-----CCCGTATAAA-A-TACG-TTTACT-CC-----CG--T---ATAGC---T-AG-G--TTTT-A-----GTAA----------G-TTTCT-CTAT-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CG---C---ATTTG--TAC--GTATCGTGTACG----TTTCTTCT-ATGTTT
gi|6127                       :                                                                                                                                                                                                                     A--C-CACGTTTTAT-----CCCGTATAAA-C-TACG-TTTACT-CC-----CG--T---ATAGC---T-AG-G--TTT---------TAG-A-A-----GG-TTTCT-TTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CT---T---ACTTC--------TATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACATTT
gi|6128                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTCT-CTAC-G---CAT-TA-GCTGC-G-CTT-TCGT----------C--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTAT-GTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTTt
gi|6129                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-TCTGC-G-CTT-TCAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTATG----TTTC-TAT-AAGTTTt
gi|6130                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTGT-CTAC-G---CATGCA-GCTGC-GGCTT-TCAT----------T--A---CG---CC--ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTAC-TGT-ATGTTTt
gi|6131                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTGC-G-CTA-TCGT----------T--A---CG---C---ATTTT--TAT--GCATCGTGTACG----TTTT-TGT-ACGTTTt
gi|6132                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTGC-G-TTT-CCAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTTt


blockSeqs                     :                                                                                                                                                    T     ACGTTATA  A TA   T  AG     C        TA AG     A C   C  T A  AG A          ACGTG    T     TA     T  TAC T  TAT    AA AAA TTTTGCCGTTTATAACCGTGGGAT                 T     CC  CT AGC   G  T     A GC  A    AAGGTTTTGA TA AAC  GGC TAT     CA   GG            CTTT    T G C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . T    .  .      .        A  .      G C   .  . .  .  .          .        T     TT     T  TAC T  TG     .  .   TCGTGTACGTTTCTTCTATGTTT                  .     T   C  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   CA      .    .             .       T C .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      A C   .  . .  .  .          .        .     T      T  A   .  GT     .  .   TTTGCGTTTTTAAATCGTGGAT                   .     T   C  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   C       .    .             .       . C .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      G C   .  . .  .  .          .        .     T      T  A   .  T      .  .   TTTGCGTTTAAACGTGGATT                     .     C   C  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . C .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      A C   .  . .  .  .          .        .     T      .  T   .  T      .  .   TTTGTGTTTAAACTACGGGT                     .     T   T  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . C .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      A T   .  . .  .  .          .        .     T      .  A   .  T      .  .   TTTGCTTTAAACCATGGAT                      .     C   T  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . G .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      T C   .  . .  .  .          .        .     T      .  T   .  T      .  .   TTTGCGTTTAAACCGGGGT                      .     C   T  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . C .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      A C   .  . .  .  .          .        .     T      .  A   .  T      .  .   TTTTCTTTAAACCATGGAT                      .     T   T  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . G .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      G C   .  . .  .  .          .        .     T      .  A   .  T      .  .   AAAAATAAAACCCTTTAC                       .     T   C  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . C .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      A C   .  . .  .  .          .        .     T      .  A   .  T      .  .   ACAATAAAACCCTTACT                        .     C   C  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . G .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      G C   .  . .  .  .          .        .     T      .  A   .  T      .  .   ACAAATAAAACCCTTCG                        .     T   C  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . C .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      A .   .  . .  .  .          .        .     T      .  T   .  T      .  .   TAGCTAGGTTTTAGTAA                        .     C   C  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . G .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      A .   .  . .  .  .          .        .     T      .  A   .  T      .  .   GCGCTAGGGATTATCC                         .     T   C  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . G .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .     .         . .    .  .      .        .  .      . .   .  . .  .  .          .        .     N      .  A   .  .      .  .   TAGCTAGGTTTTAGAA                         .     C   C  .     .  .     . C   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . A .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                          .         . .    .  .      .        .  .      . .   .  . .  .  .          .        .     A      .  T   .  .      .  .   TTCTCTTTC                                .     C   .  .     .  .     . C   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . G .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .  .            .  . .  .  .          .        .     C      .  N   .  .      .  .                                            .     C   .  .     .  .     . C   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . G .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .    .  .          .        .     .      .  .   .                                                         .     C   .  .     .  .     . T   .    .          .  .    .   .       .    .             .       . G .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                      .  .          .        .     .                                                                       .     C   .  .     .  .     . .   .    .          .  .    .   .       .    .                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .     .   .  .     .  .     . .   .    .          .  .    .   .       .    .                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .     .   .  .     .  .     . .   .    .          .  .    .   .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .     .  .                                                                               


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTGCTTTAAACCGTGGAT********************            C*
originalCons                  :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---AT--T---T-GC-G--TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----GG-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
finalCons                     :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---ATTTGCTTTAAACCGTGGAT--------------------GG-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA-GCTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                  444444444444444444444444444444444444444444             11                                                                                                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    2     99999999  2 55   2  33     2        55 33     1 3   2  2 2  22 2          55555    4     333    8  777 4  6666   33 444 111111111111111111111111111111111111111111 1 1     1   11 333   1  777777 1    1 22  1    8888888888 22 333  333 777     22   22            4444    4 2 2      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    .     ........  . ..   .  ..     .        .. ..     . .   .  . .  .. .          .....    .     ...    .  ... .  ....   .. ... .......................................... . .     .   .. ...   .  ...... .    . ..  .    .......... .. ...  ... ...     ..   ..            ....    . . .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                    7     11111111  5 99   5  44     5        66 22     9 5   4  2 4  99 1          33333    2     111    9  666 4  1111   22 111 555555555555555555555555555555555555555555 9 8     9   55 222   8  000000 9    9 88  9    3333333333 66 333  333 999     88   88            7777    4 0 2      
consensus                     :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---A-----T---TT--GC---TTTA-AA--CCGTGG-A-C-----G-G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA------G-CTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
Reference ( family-704 )      :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---A-----T---TT--GC---TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----G-G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA------G-CTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6107                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---A-----T---TT--GCG--TTTA-AA--CCGTGG-A-T-----G-G-GTTCT-TTA--G---CAT-CA------G-CTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--ATATTGTGTACG----TTTT-TCT-ACATTT
gi|6108                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-A--ATA-GC--CATGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-TA--C-TGCGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACC-TT-A-T-CTTAT-ACG--T---T-----T---TT--GC---TTTA-AA--CCATGG-A-T-----G-G-TTTCT-TTA--G---CAT-CA------G-CTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATTGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6109                       :                                                                                                                                              ACGTTTTACTCC---------G-A--ATA-GC--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-TA--C-TACG-TTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACGTTT-A-T-CC--T-ACG--T---A-----T---TT--GCG--TTTA-AA---CGTGG-ATT-----G-G-TTGCT-TTA--G---CAT-CA------G-CTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---A---TTTTC--TAA--GTATTGTGTA-G----TTTC-TCT-ACGTTTt
gi|6110                       :                                                                                                                                              ACCTTT-CCTCC---------G-T--ATA-GT--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAAC-AAG-GT-CACA----TACGCGT-CC-----TACG-ATTA--T-TACG-TT-T-TTCC--T-ACG--T---A-------------AC---AATA-AAACCCTT---A-C-----T-G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA------G-CTAC-G-TTT-TTAT----------T--A----G---C---GTTTC--TAC--ATATCGTGTACG----TTTT-TCT-t
gi|6111                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCT--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTATTAG--G--TTTGAGCCAAC-GT-C-TA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-TAAACG-TT-A-C-CC--T-ACG--T---A-----T---TT--GCGTTTTTA-AA--TCGTGG-A-T-----G-G-TTTCT-TTA--G---CAA-CA------G-GTAC-G-TTT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTA
gi|6112                       :                                                                                                                                              ACCTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-CT--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTTGAAC-AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACGTTT-T-T-CC--T-ACG--T---A-------------ACAA-ATAA-AA--CCCTT----C-----GCG-TTTCT-CTAC-G---TAT-CA------G-CTAC-G-TTT-TTAC----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--CTATCGTGTGCG----TTTT-TCT-ACGTTT
gi|6113                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------TG-T--ATA-GC--TAGGT-TTT-----------------CAAG-GT-T-CA--C-TTCGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-Ct
gi|6114                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACCCCACGTTATACA-T--ATATGT--TAAGT-TTTAGTAG--G--T--GAACCAAG-GT-C-CAAGC-TACGTTTTCCACGTGCGAG-ATTAATT-TACGTTT-A-T-CC--TGACG--T---A-----T---TC--TC---TTT------C----------------G-CTTCTCCTAC-G---CGT-CA------G-CTACAA-TTT-ATCC----------T--AAACCG---CTATATTCC--TAC--G
gi|6115                       :                                                                                                                                              ACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAA--G--TTT-CTCTATGCAT-C-AG--C-TACGTTT--------------TTAA---TACG--C-A-T-TTG-T-ACG--T---A-----T----------------------CGTGT-A-C-----G-T-TTCTT-CTAT-G---TTT-GATTTTTTGCCCAC-G-TTT-GTAT----------T--G---TG---C---A
gi|6115                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -G-TTTCT-CTAT-G---CAT-CA------G-CTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CG---C---ATTTG--TAC--GTATCGTGTACG----TTTCTTCT-ATGTTT
gi|6116                       :                                                                                                              acgtttactcccgtatagctaggttttagtaaACGTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGAAG--G--TTTgattttttgcccacgtttgtattgtgca
gi|6117                       :                                                                                                                                              ACCTTT-ACTCC--------CG-T--ATA-TT--TAAGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-
gi|6118                       :                                                                                                                                               CGTTT-ACTCC--------CG-TT-ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAGCCAAG-GT-C-TA--C-TACGTTTTCC-----CACG-ATTAA-T-TACG-TT-A-T-CC--T-ACG--T---A-----T---TT--GCG--TTTA-AA--CCG-GG-G-T-----G-GTTTTCT-TTA--G---CAT-CA------G-CTAC-G--TT-TTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATTGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTT
gi|6119                       :                                                                                                                                                 TTT-ACCCC--------CG-T--ATA-G-------T-TTTAGTAGA-G--TTTGAAC-AAG-GTTC-CA--C-TACGTCTTCC------A-G-ATTAA-T-TACG-TT-T-TTCC--T-ACG--T---AAAAAAT---A-----------A-AA--CCCTTT-A-C-----G---TTTCT--TACTG---CAT-CA------G-CTAC-G-TTTATTAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTT--TCT-ACGTTTt
gi|6120                       :                                                                                                                                                 TTT-A-TCC--------CGAT--ATA-GCAGTAG----TTAGTAA--GAGTTTGAGCCA-G-GT-C-TA--C-TACGTTGTCC------ACG--TTA--T-TACG-TT-A-T-CC--T-A-G--T---A-----T---TTT-GCCG-TTTATAA--CCGTGGGA-T-----G-T-TGTCT-TTA--G---ATT-CA------G-C-AC-G-TTT-TATT----------T--A---CG---TCA-ATTTCCATAC--GTATTGTG-ACG----TTTT-TGT-ACGTTT
gi|6121                       :                                                                                                                                                  TT-ACTTC--------TG-CTAATA-GT--TAAGTCTTTAGTAGTAG--GTTGAAA-AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA---TA-----------C--T-GCG--T---A-----T---TT--
gi|6121                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -G---CAT-CA------G-CTA--G-TTT-TTAT----------TTAA---CGGGCC---ATTTT--CACGGGTTTTGTGTACGCTTTTTTT-TCT-ACGTTTttccgcccctaactaacaaatcaacataccttcacgtttcgcccccttccacgttacgctcctttaacgtgcatcagctagtttttatttaacgggccattttcacgggttttgtgtacgcttttttttctacgttt
gi|6122                       : ttacttctgctaatagttaagtctttagtagtaggttgaaaaaggtccactacgtcttcccacgattaatactgcgtatttttccgcccctaactaacaaatcaacataccttcacgtttcgcccccttccacgttacgctcctttaacgtCC--------CG-T--ATA-GC--TAGGT-TTTAGTAG--G--TTTGAACCAAG-GT-C-CA--C-TACGTTTTCC-----CTCG-ATCAA-T-TACATTT-A-T-CC--T-ACGAATAAAA-----T---TT--GTG--TTTA-AA--CTACGG-G-T-----G-G-T
gi|6123                       :                                                                                                                                                                                          GTAC--G--TTTTA--CTAG-GT-T-TA--T-TAGGTTTTCC-----TACG-TTTGC-T-TACG-TT-T-T-AC--T-ACG--T---A-------------GC---GCTA-G-------GG-A-TTATCCG-G-TTT-T-CTAT-GAGCTAT-CAT-----G-TTGC-C-TTT-TTACAAGGTTTTGAT--A---CG---T---TTTAC--CAC--GTATT-TATACG----TTTC--GTCACGT
gi|6124                       :                                                                                                                                                                                                           AAG-GT-C-CA--C-TACGTCTTCC-----CACG-ATTAA-T-T
gi|6125                       :                                                                                                                                                                                                                T-C-CA--CATACGNNNNNN-----NNNN-NNNNN-N-NNNN-NN-N-N-N-----ACG--T---------T---TT--TC---TTTA-AA--CCATGG-A-T-----G-G-TTTCT-TTA--G---CAT-CA------
gi|6126                       :                                                                                                                                                                                                                     A--C-CACATTTTAT-----CCCGTATAAA-A-TACG-TTTACT-CC-----CG--T---A-----TAG-CTAGGT---TTTA-------GTAA-----------G-TTTCT-CTAT-G---CAT-CA------G-CTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CG---C---ATTTG--TAC--GTATCGTGTACG----TTTCTTCT-ATGTTT
gi|6127                       :                                                                                                                                                                                                                     A--C-CACGTTTTAT-----CCCGTATAAA-C-TACG-TTTACT-CC-----CG--T---A-----TAGCTA--GG---TTT---------TAG-A-A-----G-G-TTTCT-TTAC-G---CAT-CA------G-CTAC-G-TTT-TTAA----------T--A---CT---T---ACTTC--------TATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACATTT
gi|6128                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -G-TTTCT-CTAC-G---CAT-TA------G-CTGC-G-CTT-TCGT----------C--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTAT-GTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTTt
gi|6129                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA------T-CTGC-G-CTT-TCAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTATG----TTTC-TAT-AAGTTTt
gi|6130                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -G-TTTGT-CTAC-G---CATGCA------G-CTGC-GGCTT-TCAT----------T--A---CG---CC--ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTAC-TGT-ATGTTTt
gi|6131                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -G-TTTCT-CTAC-G---CAT-CA------G-CTGC-G-CTA-TCGT----------T--A---CG---C---ATTTT--TAT--GCATCGTGTACG----TTTT-TGT-ACGTTTt
gi|6132                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TTTCT-CTAC-G---CAT-CA------G-CTGC-G-TTT-CCAT----------T--A---CG---C---ATTTC--TAC--GTATCGTGTACG----TTTC-TGT-ACGTTTt