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lowQualScore                  :                   99 2  11 33    4 2 44 2  2 1 1 1 1 33333 1 4   55555 1  5 888888888888888 1  22 1  6 1 22 1  5555   11111111111111111111111   22       1 1  44   1 1   33  222222 1 7777777 33333   33333333333333333 4    3  4444 88  3333    22   22  0000 1 444 33333 555 1 3333    99  1 4444444444444444  1  1  55 222222222222222222 1   3333 1111111  1 33  33 2222222 6666666  1  222 3   22 222           
lowQualScore                  :                   .. .  .. ..    . . .. .  . . . . . ..... . .   ..... .  . ............... .  .. .  . . .. .  ....   .......................   ..       . .  ..   . .   ..  ...... . ....... .....   ................. .    .  .... ..  ....    ..   ..  .... . ... ..... ... . ....    ..  . ................  .  .  .. .................. .   .... .......  . ..  .. ....... .......  .  ... .   .. ...           
lowQualScore                  :                   66 5  99 22    0 0 88 0  0 9 7 7 7 00000 6 8   88888 7  0 444444444444444 8  33 7  7 7 33 7  2222   00000000000000000000000   88       2 2  11   2 2   99  999999 3 8888888 66666   33333333333333333 4    0  5555 55  3333    22   33  2222 7 666 33333 666 6 4444    66  6 6666666666666666  5  5  22 777777777777777777 5   3333 6666666  5 77  77 2222222 8888888  5  666 0   00 666           
consensus                     :          TAAAGCCCCCAT-CAC-A--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-AG----ATC-T--A--------NA----T---GAT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GGT--GA--T---T-T--G----A-----TTA------A-A-AC-G---T-GGTC-GG--T-G--TG----ACAG--CAA--TC-G--C-G---A---CTG---T-A----CTAC-GAC-C----A-NA----GT--AC-TG-TC--A-ATC--TTC-T--A----T-CAA----T--G--GTCA-A--TT--C--T----A-G-----CA-CG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
Reference ( gi|120754 )       :          TAAAGCCCCAGT-CAG-A--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-C-G---C-T-ACG-----C-TC-T----------CT---ACGA--C-CT-T-C--A-AG----ATC-T--G--------TA----T---GAT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GGT--GA--T---T-T--G----A-----TTA------A-A-AC-G---T-GGTC-GG--T-G--TG----ACAG--CAA--TC-G--C-G---A---TGG---T-A----CTAC-AAC-C----A-AA----GT--AC-TG-TC--A-ATC--TTC-T--A----T-CAA----T--G--GTCA-A--TT--C--T----A-G-----CA-CG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
gi|120755                     :          TAAAGTCCCTGT-CAC-A--CTTG-C-C--A-CG-A-T-T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-AG----ACC-T--A--------CA----T---GAT--CGTAATA-G-AA--TCG-T-GGG--GA--T---C-T--G----A-----GTA------A-A-AT-G---T-GGTC-GT--T-C--TT----CCAG--CAA--TC-A--C-G---A---CGG---T-A----CTAT-GAC-C----A-TA----GT--AC-TG-TC--A-ATC--TTC-T--A----C-CAA----T--A--GCTA-A--TT--C--T----A-G-----CA-CG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
gi|120752                     :          TAAAGCCCCCAT-CAC-A--CTGG-CAC--A-CG-A-T-T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-TTC--A-AG----ATC-T--A--------AA----T---GAT--CTTAGTA-G-AA--TCGAT-GGT--GA--T---T-T--C----A-----TTA------A-A-AC-G---TTGGTCCGG--T-G--TG----ACGG--CAA--TC-A--C-G---A---CTG---T-A----CTACCGAC-C----A-A------------T--TC--A-------TC-T--A----T-CAA----G--GAGGTCA-A--TT--C--T----A-G-----CA-CG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
gi|120756                     :         tTAAAGCCCCCAT-CAC-A--CTGG-C-C--A-CG-ATT-T-T-C-A---C-TAACG-----C-TC-C----------CTCTCACGA--C-CT-T-CTTA-AG----ATC-T--A--------AA----T---GATCGCGTAGTATG-AAT-TCG-TAGGT--GA--T---T-TTCA----A-----TTA------A-AGAC-G---T-GGTCTGG--T-G--TG----ACGG--CAA--TC-AACT-G---A---CTG---T-A----C-AC-GAC-CTCTTA-GA--------AC-TG-TCT-ACATC--AT--T--A----TCCAA----T-----GTC--A--TT--CTAT----A-G-----CA-CG---G-ATC--TCCAACTACGACGTT
gi|120753                     :          TAACACCCCCAT-CAC-A--ATGG-C-C--A-CGCA-TCT-T-C-AA--C-TGACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-AGAACTACC-T--A--------AA----T---GATA-CGTA-TA-G-AA--TAG-T-GGC--TA--T---T-T--A----T-----TTA------A-A-ACAA---T-GGTC-GACTT-G--T-----ACGG--CAA--TCAG--C-GCACA---TTG---T-A----CTAC-GAC------------------------TC--A-ATCAGTCC-G--A----T-CAA----T--A--GTCA-A--TTC-C--T----A-GC----CA-CG---A-TTC--T---ACTACGACCT
gi|120758                     :         tTAAAGCCCCCAT-CAC-A--CAGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-C-A---C-T-
gi|120757                     :          TAAAGCCTCCAT-CAC-A--CCGGAC-C--A-CG-A-C-T-C-T-A---C-T-ACG-----A-TC-T----------
gi|120759                     :           AAAGCCCCCGT-CAC-A---TGG-C-C--AACG-A-T-T-TTC-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACG---C-CT-T-C--A-A---------------------------T----AT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GGT--GAATT---T-T--G----A-----TTT------G-A----T---T-GGTC-GG--T-T--TG----ACAG--CAAGCTC-GA-C-GA--A---CGG---T-A----CTAC--AC-C----A-AA----GT--AC-TG-CCA-A-ATC--TTC-T--A----T-CAA-------G--G-CA-A--TTTCT--T----A-G-----CA-CG---A-TTCTAT---ACTACGACCtgatttttgcttaaatcgtgacaggtcatagcatggccgtcattaaatcttggagatcgtagtatgaacatggctggtcgtggttgaccacgaccgcgctacg
gi|120750                     :            AAGCCCCCAT-CAC-A--CTGG-C-C--A-CT-A-T-T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-AG----ATC-T--A--------AA----T---GAT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GGT--GA--T---T-T--C----A-----TTA------A-A-AC-G---T-GGTC-GG--T-G--TG----ACAA--CAA--TC-A--C-G---A---CTG---T-A----CTAC-GAC-C----A-TA----GT--AC-TG-TC--A-ATC--ATC-T--A----T-CAA----T--A--GTCA-A--TT--C--T----A-G-----CA-CG---A-TTC--T---ACGACAGTCT
gi|120751                     :         tttAAGCCCCCAT-CAC-A--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-AG----ATC-T--A--------CA----T--------CGTAGTG-G-AA--TCG-T-GGT--GA--T---T-T--C----A-----TTA------A-A-AC-G---T-AGTC-GG--T-G--TT----CCAG--CAA--TC-A--T-G---A---CTG---T-A----CTAT-GAC-C----A-TA----GT--AC-TG-TC--A-ATC--TTC-T--A----T-CAA----T--G--GTCA-A--TT--C--T----A-A-----CA-CG---A-TTC--T---ACTACGA
gi|120760                     :         tttAAGCCCCCAT-CAC-A--CTGG-C-C--A-CG-A-C-T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-AG----ATA-T--A--------TA----T---GAT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-AGT--GA--T---T-T--G----A-----TTA------A-A-AC-G---T-GGTC-GG--T-G--TG----ACAG--CAA--TC-A--C-G---A---CTG---T-A----CCAT-GAC-C----A-TA----GT--AC-GA-TA--A-ATC---GC-T--G----T-CAA----T--A--TTCA-A--TT--C--T----A-G-----CA-CG---A-TTC--T---ACCACGACCTT
gi|120762                     :            AAGCCCCG---CAGCA--CTGG-C-TCAA-CG---T-T-T-C-----C-T-ACG-----C-TC-C----------C----ACGA--C-CT-C------AT----ATC-T--A--------AA----TT--GAT--T-TAGTA-T-AA--TCG-T-GGT--AA--T---C---------A-----TTA------ATA-AC-G---T-GGTC-CG--C-G--TG----ACGG--CAA--AC-A--CTG---A---CTG---T-A----CTACGGAC-C----A-TA----GT--ACATA-TC--A-ATC--ATC-TA-A----T-CAA----T--T--AGAA-AT-TT--C--T----AGG-----CA-CGCATA-TAC--T---ACTACGAC
gi|120764                     :            AAGTCCCCAT-GAA-ATTCTGG-T-C--A-CG-A-T-C---C-GACTT-T-ACGACAACC-AC-G----------CT---ACGA--C-CTGT-C--A-CG----ATT-T--AGAAAAAATCA----A---GAT--CGTAGTA-A-GG--TCG-T-GGTCCGG--TGTAT-T--GTTTCA-----TTG------G-A-TC-A---T-GGTC-GG--T-
gi|120763                     :            AAGCCCCCAT-CAC-A--CTGGAC-C--A-CG-A-T-C-T-T-A---C-T-ACG-----A-TC-TTGATTTTTGCCT---A-AA--T-CG-T-G--ACAG----GTC----G--------TAGCG-T---GGT--CGTCGTA-A-AG--TAT-T-GGA--GG--T---C-G--T----A-----GTAT-----G-A-AC-G---T-GGCT-GG--TCG--TG----
gi|120761                     :               CCCCATTTCAA-A--CTGA-T-CT-A-CG-A-T-TAT-C-A---C-TTACG-----CCTC-T----------CC---ACGA--C-AT-T-C--A-ATT---ATC-T--A--------AA----TC--GAT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GGT--AA--T---T-T--C----A-----TTAT-----A-A-CC-G---TCTGTC-GG--T-G--TGCGCAACAAGTCAA--TC-A--C-G---ACATTGT---T-ATCTTCTAC-GACAC----A-TACTTGGTCAAC-TG-TC--A-ATCA-TTC-T--AT---T-CAA----T--A--GTCA-A--TT--CT-T----A-G-----CA-GG---A-TTC------ACTACGACCTTgtcgaccacgcccgcgctacg
gi|120755                     :                 aaccT-CAG-A---TCC-C-C--A-CG-A-T-T-C-T-A---T-T-ACG-----A-TCAT----------GT---A-GG--T-CT-T-G--A-AG----GTCGT--G--------GA--------GAG--CGTAGTG-A-AA--TCG-T-GG
gi|120765                     : taaagtccctgtcacacttgT-CAC-A--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------Cgtaaaatgtggtcgttcttccagcaatcacgacggtactatgaccatagtactgtcaatcttctaccaatagctaattctagcacgattctactacgacctt
gi|120755                     :                       aAG-A--ACGA-C-C--A-C--A-T-T-T-T-A---C-T-CAG-----A-TC-C----------CC---ACGA--TTCTAT-T--A-CG----ATCAT--G--------TA--------GGT--CTT-----G-AAGGTCG-T-GGA--GA--G---CGT--A----G-----TGA------A-A-TC-G---T-GGCA-AG--T-G--TG----ACAG--
gi|120750                     :                          taaagtcc-C-C--A-CG-A-T-T-C-T-A---C-T-ACG-----A-TCAT----------TT---A-GA--T-CT-T-G--A-AG----GTCGT--G--------GA--------GAG--CGTAGTG-A-AA--TAG-T-GGtccagcaatcacgacggtactatgaccatagtactgtcaatcttctaccaatagctaattctagcacgattctactacgacctt
gi|120751                     :             tttaagcccccatcacactgg-C-C--A-CG-A-T-T-C-C-A---C-T-ACG-----A-TG-T---------------A-GA--T-CT-T-G--A-AG----GTCGT--G--------GA--------GAG--CGTAGTG-A-AA--TCG-T-GGtgatttcattaaaacgtggtcggtgtgacaacaatcacgactgtactacgaccatagtactgtcaatcatctatcaatagtcaattctagcacgattctacgacagtct
gi|120770                     :             tttaagcccccatcacactgg-C-C--A-CG-A-T-T-T-CTA---C-T-ACG-----A-TCAT----------TT---A-GA--T-CT-T-G--A-AG----GTCGT--G--------GA--------GAG--CGTAGTtgatttcattaaaacgtagtcggtgttccagcaatcatgactgtactatgaccatagtactgtcaatcttctatcaatggtcaattctaacacgattctactacga
gi|120767                     :                                            tc-T-T-T-C-A---CCT-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGGACC-CT-T-C--A--------TT-T--A--------AA----T---GAT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GGT--GA--T---T-T--C----A-----TTA------A-A-AC-G---CGGGTC-GGCTT-G--TG----ACGG--CAA--TC-A--C-G---ACC-TCT---T-A----CTAC-GAC-C----A-A---------------TC--A-------TC-TG-A----T-CAA----T--A--GTCA-A--TT--C--T----A-A-----CA-CG---ATTTC--T---ACTACGACCTTtgattttttaaaacgtggtcggtggtgacggcaatcacgactgtactacgacaatcatctatcaatagtcaattctagcacgattctattacgactt
gi|120768                     :                                                -T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-A---------------------------T----AT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GGT--GA--T---T-T--
gi|120769                     :                                                -T-T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-AG----ATC-
gi|120770                     :                                                  -T-C-A---C-T-ACG-----C-TC-T----------CC---ACGA--C-CT-T-C--A-AG----ATC-T--A--------AA----T---GAT--CGTAGTA-GAAA--TCG-T-GGT--GA--T---T-T--T----------TTA------A-A-AC-G---T-GGTC-GG--TGG--TG----ACGG--CAA--TC-A--C-G---A---CTG---T-A----CTAC-GA--------------------------C--A-ATC--ATC-T--A----T-CAA----T--A--GTCA-A--TT--C--T----A-G-----CA-CG---A-TTC--T---ATTACGACTT
gi|120766                     :                                                            -T-ACGG----C-TC-T----------CTTC-ATGA--C-CT-T-C--A-AG----ATT-T--ACGT-----TA----TT--GAT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GGC--GA--T---T-
gi|120763                     :                                                                        caatt----------CT---ACGA--C-CTGT-C--A-CG----ATT-TAGG--------CAAAAATCAAGAT--CGTAGTA-A-GA--TCG-T-GGT--
gi|120757                     :                                                           aagcccccatcacactgg----------CT---ATGA--C-CTGT-C--A-CG----ATT-TAAG--------CAAAAATCAAGAT--CGTAGTA-G-AG--TCG-T-GGTCCGG--T---G-T--G----A-----Tcgtggtcgtcgtaaagtattggaggtcgtagtatgaacgtggctggtcgtggtcgaccacgcccgcgctacg
gi|120771                     :                                                                                                                  taaagcctcc--------TA----T---CAT--CGTAGTA-G-AA--TCG-T-GTTA-GA--A---T-T--G----A-----CCA-------------T---T-GATA-GA--A-GATTG----ACAG--TA---------C-T---A---TGGTCAT-A----GTAC-AGT-C----ATGA----TT--GC-TG-GA--ACACC--GAC-T--ACGTTT-TAA----T--G-----A-A--AT--C-------A-C-----CA-CG---A-TTC--C---ACTACGAcatggccgtcattaaatcttggagatcgtagtatgaacatggctggtcgtggttgaccacgaccgcgctacg
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Reference ( family-702 )      :    TAAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-NA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--GA--T---TT--G----ATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----ACAG--CAA--TC-G--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CANA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
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gi|120761                     :      AACCCCC-CATTTCAAA--CTGA-T-CT-A-CG-A-T-TAT-CA-C-TT-ACG-----CCTCTC---CACGA------C-----AT---T-C--A--------ATT---ATC-TA-AA-----TC---GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--AA--T---TT--C----ATTATA-A-CC-GTCTGTC-GG--T-GTGCGCAACAAGTCAA--TC-A--C-G---ACATTGTTATCTTCTAC-GACA-CATACTTGGTCAAC-TG-TC-A-ATCA-TTCT-ATT-CAATA--GTCAA-TT--CT-TA-G-CAGG---A-TTC------ACTACGACCTT
gi|120762                     :      AAGCCCCGCA----GCA--CTGG-C-TCAA-CG---T-T-T-C--C-T--ACG-----C-TC-C---CACGA------C-----CT---C-------------AT----ATC-TA-AA-----TT---GAT--T-TAGTA-T-AA-TCG-T-GGT--AA--T---C--------ATTA-ATA-AC-GT-GGTC-CG--C-GTG----ACGG--CAA--AC-A--CTG---AC--TG-TA----CTACGGAC--CATA----GT--ACATA-TC-A-ATC--ATCTAA-T-CAATT--AGAAATTT--C--TAGG-CACGCATA-TAC--T---ACTACGAC
gi|120763                     :      AAGCCCC-CAT--CACA--CTGGAC-C--A-CG-A-T-C-T-TA-C-T--ACG-----A-TCT------TGATTTTTGC-----CTAAAT-C--GTGAC----AG----GTCGTAGCG-----T----GGT--CGTCGTA-A-AG-TAT-T-GGA--GG--T---CG--T----AGTATG-A-AC-GT-GGCT-GG--TCGTG----GT----CGA--CC-A--C-G---CC--CG-CG----CTAC-G
gi|120764                     :      AAGTCCC-CAT--GAAATTCTGG-T-C--A-CG-A-T-C-C-GA-C-TTTACGACAACC-ACGC---TACGA------C-----CTG--T-C--A--------CG----ATT-TA-GAAAAAATCAA-GAT--CGTAGTA-A-GG-TCG-T-GGTCCGG--TGTATT--GTTTCATTG-G-A-TC-AT-GGTC-GG--T-
gi|120765                     :               AT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---
gi|120766                     :                                    -CA-A-T-T-T--A-C-G--GCT-----C-TCTT---CATGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATT-TA-CG-----TTATTGAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGC--GA--T---T
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consensus                     :    TAAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-NA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--NATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--GGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
Reference ( family-702 )      :    TAAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-NA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--NATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--GGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
gi|120750                     :      AAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CT-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-AA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--CATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--AACAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--ATCT-A-T-CAATA--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACGACAGTCT
gi|120751                     :   tttAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-CA-----T---------CGTAGTG-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--CATTA-A-A-AC-GT-AGTC-GG--T-GTT----CC--AGCAA--TC-A--T-G---AC--TG-TA----CTAT-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-A-CACG---A-TTC--T---ACTACGA
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gi|120765                     :               AT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---
gi|120766                     :                                    -CA-A-T-T-T--A-C-G--GCT-----C-TCTT---CATGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATT-TA-CG-----TTATTGAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGC--G-------A--TT
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consensus                     :    TAAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-NA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--NATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--GGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
Reference ( family-702 )      :    TAAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-NA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--NATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--GGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
gi|120750                     :      AAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CT-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-AA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--CATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--AACAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--ATCT-A-T-CAATA--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACGACAGTCT
gi|120751                     :   tttAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-CA-----T---------CGTAGTG-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--CATTA-A-A-AC-GT-AGTC-GG--T-GTT----CC--AGCAA--TC-A--T-G---AC--TG-TA----CTAT-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-A-CACG---A-TTC--T---ACTACGA
gi|120752                     : tttTAAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-CAC--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---TTC--A--------AG----ATC-TA-AA-----T----GAT--CTTAGTA-G-AA-TCGAT-GGT--G-------A--TTT--CATTA-A-A-AC-GTTGGTCCGG--T-GTG----AC--GGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTACCGAC--CA-------------------A-TTC--ATCT-A-T-CAAGGAGGTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
gi|120753                     :   tTAACACCCC-CAT--CACA--ATGG-C-C--A-CGCA-TCT-T-CAAC-TG-ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AGAACTACC-TA-AA-----T----GATA-CGTA-TA-G-AA-TAG-T-GGC--T-------A--TTT--ATTTA-A-A-ACAAT-GGTC-GA--C-TTGT---AC--GGCAA--TC-AG-C-GCACAT--TG-TA----CTAC-GAC--------------------TC-A-ATCAGTCCG-A-T-CAATA--GTCAA-TTC-C--TA-GCCACG---A-TTC--T---ACTACGACCT
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gi|120755                     :    TAAAGTCCC-TGT--CACA--CTTG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ACC-TA-CA-----T----GAT--CGTAATA-G-AA-TCG-T-GGG--G-------A--TCT--GAGTA-A-A-AT-GT-GGTC-GT--T-CTT----CC--AGCAA--TC-A--C-G---AC--GG-TA----CTAT-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-C-CAATA--GCTAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
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gi|120757                     :    TAAAGCCTC-CAT--CACA--CCGGAC-C--A-CG-A-C-T-C-TA-C-T--ACG-----A-TCT------TGA------TTTTTGCT---T-A--AATCGTGACAG----GTCATAGCA-----T----GGC--CGTCATT-A-AA-TCT-T-GGA--G-------A--TCG--TAGTATG-A-AC-AT-GGCT-GG--TCGTG--------GTTGA--CC-A--C-G---AC--CG-CG----CTAC-G
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gi|120770                     :                                             -T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-AA-----T----GAT--CGTAGTA-GAAA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--T-TTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--TGGTG----AC--GGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GA----------------------C-A-ATC--ATCT-A-T-CAATA--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ATTACGACTT
gi|120771                     :                                                                                                                                        T--CGTAGTG-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--CATTA-A-A-AC-GT-AGTC-GG--T-GTT----CC--AGCAA--TC-A--T-G---AC--TG-TA----CTAT-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-A-CACG---A-TTC--T---ACTACGA
gi|120772                     :                                                                                                                   tcaatcaatctatca----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-AGT--G-------A--TTT--GATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--AGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CCAT-GAC--CATA----GT--AC-GA-TA-A-ATC---GCT-G-T-CAATA--TTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACCACGACC
gi|120773                     :                                                                                                                                  ----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--GATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--AGCAA--TC-G--C-G---AT--GG-TA----CTAC-AAC--CAAA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACC
gi|120774                     :                                                                                                                                                                T--G-------A--TTT--GGTTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--AGAAA--TC-A--C-G---AC--GG-CA----CTGC-GAC--CACA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATT--GTCAA-TT--C--TT-G-TACG---A-TT--------CTACAACCTT
gi|120775                     :                                                                                                                                                                                                                                         ---AC--AG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--A--TGCTC-A------TTCT-A-T-CAGTG--CTTAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGGCCTT


blockSeqs                     :             G   TT    TT    A A CA A  C T C A T  A C TT   ACAAC C    TCT     TTTTTG TTTTG  AAA T TT ATCGTGACAG       A  GAAAAAATCAA     CG       T A  T   A A   CC GTGTATT AT   TCA    T T G  A  T    C  CT C   CGCA  AA     GC  G AC T CAC  ATT T  TCTT    C   CT  T CTTG  CA  A  C  T C   AGT   A T C    GAG     T  TC TA  G C    CAT T   TA CCA
blockSeqs                     :             .   .     .     A . T  .  . . . . .  . . G    .     .    .       AC     .      G   . .  AGAACT           G  CGTTATT         A        . .  .   . .   .  .       .    C      T . .  .  C    T  .  C   T     .      .   . G  . A    CTC .  .       G   A   A .     .   .  .  A .   AT    G . .    G       .  C  T   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . A    .     .    .       .      .      .   . .  TGACAG           .  GCAT            .        . .  .   . .   .  .       .    C      T . .  .  G    .  .  G   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   T .     .   .  .  . .   T     . . .    A       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . T    .     .    .       .      .      .   . .  ATT              .  AATC            .        . .  .   . .   .  .       .    A      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   T .     .   .  .  . .   A     . . .    G       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  AATT            .        . .  .   . .   .  .       .    G      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   A .     .   .  .  . .   T     . . .    A       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  GCGT            .        . .  .   . .   .  .       .    G      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    G   .  .       .   .   T .     .   .  .  . .   T     . . .    G       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  CAT             .        . .  .   . .   .  .       .    T      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    G   .  .       .   .   T .     .   .  .  . .   A     . . .    A       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  AAT             .        . .  .   . .   .  .       .    G      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   T .     .   .  .  . .   T     . . .    A       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  AAT             .        . .  .   . .   .  .       .    G      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    C   .  .       .   .   T .     .   .  .  . .   A     . . .    T       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  TAT             .        . .  .   . .   .  .       .    C      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    G   .  .       .   .   T .     .   .  .  . .   A     . . .    A       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AT               .  CAT             .        . .  .   . .   .  .       .    C      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   A .     .   .  .  . .   A     . . .    A       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  CG               .  AAT             .        . .  .   . .   .  .       .    T      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   C .     .   .  .  . .   T     . . .    G       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  TAT             .        . .  .   . .   .  .       .    C      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    C   .  .       .   .   T .     .   .  .  . .   T     . . .    A       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :             .   .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  AAT             .        . .  .   . .   .  .       .    C      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   . .     .   .  .  . .   T     . . .    G       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                 .     .     . . .  .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  AG               .  AAT             .        . .  .   . .   .  .       .    T      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   . .     .   .  .  . .   T     . . .    T       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                    .  . . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  A                .  T               .        . .  .   . .   .  .       .    C      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    T   .  .       .   .   . .     .   .  .  . .   .     . . .    G       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                         . . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  .                .  .               .        . .  .   . .   .  .       .    G      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    G   .  .       .   .   . .     .   .  .  . .   .     . . .    .       .  .  .   . .    .   .   .  .  
blockSeqs                     :                                           . . .  . . .    .     .    .       .      .      .   . .  .                .                  .        . .  .   . .   .  .       .    G      . . .  .  .    .  .  .   .     .      .   . .  . .    G   .  .       .                                                                                     
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blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    TAAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-NA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--NATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--GGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT
finalCons                     :    TAAAGCCCC-CAT--CACA--CTGG-C-C--A-CG-A-T-T-T-CA-C-T--ACG-----C-TCTC---CACGA------C-----CT---T-C--A--------AG----ATC-TA-NA-----T----GAT--CGTAGTA-G-AA-TCG-T-GGT--G-------A--TTT--NATTA-A-A-AC-GT-GGTC-GG--T-GTG----AC--GGCAA--TC-A--C-G---AC--TG-TA----CTAC-GAC--CATA----GT--AC-TG-TC-A-ATC--TTCT-A-T-CAATG--GTCAA-TT--C--TA-G-CACG---A-TTC--T---ACTACGACCTT