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blockSeqs                     :    .          . .  A         .   .      .   .      A           .      .   CC   .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   G    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .              .      .
blockSeqs                     :    .          . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .                      
blockSeqs                     :               . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .                      
blockSeqs                     :               . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .    .                      
blockSeqs                     :               . .  .         .   .      .   .      .           .      .   .                           
blockSeqs                     :               . .  .         .   .      .   .      .           .                                      
blockSeqs                     :               . .  .         .   .      .   .      .           .                                      
blockSeqs                     :               . .  .         .   .      .   .      .                                                  
blockSeqs                     :               . .  .         .   .      .   .      .                                                  
blockSeqs                     :               . .  .         .   .      .   .      .                                                  
blockSeqs                     :                 .  .         .   .      .   .      .                                                  
blockSeqs                     :                              .   .      .   .                                                         


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGA-GACTTAATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCACACTT-GGTGTG--CT--GCG-TCGAGGGGACGGTG-GTGGTC-GACCCTCGG
finalCons                     : TGA-GACTTAATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCACACTT-GGTGTG--CT--GCG-TCGAGGGGACGGTG-GTGGTC-GACCCTCGG





Alignments
lowQualScore                  :    2          1 1  5555      1   1      1   22     3           2      33  88   2    0         2      2         
lowQualScore                  :    .          . .  ....      .   .      .   ..     .           .      ..  ..   .    .         .      .         
lowQualScore                  :    7          7 7  2222      6   6      6   22     3           0      11  33   4    4         9      9         
consensus                     : TGA-GACTTAATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCACACTT-GGTGTG--CT--GCG-TCGAGGGGACGGTG-GTGGTC-GACCCTCGG
Reference ( family-701 )      : TGA-GACTTAATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCACACTT-GGTGTG--CT--GCG-TCGAGGGGACGGTG-GTGGTC-GACCCTCGG
gi|127608                     : TGA-GACTTAATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCACACTT-GGTGTG--CT--GCG-TCGAGGGGACGGTG-GTGGTC-GACCCTCGG
gi|127609                     : TGA-GACTTTATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCACACTT-GGTGTG--CT--GCG-TCGAGGGGACGGTG-GTGGTC-GACCCTCGG
gi|127610                     : TGA-GACTTTATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCC-GG-AAG--GGGCC-TTGCCA-ACTTTGGTGT---CT--GCG-TCGAGGGGACGGTG-GTGGTC-GACCCTCGG
gi|127611                     : TGA-GACTTAATCT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCCCGGCAAG--GGGCC-TTGCCACACTT-GGTGTG--CT--GCG-TCGA
gi|127612                     : TGA-GACTTAATTT-A-TA-----TGCGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCAC
gi|127613                     : TGATGACTTAATTT-ACTA----TTGCGGGACT-GCCCGG-CAA--GGGCC-TTGCCACAGT---GTGTGAACTG-GCG-GCGA--GGAC--TT-GTGGTC-GACCC
gi|127614                     : TAA-GACTTAATTT-A-TA----GTGCGG-ACG-GCCCTG-AAG--GGGCT-TTGTCA
gi|127615                     : TAA-GACTAAATTT-A-TA----GTGTGG-ACTAGCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCC-TAC---GGCATA--CTCCCCG-TCGAG
gi|127616                     :  GA-GACTTAATTT-A-TT----GTGCGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCACCACTT-GGTATG--CT--GCG-TTGA-GGGACGGTG-GTGGTT-GACCCTCGG
gi|127617                     :   A-GACTTAATT--A-TA----GTGCGG-ACT-G-CCGG-CAA--GGGCC-TTG-CACAC
gi|127618                     :    -GACTTAATCC-A-TA----GTGCGG-ACT-GCCCTG-AAG--GGGCG-TTGCTACACTT-GGTGTG--CT--
gi|127619                     :    -GACTTAATTT-A-TA----GTGCAG-ATC-GCCCGG-AAG--GGACC-TTGCCACACTC-GGTG
gi|127620                     :    -GGCTTAATTT-A-TA----GTGCAG-ACT-GCCCGG-AAG--GG
gi|127621                     :    -GACATAATTT-A-TATATAGTGCGG-ACT-GTTCTG-AAG--GGGCC-TTGCCACACTT-G
gi|127622                     :    -GACTTGGTTT-A-TG----GCGCGG-ACT-GCCCAG-AAG--GGACC-TTGCCACA
gi|127623                     :      ACTAAATAT-A-TA----GCGCGG-ACT-TCCCTG-AAA--GGACC-TTGCCACACTT-GGTGTG--TT--GCG-TTGAGGGGACGGTG-ATGGTC-GACCCTCGG
gi|127624                     :      ACTAAATAT-A-TAA---GCGCGC-ACT-TCCTGA-AAC--GGACC-TTGCCACACTT--GTGTG--TT--GCGATTGA-GGTACGGTGCATGGTC-GGCCCTCG
gi|127625                     :        TTAATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GTCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCACACTT-GGTGTG--TT--GCG-TCGAGGTGACGGTG-GTGGTC-GACCC
gi|127626                     :        TTAATTT-A-TA----ATGCGG-ACT-G-CCGG-AA---GGGCC-TTGCCACATT
gi|127627                     :          AATTT-A-TA----GTGCGG-ACT-GCTCGG-AAG--GGTCT-TTGCCACAGTT-GGTGTG--CT--GCG-TCGAAGGGACGGTG-GTGGTC-GACCCTCGG
gi|127628                     :           ATTT-A-TA----GTACAG-ACT-GCCC---------------TGTTACACTT-GGTCTG--TC--GCG-TCGAGAAGTCAATG-GTGATC-GGCCCTCGG
gi|127629                     :           ATTT-A-TA----GTGCAG-ACT-GCC-----AGTTGCGCCACTGCTACACTT-GGTCTG--TT--GCG-TTGAGAAGTCGATG-GTGGT--GACC
gi|127630                     :           ATTTGA-TG----GTGTAG-ACT-GTCCAG---T--TGGCCACTGCTACACTT-GGTCTG--TT--GCG-TCGAGAAG-C-GTG-GTGGTCGGACCTTCAG
gi|127631                     :                 -TA----GTGTGG-ACT-GCCCGG-AAG--GGGCC-TTGCCATAC---GGCATA--CTCCCCG-TCGAG
gi|127632                     :                             G-ACT-GCCCTA-AAG--GGGCC-TTGCTACACTT-GGTGTG--TT--GCG-TCGAGGTGACGGTG-GTGGTT-GACCCTCAG
gi|127633                     :                                                       GCCACACTT-GGTGTG--AT--GTG-TCGAGGGGACAGTG-ATGGTC-GACCCTCAG